Apelin-13对小鼠血脂代谢的影响及其机制研究

本研究旨在探索Apelin-13调控小鼠血脂代谢的生理机制。试验选取体重相近的小鼠96只,随机分为4个处理,每个处理4个重复。对照组和3个试验组小鼠分别每天皮下注射100 μL 0.9%的生理盐水、10、20和50 μg·kg^-1的Apelin-13,试验期为14 d。测定小鼠的生长性能、血清Apelin-13和血脂含量,并采用Illumina Novaseq测序平台进行小鼠肝组织转录组测序（RNA-seq）。结果表明,与对照组相比,皮下注射Apelin-13极显著提高了血清Apelin-13和高密度蛋白胆固醇含量（P<0.01）,显著降低了血清甘油三酯含量（P<0.05）。试验组和处理组共检测到340个上调和350个下调的差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs）。这些DEGs最显著富集的信号通路为视黄醇代谢,该通路中的细胞色素P450（Cyp）和尿苷二磷酸葡萄糖醛酸转移酶（Ugt）两个超家族基因大部分上调表达。试验结果表明,Apelin-13可能通过调控视黄醇代谢信号通路中的Cyp和Ugt两个超家族基因的表达来调控小鼠的血脂代谢。     

可变剪接及其在畜禽育种中的研究与应用

可变剪接是指个体发育或者细胞分化时有选择地越过某些外显子或某个剪接点进行变位剪接,从而产生组织或发育阶段特异性mRNA的过程。通过可变剪接,生物体可以由单个基因产生多个不同的蛋白质异构体,从而导致大量的蛋白质变异。因此,可变剪接在动物生长发育和生理代谢等过程中发挥重要的调控作用。本文对可变剪接的类型、鉴定方法及其对畜禽各种经济性状的影响进行了总结,并展望了其在畜禽育种中的应用前景,以期为畜禽育种改良进行提供新思路。     

转录组测序在林草植物抗逆性研究中的应用

生物和非生物胁迫对农作物产量和生态环境造成极大的威胁,林草植物对外界环境具有较强的适应能力,因此挖掘林草植物抗逆基因,分析其抗逆机制已经成为当下的研究趋势。随着科学技术的发展,利用生物测序技术研究植物抗逆的分子机制已成为当今植物逆境生理和分子生物学研究的一个重大课题,其中转录组测序(RNA-seq)研究是揭示植物抗逆机理以及筛选抗逆基因的主要研究技术。以Roche/454、Illumina/Solexa和ABI/SOLID为代表的二代测序技术(NGS)发展迅速,相较于传统测序手段具有成本低、测序时间短、高通量等优点,已被广泛应用于全基因组、RNA-seq和miRNA测序等研究。因此,RNA-seq技术可加快林草植物抗逆机制的研究和抗逆基因资源的挖掘,从而为农作物、优良林草植物抗逆性遗传改良和新品种培育奠定基础。本研究详细介绍了近年来NGS技术在林草植物应对病虫害、高温、冷害、盐、干旱以及土地贫瘠等方面的转录组学的研究进展,最后针对转录组测序的发展趋势和应用前景进行了展望。     

Unravelling transcriptome changes between two distinct maize inbred lines using RNA-seq

Seed size play a significant role in maize yield production. Two maize inbred lines with distinct seed size and weight, V671 (a large-seed inbred line) and Mc (a small-seed inbred line), were investigated by RNA-seq at 14 days after pollination (DAP), when maize endosperm undergoes an active transition from mitosis to storage accumulation. RNA-seq expression data showed that the small-seed line Mc had a higher storage accumulation activity, whereas the large-seed kernel line V671 possessed a higher DNA synthesis activity. An investigation of the pattern of increasing kernel width at serial DAPs showed that V671 experienced an increased kernel width later than did Mc, but the rate and duration of increase were longer in V671. SDS-PAGE of the storage proteins and quantitative RT-PCR of cell cycle-related genes and indole-3-acetic (IAA) synthesis genes certified that the transition from mitosis to storage accumulation starts earlier in Mc. We hypothesized that the difference in the mitosis-to-storage accumulation transition accounts for the larger seed size in V671 vs. Mc.     

Effect of flutianil on the morphology and gene expression of powdery mildew

Flutianil, a fungicide effective only on powdery mildew, was previously reported to affect the host cell''s haustorial formation and nutrient absorption. Studies were conducted to investigate flutianil''s primary site of action on Blumeria graminis morphology using transmission electron microscope (TEM) observation and RNA sequencing (RAN-seq) techniques. TEM observation revealed that flutianil caused the extra-haustorial matrix and fungal cell wall to be obscured, without remarkable changes of other fungal organelles. RNA-seq analysis indicated that, unlike other powdery-mildew fungicides, flutianil did not significantly affect the constantly expressed genes for the survival of B. graminis. Genes whose expression is up- or downregulated by flutianil were found; these are the three sugar transporter genes and various effector genes, mainly expressed in haustoria. These findings indicate that the primary site of action of flutianil might be in the haustoria.     

基于转录组测序的牧草分子标记开发研究进展

转录组测序是一种获得生物组织或细胞几乎所有转录本的高通量测序技术,测序所得的基因编码序列可用于研究植物在不同条件下的基因表达、调控方式及后续的功能基因发掘与遗传进化分析。随着分子标记技术的快速发展,转录组测序数据也可作为标记开发的重要来源,为牧草开展种质资源遗传多样性评价、遗传变异分析、居群结构研究和育种提供有效工具。本文综述了基于转录组测序的牧草分子标记如EST-SSR和SNP的开发及应用现状,以期为牧草分子标记开发提供重要参考。     

外源褪黑素诱导下Hippo信号通路调控山羊绒生长mRNA和lncRNA的生物信息学分析

为分析绒山羊皮肤中受Hippo信号通路调控的绒生长候选基因集,本研究选取6只罕山白绒山羊随机分为对照组和褪黑素处理组,每组设3个重复。以自然年为试验周期,每月采集皮肤样本进行RNA测序,使用Bowtie、TopHat、Cufflinks、Cuffmerge、Cuffdiff、Cuffcompare、CPAT和CPC软件分析DE-mRNA和DE-lncRNA,联合PCA分析它们对次级毛囊生长周期的应答,利用WGCNA挖掘调控山羊绒生长的基因模块,GSEA分析候选基因集的生物学功能。结果表明：1)筛选得到组间DE-mRNA 2 024个和DE-lncRNA 329个,它们应答了绒山羊皮肤次级毛囊的生长周期。2)获得有生物学意义的对照组7个和试验组9个基因模块。3)深入分析富集到平衡哺乳动物皮肤生长分化、毛囊形态发生的Hippo信号通路基因模块,揭示了外源褪黑素诱导下调控山羊绒生长候选基因集191个mRNA和49个lncRNA的共表达调控网络关系。4)发现候选基因集与皮肤发育生物学过程(|NES|>1且FDR<25%)、Hippo信号通路(|NES|>1且FDR<25...