基于线粒体DNA控制区（mtDNA Dloop）序列分析瓢鸡的遗传多样性

 采用PCR产物直接测序技术对云南省镇沅县50只瓢鸡样品的线粒体DNA控制区（mtDNA D loop）第Ⅰ高变区序列进行了分析。结果表明：在所分析的Dloop区序列中（520bp）,T,C,A,G平均含量分别为30.4%,29.6%,27.4%,12.6%;共检测到27个核苷酸多态位点,其中24个为转换,3个为颠换,序列突变率为5.19 %;序列存在13种单倍型,单倍型多样度(H)为0.883±0.028,核苷酸多样度(π值) 为0.01503±0.00099,表明瓢鸡群体内遗传变异较丰富。瓢鸡样品可划分为A,B,E,F,G等5个世系,在NJ无根系统树上聚为5大枝,揭示瓢鸡在遗传组成上具有5个母系血统来源。     

黑龙江腐烂茎线虫群体的分离和鉴定

 本研究对分离自黑龙江省马铃薯中的1个线虫群体Hp1进行形态观察与测量,采用线虫通用引物对其rDNA-ITS进行扩增与序列分析,利用PAUP软件以ML法构建系统发育树,并测定其致病性。结果显示,该线虫群体有6条侧线,头部略缢缩,口针明显,中食道球呈长纺锤形,食道峡部窄而细长;雌虫阴门稍突起,后阴子宫囊较长;雄虫交合刺略向腹面弯曲,引带短,具交合伞。其形态测量值与腐烂茎线虫(Ditylenchus destructor)基本一致。rDNA-ITS PCR扩增片段916 bp,经BLAST比对,该ITS序列与腐烂茎线虫序列相似度最高。系统发育树显示,该群体没有与腐烂茎线虫A、B基因型群体聚在一起,而是与C、D型群体聚为1个分支,且与C型亲缘关系更近。据此,将群体Hp1鉴定为腐烂茎线虫C基因型,这是首次在黑龙江省发现腐烂线虫为害马铃薯。     

粳稻分蘖数全基因组关联分析及候选基因的挖掘

【目的】利用全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)检测与粳稻分蘖数显著相关的SNP位点,筛选影响分蘖数的候选基因,为分子辅助育种提高产量提供理论基础。【方法】利用295份来自世界各地的粳稻品种,于2018和2019年分蘖盛期调查水稻分蘖数,结合高通量重测序获得的788 396个高质量多态性SNP,利用TASSEL 5.0软件的MLM模型进行全基因组关联分析,对GEC软件计算的有效独立SNP数目进行阈值确定,判定SNP标记与目标性状关联的显著性。根据2年检测到的峰值SNP和水稻每条染色体LD衰减距离,确定2年共定位分蘖数主效QTL,并进一步提取QTL区间内所有基因外显子区非同义突变SNP和启动子区SNP进行单倍型分析,结合基因注释筛选影响粳稻分蘖数候选基因。【结果】295份粳稻品种的分蘖数在2018和2019年总趋势基本一致,并且均具有较大的表型分布。通过全基因组关联分析,在P<5.46×10-6阈值条件下,从第8、9和10染色体上共鉴定3个与粳稻分蘖数相关的QTL(qTiller8、qTiller9和qTiller10),其中,在...     

中国荷斯坦牛SLC11A1基因多态性与乳腺炎的相关性研究

 【目的】通过研究中国荷斯坦牛SLC11A1基因多态性与乳腺炎性状间的相关性,为奶牛乳腺炎抗性选育提供参考。【方法】采用巢式PCR、降落PCR和DNA测序等技术,研究分析771头牛SLC11A1基因外显子10、内含子9和11的基因多态性,采用SHEsis和PHASE软件进行配对连锁不平衡和单倍型分析。【结果】发现4个不连锁的SNPs,分别为内含子9的6 067（A/G）、6 358（C/T）,外显子10的7 155（A/G）和内含子11的7 809（A/T）;其中,6 067（A/G）、6 358（C/T）和7 809（A/T）为新SNPs。不同基因型与乳腺炎相关性分析结果表明,SLC11A1基因的6 358（C/T）和7 155（A/G）对SCS和产奶量有显著影响（P＜0.05）,6 358（C/T）的CC基因型和7 155（A/G）的AA基因型是优良基因型;单倍型分析表明,群体中共发现16种单倍型组合,其中CAAA是优良的单倍型组合,其个体的SCS低、产奶量高。【结论】SLC11A1基因CAAA单倍型组合可能是奶牛SCS和产奶量的优良基因型和单倍型组合,可作为分子标记应用于奶牛乳腺炎抗性筛选。     

大豆芽期耐旱性QTL定位及相关基因挖掘

大豆（Glycine max）是世界范围内重要的粮食作物和油料作物。近年来我国东北地区春播期间干旱天气频发,导致大豆种子发芽质量差、出苗率低。为解析芽期耐旱遗传机制,本研究采用20%的聚乙二醇（PEG-6000）模拟干旱胁迫对201份染色体片段代换系材料进行芽期耐旱性鉴定。以干旱条件下发芽势、发芽率、发芽指数、相对发芽势、相对发芽率、相对发芽指数与干旱伤害率为鉴定指标,聚类分析得到19份耐旱材料、131份中间型材料和51份敏感材料。采用完备区间作图方法（ICIM）法对各鉴定指标进行QTL定位,共定位到3个QTL,其中qDT-4-1与qDT-15-2在多个性状中被定位到。在qDT-4-1与qDT-15-2中共注释到17个基因,通过双亲间氨基酸序列比对和实时荧光定量分析,推测基因Glyma.15G196400可能与大豆芽期耐旱相关。利用258份大豆种质资源对候选基因Glyma.15G196400进行单倍型分析,得到2个优异单倍型Hap-1和Hap-2。两个优异单倍型Hap-1和Hap-2在启动子区域-2001bp处存在G-A的变异,引起CAAT-box变异,两个优异单倍型的发芽率、发芽势和发芽指标分别在0.05水平上差异显著,说明该候选基因在大豆群体中具有广泛的适用性。本研究将为大豆芽期耐旱育种提供优质材料以及为芽期耐旱遗传机制解析提供理论指导。     

江苏地区Q型烟粉虱的单倍型分析

为明确江苏地区Q型烟粉虱的遗传多样性及其入侵来源,基于mt DNA COI基因序列,对2010、2011年采自江苏13个市的Q型烟粉虱种群进行了单倍型分析。结果显示,江苏地区Q型烟粉虱有4个单倍型,分别为单倍型Q1、Q2、Q3、Q4,不同单倍型的分布和发生频率不同,其中单倍型Q2是13个地理种群的共享单倍型,2010、2011年的发生频率均超过50%;单倍型Q1和Q3分别是部分地理种群的共享单倍型,发生频率较低;单倍型Q4仅在扬州种群中出现,发生频率最低;单倍型Q1和Q3亲缘关系较近,单倍型Q2和Q4亲缘关系较近,表明各地理种群间既有一定的基因交流,也存在一定程度的遗传分化;系统发育分析表明,江苏地区的Q型烟粉虱可能来源于西部地中海地区,与日本的Q型烟粉虱具有相同的入侵来源。     

甘肃省部分地区马铃薯晚疫病菌交配型及线粒体DNA单倍型分析

由致病疫霉Phytophthora infestans(Mont.) de Bary侵染引起的马铃薯晚疫病是一种世界范围内的毁灭性病害。为了明确甘肃省马铃薯晚疫病菌的遗传结构,对2018年甘肃省定西市、张掖市和陇南市采集的130株晚疫病菌进行了交配型和线粒体DNA (mtDNA)单倍型测定。结果表明：从130株晚疫病菌中检测到A1和A2两种交配型,A1交配型为14株(10.77%),A2交配型为116株(89.23%);检测到Ⅰa、Ⅱa和Ⅱb 3种线粒体DNA单倍型,发生频率分别为88.46%、3.85%和7.69%。Ⅰa单倍型菌株的交配型为A1和A2,Ⅱa单倍型菌株交配型为A1和A2,Ⅱb单倍型菌株交配型为A1。该结果表明甘肃省部分地区马铃薯晚疫病菌以A2交配型,Ⅰa mtDNA单倍型为主。甘肃省各采集地晚疫病菌群体结构或与当地种薯繁育、调运有关。     

水稻MKKs家族基因成员OsMKK4的不同等位基因型及自然变异对籽粒的影响

MAPK信号通路中的MKKs家族基因在水稻生长发育和防御信号传导中起承上启下的作用, 并参与调控多种生物学过程。本研究通过生物信息学分析, 鉴定了水稻中的MKKs基因, 并构建了它们的系统发育树, 揭示了MKKs家族基因的保守性和多样性。利用基因编辑技术, 编辑日本晴水稻品种中OsMKK4基因, 成功获得了6种该基因不同突变类型的材料, 其粒长、粒宽和千粒重均较野生型显著降低。单倍型分析结果表明, OsMKK4基因的单倍型有明显的籼粳分化, 主要为Glu¹⁴粳型和Leu¹⁴籼型。含有Glu¹⁴粳型稻的平均粒长较低, 平均粒宽和千粒重较高。此外, 将Kasalath中带有Leu¹⁴单倍型的OsMKK4基因导入日本晴, 导致DHX (CSSL)的粒长、粒宽和千粒重较日本晴显著降低; 与Kasalath相比, 代换系的粒宽和千粒重显著增加。本研究探索了OsMKK4基因的重要单倍型对水稻籽粒的影响, 为更精确的分子设计育种提供基因资源和策略。     

江淮水牛线粒体D-loop区和Cytb基因遗传多态性及系统发育分析

为研究安徽江淮水牛群体的分子种质特性,本试验测定了江淮水牛2个亚群共82个个体的线粒体D-loop区和细胞色素b基因完整序列,分析了序列遗传多态性及系统进化关系,并结合GenBank中已发表的141条中国水牛D-loop序列,进行了联合分析。结果在D-loop区内共发现核苷酸多态位点91个,组成104个单倍型,其中32个是在江淮水牛中新发现的单倍型。总体mtDNA D-loop区核苷酸多样性为(0.015 43±0.001 42),单倍型多样性为(0.948±0.009)。其中,江淮水牛的mtDNA D-loop区核苷酸多样性为(0.014 89±0.002 32),单倍型多样性为(0.955±0.013),表明其群体遗传多样性丰富,群体变异性水平与中国其他水牛群体接近。根据线粒体D-loop区单倍型构建系统树和进化网络,显示江淮水牛存在沼泽型水牛线粒体支系A和B,表明其具有2个线粒体母系来源,其中B支又分为b1和b2两个亚支;针对细胞色素b基因的进化分析也支持这一结论。这些研究结果为今后开展江淮水牛遗传资源的保护和利用提供了客观依据。