猪繁殖与呼吸综合征诊断技术研究进展

猪繁殖与呼吸综合征（porcinere productive and resDimtorysyndrome，PRRS）是由猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）引起的，PRRSV属于尼多病毒目（Nidorales）动脉炎病毒科动脉炎病毒属的成员，根据病毒的抗原性，基因组及致病性的差异，PRRSV可分为2个型，即欧洲型和美洲型，两种毒株间氨基酸的同源性为78％～81％。该病于1987年最早发现于美国^[1]。     

黄瓜抗病基因类似序列( RGA) 的同源性分析和Southern鉴定

 使用ClustalW和DNAMAN 3.0分析了本实验室克隆的15个黄瓜抗病基因类似序列(RGA)之间以及与烟草的N 基因、亚麻的L6基因和拟南芥的RPS2基因之间的同源性, 并对这些RGA进行了PCR和Southern验证与分析。结果表明: 15个黄瓜RGA中, 核苷酸序列同源性最高的是CsRGA2、CsRGA4和CsRGA5, 其次是CsRGA6、CsRGA7、CsRGA8和CsRGA9, CsRGA1和CsRGA3也存在较高的同源性; 其余的RGA同源性较低。在氨基酸序列上也表现了相同的特征。与N、L6和RPS2等抗病基因的产物之间同源性最高46% , 最低22%。根据核苷酸序列设计了15对特异引物, 用PCR方法验证了所有黄瓜RGA的存在, 其中CsRGA3在黄瓜品种间表现出多态性。利用特异引物PCR方法合成了15个黄瓜RGA的地高辛探针, 与EcoRⅤ酶解的黄瓜‘215’、‘129’和‘L18’的基因组DNA进行Southern杂交, 证实了各个RGA在基因组上的存在, 同时发现, CsRGA9、CsRGA11～CsRGA15都是多拷贝,CsRGA3是单拷贝, 其余为双拷贝。     

猪瘟兔化弱毒疫苗株基因组的遗传变异分析

参照已发表的猪瘟病毒基因组序列设计了9对引物，用RT-PCR从猪瘟兔化弱毒疫苗株细胞培养物中扩增得到了覆盖猪瘟病毒基因组全长的9个cDNA片段，将所得cDNA片段分别克隆至pMD18-T载体中，经测序和拼接后，获得了猪瘟兔化弱毒疫苗株基因组全序列。序列分析表明，猪瘟兔化弱毒疫苗株基因组全长12310个碱基，其5’非编码区（5＇-NCR）和3＇-NCR分别由373和239个碱基组成，在3’末端有富含T的碱基插入，其间为1个大的开放阅读框架，编码3898个氨基酸残基的多聚蛋白，与国内外已发表的另外7个猪瘟兔化弱毒疫苗株基因组全序列相比，核苷酸同源性为98．7％～99．9％，氨基酸同源性为98．6％～99．9％。基因组全序列比较显示，猪瘟兔化弱毒疫苗株基因组在遗传上相当稳定。     

西尼罗病毒的基因进化分析

为更好的了解西尼罗病毒在世界各地的流行特征,从GenBank中随机选取45株西尼罗病毒的全基因或部分基因序列,进行同源性分析构建了基因进化树.发现西尼罗病毒可以分为两个谱系,1系病毒广泛分布在非洲西部、中东、东欧、印度、美国和澳大利亚等地,2系病毒分布在非洲亚撒哈拉、马达加斯加等地.1系的西尼罗病毒可进一步分为3个分支.对其中的22株西尼罗病毒部分基因序列进行同源性比较,发现1系病毒之间核苷酸同源在76.8%以上,氨基酸同源性在78.3%以上,而2系病毒与1系病毒核苷酸同源性约为64.7%～76.2%,氨基酸同源性约为64.7%～93.0%.     

副猪嗜血杆菌部分16S rRNA基因的克隆及序列分析

副猪嗜血杆菌(Haenophilus parasuis,Hps)为副猪嗜血杆菌病的病原体。目前,副猪嗜血杆菌地方分离株基因背景研究国内报道不多,试验针对临床分离的2株Hps进行16S rRNA基因片段的扩增、克隆、测序及同源性比较,以期在分子水平对副猪嗜血杆菌进行鉴定。1材料与方法1.1菌种和质粒副     

不同动物源性大肠杆菌多重耐药调控基因rob的同源性分析

为研究大肠杆菌多重耐药调控基因rob与不同动物源性及多重耐药水平之间的关系，选取临床分离的不同动物源性大肠杆菌5株及大肠杆菌药敏质控株ATCC25922，在对其进行主要治疗药物耐药性检测的基础上，分别以其染色体DNA为模板，通过PCR反应扩增出大肠杆菌多重耐药调控基因rob，将该基因分别与克隆载体pMD18-T连接，连接产物转化至大肠杆菌JM109感受态细胞中，对经酶切与PCR反应鉴定为阳性的克隆质粒进行了核苷酸序列测定。测序结果表明：不同动物源性大肠杆菌的rob基因与Gen-Bank中该基因的核苷酸序列及所推导的氨基酸序列的同源性较高。不同源性大肠杆菌的rob基因的核苷酸序列与其动物源性有关，该基因的核苷酸序列的个别突变位点可能影响AcrAB外输泵的表达水平，进而影响其多重耐药水平。     

猪瘟野毒不同代次E2基因主要抗原编码区序列差异分析

利用RT－PCR及序列测定对5株猪瘟野毒14个不同代次毒株E2基因主要抗原编码区序列进行了分析。结果表明每个野毒的不同代次毒株核苷酸及氨基酸序列均呈现较高的保守性，核苷酸及氨基酸序列均无变化，核苷及氨基酸同源性均为100%。与02号野毒相比，其他4株野毒核苷酸及氨基酸同源性分别为82.0%-99.5%、84.1%-98.6%。遗传衍化分析结果表明所有毒株被分成2个基因组，每个基因组又分成2个基因亚组。03、05和22号毒株位于第一基因组，02、06号毒株位于第二基因组。每一个毒株的不同代次毒株均位于同一基因组、同一基因亚组。证实了猪瘟病毒分子结构的遗传稳定性。     

猪瘟病毒石门株不同代次E2基因主要抗原编码区序列差异分析

利用RT－PCR及序列测定对猪瘟病毒石门株不同代次毒株E2基因主要抗原编码区及同一代次不同年代主要抗原编码区序列进行了分析，结果所有毒株E2基因主要抗原编码区序列呈现较高的同源性，石门株不同代次毒株E2基因主要抗原编码区核苷酸及氨基酸同源性分别为97．7％－100％，97．3％－100％；同一代次不同年代主要抗原编码区序列核苷酸及氨基酸同源性均为98．6％－100％。只有3个代次毒株发生较小的变异，核苷酸及氨基酸呈现1－3个碱基或氨基酸的变异，其他代次的毒株序列完全一致。初步证实了猪瘟病毒分子结构的遗传稳定性，说明猪瘟病毒的变异可能更多的与种群病毒的优势选择有关。     

白菜WRKY转录因子CDNA片段的克隆

WRKY转录因子是一类含有WRKY氨基酸的锌指蛋白，到目前为止，仅在植物中被发现(Yu et al．，2001)。WRKY蛋白含有1个或2个十分保守的WRKY区域，但在保守区域外基因间的同源性较低(Chen and Chen，2002)。本研究参照拟南芥WRKY转录因子保守序列设计简并引物，通过RT-PCR方法获得白菜WRKY转录因子cDNA序列，为克隆该转录因子全长cDNA提供基本资料。     

新疆红胫戟纹蝗痘病毒包涵体蛋白基因序列分析

通过对红胫戟纹蝗痘病毒Dociostarus kraussi EPV(DkEPV)包涵体蛋白基因克隆、测序与同源性分析,结果显示,DkEPV包涵体蛋白基因包含2 922 bps的开放阅读框架, 编码109.4 kDa蛋白质.与鳞翅目及鞘翅目昆虫痘病毒包涵体蛋白氨基酸的同源性小于20;,而与其他直翅目昆虫痘病毒包涵体蛋白氨基酸的同源性均高于80;.DkEPV包涵体蛋白包含19个半胱氨酸位点,主要分布在C-末端.此包涵体蛋白基因启动子区域基因,富含A+T,并且具有典型的痘病毒晚期启动子信号TAAATG,直翅目昆虫痘病毒之间此序列保守.同时在此痘病毒包涵体基因的下游克隆了另一个不完整的基因序列,与血黑蝗痘病毒的MSV072基因同源,与包涵体蛋白基因比邻但方向相反.