阿留申病毒大连株非结构蛋白基因的克隆与序列分析

根据Genbank上发表的水貂阿留申病毒基因序列数据,设计了3对引物,采用PCR的方法分别对ADV-DL1、ADV-DL2株非结构蛋白基因进行扩增,将各片断克隆至pMD18-T载体,经PCR鉴定后进行了序列测定和分析。结果显示,ADV-DL1、ADV-DL2与GenBank上公布的ADV毒株相比,核苷酸序列同源率NS1为85.9%~90.0%,NS2为85.1%~92.7%,NS3为83.0%~95.1%。ADV-DL1与ADV-DL2同源率NS1为93.7%,NS2为95.6%,NS3为98.5%。氨基酸同源率NS1为82.8%~85.8%,NS2为80.7%~92.1%,NS3为72.9%~95.4%。ADV-DL1与ADV-DL2同源率NS1为90.3%,NS2为92.1%,NS3为95.4%。     

益生芽孢杆菌B.licheniformis29质粒Pbl29性质的研究

质粒pBL29为闭合环状质粒，酶切分析证明质粒pBL29有大量的单酶切位点，如EcoR I、Sma I、Hind Ⅲ、Bgt Ⅱ、Pst I、Xba I、BamH I等，并根据限制性酶切各片段的分子量作出了质粒pBL29的内切酶图谱。对质粒pBL29进行测序和分析，证明了其大小为3711bp，具有大量的单酶切位点、编码卡那霉素抗性基因以及富含A／T序列的复制起点。     

鸡新城疫病毒洛阳分离株HN基因的克隆和序列分析

应用RT PCR技术从新城疫病毒洛阳分离株中扩增HN的cDNA片段,并将其克隆至pMD18 T载体进行核苷酸序列测定。结果表明:新城疫分离株HN基因片段长度为1716bp,编码571个氨基酸;推测出的氨基酸序列中有5个糖基化位点,12个半胱氨酸残基;与国内外的14株新城疫毒株HN基因相比,核苷酸和氨基酸同源性分别为66.4%~98.5%和87.8%~98.3%;与标准毒株Lasota和Clone30的亲缘关系较远,核苷酸和氨基酸差异性较大,而与天津分离株和云南分离株的亲缘关系较近,基本属于同一基因群。     

伏牛白山羊mtDNAD—loop序列多态性和系统进化分析

为研究河南省伏牛白山羊的遗传多样性和系统进化,试验测定了该品种8个个体的线粒体控制区全序列,结果表明,山羊控制区线粒体控制全序列长度为1212bp或1213bp,A T含量占60.1%,其中40个核苷酸位点存在变异(约占3.30%),核苷酸多样度为1.562%,这些差异共定义了7种单倍型,单倍型多样性为0.964,表明中国山羊品种遗传多样性丰富。根据伏牛白山羊序列和GENBANK两条野山羊序列构建了NJ分子系统树,聚类表明,伏牛白山羊和角骨羊单独聚在一枝上,二者亲缘关系较近,伏牛白山羊可能起源于角骨羊。     

小麦根高亲和NO_3~-转运体全长基因(TaNRT2.1)的克隆和鉴定

 在前期获得的 pTaAF 的工作基础上,采用 RACE 方法进一步克隆和鉴定了小麦根 NO3 转运体全长基因-(TaNRT2.1)。将TaNRT2.1和已知的硝态氮转运体基因家族进行同源性比较,指出TaNRT2.1属于HATS中的NRT2家族。Southern　印迹揭示小麦基因组中有1个TaNRT2.1拷贝。Northern　分析示出硝态氮可瞬时诱导TaNRT2.1　mRNA积累,NO 处理 1 h　TaNRT2.1　mRNA很快增加,4　h 达到最大,24　h恢复至诱导前水平,具根专一表达特点。 - 3     

Confirmation of hybrid origin in Arisaema (Araceae) using molecular markers

A population of hybrids between Arisaema triphyllum subsp. stewardsonii and A. dracontium was investigated using molecular markers to document the hybrid origin. Total genomic DNA was extracted from A. triphyllum, A. dracontium, and the hybrids, and subjected to sequence analysis of various regions of intergenic spacer and genes of chloroplast or intergenic spacer and genes of nuclear ribosome for single nucleotide polymorphisms (SNPs). Clustering was performed using the unweighted pair group method with averages (UPGMA) tested by bootstrap (BS). Hybrid origin could not be easily confirmed in some regions. However, dendrograms constructed with a combined sequence analysis of A. triphyllum 26S ribosomal RNA gene [sequence identification (SI) 467] plus A. tortuosum phytochrome C-like (phyC) gene (SI 468) were very similar to dendrograms constructed from sequences of all regions. This suggests that selecting SI 467 and SI 468 would be practical to identify hybrid origins involving two parental species. Clustering of hybrids together with the female parent in most target regions suggests that, in Arisaema, cpDNA is considered maternally inherited.     

基于相关向量机的双变量施肥控制序列优化

提高变量施肥精度和均匀性的关键在于减小变量机构的响应时间,选择最佳控制参数。提出了一种基于相关向量机的开度转速双变量施肥控制序列决策方法。首先考虑了施肥处方中前、中、后相邻3次施肥量的相互影响,综合了开度和转速的响应时间和工作死区等特性,利用非线性规划方法实现最佳控制参数的决策,避免了小施肥量下的大开度、小转速现象,减小了对外槽轮脉动性的影响。为了协调车载计算机运算能力与控制响应的矛盾,利用相关向量机实现了施肥控制序列的近优实时计算。室内试验结果表明,平均施肥误差比原方法减小了4%,同时该方法有效地避免了极端情况下电动机无法驱动排肥转轴的情况。田间作业试验证明,使用该方法的施肥机指令响应及时,施肥均匀、准确,证明了方法的实用性。     

番茄不孕病毒BJ株系基因组测定与侵染性克隆

番茄不孕病毒(Tomato aspermy virus,TAV)可侵染包括藜科(Chenopodiaceae)、茄科(Solanaceae)等在内的24个双子叶家族和3个单子叶家族的100多种植物,是具有重要经济价值的植物病毒之一.为研究TAV BJ株系(Tomato aspermy virus,TAV-BJ)的基因组功能,本实验对TAV-BJ基因组克隆测序,并构建侵染性克隆.以TAV-BJ侵染心叶烟(ic otiana glutinosa)的总RNA为模板,RT-PCR获得其RNA2和RNA3;以TAV-BJ的dsRNA为模板,RT-PCR获得全长RNA1,目的片段PCR产物克隆测序获得TAV-BJ基因组全序列信息.RNA1全长3 409 nt,编码994个氨基酸的1a蛋白;RNA2全长3 023 nt,含2个开放阅读框(open reading frame,ORF),2a ORF编码829个氨基酸的2a蛋白,2b ORF编码78个氨基酸的2b蛋白;RNA3全长为2 216 nt,包含2个ORF,3a ORF编码247个氨基酸的3a蛋白,外壳蛋白(coat protein,CP)ORF 编码219个氨基酸的CP蛋白(TAV-BJ基因组RNA1、2和3 GenBank登录号分别为HQ424163,HQ424164和HQ424165).TAV-BJ基因组cDNA克隆体外转录成RNA并接种于心叶烟上,结果表明转录产物在寄主上的症状反应和TAV-BJ病毒粒子RNA的接种相一致,TAV-BJ基因组cDNA侵染性克隆具有活性.由TAV-BJ各个基因片段与缺失2b基因的黄瓜花叶病毒Fny株系(Cucumber mosaic virus,CMV-Fny△2b)构建的假重组病毒接种于心叶烟,结果显示TAV-BJ的RNA2和RNA3能恢复CMV-Fny△2b在寄主上症状反应.嵌合型RNA3F3aTcp和RNA3T3aFcp的症状反应结果表明,F1F2△2bRNA3 T3aFcp在寄主上产生花叶症状与F1 F2△2bT3相一致.本研究获得TAV-BJ的基因组序列,成功构建侵染性克隆,同时发现TAV-BJ的3a基因具有CMV-Fny的2b基因的某些功能.     

西农萨能羊47kD尾部相互作用蛋白基因(TIP47)的cDNA克隆、序列结构分析与组织表达

47kD尾部相互作用蛋白基因(tail-interacting protein47,TIP47)是影响脂滴形成和代谢的重要基因。本实验以西农萨能羊(Capra hircus)的乳腺组织为研究材料,采用RT-PCR和RACE,克隆了山羊TIP47基因的cDNA全长序列。结果得到TIP47基因cDNA序列全长1906bp(GenBank收录号为:HQ846827),包括5'UTR82bp,完整编码区1314bp及3'UTR510bp,编码蛋白质的氨基酸数为437,分子量47.36kD,等电点(pI)5.14。对TIP47基因的核苷酸和氨基酸序列分析发现,山羊的TIP47与GenBank中牛(Bos taurus)、人(Homo sapiens)、小鼠(Mus musculus)和猪(Sus scrofa)的TIP47相似性较高。蛋白质结构分析显示,TIP47不存在信号肽序列和跨膜结构;疏水性分析发现,其N端疏水性较强,中间靠近C端部分亲水性较强;三级结构分析发现,其C端呈大写的L形;该基因的遗传距离分析发现,山羊与牛的亲缘关系最近,其次是猪和人。通过RT-qPCR技术对TIP47基因进行了组织表达分析,发现所检测...