MicroRNA-193a-3p在前列腺癌患者癌组织和血液中的表达

目的 观察微小RNA(microRNA)-193a-3p在前列腺癌患者癌组织及血清中表达.方法 采用实时荧光定量PCR检测32例前列腺癌患者血清、癌组织、癌旁组织及20例健康人血清中microRNA-193a-3p表达.结果 前列腺癌患者血清中microRNA-193a-3p表达明显低于正常对照[(0.58±0.11) vs (1.06±0.14),P＜0.05],且癌组织中microRNA-193a-3p表达明显低于癌旁组织[(0.35±0.07) vs (1.03±0.13),P＜0.01].结论 microRNA-193a-3p可能是前列腺癌的潜在抑制因子.     

多重实时荧光PCR快速检测转基因大豆

采用多重实时荧光PCR技术,对大豆筛选基因35S启动子(cauliflower mosaic virus,CaMV 35S)、NOS终止子(nopaline synthase,NOS)和内源基因Lectin设计合成了多对检测引物和探针,在筛选各基因合适的检测引物和探针的基础上,摸索引物组合和扩增条件,最终确定合适的探针引物组合和试验条件,建立转基因大豆快速初筛技术。该方法可在1 h内同时完成对转基因大豆3个基因片段的实时荧光PCR检测。方法特异性强,灵敏度高,可用于大豆转基因成分的快速检测,大大提高检验效率,可为消费者的食品安全及我国大豆的进出口检验提供有效的技术支持。     

新疆南疆某规模牛场牛传染性鼻气管炎PCR鉴定与分析

本试验对15份疑似感染牛传染性鼻气管炎(IBR)患牛鼻腔分泌物样品提取病毒DNA,以gB基因特异性引物进行PCR扩增,测序、核苷酸同源性分析。结果显示,在15个样品中检测出3个牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)核酸阳性样本,检出率为20%,其中1个样本提交GenBank(KY348790),命名为IBRV-4T3-1,3个IBRV核酸阳性样本之间核苷酸同源性达到99%以上,而与IBRV参考株gB基因核苷酸同源性为88.8%以上,构建的gB基因遗传进化树表明,IBRV-4T3-1与参考株亲缘关系较近,处于遗传进化树中同一分支上,属于α疱疹病毒亚科水痘病毒属(Varicellovirus)牛疱疹病毒Ⅰ型(BHV-1)。结合发病情况、临床症状,确认疑似患牛感染IBRV。     

高含固率木质纤维素厌氧发酵物总DNA的4种提取方法比较

不同的样本特性和提取方法对获得微生物总DNA的质量有重要影响。文章基于高含固率木质纤维素厌氧发酵物腐殖酸、酚类物质含量高、质地均一性差、微生物浓度低的特点,研究了4种方法提取不同高含固率粪秸厌氧发酵物中微生物总DNA的效果。结果表明,常规的十二烷基磺酸钠法(sodium dodecyl sulfate,SDS)、十二烷基磺酸钠和溴化十六烷基三甲铵结合法(sodium dodecyl sulfate and cetyltrimethyl ammonium bromide,SDS-CTAB)和商业的粪便试剂盒法提取的DNA质量均较差,SDS法和试剂盒法未能获得聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增目的条带,SDS-CTAB法得到的条带较模糊;改进SDS-CTAB法获得的DNA杂质少、纯度高,具有较好的稳定性,A260/A280和A260/A230值分别为1.74~1.86和1.65~1.86,每克样品的DNA浓度在50 ng·μL^-1以上,电泳条带单一齐整、清晰明亮,PCR扩增的目的条带清晰度高,适宜后续分子生物学技术的分析。林格氏液洗脱、聚乙烯吡咯烷酮-40(Polyvinyl Pyrrolidone-40,PVP-40)洗涤液除杂以及裂解液和多种酶联合破壁是改进SDS-CTAB法获得该类专一性样本高质量微生物总DNA的关键步骤。     

miR-378在牛不同组织中的表达规律及功能分析

为探索miR-378在牛不同组织中表达量差异及其靶基因的调控功能,通过实时荧光定量PCR验证其在牛不同组织中的表达规律,同时将实时PCR中获得的数据用Realplex软件进行基因相对表达差异分析。在牛不同组织中,miR-378表达量在大脑和小肠中的表达量约为肝脏的3倍和4.5倍,而在脾脏中的表达量约为肝脏的8倍。从miR-378的表达规律可以推测其对牛大脑、小肠、脾脏功能及代谢有一定调节作用。应用生物信息学分析miR-378候选靶基因及其功能,并应用双荧光素酶报告验证SLC26A9为miR-378靶基因,证明miR-378可能通过靶向调控其靶基因而发挥作用。     

鹿流行性出血病病毒实时荧光PCR检测方法的初步建立

利用鹿流行性出血病（EHD）病毒核酸的保守靶序列（VP7）,设计引物和TaqMan荧光探针,建立了EHDV荧光定量RT-PCR技术,并进行了特异性、敏感性、重复性等实验评价。结果显示,该技术可有效检出EHD-1、EHD-2、EHD-4、EHD-7型病毒,与蓝舌病病毒（BTV）等病毒无交叉反应;对阳性模板（重组质粒）的检测灵敏度为1个copies;重复检测CV〈5%。因此,所建立的EHDV TaqMan/荧光定量RT-PCR方法可为鹿流行性出血病病毒检测提供一种快速、可靠的病原检测手段。     

食品中金黄色葡萄球菌PCR检测方法的建立

采用PCR技术特异性扩增金黄色葡萄球菌的耐热核酸酶编码基因(nuc基因),检测模拟样品中金黄色葡萄球菌。结果表明所建立的模拟食品中金黄色葡萄球菌的PCR检测方法,特异性良好,敏感性可达61.76pg/μl。     

ToCV和TYLCV复合侵染番茄后部分病毒基因序列分析及实时荧光定量PCR分析

番茄褪绿病毒病(ToCV)和番茄黄化曲叶病毒(TYLCV)存在复合侵染的现象,其发病率逐年递增,成为一种新的威胁番茄产业的病毒病害。为了研究复合侵染样品中2种病毒的互作和基因变异情况,对天津番茄产区发生的TYLCV全基因组和ToCV的CP基因和HSP基因进行了克隆和序列分析。结果表明,与单独侵染样品进行比对,TYLCV的基因序列在复合侵染的样品中共有6处碱基发生了变异,分别为73位A→C、92位A→G、347位C→T、1 209位C→T、1 618位A→G、2 107位A→T,除73位和92位的变异未在编码区,其余的变异碱基均在ORF框内,其中1 209位为同义突变,其他均发生了错义突变。ToCV的CP基因有1处同义突变,ToCV的HSP基因共有4处碱基变异,其中826位由T→C和1 166位由G→A均为同义突变,1 395位和1 630位均由A→G,为错义突变。利用实时荧光定量PCR技术对单独侵染和复合侵染的番茄样品中TYLCV和ToCV病毒积累量进行分析。结果表明,在田间单独侵染和复合侵染的样品中, TYLCV的拷贝数差异不显著,ToCV的拷贝数在单独侵染和复合侵染的样品中差异也不显著。在复合侵染的样品中,TYLCV的拷贝数约为ToCV的262～436倍。     

屠宰猪猪肺炎支原体P36、P46、P97 R1、P146氨基酸序列的差异分析

为了解猪肺炎支原体流行菌株遗传变异情况,选取2014-2017年不同时间、地点收集的17头猪肺炎支原体阳性屠宰猪肺脏灌洗液DNA为模板,进行猪肺炎支原体P36(编码具有强免疫原性的胞浆蛋白)、P46(编码具有强免疫原性的表面蛋白)、P97 R1区、P146高变区(猪肺炎支原体黏附气管纤毛细胞的重要功能区域)基因的PCR扩增、测序。结合GenBank登录的猪肺炎支原体相关序列进行氨基酸序列的比对分析。结果表明,比对的序列之间,P36、P46蛋白氨基酸序列同源性均在98.9%以上,但P97功能区R1区、P146多变区在菌株间存在较大差异。11个屠宰猪样本和5个GenBank登录菌株P97 R1区重复氨基酸序列数量达到14个以上,而GenBank登录的3个疫苗相关菌株(168株、168-L株、J株)及另外4个菌株、4个屠宰猪样本重复序列为9～11个不等;P146高变区氨基酸序列的差异主要集中在2个重复氨基酸序列区(R1、R2),GenBank登录的168株、168-L株、J株以及另外2个菌株,1个屠宰猪样本在R1区出现较多氨基酸缺失。168株、168-L株,6个屠宰猪样本及另外3个GenBank登录菌株在R2区出现了3～9个不等的氨基酸缺失。利用DNAStar进行抗原表位预测发现,菌株间P97 R1、P146 R1、P146 R2区氨基酸序列的差异,导致了抗原表位出现明显的变化。提示开展P97、P146等黏附因子的筛选和研究或许能进一步提升疫苗阻止猪肺炎支原体黏附气管纤毛细胞的作用,从而进一步改善疫苗的免疫效果。