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H6N1亚型禽流感病毒GeXP检测方法的建立 总被引:1,自引:0,他引:1
根据基因库中H6亚型禽流感病毒(AIV) HA基因、N1亚型AIV NA基因和所有亚型AIV M基因序列,分别设计筛选出3对特异性引物,优化反应条件,建立了H6N1亚型AIV GeXP检测方法。该法对H6亚型AIV的检测出现194 bp (H6)、164 bp (AIV通用检测) 2个目的峰,对N1亚型AIV的检测出现249 bp (N1)、164 bp 2个目的峰,对H6N1亚型AIV的检测出现194 bp、249 bp和164 bp 3个目的峰,对其他亚型AIV的检测只出现164 bp通用检测目的峰,对常见禽病病原体均未出现任何检测峰;该法对H6亚型和N1亚型AIV检测下限为102拷贝/μL。本研究建立的H6亚型和N1亚型AIV高通量GeXP检测方法特异性强、灵敏度高,可同时快速鉴别检测H6亚型、N1亚型和所有亚型AIV,为H6N1亚型AIV的检测提供了一种简便、快速和有效的方法。 相似文献
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为了解广西鸡舍内主要环境因子变化对蛋鸡生产性能的影响,本试验以全封闭笼养蛋鸡舍为对象,于2018年04月-2018年5月,每天监测鸡舍内环境的温度、相对湿度、CO2、NH3、H2S、SO2浓度变化,测定点设在鸡舍的前中后位置,每隔3 d测定鸡舍内细菌的总数,并分析各种环境因子与蛋鸡生产性能的相关性。结果显示,4月份和5月份蛋鸡舍内的温度与相对湿度均呈正相关关系,与CO2和NH3浓度均呈负相关关系(P<0.01),温度在29.1℃~30.2℃时,温度与产蛋率呈显著负相关(P<0.05);日均相对湿度与日均CO2浓度均呈负相关关系(P<0.01),5月份日均相对湿度与舍内日均NH3浓度呈负相关关系(P<0.05);4月份和5月份舍内日均CO2浓度与NH3浓度呈正相关关系;舍内温度、相对湿度、CO2浓度和NH3浓度与鸡舍内环境空气细菌总量有一定相关性;鸡舍内环境空气细菌总量与日均蛋鸡淘汰率、日均破蛋率相关关系不明显。试验表明,全封闭鸡舍内温度的升高对本地蛋鸡的产蛋率有显著影响,应及时调整通风和降温措施,以免影响蛋鸡的产蛋率。 相似文献
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为H9与H6亚型禽流感病毒(AIV)的监测及其防控提供技术支撑,依据Genbank中H9和H6亚型AIV的HA基因及所有亚型AIV M基因的保守序列,分别设计3对特异性引物,优化退火温度和引物浓度及其配比等条件,建立并优化可同时鉴别检测H9和H6亚型AIV的三重RT-PCR检测方法,并对所建方法进行特异性、敏感性及临床样品检测验证。结果表明:三重RT-PCR反应的最佳体系为2×PCR Mix 12.5μL,H9与H6亚型AIV cDNA共2μL为模板,特异性引物M-F和M-R(20pmol/μL)加入量为0.6μL,特异性引物H9-F和H9-R(20pmol/μL)及H6-F和H6-R(20pmol/μL)的加入量分别为0.7μL和1μL,用RNA-free水补足至终体积为25μL,退火温度53℃。该方法可在一个反应管内同时鉴别检测H9与H6亚型AIV,特异性强,敏感性高,可推广应用。 相似文献
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为了解干扰素(interferon,IFN)和干扰素刺激基因在禽呼肠孤病毒(ARV)感染DF1细胞后的表达情况,试验将ARV病毒感染DF1细胞,观察细胞病变,收集感染后0、6、12、24、36、48、72、96 h的细胞样品,抽提反转录成cDNA,通过实时荧光定量PCR技术检测干扰素IFN-α和IFN-β及9种禽源常见干扰素刺激基因在感染后不同时间点在转录水平表达量的动态变化规律。结果显示,在ARV感染DF1细胞后,DF1细胞出现典型的细胞病变,感染后12 h病毒开始快速增殖,在36~96 h维持在较高的水平;IFN-α和IFN-β在转录水平的表达量在感染后均表现为显著下调(P<0.05;P<0.01);IFI6、OAS、IFIT5、ISG12在转录水平表达量变化规律相似,均呈现显著上调表达(P<0.05;P<0.01),在感染后96 h达到峰值;其中IFIT5的上调幅度最大,感染后96 h的表达量是0 h的19.62倍(P<0.01);而Mx、IFITM3、PKR、Viperin、ZAP的表达量变化规律相似,均表现为显著下调表达(P<0.05;P<0.01),其中Mx、IFITM3、Viperin的下调幅度较大,PKR和ZAP下调幅度很小。说明在ARV感染DF1细胞后,干扰素及多种干扰素刺激基因在转录水平呈现规律性变化,与病毒在DF1细胞中复制存在一定的联系。结果表明,ARV感染后可以诱导多种干扰素刺激基因的表达,这些干扰素刺激基因在抵御ARV病毒的入侵,抑制ARV的复制、释放及病毒的清除中发挥着重要作用。本研究为今后深入研究ARV的致病机理和宿主的抗病毒免疫应答提供了参考。 相似文献
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根据GenBank中H9和H10亚型禽流感病毒(AIV)的HA基因及所有亚型AIV M基因的保守序列,分别设计3对特异性引物,并优化退火温度和引物浓度及其配比等条件,建立了可同时鉴别检测H9和H10亚型AIV的三重RT-PCR检测方法。特异性实验结果表明,该方法可以特异性地扩增出H9、H10亚型AIV及M基因对应大小的目的条带,而对其余亚型AIV仅M基因出现特异性条带,其它禽病病原体均未扩增出任何特异性条带。敏感性实验结果表明,该方法对H9、H10亚型HA基因及M基因质粒的扩增下限均为5×10~4拷贝/μL。此外,该方法对临床样品的检测结果与病毒分离及测序结果完全一致。 相似文献
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为了解广西地区血清4型禽腺病毒(FAdV-4)的基因特征,本研究对实验室前期分离的一株FAdV-4(命名为GX2019-010)进行了全基因组测序,对所获核苷酸序列进行同源性比对和遗传进化分析,并进一步分析了主要结构蛋白Hexon、Penton和Fiber的氨基酸序列。结果显示,GX2019-010全长43 719 bp,GC含量为54.9%,主要包括43个潜在蛋白质编码区域。核苷酸序列同源性比对发现,GX2019-010与致病株MX-SHP95的同源性为95.8%,与非致病株ON1和KR5同源性分别为95.0%和95.2%。遗传进化分析显示,GX2019-010与中国FAdV-4近几年的流行毒株在同一分支,而与国外FAdV-4毒株不在同一分支,说明FAdV-4存在遗传差异,主要的差异存在于基因组的右端,国内分离株均出现1 966 bp的缺失,其中包括ORF19、ORF48和ORF27基因的缺失,说明中国流行的FAdV-4具有地域性。对主要结构蛋白Hexon、Penton和Fiber的氨基酸序列分析发现,3个主要结构蛋白均有氨基酸位点的突变,其中Fiber-2的突变位点最多。本研究丰富了广西地区FAdV-4的基因库,为今后心包积液-肝炎综合征(HHS)的防控及流行病学调查研究提供了参考依据。 相似文献
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为跟踪调查广西活禽市场新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)的流行分布和分子演化特征,2018年在广西不同城市10个活禽市场随机采集鸡、鸭、鹅和鸽子泄殖腔和咽喉拭子样品2820份,通过病毒分离与F基因扩增和测序,分析其遗传进化特征。结果显示:从4种宿主中共分离得到54份NDV,包含CLASSⅠ基因1b亚型、CLASSⅡ基因Ⅰ型和CLASSⅡ基因Ⅻ型三种基因型,且发现同一宿主存在不同基因型混合感染的情况。CLASSⅠ基因1b亚型NDV占比最大(50/54,92.5%)。遗传进化分析显示,广西分离株与同基因型参考株处于不同的小分支,存在地域差异。 相似文献
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参照GenBank中禽源核苷二磷酸激酶2(NME2)基因序列,设计了NME2基因的特异性引物。采用RT-PCR扩增NME2基因,经双酶切后克隆到真核表达载体pEF1α-Myc,得到重组质粒pEF1α-Myc-NME2。将构建好的重组质粒pEF1α-Myc-NME2转染DF1细胞后,采用间接免疫荧光和Western blot技术对目的蛋白进行验证。结果表明,Myc-NME2融合蛋白在DF1细胞内得到了正确表达。本研究为后续研究禽源NME2基因的功能奠定了基础。 相似文献
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