家蚕基因芯片与表达图谱诞生查找变得方便快捷

2006年1月3日新年伊始，西南大学蚕桑学重点实验室历时一年研制出了家蚕基因芯片与表达图谱。负责此项课题的专家指出，这是我国在家蚕基因研究领域取得的叉一项重大进展，将为我国家蚕产业的发展以及人类防病找到有效途径。     

鸡呼吸道传染病基因芯片诊断方法的建立

随着养禽业集约化程度的不断提高,鸡呼吸系统疾病的发生呈逐年上升趋势.而且大多数的呼吸道疾病不是单一病原感染,而是多种病原混合感染,从临床上难以及时鉴别诊断,延误防治时机,从而给养禽业造成巨大的经济损失.因此,禽呼吸道疾病已经成为生产和研究中的一类重要疾病.目前,禽呼吸系统疾病的诊断方法主要有病毒分离、血凝（HA）、血凝抑制（HI）、琼脂扩散、ELISA、PCR等,但是传统的检测方法灵敏度较低,而且当病原发生变异或感染禽处在潜伏期时会造成误诊.PCR方法每次只能检测一种病毒,费时费力.采用基因芯片的方法可以快速、准确地同步检测多种病原体,且需要样品量少、灵敏、特异、快速、费用低廉,将生物芯片技术用于禽呼吸道疾病诊断意义重大.     

百万巨奖给"家蚕"

日前,“2006年国内十大科技新闻”在北京揭晓,西南大学蚕桑学重点实验室研制成功的家蚕基因芯片与表达图谱位列榜首。近日,西南大学正式给予这个科研团队100万元奖励,西南大学党委书记黄蓉生和校长王小佳亲手将100万元的支票授予了该校蚕桑学重点实验室。[第一段]     

用计算机手段探测晚芦基因20h连续表达趋势

以岩溪晚芦(Citrus reticulata Blanco)为试材,在果实成熟期用乙烯诱导果蒂的离层,分时段应用探针组(Probe Set ID)总数至少30302的基因芯片研究了离层基因表达情况,且同步进行了无乙烯诱导的对照实验,得到芯片两两比较结果。4h、12h和24h样品处理同样品对照的两两比较结果表明:4h、12h和24h样品处理分别至少有650个、500个和2200个探针组比样品对照显著下调表达,分别占探针组总数的2.15%、1.65%和7.26%;4h、12h和24h样品处理分别至少有550、600和1200个探针组比样品对照显著上调表达,分别占探针组总数的1.82%、1.98%和3.96%。研究首次证实了Affymetrix公司的柑橘基因表达检测芯片可应用于中国岩溪晚芦,首次发现了至少500条基因连续20h的表达趋势。     

猪传染性胃肠炎病毒检测基因芯片的构建

采用PCR扩增制备TGEV的靶基因并进行纯化,对基因芯片的最佳靶基因点样质量浓度、探针质量浓度、杂交温度、杂交时间进行筛选,选择构建检测芯片的最适靶基因,进行基因芯片探针最佳标记方法试验.结果表明,质粒PCR扩增和采用异丙醇沉淀纯化的靶基因质量好,基因芯片最佳靶基因点样质量浓度为200mg/L,最佳探针质量浓度为3 000 μg/L,预杂交时间为1 h,杂交时间为3～6 h,杂交温度为48℃,以S、S3、sM、M、N、ORF7、POL等7个靶基因为构建TGEV检测芯片的最适靶基因,确定了多重PCR扩增标记TGEV探钟的最佳体系,Cy3-dCTP标记浓度为2.5 μmol/L,构建的TGEV检测芯片与标记的混合探针杂交效果好.     

基因芯片技术在钩端螺旋体病传染源监测中的应用

为了将合成的核酸探针点样到玻片 上制备成基因芯片,先用常规PCR扩增动物 组织中钩端螺旋体特异片段,再用Cy3标记 引物,通过不对称PCR获取荧光素标记的靶 序列,然后与制备的芯片杂交,扫描仪记录结 果。同时,以PCR技术为对照,进一步观察 基因芯片技术检测动物传染源中钩端螺旋体 的特异性、敏感性及可行性。常规PCR扩增 问号钩端螺旋体阳性标本,出现单一482bp 的扩增产物,而双曲钩端螺旋体及其他螺旋 体、病原、正常动物组织均无任何DNA扩增 条带,芯片杂交结果与常规PCR方法结果一 致。用芯片和PCR对动物组织中不同浓度 钩端螺旋体的检测,最低检测浓度分别为10 条和100条钩端螺旋体,芯片检测的敏感性 高于常规PCR法。用基因芯片与PCR分别 对标本进行检测,5只人工感染的豚鼠肾、 肝、心、血等组织的检测结果均为阳性;28份 疫区野鼠肾标本阳性结果分别为8份和4 份,10份可疑病猪肾标本阳性结果分别7份 和5份;5份非疫区野鼠肾、5份正常猪肾标 本以及其他微生物的检测结果均为阴性。结 果表明,基因芯片技术可快速、灵敏、特异地 检测动物传染源中问号钩端螺旋体。     

流感病毒核酸检测方法研究进展

流感病毒可以引起人和动物高度接触性传染性疾病,对公共卫生和畜禽养殖业均造成极大的威胁.因此,准确而又快速的诊断方法对流感的防控起着非常重要的作用.近年来,流感病毒的核酸诊断技术发展较快,主要有RT-PCR、实时荧光定量RT-PCR、基因芯片、逆转录环介导等温扩增(RT-LAMP)等.论文对这些诊断技术的基本原理和应用现...     

饲粮蛋白质源对断奶仔猪小肠全基因组转录谱的影响

为探讨饲粮蛋白质源影响断奶仔猪小肠发育的分子机制,本试验利用猪全基因组表达谱芯片分析不同蛋白质源饲粮下断奶仔猪（断奶 ０、３、７和 １４ｄ）小肠转录谱,２４头仔公猪随机分为 ２个处理,处理 １采用乳源蛋白质 ３０％替代饲粮总蛋白质,处理 ２采用全植物蛋白质源饲粮。结果表明：１）处理 １获得 ３７０个差异表达基因（Ｐ＜０．０５）,采用序列试验聚类分析,共获得２６个表达模式,其中有 ３个显著表达模式,模式 ５和 １１显著性水平最高（Ｐ＜０．０１）。处理 ２获得 ２６３个差异表达基因（Ｐ＜０．０５）,序列试验聚类分析得到 ２６个表达模式,其中模式 ３和 ２２显著水平最高（Ｐ＜０．０１）。２）基因共表达网络构建和分析一定程度上揭示了不同蛋白质源饲粮对肠道发育的分子调控机制,以及两者之间的差异。通过基因芯片数据,从 ２种蛋白质源饲粮处理下的基因调控网络中筛选出 １２和 ９个具有重要影响和研究价值的基因,以及 ９个在 ２个处理中网络调控地位发生改变的共表达基因。通过基因芯片数据,从 ２种蛋白质源饲粮处理下的基因调控网络中筛选出 １２和 ９个具有重要影响和研究价值的基因,以及 ９个在 ２个处理中网络调控地位发生改变的共表达基因。总之,本试验筛选出了一些在不同饲粮蛋白质源影响断奶仔猪肠道发育和功能过程中可能具有深入研究意义的候选基因。     

基于Maize6H-60K芯片精准分型的玉米DH群体遗传规律研究

为解析玉米双单倍体（doubled haploid,DH）群体的遗传规律,使用自主研发的精准分型策略对‘先玉335’DH群体的Maize6H-60K芯片结果进行筛选校正和解析。结果表明：1）通过剔除单态、杂合、缺失标记,使用精准分型策略对标记准确聚类,获得的18 947个SNPs标记覆盖玉米全基因组。2）该群体在10条染色体上平均交换次数为1.84～1.03次,在6号染色体随体区域的交换次数显著减少。3）该群体在1、2、3、8号染色体上存在明显的偏分离现象;通过高频次、高密度的交换,染色体两臂端粒区域理论分离系数表现出回归到50%的趋势。利用获得的重组交换及分离规律可提高从DH群体中筛选到预期育种材料的准确性。     

口蹄疫诊断技术研究进展

口蹄疫是世界上危害最严重的动物疾病之一,可使世界范围内的畜牧业遭受严重的经济损失,并危害人体健康。而防制口蹄疫的重要环节是要作出及时、准确的诊断。本文对口蹄疫新型诊断技术包括基因芯片技术、免疫层析快速诊断试纸条、实时荧光定量PCR技术、生物传感器的研究进展进行了介绍。