刺槐实时定量PCR分析中内参基因的选择

The real-time PCR is an important method for analyzing gene expression levels. Selection of reference genes suitable for calibration of the expression of objective gene according to specific experiment...     

番茄在非生物胁迫下实时定量RT-PCR中内参基因的筛选

近年来实时荧光定量PCR已经成为研究基因表达的标准方法,稳定的内参基因可使反应标准化进行,并提高该方法的敏感度和重复性。许多研究表明不同组织、细胞和不同条件下内参基因的表达存在很大差异,因此在研究基因表达分析时,需要以内参基因对目标基因的表达量进行校准,由此来获得更为准确的结果。本研究以番茄经过果糖、蔗糖、葡萄糖、高温和低温处理的材料为研究对象,利用实时荧光定量PCR方法,对Actin、CAC、TIP41、Expressed、SAND 5个内参基因m RNA水平的表达量进行分析。经ge Norm和Norm Finder软件分析5个内参基因的表达稳定性,以期为番茄果实基因表达调控相关的研究提供内参基因。研究结果为番茄植株在非生物胁迫下的实时定量RT-PCR分析中内参基因的选择提供了理论与实验依据。     

产蛋前期和产蛋期籽鹅组织内参基因的稳定性

【目的】分析比较使用广泛的7个候选内参基因在产蛋前期和产蛋期籽鹅组织中的表达情况,筛选籽鹅组织基因表达分析中最佳的内参基因及其数目。【方法】应用实时定量反转录PCR技术,分别检测28S rRNA、18S rRNA、GAPDH、ACTB、HPRT1、SDH和TUB在产蛋前期与产蛋期健康籽鹅肝脏、肾脏、心脏、腿肌和卵巢组织中的表达情况,采用绝对定量方法确定基因拷贝数,然后分别使用geNorm和NormFinder程序进行数据分析。【结果】产蛋前期籽鹅各组织中7个内参基因表达稳定度的顺序分别为：GAPDH=HRPT1（0.195）＞TUB（0.244）＞28S rRNA（0.414）＞18S rRNA（0.495）＞ACTB（0.541）＞SDH（0.610）;产蛋期籽鹅各组织中7个内参基因表达稳定度的顺序分别为：GAPDH=28S rRNA（0.128）＞TUB（0.181）＞ACTB（0.192）＞SDH（0.221）＞HRPT1（0.316）＞18S rRNA（0.362）,且7个基因的配对差异分析分别为V2/3（产蛋前期）=0.084、V2/3（产蛋期）=0.069,内参基因的最适数目均为2个。【结论】产蛋前期和产蛋期籽鹅组织目的基因的表达分析中相对适合的内参基因分别为GAPDH和HRPT1、GAPDH和28S rRNA。     

Screening of Reference Genes for Gene Expression in Layer Hens Tissues Using Real-time Quantitative PCR

To screen the reference genes of stable expression in different tissues of Hy-line layer (Gallus domesticus), RPS2, β-actin, GAPDH and HMBS genes were chosen as candidate gene, the software of geNorm, NormFinder and the Ct value were employed to analyze their stability in eight tissues (heart, liver, lung, kidney, duodenum, tibia, pancreas and uterus) of 120 days of age layers using Real-time quantitative PCR technology. The results showed that RPS2 gene was always dominant stability by the analysis of Ct value and geNorm software, the β-actin gene was followed; The NormFinder software showed that the HMBS gene was relative stability, and HMBS and RPS2 genes were the optimal combination; When analyzed the expression of constant reference gene in different tissues, it found that the most stable reference gene in different tissues was not the same. Therefore, it concluded that different tissues had different optimal gene, but they had the common potential, RPS2 and β-actin genes had the relative expression stability comparing the other gene.     

实时荧光定量PCR研究蛋鸡组织基因表达的内参基因筛选

为筛选出蛋鸡不同组织中稳定表达的内参基因,试验以120日龄的海兰灰蛋鸡（Gallus domesticus）为试验动物,选取常见内参基因RPS2、β-actin、GAPDH和HMBS作为候选基因,利用实时荧光定量PCR技术Ct值分析法对4个候选内参基因的相对表达进行测定,利用独立评价软件geNorm和NormFinder对蛋鸡的4个候选内参基因在不同组织（心脏、肝脏、肺脏、肾脏、肠、胫骨、胰脏和子宫）中的表达稳定性进行评价。结果显示,Ct值分析和geNorm程序分析均得出相似的结果,即RPS2基因始终占主导地位,稳定性最强,β-actin基因次之;NormFinder软件分析显示,HMBS基因稳定性最好,最佳组合为HMBS和RPS2基因;当分析不同组织中表达恒定的内参基因时,发现不同组织最稳定的内参基因也不完全相同。由此说明,不同的组织器官和不同的分析方法得出的结论虽然不完全一致,但它们却有着一定的潜在共性,发展趋势有一定相似性,即RPS2和β-actin基因相对稳定性更强。     

幼龄小鼠小肠组织内参基因的选择

选择B2 M、ACTB、GAPDH、SDHA、HPRT1和ARBP共6个内参基因,研究其在幼龄小鼠小肠组织内的表达情况.结果表明:6个内参基因均可获得特异性扩增产物;经geNorm程序和NormFinder分析,6个内参基因稳定度由高到低为SDHA=HRPT1>ARBP>ACTB>GAPDH>B2 M;基因表达的稳定值分别为0.006(SDHA)、0.006(HRPT1)、0.007(ARBP)、0.018(ACTB)、0.029(GAPDH)、0.111(B2 M),最终筛选出SDHA和HRPT1 2个内参基因适合用于校正目的基因的表达.     

新生籽鹅组织qRT-PCR分析中内参基因的选择

分别以1日龄健康籽鹅肝脏、肾脏、心脏、肌肉和卵巢为研究对象,应用实时定量RT-PCR技术,探讨28SrRNA、18SrRNA、GAPDH、ACT、HPRT1、SDH和TUB等7个内参基因mRNA的表达水平。经过geNorm和NormFinder程序分析,结果显示7个内参基因稳定度由高到低依次为GAPDH=HRPT1〉28SrRNA〉TUB〉SDH〉ACT〉18SrRNA;基因表达的稳定值分别为0.215（GAPDH）,0.215（HRPT1）,0.339（28SrRNA）,0.471（TUB）,0.721（SDH）,0.888（ACT）,1.177（18SrRNA）;表明GAPDH和HRPT1这2个内参基因适合用于目的基因表达的校正。     

实时荧光定量PCR筛选鸡基因表达最佳内参基因

为筛选在鸡基因表达时稳定表达的内参基因,本试验以6、14、22及30周龄的地方品种固始鸡与6周龄的商业品种罗斯308肉鸡为试验动物,以B2M、28S、GAPDH、β-actin及HSP70为候选内参基因,利用qRT-PCR对这5个候选内参基因的相对表达量进行测定,通过独立评价软件geNorm、NormFinder、SPSS和Ct值分析法筛选出在不同组织、不同发育时期和不同品种间稳定表达的最佳内参基因。结果表明:在鸡不同组织中,28S为最佳内参基因;在鸡不同发育时期中,GAPDH为最佳内参基因;在不同品种鸡中最佳内参基因组合为GAPDH和28S。综上所述,在以地方品种固始鸡为例的不同组织,不同时期间最佳内参基因分别为28S和GAPDH;以地方品种固始鸡和商业品种罗斯308肉鸡为例的不同品种间最佳内参基因为GAPDH+28S基因组合。综上,本研究筛选出了鸡不同试验条件下的最佳内参基因,为规范鸡基因定量表达分析中内参基因的使用提供参考依据。     

牡丹实时定量PCR分析中内参基因的选择

实时荧光定量PCR(qPCR)是目前研究基因定量表达的重要方法,根据特定实验材料及条件选择qPCR分析中合适的内参基因对于准确校正目的基因的表达至关重要。本研究以牡丹(Paeonia suffruticosa Andr.)不同组织(根、茎、叶和花瓣)、切花开放不同时期及不同处理(乙烯或葡萄糖处理)的花瓣为材料,利用qPCR技术探讨了5种常用看家基因:β-微管蛋白基因(β-tubulin)、泛素基因(ubiquitin)、甘油醛-3-磷酸-脱氢酶基因(GAPDH)、肌动蛋白基因(actin)及18S核糖体RNA(18S rRNA)的表达情况,各看家基因均能特异扩增并显示较高的扩增效率。经geNorm和NormFinder程序统计学计算处理,综合分析结果显示,在牡丹不同组织或切花开放不同时期花瓣中,ubiquitin表达最为稳定;在不同处理的切花花瓣中,GAPDH表达最为稳定,二者分别适宜作为相应条件下的内参基因。本研究认为,各实验条件下使用ubiquitin和GAPDH两个表达最稳定的基因组合,即可获得更为精确的基因表达结果。本研究结果对牡丹中关键基因的定量表达分析具有重要的实用价值。     

杜鹃红山茶实时定量PCR 内参基因筛选及验证

【目的】实时荧光定量PCR（quantitative real-time PCR,qRT-PCR）以高灵敏度和特异性等优点,成为基因表达分析的主要工具,而选择适合不同条件下工作的内参是qRT-PCR分析的前提。筛选得到适用于杜鹃红山茶不同器官、不同时期花瓣的qRT-PCR分析的内参基因,为后续相关基因功能研究提供可用的内参基因。【方法】选择转录延伸因子编码基因（EF1α）、α-tubulin（TUA）、β-tubulin（TUB）、Ubiquitin（UBQ）、肌动蛋白（Actin）和甘油醛-3-磷酸脱氢酶（Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase,GAPDH）6个看家基因,使用2种不同的计算程序GeNorm和NormFinder评估了6个基因表达的稳定性。进一步通过CaGASA3基因的表达模式验证了所选内参基因的适用性。【结果】在不同器官中通过GeNorm和NormFinder筛选出稳定性最好的基因,排名前2位的均为TUA和GAPDH,GAPDH基因在两种计算程序评估中稳定性均最佳。而在不同时期花瓣中,通过2种程序得出排名前2位的内参基因均为TUB和UBQ;UBQ基因在GeNorm程序评估中稳定性最好,TUB基因在NormFinder程序的评估中稳定性最佳。【结论】杜鹃红山茶不同器官中最佳内参基因为TUA和GAPDH,不同时期花瓣中最适内参基因为TUB和UBQ。