长江刀鲚选育群体转录组EST-SSR的分布特征分析

本研究利用MISA软件挖掘长江刀鲚(Coilia ectenes)肌肉和肝脏转录组中的微卫星标记,为刀鲚选育群体的种质资源评估和分子标记辅助育种奠定基础。结果显示,从71869条Unigenes中共获得33896条重复单元长度为1~6碱基的微卫星序列;刀鲚转录组中不同类型微卫星的重复基序具有不同的分布特征,其中,单核苷酸重复、二核苷酸重复和三核苷酸重复为主要的微卫星重复类型,分别占总微卫星数目的34.94%、49.47%和13.34%;不同微卫星重复类型的优势重复基序亦有所不同,其中,A/T为单核苷酸重复基序的优势重复基序占86.25%,AC/GT为二核苷酸重复基序的为优势重复基序占75.25%,AGG/CCT为三核苷酸重复基序的优势重复基序占28.57%;不同微卫星重复基序核苷酸的数量和重复次数亦有所不同,重复次数伴随着重复单元中核苷酸数量的增加而呈现降低的趋势;从100对四核苷酸重复的SSR引物中筛选获得了16对多态性微卫星标记,并以此为基础,对长江刀鲚选育群体(F3)的遗传学特征进行了初步评估,结果显示,长江刀鲚选育群体F3的平均有效等位基因数(Ne)、平均观测杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)和Shannon多样性指数I分别为1.7580、0.3414、0.3977和0.6278。以上结果表明,基于刀鲚转录组数据批量开发微卫星是切实可行的,所开发的多态性微卫星标记能够应用于长江刀鲚选育群体的遗传背景评估和进一步的遗传育种研究。     

暗纹东方鲀养殖群体和野生群体遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术,对暗纹东方鲀3个养殖群体(SH、GD和ZJG)和1个野生群体(YS)的遗传变异和遗传结构进行了分析。结果显示:(1)14条ISSR引物总共获得109条扩增条带,平均多态位点率为88.76%,4个群体的平均有效等位基因数(Ne)在1.5085~1.5838,平均Nei's基因多样性(H)在0.297 0~0.337 1,平均Shannon信息指数(I)在0.446 3~0.499 2;(2)4个群体的总遗传分化指数(GST)为0.077 6,表明4个群体已经产生了中等程度的遗传分化;AMOVA结果显示,8.80%的遗传变异来自于群体间,91.20%的遗传变异来自于群体内个体间;(3)UPGMA聚类分析的结果显示,GD和ZJG群体先聚为一支,然后与SH群体聚为一支,最后与YS群体聚为一支。结果表明,我国暗纹东方鲀的人工养殖群体仍具有较丰富的遗传变异水平和较好的遗传改良潜力。     

暗纹东方鲀养殖和野生群体遗传变异的微卫星分析

利用微卫星分子标记技术,对暗纹东方鲀的上海群体(SH)、广东群体(GD)、张家港群体(ZJG)和野生群体(YS)的遗传变异和遗传结构进行了分析。结果显示:(1)12个微卫星位点总共获得140个等位基因,4个群体的平均有效等位基因数(Ne)为5.317 8~5.999 4,平均期望杂合度(He)在0.787 3~0.812 8,平均多态信息含量(PIC)为0.760 0~0.790 3;(2)两两群体间的遗传分化FST值为0.025 3~0.053 7,表明4个群体间并没有产生显著的遗传分化;(3)UPGMA聚类分析的结果显示,GD和ZJG群体先聚为一支,然后与SH群体聚为一支,最后与YS群体聚为一支。研究表明,我国暗纹东方鲀的养殖群体仍具有较丰富的遗传变异水平和较好的遗传改良潜力。     

"新吉富"罗非鱼选育后期连续12个世代的选育效果分析

为了解"新吉富"罗非鱼(Oreochromis niloticus)选育后期世代在长期选择下获得的遗传进展,对"新吉富"罗非鱼选育后期连续12个世代(F_9～F_(20))的生长性能进行了连续12年(2005-2016年)的跟踪评估。结果显示:随着选育世代的累进,"新吉富"罗非鱼选育后期世代F_9～F_(20)的生长速度、体重变异系数并没有呈现持续升高或持续降低的趋势,而是在世代间出现了一定程度的波动。经过12个世代的连续选育,选育系F_(20)的生长速度比F_8提高了25.23%～69.34%,平均每代获得的相对遗传进展为2.00%～5.29%,不同世代的选育效果存在一定程度的变动。研究结果表明,在选育后期连续12代的混合选育过程中,"新吉富"罗非鱼选育系获得了持续的遗传进展,由此推测,对"新吉富"罗非鱼的选育工作尚未达到选育极限,选育系F_(20)仍具有进一步选育的潜力。     

美洲鲥Ⅳ、Ⅴ期卵巢营养成分、卵黄蛋白原、组织蛋白酶D及其mRNA表达的比较分析

为探明美洲鲥(Alosa sapidissima)雌鱼发育后期卵巢内营养物质的变化规律,提高卵子受精率,采用生化分析、酶联免疫吸附及荧光定量PCR等方法,对性腺发育期Ⅳ期和Ⅴ期的卵巢内氨基酸、脂肪酸、卵黄蛋白原（VTG）和组织蛋白酶D（CTSD）含量及其mRNA表达量进行对比分析。结果显示,Ⅳ期卵巢中水分含量(75.73%)显著低于Ⅴ期(90.64%)(P<0.05),而粗蛋白含量(16.07%)、粗脂肪含量(2.86%)和粗灰分含量(1.28%)均显著高于Ⅴ期 (5.83%、1.25%、0.81%)(P<0.05)。在Ⅳ、Ⅴ期卵巢内各检测出18种氨基酸,其中谷氨酸含量最高(8.64%和8.13%);8种必需氨基酸中,Ⅳ期苏氨酸、苯丙氨酸、赖氨酸和色氨酸含量均显著高于Ⅴ期 (P＜0.05),且二者第一限制氨基酸均为色氨酸;Ⅳ期氨基酸总量(TAA)、半必需氨基酸(HEAA)和非必需氨基酸总量(NEAA)均显著高于Ⅴ期(P＜0.05)。两期卵巢内共检测出19种脂肪酸,Ⅳ期C17:0、C20:1n9、C20:4n6和C20:5n3含量显著高于Ⅴ期(P＜0.05);其中∑MUFA、∑PUFA、∑UFA、∑n3PUFA和EPA+DHA含量均大于Ⅴ期,∑UFA (70.54%)达到显著性差异(P＜0.05)。Ⅳ期卵巢中VTG含量高于Ⅴ期,但不显著(P＞0.05);而Ⅳ期卵巢中CTSD含量明显比Ⅴ期低 (P＜0.05)。Ⅴ期卵巢VTG 基因表达量是Ⅳ期的13.88倍(P＜0.05) ;而Ⅴ期肝脏内VTG 基因表达明显低于Ⅳ期(P＜0.05),是Ⅳ期的25%。从Ⅳ期至Ⅴ期,卵巢中CTSD mRNA表达出现下调,肝脏中CTSD mRNA表达出现上调,但均不明显。因此,当前养殖条件下,美洲鲥雌鱼亲本后期发育过程中,卵巢内营养物质积累不均衡,建议适当调整饲料配方,提高限制性氨基酸色氨酸、蛋氨酸、苯丙氨酸及含量较低的赖氨酸、苏氨酸比例和调高多不饱和脂肪酸C20:3n6、C20:4n6(AA)、C22:6n3(DHA)和C20:5n3(EPA)比例,降低C18:2n6c的比例,保证卵巢后期发育所需营养的均衡。     

“新吉富”罗非鱼选育F10～F13遗传变异微卫星分析

利用微卫星分子标记技术,对“新吉富”罗非鱼选育后期的F₁₀、F₁₁、F₁₂、F₁₃ 4个世代群体的遗传结构及异同进行了分析。结果表明：13个微卫星位点扩增后,共得到78个等位基因,扩增片段长度大小在100～295 bp之间,4个选育世代的平均有效等位基因数（Ne）为2.84～3.27,平均期望杂合度（He）为0.627 1～0.676 2,平均多态信息含量（C_PI）为0.567 6～0.622 9,3个遗传参数都一致呈现随着选育世代数累进而稳定下降的趋势,表明“新吉富”罗非鱼在长期选育过程里越来越趋于纯化之中。另一方面,4个选育世代两两间遗传分化F_ST值为0.019 07～0.133 54,世代间亦存在中等程度的遗传分化,显示“新吉富”罗非鱼的选育技术路线（黄河、长江及珠江3大农业生态区同步选育、适时交流,始终注意保持繁育群体的有效大小,严格的择优四步程序等）可使选育群体保持较丰富的遗传变异水平,有利于长期选育的持续开展。     

菊黄东方鲀野生和人工选育群体遗传变异的SSR和ISSR分析

利用SSR和ISSR两种分子标记技术,对菊黄东方鲀的人工选育群体(SH)和野生群体(YS)的遗传变异和遗传结构进行了联合分析。SSR分析的结果显示,14个微卫星位点总共获得了146个等位基因,选育和野生群体的平均期望杂合度(He)分别为0.730 0和0.832 3,平均多态信息含量(PIC)分别为0.705 1和0.813 6;ISSR结果显示,选育和野生群体的平均Nei’s基因多样性指数(H)分别为0.267 2和0.282 3,平均Shannon信息指数(I)为0.407 2和0.425 6,表明菊黄东方鲀选育群体的遗传变异程度低于野生群体。此外,两种分子标记遗传分化的结果显示,两个群体的遗传分化指数分别为0.061 9(SSR)和0.061 5(ISSR),表明两个群体已经产生了中等程度的遗传分化。综上,本单位菊黄东方鲀的人工选育群体仍然具有相对较丰富的遗传变异以供进一步的遗传改良。     

美洲鲥内源性营养阶段脂肪酸组成及利用

为掌握美洲鲥(Alosa sapidissima)发育早期内源性营养阶段的脂肪酸变化及利用规律,采用生化分析手段,检测和分析美洲鲥的胚胎(原肠期)、0日龄和4日龄仔鱼(摄食前)的粗脂肪含量和脂肪酸组成。结果显示,随着个体发育,美洲鲥内源性营养阶段的水分含量显著降低、鲜质量的粗脂肪含量显著上升、干物质的粗脂肪含量微弱升高,而单个个体的粗脂肪含量显著下降,数值从胚胎的60.04μg下降到4日龄仔鱼的41.91μg。胚胎孵化破膜期间,C18∶1n9c和C22∶6n3(DHA)大幅减少。仔鱼出膜后到开口摄食前,对脂肪酸的利用优先顺序为n6PUFA>MUFA>SFA>n3PUFA, C18∶2n6c、C18∶3n6、C16∶0和C18∶1n9c被先期利用,而对n3PUFA的利用极低(特别是EPA+DHA)。研究表明,美洲鲥胚胎孵化出膜期间,EPA被先期暂存,而DHA被大量利用;仔鱼出膜后,n3PUFA被优先保存,特别是EPA+DHA。因此,建议美洲鲥亲本产前培育和产卵期间,增加投喂富含n3PUFA(特别是DHA)的饲料,以增加其受精卵营养储备,提高美洲鲥开口前仔鱼的成活率。     

长江刀鲚选育和野生群体遗传多样性的微卫星分析

利用微卫星标记技术,对长江刀鲚野生群体(YS)与3个连续选育世代群体(F_1、F_2、F_3)间的遗传多样性进行了分析。12对多态性微卫星引物总共检测到等位基因82个,平均每对引物获得等位基因6. 83个。4个群体的平均有效等位基因数(Ne)、平均观测杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)以及平均多态信息含量(PIC)分别为3. 47～4. 10、0. 400 0～0. 516 7、0. 684 4～0. 738 1和0. 646 4～0. 701 2。F_1、F_2、F_3之间的遗传分化微弱(FST0. 05),并与YS具有中等程度的遗传分化(0. 05 F_(ST)0. 15)。分子方差分析(AMOVA)结果显示,大部分的遗传变异来源于个体间(93. 66%),仅有6. 34%的遗传变异来源于群体间。F_1、F_2、F_3的遗传变异水平低于YS,且呈现出伴随着选育世代的进行而降低的趋势,表明选育群体随着人工选育的进行而日趋纯化,但仍然具有丰富的遗传多样性和进一步选育的潜力。