兔粪中微生物区系ERIC-PCR DNA指纹图谱的建立及分析

本研究旨在将ERIC-PCR基因指纹图谱技术应用于兔粪微生物的分析中,建立一种快速分析检测兔肠道菌群变化的方法。通过对PCR反应条件的优化确定适合兔粪微生物的ERIC-PCR反应条件,对比兔粪微生物组和兔粪优势菌的ERIC-PCR DNA指纹图谱差异,从而分析兔粪微生物ERIC指纹图谱的特征。结果建立了适合兔粪样品ERIC-PCR分析的反应体系,确定450bp处条带为双歧杆菌特征条带,1 300和4 000bp处为大肠杆菌特征条带;经发酵验证,图谱中的相应条带亮度变化趋势与计数平板所测结果相一致(相对亮度R与相对菌落数lg cfu的相关系数为0.967 6)。本研究优化建立了一种快速分析检测兔粪中菌群变化的ERIC-PCR指纹图谱技术,该技术可较好反映兔粪中优势菌含量的变化情况,为兔肠道疾病的预防、诊断和治疗提供依据。     

4种常见淡水鱼肠道菌群的分析

为了解山东省东平湖库区常见淡水鱼肠道菌群的组成, 作者对该库区内的草鱼、鲢鱼、鲫鱼和鲤鱼4 种鲤科鱼肠道菌群中的需氧菌或兼性厌氧菌进行分离鉴定,并对每种鱼肠道中的菌群数量和种类组成进行分析。结果表明,在上述鱼肠道中均存在哈夫尼亚菌属、致病杆菌属、气单胞菌属、柠檬酸菌属、芽孢杆菌属和链球菌属,其中鲤鱼和鲫鱼肠道菌群的总量比较接近,两者共同含有菌属的数量差别不大。     

利用ERIC-PCR和PCR-DGGE技术分析喂服枯草芽孢杆菌肉鸡肠道菌群的多样性

本文旨在采用ERIC-PCR和PCR-DGGE方法研究肉鸡喂服枯草芽孢杆菌后肠道菌群的多样性.选用15羽28日龄肉鸡,按2mL/kg BW喂服枯草芽孢杆菌悬液(10°CFU/mL).每天2次,连续3d,34日龄时,利用ERIC-PCR和PCR-DGGE方法分析肠道菌群的多样性,并对DGGE条带进行回收、测序.结果表明,肉鸡口服枯草芽孢杆菌后各肠段的条带数显著多于对照组(P<0.05或P<0.01),2种方法检测结果相似,2组之间肠道总菌群相似性为53.2%;电泳指纹图谱和统计条带数量分析,PCR-DGGE明显优于ERIC-PCR;回收条带以乳杆菌属细菌为主.结果提示,34日龄肉鸡肠道菌群具有一定的稳定性,以乳杆菌为主要菌群,饲喂芽孢杆菌后能提高肉鸡肠道菌群的丰度和种群密度;PCR-DGGE检测方法明显优于ERIC-PCR.     

大熊猫粪便菌群ERIC-PCR指纹图谱的分析及优势菌群的鉴定

探讨1只野生大熊猫和不同年龄段圈养大熊猫粪便菌群的多样性和相似性,并鉴定野生大熊猫圈养之后,其粪便中的优势菌群.对来自3个年龄段9只(3只亚成体、3只成年体、3只老年体)圈养大熊猫及1只野生大熊猫圈养前、后的11份粪便细菌的DNA进行ERIC-PCR指纹图谱分析,并利用16S rRNA基因序列分析对优势菌条带进行鉴定.结果显示:该只野生大熊猫粪便菌群多样性比圈养大熊猫丰富;圈养大熊猫粪便菌群多样性:成年体＞亚成体＞老年体;16s rRNA和ERIC-PCR指纹图谱优势条带鉴定的优势菌结果有差异性.结果表明:大熊猫的肠道菌群多样性易受生长环境、年龄因素的影响;其次, 不同年龄段的圈养大熊猫,其肠道菌群的相似性与年龄因素不相关;利用ERIC-PCR指纹图谱优势条带鉴定优势菌的方法有一定的局限性.     

不同食性动物肠道菌群的ERIC-PCR指纹图谱分析

为了探讨不同食性动物肠道菌群的多样性与相似性。本试验采用ERIC-PCR方法对成年马、梅花鹿、老虎、豹、非洲狮、黑熊、小熊猫及成年大熊猫的新鲜粪便细菌总DNA进行了指纹图谱分析。结果显示,肠道菌群的多样性指数为草食动物（1.27）〉肉食动物（1.23）〉杂食动物（1.04）,而它们的优势度指数则相反,草食动物（0.32）﹤肉食动物（0.41）=杂食动物（0.41）。同一种动物的肠道菌群多样性指数差异不明显。结果表明,动物肠道菌群的多样性在一定程度上与食物有关。     

健康仔猪与黄白痢仔猪肠道菌群结构分析

应用ERIC-PCR技术对健康仔猪与黄白痢仔猪的粪样样品进行了扩增,并对其菌群结构特征进行了系统分析。结果发现,健康仔猪粪样ERIC-PCR图谱相似性较黄白痢仔猪高,仔猪肠道菌群中至少有一种类型的细菌异常增殖,影响正常细菌的正常生存,导致了菌群结构失调,造成黄白痢。基于ERIC-PCR的分子生物学技术来反映仔猪肠道微生物群落结构特征和监测生物种群动态是有效可行的。通过ERIC-PCR的动态监测,发现患黄白痢仔猪粪样菌群多样性减少,结构趋于简单化;健康仔猪个体之间条带的数量、位置及灰度基本一致,其中共有一些优势条带。     

2009～2010年华南地区副猪嗜血杆菌分离株ERIC-PCR指纹图谱的鉴定和分析

本试验采用肠杆菌基因间重复一致序列多态性聚合酶链式反应(ERIC-PCR)对2009~2010年分离自华南地区的41株副猪嗜血杆菌野生菌株及15株参考菌株进行了指纹图谱的鉴定。利用BioNumerics 5.1软件对所有菌株的ERIC-PCR指纹图谱进行分析,结果显示,15株具有不同血清型的参考菌株均具有不同的指纹图谱;41株华南地区副猪嗜血杆菌野生分离株则具有26个不同的指纹图谱,该方法对所有56株副猪嗜血杆菌的鉴别率为0.984。由此可见,ERIC-PCR分型方法具有较好种间的鉴别能力,可作为副猪嗜血杆菌病流行病学研究中的一种有效的辅助分子手段。     

6株副猪嗜血杆菌基因组DNA的PCR指纹图谱研究

根据肠道菌基因闻重复一致序列，设计了一对特异性引物，采用ERIC-PCR和RAPD技术，研究了副猪嗜血杆菌6个分离菌株的指纹图谱和DNA多态性。结果表明，6个分离株的PCR指纹图谱与15个标准血清型指纹图谱相比较可分辨出4种血清型；6个分离株的RAPD研究结果均表现出多态性。有意义的是，6个菌株的多态性DNA片段也能明显将其分为4种类型的副猪嗜血杆菌，与特异性引物PCR结果相一致。该研究可作为流行病学调查和该菌的分子分型快速诊断方法的基础。     

荣昌、长白、杜洛克猪肠道微生物ERIC-PCR-DGGE指纹图谱比较分析

为了解荣昌猪与外种猪肠道微生物间的差异,通过提取荣昌、长白、杜洛克猪不同生长阶段粪样总DNA,进行ERIC-PCR扩增及其DGGE指纹图谱的比较分析.结果表明:ERIC-PCR-DGGE技术是一种有效的分子微生态分析技术,它能较好地反映猪肠道微生物群落构成.在哺乳、断奶和经产三个阶段的指纹图谱中,不同品种猪粪样微生物种...     

广西地区副猪嗜血杆菌ERIC-PCR指纹图谱分型研究

为探讨肠道细菌基因间重复序列(ERIC)的聚合酶链反应(PCR)技术用于副猪嗜血杆菌基因分型的可行性,对分离自广西地区不同猪场的22株副猪嗜血杆菌进行ERIC-PCR指纹图谱分型研究.结果发现,22株分离株显示出12种指纹图谱,可以区分无法进行血清分型的菌株.表明ERIC-PCR可适用于对副猪嗜血杆菌进行分子流行病学调...