16种乌头属植物核型似近系数聚类分析

应用核型似近系数聚类分析方法研究了我国16种乌头属(Aconitum L.)植物的亲缘关系,并计算物种间的核型进化距离,以期为该属的分类提供一个新的重要指标。结果表明:卷毛蔓乌头(A. ciliare DC.)与弯枝乌头(A. arcuatum Maxim.)核型似近系数最大(0.9971),核型进化距离最小(0.0029),亲缘关系最近;狭盔高乌头(A. sinomontanum var.angustius)与松潘乌头(A. sungpanense Hand.-Mazz.)核型似近系数最小(0.3531),核型进化距离最大(1.0411),亲缘关系最远;在16种乌头属植物中,二倍体物种与四倍体物种表现出较远的遗传距离,核型分类结果与形态学分类结果并不完全相符。本结果将为乌头属植物资源利用、分类学和系统演化等方面的研究提供一定的参考。     

16种锦鸡儿属植物核型似近系数聚类分析

应用核型似近系数聚类分析方法研究我国16种锦鸡儿属植物的亲缘关系,并计算物种间的核型进化距离。结果表明:刺叶锦鸡儿(Caragana acanthophyllaKom.)与甘蒙锦鸡儿(C.opulensKom.)间核型似近系数最大(0.9979),核型进化距离最小(0.0177),亲缘关系最近;青海锦鸡儿(C.chinghaiensisLiou f.)与中亚锦鸡儿[C.tra-gacanthoides(Pall.)Poir.]间核型似近系数最小(0.3127),核型进化距离最大(1.1625),亲缘关系最远;核型分类结果与形态学分类结果并不相符。     

15种风毛菊属植物核型似近系数聚类分析

应用核型似近系数聚类分析方法研究了我国15种风毛菊属植物的亲缘关系,结果表明:长毛风毛菊与弯齿风毛菊核型似近系数最大(0.9788),核型进化距离最小(0.0215),亲缘关系最近;昂头风毛菊与小花风毛菊核型似近系数最小(0.7145),核型进化距离最大(0.3361),亲缘关系最远.核型分类结果与形态学分类结果并不完全相符,研究结果可为风毛菊属植物资源利用、分类学和系统演化等方面的研究提供一定的参考.     

安徽地方猪种间核型似近系数和进化距离的聚类分析

计算安徽5个地方猪种和2个引进品种间的核型似近系数和进化距离并进行系统聚类。结果表明:各猪种间的核型似近系数在0.9357-0.9983之间;安徽5个地方猪种和2个引进品种可分为3个类群,其结果与生态分布和表型分类大致相同。     

利用ITS序列和trnL-F序列探讨赖草属6个物种的系统发育关系

本研究克隆了赖草属6个物种Leymus karelinii,L.angustus,L.racemosus,L.arenarius,L.triticoides和L.ambiguus的ITS序列和trnL-F序列,并选用3个新麦属物种的ITS序列和27个小麦族二倍体物种的trnL-F序列,均以Bromus catharticus为外类群,用最大简约法构建系统发育树。结果发现:不同组的赖草属物种分别聚在一起;赖草属植物与新麦草属植物亲缘关系较近;新麦草属植物是这6个赖草属物种的母本来源。     

利用ITS序列和trnL-F序列探讨赖草属6个物种的系统发育关系

本研究克隆了赖草属6个物种Leymus karelinii,L.angustus,L.racerraosm,L.arenarius,L.triticoides和Lambiguus的ITS序列和trnL-F序列,并选用3个新麦属物种的ITS序列和27个小麦族二倍体物种的trnL-F序列,均以Bromus catharticus为外类群,用最大简约法构建系统发育树.结果发现:不同组的赖草属物种分别聚在一起;赖草属植物与新麦草属植物亲缘关系较近;新麦草属植物是这6个赖草属物种的母本来源.     

应用RAPD分子标记探讨拟鹅观草属的种间关系

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术,分析了拟鹅观草属(Pseudoroegneria)8种1亚种和鹅观草属(Roegneria)7种植物.35个引物产生的344条DNA扩增片段中,328条(95.35%)具有多态性,利用344个RAPD标记,在NTSYS软件中,计算Jaccard遗传相似系数,建立UPGMA聚类图.结果表明:1)物种间遗传差异明显,具有丰富的遗传多样性;2)R. elytrigioides、 R. alashanica和R. magnicaespes与拟鹅观草属的物种聚类在一起,表明它们与拟鹅观草属的亲缘关系较近,而与鹅观草属的亲缘关系较远;3)RAPD分子标记可以将拟鹅观草属的物种分开,而且形态相似,地理分布相同或相近的物种聚类在一起;4)RAPD结果与形态学和细胞学的分析结果一致,表明RAPD技术能为拟鹅观草属植物的系统学研究提供DNA水平上丰富的资料.     

中国地方猪种间的核型似近系数

计算了１６个中国地方猪种的核型似近系数，采用最短距离法进行了系统聚类。结果表明，各猪种间的核型似近系数在０．８９１３—０．９８７８之间，反映出中国猪种在核型上的高度稳定性和高度相似性。在核型上，华中型猪种更倾向于江海型；华南型更接近于西南型。     

不同来源SSR标记在我国披碱草属植物的通用性和效率评价

ＳＳＲ 引物序列常用于近缘物种的遗传学研究,但存在很大的盲目性和分析结果的不可预见性。本研究采用我国９种披碱草属植物,利用不同来源微卫星引物进行遗传学分析,结果显示,披碱草属的６个和小麦的５个微卫星引物在我国９种披碱草属植物具有稳定的扩增效果和较好的遗传学分析功能;相对而言,位点ＥＣＧＡ２２、ＥＣＧＡ１１４、ＥＡＧＡ５１和ＷＭＳ４３遗传信息含量较高,对构建披碱草属植物高密度的微卫星种（品种）指纹是很好的选择;披碱草属植物的引物所检测到的等位基因数目与测序开发引物时预期的等位基因数目相差较少、遗传多样性指数较高和更接近研究材料的基因流,预示着亲缘关系更近的引物遗传分析的效率更高。     

用nrDNA ITS序列探讨小麦族含StH基因组物种的系统发育

小麦族中具StH基因组的物种被包含在广义披碱草属中。本研究利用nrDNA ITS序列,采用最大简约法、最大似然法和基于MJ算法的网状结构分析,对16个不同地理分布和形态特征的具StH基因组组成的物种及8个含St和H基因组的拟鹅观草属和大麦属的二倍体物种进行了系统发育分析。结果表明,1)过去归属于裂颖草属和猬草属的物种大松鼠尾巴草、瓶刷草和猬草与披碱草属物种关系较近,应当划入披碱草属中;2)北美的StH基因组物种聚类在一起,其亲缘关系较近,它们与欧亚大陆的StH基因组物种存在较大变异和分化;3)具StH基因组物种较大程度的变异和分化与物种的地理分布有关;4)St基因组和H基因组的二倍体物种分别存在较大的分化。同时本研究还讨论了造成小麦族StH基因组物种变异和分化的可能原因。     

不同禽类核型似近系数聚类分析

对北京油鸡和金定鸭染色体核型进行了研究。结果表明:北京油鸡和金定鸭常染色体形态存在较大差异,北京油鸡的No.4、No.6和No.8染色体分别为st、sm型和m型染色体;而金定鸭的No.4、No.6和No.8染色体均为t型染色体;北京油鸡的Z、W染色体为m型染色体;而金定鸭的Z和W染色体分别为st型和t型染色体。此外,核型似近系数和进化距离聚类分析表明6种禽类可分为3类,Ⅰ类包括金定鸭和五龙鹅;Ⅱ类包括鹌鹑、石鸡和北京油鸡;而稚鸡单独成类,其结果与形态分类学和系统分类学大致相同。     

3个地方鸡种的核型及其似近系数分析

运用外周血淋巴细胞培养法，对我国3个地方鸡种(仙居鸡、北京油鸡、狼山鸡)染色体核型进行了研究，结果显示：仙居鸡、北京油鸡、狼山鸡染色体形态十分相似，No．1、No．2、No．8、Z、W染色体都为m型；No．6染色体都为sm型；No．3、No．5、No．7、No．9染色体都为t型，仅在No．4染色体形态和W染色体的相对长度表现出一定的差异。此外，核型似近系数和进化距离聚类分析表明，7个地方鸡种(另收集了鹿苑鸡、寿光鸡、泰和鸡和旧院黑鸡的资料)可分为3个类群，其结果与起源进化，产地分布大致相同。     

牦牛大肠杆菌的分离鉴定及系统发育分析

本试验旨在研究牦牛源大肠杆菌的遗传进化关系,明确其与人和其他动物大肠杆菌的亲缘关系。采集来源于四川省甘孜州、阿坝州的60份临床健康成年牦牛肛门棉拭子样本,接种于麦康凯琼脂培养基上进行细菌的分离培养,通过常规形态学、培养特性、生化特征和16S rRNA PCR检测的研究,确定49株为大肠杆菌。对其中9株牦牛源大肠杆菌进行16S rRNA克隆、测序,经系统发育分析发现牦牛菌株组内同源性为98.8%~99.9%,与GenBank中其他菌株的同源性为94.0%~100%。结果表明,牦牛源大肠杆菌与牛源菌株的遗传距离最近,与羊源菌株的遗传距离最远,与人、猪、鸭、鸡源菌株的遗传距离较近,其中有2株菌与人肠出血性大肠杆菌(EHEC)O₁₅₇∶H₇和志贺氏菌聚为一支,从遗传进化的关系看其有可能成为人类的潜在病原菌。     

扇穗茅不同居群染色体数目及核型分析

为了探讨扇穗茅(Littledalea racemosa)不同居群的染色体核型特征和进化关系，本研究采用染色体常规压片技术对分布于青藏高原6个自然地理居群的扇穗茅核型特征及进化趋势进行了分析。结果表明：扇穗茅6个居群的染色体数目均为2n=2x=28；染色体有中部着丝粒(m)型和亚中部着丝粒(sm)型，中部着丝粒型占比更高；平均臂比介于1.27~1.44之间，长度比为1.95~2.56，核不对称系数处于55.64%~57.88%之间；核型类型有1B，2A和2B三种；所有居群中，居群83的染色体核型进化程度最高，居群67的进化程度最低；当遗传距离为1时，居群119和120优先聚为一支，亲缘关系最近。本研究首次报道了扇穗茅的染色体核型数目、特征和进化趋势，为今后进一步探明扇穗茅的系统进化关系提供了有力的细胞学佐证。     

紫花苜蓿杂交后代遗传变异的AFLP分析

利用扩增片段长度多态性(AFLP)标记对德钦苜蓿♀×Acrora♂杂交组合的杂交亲本与杂交F1代、F2代的遗传变异进行分析,结果如下:(1)36对引物中筛选出4对引物,共检测到199个扩增片段,其中,有172个多态性位点,多态性位点比率为90.5%,可以用于杂种后代遗传变异分析;(2)与杂交亲本比较,杂交F1和杂交F2代的Nei基因多样性指数(H)、Shannon多样性信息指数和有效等位基因数(Ne)发生了显著的变化,遗传多样性增大,杂交F2代遗传变异程度最高,说明F2代发生了较大的性状分离;(3)杂交后代的基因分化系数(Gst)为0.218,基因流(Nm)为0.874,表明杂交子代出现了较高的遗传分化;(4)杂交亲本及杂交后代遗传距离分布在0.128～0.284,其中,F1代与亲本的遗传距离最小,为0.128,而F2代与亲本之间的遗传距离最大,为0.284。表明F1群体变异较小,F2群变异较大。依据Nei′s遗传距离系统树图可以看出,在杂交子代中,F1代群体与亲本的系统发育关系更为接近。     

五指山猪线粒体控制区序列分析及遗传多样性研究

为了研究五指山猪遗传多样性和系统地位,本研究采用PCR产物直接测序法得到55条五指山猪线粒体控制区(mtDNA D-Loop)全序列,并结合GenBank中发表的1条五指山猪mtDNA D-Loop全序列进行结构分析、遗传多样性研究及系统发育分析。结果发现,56条序列中出现21次保守区变异,即"TTATAAAACAC"序列重复,共定义13个单倍型,发现14个变异位点,单倍型多样度(Hd)和核苷酸多样度(Pi)分别为0.838和0.00334,表明五指山猪遗传多样性较丰富。五指山猪线粒体控制区序列构建的系统发育树和Network网络分析呈现两大分支,推测有两个母系起源,且与GenBank中其他23个猪种的聚类结果表明,五指山猪与长江流域以南地区的猪种有着较近的亲缘关系。     

Complete Mitochondrial DNA D-Loop Sequence and Genetic Diversity of Wuzhishan Pig

In order to research the genetic diversity and phylogenies of Wuzhishan pig, 56 complete mtDNA D-Loop were analyzed.55 sequences were amplified by polymerase chain reaction (PCR) and 1 sequence was downloaded from GenBank.The results showed that repetitive sequence "TTATAAAACAC" appeared in the conservative regions of 21 mtDNA D-Loop sequences.13 haplotypes and 14 variable sites were observed in 56 sequences.Haplotype diversity and nucleotide diversity (Hd =0.838 and Pi=0.00334) indicated that Wuzhishan pig had high genetic diversity.Two branches in the phylogenetic tree and Network analysis diagram indicated that there were two maternal origins in Wuzhishan pig.The phylogenetic tree of Wuzhishan pig and other 23 species showed that Wuzhishan pig had close genetic relationship with the pig breeds in the south region of the Yangtze river.     

基于全基因组SNP标记分析中国地方鸡品种的遗传多样性和种群结构

旨在对中国地方鸡品种的遗传多样性与种群结构进行分析。本研究使用Affymetrix Axiom 600K高密度鸡基因分型芯片对来自8个品种的157只地方鸡及233只商品鸡进行基因分型,以品种作为分组来计算各分组的观测杂合度、期望杂合度、次等位基因频率、近交系数及核苷酸多样性分析地方鸡群体的遗传多样性,利用进化树、主成分分析、群体结构、MDS等方法分析鸡群体的群体结构,基于状态同源(IBS)和群体分化系数(Fst)分析种群内部与种群之间的亲缘关系,利用长纯合片段(runs of homozygosity, ROH)估算得到基于ROH的近交系数。结果表明,各群体的观测杂合度均高于期望杂合度,次等位基因频率在0.175～0.236之间,近交系数在0.018～0.205之间,核苷酸多样性在0～6×10^-4之间,进化树与主成分分析表明品种间出现了明显的群体分化,地方鸡群体与商品鸡群的MDS分析发现我国地方鸡与商业肉鸡品种的遗传距离较近;IBS遗传距离在0.092 9～0.319 9之间;各品种成对Fst分析表明,群体间呈现中高分化程度(0.09～0.22);此次分析共得到了...     

Population structure and phylogeography of Toda buffalo in Nilgiris throw light on possible origin of aboriginal Toda tribe of South India

We report the genetic structure and evolutionary relationship of the endangered Toda buffalo of Nilgiris in South India with Kanarese and two other riverine buffalo breeds. The upgma phylogeny drawn using Nei’s distance grouped South Kanara and Toda buffaloes at a single node while Marathwada and Murrah together formed a separate node. Principal component analysis was performed with pairwise interindividual chord distances which revealed clustering of Murrah and Marathwada buffaloes distinctly, while individuals of Toda and South Kanara breeds completely intermingled with each other. Furthermore, there were highly significant group variances (p < 0.01) when the breeds were grouped based on phylogeny, thus revealing the existence of cryptic genetic structure within these buffalo breeds. To know the evolutionary relationship among these breeds, 537‐bp D‐loop region of mitochondrial DNA was analysed. The phylogenetic analysis of mtDNA haplotypes following NJ algorithm with Chinese swamp buffalo as outgroup revealed a major cluster that included haplotypes from all the four investigated breeds and two minor clusters formed by South Kanara and Toda haplotypes. Reduced median network analysis revealed haplotypes of South Kanara and Toda to be quite distinct from the commonly found haplotypes indicating that these might have been ancestral to all the present‐day haplotypes. Few mutations in two of the haplotypes of South Kanara buffalo were found to have contributed to ancestral haplotypes of Toda buffalo suggesting the possible migration of buffaloes from Kanarese region towards Nilgiris along the Western Ghats. Considering the close social, economic and cultural association of Todas with their buffaloes, the present study supports the theory of migration of Toda tribe from Kanarese/Mysore region along with their buffaloes.