Ⅰ类新城疫病毒分离株NDV08-046的基因组特性

对1株Ⅰ类新城疫病毒分离株NDV08-046进行了全基因组序列测定和遗传进化分析.结果表明,该分离株基因组长度为15 198 nt,符合"六碱基原则".与Ⅱ类新城疫病毒的基因组序列相比,该分离株在基因组P基因的2 381～2 382 nt的位置(根据La Sota株的基因组序列,包含15 186 nt)有12 nt的插入(TGGGAGACGGGG).NDV08-046株F蛋白裂解位点的序列为112-ERQERL-117,具有典型的新城疫弱毒株特征.全基因组的遗传进化分析显示,所有的新城疫毒株能够被分为2个明显不同的分支,即Ⅰ类和Ⅱ类,NDV08-046分离株在分类地位上属于Ⅰ类新城疫病毒基因2型.     

4株新出现的Ⅰ类新城疫病毒F基因的变异分析

为了分析我国新出现的Ⅰ类新城疫病毒的分布和分子特性,对2016年分离到的4株Ⅰ类新城疫病毒进行F基因序列分析和遗传进化分析。结果显示:4株Ⅰ类新城疫病毒F基因编码长度均为1 662nt,共编码553个氨基酸,分离株之间氨基酸相似性为97.9%~100%。4株分离株F蛋白裂解位点的氨基酸组成均为112 ERQERL117,符合新城疫病毒弱毒株的分子特征。F基因高变区(47—420nt)遗传进化分析结果显示这4株病毒为国内新出现的基因型,利用F基因编码区全长序列构建系统进化树显示4株病毒属于基因1c亚型,与北美分离株高度同源,而与国内基因1c亚型分离株(Duck/Guangxi/1261/2015)相似性仅为95.5%~97%。监测数据表明这种新出现的Ⅰ类新城疫病毒具有在国内进一步流行和扩散的风险。     

ClassⅠ新城疫病毒概述

新城疫病毒是影响养禽业健康发展的主要病原之一。新城疫病毒只有一个血清型,但根据亲源关系可以划分为ClassⅠ和ClassⅡ两大类。ClassⅠ新城疫病毒于2006年被证实存在,当前可被细分为9个基因型(1～9)。ClassⅠ所有自然分离株均为无毒株或弱毒株,但有经人工传代返强的报道,由于其分布广泛,数量庞大,对养禽业有巨大的潜在威胁。为了更好的了解ClassⅠ新城疫毒株的生物学特性,为研究ClassⅠ新城疫病毒提供参考,现将其基因组结构、分子流行病学及检测方法等综述如下。     

1株Ⅰ类新基因型新城疫病毒的基因组特性分析

为了研究我国新型新城疫病毒的分子流行病学特性,对2016年从主动监测中分离到的1株新出现的鸭源新城疫病毒(duck/China/NX2209/2016)进行了基因组测序和遗传进化分析。序列分析结果显示该分离株全长15 198nt,F基因ORF全长为1 662bp,共编码553个氨基酸,裂解位点处的氨基酸为:~(112) ERQERL~(117),符合低致病性新城疫病毒特征。同源性分析表明该新型毒株同北美分离株具有较高的同源性。F基因高变区进化分析结果显示,该病毒属于ClassⅠ,但不属于基因型1～10,为新型毒株。完整F基因进化树结果显示,该病毒属于基因1c亚型,与北美分离株高度同源。     

猪源新城疫病毒JL01株分离鉴定及F基因遗传进化分析

2000年,在吉林省某猪场发生具有较高发病率和死亡率的急性传染病,发病率达到40%～50%,病死率15%,取其脾、肺、肾等组织进行电镜观察,可见副黏病毒样颗粒,表明其病原可能为某种猪源副黏病毒,命名为JL01株。在对该病毒的的血凝、血凝抑制等生物学特性进行鉴定后,初步确定该种猪副黏病毒为猪源新城疫病毒。病毒回归试验表明,纯化的病毒对猪仍有较强的致死性,并可从死亡猪体内分离到新城疫病毒。该病毒对鸡胚平均致死时间(MDT)、脑内致病指数(ICPI)和半数致死量(EID50)分别为55.2 h、1.60和10-7.5/0.1mL,表明该毒株属于新城疫病毒强毒株。在此基础上,采用RT-PCR方法克隆了猪源新城疫病毒F基因,与其它10株NDV毒株进行序列比较分析,结果表明,JL01株与B1、LaSota、Clone30等经典的新城疫病毒弱毒株同源性较高(91.5%～98.5%),与ZJ1、Mukteswar等强毒株的同源性较低。F基因氨基酸裂解位点的序列为112G-K-Q-G-R-L117,与弱毒株序列完全相同。基因分型结果表明,JL01株属于基因Ⅰ型。因此,本研究所分离到感染猪的新城疫病毒属于基因变异的新城疫病毒弱毒株,但其致病力与强毒株相当。     

1株鸭源Ⅰ类新城疫病毒分离株F和HN基因的分子特性分析

采用RT-PCR技术对Ⅰ类新城疫病毒(NDV)09-014分离株完整的融合蛋白(F)基因和血凝素-神经氨酸酶(HN)基因进行了扩增和遗传进化分析。F基因的序列测定结果表明:该分离株F基因全长为1 792 bp,可编码553个氨基酸,裂解位点的氨基酸组成为112E-R-Q-E-R-L117,具有典型的新城疫弱毒株特征。同源性分析表明本分离株的F基因与Ⅰ类新城疫病毒代表毒株之间核苷酸的同源性为93%～95.2%,而与Ⅱ类新城疫病毒代表毒株的同源性较低,介于70.6%～72.4%。HN基因的序列测定结果表明:HN基因全长2 001 bp,可编码616个氨基酸,同源性分析表明本分离株的HN基因与Ⅰ类新城疫病毒代表毒株之间核苷酸的同源性在92.7%～94.7%之间,而与Ⅱ类新城疫病毒同源性较低,为70.7%～71.5%。根据完整的F基因和HN基因构建的遗传进化树均表明:本分离株在分类地位上属于Ⅰ类新城疫病毒基因3型,因此Ⅰ类新城疫病毒的F基因和HN基因具有相似的进化速率。     

新城疫病毒在全球的变异研究

自从1926年发现新城疫病毒以来，已经鉴定出Ⅰ型病毒有9个基因型和Ⅱ型病毒有10个基因型，代表着一种形式多样且不断演变的病毒。从全球的家畜流行病中一种强毒的基因型的出现及观察新城疫强弱毒的基因组序列年与年之间的变化暗示着新城疫病毒不同的基因型在全球不同的地理位置同时演变着。这巨大的基因组多样性可能会使更多的各种各样的鸟类易于受到新城疫病毒的感染以及以经常迁徙的野鸟为储藏所。     

2014—2018年我国5株基因VII型新城疫病毒的基因组特性

为了解我国基因VII型新城疫病毒的分子生物学特性,对2014—2018年分离的5株基因VII型新城疫病毒代表株进行了基因组测序和生物信息学分析。序列分析显示：5株病毒F蛋白裂解位点为112RRQKR/F117或112RRRKR/F117,具有强毒株的典型特征;病毒基因组长度均为15 192 nt,其F蛋白融合肽、七肽重复区和跨膜区,以及HN蛋白跨膜区、中和抗原表位等功能区有多处氨基酸变异。病毒F基因遗传进化分析显示：2014—2015年分离的2株病毒属于基因VII.1.1亚型;2016—2018年分离的3株病毒属于基因VII.2亚型,暗示此亚型毒株可能已逐步取代基因VII.1.1亚型,成为家禽中的优势流行毒株。本研究进一步掌握了我国基因VII型新城疫病毒的遗传特性,从而为科学防控该病提供了参考。     

新城疫病毒分子流行病学研究进展

新城疫在世界范围内已经引起了4次大流行,每次大流行都是由一种新基因型引起的。尽管新城疫病毒只有1个血清型,但其基因型众多。论文主要综述了新城疫病毒基因型的划分方法以及国内外不同时期新城疫的流行状况及其特点,分析了国内外流行毒株及流行趋势,目前在国内外三大家禽中主要流行基因Ⅶd亚型毒株,鸽群中主要流行基因Ⅵb亚型毒株,为我国新城疫的防控提供理论基础。此外,弱毒株在新城疫的传播中所起的作用也值得关注。     

不同基因型新城疫病毒强毒株对鸡的致病性

就不同基因型新城疫病毒强毒株对鸡的致病性进行了比较。用3种基因型（Ⅵg、Ⅶd亚型、Ⅸ型）新城疫病毒强毒株分别人工感染25日龄雏鸡，结果各株病毒接种鸡均100％发病、100％死亡，表现出嗜内脏型新城疫病毒感染引起的典型的新城疫症状和病理变化。免疫组化检测发现．攻毒鸡多种组织器官中能检测到病毒抗原，在能检测到病毒抗原的器官中，病毒抗原主要定位于淋巴细胞、网状细胞、巨噬细胞、肝细胞及各种上皮细胞的胞浆内；新城疫病毒对肠相关淋巴组织的亲嗜性优先于附近的上皮。本试验结果表明．基因Ⅵg、Ⅶd亚型、Ⅸ型新城疫病毒强毒株对鸡均具有高度致病性。     

鹅源新城疫病毒云南流行株免疫交叉保护试验

用分离的鹅新城疫病毒KM2007株尿囊液制成油乳剂灭活苗,和NDV油乳剂灭活苗分别接种10日龄未免疫雏鸡和未免疫雏鹅,并设非免疫对照组。免疫后21 d,试验组和对照组每只鸡和鹅分别注射0.1 mL鹅新城疫病毒KM2007株尿囊液10-1稀释液,结果对照组鹅和鸡分别出现典型的鹅新城疫和鸡新城疫的症状和病理变化,而试验组鹅和鸡全部健活。结果表明,鹅新城疫病毒KM2007株油乳剂灭活苗及NDV油乳剂灭活苗均可保护鹅和鸡免受鹅新城疫病毒野毒的攻击。     

一株鹅星状病毒变异毒株的基因组特征与致病性分析

旨在研究引起雏鹅痛风的新型鹅星状病毒流行株特征。本试验从安徽省鹅星状病毒阳性雏鹅组织中进行病毒分离,并对分离的毒株进行全基因组测序,随后进行遗传进化分析。结果表明,病毒液接种9~11日龄鹅胚可成功分离到病毒,将其命名为GASTV-ZM株。IFA （indirect immunofluorescence assay）鉴定为阳性。基因组序列分析表明,ZM株鹅星状病毒基因组全长7 175 nt,ORF2基因核苷酸和氨基酸与2014—2020年间分离毒株的同源性分别为96.7%~98.9%和96.9%~99.0%,ORF2基因编码的氨基酸序列结果显示,3个氨基酸突变位点与以往存在显著差异,ZM株与2016年以来在我国流行的新型鹅星状病毒处于同一进化分支,与2020分离株HNSQ-6株和XT1株同源性较高。本研究为进一步研究该病毒的致病性和致病机理奠定基础。     

鸿雁源鸭甲肝炎病毒Ⅰ型的分离与鉴定

为了对一起死亡率高达91．3％、急性死亡的鸿雁病例进行病原学分析,通过细菌分离排除法和病毒分离方法获得致鸭胚死亡病毒（暂命名为FJ-017株）。该病毒无血凝活性,用鹅细小病毒、番鸭细小病毒、鸭呼肠孤病毒、鸭甲肝炎病毒1型、鸭瘟病毒、鸭坦布苏病毒特异引物分别进行扩增,电泳结果显示,仅鸭甲肝炎病毒1型引物可扩增出条带。将扩增产物回收后克隆,序列分析表明FJ-017株与22株DHAV-1参考株的同源率为93．5％-99％,而与DHAV-2和DHAV-3参考株的同源性均为79．9％。遗传进化分析表明FJ-017株与DHAV-1关系密切,在进化树中共处一分支,表明FJ-017株为鸭甲肝炎病毒1型,此为国内外首次报道。     

重庆部分地区鹅副黏病毒的分离鉴定及血清学调查

从重庆部分地区规模化鹅场收集以肝、脾肿大瘀血,肠黏膜出血、坏死为主要病理变化的病死鹅,无菌取其肝脏、脾脏组织,进行病毒的分离培养、血清学试验和动物回归试验,分离鉴定出一株鹅副黏病毒;并做了鸡、鸭、鹅的鹅副黏病毒和鸡新城疫病毒HI抗体检测,以了解该地区鸡、鸭、鹅群中副黏病毒的流行情况,结果表明,鸡的阳性率分别为70.1%、83.9%,鸭分别为1.7%、6.8%,鹅分别为61.2%、55.4%。证实鹅副黏病毒在这些地区感染比较严重,同时与鸡新城疫病毒存在交叉免疫原性。应引起当地养鹅专业户的高度重视。     

鹅源新城疫病毒云南流行株动物回归试验

用分离的鹅源新城疫病毒KM2007株尿囊液分别接种25日龄非免疫雏鹅和25日龄非免疫雏鸡各20只,对照组每只鸡肌肉注射生理盐水。结果试验组鹅和鸡分别出现典型的鹅新城疫病和鸡新城疫的临床症状和病理变化,对照组全部健活。从发病及死亡鹅和鸡的脑/脾中分离到病毒。试验结果表明,分离病毒KM2007株与鹅自然感染发病的病原一致。     

鹅副黏病毒与新城疫病毒对鸡胚和鹅胚成纤维细胞的感染性分析

用鸡新城疫病毒F48E9,Komarov, LaSota,V4/66株和鹅副黏病毒SF02株分 别感染鸡胚和鹅胚成纤维细胞,用MTT显 色方法检测存活细胞数目。结果表明,不同 毒力新城疫病毒致细胞病变的作用不一样, 鸡新城疫强毒F48E9株和鹅副黏病毒SF02 株均引起两种细胞几乎全部死亡,感染动物 时,SF02与NDV强毒株的致病性有显著的 区别,但感染细胞时,二者并无明显差别; NDV与GPMV在感染水禽时的致病性差异 并不是因为诸如细胞膜受体等细胞水平的因 素不同造成的,可能与干扰素途径有关。     

野禽新城疫病毒F和HN基因的遗传变异趋势

野禽携带的新城疫病毒是新城疫流行传播的重要的潜在传染源.结合本实验室克隆测序的鸽NDV(PB9601)、企鹅NDV(QE01)以及GenBank下载的44株野禽(包括野鸭、鹦鹉、鸽子、天鹅、鸳鸯、雁、火鸡等)的NDV毒株的融合蛋白(Fusion gene,F)基因和血凝素蛋白(Hemagglutinin-neuraminidase gene,HN)基因分别进行了F蛋白裂解位点、基因分型以及F和HN基因氨基酸全长的遗传距离分析.结果表明:野禽感染NDV F基因的基因型以Ⅶ和Ⅵ为主,同时I、II、V和IX多种基因型并存.同一种属、同一地区的毒株间的遗传距离较近,具有明显的种属性和区域性,且绝大多数分离株与经典毒株LaSota、V4、B1、TEX-48等的遗传距离相对较远;对HN基因的遗传进化关系分析得出了相似的结论.     

新城疫流行株GX-08全基因序列分析及其对鸭的致病性研究

2008年从患病免疫鸡群中分离到1株新城疫病毒（Newcastle disease virus,NDV）流行株,经致病指数测定为强毒株,编号为GX-08。致病性试验表明,GX-08株对鸭具有感染性和致病性。参照GenBank发表的NDV基因序列设计10对特异性引物,采用RT-PCR方法对GX-08株全基因组序列分段进行扩增。拼接后序列分析表明GX-08株的全基因组序列总长为15192 nt,包含6个开放阅读框,分别编码6种蛋白质NP、P、M、F、HN和L。F基因裂解位点处的氨基酸序列为112R-R-Q-K-R-F117,符合强毒株氨基酸序列特点。F基因第47—420位片段基因分型分析结果表明,该流行株属于基因Ⅶ型。     

六株传染性支气管炎病毒的生物学特性鉴定及遗传进化分析

从华南地区疑似传染性支气管炎的病料中,分离到6株传染性支气管炎病毒并对这些分离株进行鸡胚矮小化试验、新城疫病毒干扰试验、血凝特性试验、鸡胚气管环感染试验、S1基因的克隆测序与序列分析。结果表明,各分离株均对鸡胚有明显的致矮小化作用;对新城疫病毒有明显的干扰作用;无直接血凝性,经10g/L胰酶处理后,可凝集鸡的红细胞;对鸡胚气管环有明显的感染致病变作用;利用RT-PCR方法,成功扩增出分离株的S1基因,与参考株S1基因序列比对,其中1株(GD-09II)属于Mass型,剩下5株与LX4型亲缘关系较近。     

鹅新城疫病毒RT-LAMP可视化检测方法的建立

本研究拟建立一种能在基层实时、便捷诊断鹅新城疫病毒（goose Newcastle disease virus，GNDV）的检测方法。根据GenBank中公布的GNDV F基因的高度同源保守序列设计特异性引物，并在反应体系中添加钙黄绿素/氯化锰指示剂，建立可视化RT-LAMP检测方法。结果显示，建立的方法能特异地检测出GNDV及NDV Lasota疫苗株，而小鹅瘟病毒（GPV）、禽流感病毒（AIV）、鸭坦布苏病毒（DTMUV）等其他病毒均为阴性。所建立的GNDV可视化RT-LAMP检测方法对RNA的最低检测限为10 pg，反应过程不需PCR仪等复杂的仪器，50 min即可完成反应，可经肉眼观察反应体系颜色判定结果。该方法特异性强、灵敏度高，且操作安全、简便、快捷，可满足基层筛查GNDV的需求。