海南黑山羊及其F1代杂交羊背最长肌转录组测序比较分析

为了鉴定和分析海南黑山羊与其F1代杂交羊(努比亚山羊公羊与海南黑山羊母羊杂交)背最长肌中差异表达的mRNA和lncRNA,试验以6月龄海南黑山羊及其F1代杂交羊公羊为试验动物,逐头采集背最长肌样品,采用RNA-Seq技术和生物信息学方法对两种山羊背最长肌进行转录组测序分析,运用DESeq软件鉴定两种山羊背最长肌组织间差异表达的mRNA和lncRNA,对差异表达基因进行GO功能注释、KEGG信号通路富集分析,同时对差异表达的lncRNA进行靶基因预测分析。结果表明：海南黑山羊及其F1代杂交羊背最长肌间存在276个差异表达的mRNA,其中1个mRNA只在海南黑山羊背最长肌中表达,2个mRNA只在F1代杂交羊背最长肌中表达;在273个共同表达的mRNA中,根据差异倍数大小,排名前10位的分别是NDUFB5、TMEM237、LOC102170968、TXLNB、GPR63、OSBPL1A、KERA、LOC108638040、BMF、HSP70.1。存在145个差异表达的lncRNA,其中16个只在海南黑山羊背最长肌中表达,7个只在F1代杂交羊背最长肌中表达。276个差异表达基因共富集在50个G...     

影响山羊产羔数lncRNA的筛选及功能分析

旨在分析高、低繁殖力川中黑山羊卵巢组织中长链非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA)的表达谱,探讨lncRNA与山羊生殖调控的关系,为解释lncRNA在山羊繁殖调控中的分子机制提供理论依据。本研究选择3胎以上的10头健康川中母羊(3.5～4.5岁),将其分为高繁组和低繁组。高繁组为每胎产羔数在2头以上的母羊(n=6),低繁组为每胎产羔数为1头的母羊(n=4)。同期发情后,采集高繁和低繁山羊的卵巢样品,并从中提取总RNA构建测序文库,通过HigSeq X ten平台进行测序,筛选出差异lncRNAs,通过对差异显著的lncRNAs与mRNAs位置关系以及结合能的判定预测顺式作用的靶基因,并对其进行GO和KEGG通路分析。最后,随机抽取6个差异lncRNAs进行实时荧光定量验证。结果表明,本研究共鉴定出168个差异表达lncRNAs,其中,163个lncRNAs在高繁组卵巢显著上调,5个lncRNAs在低繁组卵巢显著上调。筛选出的差异表达lncRNAs可能为调控山羊繁殖力的候选lncRNAs,包括ENSCHIG00000001479、ENSCHIG00000002617和ENSCHIG00000002622等。这些候选lncRNAs的靶基因(MYC、CDH2、FGF9、PPARGC1A等)主要富集于Jak-STAT、细胞黏附分子及AMPK等信号通路,ENSCHIG00000001479的靶基因MYC参与了Jak-STAT、TGF-β和MAPK通路;ENSCHIG00000002617和ENSCHIG00000002622的靶基因CDH2参与了细胞黏附分子通路。通过qRT-PCR验证发现,定量结果与测序结果基本一致。研究结果推断,ENSCHIG00000001479、ENSCHIG00000002617和ENSCHIG00000002622等lncRNAs可能对山羊生殖发育过程中的卵巢发育及排卵等进程具有重要的调控作用,认为鉴定出的差异表达lncRNAs与山羊产羔数有关。本研究利用RNA-Seq技术筛选高、低繁殖力山羊的差异表达lncRNAs,并对其进行GO和KEGG功能分析,为探讨山羊产羔数的繁殖机制提供更完善的转录组数据。     

海南黑山羊与努比亚黑山羊杂交后代血液生理生化及免疫指标测定

为了建立海南地区海南黑山羊与努比亚黑山羊杂交后代血液生理生化指标的正常参考值范围,试验选择8月龄海南黑山羊、海南黑山羊与努比亚黑山羊杂交1代和杂交2代各8头,测定其血液生化指标6项、血糖血脂指标5项、抗氧化指标3项和免疫指标3项。结果表明:海南黑山羊血清中的天门冬氨酸氨基转移酶水平显著高于杂交1代(P0.05);海南黑山羊血清中的葡萄糖、高密度脂蛋白和丙二醛含量显著低于杂交1代及杂交2代(P0.05);其他指标均差异不显著(P0.05)。说明与海南黑山羊比较,海南黑山羊与努比亚黑山羊杂交1代及杂交2代的血液生理生化指标存在差异,今后还要加强对其血液生理生化指标的检测。     

幼龄和成年太行山羊附睾头差异竞争性内源RNAs机制分析

旨在筛选出幼龄和成年太行山羊附睾头中差异表达的长链非编码RNAs（lncRNAs）、微小RNAs（miRNAs）和mRNAs,构建太行山羊附睾头中免疫相关基因调控的竞争性内源RNAs（ceRNAs）网络。本研究选取健康状况良好、体重相近的幼龄（2月龄）和成年太行山羊（2周岁）公羊各3只,去势采集其附睾头组织进行全转录组测序,用DESeq2软件筛选出幼龄和成年太行山羊附睾头差异mRNAs、lncRNAs和miRNAs。利用miRanda软件和R-package（reshape2、dplyr、tidyr）,基于ceRNA-score原理分析得到差异ceRNAs表达谱,对预测所得具有ceRNAs关系的mRNAs进行GO和KEGG富集分析,并绘制得到太行山羊附睾头免疫相关ceRNAs网络。最后,各随机挑选8个mRNAs、miRNAs和lncRNAs,并通过qRT-PCR验证全转录组测序结果的准确性。根据分析结果,以幼龄太行山羊附睾头为对照,成年山羊附睾头差异表达mRNAs有6 461个,其中上调2 997个、下调3 464个;差异表达lncRNAs共有1 147个,其中703个上调、444个下调;差异表达miRNAs共有182个,其中81个上调、101个下调。共得到具有ceRNAs调控关系的lncRNAs 366个,其中上调213个,下调153个;mRNAs有3 131个,其中1 253个上调,1 878个下调;miRNAs有140个,其中48个上调,92个下调。分析具有ceRNAs机制的基因发现,表达量显著上调的与免疫相关的mRNAs：淋巴细胞抗原6复合位点蛋白G5B（LY6G5B）、脂质运载蛋白9（LCN9）、解整合素金属蛋白酶28（ADAM28）和粘蛋白15（MUC15）基因在成年太行山羊附睾头表达量高,且极显著高于幼龄太行山羊（P<0.01）。GO和KEGG富集分析表明,具有ceRNAs机制的差异表达基因富集在内质网蛋白加工通路、蛋白质输出通路、粘蛋白型O-聚糖生物合成通路、细胞外基质受体相互作用通路等。qRT-PCR验证结果表明,除chi-miR-320-3p外,其余差异表达的mRNAs、lncRNAs和miRNAs表达趋势与全转录组测序结果一致。附睾头免疫相关ceRNAs网络分析表明,lncRNA-MSTRG.22929.11、lncRNA-MSTRG.57822.5、lncRNA-MSTRG.26758.1、lncRNA-MSTRG.12113.3、lncRNA-MSTRG.59930.2等lncRNAs作为ceRNAs可以调控附睾头免疫相关基因表达。本研究筛选出了幼龄和成年太行山羊附睾头差异ceRNAs,挖掘并绘制了免疫相关的关键ceRNAs网络,这些lncRNAs作为ceRNAs可为太行山羊附睾头免疫调控机制研究提供参考依据。     

影响山羊产羔数lncRNA的筛选及功能分析

旨在分析高、低繁殖力川中黑山羊卵巢组织中长链非编码RNA（long non-coding RNA,lncRNA）的表达谱,探讨lncRNA与山羊生殖调控的关系,为解释lncRNA在山羊繁殖调控中的分子机制提供理论依据。本研究选择3胎以上的10头健康川中母羊（3.5~4.5岁）,将其分为高繁组和低繁组。高繁组为每胎产羔数在2头以上的母羊（n=6）,低繁组为每胎产羔数为1头的母羊（n=4）。同期发情后,采集高繁和低繁山羊的卵巢样品,并从中提取总RNA构建测序文库,通过HigSeq X ten平台进行测序,筛选出差异lncRNAs,通过对差异显著的lncRNAs与mRNAs位置关系以及结合能的判定预测顺式作用的靶基因,并对其进行GO和KEGG通路分析。最后,随机抽取6个差异lncRNAs进行实时荧光定量验证。结果表明,本研究共鉴定出168个差异表达lncRNAs,其中,163个lncRNAs在高繁组卵巢显著上调,5个lncRNAs在低繁组卵巢显著上调。筛选出的差异表达lncRNAs可能为调控山羊繁殖力的候选lncRNAs,包括ENSCHIG00000001479、ENSCHIG00000002617和ENSCHIG00000002622等。这些候选lncRNAs的靶基因（MYC、CDH2、FGF9、PPARGC1A等）主要富集于Jak-STAT、细胞黏附分子及AMPK等信号通路,ENSCHIG00000001479的靶基因MYC参与了Jak-STAT、TGF-β和MAPK通路;ENSCHIG00000002617和ENSCHIG00000002622的靶基因CDH2参与了细胞黏附分子通路。通过qRT-PCR验证发现,定量结果与测序结果基本一致。研究结果推断,ENSCHIG00000001479、ENSCHIG00000002617和ENSCHIG00000002622等lncRNAs可能对山羊生殖发育过程中的卵巢发育及排卵等进程具有重要的调控作用,认为鉴定出的差异表达lncRNAs与山羊产羔数有关。本研究利用RNA-Seq技术筛选高、低繁殖力山羊的差异表达lncRNAs,并对其进行GO和KEGG功能分析,为探讨山羊产羔数的繁殖机制提供更完善的转录组数据。     

南江黄羊与本地黑山羊杂交效果观察

通过杂交试验表明:杂交F1代较本地黑山羊优势明显,杂交F1代平均初生体重高于本地黑山羊F1代48.8%,1、2、3月龄分别高60.2%、63.7%、50.6%,差异显著(P<0.01),值得推广。     

麻城黑山羊及其杂交一代肉质特性的研究

为了给合理利用地方山羊和培育优质肉羊新品种提供依据,试验对麻城黑山羊及其波麻F1代羔羊肥育、屠宰性能和肉质性能进行了分析。结果表明:波麻F1代羔羊在肥育、屠宰性能方面比麻城黑山羊有极显著提高(P<0.01);在肉质特性及营养价值水平方面,波麻F1代基本保持了麻城黑山羊原有的风味和品质,特别在氨基酸总量和鲜味氨基酸含量方面有提高的趋势,但二者差异不显著(P>0.05)。说明波尔山羊杂交改良麻城黑山羊技术可行,可用于进一步培育麻城黑山羊新品系的研究。     

南江黄羊与本他黑山羊杂交效果观察

通过杂交试验表明：杂交F1代较本地黑山羊优势明显，杂交F1代平均初生体重高于本地黑山羊F1代48．8％，1、2、5月龄分别高60．2％、65．7％、50，6％，差异显著（P〈0．01），值得推广。     

杂交改良对麻城黑山羊肌肉化学成分的影响

通过分析麻城黑山羊及杂交后代肌肉的化学成分,旨在探讨杂交改良对麻城黑山羊肌肉品质的影响.选用麻城黑山羊、波尔山羊×麻城黑山羊(简称:波麻F1)、波麻F1×波麻F1(波麻F2)3个组,以放牧加补饲的方式饲养,试验结束时每组选取12只屠宰并进行肌肉化学成分分析.结果表明:麻城黑山羊及杂交后代间常规营养成分差异均不显著(P＞0.05),但水分含量降低,脂肪含量提高;杂交后代肌肉的氨基酸组分完全,且氨基酸总量和鲜味氨基酸含量有提高的趋势,但统计学差异不显著(P＞0.05);肌肉中脂肪酸的测定结果显示,杂交后代肌肉中的棕榈酸(C160)和油酸(C18:1)的含量显著地比麻城黑山羊高(P＜0.05),而亚油酸(C18:2)含量显著地比麻城黑山羊低(P＜0.05);3组山羊的硬脂酸(C18:0)、豆蔻酸(C14:0)、亚麻酸(C18:3)、花生四烯酸(C20:4)含量相近(P＞0.05).结果提示,杂交有助于麻城黑山羊肉质品质的提高.     

用波尔山羊改良贵州本地黑山羊的情况初报

贵州本地黑山羊在农村饲养条件下,由于诸多因素的影响,特别是农户养羊的传统意识与方法落后,加之品种的退化,造成了本地黑山羊生长发育慢,产肉率低,经济效益差的现状。为充分挖掘我县山羊的资源与生产潜力,不断提高养羊经济效益,我县于2001年开始引进世界著名的优良肉用山羊品种——波尔山羊,对本地黑山羊进行杂交改良。为了掌握波本F1代的生产性能和波尔山羊与本地黑山羊的杂交改良效果,     

云岭黑山羊及波云F_1代的育肥性能研究

为比较云岭黑山羊和波云F1代肉羊的产肉性能和肉质特性,为今后云南省的羔羊肉生产提供科学依据,选90只3月龄断奶的波尔山羊×师宗黑山羊（波×师）、波尔山羊×文山黑山羊（波×文）、波尔山羊×楚雄黑山羊（波×楚）F1代的去势公羔和师宗黑山羊、文山黑山羊、楚雄黑山羊的去势公羔进行育肥,育肥期为180 d;抽取6只羊进行屠宰测定与肉质分析。结果表明：在＂放牧＋补饲＂条件下,波云F1代的平均日增重（ADG）明显好于相应本地羊,差异极显著（P〈0.01）。在三个杂交组合中,波×师组的ADG比波×文组和波×楚组高,差异显著（P〈0.05）;在三个纯繁群间的ADG差异不显著（P〉0.05）,说明波×师组合生产速度更快,具有较好的遗传特性,应该作为重点培育的杂交组合类型;在全放牧条件下,波云F1代的ADG与相应纯繁后代比较,差异不显著（P〉0.05）;在＂放牧＋补饲＂条件下,杂交组合的胴体重、净肉重显著高于相应的本地品种,差异显著（P〈0.05）;在全放牧条件下,杂交组合的胴体重、净肉重也高于对应的本地品种,差异不显著（P〉0.05）。杂交组合与本地品种的肉质成份无太大差别。综合看来,＂放牧＋补饲＂方式下以波×师组合为生产肥羔的最佳组合。     

萨能奶山羊杂交改良海南黑山羊早期生长性能研究

测定并比较了海南黑山羊、萨能奶山羊及其F1、F2羊初生重、2月龄、4月龄、6月龄、8月龄、10月龄及周岁的体重与体高、体斜长、胸深、胸宽、胸围、腰角宽等体尺指标.结果表明:①F1、F2羊体重明显高于相应年龄的海南黑山羊,初生至周岁各个生长测定阶段体重分别比海南黑山羊提高了9.09%和11.36%、3.26%和6.70%、8.03%和5.25%、6.67%和12.27%、16.46%和20.90%、32.11%和29.77%、49.37%和51.26%,杂交效果明显;②所有类型羊平均日增重都是随着年龄的增长逐渐降低,而ADG(10月龄)有一个不同幅度的提升;③F1、F2羊各阶段平均日增重与海南黑山羊相比,随着年龄的增长其提高幅度逐渐加大,表明F1、F2羊的杂种优势是随着年龄的增加而逐步体现出来的;④体高方面,F1、F2羊与海南黑山羊相比,早期差异不大,随着年龄的增长差异逐渐增大,而体斜长各个生长阶段差异都不大,说明F1、F2体型有朝着其父本(萨能奶山羊)的方向发展的趋势.该项研究结果能为海南黑山羊的合理开发利用及杂交育种提供理论基础和科学依据.     

波尔已山羊与贵州黑山羊杂交改良效果研究

为对贵州黑山羊的选育与开发利用提供理论依据,试验以波尔山羊为父本,贵州黑山羊为母本,开展杂交效果研究,对波本一代(F1)和贵州黑山羊纯繁一代(F1)的产羔率、相关月龄体重变化及体尺进行对比分析.结果表明:波尔山羊配种能力强,产羔率、双羔率及成活率较之"本×本"杂组合均有较大幅度的提高,分别提高13.25%、19.49%...     

波尔山羊与云岭黑山羊不同类群的杂交效果

通过云岭黑山羊不同类群纯种繁育和波尔山羊与云岭黑山羊不同类群的杂交,结果表明:波尔山羊公羊与文山黑山羊、师宗黑山羊和楚雄黑山羊母羊杂交,其母羊产羔率、双羔率和成活率均有较大幅度提高,文山黑山羊母羊分别提高11.0、7.5和4.14个百分点;师宗黑山羊母羊分别提高29.0、7.7和4.2个百分点;楚雄黑山羊母羊分别提高6.4、4.4和7.9个百分点.波×师F1、波×文F1和波×楚F1初生重比相应的纯繁群公羔分别提高25.0%、12.5%和14.3%,母羔分别提高15.8%、15.0%和15.79%(P<0.05);9月龄体重公羊分别提高19.69%、35.26%和28.94%,母羊分别提高25.00%、54.10%和31.67%(P<0.05).体尺也呈同样的趋势,表明波尔山羊×云岭黑山羊可获得较好的杂交效果.     

五指山猪皮下脂肪组织lncRNA和mRNA的鉴定与分析

为了鉴定和分析五指山猪背部和腹部皮下脂肪组织中差异表达的长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA)和信使RNA(messenger RNA, mRNA),采用RNA-Seq和生物信息学方法对五指山猪皮下脂肪组织中的lncRNA和mRNA进行分析筛选,运用DESeq鉴定背部和腹部皮下脂肪组织中差异表达的lncRNA和mRNA,并对差异表达的lncRNA进行靶基因预测分析。结果显示:在五指山猪皮下脂肪组织中共鉴定出12 875个lncRNA,其中正义型10 155个、反义型278个、内含子型246个、基因间型2 196个;在背部与腹部皮下脂肪间,存在184个差异表达的mRNA,其中前十位分别是ZIC1、ZIC4、HAND2、CCBE1、RPH3A、ISM1、ANXA8、SLITRK4、DSG2、EVPL,存在45个差异表达的lncRNA,其中6个只在背部皮下脂肪中表达、18个只在腹部皮下脂肪中表达;获得差异表达lncRNA的靶基因共109个,包括顺式作用的靶基因和反式作用的靶基因。本试验为进一步研究lncRNA和mRNA调控猪皮下脂肪发育的分子机制提供科学依据。     

黑山羊在四川省昭觉地区的适应性观察

为了解决四川省昭觉地区本地山羊近亲繁殖和品种退化严重的问题,特从四川省凉山彝族自治州会理县、美姑县分别引进建昌黑山羊母本和美姑黑山羊父本进行杂交并观察其适应性,对引进的黑山羊及F_1代羊生产指标进行测定。结果显示：F_1代母羊平均日增重122.87 g,F_1代公羊平均日增重143.62 g,与原产地羔羊日增重相当;引进的12~24月龄黑山羊与原产地黑山羊体尺差异不大,体重均比原产地黑山羊高;引进的24月龄以上黑山羊母羊体重比原产地黑山羊高出了23.14%。说明引进品种能够很好地适应昭觉地区的环境,且引进黑山羊杂交生产的F_1代黑山羊能在该地正常生长。     

川中黑山羊与本地黑山羊纯繁与杂交

<正>1前言引入优良川中黑山羊品种改良本地山羊在重庆已取得了显著效果。研究表明,川中黑山羊与本地黑山羊杂交改良有显著的效果,杂一代表现为体尺增加,体格增大,适应能力强,生长发育速度快。为了促进山羊养殖业商品化、产业化进程,提高山羊养殖效益,利用川中黑山羊与本地黑山羊进行杂交。2材料与方法2.1试验地点自然概况该试验在彭水县老村长黑山羊养殖场。2.2繁殖方法选择体重、年龄、胎次基本相近的本地黑山羊30只,随机分     

海南黑山羊的种质特性与生态特征

海南省黑山羊主要有3大种类(普通黑山羊、东山羊、壅羊),其外貌特征、体重大小基本完全相同,而差异在肉质与品味.这3类羊的内在基因共属海南黑山羊(雷州山羊)的基因,只是在不同的饲养管理条件下产生了非遗传性变异形成的表型差异.东山羊主产于海南万宁市的东山岭,因东山岭岩石繁多,山坡陡峭,岭上胜产东山羊喜爱采食的特异灌木杂草,如鹧鸪茶、灵芝草、猪肚刺、加皮刺、蜈蚣藤、无头藤、上山虎等,再加上东山羊日间跳跃于岩石之间,登高采食,夜间山上栖息,日久造就了健壮的体骼与饱满的肌肉和细嫩鲜美的肉质.海南黑山羊在热带自然条件下经过人民群众长期选择而育成的优良肉用山羊品种.在全省均有分布,尤以万宁、琼山、澄迈县等市县最多,全省目前黑山羊存栏量113.64万只,年产黑山羊肉1.25万t.……     

川中黑山羊和雷州山羊大小卵泡转录组学分析

试验旨在通过比较两个品种山羊大小卵泡的mRNA表达图谱来挖掘影响山羊卵泡发育的基因,为进一步阐述山羊卵泡发育机制提供数据基础。使用氯前列醇钠对川中黑山羊和雷州山羊进行同期发情处理,屠宰后采集卵巢并在体视显微镜下分离单个卵泡（大卵泡>6 mm;小卵泡<3 mm）,提取卵泡组织总RNA进行RNA-seq,利用生物信息学方法检测mRNA表达谱,筛选差异基因,并对其进行GO功能、KEGG通路富集分析。结果显示,川中黑山羊大小卵泡差异基因共4 451个,雷州山羊2 355个,二者共有差异基因1 771个。分析筛选出两个品种共有（INHBA、INHA、CYP19A1、KITLG、LHCGR和STAR）及各自特有（IGFBP6、BMP6和BMPR2）的已报道与卵泡发育相关的基因,此外还筛选出可能与这两种山羊繁殖性能相关的基因（GADD45B、TC2N和MSMO1）。GO功能分析显示,两个品种共有差异基因主要与各种物质的跨膜转运活性有关;KEGG通路分析显示,类固醇生成、细胞因子受体相互作用和cAMP信号通路在两个品种中均存在显著变化。类固醇生成过程中细胞色素P450代谢差异可能是川中黑山羊高产仔数的一个潜在因素。本研究结果为进一步探究山羊卵泡发育的基因功能及不同山羊品种繁殖性能差异提供参考。     

川中黑山羊和雷州山羊大小卵泡转录组学分析

试验旨在通过比较两个品种山羊大小卵泡的mRNA表达图谱来挖掘影响山羊卵泡发育的基因,为进一步阐述山羊卵泡发育机制提供数据基础。使用氯前列醇钠对川中黑山羊和雷州山羊进行同期发情处理,屠宰后采集卵巢并在体视显微镜下分离单个卵泡(大卵泡6 mm;小卵泡3 mm),提取卵泡组织总RNA进行RNA-seq,利用生物信息学方法检测mRNA表达谱,筛选差异基因,并对其进行GO功能、KEGG通路富集分析。结果显示,川中黑山羊大小卵泡差异基因共4 451个,雷州山羊2 355个,二者共有差异基因1 771个。分析筛选出两个品种共有(INHBA、INHA、CYP19A1、KITLG、LHCGR和STAR)及各自特有(IGFBP6、BMP6和BMPR2)的已报道与卵泡发育相关的基因,此外还筛选出可能与这两种山羊繁殖性能相关的基因(GADD45B、TC2N和MSMO1)。GO功能分析显示,两个品种共有差异基因主要与各种物质的跨膜转运活性有关;KEGG通路分析显示,类固醇生成、细胞因子受体相互作用和cAMP信号通路在两个品种中均存在显著变化。类固醇生成过程中细胞色素P450代谢差异可能是川中黑山羊高产仔数的一个潜在因素。本研究结果为进一步探究山羊卵泡发育的基因功能及不同山羊品种繁殖性能差异提供参考。