绵羊心脏脂肪酸结合蛋白基因单核苷酸多态性分析

试验旨在探讨心脏脂肪酸结合蛋白(heart fatty acid-binding protein,H-FABP)基因在绵羊中的遗传多态性,并寻找可用于辅助选择的分子标记。本研究以滩羊(250只)及滩羊×湖羊杂交F1代(174只)为试验动物,利用SNaPshot分型技术对H-FABP基因(GenBank登录号:AY157617)的多态位点进行单核苷酸多态性(SNP)分析,统计基因频率和基因型频率,进行Hardy-Weinberg平衡性检测,计算期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)和有效等位基因数(Ne)等遗传多态指标,分析候选基因不同基因型与体重、体长、体高、胸围、胸深、胸宽和管围等生长性状的关联性。结果显示:(1)检测到9个多态位点:939[A/G]、980[G/A]、1018[T/C]、2878[C/T]、2956[C/T]、3017[G/A]、3341[G/C]、3394[T/A]、1056[-/G],其中有6处转换、2处颠换、1处单碱基插入。(2)939[A/G]、980[G/A]、2956[C/T]、3341[G/C]、3394[T/A]和1018[T/C]的He为0.3200~0.4666,PIC为0.2688~0.3577;2878[C/T]、3017[G/A]位点的He为0.0283~0.1272,PIC为0.0279~0.1191,为低度多态;1056[-/G]位点的He在滩羊、滩羊×湖羊杂交F1代群体中分别为0.0120和0,PIC在滩羊、滩羊×湖羊杂交F1代群体中分别为0.0119和0;9个多态位点在滩羊、滩羊×湖羊杂交F1代群体中均符合Hardy-Weinberg平衡定律。(3)5个多态位点:939[A/G]、980[G/A]、2956[C/T]、3341[G/C]、3394[T/A]处于紧密连锁(D’0.99),将H-FABP基因分为3个单倍型:AA、AB和BB。(4)在41只滩羊×湖羊杂交F1代羊中,BB单倍型在各生产性状上具有最大值,但各单倍型间差异不显著(P0.05)。结果表明,绵羊H-FABP基因具有丰富的遗传多态性,939[A/G]、980[G/A]、2956[C/T]、3341[G/C]、3394[T/A]5个位点紧密连锁,BB单倍型可能是与绵羊生产性状相关的优势单倍型。     

不同绵羊群体间心脏型脂肪酸结合蛋白基因第2外显子单核苷酸多态性的研究

以东北细毛羊、小尾寒羊、杜泊和道赛特4个群体为研究对象,采用PCR-SSCP方法对心脏型脂肪酸结合蛋白(heart fatty acid binding protein,H-FABP)基因第2外显子单核苷酸多态性进行检测。结果发现,H-FABP基因第2外显子存在939(A/G)、980(G/A)、1013(A/C)和1018(T/C)4个SNP位点,表现出AA、AB、BB 3种基因型;在东北细毛羊、小尾寒羊和杜泊群体中,BB型为优势基因型,在道赛特群体中,AB型为优势基因型;经χ²检验后,4个绵羊品种群体的基因频率和基因型频率均处于Hardy-Weinberg平衡状态;群体遗传多态性分析结果表明,东北细毛羊、杜泊和道赛特3个群体中的多态信息含量(PIC)均处于0.25和0.50之间,为中度多态,小尾寒羊为低度多态(PIC＜0.25);进一步分析结果表明,各个群体存在不同程度的遗传变异。     

鸭PMEL17基因多态性与羽色性状相关性研究

为了探讨PMEL17基因对鸭羽色遗传性状的影响,试验以樱桃谷鸭(父本)和凤头白羽鸭(母本)的杂交F1代个体为样本,对PMEL17基因外显子进行PCR扩增并直接测序,利用生物信息学软件进行多态性分析,并与羽色进行关联。结果表明:在PMEL17基因编码区发现5个多态位点1904(C/G)、1961(T/C)、2102(C/T)、2110(G/A)和2143(A/G)的碱基突变引起了氨基酸的变化。群体遗传学分析显示,1904(C/G)、2102(C/T)、2110(G/A)和2143(A/G)位点表现为中度多态(0.25PIC0.5),1961(T/C)位点表现为低度多态(PIC0.25)。χ~2检验表明鸭F1代群体在1904(C/G)、1961(T/C)、2102(C/T)、2110(G/A)和2143(A/G)位点均达到Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。关联分析表明,PMEL17基因1904(C/G)、1961(T/C)和2143(A/G)位点基因型分布与鸭羽色具有显著或极显著差异(P0.05或P0.01),由此推测PMEL17基因与鸭羽色性状具有一定的关联性。研究结果为后期的育种工作提供了一定的理论基础。     

CTGF、Gprin3基因多态性及其与牦牛体尺性状的关联分析

【目的】 检测牦牛结缔组织生长因子（CTGF）和G蛋白调节诱导神经突增生家族亚型因子3（Gprin3）基因的单核苷酸多态性（SNP），并分析多态位点与牦牛体尺性状的关联性。【方法】 以西藏的斯布牦牛、帕里牦牛、类乌齐牦牛、申扎牦牛及四川的麦洼牦牛5个类群260头个体为研究对象，利用基因池筛选技术检测CTGF、Gprin3基因SNP位点，分析其多态信息含量、有效等位基因数、纯合度及杂合度等指标，利用最小二乘线性模型分析不同基因型与牦牛体尺性状的关联性。【结果】 牦牛CTGF基因存在3个SNPs位点，分别为T1537A、C2195T和C2421T，均位于内含子区，其中T1537A位点在斯布牦牛和麦洼牦牛中均处于Hardy-Weinberg平衡状态，而在帕里牦牛、类乌齐牦牛和申扎牦牛中均偏离Hardy-Weinberg平衡状态，该位点与牦牛体高呈显著相关（P<0.05）；C2195T位点在5个牦牛类群中均处于Hardy-Weinberg平衡状态，且处于中度多态（0.25<PIC<0.5）；C2421T位点在5个牦牛类群中均处于Hardy-Weinberg平衡状态，该位点与牦牛体重、体斜长、胸围、管围和前肢长均呈显著相关（P<0.05）。牦牛Gprin3基因共发现4个SNPs，分别为G310C、C414T、C1100T和G1213A，其中G310C、C414T及C1100T位点在5个牦牛类群中均处于Hardy-Weinberg平衡状态；G1213A位点在类乌齐牦牛中偏离Hardy-Weinberg平衡状态，在其余4个类群中均处于Hardy-Weinberg平衡状态；G310C位点在5个牦牛类群中均处于低度多态（PIC<0.25），C414T和C1100T位点在类乌齐牦牛、斯布牦牛中均处于中度多态，G1213A位点在类乌齐牦牛中处于中度多态，在其余牦牛类群中为低度多态；C414T位点与牦牛体重、体高、体斜长和胸围均呈显著相关，而在斯布牦牛和申扎牦牛中C1100T位点与其胸围和前肢长均呈显著相关（P<0.05）。【结论】 牦牛CTGF和Gprin3基因具有丰富的多态性，CTGF基因T1537A、C2421T位点及Gprin3基因C414T、C1100T位点均与牦牛体尺性状有关，可作为影响生长发育性状的候选基因及基因座用于牦牛定向选育。     

乌湖杂交羊GnRHR与INHA基因多态性及其互作效应对产羔数的影响

试验旨在探究GnRHR和INHA基因遗传变异及其互作效应对绵羊产羔数的影响。参考GenBank发布的绵羊GnRHR基因（登录号：AH004943）和牛INHA基因（登录号：U16237）的DNA序列设计引物，采用PCR-SSCP技术检测GnRHR和INHA基因在乌湖羊、湖羊、乌骨绵羊中的遗传多态性，分析多态位点与产羔数的相关性，以及GnRHR和INHA基因间互作效应。结果显示，乌湖羊和湖羊群体GnRHR和INHA基因均存在多态位点，分别检测到GG、GC、CC和AA、AB、BB基因型，乌骨绵羊因样本较少，未发现多态位点。测序发现，GnRHR基因编码区198 bp处发生G→C突变，导致甘氨酸变为精氨酸，为错义突变；INHA基因877 bp处发生T→C突变，为同义突变（仍为天冬氨酸）。遗传学分析显示，GG和AA为优势基因型，G和A为优势等位基因；χ²适合性检验显示，试验羊群体GnRHR和INHA基因型分布处于Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）；分析GnRHR与INHA基因互作效应发现，基因互作效应在乌湖羊和湖羊群体差异显著（P<0.05），ABCC互作基因型互作效应最大，AAGG互作基因型互作效应最小。乌湖羊ABCC互作基因型的平均产羔数比AAGG互作基因型多1.68只，湖羊ABCC互作基因型产羔数比AAGG互作基因型多1.32只，ABCC互作基因型比AB和CC基因型的产羔数都高，表明互作效应与羊产羔数呈正相关。本研究认为，INHA基因T877C位点与GnRHR基因G198C位点互作基因型与绵羊产羔数紧密关联，对试验羊群体产羔数影响显著。     

三江黄牛DKK1、DKK4和MyoG基因遗传多态性分析

为开展三江黄牛遗传多态性分析,利用DNA池直接测序法对三江黄牛DKK1、DKK4和MyoG基因全序列进行遗传多态性分析。结果表明:三江黄牛DKK1基因存在A1051G、G1152T2个突变位点,均存在3种基因型,处于中度多态(0.25PIC0.50),符合Hardy-Weinberg平衡。DKK4基因检测发现C1949T和C1749T突变位点,位点C1949T存在3种基因型,位点C1749T发现2种基因型,均符合Hardy-Weinberg平衡,其中C1949T处于中度多态(0.25PIC0.50),遗传变异较大,C1749T为低度多态(PIC0.25);MyoG基因未发现多态位点,为三江黄牛经济性状的遗传改良提供理论依据。     

摩拉水牛二酰甘油酰基转移酶2基因的多态性检测

本研究旨在检测水牛二酰甘油酰基转移酶2（diacylglycerolacylt-ransferase,DGAT2）基因的单核苷酸多态性（SNP）,探究摩拉水牛多态性位点的群体遗传特征。以广西水牛研究所的57头摩拉水牛为材料,PCR扩增DGAT2基因的部分序列（外显子2及内含子2、3）,通过常规测序法检测其SNP,并运用遗传多样性分析软件（POPGENE）和SPSS软件对群体的多态性位点进行基因频率、基因型频率、多态信息含量（PIC）、有效等位基因数（Ne）及遗传杂合度（He）的检测。结果表明,在摩拉水牛DGAT2基因外显子2和内含子2、3上共发现了9个SNPs位点（IVS2.54 G > A、IVS2.158 A > G、EVS2.191 A > G、EVS2.228 A > G、IVS3.311 C > T、IVS3.444 A > G、IVS3.451 A > C、IVS3.466 C > T、IVS3.521 C > T）,其中EVS2.191 A > G位点的突变导致氨基酸由异亮氨酸突变为缬氨酸,突变位点间存在一定程度的连锁遗传但接近连锁平衡状态。从基因频率上看,IVS2.158 A > G、EVS2.191 A > G、IVS3.311 C > T、IVS3.451 A > C、IVS3.466 C > T和IVS3.521 C > T 6个SNPs位点的两个等位基因频率有较大差异,提示等位基因频率较大的基因个体可能更适合生存。9个SNPs位点在摩拉水牛品种上多处于高度多态,杂合度在0.1744~0.4975之间,说明摩拉水牛群体中DGAT2基因遗传多态性丰富,具有较大的育种价值和性状改良潜力。     

Clock基因多态性与不同发情模式绵羊产羔数的关联分析

本研究旨在探究绵羊Clock基因g.70873128G>A、g.70875941C>T和g.70885750G>T位点多态性与绵羊产羔数之间的关系，以期为绵羊高繁殖力分子育种提供新的遗传标记。利用Sequenom MassARRAY?SNP技术对常年发情绵羊品种（小尾寒羊、湖羊和策勒黑羊）和季节性发情绵羊品种（滩羊、苏尼特羊和草原型藏羊）Clock基因3个多态位点多态性进行检测，并与小尾寒羊产羔数进行关联分析。分型结果表明：g.70873128G>A位点存在AA、AG和GG 3种基因型，g.70875941C>T位点存在TT、TC和CC 3种基因型，g.70885750G>T位点存在GG、GT和TT 3种基因型。群体遗传学分析表明：3个位点基因型频率和等位基因频率在2种发情模式绵羊品种间均达到差异极显著水平。g.70873128G>A位点在滩羊和草原型藏羊中表现为中度多态（0.25T位点和g.70885750G>T位点在策勒黑羊和滩羊中表现为中度多态（0.25相似文献   

贵州白山羊PRDM16基因表达及多态性与生长性状关联分析

为了分析贵州白山羊PRDM16(Positive Regulatory Domain Containing 16,PRDM16)基因表达水平及核苷酸变异位点（SNPs）与生长性状的关联性，本研究利用混合池测序筛选PRDM16基因变异位点，采用PopGene 32.0软件计算等位基因频率、基因型频率、遗传纯合度（Ho）、遗传杂合度（He）、有效等位基因数（Ne）和Hardy-Weinberg平衡状态；应用PIC软件计算多态性信息含量（PIC），应用RT-PCR检测PRDM16基因在不同性别白山羊背最长肌中表达水平；应用MINTAB软件分析核苷酸变异与生长性状的关联性。结果表明，贵州白山羊PRDM16基因P2区存在1个核苷酸变异位点g.342 A/G，且该位点的Ho高于He,PIC检测为中度多态，偏离Hardy-Weinberg平衡状态。RT-PCR结果表明，PRDM16基因mRNA在母羊背最长肌中的表达水平显著高于公羊。关联分析表明，贵州白山羊PRDM16基因g.342 A/G位点变异与胸围显著相关，存在等位基因A的群体具有更高的胸围指标，且等位基因间存在协同效应，杂合型群体AG较纯合型...     

武定鸡脂联素基因多态性分析

[目的]对武定鸡脂联素基因（NC_006096）第1外显子上的c.A99G突变位点进行多态性分析。[方法]翅静脉采集67只武定鸡全血,提取基因组DNA,采用PCR-RFLP法分析Hsp92Ⅱ限制性内切酶对PCR产物进行单酶切的结果。[结果]在c.A99G同义突变位点上存在AA、AB和BB 3种基因型,其中A基因频率为0.686 6,B基因频率为0.313 4;PIC=0.337 8,表明该位点为中度多态位点;χ²适合性检验表明,脂联素基因c.A99G位点处于平衡状态。[结论]采用PCR-RFLP法可有效检测武定鸡脂联素基因c.A99G突变,该位点有3种基因型,等位基因呈中度遗传多态水平且处于平衡状态。     

绵羊Tacr3基因多态性与产羔数的关联分析

本研究旨在探究绵羊速激肽受体3(tachykinin receptor 3,Tacr3)基因g.21484478A>C、g.21560640C>T和g.21560688T>C位点多态性与绵羊产羔数之间的关系,为绵羊高繁殖力分子育种提供新的遗传标记。利用全基因组重测序结合Sequenom MassARRAY?SNP技术对常年发情绵羊品种(小尾寒羊、湖羊和策勒黑羊)和季节性发情绵羊品种(滩羊、苏尼特羊和草原型藏羊)Tacr3基因3个多态位点进行检测,并与小尾寒羊产羔数进行关联分析。结果表明,3个位点均存在3种基因型,其中g.21484478A>C位点存在AA、CC和CA基因型,g.21560640C>T位点存在TT、CC和TC基因型,g.21560688T>C位点存在TT、CC和CT基因型,3个多态位点基因型频率和等位基因频率在两种发情模式绵羊品种间均达到差异极显著水平(P<0.01)。群体遗传学分析表明,g.21484478A>C位点在滩羊和策勒黑羊中均表现为中度多态(0.25T位点在6个绵羊品种中均表现为中度多态;g.21560688T>C位点在小尾寒羊、苏尼特羊、湖羊和草原型藏羊中均表现为低度多态。卡方适合性检验表明,g.21560640C>T位点在6个绵羊品种中均处于哈代-温伯格平衡状态(P>0.05);g.21484478A>C位点在草原型藏羊中处于哈代-温伯格不平衡状态(P<0.05);g.21560688T>C位点在滩羊、策勒黑羊中处于哈代-温伯格不平衡状态(P<0.05)。关联分析表明,3个多态位点与小尾寒羊第一、二、三胎产羔数均无显著关联(P>0.05)。推测Tacr3基因3个多态位点均不适用于小尾寒羊产羔数选育。     

东佛里生羊、湖羊及东湖杂交羊的泌乳性能比较分析

【目的】本研究旨在探索东佛里生羊、湖羊及东湖杂交羊的泌乳性能。【方法】选取同一养殖场健康东佛里生羊（DF）、湖羊（H）、东湖杂交一代（F1）、级杂二代（F2）各197、313、346、364只。收集其在2020—2021年间的日泌乳量数据,使用六次多项式拟合泌乳曲线,估计泌乳曲线参数;采集奶样,用乳品分析仪测定乳脂、乳蛋白、乳糖、总固形物和尿素氮;对奶绵羊乳房拍照进行形态学描述,测量乳头形态数据,包括乳头长度、乳头间距和乳头直径;麻醉后采集空怀期乳腺组织,制作组织切片,苏木精-伊红（HE）染色后镜检。【结果】东佛里生羊泌乳量显著高于杂交一代（P<0.05）,东佛里生羊与级杂二代泌乳量差异不显著（P>0.05）,杂交一代与级杂二代泌乳量均显著高于湖羊（P<0.05）。使用六次多项式模型拟合不同杂交代奶绵羊泌乳曲线,拟合度均高于0.90。东佛里生羊、湖羊、杂交一代、级杂二代泌乳高峰日分别为58、18、45与47 d,泌乳高峰日泌乳量分别为2.31、1.27、2.24和1.97 kg。湖羊乳脂含量显著高于其他杂交代奶绵羊（P<0.05）,东佛里生羊与杂交一代乳蛋白含量差异显著（P<0.05）,湖羊与级杂二代乳蛋白含量差异显著（P<0.05）,各杂交代奶绵羊其他乳成分不存在显著差异（P>0.05）。测量结果表明,湖羊乳头长度显著小于其他杂交代奶绵羊（P<0.05）,级杂二代乳头间距显著高于其他杂交代奶绵羊（P<0.05）。研究未发现乳头大小与泌乳量存在关系。湖羊乳沟浅,乳头朝向与地面平行;东佛里生羊乳沟深,乳头朝向与地面垂直方向夹角<45°;杂交一代与级杂二代的乳房形态结构相似,乳头朝向呈外"八"字形,适合机器挤奶。东佛里生羊、杂交一代与级杂二代乳腺组织发达,乳腺结构中腺泡导管数量均比湖羊密集。【结论】湖羊与东佛里生羊杂交后,级杂二代泌乳量显著提高,乳房形态与乳腺结构结果表明级杂二代有良好的泌乳基础。     

F3代波杂山羊VNN1基因多态性及其与产羔数的关联分析

【目的】 研究泛酰巯基乙胺酶-1(panthenoyl mercaptoethamine-1,VNN1)基因多态性与F3代波杂山羊产羔数的关系,从而从分子水平指导F3代波杂山羊的育种工作。【方法】 选取107只F3代波杂山羊,采集血样提取DNA,根据VNN1基因(登录号:NC_030816.1)外显子序列设计7对引物,进行PCR扩增及测序,运用DNAStar软件分析测序结果,对可能存在的单核苷酸多态性(SNP)位点外显子全群进行PCR扩增测序,并进行Hardy-Weinberg平衡状态及遗传多样性分析;应用SPSS 16.0统计学软件对VNN1基因不同基因型与F3代波杂山羊产羔数进行关联分析。【结果】 在VNN1基因在第5和7外显子中共发现7个SNPs位点:g.10956 A→G、g.11010 C→T、g.11103 C→T、g.11284 C→A、g.11313 T→C、g.18094 C→T和g.18158 G→C,且每个位点均存在3种不同基因型。χ²检验显示,g.10956 A→G、g.11010 C→T、g.11103 C→T、g.11313 T→C和g.18094 C→T位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态,g.11284 C→A和g.18158 G→C位点均处于Hardy-Weinberg不平衡状态。多态信息含量均为中度多态((0.25<PIC<0.5)。关联分析发现,g.11010 C→T和g.11313 T→C位点与F3代波杂山羊产羔数显著相关,其中g.11010 C→T位点CC基因型产羔数显著低于CT和TT基因型,g.11313 T→C位点TT基因型产羔数显著低于TC和CC基因型(P<0.05);g.10956 A→G、g.11103 C→T和g.18158 G→C位点对F3代波杂山羊产羔数均无显著影响(P>0.05)。【结论】 VNN1基因在第5和7外显子中共发现7个SNPs位点,其中g.11010 C→T和g.11313 T→C位点对F3代波杂山羊产羔数有显著影响,VNN1基因可作为F3代波杂山羊的候选基因。     

不同繁殖力绵羊BMPR-IB基因CDS区597位点多态性检测

为探究骨形态发生受体蛋白IB基因(Bone morphogenetic protein receptor IB,BMPR-IB)编码区多态性对绵羊繁殖性能的遗传效应,以湖羊、产单羔蒙古羊、产双羔蒙古羊、产单羔欧拉羊、产双羔欧拉羊母羊为研究对象,对试验群体的BMPR-IB基因CDS区597位点进行了多态性检测。结果显示:在产双羔和产单羔的蒙古羊、欧拉羊中均检测到野生GG基因型、杂合突变GA基因型和纯合突变AA基因型,而湖羊只检测出GA、AA两种基因型。湖羊的优势基因型为AA,优势等位基因为A;产双羔蒙古羊、产双羔欧拉型藏羊、产单羔欧拉型藏羊优势基因型均为GA型,其中产双羔蒙古羊与产双羔欧拉藏羊优势等位基因为A,产单羔欧拉型藏羊优势等位基因为G;产单羔蒙古羊优势等位基因型为GG,优势等位基因为G。经多态信息含量(Polymorphism information content,PIC)及χ~2适合性检测分析可知,产双羔与产单羔的蒙古羊、欧拉羊均处于中度多态(0.25相似文献   

中国五个绵羊群体mtDNA D-环遗传多样性研究

为探讨中国绵羊mtDNA D-环遗传多样性,通过PCR扩增和测序技术,对中国五个绵羊群体mtDNA D-环全序列进行研究,发现这五个绵羊群体mtDNA D-环碱基组成：A、T、G、C平均含量分别为34.66%、28.94%、13.90%、22.50%,（A＋T）%含量明显高于（G＋C）%含量,碱基突变以转换/颠换为主,且在绵羊mtDNA D-环区存在75bp的重复序列,含有4个重复序列是中国绵羊的基本特征;遗传距离分析结果显示,甘肃滩羊与其他中国绵羊群体之间的遗传距离较大,为0.0459-0.0573,其他四个绵羊群体之间遗传距离相对较小,为0.0246-0.0342,核苷酸多样度Pi为0.0323%,说明这五个绵羊群体mtDNA D-环遗传多样性均较贫乏,应该对其遗传资源进行保护。     

哈萨克羊iNOS基因多态性与布鲁氏菌病的相关性分析

试验旨在探讨哈萨克羊诱导型一氧化氮合酶（iNOS）基因多态性与布鲁氏菌病的相关性。使用虎红平板凝集试验（RBPT）方法对231只哈萨克羊血清进行布鲁氏菌病血清学检测,参考GenBank中绵羊iNOS基因序列,针对其第6、7、8外显子及其邻近内含子片段设计引物,利用PCR-SSCP技术和DNA测序技术对231只哈萨克羊的iNOS基因进行多态性检测,分析其SNPs与哈萨克羊布鲁氏菌病易感性的相关性。结果表明,67只哈萨克羊为布鲁氏菌感染阳性,阳性检出率为29.00%。在哈萨克羊iNOS基因的外显子6和8片段上未检测到多态位点,在外显子7片段上检测出F7-T18054C和F7-C18084T 2个多态位点,在F7-T18054C多态位点上检测到3种基因型（TC、TT、CC）,优势等位基因和基因型分别是C型和CT型,其等位基因频率和基因型频率分别是0.660和0.446。在F7-C18084T多态位点上检测到2种基因型（CT、CC）,优势等位基因频率和基因型分别是C和CC型,其等位基因和基因型频率分别是0.946和0.892。F7-C18084T属于低度多态（PIC<0.25）,F7-T18054C属于中度多态（0.25 < PIC < 0.5）。相关性分析表明,F7-T18054C和F7-C18084T多态位点与布鲁氏菌病易感性无显著相关性（P>0.05）。试验结果表明,哈萨克羊iNOS基因F7-T18054C和F7-C18084T多态位点与布鲁氏菌病易感性不存在相关性。     

滩羊和湖羊背最长肌全基因组甲基化差异分析

本研究旨在通过不同品种绵羊背最长肌的全基因组甲基化差异分析,鉴定差异甲基化区域（DMR）和差异甲基化基因（DMG）,为解析绵羊骨骼肌发育差异奠定基础。采用全基因组重亚硫酸盐测序（WGBS）技术开展了周岁龄滩羊、湖羊和滩湖F2代背最长肌全基因组DNA的甲基化水平检测和差异甲基化区域分析,探讨品种间DNA甲基化水平的差异。结果显示,全基因组范围内滩羊、湖羊和滩湖F2代胞嘧啶（C）甲基化（mC）率分别为3.55%、3.18%和3.56%,3个群体的甲基化水平基本一致。对滩羊和湖羊的甲基化水平进行比较,在不同序列环境下共检测到97 731个DMRs和10 784个DMGs。在CG、CHH、CHG序列环境下3个群体甲基化水平无显著差异。对DMGs通过基因本体（GO）和相关信号通路（KEGG）分析,共检测到419个GO条目和20个信号通路,显著富集在细胞过程、细胞组分、结合、长期抑制等相关条目中。筛选出5个与肌肉调控有关的候选基因ACTA2、ROCK1、CALD1、MYH3、MYH10。本研究绘制了滩羊、湖羊和滩湖F2代全基因组甲基化图谱,为表观遗传调控肌肉发育研究和肉质候选基因的筛选提供理论参考。     

Whole Genome Methylation Variation Analysis of Longissimus Dorsi Between Tan Sheep and Hu Sheep

It aimed to identify the differential methylation region (DMR) and differential methylation gene (DMG) through the analysis of the genome-wide methylation difference of the longest muscle of the sheep's back of different breeds of sheep,and laid the foundation for the analysis of the differences in sheep skeletal muscle development.In this study,one-year-old sheep(Tan sheep and Hu sheep and Tan-Hu F2) were sanned by the whole genome bisulfite sequencing method(WGBS).The degree of methylation and differentially methylated region in the whole genome DNA of longissimus dorsi(LD) muscle were studied to explore the difference of DNA methylation in level in sheep.The results showed that the methylation (mC) rates of cytosine (C) were 3.55%,3.18% and 3.56% in Tan sheep,Hu sheep and Tan-Hu F2,respectively.A total of 97 731 DMRs and 10 784 related DMGs were detected.In CG,CHH and CHG sequences,the methylation levels of the three groups were not significantly different.419 GO terms and 20 related signal pathways were detected by GO and KEGG analysis,respectively,which were showed to be significantly enriched in cellular process,cell part,binding,long-term depression,and so on.Five candidate genes,ACTA2、ROCK1、CALD1、MYH3 and MYH10 were sreened out in muscle tissues.This study provided genome-wide methylation of pattern of three groups (Tan sheep and Hu sheep and Tan-Hu F2).The results provided reference information for the epigenetic study of Tan sheep and screened candidate genes related to muscle development and meat quality.     

4个绵羊品种Leptin基因部分片段的SNPs多态性与生长发育性状的相关性分析

利用PCR-SSCP技术对萨福克、陶赛特、得克塞尔及滩羊4个绵羊品种358个个体Leptin基因等2、3外显子进行多态性分析,共检测到7个SNPs,其中新发现5个SNPs。测序结果表明,在外显子2上无突变。内含子2上存在A99G、G115A、C150T、C171T位点。外显子3上,存在G271A;C316A;G387T位点。外显子3上的SNPs使编码的氨基酸发生变化。统计分析表明A99G、C150T和A99G＋C150T位点与生长发育性状存在相关性。在A99G位点,Aa基因型初生质量、日增质量、体高、胸围和尻宽指标上均高于AA基因型,初生质量、日增质量和体高指标差异显著（P〈0．05）,胸围和尻宽指标差异极显著（P〈0．01）。C150T和A99G＋C150T位点结果一致,突变基因型日增重、体高、体长、胸围和尻宽指标均高于野生基因型,差异显著（P〈0．05）。