基于高通量测序分析牛呼吸系统疾病鼻咽微生物多样性和功能预测研究

为研究患呼吸系统疾病(BRD)的牛鼻咽部微生物的多样性及其基因功能,搜集贵州省不同地区3个牛场的患病牛鼻拭子(分别为R1、R2和R3组),利用Illumina高通量测序技术鉴定牛鼻咽部微生物多样性。平均得到细菌类有效序列64 128条,聚类为3 675个操作分类单元(OTUs);真菌类有效序列65 472条,聚类为2 646个OTUs。经分类学鉴定,细菌类属32个门、52个纲、124个目、233个科和582个属;真菌类属14个门、32个纲、97个目、223个科和407个属。细菌中的优势菌群为拟杆菌门(19.19%～47.15%)和变形杆菌门(16.04%～48.53%);属水平下,致病性细菌有支原体(0.68%～7.82%)、曼氏杆菌(0.19%～3.06%)、不动杆菌(0.74%～10.92%)、巴氏杆菌(0.44%～3.97%)和金黄杆菌(0.25%～2.75%)等。真菌中的优势菌群为子囊菌门(40.73%～61.4%)和担子菌门(6.88%～24.3%);属水平下,致病性真菌有曲霉菌属(1.19%～16.26%)、假丝酵母属(0.19%～7.6%)和克柔氏菌属(2.28%～45.1%)等。细菌类KEGG功能分类注释显示,R1组和R2组代谢类的相关通路丰度增加,R3组疾病感染、信号转导等相关通路丰度增加。真菌功能注释显示3组样品中均存在动物病原菌丰度增加。结果表明,患BRD牛鼻咽部微生物组成相似,但相对丰度存在差异;除常见的菌群外,还存在致病性细菌和真菌。     

腹泻试验兔粪便菌群变化的研究

试验旨在研究试验兔腹泻与粪便菌群之间的关系,通过16S rRNA基因测序对腹泻试验兔和健康试验兔的粪便菌群组成及丰度进行了研究。结果显示：共测得369 888条有效序列,得到1 738个OTUs,隶属于14个门、21个纲、53个目、97个科及217个属。腹泻晚期试验兔的粪便菌群α多样性指数显著降低（P<0.05）,微生物丰富度显著下降（P<0.05）。腹泻粪便中厚壁菌门（Firmicutes）、梭状芽孢杆菌纲（Clostridia）、颤螺目（Oscillospirales）、毛螺目（Lachnospirales）、毛螺旋菌科（Lachnospiraceae）、瘤胃球菌科（Ruminococcaceae）及瘤胃球菌属（Ruminococcus）丰度明显下降,变形菌门（Proteobacteria）、γ变形杆菌纲（Gammaproteobacteria）、拟杆菌目（Bacteroidales）、肠杆菌科（Enterobacteriaceae）及埃希氏-志贺氏菌属（Escherichia-Shigella）丰度明显升高。腹泻兔和健康兔粪便中有309个OTUs存在显著差异（P<...     

贵州草海越冬黑颈鹤的肠道真菌多样性初探

为了探究濒危物种黑颈鹤(Grus nigricollis)的肠道真菌群落多样性和优势菌群,试验采用从草海收集的3份新鲜的黑颈鹤粪便进行真菌多样性初探,利用高通量测序技术中的Illumina HiSeq平台对转录间隔区1(ITS1)区域进行测序,对操作分类单元(OTUs)进行聚类分析及α、β多样性指数分析。结果表明:从3份样品中共获得221 048条Tags,平均构建OTUs为367个,共有OTUs仅为7个,主要包括4个门、8个纲、10个目、9个科和5个属。其中子囊菌门(Ascomycota,平均含量为46.9%)和担子菌门(Basidiomycota,平均含量为45.8%)为优势门,前者以座囊菌纲(Dothideomycetes)、锤舌菌纲(Leotiomycetes)和枝孢菌属(Cladosporium)、微白粉菌属(Microidium)为主,后者以伞菌纲(Agaricomycetes)、微球黑粉菌纲(Microbotryomycetes)和散尾鬼笔属(Lysurus)、红酵母属(Rhodotorula)为主。α和β多样性指数分析均说明黑颈鹤肠道菌群的种类和数量的丰富度极高,多样性差异显著。     

不同孵化方式对仔鸡盲肠菌群多样性的影响

为了探究孵化方式是否会影响仔鸡盲肠菌群的多样性,本研究将种蛋随机分为两组,分别采用孵化机孵化(J组)和母鸡孵化(M组)两种方式进行孵化。采集出壳前1 d、出壳后7 d和14 d的仔鸡盲肠内容物,基于高通量测序分析菌群多样性的差异。结果显示:出壳前1 d的仔鸡盲肠内均未检出菌群。出壳后7 d和14 d的仔鸡盲肠在门水平上,两个日龄的所有样本具有5个门的菌群,其中优势菌门均为厚壁菌门;而J组厚壁门的丰度均显著高于M组,M1组Campilobacterota门显著高于J1组,M2组变形门显著高于J2组。在纲水平上,所有样本具有9个纲的菌群,优势菌纲为梭菌纲;J1组的梭菌纲极显著高于M1组,而弯曲菌纲极显著低于M1组,M2组有3个菌纲显著高于J2组。在目水平上,共检测到12个菌目,J组的乳杆菌目均显著高于M组。在科水平上,共检测到18个菌科,均检测到丰度较高的毛螺旋菌科、瘤胃菌科,且M组的螺杆菌科、乳杆菌科、肠杆菌科的丰度显著高于J组。在属水平上,J组Ruminococcus_torques_group是优势菌属,M组的粪杆菌属是优势菌属。在种水平上,J组的优势菌种是uncultured_bacterium_g__Ruminococcus_torques_group,M组的优势菌种是uncultured_bacterium_g__Faecalibacterium,且在M组中检测出幽门螺杆菌和志贺氏菌。可见,不同孵化方式会影响仔鸡肠道菌群的多样性,母鸡孵化的仔鸡肠道菌群丰富度和多样性高于孵化机孵化。     

饲粮中添加发酵豆粕对断奶仔猪粪便菌群多样性的影响

本试验采用高通量测序技术,研究饲粮中添加发酵豆粕对断奶仔猪粪便菌群多样性的影响。选取36日龄“杜×长×大”仔猪80头,随机分为A、B、C、D组,D组为对照组,饲喂基础饲粮;A、B、C组为试验组,分别在基础饲粮中添加5%、10%、15%的发酵豆粕。试验结束采集4组仔猪的粪便,采用Illumina MiSeq高通量测序技术对其中细菌的16SrRNA基因的V3~V4区序列进行测序。结果表明:1)菌群的平均有效序列数为47218条;在97%的相似水平下共产生了3581个操作分类单元(OTUs);共检测到12个门、21个纲、33个目、64个科、111个属和137个种。2)α多样性指数在各组间均无显著性差异(P>0.05),但B组的Shannon指数最高,菌群最丰富。β多样性分析表明,4组菌群在统计学上存在显著差异(P<0.05),分组效果较好。3)门水平的优势菌为厚壁菌门,科与属水平的优势菌分别为乳酸菌科和乳酸菌属。B组的厚壁菌门相对丰度显著高于D组(P<0.05),乳酸菌属相对丰度显著高于A、D组(P<0.05),但与C组间差异不显著(P>0.05)。4)菌群主要参与的代谢通路为糖类代谢、氨基酸代谢、能量代谢、核酸代谢、辅酶和维生素代谢。除核酸代谢外,其余4种代谢通路中,B组菌群的相对丰度最高并依次为C、A、D组。综上所述,在仔猪饲粮中添加10%的发酵豆粕,能增加肠道菌群的多样性,显著增加肠道中厚壁菌门、乳酸菌科和乳酸菌属等有益菌的相对丰度,维持肠道的健康,促进营养物质的代谢。     

基于高通量测序分析健康比格犬肠道菌群结构

为研究健康幼龄比格犬肠道菌群结构，并进一步开展犬的肠道菌群调整试验奠定基础，本试验收集15只3月龄健康比格犬粪便，通过16S rRNA基因组测序分析肠道菌群在门、纲、目、科、属水平上的相对丰度。结果显示，比格犬肠道菌群在门水平上有6个门，相对丰度为厚壁菌门50.63%、梭杆菌门21.23%、拟杆菌门19.88%、放线菌门5.38%、变形菌门2.86%和脱铁杆菌门0.01%;在纲水平上主要有9个纲，相对丰度为梭杆菌纲29.42%、梭菌纲21.23%、拟杆菌纲19.88%、丹毒菌纲16.75%、杆菌纲4.45%、棒状杆菌纲3.89%、β-变形菌纲1.83%、放线菌纲1.49%和γ-变形杆菌纲1.01%;在目水平上主要有9个目，相对丰度为梭菌目29.42%、梭杆菌目21.23%、拟杆菌目19.88%、丹毒丝菌目16.75%、乳杆菌目4.39%、红蝽杆菌目3.89%、伯克氏菌目1.83%、双歧杆菌目1.48%和肠杆菌目0.90%;在科水平上主要有19个科，其中相对丰度前10位的分别是梭杆菌科21.23%、丹毒丝菌科16.75%、瘤胃球菌科11.99%、帕拉普氏菌科8.36%、韦荣氏球菌科7.0...     

连作对百香果根际土壤微生物群落的影响

摘 要：以连作1年和连作3年的百香果根际土壤作为研究对象，采用Illumina MiSeq高通量测序技术分析根际土壤中的微生物群落结构组成和多样性变化，以期为克服百香果连作障碍提供指导。结果表明：连作显著降低百香果根际土壤细菌群落多样性和真菌群落丰富度，增加百香果根际土壤的细菌群落丰富度和真菌群落多样性。根际土壤微生物群落组成发生了较大的变化，在门分类水平上，连作三年的根际土壤中变形菌门（Proteobacteria）和厚壁菌门（Firmicutes）相对丰度增加了5.86%和2.21%；放线菌门（Actinobacteria）减少了3.40%，子囊菌门（Ascomycota）减少了28.41%，而毛霉门（Mucoromycota）增加了14.73%，在属分类水平上，连作三年的根际土壤中根际土壤中的γ-变形菌纲中未分类属unclassified_Gammaproteobacteria、黄单胞杆菌科未分类属unclassified_Xanthomonadaceae相对丰度显著增加，酸杆菌门中而Gp2相对丰度显著降低，子囊菌属（Archaeorhizomyces）、孢子丝菌属（Sporothrix）、粪壳菌属（Sordaria）相对丰度减少，小被孢霉（Mortierella）、镰刀菌属（Fusarium）两个病原菌属相对丰度增加。结论：连作改变了百香果根际土壤微生物群落结构，细菌多样性降低，真菌多样性升高，病原菌相对丰度增加，土壤由细菌型向真菌型转化。     

柞蚕肠道细菌菌群结构与多样性

为明确柞蚕肠道细菌的菌群结构和多样性,利用Illumina MiSeq技术检测细菌16S rRNA基因序列的方法,比较分析柞蚕5龄中期幼虫中肠和中肠内容物的细菌类群。在柞蚕5龄幼虫中肠共发现了10个门、18个纲、38个目、55个科、68个属的细菌,而在中肠内容物中仅检测到5个门、9个纲、13个目、16个科、20个属的细菌。在门的水平上,中肠的优势菌群(丰度大于1%)为蓝细菌门Cyanobacteria (86. 22%)、厚壁菌门Firmicutes(6. 22%)、变形菌门Proteobacteria (5. 55%)和放线菌门Actinobacteria (1. 49%);中肠内容物的优势菌来自蓝细菌门Cyanobacteria (93. 86%)和厚壁菌门Firmicutes (5. 18%)。在属的水平,柞蚕中肠的优势菌属为蓝细菌norank_c__Cyanobacteria(86. 22%)、Tyzzerella_3(6. 13%)、青枯菌属Ralstonia(3. 78%)和红球菌属Rhodococcus(1. 25%);中肠内容物的优势菌属为蓝细菌norank_c__Cyanobacteria(93. 86%)和Tyzzerella_3(5. 08%)。水小杆菌属Aquabacterium等13个属在中肠的丰度是中肠内容物的4. 92~130. 32倍,而51个属在中肠内容物中没有检测到。中肠菌群的Chao指数和Ace指数均明显高于中肠内容物。结果表明,柞蚕中肠和中肠内容物的菌群结构在组分和丰度上均存在明显差异,总体上中肠内容物的菌群远不如中肠的菌群丰富。     

不同虫态猕猴桃小蠹虫体内共生细菌多样性分析

为了解不同虫态猕猴桃小蠹虫内共生细菌群落组成和结构,本研究利用IonS5TMXL测序平台,对幼虫、蛹、新成虫和老成虫4种虫态小蠹虫体内细菌的16S rDNA-V4区进行高通量测序；利用Uparse软件对有效数据进行操作分类单元聚类,用Mothur法和SSUrRNA数据库注释OTUs序列,分析样本的群落组成；使用Qiime软件计算Shannon,ACE等多样性指数。结果表明,以相似度97%为标准进行聚类,得到808个OTUs,注释到14个门,26个纲,48个目,76个科,133个属。各虫态的菌群组成和菌落多样性存在较大差异,但均以变形菌门为其优势菌门,其丰度高达62.97%-98.21%。幼虫和新成虫的细菌群落多样性较低,而蛹和老成虫的则较高。在幼虫和蛹中,未鉴定到属水平的菌群所占比例较高,分别占菌群总数的68.0%与46.3%,立克次体属(Rickettsia)的丰度在两个虫态菌群中分别占17.83%和8.49%；而上述立克次体属在成虫中占绝对优势,其丰度在新成虫和老成虫中分别高达41.38%与48.71%。研究结果可为基于共生关系的猕猴桃小蠹虫的生物防控技术的开发提供信息。     

山谷型藏羊公羊瘤胃和粪便微生物多样性研究

为了研究青藏高原山谷型藏羊公羊胃肠道微生物组成结构,试验采集了10只放牧+补饲饲养方式下的周岁山谷型藏羊公羊的瘤胃和直肠内容物(指粪便),分别提取其基因组DNA,采用16S rDNA V3～V4扩增子高通量测序技术分析了瘤胃和粪便样品微生物门和属水平组成结构、标志微生物、α和β多样性及微生物功能。结果表明：山谷型藏羊瘤胃和粪便样品共得到5 383个分类操作单元(operational taxanomic units, OTUs),其中2 144个OTUs为瘤胃样品所特有,1 860个OTUs为粪便样品特有,1 379个为二者共有。瘤胃微生物优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和浮霉菌门(Planctomycetes),相对丰度分别为53.2%、34.9%和3.1%;优势菌属为理研菌科＿RC9＿肠道菌群(Rikenellaceae＿RC9＿gut＿group)和普式菌属＿1(Prevotella＿1),相对丰度分别为13.5%和12.0%。粪便微生物优势菌门为拟杆菌门、厚壁菌门和疣微菌门(Verrucomicrobia),相对丰度分别为47....     

短时高温好氧固态发酵对猪粪细菌群落结构的影响

为了研究畜禽粪便固态发酵前后微生物的变化,采用高通量测序技术,通过可操作分类单元分析、α多样性分析和物种组成分析,比较了猪粪短时高温好氧固态发酵前后的细菌群落组成,结果表明,发酵前后可操作分类单元总数分别为151个和126个,发酵后细菌群落多样性指数降低;发酵前相对丰度最高的分别是变形菌门59.48%、拟杆菌门23.97%和厚壁菌门13.79%,发酵后变形菌门和拟杆菌门分别减少至0.66%和1.00%,而厚壁菌门增加至99.01%,是发酵猪粪的优势菌群。本研究表明发酵后猪粪细菌群落多样性下降,抗生素抗性基因潜在携带者相对丰度降低,耐高温的有机质降解菌成为优势菌属,该研究对猪粪的资源化处理具有理论指导意义。     

奶牛养殖发酵床不同深度菌群结构及其应用效果分析

[目的] 分析奶牛养殖发酵床不同深度的菌群结构特征,并对奶牛养殖发酵床的应用效果进行评价。[方法] 比较应用和未应用发酵床养殖模式下垫料中3种常见致病菌的菌落数。比较2年监测期内,应用和未应用发酵床养殖奶牛的肢蹄病发生率、产奶量、乳体细胞数,以及使用3种发酵床垫料补充料（稻壳和干牛粪渣、锯末屑、稻壳粉）的奶牛所产生鲜乳的细菌总数。采集发酵床表层（5 cm）、中层（25 cm）、深层（45~50 cm）样本,测定使用2年后发酵床的基本理化指标;分别利用基于16S rDNA和ITS1的高通量测序法,分析发酵床不同深度细菌和真菌的分布特征;应用生物信息学软件预测发酵床微生物菌群代谢功能。[结果] 发酵床养殖管理模式下,垫料中大肠埃希菌、链球菌、克雷伯菌的菌落数均低于未使用发酵床的垫料。在2年监测期内,应用发酵床养殖的奶牛肢蹄病发生率低于未应用发酵床的奶牛,平均产奶量显著（P<0.05）高于未应用发酵床的奶牛,而生鲜乳体细胞数平均值低于未应用发酵床的奶牛;使用稻壳和干牛粪渣为垫料补充料,奶牛生鲜乳中的细菌总数最少。以稻壳和干牛粪为垫料的发酵床基础参数（温度、含水量、pH值、氨气、硫化氢）在持续稳定运行2年后仍能满足生产需要;发酵床微生态群落以细菌菌群为主,拟杆菌门（Bacteroidetes）和厚壁菌门（Firmicutes）多集中在发酵床中层和深层,放线菌门（Actinobacteria）多集中在发酵床表层;发酵床不同深度样品具有相似的真菌群落组成,发酵后真菌多分布在深层;KEGG 通路富集分析显示,细菌群落对整个发酵床的微生态系统影响较大,垫料中细菌代谢最为活跃,仍有大量真菌菌属有待注释说明。[结论] 应用该发酵床养殖技术,奶牛健康状况和生鲜乳品质均得到改善。     

木霉P3.9菌株对枇杷根际细菌多样性及其群落组成的影响

枇杷根际土壤用木霉P3.9菌株孢子悬浮液灌根，Illumina平台高通量测序，分析引入木霉P3.9菌株对枇杷根际细菌多样性及其群落组成的影响。结果表明枇杷根际土壤细菌优势菌群为Proteobacteria变形杆菌门、Actinobacteria放线菌纲、Propionibacteriales丙酸杆菌目、Nocardioidaceae类诺卡氏菌科、Aeromicrobium气微菌属。引入木霉P3.9菌株虽然导致枇杷根际细菌多样性略有下降，但是优势菌群种类及数量未发生变化。Nitrospirae硝化螺旋菌门1门；Nitrospira硝化螺菌纲、Phycisphaerae纲2纲；Desulfurellales硫还原菌目、Nitrospirales硝化螺旋菌目、Tepidisphaerales目3目；Desulfurellaceae硫还原菌科、Tepidisphaeraceae科、Rhodothermaceae科3科；Nitrospira硝化螺旋菌属、Nitrosospira亚硝化螺菌属、Nitrosomonas亚硝化单胞菌属、Chryseobacterium金黄杆菌属4属；Micromonospora auratinigra、Pseudonocardia khuvsgulenisi、Bacteroides vulgatus、Arabidopsis thaliana 4种急剧增加。Thermoleophilia油菌纲1纲；Corynebacteriales目、Frankiales目、Solirubrobacterales土壤红球菌目、Kineosporiales目、Ktedonobacterales目5目；Nocardiaceae诺卡氏菌科、Geodermatophilaceae科、Mycobacteriaceae分枝杆菌科、Hyphomicrobiaceae生丝微菌科、Solirubrobacteraceae土壤红色杆菌科、Cryptosporangiaceae 科6科；Amycolatopsis拟无枝酸菌属、Smaragdicoccus属、Solirubrobacter土壤红杆菌属、Blastococcus芽球菌属、Azohydromonas嗜血杆菌属、Rhodococcus红球菌属、Bauldia属、Nocardia诺卡氏菌属、Micromonospora小单孢菌属、Parviterribacter帕维特杆菌属、Fodinicola?矿生菌属11属；Rhodococcus wratislaviensis、Nocardia neocaledoniensis、Fordinicola feengrottensis 3种急剧下降。说明木霉P3.9菌株促使枇杷根际有益细菌增加，致病细菌减少，对连作枇杷根际土壤有修复作用。     

鸭肠炎病毒感染对鸭肠道菌群多样性的影响

为揭示鸭肠炎病毒(DEV)感染对鸭肠道菌群多样性的影响,本研究采用16S rRNA基因高通量测序和Illumina Hiseq 2500高通量测序技术对DEV感染后鸭肠道菌群多样性和丰度进行分析。结果显示:与对照组比较,感染组鸭肠道菌群Alpha多样性指数均呈先升高后降低趋势,尤其是在DEV感染96 h和120 h后,鸭肠道菌群Beta多样性(Weighted Unifrac指数)距离越远,相似度越低;DEV感染后鸭肠道优势菌群主要分布于厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门和梭杆菌门,梭菌纲、丙型变形菌纲、拟杆菌纲和梭杆菌纲,梭菌目、肠杆菌目、拟杆菌目和梭杆菌目,肠杆菌科、消化链球菌科、拟杆菌科和梭杆菌科,大肠杆菌志贺菌亚属、拟杆菌属、梭菌属和Turicibacter属,尤其是产气荚膜梭菌和坏死梭杆菌呈先下降后升高趋势,这可能与DEV感染所导致的肠道病变存在一定的关联性。本研究结果为DEV致病机理及其所致疾病的防控研究奠定了基础。     

复合菌剂发酵玉米秸秆对绵羊瘤胃液细菌多样性的影响

旨在通过16SrDNA高通量测序技术研究发酵玉米秸秆对绵羊瘤胃液细菌多样性的影响。本研究选用装有瘤胃瘘管的南非肉用美利奴♂×东北细毛羊♀的F1代成年公羊12只,随机平均分为两组,分别饲喂青贮玉米秸秆和发酵玉米秸秆。分别在饲喂前1天、饲喂第7、21天晨饲后6h取瘤胃液。同一时间所采取的同一处理的样品混合均匀,分别命名为青贮组(CS:YD0、YD7、YD21)和发酵组(FCS:YS0、YS7、YS21),之后通过高通量测序进行分析。结果显示:1)绵羊瘤胃内细菌群落包括29个门,74个纲,135个目,215个科和428个属。2)青贮组以拟杆菌门(Bacteroidetes)为优势菌群,其次为黏胶球形菌门(Lentisphaerae)、厚壁菌门(Firmicutes)和纤维杆菌门(Fibrobacteres),发酵组优势菌亦为拟杆菌门,其次为厚壁菌门、黏胶球形菌门和纤维杆菌门。通过21d的饲喂试验可知,青贮组拟杆菌门和厚壁菌门所占比例较发酵组降低,两组黏胶球形菌门和纤维杆菌门菌群数量都有所增加,但青贮组增加幅度更大。3)拟杆菌门的普雷沃氏菌属(Prevotella)在发酵组饲喂7d后成为最优势菌属(丰度达15.56%),而在青贮组明显降低(丰度从10.48%降至3.17%);纤维杆菌属(Fibrobacter)相对丰度在饲喂21d后青贮组增加量大于发酵组。4)在97%相似性水平下,饲喂21d后发酵组的Shannon和Simpson指数更高,表明它拥有更高的瘤胃细菌多样性。复合菌剂发酵玉米秸秆提高了绵羊瘤胃细菌多样性。饲喂发酵玉米秸秆的绵羊瘤胃内拟杆菌门和厚壁菌门菌群的比例降低,而黏胶球形菌门和纤维杆菌门菌群的数量增加。     

奶牛养殖场环境微生物群落结构及多样性研究

为了研究奶牛养殖场部分环境因素与奶牛乳房处的细菌多样性和差异性,将分别取自牛乳房擦拭样品(C1)、榨乳设备(E)、粪便(F)、冲洗和养殖饮用水(W)、生乳运输罐(E2)5种样本的6个生物学重复共计30个样品使用基于16S rRNA (V3~V4区)的高通量测序技术,并采用生物信息学的方法分析了不同来源样本的细菌群落结构、丰度差异和α多样性。结果显示:共获得原始序列1 640 803条,在97%相似度下聚类为26 337个OTUs,注释到35个门,79个纲,119个科,127个目,436个属,210个种。在门分类阶元,丰度最高的是变形菌门,尤其是W样本中变形菌门占比81.8%;C1中优势细菌类群与E和F样本相似,丰度最高的均是厚壁菌门,分别占各样本细菌总量的32.4%、44.7%和53.4%;E2样本中丰度最高的细菌是放线菌门(56.4%)。在属水平上,已注释到的物种丰度最多的为可导致牛乳腺炎的不动杆菌属、棒状杆菌属,并发现E与C1样本微生物相似性最高,不动杆菌属、节杆菌属和嗜冷菌属是2种样本的优势菌群。表明榨乳设备受到了环境污染或者是接触牛乳房导致交叉传播,样本间微生物群落具有较高相关性。结果为奶牛养殖场相关生产活动提供了参考。     

高通量测序分析中国沙棘根瘤与根际土壤细菌多样性

以中国沙棘根瘤和其根际土壤为材料,采用高通量测序技术,分析沙棘根瘤内生细菌与根际土壤细菌的多样性差异,探究沙棘根瘤中引起根部瘤状突起的以弗兰克氏菌(Frankia)为主的沙棘根瘤内生细菌的来源。结果表明:沙棘根瘤中检测到的内生细菌归属于10门23纲45目76科和93属,其中,优势菌门为Actinobacteria和Proteobacteria,优势菌属为Frankia。在沙棘根际土壤中检测到的细菌归属于39门84纲156目280科和409属,其中,优势菌门为Proteobacteria、Actinobacteria和Acidobacteria,优势菌属为Gaiella、Bacillus、Solirubrobacter、Arthrobacter和Stenotrophomonas。可见,中国沙棘根际土壤细菌多样性要高于根瘤内生细菌多样性,沙棘根瘤内生细菌与根际土壤细菌的群落结构既有相似性又存在差异,其中,在根瘤中占优势的Frankia在根际土壤中虽也存在但相对丰度较小,仅为0.02%。     

西藏地区全株玉米与紫花苜蓿混合青贮效果研究

试验旨在探究西藏地区全株玉米和紫花苜蓿不同混合比例青贮对饲料营养成分、发酵品质及微生物多样性的影响。试验设置6组，A组、B组、C组为正常混合组，玉米和苜蓿的比例分别为2∶1、1∶1、1∶2;FA组、FB组、FC组为混合青贮组，玉米和苜蓿的比例分别为2∶1、1∶1、1∶2，每个处理3个重复，青贮60 d。结果表明，随着苜蓿比例提高，青贮饲料中粗蛋白质、粗纤维、粗灰分、氨态氮含量明显提高，粗脂肪含量明显降低。试验组中共检出22个门、46个纲、115个目、224个科、643个属的细菌，在门水平上，青贮前后的优势菌群分别为蓝藻菌门、厚壁菌门；在纲水平上，青贮前后优势菌群分别为氧发光菌纲、芽孢杆菌纲；在目水平上，青贮前后的优势菌分别为叶绿体菌目、乳杆菌目；在科水平上，青贮前后的优势菌分别为叶绿体菌科、乳杆菌科；在属水平上，青贮前后的优势菌属分别为叶绿体菌属、乳杆菌属。研究表明，全株玉米和紫花苜蓿的混合比例为1∶1时青贮饲料品质较好。     

川西北高寒牧区不同人工草地对土壤微生物多样性影响

为阐明人工种植牧草对川西北高寒草地生态系统土壤微生物群落结构和组成的影响,以川西北高寒牧区紫花苜蓿人工草地(Group 1)、燕麦人工草地(Group 2)以及天然草地(Group 3)土壤为对象,采用Illumina Hiseq测序平台对3个草地类型土壤细菌的16S rDNA和真菌的内转录间隔区(Internal Transcribed Spacer,ITS)基因进行序列测定,分析了各样本土壤微生物群落的组成和结构特征。结果表明:1)3种草地植被类型中土壤细菌群落丰富度和多样性无明显差异,真菌群落丰富度亦无显著差异,仅紫花苜蓿人工草地真菌群落多样性程度较燕麦人工草地和天然草地土壤高。2)所测土壤样本主要优势细菌类群为变形菌门(Proteobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)等,人工草地土壤中酸杆菌门丰度显著低于天然草地土壤(P<0.05),放线菌门丰度显著高于天然草地土壤(P<0.05)。主要优势细菌纲为Spartobacteria纲、α-变形菌纲(α-proteobacteria)、β-变形杆菌纲(β-proteobacteria)、Thermoleophilia纲、酸杆菌纲(Acidobacteria)和放线菌纲(Actinobacteria)等,人工草地与天然草地土壤中多种优势细菌纲相对丰度存在显著性差异(P<0.05)。3)3种草地植被类型土壤优势真菌门是子囊菌门(Ascomycota)、接合菌门(Zygomycota)、担子菌门(Basidiomycota);优势真菌纲有接合菌纲(Zygomycotes)、粪壳菌纲(Sordariomycetes)、伞菌纲(Agaricomycetes)、锤舌菌纲(Leotiomycetes)、座囊菌纲(Dothideomycetes)等,并且各区组间多种优势真菌纲相对丰度差异明显。4)β-多样性结果显示3种草地植被类型土壤细菌和真菌结构均差异明显,且天然草地与人工草地之间的土壤微生物差异系数大于两种人工草地之间的土壤微生物差异系数;聚类分析显示人工种植牧草显著提高了土壤中生防菌类群的相对丰度,同时,土壤中病原真菌的丰度较天然草地土壤也大幅增加。     

川西北高寒牧区不同人工草地对土壤微生物多样性影响

为阐明人工种植牧草对川西北高寒草地生态系统土壤微生物群落结构和组成的影响,以川西北高寒牧区紫花苜蓿人工草地(Group 1)、燕麦人工草地(Group 2)以及天然草地(Group 3)土壤为对象,采用Illumina Hiseq测序平台对3个草地类型土壤细菌的16S rDNA和真菌的内转录间隔区(Internal Transcribed Spacer,ITS)基因进行序列测定,分析了各样本土壤微生物群落的组成和结构特征。结果表明:1)3种草地植被类型中土壤细菌群落丰富度和多样性无明显差异,真菌群落丰富度亦无显著差异,仅紫花苜蓿人工草地真菌群落多样性程度较燕麦人工草地和天然草地土壤高。2)所测土壤样本主要优势细菌类群为变形菌门(Proteobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)等,人工草地土壤中酸杆菌门丰度显著低于天然草地土壤(P0.05),放线菌门丰度显著高于天然草地土壤(P0.05)。主要优势细菌纲为Spartobacteria纲、α-变形菌纲(α-proteobacteria)、β-变形杆菌纲(β-proteobacteria)、Thermoleophilia纲、酸杆菌纲(Acidobacteria)和放线菌纲(Actinobacteria)等,人工草地与天然草地土壤中多种优势细菌纲相对丰度存在显著性差异(P0.05)。3)3种草地植被类型土壤优势真菌门是子囊菌门(Ascomycota)、接合菌门(Zygomycota)、担子菌门(Basidiomycota);优势真菌纲有接合菌纲(Zygomycotes)、粪壳菌纲(Sordariomycetes)、伞菌纲(Agaricomycetes)、锤舌菌纲(Leotiomycetes)、座囊菌纲(Dothideomycetes)等,并且各区组间多种优势真菌纲相对丰度差异明显。4)β-多样性结果显示3种草地植被类型土壤细菌和真菌结构均差异明显,且天然草地与人工草地之间的土壤微生物差异系数大于两种人工草地之间的土壤微生物差异系数;聚类分析显示人工种植牧草显著提高了土壤中生防菌类群的相对丰度,同时,土壤中病原真菌的丰度较天然草地土壤也大幅增加。