不同精粗比饲粮条件下奶牛瘤胃细菌菌群结构变化的研究

本研究旨在揭示不同精粗比饲粮条件下奶牛瘤胃细菌菌群结构的变化。选择24头健康、体重相近、胎次相同、产后3周左右的中国荷斯坦奶牛,随机分为2组(每组12头),分别饲喂高精粗比饲粮(60∶40,HC组)和低精粗比饲粮(40∶60,LC组),试验期为45 d。运用16S rDNA高通量测序技术对奶牛瘤胃细菌菌群结构变化进行分析。结果表明:1) HC组奶牛瘤胃液丙酸比例极显著高于LC组(P0.01),乙酸/丙酸极显著低于LC组(P0.01)。2) HC组奶牛瘤胃细菌操作分类单元数量极显著低于LC组(P0.01)。3) LC组的Ace指数、Chao1指数显著高于HC组(P0.05),Shannon指数、Simpson指数极显著高于HC组(P0.01)。4) LC组奶牛瘤胃中拟杆菌门、厚壁菌门、纤维杆菌门、疣微菌门、SR1、软壁菌门、TM7、黏胶球形菌门、迷踪菌门丰度极显著高于HC组(P0.01),HC组奶牛瘤胃中变形菌门、螺旋菌门丰度极显著高于LC组(P0.01)。5) LC组奶牛瘤胃中纤维杆菌属、瘤胃球菌属、琥珀酸菌属、甲烷短杆菌属、BF311丰度极显著高于HC组(P0.01),丁酸弧菌属丰度显著高于HC组(P0.05); HC组奶牛瘤胃中密螺旋菌属、粪球菌属、Shuttleworthia丰度极显著高于LC组(P0.01),vadinCA11丰度显著高于LC组(P0.05)。由此可见,饲粮精粗比显著影响了奶牛瘤胃中细菌总数和多样性。高精粗比饲粮条件下,瘤胃中纤维降解菌的生长受到抑制,促进了瘤胃中产酸菌的增殖,从而改变了瘤胃发酵模式。     

青贮发酵对玉米秸秆品质及菌群构成的影响

本研究旨在探讨青贮发酵对玉米秸秆感官指标、发酵品质、营养成分以及门、纲、目、科和属5个水平细菌群落构成及丰度的影响。将去穗后仍青绿的蜡熟期玉米秸秆切短揉搓至1~2 cm,将水分调节至65%~70%后,取青贮前样品(3个重复)和青贮后样品(3个重复)使用聚乙烯袋真空包装,室温贮藏45 d后开启取样,运用实验室检测手段及Mi Seq高通量测序技术分析青贮前后玉米秸秆品质及菌群结构的变化。结果表明:1)青贮发酵45 d后的玉米秸秆青贮饲料呈黄绿色,质地较好,呈酸香味。青贮发酵作用能够使玉米秸秆p H迅速降低(P0.05),乳酸含量显著增加(P0.05),中性洗涤纤维(NDF)及酸性洗涤纤维(ADF)含量有下降趋势(P0.05)。2)玉米秸秆经过青贮发酵后,变形菌门(Proteobacteria)、γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)、肠杆菌目(Enterobacteriales)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)和魏斯氏菌属(Weissella)菌群数量显著降低(P0.05);青贮发酵能够显著增加厚壁菌门(Firmicutes)、芽孢杆菌纲(Bacilli)、乳杆菌目(Lactobacillales)、乳杆菌科(Lactobacillaceae)、片球菌属(Pediococcus)和乳杆菌属(Lactobacillus)菌群数量(P0.05)。综上,青贮发酵改善玉米秸秆感官指标、发酵品质以及营养成分的同时,可以有效降低有害细菌的数量,增加有益菌的数量,从而可以降低致病菌对家畜健康存在的潜在风险。通过实验室检测手段及Miseq高通量测序技术相结合,能够在分析青贮品质的同时,提供青贮前后整个菌落构成及丰度变化的信息,进而为发酵过程的调控提供依据。     

不同精粗比饲粮条件下奶牛瘤胃细菌菌群结构变化的研究北大核心CSCD

本研究旨在揭示不同精粗比饲粮条件下奶牛瘤胃细菌菌群结构的变化。选择24头健康、体重相近、胎次相同、产后3周左右的中国荷斯坦奶牛,随机分为2组(每组12头),分别饲喂高精粗比饲粮(60∶40,HC组)和低精粗比饲粮(40∶60,LC组),试验期为45 d。运用16S rDNA高通量测序技术对奶牛瘤胃细菌菌群结构变化进行分析。结果表明:1)HC组奶牛瘤胃液丙酸比例极显著高于LC组(P<0.01),乙酸/丙酸极显著低于LC组(P<0.01)。2)HC组奶牛瘤胃细菌操作分类单元数量极显著低于LC组(P<0.01)。3)LC组的Ace指数、Chao1指数显著高于HC组(P<0.05),Shannon指数、Simpson指数极显著高于HC组(P<0.01)。4)LC组奶牛瘤胃中拟杆菌门、厚壁菌门、纤维杆菌门、疣微菌门、SR1、软壁菌门、TM7、黏胶球形菌门、迷踪菌门丰度极显著高于HC组(P<0.01),HC组奶牛瘤胃中变形菌门、螺旋菌门丰度极显著高于LC组(P<0.01)。5)LC组奶牛瘤胃中纤维杆菌属、瘤胃球菌属、琥珀酸菌属、甲烷短杆菌属、BF311丰度极显著高于HC组(P<0.01),丁酸弧菌属丰度显著高于HC组(P<0.05);HC组奶牛瘤胃中密螺旋菌属、粪球菌属、Shuttleworthia丰度极显著高于LC组(P<0.01),vadinCA11丰度显著高于LC组(P<0.05)。由此可见,饲粮精粗比显著影响了奶牛瘤胃中细菌总数和多样性。高精粗比饲粮条件下,瘤胃中纤维降解菌的生长受到抑制,促进了瘤胃中产酸菌的增殖,从而改变了瘤胃发酵模式。     

复合菌发酵稻草对安格斯牛生长性能、瘤胃发酵参数及菌群结构的影响

本试验旨在研究复合菌发酵稻草对安格斯牛生长性能、瘤胃发酵参数以及菌群结构的影响。选择14月龄左右、体重[(390.47±50.14) kg]相近的健康安格斯牛20头,随机分为2组,每组10个重复,每个重复1头牛。稻草组(RS组)饲喂稻草+玉米青贮+精料全混合日粮,发酵稻草组(FRS组)饲喂发酵稻草+玉米青贮+精料全混合日粮,2组全混合日粮营养水平基本一致。预试期7 d,正试期93 d。结果表明:1)复合菌发酵稻草表面出现空鼓和开裂,纤维结构发生改变。相比稻草和发酵对照,复合菌发酵稻草的中性洗涤纤维(NDF)、酸性洗涤纤维(ADF)、玉米赤酶烯酮含量和霉菌总数下降,粗蛋白质(CP)含量和细菌总数提高,未检出黄曲霉毒素B1和呕吐霉素。2)与RS组相比,FRS组的平均日增重和平均日采食量显著提高(P0.05),料重比显著降低(P0.05)。3)与RS组相比,FRS组的瘤胃微生物蛋白含量极显著提高(P0.01),瘤胃pH和氨态氮、总挥发性脂肪酸、丁酸含量及乙酸/丙酸差异不显著(P0.05)。4)与RS组相比,FRS组的Sobs指数显著提高(P 0.05),Ace指数和Chao指数极显著提高(P 0.01),Shannon指数有升高趋势(P=0.093),Simpson指数差异不显著(P0.05)。5)门水平上,2组的优势菌门主要为厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)。FRS组的拟杆菌门相对丰度显著高于RS组(P0.05),厚壁菌门相对丰度显著低于RS组(P0.05)。属水平上,2组优势菌属均为瘤胃球菌属_2(Ruminococcus_2),RS组其余相对丰度高于5%的菌属依次为毛螺菌科_NK3A20群(Lachnospiraceae_NK3A20_group)、瘤胃球菌科_NK4A214群(Ruminococcaceae_NK4A214_group)、理研菌科_RC9肠道群(Rikenellaceae_RC9_gut_group)以及普雷沃氏菌属_1(Prevotella_1);FRS组依次为普雷沃氏菌属_1、理研菌科_RC9肠道群和毛螺菌科_NK3A20群等。其中,RS组毛螺菌科_NK3A20群相对丰度极显著高于FRS组(P0.01)。由此可见,复合菌发酵能改变稻草纤维结构,提高营养价值,减缓霉变。饲喂复合菌发酵稻草能提高安格斯牛生长性能、改善瘤胃发酵环境以及增加微生物菌群多样性和丰富度,同时影响门和属水平的菌群结构。     

以16S rDNA高通量测序法研究果寡糖对奶牛瘤胃菌群结构及多样性的影响

试验通过16S rDNA高通量测序技术研究果寡糖对奶牛瘤胃菌群结构及多样性的影响。采用2×2交叉设计,选用4头泌乳阶段相近、胎次相同的中国荷斯坦泌乳奶牛为试验动物,随机分为2组(试验组和对照组),对照组饲喂基础日粮,试验组在基础日粮中添加果寡糖60g/(d·头),每期21d,预饲期14d,正试期7d,交叉试验过渡期14d。分别于饲喂前(0h)和饲喂后2、4、6、9、12h通过口腔导管采集瘤胃液,每期连续采集3d(第16、17、18天),利用16S rDNA高通量测序技术测定瘤胃液中菌群结构及其多样性。结果显示,从Alpha多样性指数(Simpson、Shannon)、丰富度指数(Chao、Ace)及Beta diversity热图可知,果寡糖具有降低奶牛瘤胃中细菌多样性的趋势。从门水平上分析,试验组及对照组中奶牛瘤胃中拟杆菌门、厚壁菌门和变形细菌门占总细菌的95%以上,果寡糖显著降低了奶牛瘤胃未注释细菌门的丰度(P0.05),互养菌门丰度有增加的趋势(P=0.075)。从属水平上分析,果寡糖显著提高了奶牛瘤胃假单胞菌属丰度(P0.05),极显著提高了拟杆菌属丰度(P0.01),而脱盐杆菌属丰度显著降低(P0.05)。与对照组相比,添加果寡糖的试验组奶牛瘤胃中瘤胃球菌属、丁酸弧菌属、琥珀酸菌属、未注释毛螺菌属丰度分别增加80.0%、7.5%、127.9%和20.0%,但差异均不显著(P0.05)。综上所述,本试验条件下,果寡糖的添加对奶牛瘤胃细菌菌群多样性及结构存在一定的影响,果寡糖显著提高了奶牛瘤胃中不发酵糖类的假单胞菌属的丰度,使碳水化合物为发酵源的瘤胃拟杆菌丰度极显著增加,对瘤胃纤维降解菌丰度的增加具有促进作用。     

青贮饲用油菜对育肥期山羊瘤胃发酵参数及微生物多样性的影响

本试验旨在研究青贮饲用油菜对山羊瘤胃发酵参数及微生物多样性的影响。将24只3月龄左右宜昌白山羊[平均体重(14.83±0.32) kg,公母各半]随机分为2组。试验组饲喂含有青贮饲用油菜的全混合饲粮,对照组饲喂含有青贮全株玉米的全混合饲粮,预试期7 d,正饲期90 d。试验结束时,每组屠宰6只羊,取瘤胃液测定pH、氨态氮、瘤胃液菌体蛋白质、挥发性脂肪酸等指标,并采用16S高通量测序方法分析瘤胃中菌群结构。结果表明,试验组与对照组山羊的平均日增重、干物质采食量和料重比无显著差异(P>0.05)。试验组与对照组间山羊瘤胃液pH值、氨态氮无显著差异(P>0.05);试验组山羊瘤胃液菌体蛋白含量和异丁酸含量显著高于对照组(P<0.05),其他挥发性脂肪酸含量差异不显著(P>0.05);瘤胃菌群结构分析结果表明,试验组和对照组相对丰度大于0.1%的菌门,分别有15和14个,两组中共有的菌门按照丰度排序依次是拟杆菌门、厚壁菌门、变形菌门、螺旋体门和Saccharibacteria,但各菌门丰度组间差异不显著(P>0.05)。属水平上,两个组山羊瘤胃液中普雷沃氏菌属的微生物含量均最多。试验组与对照组有显著差异的菌群Prevotella_1丰度从21.10%减少到16.66%,模糊分类群丰度从1.95%增加到3.19%(P<0.05)。综上所述,饲喂青贮饲用油菜能保持山羊瘤胃内环境及微生物菌群结构稳定,维持瘤胃正常发酵。     

米曲霉培养物与酵母培养物组合对绵羊瘤胃菌群多样性的影响

本试验旨在研究米曲霉培养物(AO)和酵母培养物(YC)组合对绵羊瘤胃发酵及菌群多样性的影响。选用15只装有瘤胃瘘管的绵羊,随机分为5组,即A组(0.4%AO+1%YC)、B组(0.3%AO+1.5%YC)、C组(0.4%AO)、D组(1.5%YC)、E组(对照组),每组3个重复。对每只绵羊在饲喂2 h后采集瘤胃液并利用高通量测序方法测定瘤胃微生物多样性。结果表明:15个处理组共检测到17个细菌门类,拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)为优势菌门;与E组相比,A组节细菌属(Arthrobacter)、根瘤菌(Rhizobium)、Shuttleworthia、Enterorhabdus和Christensenella的细菌丰富度均显著降低(P0.05);B组琥珀酸菌(Succiniclasticum)、新月形单胞菌(Selenomonas)、Papillibacter和不可培养的梭菌属的丰富度显著升高(P0.05),但节细菌属(Arthrobacter)、根瘤菌(Rhizobium)、鞘氨醇单胞菌(Sphingomonas)、假单胞菌(Pseudomonas)、Christensenella和Shuttleworthia的丰富度显著降低(P0.05)。上述结果表明,添加AO和YC能增加瘤胃中拟杆菌门(Bacteroidetes)和纤维杆菌门(Fibrobacteres)的相对丰度,减少变形菌门(Proteobacteria)的相对丰度,增加月形单胞菌属(Selenomonas)和梭菌属(Fusobacterium)等有益菌的数量,降低鞘氨醇单胞菌(Sphingomonas)、假单胞菌(Pseudomonas)的数量。     

基于16S rRNA测序分析奶牛体外发酵中瘤胃细菌多样性的变化

本试验旨在通过16S rRNA测序技术,分析奶牛体外发酵瘤胃微生物区系随时间推移的变化规律,为探究瘤胃微生物繁殖规律及完善体外发酵分析方法提供支持。试验使用体外产气法进行发酵。采集3头健康奶牛的新鲜瘤胃液,与人工唾液混合后,注入盛有发酵底物的发酵瓶,39℃水浴振荡培养,分别于0、6、12、24、48 h采集发酵液,用16S rRNA测序技术分析瘤胃细菌变化规律。结果表明:1)所有的序列被鉴定为14个门和59个属。随着时间的变化,在门水平上,纤维杆菌门(Fibrobacteres)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和黏胶球形菌门(Lentisphaerae)的相对丰度减少,纤维杆菌门、拟杆菌门在48 h时显著低于其他时间点(P0.05),黏胶球形菌门在24 h时显著低于其他时间点(P0.05)。而螺旋体门(Spirochaetae)和变形菌门(Proteobacteria)的相对丰度增加,螺旋体门在48 h时显著高于其他时间点(P 0.05),变形菌门在12、24、48 h时显著高于其他时间点(P0.05);随着时间的变化,在属水平上,丁酸弧菌属(Butyrivibrio)和瘤胃球菌属(Ruminococcus)的相对丰度增加,均在48 h时显著高于其他时间点(P0.05);而解琥珀酸菌属(Succiniclasticum)和普雷沃氏菌属(Prevotella)的相对丰度则减少,解琥珀酸菌属在24、48 h显著低于其他时间点(P0.05),普雷沃氏菌属在48 h时显著低于其他时间点(P0.05)。2)试验获得15 792个操作分类单位(OTU)并进行多样性分析,稀释曲线达到平台期;Simpson指数和Shannon指数均表明菌群丰度具有先降低后升高的趋势。综上所述,奶牛瘤胃体外发酵过程中,瘤胃细菌主要的门以及属的相对丰度以及多样性均随时间推移发生改变,且因瘤胃细菌功能差异在发酵过程的变化更为显著。因此,在使用体外发酵法进行研究时,应充分考虑瘤胃细菌的功能差异与底物以及人工唾液的营养物质减少引起的发酵环境变化的关系。     

日粮硝酸钾添加量对湖羊瘤胃细菌群落结构的影响

试验旨在研究湖羊采食高剂量硝酸钾日粮的瘤胃细菌群落结构的变化规律。采用高通量测序和RT-PCR方法,以不添加硝酸钾为对照,研究了日粮添加6、12、18、24 g/d和30 g/d硝酸钾的瘤胃细菌多样性、群落结构和硝酸盐还原菌相对丰度。结果表明,30 g/d以内的硝酸钾剂量不影响瘤胃细菌群落的丰度和多样性。拟杆菌门、厚壁菌门和变形菌门是优势菌群,12 g/d和18 g/d的日粮硝酸钾显著增加了拟杆菌门和普雷沃氏菌属的相对丰度(P<0.05),但随着硝酸钾剂量的升高,细菌相对丰度下降。日粮添加30 g/d以内硝酸钾不影响反刍兽新月单胞菌的相对丰度,但显著升高胎儿弯曲杆菌的相对丰度(P<0.05)。湖羊瘤胃细菌群落结构与日粮硝酸钾含量相关。     

果园生混合干草对羔羊胃肠道细菌多样性的影响

利用渭北果园行间种植的优质牧草,研究不同配比混合干草对奶山羊公羔瘤胃及肠道细菌微生物区系的影响,为渭北旱塬"果–草–畜"生态种养循环模式提供理论基础。选择24只2月龄体重相近且健康的萨能奶山羊公羔,随机分成4组,每组3个重复,每个重复2只羊。以当地传统饲喂方式为对照组(CK),主要为农作物秸秆[玉米(Zea mays)秸秆和小麦(Triticum aestivum)秸秆]、紫花苜蓿(Medicago sativa)和少量田间杂草;3个处理组,分别由两种干草按1:1的比例混合组成,即紫花苜蓿+燕麦(Avena sativa)混合干草(Ⅰ组)、紫花苜蓿+多年生黑麦草(Lolium perenne)(Ⅱ组)、毛苕子(Vicia villosa)+多年生黑麦草(Ⅲ组),饲喂85 d后进行取样测定。利用16S rDNA技术对瘤胃和盲肠细菌组成进行测定分析。结果显示:1)与CK组相比,Ⅱ组可以显著提高羔羊肠道菌群Alpha多样性(P 0.05),Ⅰ组和Ⅲ组高于CK组,但不显著(P 0.05)。2)在肠道细菌相对丰度中,3个处理组厚壁菌门相对丰度显著高于CK组(P 0.05),Ⅱ组中拟杆菌门相对丰度显著高于其他3个组(P 0.05),3个处理组罗姆布茨菌(Romboutsia)、梭状芽胞杆菌(Clostridium)的相对丰度显著高于CK组(P 0.05);瘤胃细菌菌群相对丰度中,Ⅲ组中拟杆菌门(Bacteroidetes)的相对丰度显著高于其他3个组(P 0.05),同时Ⅱ组的变形菌门(Proteobacteria)相对丰度显著高于其他3个组(P 0.05),Ⅲ组普氏菌属(Prevolla)的相对丰度显著高于其他组(P 0.05);Ⅱ和Ⅲ组中理研菌科(Rikenellaceae) RC9的相对丰度显著高于CK组(P 0.05)。综上,饲喂不同果园混合干草可以提高羔羊胃肠道细菌群落多样性,增加胃肠道中有益细菌的丰度,减少致病菌的丰度,促进羔羊健康,其中以紫花苜蓿+多年生黑麦草混合干草效果最佳。     

果园生混合干草对羔羊胃肠道细菌多样性的影响

利用渭北果园行间种植的优质牧草,研究不同配比混合干草对奶山羊公羔瘤胃及肠道细菌微生物区系的影响,为渭北旱塬"果–草–畜"生态种养循环模式提供理论基础.选择24只2月龄体重相近且健康的萨能奶山羊公羔,随机分成4组,每组3个重复,每个重复2只羊.以当地传统饲喂方式为对照组(CK),主要为农作物秸秆[玉米(Zea mays)秸秆和小麦(Triticum aestivum)秸秆]、紫花苜蓿(Medicago sativa)和少量田间杂草;3个处理组,分别由两种干草按1?1的比例混合组成,即紫花苜蓿+燕麦(Avena sativa)混合干草(Ⅰ组)、紫花苜蓿+多年生黑麦草(Lolium perenne)(Ⅱ组)、毛苕子(Vicia villosa)+多年生黑麦草(Ⅲ组),饲喂85 d后进行取样测定.利用16S rDNA技术对瘤胃和盲肠细菌组成进行测定分析.结果显示:1)与CK组相比,Ⅱ组可以显著提高羔羊肠道菌群Alpha多样性(P<0.05),Ⅰ组和Ⅲ组高于CK组,但不显著(P>0.05).2)在肠道细菌相对丰度中,3个处理组厚壁菌门相对丰度显著高于CK组(P<0.05),Ⅱ组中拟杆菌门相对丰度显著高于其他3个组(P<0.05),3个处理组罗姆布茨菌(Romboutsia)、梭状芽胞杆菌(Clostridium)的相对丰度显著高于CK组(P<0.05);瘤胃细菌菌群相对丰度中,Ⅲ组中拟杆菌门(Bacteroidetes)的相对丰度显著高于其他3个组(P<0.05),同时Ⅱ组的变形菌门(Proteobacteria)相对丰度显著高于其他3个组(P<0.05),Ⅲ组普氏菌属(Prevolla)的相对丰度显著高于其他组(P<0.05);Ⅱ和Ⅲ组中理研菌科(Rikenellaceae)RC9的相对丰度显著高于CK组(P<0.05).综上,饲喂不同果园混合干草可以提高羔羊胃肠道细菌群落多样性,增加胃肠道中有益细菌的丰度,减少致病菌的丰度,促进羔羊健康,其中以紫花苜蓿+多年生黑麦草混合干草效果最佳.     

饲粮纤维水平对育肥羔羊瘤胃微生物组成及多样性的影响

试验旨在研究提高饲粮纤维水平对育肥羔羊瘤胃微生物组成及多样性的影响。试验选择健康无病、体重相近的2月龄杜湖杂交公羔,按照体重随机分为2组,每组38只,分别饲喂不同的饲粮,对照组（LW_CK）饲粮为精料+苜蓿,处理组（LW_EG）为精料+苜蓿+全株玉米青贮+花生秧;试验期150 d,其中预试期20 d,正试期130 d,试验结束后,每组随机选择5只羔羊屠宰取瘤胃内容物,通过16S rDNA高通量测序技术分析其微生物多样性及结构变化。结果表明,处理组羔羊瘤胃中细菌多样性显著高于对照组（P<0.05）。在门水平上,处理组羔羊瘤胃中优势菌门为拟杆菌门（Bacteroidetes）和厚壁菌门（Firmicutes）,对照组优势菌门为拟杆菌门和变形菌门（Proteobacteria）。提高纤维水平后显著增加了育肥羔羊瘤胃中厚壁菌门的相对丰度（P<0.05）;显著降低了变形菌门的相对丰度（P<0.05）。在属水平上,对照组与处理组羔羊瘤胃菌群共鉴定出195个属,处理组优势菌属为普雷沃氏菌属（Prevotella_1）和解琥珀酸菌属（Succiniclasticum）,对照组优势菌属为琥珀酸弧菌属（Succinivibrionaceae）和普雷沃氏菌属（Prevotella_7）。提高饲粮纤维水平,增加了育肥羔羊瘤胃中解琥珀酸弧菌属、密螺旋体属（Treponema_2）、疣微菌属（Ruminococcaceae）、月形单胞菌属（Selenomonas_1）的相对丰度,显著降低了琥珀酸弧菌属相对丰度（P<0.05）。综上所述,适量提高饲粮中纤维水平对育肥羔羊瘤胃微生物菌群结构有一定影响,能够促进部分纤维降解菌的增殖,有利于育肥羔羊的瘤胃发酵和养分消化利用。     

酵母发酵饲料对瘤胃菌群数量及多样性的影响

本试验研究日粮中添加酵母发酵饲料对蒙古绵羊瘤胃菌群数量及多样性的影响。选用10只安装永久性瘤胃瘘管且体重约40 kg的14月龄蒙古羯羊,分为对照组和试验组,每组各5只。对照组饲喂基础日粮,试验组饲喂基础日粮+酵母发酵饲料(13.37%)。预试期15 d,正试期5 d。于正试期晨饲后0、3、6、9、12 h依次采集瘤胃液,每天采集一个时间点,共采集5次。实时荧光定量PCR(探针法)检测9种瘤胃菌群的数量,并用16S rRNA高通量测序技术分析菌群多样性。结果表明:试验组溶纤维丁酸弧菌、黄色瘤胃球菌、产琥珀酸丝状杆菌、埃氏巨球型菌、牛链球菌和栖瘤胃普雷沃氏菌数量均高于对照组(P<0.05),反刍兽甲烷短杆菌数量低于对照组(P<0.05),嗜淀粉瘤胃杆菌和白色瘤胃球菌在两组间差异不显著;试验组中菌群多样性低于对照组(P<0.05),拟杆菌门、纤维杆菌门、密螺旋体门含量升高,厚壁菌门含量降低(P>0.05);理研菌科_RC9菌属含量升高,克里斯滕森菌属_R-7含量降低(P<0.05)。综上,酵母发酵饲料能够影响瘤胃菌群数量,改善瘤胃菌群结构,降低瘤胃菌群的多样性。     

不同粗料组成对泌乳中后期奶牛瘤胃菌群与瘤胃发酵参数的影响

本研究旨在探讨燕麦干草组合过瘤胃赖氨酸和蛋氨酸添加剂替代高质量苜蓿干草对奶牛瘤胃微生物菌群和原虫构成及其丰度、瘤胃发酵参数的影响,以降低奶牛养殖对苜蓿的依赖度,实现精准饲养和精细饲喂。选择45头健康的泌乳中后期荷斯坦奶牛,按照产奶量、胎次、泌乳天数相近的原则,分为3组,每组15头牛（每组15个重复,每个重复1头牛）,分别饲喂三种不同粗料组成的TMR。试验1组以燕麦干草组合过瘤胃赖氨酸、蛋氨酸添加剂部分替代高质量苜蓿干草,试验2组为苜蓿干草组,试验3组为燕麦干草组,预饲期7 d,试验期56 d。结果表明：（1）从门水平分析,三个试验组奶牛瘤胃液中主要菌门为拟杆菌门、厚壁菌门和纤维杆菌门。苜蓿组奶牛瘤胃中厚壁菌门丰度显著优于燕麦组（P <0.05）,过瘤胃氨基酸组与苜蓿组无显著差异（P> 0.05）;与苜蓿组相比,过瘤胃氨基酸组和燕麦组有提高拟杆菌门丰度的趋势。从属水平分析,普雷沃氏菌属的丰度最高,过瘤胃氨基酸组和燕麦组较苜蓿组有提高趋势,但未达显著水平（P> 0.05）;丁酸弧菌属丰度苜蓿组最高,显著高于燕麦组（P <0.05）,过瘤胃氨基酸组与苜蓿组并无显著差异...     

日粮添加乳铁蛋白对断奶仔猪肠道微生物多样性的影响

旨在研究日粮添加乳铁蛋白对断奶仔猪肠道微生物多样性的影响。试验选用断奶滇太仔猪12头,初始体重为(6.12±0.54)kg,随机分为对照组、杆菌肽组和乳铁蛋白组。对照组饲喂基础日粮;杆菌肽组在基础日粮中添加0.5 g·kg^-1杆菌肽预混剂;乳铁蛋白组在基础日粮中添加150 mg·kg^-1乳铁蛋白,试验期28 d。采集试验第7、21、28天仔猪粪便,通过细菌16S rRNA基因高通量测序检测粪便微生物多样性。结果表明,各组断奶仔猪肠道微生物多样性没有显著差异(P>0.05)。在门水平上,第7、21、28天肠道优势菌为厚壁菌门和拟杆菌门,试验第7天时,各组间厚壁菌门和拟杆菌门相对丰度无显著差异(P>0.05)。与对照组相比,乳铁蛋白组厚壁菌门相对丰度降低1.43%,拟杆菌门相对丰度增加16.4%;试验第21天时,乳铁蛋白组与其余两组相比,厚壁菌门和拟杆菌门相对丰度无显著差异(P>0.05),但与对照组相比,厚壁菌门相对丰度降低16.4%,拟杆菌门相对丰度增加34.1%。试验第28天时,与对照组相比,乳铁蛋白组厚壁菌门相对丰度显著...     

不同生理阶段荷斯坦奶牛瘤胃细菌多样性研究

本试验旨在探究不同生理阶段荷斯坦奶牛瘤胃细菌多样性。选取处于围产前期、泌乳前期、泌乳中期和泌乳后期的经产荷斯坦奶牛各4头,共16头,采集瘤胃液用于测定瘤胃发酵参数和提取微生物DNA,采用Illumina Miseq PE300平台测定瘤胃细菌组成。结果表明:1)围产前期奶牛瘤胃微生物蛋白、乙酸、丁酸、总挥发性脂肪酸浓度与乙酸/丙酸显著高于泌乳期(P0.05)。围产前期奶牛瘤胃丙酸浓度显著低于泌乳期(P0.05)。2)在门的水平上,围产前期奶牛瘤胃内的优势菌门为拟杆菌门和厚壁菌门,泌乳期奶牛瘤胃内的优势菌门则为拟杆菌门、变形菌门和厚壁菌门。围产前期奶牛瘤胃内的拟杆菌门、SR1细菌、蓝菌门、柔膜菌门、TM7细菌和纤维杆菌门的相对丰度显著高于泌乳期(P0.05),而泌乳期各阶段之间差异不显著(P0.05);围产前期奶牛瘤胃内的变形菌门的相对丰度显著低于泌乳期(P0.05)。3)在科的水平上,围产前期奶牛瘤胃内的优势菌科为普雷沃氏菌科,而泌乳期奶牛瘤胃内的优势菌科为琥珀酸弧菌科和普雷沃氏菌科。围产前期奶牛瘤胃内的普雷沃氏菌科、瘤胃菌科、理研菌科、BS11细菌、RF16细菌、SR1细菌、Gastranaerophilales、克里斯滕森菌科、TM7细菌、RF9细菌和纤维杆菌科的相对丰度显著高于泌乳期(P0.05);围产前期奶牛瘤胃内的琥珀酸弧菌科、毛螺菌科和韦荣球菌科则显著低于泌乳期(P0.05)。综上得出,奶牛从围产前期进入到泌乳期,瘤胃细菌多样性显著降低;泌乳期各阶段瘤胃细菌组成差异较小。     

单宁与饲用纤维素酶对湖羊瘤胃微生物菌群的影响

试验旨在利用高通量测序技术研究添加单宁与饲用纤维素酶对湖羊生长育肥期瘤胃微生物菌群结构的影响,为单宁和饲用纤维素酶在反刍动物生产中更好地利用提供理论依据。选用3月龄生长发育良好、平均体重(19.85±1.45)kg的肉用湖羊36只,随机分成对照组和3个处理组,对照组饲喂基础日粮,处理组分别在基础日粮中加入0.1%单宁(单宁组)、0.1%饲用纤维素酶(纤维素酶组)和0.1%单宁+0.1%饲用纤维素酶(混合组),每组3个重复,每个重复3只湖羊。试验期70d,其中过渡期7d,预试期7d,正饲期56d。试验结束后,采集湖羊瘤胃液,提取细菌总DNA,进行PCR扩增后用Illumina Hi Seq 2500测序平台进行高通量测序。结果表明:(1)12个湖羊瘤胃微生物样品测序共获得957 440对序列,平均每个样品产生55 997条clean tags,过滤嵌合体后共产生502 965条effective tags;各组湖羊瘤胃微生物样品的AvgLen均在419～420之间;(2)各组间湖羊瘤胃微生物的Ace指数和Chao1指数差异均不显著(P0.05);与对照组相比,单宁组、纤维素酶组和混合组湖羊瘤胃微生物的香农指数显著提高(P0.05);纤维素酶组湖羊瘤胃微生物的辛普森指数较对照组显著降低(P0.05);(3)在门水平上,单宁组湖羊瘤胃内拟杆菌门(Bacteroidetes)丰度比对照组显著降低(P0.05);单宁组、纤维素酶组和混合组湖羊瘤胃内厚壁菌门(Firmicutes)丰度较对照组均呈下降趋势,但差异不显著(P0.05);(4)在属水平上,单宁组湖羊瘤胃内普雷沃菌属-1(Prevotella_1)丰度降低,与对照组、纤维素酶组差异均显著(P0.05),但与混合组差异不显著(P0.05);单宁组和纤维素酶组湖羊瘤胃内瘤胃菌属(Rumen_bacterium)丰度较对照组和混合组提高,且与混合组的差异显著(P0.05)。综合试验结果,在湖羊日粮中同时加入单宁和饲用纤维素酶可以提高湖羊瘤胃内菌群的多样性和丰度,影响瘤胃菌群结构,缓解单宁对拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)菌落的抑制;同时混合添加可以缓解单独添加单宁对纤维素分解的抑制作用;在门水平上各组湖羊瘤胃内优势菌群均为拟杆菌门和厚壁菌门;在属水平上各组湖羊瘤胃内优势菌群均为理研菌科-RC9(Rikenellaceae_RC9_gut_group)、细菌(Bacterium)、普雷沃菌属-1和瘤胃菌属。     

单宁与饲用纤维素酶对湖羊瘤胃微生物菌群的影响

试验旨在利用高通量测序技术研究添加单宁与饲用纤维素酶对湖羊生长育肥期瘤胃微生物菌群结构的影响,为单宁和饲用纤维素酶在反刍动物生产中更好地利用提供理论依据。选用3月龄生长发育良好、平均体重(19.85±1.45)kg的肉用湖羊36只,随机分成对照组和3个处理组,对照组饲喂基础日粮,处理组分别在基础日粮中加入0.1%单宁(单宁组)、0.1%饲用纤维素酶(纤维素酶组)和0.1%单宁+0.1%饲用纤维素酶(混合组),每组3个重复,每个重复3只湖羊。试验期70d,其中过渡期7d,预试期7d,正饲期56d。试验结束后,采集湖羊瘤胃液,提取细菌总DNA,进行PCR扩增后用Illumina Hi Seq 2500测序平台进行高通量测序。结果表明:(1)12个湖羊瘤胃微生物样品测序共获得957 440对序列,平均每个样品产生55 997条clean tags,过滤嵌合体后共产生502 965条effective tags;各组湖羊瘤胃微生物样品的AvgLen均在419～420之间;(2)各组间湖羊瘤胃微生物的Ace指数和Chao1指数差异均不显著(P>0.05);与对照组相比,单宁组、纤维素酶组和混合组湖羊瘤胃微生物的香农指数显著提高(P<0.05);纤维素酶组湖羊瘤胃微生物的辛普森指数较对照组显著降低(P<0.05);(3)在门水平上,单宁组湖羊瘤胃内拟杆菌门(Bacteroidetes)丰度比对照组显著降低(P<0.05);单宁组、纤维素酶组和混合组湖羊瘤胃内厚壁菌门(Firmicutes)丰度较对照组均呈下降趋势,但差异不显著(P>0.05);(4)在属水平上,单宁组湖羊瘤胃内普雷沃菌属-1(Prevotella_1)丰度降低,与对照组、纤维素酶组差异均显著(P<0.05),但与混合组差异不显著(P>0.05);单宁组和纤维素酶组湖羊瘤胃内瘤胃菌属(Rumen_bacterium)丰度较对照组和混合组提高,且与混合组的差异显著(P<0.05)。综合试验结果,在湖羊日粮中同时加入单宁和饲用纤维素酶可以提高湖羊瘤胃内菌群的多样性和丰度,影响瘤胃菌群结构,缓解单宁对拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)菌落的抑制;同时混合添加可以缓解单独添加单宁对纤维素分解的抑制作用;在门水平上各组湖羊瘤胃内优势菌群均为拟杆菌门和厚壁菌门;在属水平上各组湖羊瘤胃内优势菌群均为理研菌科-RC9(Rikenellaceae_RC9_gut_group)、细菌(Bacterium)、普雷沃菌属-1和瘤胃菌属。     

复方中草药添加剂对生茸期梅花鹿瘤胃发酵及菌群结构的影响

试验旨在研究复方中草药添加剂对生茸期梅花鹿瘤胃发酵及菌群结构的影响。选取12头梅花鹿，随机分为2组，对照组饲喂基础饲粮，试验组饲喂基础饲粮+10 g/（头·d）复方中草药添加剂，预试期7 d，正式饲喂49 d。结果表明：(1)试验组瘤胃pH显著高于对照组（P<0.05），而丙酸浓度显著低于对照组（P<0.05）。(2)试验组Chao1和Ace指数显著低于对照组（P<0.05）。(3)在门水平上，试验组厚壁菌门和广古菌门的相对丰度显著高于对照组（P<0.05），而未分类细菌和放线菌门的相对丰度显著低于对照组（P<0.05）；在属水平上，试验组克里斯滕森菌科＿R-7菌属、醋酸菌属、瘤胃球菌属和瘤胃球菌科＿NK4A214菌属的相对丰度显著高于对照组（P<0.05）。综上所述，添加10 g/（头·d）的复方中草药添加剂能够提高生茸期梅花鹿瘤胃p H，降低瘤胃菌群丰富度并改变菌群结构。     

不同牧草来源饲粮对奶牛瘤胃液中细菌群落结构多样性的影响

本试验旨在研究不同牧草来源饲粮对奶牛瘤胃细菌群落结构多样性的影响。选用8头荷斯坦奶牛[体重(632±12)kg;泌乳天数(135±16)d],采用4×4拉丁方设计,每组2头。分别以燕麦草、羊草、稻草和苜蓿为牧草来源,给奶牛饲喂以玉米青贮为基础、等能等氮且中性洗涤纤维(NDF)和非纤维型碳水化物(NFC)含量相同的4种饲粮;每期试验21 d,前14 d为预试期。结果表明:1)瘤胃中拟杆菌门、硬壁菌门、螺旋体门和纤维杆菌门为优势菌门;普雷沃氏菌属、丁酸弧菌属、纤维杆菌属和密螺旋体属为优势菌属。2)在属水平上,相同牧草饲喂的奶牛瘤胃液中细菌相似性更高,燕麦草组、稻草组和苜蓿组细菌的遗传距离更接近。3)在97%相似性水平下,4组共产生9 329个操作分类单元(OTU),它们共享4 120个OTU,占瘤胃液细菌总OTU数目的 44.16%。综合得出,当饲粮等能等氮且NDF和NFC含量相同时,不同牧草饲喂的奶牛瘤胃液中的细菌群落结构多样性存在一定的相似性。