大白猪群中PIT1基因多态性与生长性状的相关性研究

猪的生长性状能反映猪的生长速度,研究其遗传机理具有重要意义。本研究利用PCR-RFLP技术检测343头法系大白猪PIT1基因Msp I酶切位点多态性,并对乳头数、达100 kg体重日龄、校正背膘厚、初生重和体长等性状进行关联分析。结果显示在法系大白群体中检测到PIT基因3种基因型(分别为DD、CD、CC基因型)的存在,其中PIT1基因DD基因型个体左乳头数高于CC基因型个体,且显著(P0.05)高于CD基因型个体,而CC基因型个体的活体背膘厚和100 kg体重日龄要低于DD基因型个体,但并没有达到显著水平。     

猪ROCK2基因多态性及其遗传效应分析

为了探究猪ROCK2基因多态性及其与生产性状的关系,试验采用焦磷酸测序法检测了ROCK2基因编码区145 bp序列中5处潜在的SNP中的3个(A27G、C42T和T61C)在大白猪、长白猪、梅山猪、清平猪4个猪种和大白×梅山F2代资源家系中的基因频率,并进行了遗传变异分析及生产性状关联分析。结果表明:3个SNP的优势等位基因在国外猪种和国内地方猪种间没有差异,分别为A、C和T;A27G位点与皮率和胸腰椎间背膘厚呈显著相关(P0.05),与至第一颈椎背膘厚和至第一肋胸背膘厚呈极显著相关(P0.01);C42T位点与至第一颈椎背膘厚呈显著相关(P0.05),与至第一肋胸背膘厚呈极显著相关(P0.01);T61C位点与皮率、背最长肌和股二头肌大理石纹评分呈显著相关(P0.05),与股二头肌p H值呈极显著相关(P0.01)。说明这3个SNP很可能是影响猪生产性状的分子标记。     

北京黑猪PPARD基因G32E多态位点与脂肪沉积相关性状的关联分析

试验旨在研究猪过氧化物酶体增殖物激活受体δ(PPARD)基因第1外显子上的错义突变位点G32E(g.61399G>A)多态性与北京黑猪脂肪沉积相关性状的关联。利用Sequenom质谱检测平台检测北京黑猪及多个中外猪种群体G32E位点的基因型,并分析该位点多态性与北京黑猪背膘厚及肌内脂肪的关联性。结果发现,在北京黑猪中,G32E位点GG基因型个体背膘厚性状极显著高于GA和AA基因型个体(P<0.01),与肌内脂肪含量的关联未达到显著水平(P>0.05)。在梅山猪和二花脸猪中,主要以A等位基因为主;而在中国地方猪种民猪、莱芜黑猪、丫杈猪及国外商品猪种杜洛克猪、长白猪和大白猪中,G等位基因频率高。初步认为PPARD基因G32E位点多态性对背膘厚性状有显著影响,对肌内脂肪含量性状没有影响。     

绵羊CLPG和MSTN基因多态性及其与生长性状的关联分析

试验旨在探究CLPG(Callipyge)与MSTN(Myostatin)基因作为绵羊生长性状候选基因的可能性,调查与绵羊生长性状相关的分子遗传标记。本试验以133只澳洲白羊×杜泊羊×湖羊杂交绵羊为研究对象,利用PCR产物直接测序及PCR-RFLP技术检测CLPG与MSTN基因的单核苷酸多态性,然后通过SPSS22.0软件GLM统计模型分析多态位点不同基因型及聚合基因型与绵羊生长性状的关联性。测序结果表明,CLPG基因STS序列232bp处检测到C→T突变位点C1,MSTN基因3'UTR区检测到G→A突变位点M1。PCR-RFLP分析显示,C1位点表现为2种基因型:CC和CT;M1位点表现为2种基因型:GG和GA。关联分析表明,C1位点与绵羊背膘厚和眼肌面积显著或极显著相关(P<0.05;P<0.01),M1位点与绵羊体重、管围、背膘厚和眼肌面积显著或极显著相关(P<0.05;P<0.01)。聚合基因型对体重、背膘厚和眼肌面积影响极显著(P<0.01)。研究揭示CLPG与MSTN基因多态性及其聚合基因型对绵羊生长性状具有显著影响,C1和M1位点可以考虑作为绵羊生长性状的有效遗传标记。     

猪IGF2基因多态性研究

该研究分析了猪胰岛素样生长因子2(IGF2)基因内含子3的3 072位点在大白、长白、杜洛克3个品种中的多态性,并分析不同基因型与100 kg体重日龄和背膘厚的关系。结果表明,在3个品种中均存在A、G基因型,且A基因型为优势基因型。3个品种中A基因型个体背膘厚显著低于G基因型个体(P0.05),而不同基因型间100 kg体重日龄无显著差异。结果提示IGF2可作为脂肪沉积的候选基因应用于标记辅助选择。     

PLIN2基因在秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达规律及基因多态性与肉质性状的关联分析

试验旨在研究围脂滴蛋白2(PLIN2)基因在秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达情况及基因多态性与肉质性状的关联分析。采用实时荧光定量PCR检测PLIN2基因mRNA在不同月龄(6~60月龄)秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达情况;选取18~24月龄的健康秦川肉牛536头,采集血样并测定肉质性状指标,研究PLIN2基因单核苷酸多态性(SNP)和氨基酸突变,并与秦川肉牛肉质性状进行关联分析。结果发现,PLIN2基因在秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达量呈先上升后下降趋势,18月龄时表达量最高。测序共发现9个SNPs位点,其中g.C7919T位点不同基因型肌内脂肪含量差异显著(P0.05),CT基因型显著高于TT和CC基因型;g.C7933T位点不同基因型背膘厚及肌内脂肪含量均呈显著差异(P0.05),CC和CT基因型个体背膘厚显著高于TT基因型,CT基因型个体肌内脂肪含量显著高于TT和CC基因型;g.G8015C位点CC基因型个体肌内脂肪含量显著高于GG和GC基因型(P0.05);3′UTR区域g.T8496C位点TC基因型个体肌内脂肪含量显著高于CC和TT基因型(P0.05);g.C8578T位点TT基因型个体背膘厚显著高于CT和CC基因型(P0.05)。综上,PLIN2基因对秦川肉牛肉质性状发育有一定影响,可作为秦川肉牛现代分子选育的候选参考基因。     

从江香猪SIM1基因SNP位点遗传效应分析

研究SIM1基因多态性与从江香猪胴体性状的关联性,寻找影响从江香猪胴体性状的数量性状基因座(QTL),为分子标记辅助选择提供依据;利用DNA直接测序技术,对从江香猪SIM1基因的C77T、C225T、A426G位点进行基因分型,采用SHEsis在线软件构建单倍型。在受试群体中,发现SIM1基因的3个SNP位点均有3种基因型,构建7种单倍型;最小二乘分析发现,3个SNP位点与肌内脂肪、眼肌面积、皮厚之间差异均不显著(P0.05),C77T、A426G位点与从江香猪背膘厚差异显著(P0.05);MM基因型、CC基因型、GG基因型的肌内脂肪和眼肌面积高于其他基因型;NN基因型、TT基因型、AA基因型的背膘厚和皮厚低于其他基因型;肌内脂肪最高的为MMCCAA聚合基因型,眼肌面积最高的为MNCCGG聚合基因型;背膘厚和皮厚最低的均为MNTTAA聚合基因型。可以考虑将MM基因型、CC基因型、GG基因型以及MMCCAA聚合基因型、MNCCGG聚合基因型作为影响从江香猪肌内脂肪和眼肌面积的有利基因型,将NN基因型、TT基因型、AA基因型以及MNTTAA聚合基因型作为影响背膘厚和皮厚有利基因型。     

松辽黑猪IGF-Ⅰ基因外显子4多态性及与部分生产性能的关系

以IGF-Ⅰ基因作为松辽黑猪生长和胴体性状的候选基因，采用PCR-SSCP方法检测30头松辽黑猪IGF-Ⅰ基因外显子4(179 bp)的多态性，对该基因的不同基因型与生长和胴体性状的关系进行分析。结果表明，IGF-Ⅰ基因的2个等位基因和3种基因型在松辽黑猪中均有不同频率的分布，遗传多态性较高; IGF-Ⅰ不同基因型对断奶后日增重有显著影响，AA型显著高于AB型和BB型(P<0.01)。AA型猪的瘦肉率显著低于AB型和BB型(P<0.01)，而AA型猪的平均背膘厚显著高于AB型和BB型(P<0.01)，对其它性状的影响差异不显著。因此，IGF-Ⅰ基因的遗传分析结果说明该基因对松辽黑猪的平均日增重、瘦肉率和平均背膘厚等3个性状有显著的遗传影响，可以初步推断IGF-Ⅰ基因可能是影响猪生长和胴体性状的一个主效基因或是一个与影响猪生长和胴体性状的QTL连锁的基因。     

大白猪群中HDAC1基因多态性与重要经济性状的相关性研究

该研究利用PCR-RFLP技术检测343头法系大白猪HDAC1基因酶切位点多态性,并对乳头数、达100 kg体重日龄、校正背膘厚、初生重和体长等性状进行关联分析。结果显示:在法系大白群体中检测到HDAC1基因3种基因型(分别为AA、AG和GG基因型)的存在。HDAC1基因HinfⅠ位点与大白猪达100 kg体重日龄显著相关,G等位基因具有显著降低达100 kg体重日龄的遗传效应,而GG基因型个体的初生重要高于AA基因型个体,GG基因型个体的生长性能有着明显优势。     

松辽黑猪IGF-Ⅰ基因外显子4多态性及与部分生产性能的关系

以IGF-Ⅰ基因作为松辽黑猪生长和胴体性状的候选基因,采用PCR-SSCP方法检测30头松辽黑猪IGF-Ⅰ基因外显子4(179 bp)的多态性,对该基因的不同基因型与生长和胴体性状的关系进行分析。结果表明,IGF-Ⅰ基因的2个等位基因和3种基因型在松辽黑猪中均有不同频率的分布,遗传多态性较高;IGF-Ⅰ不同基因型对断奶后日增重有显著影响,AA型显著高于AB型和BB型(P<0.01)。AA型猪的瘦肉率显著低于AB型和BB型(P<0.01),而AA型猪的平均背膘厚显著高于AB型和BB型(P<0.01),对其它性状的影响差异不显著。因此,IGF-Ⅰ基因的遗传分析结果说明该基因对松辽黑猪的平均日增重、瘦肉率和平均背膘厚等3个性状有显著的遗传影响,可以初步推断IGF-Ⅰ基因可能是影响猪生长和胴体性状的一个主效基因或是一个与影响猪生长和胴体性状的QTL连锁的基因。     

大白猪BMPR-ⅠB基因多态性及其与繁殖性状的相关性研究

试验旨在研究不同品系大白猪骨形态发生蛋白受体ⅠB（bone morphogenetic protein receptor-ⅠB,BMPR-ⅠB）基因多态性及其与繁殖性状的相关性。采用Hi-SNP中高通量基因分型技术对BMPR-ⅠB基因多态位点进行分型,利用SPSS统计软件,采用最小二乘法将各位点不同基因型与总产仔数、产活仔数、死胎数、畸形头数进行相关性分析。结果显示,不同品系大白猪在BMPR-ⅠB基因746A > G和852G > A位点均未检测到多态性,804G > C位点上均表现为GG基因型为优势基因型,G为优势等位基因;960C > T位点在美系大白猪中以CC基因型频率较高,而在英系大白猪中以TT基因型频率较高,在加系大白猪中CT基因型频率较高,3个不同品系大白猪群体在804G > C和960C > T位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P > 0.05）。804G > C位点在3个不同品系大白猪中对总产仔数、产活仔数、死胎数、畸形数等繁殖性状均无显著影响（P > 0.05）。960C > T位点在美系大白猪群体中TT基因型死胎数极显著低于CC基因型1.027头（P < 0.01）;英系大白猪群体中TT基因型总产仔数显著高于CC基因型1.976头（P < 0.05）,极显著高于CT基因型2.118头（P < 0.01）;加系大白猪中TT基因型产活仔数显著高于CC基因型0.886头（P < 0.05）,死胎数、畸形头数显著低于CC基因型0.707和0.337头（P < 0.05）。960C > T位点中TT基因型可作为3个不同品系大白猪繁殖性状的标记基因型。     

猪蛋白酪氨酸磷酸酶-1B基因第7内含子多态性与猪脂肪沉积性状的关联性

本研究旨在分析蛋白酪氨酸磷酸酶-1B(PTP-1B)基因部分SNP与猪脂肪沉积性状的关联性。选取国外瘦肉型猪种大约克夏16头、长白猪21头和中国脂肪型地方猪种梅山猪22头以及"大白×梅山"F2代资源家系213头为研究材料,利用PCR-Eco88I-RFLP方法检测PTP-1B基因第7内含子序列存在G/A突变的多态性,并进行方差分析。结果表明,大白和长白猪种为单一的A等位基因,而梅山猪种以杂合子GA基因型为主,对213头"大白×梅山"F2代资源家系进行性状关联分析,该位点与猪板油质量、内脂率、胸腰椎间背膘厚等脂肪沉积性状显著相关(P<0.05),且杂合子GA基因型个体的板油质量和内酯率都最低(GA基因型个体相似文献   

胰岛素样生长因子-1基因多态性与猪部分生产性能的关系

采用PCR－RFLP对南昌白猪（92头）和大约克夏猪（170头）的IGF－1基因的179bp片段进行了扩增，并用HhaI酶切，产生两个等位基因A（151＋28bp)和等位基因B（116＋35＋28bp)。分析了不同基因型对个体初生重、2月龄重、4月龄重、6月龄重、料重比、背膘厚和瘦肉率等生产性能的影响。结果表明，在南昌白猪中，AA型猪比AB型猪初生重大，差异显著（P＜0.05)；在大约克夏猪中，BB型猪比AB型猪的6月龄体重大，差异显著（P＜0.05)；AA型猪比AB型和BB型猪瘦肉率低，差异极差著（P＜0.01)。     

大白猪PTGS2基因外显子2多态性及其与繁殖性状的关联分析

试验旨在研究前列腺素内过氧化物合酶2（prostaglandin-endoperoxide synthase 2,PTGS2）基因的单核苷酸多态性,并将其与大白猪的繁殖性状进行关联分析,为猪分子遗传标记提供依据。以美系及法系纯种大白猪基因组DNA为模板,构建DNA混合池,通过克隆测序比对,检测猪PTGS2基因的遗传变异;采用PCR-RFLP技术对多态性位点进行基因分型,并与目标性状进行关联分析。结果显示,在猪PTGS2基因外显子2上存在1个g.86A>G碱基突变,并具有Msp Ⅰ酶切位点多态性,且在大白猪群体中检测到AA、AG和GG 3种基因型;哈迪-温伯格平衡检验结果显示,在法系大白猪群体中,PTGS2基因g.86A>G多态性分布达到遗传平衡状态（P>0.05）。关联分析结果表明,在美系大白猪群体中,AA基因型初产母猪弱仔数显著少于AG基因型（P<0.05）,AA基因型经产母猪初生窝重显著高于AG基因型（P<0.05）;在法系大白猪群体中,GG基因型个体总产仔数、健仔数和初生窝重均高于AA和AG基因型,但未达到显著水平（P>0.05）。PTGS2基因外显子2 g.86A>G多态性位点显著影响初生窝重和弱仔数,可作为猪分子标记辅助选择育种的潜在位点。     

猪IGFBP2基因多态性及其与胴体、肉质性状的关联分析

本研究旨在调查猪胰岛素样生长因子结合蛋白2基因(IGFBP2)潜在的变异与胴体性状和肉质性状之间的关系。IGFBP2是IGFBPs家族的一员,定位在猪15号染色体上。本研究利用PCR-MspⅠ-RFLP方法对该基因第二内含子g.171CT(Gen Bank Accession No.BV727778)进行了单核苷酸多态性(SNP)检测,在382头大白×梅山猪F2代猪群体中关联分析。结果发现该位点与背膘厚、眼肌高、眼肌宽、骨率等性状呈极显著相关(P0.01),与眼肌面积、肥肉率、瘦肥比、花油、色值(LD)和色值(BF)等性状呈显著相关(P0.05)。结果表明IGFBP2基因型与胴体和肉质性能存在一定程度的显著关联,是潜在的影响猪胴体和肉质性状的候选基因。     

猪PRLR和FSHβ基因多态性检测及其与繁殖性状的关联分析

试验旨在研究催乳素受体（prolactin receptor,PRLR）和卵泡刺激素β（follicle-stimulating hormone β,FSHβ）基因的多态性及其与母猪繁殖性状的关联分析。采用PCR-RFLP方法对大白猪、杜洛克猪和长白猪3个猪种共487头母猪进行了PRLR和FSHβ基因多态性检验,并采用单因子方差分析、LSD法分析不同基因型与母猪总产仔数、产活仔数、断奶窝重和断奶窝仔数等繁殖性状的相关性。结果表明,PRLR基因在大白猪和长白猪中B等位基因均为优势基因,基因频率分别为0.717和0.548,大白猪BB基因型总产仔数显著高于AA基因型（P<0.05）,长白猪BB基因型断奶窝重显著高于AB基因型（P<0.05）;FSHβ基因在大白猪、杜洛克猪和长白猪3个猪种中B等位基因均为优势基因,基因频率分别为0.804、0.760和0.789,长白猪BB基因型总产仔数和产活仔数均显著高于AB基因型（P<0.05）,呈现BB>AA>AB趋势。因此,PRLR和FSHβ基因对荣昌猪场母猪繁殖性能有一定影响,可作为母猪繁殖性能分子选育的候选参考基因。     

Association Study on PPARD Gene G32E Polymorphic Site with Fat Deposit Related Traits in Beijing Black Pigs

The objective of this study was to analyze the association of a missense mutation G32E in the first exon of peroxisome proliferator-activated receptor delta (PPARD) gene with fat deposit related traits in Beijing Black pigs.Detected the genotype at G32E site in Beijing Black pig population and several Chinese and foreign pig populations using Sequenom mass spectrometry,and analyzed polymorphism with backfat thickness and IMF in Beijing Black pig population.The results indicated that backfat thickness of individuals with genotype GG was extremely significant higher than those individuals with genotypes GA and AA (P<0.01) in Beijing Black pig population,but no significant different of IMF was found (P>0.05).Allele A was high in Chinese local pigs Meishan and Erhualian.But in Minzhu,Laiwu,Yacha,and foreign commercial pigs Duroc,Landrace,Large White,mainly was allele G.The result suggested that polymorphism of PPARD gene G32E site had significant impact on backfat thickness,and no effect on IMF trait.     

大白猪MC4R、CDC16基因多态性及其与生长性状的关联分析

本研究旨在利用高分辨率熔解曲线(high resolution melt,HRM)分型方法检测大白猪黑素皮质素受体(melanocortin-4 receptor,MC4R)和细胞分裂周期蛋白16(cell division cycle 16,CDC16)基因的多态性,并对其与大白猪的生长性状进行关联性分析。试验共采集246头大白猪的耳组织样提取基因组DNA,对小群体样本进行PCR扩增后,通过测序方法寻找两个基因在该群体中的多态性位点,针对已发现的多态性位点设计HRM专用引物,利用HRM方法对大群体进行多态性检测,将所得结果与大白猪生长性状进行关联性分析。结果表明,在MC4R基因序列中检测到1个突变位点2207A>G,2个等位基因:A和G,3个基因型:AA、AG和GG;在CDC16基因第18外显子上检测到了1个突变位点837T>C,2个等位基因:T和C,2种基因型:TT和CT。χ~2适合性检验结果显示,2个基因的基因型频率和等位基因频率在2个种群中分布差异不显著,符合Hardy-Weinberg平衡定律(P>0.05)。多态信息含量(PIC)分析显示,MC4R基因在2个群体中均处于中度多态(0.25相似文献   

猪RXRB基因SNPs检测及其与生长育肥和繁殖性状的关联分析

旨在研究猪RXRB基因多态性位点,并筛选与猪生长育肥和繁殖性状显著相关的SNPs,为种猪的遗传改良提供新的遗传标记位点。本研究通过采集962头健康大白猪（美系大白459头,法系大白503头）的血液DNA,利用直接测序法和PCR-RFLP技术分别检测两个品系大白猪RXRB基因SNP位点,并进行遗传多态性分析。利用SAS 8.0软件中的混合线性模型（Mixed）对RXRB基因SNP位点与表型性状值进行关联分析。利用Haploview 4.2软件对RXRB基因SNP位点进行连锁不平衡分析。结果显示,在两个品系大白猪群中共检测到10个SNPs,其中,美系大白有5个SNPs,法系大白有5个SNPs。经X²适合性检验,该10个SNPs在大白猪群体中均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）。关联分析结果表明,rs340542491、rs330162688和rs326226767与达100 kg体重日龄达到显著相关（P<0.05）;rs340542491、rs330162688、rs336609453和rs332169586与活体背膘厚达到显著相关（P<0.05）;rs340542491、rs325538588、rs691889709和rs323107853与初生重达到显著相关（P<0.05）;在体长中,仅rs324141460的GA基因型个体显著大于GG基因型（P<0.05）;rs325538588和rs80789331与眼肌面积达到显著相关（P<0.05）;在乳头数中,rs340542491和rs330162688与左乳头数达到极显著相关（P<0.01）,rs324141460与左、右乳头数达到极显著相关（P<0.01）,rs336609453和rs332169586与右乳头数达到显著相关（P<0.05）。连锁不平衡分析结果显示,在美系大白中,rs326226767-rs325538588处于强连锁不平衡状态（D’=0.96,r²=0.91>0.33）,rs330162688-rs324141460处于完全连锁状态（D’=1）,rs324141460-rs340542491处于完全连锁状态（D’=1）,单倍型组合关联分析结果与单个SNP关联分析结果一致,单倍型组合与达100 kg体重日龄、活体背膘厚、初生重和乳头数等性状存在极显著（P<0.01）或显著（P<0.05）相关;在法系大白中,rs691889709-rs323107853处于完美连锁状态（D’=1,r²=1）,单倍型组合关联分析结果显示,单倍型组合与体长和乳头数达到极显著（P<0.01）或显著（P<0.05）相关。以上结果提示,RXRB基因内的10个SNPs可以作为猪育种改良的分子标记,同时对深入研究该基因功能具有一定的参考意义。