静原鸡ELOVL2基因遗传多态性研究

为了探讨静原鸡极长链脂肪酸延伸酶蛋白2（elongation of very-long-chain fatty acids 2，ELOVL2）基因的遗传特性，确定核苷酸的变异位点，本研究采用PCR-SSCP及DNA测序技术对静原鸡ELOVL2基因进行多态性检测。结果显示，静原鸡ELOVL2基因外显子6无多态性，内含子2和6呈中度多态。在ELOVL2基因内含子2扩增片段上共检测到5种基因型：A₂A₂、B₂B₂、C₂C₂、D₂D₂和A₂C₂，4种等位基因：A₂、B₂、C₂和D₂，其中A₂为优势等位基因（0.62），A₂A₂基因型为优势基因型（0.54）；3个SNPs位点：g.63372228+4918G > A的转换、g.63372228+5024T > C的转换和g.63372228+4928C > A的颠换。在E2e6I6扩增片段上共检测到3种基因型：A₁A₁、B₁B₁和A₁B₁，2种等位基因：A₁和B₁，其中A₁为优势等位基因（0.67），A₁A₁基因型为优势基因型（0.54），等位基因B₁存在g.63388000+748G > C的颠换。群体遗传学分析发现，静原鸡ELOVL2基因内含子2、6遗传纯合度均较高，且偏离了Hardy-Weinberg平衡（P < 0.05）。本研究结果表明，静原鸡ELOVL2基因内含子2和6序列突变较高，且呈中度多态，表现出纯合子优势，外显子6上无突变。     

静原鸡ELOVL2基因内含子4多态性分析

为了明确静原鸡ELOVL2基因的遗传特性,试验采用PCR-SSCP技术对静原鸡ELOVL2基因内含子4遗传多样性进行检测。结果表明:在ELOVL2基因内含子4扩增片段上共检测到4种基因型、3种等位基因、2个SNPs位点。其中A和B为优势等位基因(0.47),基因型AB为优势基因型(0.42);静原鸡ELOVL2基因内含子4遗传纯合度与杂合度基本相同,且偏离了Hardy-Weinberg平衡(P0.01)。说明静原鸡ELOVL2基因内含子4序列突变程度较高且呈中度多态,杂合子或纯合子无明显优势。     

伊拉肉兔和美系獭兔FGF5基因外显子及部分内含子多态性研究

为了探索与家兔毛质性状有关的遗传标记,为家兔分子选育提供理论依据,该研究采用PCR直接测序法,对伊拉肉兔和美系獭兔FGF5基因的外显子Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ的序列进行分析,结果表明:(1)FGF5基因外显子Ⅰ和Ⅲ均存在多态性,FGF5外显子Ⅱ不存在多态性;(2)FGF5基因外显子Ⅰ的A位点存在AGA插入突变(反向测序),有A_1A_1(突变型)、A_1A_2和A_2A_2(野生型)3种基因型,其中A_1A_1为美系獭兔的优势基因型,A_2A_2为伊拉肉兔的优势基因型;(3)FGF5基因外显子Ⅲ的B位点存在G-C突变,有B_1B_1(野生型)和B_1B_2 2种基因型,且B_1B_1为这两种家兔的优势基因型;(4)应用适合性检验FGF5基因外显子ⅠA位点和外显子ⅢB位点基因型频率,发现只有伊拉肉兔群体中外显子ⅠA位点的基因型分布不符合Hardy-Weinberg平衡定律(P0.05),而外显子ⅠA位点基因型在美系獭兔群体中和外显子ⅢB位点基因型在这两种家兔群体中的分布均符合hardy-weinberg平衡定律(P0.05);(5)在伊拉肉兔和美系獭兔外显子Ⅰ的A位点和伊拉肉兔外显子Ⅲ的B位点均存在中度多态(0.25PIC0.5),美系獭兔外显子Ⅲ的B位点存在低度多态(PIC0.25)。研究结果显示FGF5可作为影响家兔毛绒品质的候选基因,对繁育优良的皮用家兔品种具有重要意义。     

欧拉型藏羊GH基因部分序列PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP方法,检测126只欧拉型藏羊GH基因第1、2内含子、第1～4外显子序列的遗传多态性,结果表明:仅第4外显子出现多态性,存在2个等位基因3种基因型(AA、AB和BB),BB基因型频率最高,B等位基因频率明显高于A等位基因频率,其余位点未检测到多态.群体遗传学分析结果表明:该群体在这一位点上处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05),多态信息含量(PIC)为0.231 3,为低度多态(PIC＜0.25).测序结果显示:与藏绵羊GH基因序列(EFU77162)相比,B等位基因在1 286bp处发生T→C的突变,该突变为同义突变.     

荆江麻鸭THRSPα基因内含子酶切多态性及其与屠体性状的研究

采用PCR-RFLP法检测96只荆江麻鸭THRSPα基因内含子的多态性,并对基因多态性与屠体性状进行关联分析。结果发现,本试验群体中未检测到AA基因型,仅有CC和CA2种基因型。其中C等位基因频率为0.9792,为优势等位基因。χ2检验表明,该多态位点处于Hardy-Weinberg遗传平衡状态。结果表明:荆江麻鸭THRSPα基因内含子多态位点CA基因型个体活重极显著高于CC基因型(P0.01),C基因C型个体全净膛率、胸肌率和瘦肉率极显著高于CA基因型(P0.01),其他性状差异不显著(P0.05)。     

麦洼牦牛UCP基因多态性及其与生长性状的遗传效应分析

为了探讨麦洼牦牛UCP2和UCP3基因多态性及其与生长性状的相关性,为牦牛育种工作中遗传标记的辅助选择提供数据参考,试验以97头麦洼牦牛为研究对象,采用直接测序法获得UCP2基因第1,2,3,4外显子及部分内含子和UCP3基因第3,6外显子及部分内含子序列,比对获得多态位点,研究其遗传多态性与麦洼牦牛生长性状间的关联性。结果表明:UCP2基因第4外显子检测到1个多态位点(T1 499C),第4内含子检测到2个多态位点(A1 766G、C1 925T); UCP3基因第6外显子检测到1个多态位点(T13 190C)。4个突变位点在麦洼牦牛粉嘴和纯黑类群中均处于HardyWeinberg平衡状态(P0. 05); 4个多态位点均表现为低度多态[多态信息含量(PIC)0. 25]。UCP2基因T1 499C位点CT基因型个体体重均值显著高于TT型(P0. 05)。说明麦洼牦牛UCP2和UCP3基因存在多态性,其中UCP2基因T1 499C位点可作为麦洼牦牛生长发育性状遗传育种辅助选择的分子标记。     

马COMT基因第4外显子多态性分析

探讨COMT基因第4外显子(C4位点)多态性,进而探究不同品种马在该位点的遗传变异程度和选育强度。采用PCR-SSCP方法对不同品种马的COMT基因C4位点进行多态性分析。结果表明:第4外显子区域存在多态现象,发现AA、BB 2种基因型,并有3处突变分别是13处C突变为A、199处C突变为G的颠换、120处T突变为C的转换。不同品种间的基因型分布存在差异,纯血马的优势基因型和优势等位基因是BB型和B;而乌审马、锡尼河马、三河马、巴尔虎马、乌珠穆沁马的优势基因型和优势等位基因均为AA型和A;处于哈代-温伯格平衡状态(P0.05)的只有巴尔虎马,其他品种马都没有处于哈代-温伯格平衡状态(P0.01)。纯血马C4位点的杂合度为0.499,多态信息含量为0.374,呈中度多态性。纯血马C4位点杂合度和多态信息含量较高,表明该群体的遗传物质基础一致性较高,该位点遗传性能趋于稳定。     

甘南牦牛GH基因的SNPs分析

[目的]甘南牦牛是分布在甘南境内的牦牛类群,是当地优势畜种之一.为了揭示甘南牦牛GH基因的结构特征,[方法]采用PCR-SSCP技术,对202头甘南牦牛生长激素基因(GH)5个外显子及部分内含子序列进行SNPs分析.[结果]表明:甘南牦牛GH基因第1、第2和第4外显子无多态性,第3内含子及第5外显子表现遗传多态性,其中第3内含子有AA、AB、BB 3种基因型,第5外显子有CC和CD 2种基因型,未发现DD基因型.序列分析发现,第3内含子1 694 bp处发生T→C单碱基转化;第5外显子2 154 bp处发现G→A单碱基突变,导致由甘氨酸(Gly)变为丝氨酸(Ser).甘南牦牛在2个基因位点上均表现为低度多态(PIC<0.25),χ2检验表明其处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P<0.05).结论 初步推测甘南牦牛GH基因的多态性相对贫乏.     

中国荷斯坦奶牛κ-CN基因第四、第五外显子的多态性研究

本文利用PCR-RFLP技术,检测了中国南方荷斯坦牛κ-酪蛋白(κ-casein,κ-CN)基因第四、第五外显子的遗传多态性.结果表明:κ-CN基因第四、第五外显子均存在遗传多态性,第四外显子上存在突变位点g.13100A＞C,第五外显子上存在突变位点g.15153 T＞C.第四外显子有两种基因型(AA,AB),等位基因频率分别为0.9379和0.0621,第五外显子有三种基因型(AA,BB,AB),等位基因频率分别为0.6512和0.3488.κ-CN两个外显子PCR-RFLP位点的基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡定理(P＞0.05).κ-CN基因第四、第五外显子座位的多态信息含量分别为0.1097和0.3511,第四外显子呈现低度多态,第五外显子呈现中度多态;其杂合度、有效等位基因数分别为0.1165、1.1318和0.4543、1.8324.     

杂种奶牛POU1FI、GHR、GHRH-R和CSN1S2基因部分序列PCR-SSCP多态性分析

利用PCR-SSCP技术,对荷斯坦公牛冻精改良的93头杂种奶牛的脑垂体转录因子-1(POU1F1)基因第6外显子、生长激素受体(GHR)基因第10外显子、生长激素释放激素受体(GHRH-R)基因第2外显子和酪蛋白(CSN1S2)基因第18外显子进行了多态性研究.结果表明,在检测的4个基因位点中,只有POU1F1基因第6外显子存在2种基因型,AB、BB基因型频率及A、B基因频率分别为0.0323、0.9677和0.0162、0.9838,未发现AA型个体.该群体在此位点上处于Hardy-Weinberg平衡状态,基因杂合度和多态信息含量分别为0.0318和0.0313.测序显示,与普通黄牛POU1F1基因序列Y15995相比,A等位基因在POU1F1基因第6外显子的第209个碱基处发生了G→C的碱基颠换,导致Thr/Arg替代,其多态的成因及效应需进一步研究.     

马DRD4基因部分序列的克隆及StyⅠ酶切多态性分析

采用限制性内切核酸酶Sty Ⅰ对蒙古马和纯血马DRD4基因第一内含子及部分第一、第二外显子的1760bp扩增产物进行了PCR-RFLP多态性分析,共检测到6种基因型,由D、E、F3个复等位基因控制;通过酶切图谱分析发现,蒙古马和纯血马的DRD4基因第一内含子及部分第一、第二外显子的第357位和第1717位碱基表现出多态性;并对基因型频率和等位基因频率进行了统计分析,结果表明:DRD4基因的部分基因型频率和等位基因频率在2个群体之间差异显著(P<0.05)或极显著(P<0.01);x2适合性检验结果表明纯血马DRD4基因此位点未达到Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.01),而蒙古马达到平衡(P>0.05)。     

红眼白水貂FSHβ和NCOA1基因多态性及其与繁殖性状的相关分析

本研究旨在检测红眼白水貂促卵泡激素β（follicle-stimulating hormone beta subunit,FSHβ）和核受体辅激活蛋白1（nuclear receptor coactivator 1,NCOA1）基因多态性与繁殖性状的关系。采用单链构象多态性（SSCP）和DNA测序相结合的方法检测了红眼白水貂215个个体的单核苷酸多态性,针对红眼白水貂群体的特点建立合适的统计分析模型,利用SAS 9.4统计软件对候选基因进行多态性分析,并采用最小二乘法分析了总产仔数和产活仔数的遗传效应。结果表明,在红眼白水貂FSHβ基因上存在2个多态位点,分别为内含子1处的g.1228G > A突变和外显子2处的g.1866T > C突变;在NCOA1基因上存在1个多态位点,为第6外显子处g.151536T > C突变。在红眼白水貂群体中,FSHβ基因的优势基因为B等位基因,NCOA1基因的优势基因为A等位基因;FSHβ基因g.1228G > A位点的AA和AB基因型个体在总产仔数、产活仔数上均极显著高于BB基因型（P < 0.01）,g.1866T > C位点在总产仔数和产活仔数上呈现BB > AB > AA的趋势;NCOA1基因的AB基因型个体的总产仔数和产活仔数均极显著高于AA基因型（P < 0.01）;g.151536T > C与g.1228G > A的合并基因型对繁殖性状有显著影响（P < 0.05）。因此,可以利用以上突变位点对红眼白水貂的繁殖性状进行标记辅助选择研究。     

文昌鸡GHR基因内含子2和5位点对文昌鸡繁殖性能的遗传效应研究

采用PCR-RFLP技术检测了文昌鸡GHR基因内含子2和5的多态性,并采用SPSS程序分析了GHR基因内含子2和5的多态性对文昌鸡繁殖性能的影响。结果表明:GHR基因内含子2等位基因C1、C2频率分别为0.06和0.94,内含子5等位基因D1和D2基因频率分别为0.19和0.81。GHR基因内含子2多态性与产蛋性状中的双黄蛋产量相关显著。经两两比较发现,GHR C1C1基因型个体比GHR C2C2基因型个体双黄蛋产量高0.70个(P<0.05),加性效应值为0.208。     

不同猪种TGF-β1基因单核苷酸多态性分析

以二花脸猪、大白猪、长白猪、皮特兰猪和圣特西猪共计861 头为研究材料,采用PCR-SSCP技术,对猪TGF β1基因6 7外显子区的1156 bp序列进行多态性分析,发现一个多态位点。经克隆测序分析,位于第6内含子区内存在C→T突变,该突变位点为第7外显子上游的第9位碱基(序列:AJ621785中的第1043位点)。对不同猪群的基因型和基因频率统计结果表明,二花脸猪以等位基因T为主,而大白猪、长白猪、皮特兰猪和圣特西猪则以等位基因C为主,且各猪群均处于Hardy Weinberg平衡。     

藏鸡、泸宁鸡POU1F1基因外显子2多态性与生长性能的关联研究

为研究POU1F1基因的多态性对鸡生长发育的影响,试验以藏鸡和泸宁鸡为研究对象,采用PCR-SSCP及测序方法对POU1F1基因的外显子2的多态性进行检测,并与其生长性能进行关联分析。结果表明:在藏鸡和泸宁鸡POU1F1基因外显子2处检测到1个多态位点(C/T)变异,呈现出CC、CT、TT三种基因型,其中C基因为优势基因,CC基因型为优势基因型;两个鸡群在该位点基因杂合度均较低,PIC0.25,属低度多态性;经卡方检验,在该位点藏鸡不处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05);泸宁鸡则处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05);泸宁鸡6周龄时,CC基因型个体体重显著高于CT型(P0.05),其他周龄之间无显著差异;藏鸡和泸宁鸡均表现出CT基因型的生长态势较纯合子好;泸宁鸡6~7周龄和10~11周龄CT型个体极显著高于CC基因型个体的周增重率(P0.01);9~10周龄CT基因型个体的周增重率显著高于CC型个体(P0.05);藏鸡和泸宁鸡POU1F1基因外显子2多态位点(C/T)中,C基因为优势基因,而CT基因型是控制泸宁鸡早期生长速度的优势基因型。说明POU1F1基因的多态性是鸡早期生长速度的一个潜在分子标记。     

秦川牛TRAF6基因多态及其与体尺性状的关联分析

牛TRAF6基因位于15号染色体上,含有七个外显子,共编码902个氨基酸,是生长发育相关的候选基因。本研究旨在分析陕西地区秦川牛TRAF6基因多态及其与体尺性状之间的关系。本研究针对秦川牛TRAF6基因外显子及部分非编码序列设计引物,利用DNA池做为模板扩增测序,在第六内含子17 628bp处发现1个SNP。通过运用PCRRELP方法对该位点多态进行分析,结果发现存在2种基因型,分为TT和TC。TT的基因型频率为0.9574,TC的基因型频率0.0426;等位基因T的频率为0.9787,等位基因C的频率为0.0213,TT的基因型频率显著高于基因型TC,为优势基因型,TT基因型个体各体尺性状数据普遍高于TC基因型个体。本研究首次对陕西地区秦川牛的TRAF6基因进行了多态性分析,在第六内含子处发现了基因突变位点,且该突变位点与秦川牛体尺和体重等重要生长性状有关,可以作为分子标记辅助选择的参考。     

蒙古马生长激素基因的克隆及部分序列的PCR-SSCP分析

通过PCR-SSCP方法对7个品种285匹马的生长激素基因做了多态性分析,在所检测的5′端侧翼区、第一内含子、第二外显子和第五外显子4个位点中,仅第五外显子检测到多态,该多态位点由A和B两种等位基因控制.GH基因第1 719处1个T→C的突变和1 743处G→A的突变,导致等位基因B变为等位基因A.除纯血马外,A基因在各品种中均为优势等位基因,B基因为纯血马的优势基因.在此多态位点,乌珠穆沁马、乌审马和巴尔虎马处于Hardy-Weinberg平衡状态,纯血马、三河马和锡尼河马则未达到Hardy-Weinberg平衡状态.     

延黄牛GSTP1基因第6外显子多态性及生产性状的相关性研究

为探究延黄牛GSTP1基因第6外显子多态性与生产性状的关系,本实验选取了89头16月龄延黄牛,采用PCR测序技术对延黄牛GSTP1基因的第6外显子进行遗传多态性检测,利用SPSS 20.0软件分析多态位点产生的不同基因型对生产性状的影响。结果显示:延黄牛GSTP1基因第6外显子Chr29:45444249 bp处存在G/A突变,为同义突变,检测到2种基因型:分别为GG和GA,GG为优势基因型,G为优势等位基因;经卡方适合性检验,该突变位点在抽查群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态。GSTP1基因遗传变异参数显示,G/A突变的遗传杂合度(He)相对较低,在延黄牛群体中变异较小,属于低度多态(PIC0.25);对2种基因型对应的生产性状进行关联分析发现,GA型个体胸围、腹围、体重显著高于GG型个体。本实验揭示了GSTP1基因第6外显子与延黄牛生产性状的相关性,为其作为遗传标记基因提供参考,为延黄牛育种繁殖提供实验基础。     

多浪羊MHC-DRB1基因巢式PCR-RFLP多态性分析

应用巢式PCR-RFLP方法,对200只多浪羊的MHC-DRB1外显子2的遗传多态性进行检测,并对基因型频率和等位基因频率进行统计。结果表明:多浪羊的MHC-DRB1基因外显子2在SacII和MvaⅠ的酶切位点存在多态性,分别检测出了2、2种等位基因,出现了3、3种基因型。由于MHC-DRB 1为多碱基突变的基因位点,综合2种限制性内切酶的酶切结果,在多浪羊中共发现6种基因型;平均杂合度和多态信息含量处于中等多态程度,χ2适合性检验结果表明,多浪羊的MHC-DRB 1外显子2在MvaⅠ酶切位点达到Hardy-Weinberg平衡(P0.05),但Sac II酶切位点未达到Hardy-Weinberg平衡(P0.01)。     

鸭催乳素基因内含子1单核苷酸多态性分析

研究通过PCR-SSCP和测序的方法检测我国8个地方鸭种共476个个体的PRL基因内含子1的单核苷酸多态性,分析不同群体的等位基因频率和基因型频率并对其遗传特性进行统计分析。结果表明:所检测的8个地方鸭种均呈现多态,比较测序结果发现,多态性是由位于PRL基因内含子1一个核苷酸碱基由A到C的突变造成的。除连城白鸭以外,其他各群体中等位基因A为优势等位基因。除连城白鸭和绍兴鸭外,其他各群体在该位点的基因频率均处于Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。