中国美利奴羊MHC-DRB1基因PCR-RFLP多态性分析

应用巢式PCR-RFLP方法,对211只中国美利奴(新疆军垦型)羊的MHC-DRB1外显子2的遗传多态性进行检测,并对基因型频率和等位基因频率进行了统计,结果表明,中国美利奴(新疆军垦型)羊的MHC-DRB1基因外显子2在SacⅠ、Hin1Ⅰ和HaeⅢ的酶切位点存在多态性,这些酶切位点分别受2、2和6个等位基因控制,由于MHC-DRB1为多碱基突变的基因位点,综合3种限制性内切酶的酶切结果,在中国美利奴(新疆军垦型)羊中共发现24种等位基因;χ2适合性检验结果表明,中国美利奴(新疆军垦型)羊的MHC-DRB1外显子2在SacⅠ和Hin1Ⅰ酶切位点均达到Hardy-Weinberg平衡(P＞0.05),但在HaeⅢ酶切位点未达到Hardy-Weinberg平衡(P＜0.01).     

多浪羊MHC-DRB1基因巢式PCR-RFLP多态性分析

应用巢式PCR-RFLP方法,对200只多浪羊的MHC-DRB1外显子2的遗传多态性进行检测,并对基因型频率和等位基因频率进行统计。结果表明:多浪羊的MHC-DRB1基因外显子2在SacII和MvaⅠ的酶切位点存在多态性,分别检测出了2、2种等位基因,出现了3、3种基因型。由于MHC-DRB 1为多碱基突变的基因位点,综合2种限制性内切酶的酶切结果,在多浪羊中共发现6种基因型;平均杂合度和多态信息含量处于中等多态程度,χ2适合性检验结果表明,多浪羊的MHC-DRB 1外显子2在MvaⅠ酶切位点达到Hardy-Weinberg平衡(P0.05),但Sac II酶切位点未达到Hardy-Weinberg平衡(P0.01)。     

部分小型猪与大型猪IGF-1基因的SNP分析

利用PCR-SSCP技术对版纳微型猪、西藏小型猪、军牧猪和大白猪4个品种的IGF-1基因进行了多态性分析.结果表明,在外显子3上存在1个SNP(G201A),在外显子4上存在2个SNPs(A440G和T455C).各SNP位点基因及基因型频率统计结果显示,在G201A位点,A为大型猪的优势等位基因;在A440G和T455C位点,AT为大型猪的优势等位基因,小型猪的上述2个位点均没有共同的总体特征;2个等位基因型分布差异极为显著(P＜0.01),西藏小型猪的多态信息含量最低,而军牧猪的杂合程度最高.     

牛趋化因子受体基因1第2外显子的单核苷酸多态性分析

采用DNA测序、巢氏PCR和CRS-PCR方法对中国荷斯坦牛、鲁西黄牛、渤海黑牛的趋化因子受体基因1(CXCR1)的单核苷酸多态性(SNPs)进行研究,在第2外显子上发现了4个SNPs,分别为291 bp(C/T)、333 bp(C/T)、337 bp(A/G)和365 bp(C/T),这4个位点在中国荷斯坦牛、鲁西黄牛、渤海黑牛群体中均达到中度多态(0.25PIC0.5),优势等位基因分别为C、C、A、C,等位基因频率分别为0.82/0.67/0.65、0.80/0.74/0.71、0.70/0.65/0.82、0.56/0.58/0.56。经χ2适合性检验,渤海黑牛所有位点全部达到Hardy-Weinberg平衡状态;荷斯坦牛在突变位点291 bp(C/T)、333 bp(C/T)和337 bp(A/G)达到Hardy-Weinberg平衡状态;鲁西黄牛仅在365 bp(C/T)位点达到Hardy-Weinberg平衡状态。     

多浪羊MHC-DRB1基因多态性与包虫病抗性分析

通过PCR扩增122只包虫病(细粒棘球蚴病)阴性和70只包虫病阳性多浪羊的MHC -DRB1第2外显子,产物经SacⅠ、Hin1Ⅰ和HaeⅢ3种限制性内切酶酶切后进行RFLP多态性分析.结果表明,多浪羊MHC-DRB1基因第2外显子在SacⅠ、Hin1Ⅰ和HaeⅢ酶切位点存在丰富的多态性,分别检测出了2、2和6种等位基因,出现了3、3和18种基因型.将包虫病阴性和阳性多浪羊的等位基因频率和基因型频率分别进行比较分析,发现等位基因HaeⅢ a对包虫病感染具有一定的易感性(P＜0.05),SacⅠab和Hin1Ⅰaa 2个基因型对包虫病具有一定的抗性(P＜0.05), HaeⅢbe和HaeⅢef这2个基因型对包虫病具有较强的易感性(P＜0.01).     

中国荷斯坦奶牛FASN基因遗传多样性及其与泌乳性能的相关性分析

哺乳动物脂肪酸合成酶(FASN)基因在脂肪酸合成中起至关重要的作用。研究利用PCR-SSCP方法检测109头中国荷斯坦奶牛FASN基因第2、4、26、34外显子遗传多态性,并对多态性与泌乳性状进行相关性分析。结果表明:仅第34外显子(g.16009)存在A/G多态性,其余3个外显子均未发现多态性;第34外显子有2个等位基因为A(突变点为G)/B(突变点为A),基因频率0.8802/0.1198;最小二乘分析表明,第34外显子不同基因型对乳脂率、体细胞评分(SCS)效应显著(P0.05)。为进一步探索牛奶中乳脂率调控机制奠定一定基础。     

猪ECH1基因部分序列的遗传变异分析

为了进一步研究烯脂酰辅酶A水解酶1(enoyl CoA hydratase,ECH1)基因的生物学功能,研究采用克隆测序结合PCR-RFLP的方法分析了民猪ECH1基因的部分DNA序列,并对其中的1个点突变进行了3个猪种内的基因型频率和基因频率计算。结果表明:研究所检测的ECH1基因序列与网上已有序列相比存在8个单核苷酸多态性(SNPs)位点,其中有2个造成酶切位点的改变;民猪和大白猪在PCR-RFLP-BamHⅠ位点的A、B基因频率均接近0.5,而长白猪B为优势等位基因。     

鸡MHC B-LBⅡ新等位基因检测及多态性研究

在鸡的基因组中扩增了MHCB-LBⅡ基因第2外显子长度为374bp的片段,通过克隆、测序,发现了20个B-LBⅡ新等位基因。对第2外显子6个限制性酶切位点(AluⅠ、CaiⅠ、CfrⅠ、Hin1Ⅰ、HinfⅠ和RsaⅠ)的PCR-RFLP多态性进行分析,并运用在这6个位点所观测的纯合基因型组合对B-LBⅡ等位基因进行初步检测,结果显示,该方法的等位基因检出率可达65%,等位基因主型检出率为68.75%。对B-LBⅡ基因7个单倍型和20个等位基因第2外显子多态性分析表明,核苷酸的多态变异位点为63个,其中简约性信息位点48个,单变异位点15个;仅在中国地方鸡种所检测到的简约性信息位点13个,单变异位点11个。序列同源性达90.6%~99.5%;核苷酸异义替换率为14.64%±2.67%,高于同义替换率2.92%±0.94%。为鸡B-LBⅡ基因多态性进化机制研究提供了参考资料。     

贵州地方山羊THRSP外显子1多态性分析

为了分析贵州山羊甲状腺激素应答蛋白(THRSP)基因的多态性,试验采用PCR产物直接测序法筛选出贵州地方山羊THRSP基因外显子1中对山羊肉质性状有显著影响的单核苷酸多态性(SNPs)位点。结果表明:在2个山羊品种中均检测到THRSP基因的2个SNPs位点分别为A341G、G365A,均为同义突变;位点G365A的A和G等位基因频率在2个品种间的差异较大。利用在线软件预测突变前后的mRNA二级结构及理化特性。说明THRSP基因外显子1的A341G和G365A位点的突变均能引起mRNA结构发生显著改变。     

无量山乌骨鸡脂联素基因的多态性分析

采用PCR-RFLP（聚合酶链式反应—限制性片段长度多态）方法对无量山乌骨鸡208个个体的脂联素基因（NC_006096）第1外显子上的Hsp92 Ⅱ酶切位点的c.A99G突变、第2外显子上的Mva Ⅰ酶切位点c.C565G突变进行检测。结果显示, 在c.A99G 位点有AA、AB和BB 3种基因型, c.C565G位点有CC、CD和DD 3种基因型。对2个位点群体遗传学特性分析的结果表明, c.A99G位点多肽信息含量为中度多态, 而在c.C565G 位点多肽信息含量为低度多态。经χ²适合性检验表明群体在2个位点均处于平衡状态。     

新疆褐牛和中国荷斯坦牛POU1F1基因第六外显子多态性与产奶量的关联分析

以新疆褐牛和中国荷斯坦牛为研究对象.应用PCR-RFLP方法对POU1F1基因第6外显子的多态性及其与产奶量的相关性进行了分析.结果表明,新疆褐牛和中国荷斯坦牛的群体在该位点分别有2种等位基因(A/B),频率分别为0.43/0.57和0.33/0.67.B等位基因是优势等位基因.在新疆褐牛群体中,BB型个体的产奶量显著高于AA型(P<0.05).     

山羊垂体转录因子POU1F1基因多态性及其与屠宰性状相关性研究

研究采用PCR测序技术对黔东南小香羊和贵州黑山羊的POU1F1基因外显子6进行SNP筛查,并分析其与屠宰性状的关联性。结果表明:在2个山羊群体POU1F1基因外显子6均检测到2个SNPs(T58G和T172C);在黔东南小香羊群体中,POU1F1基因外显子6的T58G位点AA和aa型个体的屠宰率显著高于Aa型(P<0.05),T172C位点Bb型个体的屠宰率显著高于BB和bb型(P<0.05);贵州黑山羊群体中,T58G位点Aa型个体的胴体重、屠宰率、眼肌面积厚和腰部肌肉厚显著低于AA和aa型(P<0.05),瘦肉率显著低于AA型(P<0.05),T172C位点BB型个体的胴体重、屠宰率、眼肌面积、腰部肌肉厚、净肉重、瘦肉率和骨重显著低于Bb和bb型(P<0.05);其他各性状在各位点各基因型之间差异未达到显著性差异(P>0.05),由此推测POU1F1基因外显子6的多态可能对山羊的屠宰性状有显著的遗传效应。     

新疆褐牛,中国荷斯坦POU1F1基因第六外显子多态性与产奶量关联分析

[目的]为了研究POU1F1基因第六外显子多态性与产奶量的关系.[方法]以新疆褐牛,中国荷斯坦为研究对象,利用PCR-RFLP对POU1F1基因第六外显子的多态性及其与产奶量的相关性进行了分析.[结果]表明: 新疆褐牛,中国荷斯坦牛的群体在该位点分别检测到2种等位基因A/B,频率分别为:0.43/0.57,0.33/0.67,B等位基因是优势等位基因 .[结论]在新疆褐牛群体中,BB型个体的产奶量显著高于AA型,在荷斯坦奶牛中BB型比AA,AB型的产奶量高,但差异不显著.     

杂种奶牛POU1Fl、GHR、GHRH-R和CSN1S2基因部分序列PCR-SSCP多态性分析

利用PCR-SSCP技术,对荷斯坦公牛冻精改良的93头杂种奶牛的脑垂体转录因子-1（POU1Fl）基因第6外显子、生长激素受体（GHR）基因第10外显子、生长激素释放激素受体（GHRH-R）基因第2外显子和酪蛋白(CSN1S2) 基因第18外显子进行了多态性研究。结果表明,在检测的4个基因位点中,只有POU1Fl基因第6外显子存在2种基因型,AB、BB基因型频率及A、B基因频率分别为0.0323、0.9677和0.0162、0.9838,未发现AA型个体。该群体在此位点上处于Hardy-Weinberg平衡状态,基因杂合度和多态信息含量分别为0.0318和0.0313。测序显示,与普通黄牛POU1Fl基因序列Y15995相比,A等位基因在POU1F1基因第6外显子的第209个碱基处发生了G→C的碱基颠换,导致Thr/Arg替代,其多态的成因及效应需进一步研究。     

牛POU1F1-exon6多态性与生长性状的相关性研究

为了研究弗莱维赫牛和蒙贝利亚牛POU1F1-exon6多态性与体重、体尺等生长性状指标的相关性,试验采用PCR-RFLP技术分析其多态性,并采用最小二乘法拟合线性模型,对各标记基因型与部分生长性状指标差异显著性进行检验。结果表明:2个群体POU1F1-exon6基因存在2个等位基因A/G,基因频率分别为0.175 9/0.824 1,0.096 8/0.903 2;在该位点上,弗莱维赫牛处于Hardy-weinberg平衡状态(P0.05),而蒙贝利亚牛处于不平衡状态(P0.05);2个群体中AA基因型体重均值高于AG、GG基因型均值(P0.05),GG和AG基因型个体腹围均值高于AA基因型个体均值(P0.05),但在体高、体长、胸围和管围4个性状上无显著性差异(P0.05)。说明POU1F1基因的A15636G位点可以作为牛的体重和腹围指标的候选遗传标记之一。     

哈萨克绵羊DRB1基因外显子1和4多态性与布鲁氏菌病的相关性研究

试验旨在对哈萨克绵羊DRB1基因外显子1和4多态性与布鲁氏菌病的相关性进行研究。使用虎红平板凝集试验（RBPT）对试羊的血清进行血清学检测，参考GenBank中绵羊MHC ClassⅡ区DRB1基因序列（登录号：NC_040271.1），对其外显子1和4片段设计引物，采用PCR-SSCP和DNA测序技术对230只哈萨克绵羊的DRB1基因进行多态性检测，分析其多态位点与哈萨克绵羊布鲁氏菌易感性之间的关系。RBPT检测发现66只哈萨克绵羊为布鲁氏菌感染阳性，阳性检出率为28.7%。外显子1片段存在一个SNP位点（F1-G22A），测序确定两种基因型（GG、GA），优势等位基因和基因型分别为G、GG，F1-G22A多态位点的易感基因型为GA。卡方检验表明，哈萨克绵羊DRB1基因F1-G22A多态位点与布鲁氏菌易感性的相关性不显著（P>0.05）。通过生物信息学在线软件分析得出，F1-G22A多态位点导致了RNA二级结构的改变和最小自由能的降低，引起了蛋白质二级结构的改变。DRB1基因外显子4片段未发现SNPs。由此得出，哈萨克绵羊DRB1基因F1-G22A多态位点与布鲁氏菌易感性可能存在一定的相关性。     

The Correlation Between Polymorphisms of Exon1 and Exon4 of DRB1 Gene and Brucellosis in Kazakh Sheep

The purpose of this experiment was to study the correlation between exon 1 and 4 polymorphisms of DRB1 gene and brucellosis in Kazakh sheep.Using RBPT serological tests to try sheep serum,reference in GenBank sheep MHC Class Ⅱ area DRB1 gene sequences (Accession No.:NC_040271.1),the exon 1 and 4 pieces designed primers,using PCR-SSCP and DNA sequencing technology to 230 Kazak sheep DRB1 gene polymorphism detection,analyze its polymorphism loci and the relationship between the Kazak sheep Brucella susceptibility.The results showed that 66 Kazakh sheep were positive for Brucella in RBPT test,and the positive detection rate was 28.7%.There was one SNP locus (F1-G22A) in exon 1 fragment,and sequencing determined two genotypes (GG and GA),the dominant allele and genotype were G and GG respectively,and the susceptibility genotype of the polymorphisms of F1-G22A was GA.Chi-square test showed that there was no significant correlation between the polymorphisms of DRB1 gene F1-G22A and Brucella susceptibility in Kazakh sheep (P>0.05).According to the analysis of bioinformatics online software,the F1-G22A polymorphic sites lead to the change of RNA secondary structure and the decrease of minimum free energy,and lead to the change of protein secondary structure.No SNPs were found in DRB1 exon 4 fragment.Therefore,there might be a certain correlation between the polymorphisms of DRB1 gene F1-G22A and Brucella susceptibility in Kazakh sheep.     

牛、羊POU1F1基因的研究进展

POU1F1基因是 POU 基因家族的重要成员.POU1F1蛋白在哺乳动物胚胎分化和生长发育过程中起着关键作用.本文综述POU1F1基因的结构特征与功能,POU1F1蛋白的结构特征与作用方式,POU1F1蛋白的调控机制以及近年来对牛、羊POUlFl基因遗传变异及其与经济性状关系研究的最新进展.     

半番鸭POU1F1基因序列的克隆与生物信息学分析

根据GenBank中公布的鸭POU1F1基因序列,设计了6对引物,以半番鸭血液基因组DNA为模板,采用PCR方法扩增出POU1F1基因完整的cDNA序列,全长2209bp。对该序列进行生物信息学分析,结果表明该基因编码335个氨基酸,具有POU-specific(POUs)和Homeobox结构域,与鸡、猪、牛、人和小鼠的POU1F1基因氨基酸序列分别具有96.3%、89.5%、89.2%、90.6%和87.5%的同源性。     

大围山微型鸡POU1F1基因编码区的克隆及序列分析

大围山微型鸡是我国目前报道的体形最小、体重最轻的地方优良品种,具有较高的屠宰率和饲料报酬。研究通过设计特定引物对大围山微型鸡POU1F1基因的编码区进行PCR分段扩增并测序。利用分子生物学软件对其基因序列及编码产物的结构、功能进行了生物信息学分析,并构建其系统发育关系。结果表明,大围山微型鸡POU1F1基因编码区全长984bp,与原鸡的POU1F1基因（NM〈sub〉2〈/sub〉04319）比对,在836位处发生一次碱基转换（C/T）,但未造成氨基酸改变;其编码产物由327个氨基酸残基组成,分子质量为38801.19Da,理论等电点为8.67;系统发育树结果表明,不同物种间在该基因编码区核苷酸序列和氨基酸序列上有较高的相似性,大围山微型鸡与原鸡POU1F1基因编码区核苷酸序列和氨基酸的相似性分别达到了99%和100%。大围山微型鸡POU1F1基因编码区的成功克隆,为进一步研究POU1F1基因的遗传特性和大围山微型鸡的矮小机理奠定了基础。