中国西门塔尔牛CAPN1基因SNPs及其与经济性状关联分析

本研究旨在分析CAPN1基因部分SNPs与中国西门塔尔牛经济性状的关联性.试验选取同龄、同场的135头中国西门塔尔牛为材料,利用PCR-RFLP方法检测CAPN1 316和CAPN1 4751 2个SNPs位点的多态性,并进行方差分析.结果发现,CAPN1 316 SNP位点与大理石花纹显著相关(P＜0.05),杂合子AB基因型个体的大理石纹评分显著高于AA和BB基因型个体(P＜0.05);CAPN1 4751位点与大理石花纹和剪切力显著相关(P＜0.05),大理石花纹性状中杂合子AB基因型个体评分显著高于AA基因型个体,剪切力性状中BB基因型个体显著高于AA基因型个体.结果表明,CAPN1 316和CAPN1 4751位点适合用于中国西门塔尔牛眼肌、肌肉大理石花纹的分子标记选择.     

SPAG6基因多态性对种公鸡精液品质和性发育相关性状的影响

本研究旨在筛选北京油鸡SPAG6基因的SNPs位点,探讨其与种公鸡精液品质和性发育相关性状之间的关系。选择89只35周龄北京油鸡种公鸡,采用质谱SNP技术进行基因分型,利用Phase软件和Haploview软件进行单倍型分析并构建线性模型,对单个位点、单倍型与精液品质和性发育相关性状进行关联分析。结果表明:SPAG6基因内含子区域共有5个SNPs,其中C29756T和T23041C与精液量、精子活率和精子畸形率显著相关(P0.05);不同单倍型组合与精液量、精子畸形率显著相关(P0.05);H4H4单倍型组合精液量显著高于H2H3和H3H3组合(P0.05),精子畸形率显著低于H2H3和H3H3等组合(P0.05)。综合分析,SPAG6基因是影响鸡精液品质的候选基因;其单个位点SNP突变C29756T、T23041C和H4H4单倍型组合可作为高精液品质鸡群选择的分子标记。     

中国西门塔尔牛血管生成素样蛋白3基因多态性及其与肉质性状的关联性分析

本研究旨在分析血管生成素样蛋白3(angiopoietin-like protein 3,ANGPTL3)基因的单核苷酸多态性(SNPs)及其与中国西门塔尔牛肉质性状的关联性,寻找可用于辅助选择的分子标记。随机选取饲养条件相同的98头中国西门塔尔牛为研究对象,采用PCR-SSCP技术结合DNA测序技术检测ANGPTL3基因的SNP。运用SPSS 19.0软件对ANGPTL3基因的不同基因型与肉质性状进行关联性分析。经测序发现,ANGPTL3基因外显子4中存在1个突变位点G7358C,存在2种基因型:CD、DD。关联性分析结果表明,G7358C突变位点的不同基因型与胴体脂肪覆盖率、眼肌面积、肌内脂肪和大理石花纹差异显著相关(P0.05),CC基因型个体胴体脂肪覆盖率、眼肌面积、肌内脂肪和大理石花纹显著高于CD基因型个体(P0.05)。试验结果表明,G7358C位点的CC基因型为优势基因型,与胴体脂肪覆盖率、眼肌面积、肌内脂肪和大理石花纹等肉用性状有相关性,ANGPTL3基因有望作为分子标记辅助选择的候选基因。     

山羊垂体转录因子POU1F1基因多态性及其与屠宰性状相关性研究

研究采用PCR测序技术对黔东南小香羊和贵州黑山羊的POU1F1基因外显子6进行SNP筛查,并分析其与屠宰性状的关联性。结果表明:在2个山羊群体POU1F1基因外显子6均检测到2个SNPs(T58G和T172C);在黔东南小香羊群体中,POU1F1基因外显子6的T58G位点AA和aa型个体的屠宰率显著高于Aa型(P<0.05),T172C位点Bb型个体的屠宰率显著高于BB和bb型(P<0.05);贵州黑山羊群体中,T58G位点Aa型个体的胴体重、屠宰率、眼肌面积厚和腰部肌肉厚显著低于AA和aa型(P<0.05),瘦肉率显著低于AA型(P<0.05),T172C位点BB型个体的胴体重、屠宰率、眼肌面积、腰部肌肉厚、净肉重、瘦肉率和骨重显著低于Bb和bb型(P<0.05);其他各性状在各位点各基因型之间差异未达到显著性差异(P>0.05),由此推测POU1F1基因外显子6的多态可能对山羊的屠宰性状有显著的遗传效应。     

UCP2基因遗传多态性与西门塔尔牛生长相关性状的遗传效应分析

本研究旨在分析UCP2基因SNPs及其单倍型与肉牛饲料转化率和体尺等生长相关性状的相关性。以118头西门塔尔牛为试验材料,利用DNA池和PCR-RFLP方法检测UCP2基因G118A、C161T、C215G、C305T位点多态性,构建单倍型并与生长性状进行相关分析。结果表明,G118A、C161T和C305T位点均与饲料转化率显著相关(P<0.05),其中杂合个体均值显著高于纯合个体且料肉比较高,而纯合个体之间差异不显著。位点C161T和C305T对胸围和腹围发挥主要影响作用,在差异显著表型性状中,TT基因型显著大于CC基因型个体。所构建的单倍型与单个SNP分析结果较为一致。综合考虑饲料转化率、平均日增体质量、胸围和腹围,建议将C161T和C305T位点的纯合个体TT基因型作为提高肉牛生长性状的候选分子标记。     

PPP3CA基因多态性与江口萝卜猪肉质性能关联性分析

钙调磷酸酶(CaN)是调节肌纤维转化的重要信号分子,PPP3CA基因编码CaN催化亚基,对畜禽肉质性能有重要影响。本实验以江口萝卜猪为研究对象,测定了112头江口萝卜猪11项主要肉质性状指标,提取背最长肌中基因组DNA,扩增了PPP3CA基因全部外显子和启动子序列并测序。结果显示:发现3个SNPs位点,分别为A-918C、G154767A和G316451A。启动子上的A-918C位点等位基因分布较均匀,生物信息学分析发现A-918C位点位于一个高评分核心启动子区附近,还会导致2个转录因子结合位点的消失和2个转录因子结合位点的产生,可能会对PPP3CA基因的表达产生影响。与肉质的关联性分析发现,A-918C位点AA和AC型个体肉色明显高于CC型个体,而剪切力反之。双倍型分析发现,H6H7(CC-GG-GA)和H7H7(CC-GG-GG)肉色显著低于其余双倍型,剪切力明显高于其余双倍型,也说明A-918C位点AA和AC型猪肉质优于CC型猪,说明了A-918C位点对肉质性能有明显影响。G154767A和G316451A位点等位基因频率差异大,等位基因分布不均匀,表明群体内变异程度较低。G154767A位点会使mRNA二级结构最小自由能降低,稳定性降低,极显著偏离Hardy-Weinberg平衡。与肉质的关联性分析发现,G316451A位点GG型和GA型大理石纹评分显著高于AA型。本研究结果表明,PPP3CA基因对江口萝卜猪肉质存在明显影响,A-918C和G316451A位点可能是影响江口萝卜猪肉质的重要功能SNPs位点。     

水牛MFSD2A基因多态性及其与产奶性状的关联分析

【目的】研究水牛主要促进因子超家族成员2a(major facilitator superfamily domain containing 2a,MFSD2A)基因多态性,并筛选与水牛产奶性状相关联的SNP。【方法】采集383头健康水牛血液DNA,利用PCR扩增和Sequenom MassARRAY飞行时间质谱技术对SNP位点进行筛选及基因型检测,并进行遗传多样性、连锁不平衡(LD)和单倍型分析,以及对不同基因型和单倍型与水牛产奶性状进行关联分析。【结果】在水牛MFSD2A基因中检出7个SNPs位点,多态信息含量(PIC)均在0.25~0.40之间,属于中度多态,除g.8290 T＞C位点外,其余位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05);关联分析结果表明,这7个SNPs位点与305 d产奶量均显著关联(P＜0.05),且突变杂合子基因型的305 d产奶量是3种基因型中最低的,g.568 C＞G和g.701 A＞G位点与乳脂率显著关联(P＜0.05),乳脂率从大到小依次为突变纯合子＞野生纯合子＞突变杂合子,g.568 C＞G、g.3326 G＞A、g.8290 T＞C和g.8523 C＞G位点与乳蛋白率显著关联(P＜0.05),7个SNPs位点与乳尿素氮关联均不显著(P＞0.05);连锁不平衡和单倍型分析结果明,g.568 C＞G、g.701 A＞G和g.3203 T＞G位点可组成一个单倍型模块(Block 1),g.8523 C＞G和g.9138 G＞T位点可组成另一个单倍型模块(Block 2)。其中g.568 C＞G和g.701 A＞G、g.568 C＞G和g.3326 G＞A、g.8523 C＞G和g.9138 G＞T位点的r²分别为0.87、0.37和0.48,处于强连锁不平衡状态。Block 1中的H1(CAG)单倍型乳蛋白率显著高于H2(CAT)和H3(GCT)(P＜0.05),Block 2中的D3(GG)单倍型305 d产奶量极显著高于D1(CG)和D2(CT)(P＜0.01)。【结论】筛选出的MFSD2A基因7个SNPs位点与305 d产奶量均显著关联,g.568 C＞G和g.701 A＞G位点与乳脂率显著关联,g.568 C＞G、g.701 A＞G、g.3326 G＞A、g.8290 T＞C和g.8523 C＞G位点与乳蛋白率显著关联,这7个SNPs位点与乳尿素氮均无显著关联。纯合子的基因型在高305 d产奶量和乳脂率的选择上更有优势,H1(CAG)和D3(GG)单倍型是提高水牛305 d产奶量和乳蛋白率的有利单倍型。     

太行鸡VIPR-1基因内含子1多态性及其与早期产蛋性状相关性研究

为了探索鸡血管活性肠肽受体-1(VIPR-1)基因内含子1多态性与太行鸡早期产蛋性能的相关性,及应用这些多态标记对保种群保种效果进行初步评价,试验参考鸡VIPR-1基因内含子1序列设计引物,以260只产蛋记录完整的太行鸡基因组DNA为模板进行PCR扩增,对符合测序要求的PCR扩增产物进行测序,通过分析测序结果寻找多态位点,对多态位点的遗传参数进行分析,进而评价保种效果,同时对不同基因型和单倍体型组合与开产日龄、各周龄产蛋量进行关联分析。结果表明:260份太行鸡血液样品经PCR扩增均获得了大小为651 bp的条带,该条带明亮、特异性良好,能够满足DNA测序需要;在VIPR-1基因内含子1中发现了8个单核苷酸多态(single nucleotide polymorphic,SNP)位点,分别为SNP1(T37748G)、SNP2(G37813A)、SNP3(G37823A)、SNP4(A37962/-)、SNP5(A37973G)、 SNP6(G38013A)、SNP7(C38035G)和SNP8(A38111G);这8个位点均属于中度多态,且均处于Hardy-Weinberg平衡状态,即试验鸡群体未经选择,保种效果良好;SNP4(A37962/-)的各基因型个体间早期产蛋性能存在差异,A0基因型与00基因型在37周产蛋数上显著或极显著高于AA基因型;单倍体型组合为H1H2(TGGAAGCA/GAA-GAGG)的个体早期产蛋数显著高于其他单倍体型组合。说明试验发现了一个与太行鸡早期产蛋显著相关的SNP位点(SNP4)和一个优势单倍体型组合(TGGAAGCA/GAA-GAGG),可作为太行鸡早期产蛋性状的分子标记,用于太行鸡早期产蛋性能的分子标记辅助选择以及保种群保种效果的评价。     

肉用西门塔尔牛与和牛杂交群体的肉品质分析

本研究旨在对肉用西门塔尔牛与杂交和牛两试验群体进行肉质性状比较,以期为肉品质性状遗传机制剖析及优质肉牛培育提供理论指导。收集肉用西门塔尔牛与杂交和牛两试验群体肉质性状表型数据,包括眼肌面积、剪切力、系水力、pH、肉色、脂肪颜色和大理石花纹等指标,进行相关性及差异性分析,从而综合评价两群体的肉品质。结果显示,两群体的脂肪颜色、系水力及剪切力呈现两两正相关;肉色与脂肪颜色、pH呈正相关,且肉色与pH呈显著相关(P0.05),而系水力与pH、肉色和大理石花纹呈负相关。在两试验群体间,和牛杂交群体的大理石花纹、眼肌面积、pH性状表现为极显著优于肉用西门塔尔牛(P0.01)。从性别比较来看,肉用西门塔尔牛母牛在大理石花纹、pH、剪切力等性状上极显著或显著优于公牛(P0.01;P0.05);而和牛杂交群体母牛的肉色和剪切力性状表现为显著或极显著高于公牛(P0.05;P0.01)。总体而言,和牛杂交群体的肉质性能优于肉用西门塔尔牛;群体内比较表明,肉用西门塔尔牛群体母牛肉质性能优于公牛,而和牛杂交群体母牛肉质性能低于公牛。     

优质鸡MEF2A基因的SNPs检测及其与屠体性状的相关研究

为了解优质鸡MEF2A基因SNPs与屠体性状的相关性,以240只大恒优质肉鸡为材料,应用12对引物,采用PCR-SSCP技术对肌细胞特异性增强子因子2A(MEF2A)基因进行多态性检测.结果在该研究群体中检测到MEF2A基因的3个SNPs位点46 023 nt(C→T,SNP1)、72 626 nt(G→A,SNP2)和89 232 nt(G→T,sNP3).关联分析结果表明,MEF2A基因3个SNPs位点及其双倍型对部分屠体性状有显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)影响.最小二乘分析结果表明,SNP1中,基因型A2A2个体的活体质量、屠体质量、胸肌质量和腹脂质量最小二乘均值显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)大于A1A1个体;SNP2中,基因型B1B1个体的活体质量、屠体质量、胸肌质量、腿肌质量和腹脂质量的最小二乘均值显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)大于B282个体;SNP3中的基因型C1C1个体的半净膛率显著高于基因型C2C2个体(P<0.05).双倍型H1H2组合的活体质量、屠体质量、胸肌质量和腿肌质量的最小二乘均值均高于其他双倍型组合.H5H5双倍型的活体质量、屠体质量和胸肌质量的最小二乘均值均为最低.初步推断MEF2A基因可以作为影响鸡屠体性状的分子标记.