牦牛Y染色体基因组单纯型微卫星丰度分析

微卫星或简单序列重复（SSRs）广泛分布于真核生物基因组中,其在物种基因组结构组成和功能中发挥着重要作用。本研究以2021年报道的牦牛（Bos grunniens）Y染色体基因组序列为研究对象,利用生物信息学方法系统分析了其单纯型微卫星的丰度状况。结果表明,在牦牛Y染色体基因组（26.36 Mb）中共发现12 699个1～6个碱基重复的单纯型SSRs,总长为0.33 Mb,平均长度为25.68 bp,相对频率和相对密度分别为481.77 loci/Mb和12 371.73 bp/Mb,提示牦牛Y染色体基因组包含约1.25%的单纯型SSRs。6类单纯型SSRs在牦牛Y染色体上分布不均匀,其中二碱基重复的SSRs最为丰富,总数为5 835个（45.95%）,平均长度为27.82 bp,而单碱基和三、四、五、六碱基重复的SSRs所占比例分别为29.79%、9.66%、8.81%、5.57%和0.22%。不同类别的单纯型SSRs其不同重复单元的重复次数存在差异,其中以A、AC、AAC等为重复单元的单纯型SSRs在牦牛Y染色体上所含比例相对较高;各重复单元重复次数的范围分别集中在12～20次（单...     

中华鳖表达序列标签资源中的微卫星信息分析

从NCBI下载中华鳖表达序列标签(Expressed sequence tag,EST)序列178条及浙江省水产农业新品种选育重大科技专项课题组构建的中华鳖腐皮病肝脏cDNA文库测序得到的4 146条EST序列中,通过去除片段长度过短和冗余的序列,得到全长为1 630.26 kb的2644条无冗余EST。采用MISA软件从这些序列中搜索到197个SSR,分布于137条EST序列中,出现频率为7.45%,平均分布频率为8.28 kb。2和3碱基重复是中华鳖主要的重复类型,分别占EST-SSR总数的60.91%和35.53%。AC/GT和AGC/CTG是2、3碱基重复中的优势类型,分别占2、3碱基重复的44.17%和62.86%。结果显示,中华鳖EST数据库中SSR序列出现频率较高,类型较丰富,根据中华鳖EST数据发掘SSR标记是一条可行的途径。     

基于RNA-seq结果开发猪SSR标记

旨在开发猪SSR标记,为猪遗传多样性分析、亲缘关系鉴定、标记辅助选择等奠定基础。本研究基于前期对6月龄大白猪和马身猪背最长肌RNA-seq结果,根据SSR在染色体上的分布、碱基类型、重复次数等的差异随机筛选154个位点,设计合成SSR引物,进行PCR扩增、PAGE检测及克隆测序验证,开发多态性SSR标记。利用开发的SSR标记对马身猪、大白猪、晋汾白猪及山西黑猪等4个猪种各30头6月龄个体进行遗传多样性分析,以评价所开发SSR标记的应用效果。结果,从36 693条转录组Unigene序列中搜索到10 488个SSRs位点,纯合型SSR为9 424个,复合型SSR为1 064个,分布于6 953条Unigene序列,其中4 727条Unigene含有单个SSR,2 226条Unigene含有2个及以上SSRs,SSR发生频率为18.95%,出现频率为28.58%。优势SSR重复类型为单、三、二核苷酸重复,其重复次数主要集中于5~22次;优势重复基序序列类型为A/T、AC/GT、GCC/GGC,长度类型为10~20 bp。随机筛选154个位点进行验证,共有124对引物扩增出清晰、特异的条带,扩增效率为80.52%,其中25对SSR引物具有多态性,占比为16.23%。利用25对SSR引物对4个猪种共120个个体进行遗传多样性分析,共识别到131个等位基因,等位基因数为2~7个,平均等位基因数为5.24,平均有效等位基因数为3.487 1,平均PIC为0.646 7,呈高度多态,总体表现出较高的多样性。本研究结果表明,基于猪转录组测序结果开发SSR标记是可行的,结果丰富了猪可用SSR标记数据库,且开发的SSR标记准确可靠,多态性高,可用于猪的遗传多样性分析。     

牦牛线粒体DNA细胞色素b基因序列测定及其起源、分类地位研究

牦牛在牛亚科中的分类地位仍存在较大的分歧。根据普通牛线粒体基因组序列设计引物对家牦牛基因组进行PCR扩增和克隆测序，获得了家牦牛细胞色素6（Cytochromeb）基因的全长序列，并以羊亚科绵羊（Ovisaries）为外类群，对牛亚科代表性物种进行了系统发育分析。结果显示：牛亚科不同物种间线粒体细胞色素b基因的转换／颠换比值为4．9，突变未达到饱和状态；牦牛与牛属间的序列差异百分比为8．0％～8．6％，大于牦牛与美洲野牛间的序列差异百分比；系统发育分析发现家牦牛与野牦牛首先聚为一类，再与美洲野牛聚为一类；说明牦牛与美洲牦牛属间的遗传相似性较高，而与牛属间的遗传相似性较低，结果支持现在的家牦牛和野牦牛都是同一祖先原始牦牛的后代，推测两者分化时间大约为0．55百万年前；支持将牦牛划分为牛亚科牦牛属的观点，牦牛属包括家牦牛和野牦牛两个种。     

鹅基因组微卫星富集文库的构建与分析

为分离鹅(Anser cygnoides)微卫星序列片段,提取鹅基因组DNA,用Hae III和Rsa I内切酶消化并连接接头,再用接头特异引物进行PCR扩增。扩增产物与生物素标记的(AC)12探针杂交,杂交复合物用链霉亲和素包裹磁珠进行结合,得到单链DNA目标片段。再经PCR扩增,连接pMD19-T载体,转化入感受态大肠杆菌,得到微卫星富集小插入片段DNA文库。用Colony-PCR法筛选获得318个阳性克隆,并进行测序分析。结果表明,所测的318个序列有242个含微卫星序列,197个为有效微卫星序列,其中完全型(perfect)占60.9%,非完全型(imperfect)20.8%,混合型(compound)18.2%。(CA)n重复最为常见。文章为鹅种资源遗传多样性、分子进化、遗传图谱的构建及重要经济性状基因座定位等研究奠定了基础。     

野牦牛及青海地方牦牛品种全线粒体基因组母系遗传多样性、分化及系统发育分析

旨在从分子水平上探究野牦牛及青海地方牦牛品种的母系遗传多样性、群体遗传结构、亲缘关系和遗传背景。本研究在测定青海省4个地方牦牛品种(即青海高原、环湖、雪多和玉树牦牛)22条全线粒体基因组(Mitogenome)序列的基础上,从GenBank下载了已公布的野牦牛及上述4个地方牦牛品种的142条相应序列,使用BioEdit 7.2.5、Arlequin 3.11和Network 10.1等软件对共计164条线粒体基因组序列进行综合分析。结果显示：1)根据序列间核苷酸变异共确定了115种单倍型,其中野牦牛和青海地方牦牛品种分别拥有22种和93种单倍型;在野牦牛和青海高原、环湖、雪多、玉树牦牛中分别检测到22、26、18、23、19种特有的单倍型。遗传多样性分析显示,野牦牛单倍型多样度最高(0.992 8±0.014 4),且高于4个青海地方牦牛品种的单倍型多样度(0.973 1±0.007 7);4个青海地方牦牛品种单倍型多样度大小依次为：雪多牦牛(0.988 5±0.012 6)、玉树牦牛(0.975 8±0.018 7)、青海高原牦牛(0.973 0±0.016 6)和环湖牦牛(0.939 3±0.027 8)。2)野牦牛与环湖牦牛之间的固定分化指数值(F_ST值)最大(0.041 2),分化程度最高,而与玉树牦牛间的F_ST值最小(-0.008 8),分化程度最低。青海4个地方牦牛品种中,雪多牦牛与青海高原牦牛之间F_ST值最大(0.035 8),分化程度最高,而雪多牦牛与环湖牦牛间F_ST值最小(0.011 2),分化程度最低。3)聚类分析显示,4个青海地方牦牛品种各自为1类,存在明显的母系遗传差异。相比而言,环湖牦牛和雪多牦牛聚类较近,青海高原牦牛和玉树牦牛聚类较近,而野牦牛与玉树牦牛聚类关系更近,各品种(群体)间的聚类结果与其分化程度、地理分布一致。4)系统发育分析表明,115种单倍型分布在3个大的母系遗传分支(即Mt-Ⅰ、Mt-Ⅱ和Mt-Ⅲ),其中Mt-Ⅰ支系所占比例为72.17%,由A、B、E和F 4种单倍型组构成;Mt-Ⅱ支系包括C、D和H 3种单倍型组,占26.09%;而Mt-Ⅲ支系只包含G单倍型组,由雪多牦牛和野牦牛所拥有,所占比例为1.74%,提示牦牛有3个母系起源。综上所述,野牦牛和青海4个地方牦牛品种均具有丰富的母系遗传多样性,其多样性水平由高到低依次为野牦牛、雪多牦牛、玉树牦牛、青海高原牦牛和环湖牦牛。青海4个地方牦牛品种间及与野牦牛间的遗传分化程度均较弱,但各自拥有特有的母系遗传信息,存在明显的母系遗传差异。野牦牛和青海家牦牛品种由3个母系支系组成,推测牦牛有3个母系起源。     

微卫星DNA标记在川渝山羊品种遗传多样性研究中的应用

微卫星，又称短串联重复序列（Short Tandem Repeat，STR）或简单重复序列（Simple Sequences Repeat，SSR），是20世纪80年代末期发展起来的一种新型DNA标记。常用于检测个体基因型，统计群体中微卫星位点等位基因的数目和频率，并结合分子遗传学和数量分类学原理，计算各个品种的遗传变异程度、生存稳定性，初步评估品种的遗传多样性及品种间的亲缘关系与分化关系。论述了遗传多样性的研究进展及微卫星在遗传多样性研究中的应用，并以川渝山羊品种（类群）为重点进行了系统讨论，以期为今后的相关研究提供理论基础。     

牦牛、犏牛、藏黄牛和普通牛HIOMT基因CDS序列的比较

褪黑激素（MLT）是调控动物季节性生殖等多种生物节律,具有复杂生理功能的一种吲哚类激素,羟基吲哚-氧-甲基转移酶（hydroxyindole-O-methyltransferase,HIOMT）是决定MLT合成波动模式的重要酶之一。采用RT-PCR法克隆并分析了牦牛、犏牛和藏黄牛HIOMT基因的CDS序列。牦牛该基因序列连续缺失123bp,通过与普通牛基因组序列比对,该缺失片断位于HIOMT基因7个外显子中的第6外显子。由于克隆所得牦牛基因组DNA相应序列未缺失上述片断,推定所获得的牦牛HIOMT基因CDS序列属可变剪接体;克隆犏牛HIOMT基因获得长、短两条件序列,长序列与藏黄牛、普通牛该序列相似,短序列与牦牛相似,但尚不能确定这两条序列各自来自父本还是母本;与普通牛HIOMT基因比较,牦牛、犏牛和藏黄牛分别有11、13（长序列17）和11个变异位点,且位于密码子第1、2位点的变异分别为4、6（7）和4个,均为非同义突变,所有非同义突变只有1处由密码子第3位变异引起,这些突变可能通过影响蛋白结构进而影响其生物学功能。还预测了牦牛、犏牛、藏黄牛和普通牛HIOMT蛋白相对分子量、理论等电点、疏水性、跨膜区等。HIOMT的保守性较强,是系统进化研究较理想的分子标记。     

家蚕基因组中的分子标记遗传图谱

遗传标记既是基因组研究的重要内容，又是构建遗传图谱、研究生物多样性、育种、基因定位与克隆等的基因。目前，已有多项分子标记技术用于家蚕基因组的研究，并构建了多种分子标记遗传图谱，包括限制性酶切片段长度多态性（简称RFLP）、DNA随机扩增多态性（简称RAPD）、扩增片段长度多态性（简称AFLP）、简单重复序列PCR（简称SSR－PCR）等。本文就分子标记技术构建的家蚕基因组分子标记遗传图谱进行了讨论。     

ISSR方法在蓖麻蚕品种遗传多样性研究中的应用

采用ISSR技术对8个蓖麻蚕品种进行了基因组DNA多态性研究,并分析了其相互间的遗传差异。结果表明,所采用的19个ISSR引物中,有9个引物在供试的8个蓖麻蚕品种中都有扩增产物并能够很好重复,其中二碱基重复序列引物扩增效果要比三碱基和四碱基重复序列高,说明在蓖麻蚕基因组中二碱基重复序列的丰度可能比三碱基和四碱基重复序列的丰度高。这9个引物在8个蓖麻蚕品种中共获得ISSR标记76个,其中29个标记在品种间表现多态性。根据试验结果,用Nei的方法计算了蓖麻蚕品种间的遗传距离为0.0681~0.2703。根据各品种间的遗传距离,用UPGMA聚类分析软件绘制了聚类图。     

喀喇昆仑-帕米尔地区牦牛mtDNA D-loop区遗传多样性及系统发育分析

为明确喀喇昆仑-帕米尔地区牦牛遗传多样性水平、遗传分化和系统进化地位,本研究选择mtDNA D-loop区序列作为分子标记,采用PCR直接测序和生物信息学方法分析喀喇昆仑-帕米尔地区牦牛mtDNA D-loop区序列特征和遗传多样性,利用GenBank中牦牛序列,采用最大似然法构建系统发育树和中介网络关系。结果显示,喀喇昆仑-帕米尔地区牦牛mtDNA D-loop序列富含A、T碱基,AT含量为61.2%,存在63个多态位点,占核苷酸总数的7.04%,平均单倍型多样性(Hd)为0.806,平均核苷酸多样性(π)为0.01528,平均核苷酸差异数(K)为13.509,表明喀喇昆仑-帕米尔地区牦牛遗传多样性丰富;系统发育分析显示,中国境内牦牛形成两大分支,细分为6个小进化支,存在两个母系起源,表明喀喇昆仑-帕米尔地区牦牛拥有两个不同的母系起源;中介网络关系分析显示,喀喇昆仑-帕米尔地区牦牛与其他品种牦牛单倍型共享较少,在分支C中喀喇昆仑-帕米尔地区牦牛群体所占比例较大,且与野牦牛共享。喀喇昆仑-帕米尔地区牦牛群体具有较独特的遗传背景,推测可能是从早期野牦牛驯化而来。建议加大该区域牦牛品种的认定和品种标准的制定,加强对该区域牦牛遗传资源的保护;根据群体现状,引入野血牦牛进行提纯复壮,防止品种退化和遗传多样性降低;减少外来牦牛品种的引进而无序杂交,以确保优质牦牛品种资源的本品种特性。     

西藏牦牛群体遗传多样性及遗传结构分析

采集西藏地区5个牦牛类群（西藏高山牦牛,类乌齐牦牛,帕里牦牛,斯布牦牛,娘亚牦牛）共49头牦牛的血样,利用全基因组重测序技术对其遗传多样性及遗传结构进行了分析,以期为西藏牦牛遗传资源的保护、开发和利用提供参考。SNP变异检测结果表明,经过滤后得到7 655 923个SNP位点;群体遗传多样性分析发现,西藏地区不同牦牛群体之间的基因杂合度差异并不显著,且均存在不同程度的杂合度下降现象,类乌齐牦牛的观测杂合度最高,为0.336 4;群体结构分析发现,5个牦牛类群之间存在基因交流现象。说明目前西藏牦牛各群体整体存在遗传多样性下降的潜在风险,需要进一步加强群体保种工作,以确保不同品种资源的多样性得到有效保护。     

牦牛DNA分子遗传标记的研究

本文在归纳总结DNA分子遗传标记的类型、特点和检出方式的基础上,分析讨论了动物遗传育种研究中常用的DNA分子遗传标记如RFLP标记、VNTR标记、AFLP标记、PCR-SSCP标记、RAPD标记、SNPs标记、微卫星标记、DNA指纹标记及mtDNA标记等在牦牛遗传育种研究中的研究现状和存在的问题,指出DNA分子标记在牦牛遗传育种研究中已渗透到牦牛品种的起源、演化和分类研究;牦牛品种间或品种内个体间以及与其他种间亲缘关系鉴定;犏牛雄性不育的机理研究及牦牛经济性状功能基因的克隆和多态性研究等方面。最后探讨了今后的研究趋势和发展前景。     

牦牛EPO、PPARα基因SNP与高原低氧适应的相关性分析

试验旨在探究促红细胞生成素基因（EPO）、过氧化物酶体增殖剂激活受体α（PPARα）的遗传多样性,并分析其多态性与牦牛高原低氧适应性的相关性。采集不同海拔高度的6个牦牛类群（中甸牦牛、麦洼牦牛、斯布牦牛、类乌齐牦牛、帕里牦牛、申扎牦牛）以及三江黄牛共375头耳样,提取DNA并分别构建DNA池,采用直接测序法结合PCR-RFLP检测分析EPO、PPARα基因的多态性,最后应用SHEsis软件统计分析候选基因SNPs与牦牛高原适应性的相关性。结果表明,EPO基因存在3个SNPs位点：rs527G→A、rs1031A→T、rs1192T→C;PPARα基因存在3个SNPs位点：rs77363C→T、rs77471C→A和rs77534C→T。χ²适合性检验结果显示,EPO基因3个SNPs位点均符合Hardy-Weinberg平衡状态;PPARα基因的rs77363C→T位点上,6个牦牛类群都处于平衡状态（P>0.05）,在PPARα基因的rs77471C→A和rs77534C→T位点,麦洼牦牛偏离Hardy-Weinberg平衡（P<0.05）。单倍型分析得出,EPO基因的ATC单倍型在高海拔地区牦牛中的分布频率随海拔升高而升高;PPARα基因的TAC单倍型在6个牦牛类群中分布频率显著高于其他单倍型。研究表明,EPO、PPARα基因可作为牦牛适应高原环境的分子标记,为进一步探讨牦牛高原低氧适应性机制提供一定理论帮助。     

甘南牦牛Lfcin基因克隆及序列分析

利用PCR技术从甘南牦牛基因组DNA中扩增获得了含乳铁蛋白素（lactoferricin,Lfcin）基因的DNA序列,将该DNA序列连接于pGEM-Teasy载体并测序,将甘南牦牛含Lfcin基因的DNA序列与奶牛相应序列进行比对,同时对牦牛、人、小鼠等物种的Lfcin蛋白进行序列分析和进化树分析。结果：试验首次克隆获得了含甘南牦牛乳铁蛋白（lactoferrin,LF）第二外显子的DNA序列（在Gen-Bank中获得登陆号EU247256）,共778 bp,其中LF基因第二外显子长165 bp,编码55个氨基酸,Lf-cin蛋白占25个氨基酸;序列分析结果显示,克隆获得的牦牛DNA序列与奶牛相应序列存在3个碱基的变异;牦牛和奶牛的Lfcin蛋白质序列完全相同;各物种Lfcin蛋白具有较高的同源性,Lfcin蛋白进化树符合物种进化规律。     

甘肃省首批省级畜禽遗传资源保护品种确定

据悉,甘肃省农牧厅确定了天祝白牦牛等25个畜禽品种为甘肃省省级畜禽遗传资源保护品种。对于擅自处理这些受保护的畜禽遗传资源,造成畜禽遗传资源损失的,将处5万元以上,50万元以下罚款;禁止在畜禽品种保种场（区）内开展任何形式的杂交。此次确定的甘肃省省级畜禽遗传资源保护品种的25个畜禽品种分别是：天祝白牦牛、安西牛、牦牛、早胜牛（秦川牛类群）、荷斯坦奶牛一甘肃类群、兰州大尾羊、岷县黑裘皮羊、滩羊、陇东黑山羊、甘肃高山细毛羊、     

SSR及其在家蚕中的应用

微卫星DNA(Microsatellete DNA),又称为简单重复序列(SSR,single sequence repeats),是一类由2～6个核苷酸为重复单位组成的长达几十个核苷酸的重复序列如(GA)n ,(AC)n,(GAA)n等,广泛存在于原核及真核基因组中.本文针对SSR标记的原理、操作程序及其在家蚕中的研究现状作了简要介绍.     

猪EST序列的微卫星标记定位

通过对 Gen Bank中猪的表达序列标签数据库进行序列扫瞄 ,结果检测到大约 10 0个包含一个微卫星重复或简单重复 (SSR)的序列文件。这些重复单元多数是二核苷酸(CA/GT)重复 ;而且检测到 3～ 6个核苷酸的重复序列。通过 6个二核苷酸和 14个中度串联重复序列的初步分析 ,仅二核苷酸重复序列标记产生丰富的标记信息。 (二核苷酸为10 0 % ,中度串联重复序列为 14 % )。另外对 5 0个二核苷酸和 1个三核苷酸 SSRs设计了几对引物 ,结果在 MARC的参考家系中 ,发现 4 2个标记具有多态性 ,17个标记不具有多态信息 ,12对引物没有扩增产物。通过二核苷酸和 3～ 6个核苷酸重复单元的比较 ,二核苷酸标记 72 %能够反映标记信息 ,而其它重复单元仅有 7%。不同的是 ,在 3～ 6个碱基重复单元中 ,非多态标记占较高的比率 (6 4 % ) ,而 2个碱基重复单元仅 14 %。这或许是因为在猪基因组 DNA中 ,中度重复单元的多态性较少 ;或是由于我们选择 17个以上连续重复碱基长度的标准太低。本研究将定位的微卫星标记加入猪的遗传图谱上 ,并为人和猪的基因组之间提供了有用的联系     

西藏牦牛的RAPD遗传多样性及其分类研究

为了解西藏地区牦牛品种或类群的遗传多样性和亲缘关系,本研究从33个RAPD多态性引物中筛选出8个条带清晰且多态性丰富的引物对西藏地区的巴青牦牛、类乌齐牦牛、丁青牦牛、桑日牦牛、工布江达牦牛、江达牦牛、康布牦牛、桑桑牦牛、嘉黎牦牛、帕里牦牛、斯布牦牛等11个类群的核基因组DNA进行了RAPD分析,并用Nei氏标准距离和UPGMA聚类法分析了类群间的亲缘关系.结果表明:(1)西藏牦牛类群的遗传多样性指数变异范围在0,185 7～0.405 3之间,其中帕里牦牛最小(0.185 7),说明相对较纯,群体较整齐;而工布江达牦牛最大(0.405 3),显示该群体内部具有较多的遗传变异.(2)在11个类群中,其遗传多样性指数大小分别为:工布江达牦牛(0.405 3)＞江达牦牛(0.353 6)＞斯布牦牛(0.344 8)＞康布牦牛(0.342 8)＞嘉黎牦牛(0.332 3)＞桑日牦牛(0.282 3)＞巴青牦牛(0.279 3)＞桑桑牦牛(0.269 8)＞丁青牦牛(0.259 7)＞类乌齐牦牛(0.224 1)＞帕里牦牛(0.185 7),具有西藏东部牦牛类群遗传多样性相对较高,而西部牦牛类群遗传多样性相对较低的趋势,预示着西藏东部可能是牦牛的起源地之一.(3)遗传距离构建的分子聚类关系图表明:西藏11个牦牛类群可分为2大类,帕里牦牛(PL)为一类,其余10个牦牛类群为另一类.综上所述,西藏牦牛具有较丰富的遗传多样性,品种或种群内的遗传分化显著,这是西藏牦牛业持续发展和牦牛适应外界环境的遗传基础,是将来培养牦牛新品种或品系的重要基因资源;西藏牦牛品种可分为2大类群.     

60Coγ辐射柱花草M3代的农艺性状及遗传多样性分析

为了探究辐射对柱花草（Stylosanthes spp.） M₃代农艺性状的影响及分子标记辅助诱变育种技术,利用经⁶⁰Coγ射线辐射诱变后的柱花草种子,种植后经过连续2代的单株选择筛选到17份性状优良的M₂代柱花草种子,种植成为M₃代后,对17份柱花草测定其株高、冠径、分枝数、第一分支长、病害级数、开花期、单株干重,并进行DNA保守序列多态性（Conserved DNA-derived polymorphism,CDDP）和相关序列扩增多态性（Sequence related amplified polymorphism,SRAP）的遗传多样性分析。运用NTSYS-pc 2.1软件计算17份柱花草的遗传相似系数,17条CDDP引物以及26对SRAP引物分别扩增出92条和177条带,其中多态性条带数分别为66条和111条,多态性比率分别为71.7%和62.7%,特异性条带各为13条和29条,特异性比率分别为14.1%和16.4%,种质间的遗传相似系数（GS）范围为0.54~0.90和0.60~0.94,平均遗传相似系数为0.76和0.79。按照非加权配对算术平均法基于CDDP标记和SRAP标记联合作17份柱花草的聚类图,在遗传相似系数为0.82时可将17份柱花草分成7个类群,聚类结果与农艺性状统计结果基本一致。本研究为今后辐射诱变柱花草育种提供一定的参考依据。