晋南牛与部分地方黄牛之间遗传多样性分析

旨在利用微卫星技术检测晋南牛、郏县红牛、鲁西牛和秦川牛四大地方黄牛的牛群遗传多样样及遗传结构。采用16个微卫星DNA标记对4个牛群进行检测分析。16个微卫星DNA标记中,除HEL9位点在所有牛群中呈单态外,其他15个位点的有效等位基因数为2~8个,平均有效等位基因数为3.067 6个。BM1818为低度多态(PIC=0.083 0,PIC0.25),其余位点均为高度多态(PIC0.5),其中HUAT24多态性最大(PIC=0.727 5)。4个牛群共检测到80个等位基因,其中晋南牛为63个,郏县红牛为65个,鲁西牛65个,秦川牛68个。在IDVGA46位点,仅有晋南牛有B等位基因,而在TGLA44位点,仅有晋南牛没有B等位基因。4个牛群的平均表观杂合度为0.385 2,平均期望杂合度为0.640 3,平均杂合度为0.578 0。晋南牛在NJ树上单独聚为一支,与鲁西黄牛、郏县红牛及秦川牛的遗传距离分别为0.809 3、0.759 8、0.807 1。结果表明,晋南牛遗传资源独特,群体遗传多样性丰富,是一个生长进化上较为封闭的群体。     

3个中国地方黄牛品种遗传结构及其遗传分化的研究

利用12对微卫星引物对中国3个地方黄牛品种（鲁西黄牛、渤海黑牛及闽南黄牛）及2个对照群体（中国荷斯坦牛和青海牦牛）的群体遗传结构、遗传分化及基因流水平进行研究，结合聚类分析，结果表明：5个牛群体总近交系数（Fit）为58．5％，群体内近交系数（Fis）为43．2％，群体间基因分化系数（Fst）为26．9％，3个指标均达到极显著水平（P〈0．001）。5个牛群体内近交系数（R）鲁西黄牛最高（0．640），青海牦牛最低（0．231）。鲁西黄牛与荷斯坦牛间每世代群体间有效迁移个体数（Nem）最大（1．149），牦牛与鲁西黄牛间最小（0．509）。5个牛群体每个体属于所属群体的平均概率从91．4％到98．5％不等。结合聚类分析、基因流分析及STRUCTURE分析结果，5个牛群可分为3大类：鲁西黄牛和中国荷斯坦牛为一类，渤海黑牛和闽南黄牛为一类，牦牛自为一类，这说明在鲁西黄牛和渤海黑牛的形成过程中，鲁西黄牛受普通牛影响较大，而渤海黑牛受瘤牛影响较大，同时探讨了以上品种的演化与形成过程。     

利用微卫星标记对4个肉牛品种进行遗传多样性分析

本研究利用10个微卫星标记分析了鲁西黄牛、布莱凯特肉牛、渤海黑牛和日本和牛4个品种185个个体的品种内遗传变异情况及各品种间的亲缘关系,共检测到58个等位基因,每个位点平均观察等位基因数为5.8个,从4(BM1818)到8个(ETH225和TGLA53)不等;有效等位基因数为2.5417～3.5849个;观察杂合度、期望杂合度和多态信息含量变异范围分别为0.2270～0.5459、0.6082～0.7230和0.5482～0.6791,均属高度多态性位点。群体间遗传分化明显,有34.49%的遗传分化来自群体间的变异。以Nei氏遗传距离(D_A)构建UPGMA系统进化树,聚类结果表明,渤海黑牛与鲁西黄牛首先聚为一类,布莱凯特肉牛和日本和牛聚为一类。布莱凯特肉牛的3个微卫星座位10个克隆的PCR扩增片段测序获得的序列已提交GenBank,登录号分别为：GQ368896、GQ368897、GQ368898、GQ368899、GQ368900、GQ368901、GQ368902、GQ368903、GQ368904、GQ368905。10对微卫星座位可作为有效的遗传标记用于4个肉牛品种的遗传多样性和系统发生关系分析。     

牛SCD1基因C878T位点遗传多态性与中国西门塔尔牛部分脂肪相关性状的效应分析

为探索8个中国牛群SCD1基因多态性与屠宰和肉质性状的相关性,选取中国西门塔尔牛、雷琼牛、云南高峰牛、BMY牛、闽南黄牛、鲁西黄牛、渤海黑牛和中国南方荷斯坦牛等8个群体共682头个体为研究对象,采用PCR-SSCP法分析SCD1基因遗传多态性。结果表明,在878bp处发现1个碱基C→T的突变(C878T),导致蛋白质肽链中丙氨酸(alanine)突变为缬氨酸(valine)。C878T位点在所研究群体中表现为CC、CT和TT3种基因型,其中,中国西门塔尔牛中TT基因型频率较高(0.114),鲁西黄牛和渤海黑牛中较低(0.050/0.063),4个热带群体中未发现TT基因型。采用GLM对SCD1基因C878T位点与132头中国西门塔尔屠宰牛的部分脂肪相关性状进行关联分析。结果,CC基因型个体肌间脂肪含量和肠系膜油质量显著高于TT型个体(P<0.05),背膘厚极显著低于TT型个体(P<0.01),其他性状间差异不显著(P>0.05)。结果表明,SCD1基因C878T位点突变对中国西门塔尔牛脂肪相关性状有较大的遗传效应,可用于其部分屠宰与肉质性状的分子标记辅助选择。     

昆明裂腹鱼两地理群体遗传多样性的随机扩增多态DNA(RAPD)分析

应用随机扩增DNA多态性(RAPD)技术对昆明裂腹鱼盘大河群体和昆明裂腹鱼泥猪河群体的遗传多样性进行分析.从38个10 bp引物中选取20个用于群体遗传多样性分析,在两群体中分别检测到121、125个位点,多态位点数分别为57、73个,平均多态位点比例分别为47.11%、58.40%;两群体内个体间平均遗传距离分别为0.174 5、0.1963,群体间遗传距离为0.250 3.研究表明:因地理隔离的两昆明裂腹鱼群体间存在一定的遗传分化;两群体内和群体间的遗传变异较大,具有丰富的遗传结构;泥猪河群体的遗传多样性要比盘大河群体的遗传多样性丰富,其群体内遗传变异较盘大河群体大.     

麦洼牦牛的随机扩增多态性DNA遗传多样性分析

利用随机扩增多态性DNA(RAPD)分子标记对麦洼牦牛粉嘴和纯黑2个选育群共100头个体进行遗传多样性分析,并用DCFA、Popgen1.32等软件分析了群体间和群体内的基因频率、群体分化指数(Gst)和基因流(Nm)等参数。结果表明:8个RAPD随机引物共检测到65种清晰谱带,其中具有多态性的谱带57条,多态频率为87.7%。在粉嘴群中,多态位点有45个,多态频率为69.23%,Nei氏基因多样性指数(H)为0.245;纯黑群中,多态位点有52个,多态频率为80.00%,H为0.260,显示2个群体遗传多样性均较丰富,且多样性相近。麦洼牦牛2个群体总的多样性指数(Ht)为1.877,有效等位基因数(Ne)为1.455,H为0.280,表明麦洼牦牛的遗传多样性较丰富。纯黑群体与粉嘴群体间的遗传距离(D)为0.073,群体内遗传变异大于群体间。     

鲁西牛群体遗传多样性与生长发育性状的微卫星标记研究

<正>以120头鲁西牛为研究对象,选用分布于牛60条染色体的30对微卫星引物中多样性丰富的8对微卫星位点,探讨与鲁西牛生长发育性状相关联的分子遗传标记。本研究采用微卫星标记技术和最     

三江黄牛RAPD遗传多样性研究

为了研究三江黄牛品种的遗传多样性,保护其丰富的遗传资源,本研究采用RAPD技术对两地(三江乡、水磨镇)共61头三江黄牛基因组DNA进行分析,从26个引物中筛选出9个特异性较强的引物对全基因组进行扩增,分析种群的遗传多样性。结果表明:61个样本共扩增出51种条带,多态性条带为43,多态频率为84.31%,在三江群中,多态位点36个,多态频率为70.59%,在水磨群中,多态位点40个,多态频率为78.43%,Nei氏基因多样性指数(H)分别为0.273 1、0.295 8。显示两地群体遗传多样性均较丰富,且多样性指数较接近。三江黄牛种群Shannon's多样性指数(I)、基因多样度(H)和有效等位基因数(Ne)分别为0.464 8、0.313 5、1.544 8,群体总的遗传多样性指数(Ht)、群体内遗传多样性指数(Hs)、群体分化指数(Gst)和基因流(Nm)分别为0.313 0、0.284 4、0.091 3和4.977 2。结果提示三江黄牛的遗传多样性具有一定的丰富程度,对三江黄牛资源研究、品种保护有理论意义。     

牛趋化因子受体基因1第2外显子的单核苷酸多态性分析

采用DNA测序、巢氏PCR和CRS-PCR方法对中国荷斯坦牛、鲁西黄牛、渤海黑牛的趋化因子受体基因1(CXCR1)的单核苷酸多态性(SNPs)进行研究,在第2外显子上发现了4个SNPs,分别为291 bp(C/T)、333 bp(C/T)、337 bp(A/G)和365 bp(C/T),这4个位点在中国荷斯坦牛、鲁西黄牛、渤海黑牛群体中均达到中度多态(0.25PIC0.5),优势等位基因分别为C、C、A、C,等位基因频率分别为0.82/0.67/0.65、0.80/0.74/0.71、0.70/0.65/0.82、0.56/0.58/0.56。经χ2适合性检验,渤海黑牛所有位点全部达到Hardy-Weinberg平衡状态;荷斯坦牛在突变位点291 bp(C/T)、333 bp(C/T)和337 bp(A/G)达到Hardy-Weinberg平衡状态;鲁西黄牛仅在365 bp(C/T)位点达到Hardy-Weinberg平衡状态。     

牛SLC11A1基因多态性分析

本研究采用巢氏PCR、降落PCR技术扩增牛SLC11A1基因的内含子9和11,分别获得777、715 bp的片段,利用DNA测序技术对这2片段测序,发现3个新SNPs,分别为内含子9的6067(A/G)、6358(C/T)和内含子11的7809(A/T).同时利用CRS-PCR和BCR-RFLP方法对这3个SNPs进行基因型分型,分析944头中国荷斯坦牛、鲁西黄牛和渤海黑牛的SLC11A1基因的多态性.结果表明,SLC11A1基因的3个SNPs的AA基因型频率最高,优势等位基因均为A;适合性检验表明,6358(C/T)和7809(A/T)位点在中国荷斯坦牛与鲁西黄牛群体中已达到Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),而6067(A/G)位点的突变在牛群中均未达到Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05);同时中国荷斯坦牛群体在这3个基因座位上的多态信息含量均大于鲁西黄牛与渤海黑牛.     

昆明裂腹鱼两地理群体遗传多样性的随机扩增多态性DNA（RAPD）分析

应用随机扩增DNA多态性（RAPD）技术对昆明裂腹鱼盘大河群体和昆明裂腹鱼泥猪河群体的遗传多样性进行分析。从38个10bp引物中选取20个用于群体遗传多样性分析,在两群体中分别检测到121、125个位点,多态位点数分别为57、73个,平均多态位点比例分别为47．11％、58．40％;两群体内个体间平均遗传距离分别为0．1745、0．1963,群体间遗传距离为0．2503。研究表明：因地理隔离的两昆明裂腹鱼群体间存在一定的遗传分化;两群体内和群体间的遗传变异较大,具有丰富的遗传结构;泥猪河群体的遗传多样性要比盘大河群体的遗传多样性丰富,其群体内遗传变异较盘大河群体大。     

应用线粒体DNA指纹分析牛群体亲缘关系的研究

线粒体DNA指纹是指线粒体DNA控制区内的高变异区碱基突变导致的多态、重复序列数目的变异导致的异质型多态和分子长度多态。试验根据牛线粒体DNA非编码区D-loop环全长序列和编码区细胞色素B(Cyt B)基因部分序列,研究在日本黑牛和延边黄牛、鲁西黄牛群体中碱基由于发生倒换、颠换、插入、缺失形成的DNA多态性。结合生物信息学方法分析,发现在15头日本黑牛群体中489号个体D-loop全序列存在44处特异性位点,日本黑牛489号和120号Cyt B部分序列存在4处特异性位点。构建分子进化树结果表明:日本黑牛和延边黄牛存在较近的亲缘关系;日本黑牛489号、120号个体与鲁西黄牛中D-loop单倍型H18、H19、H21有较近的亲缘关系,120号Cyt B的单倍型又与鲁西黄牛共享1个单倍型Hap4,120号与鲁西黄牛存在更近的亲缘关系。     

牛DGAT2基因第6内含子MspI-RFLPs和TaqI-RFLPs及其与牛经济性状相关性研究

利用PCR-RFLPs方法分析牛DGAT2基因第5、6和7内含子内部的MspI和TaqI等11种酶切多态性,并在第6内含子检测到MspI-RFLPs和TaqI-RFLPs 2个多态位点。分析表明,该MspI-RFLPs普遍存在于鲁西牛、晋南牛、秦川牛、利木赞×鲁西牛、西门塔尔×延边牛、夏洛来×延边牛、安格斯×延边牛和三河牛、中国荷斯坦牛等9个试验群体中,TaqI-RFLPs只在鲁西牛、晋南牛和秦川牛3个地方品种和利木赞与鲁西牛的杂交群体中检测到,而且等位基因B(T碱基)在除鲁西牛外的群体中分布频率很低。统计分析表明,MspI-RFLPs与肉牛的体脂没有相关,但显著影响屠宰率,AA型个体的屠宰率显著高于AB和BB型(P<0.05)。DGAT2基因第6内含子MspI酶切多态性与三河牛群体平均乳脂率和平均干物质含量有极显著或显著的相关性(P<0.01和P<0.05),AA型个体的平均乳脂率和平均干物质含量均高于BB型个体的均值,但在荷斯坦牛群体中却没有得到相同的结果。研究分析了鲁西牛中TaqI-RFLPs的AA型与AB型个体之间屠宰性能的差异,结果表明这2种基因型与鲁西牛的屠宰性能没有显著的相关(P>0.05),有待在更大的鲁西牛群体中检验TaqI-RFLPs是否影响屠宰性状。     

牛GDF9和BMP15基因遗传变异与双胎性状的关系研究

以生长分化因子9(Growth differentiation factor 9,GDF9)基因和骨形态发生蛋白15(Bone morphogenet-ic protein 15,BMP15)基因作为牛双胎性状的候选基因,研究了它们在鲁西牛、秦川牛、南阳牛和中国荷斯坦牛4个品种中的遗传变异,并在鲁西牛群体中研究了其多态位点与双胎性状的关系。结果表明:在鲁西牛中GDF9基因的3′UTR发现缺失突变,而其它3个品种中没有发现该突变。对鲁西牛群体中该多态位点与单、双胎性状之间进行卡方显著性检验表明,单胎牛群体与双胎牛群体基因型分布有极显著的差异(P=0.006),双胎牛群体的B等位基因频率明显大于单胎牛群体。通过生物信息学分析表明,突变体mRNA的二级结构与野生型相比总自由能值差异不大,但突变体mRNA翻译起始位点的二级结构稳定性明显大于野生型。在鲁西牛、南阳牛和秦川牛的BMP15基因中发现编码区第759~762位有GAAA 4个碱基存在缺失突变,但没有检测到突变纯合个体,中国荷斯坦牛中没有检测到该突变。卡方显著性检验表明单胎牛群体和双胎牛群体在该位点基因型组成差异不显著(P=0.947)。     

夏南牛与13个黄牛群体mtDNA及微卫星DNA遗传多样性比较研究

采用mtDNA和微卫星DNA两种标记方法,对夏南牛与13个黄牛群体的179个个体进行遗传多样性和群体间的亲缘关系及母系起源分析。通过测定14个黄牛群体179条mtDNA D-loop区序列,共发现124个变异位点和60种单倍型,表明14个黄牛群体具有丰富的遗传多样性。夏南牛群体mtDNA D-loop区序列共发现49个变异位点和7种单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.732±0.017,其单倍型多样度较中国地方牛种低,中国黄牛具有更丰富的遗传多样性。通过测定9个具有高度多态性的微卫星座位的等位基因数(Na)、平均杂合度(H)和多态信息含量(PIC),表明9个微卫星位点在60个夏南牛个体中共发现47个等位基因,平均每个位点的有效等位基因数为1.229~6.584。总群体的PIC和H分别为0.608~0.798和0.695~0.837,夏南牛的PIC和H分别为0.692和0.715,夏南牛的遗传多样性较中国黄牛低,中国黄牛群体的遗传多样性高于外来牛种,这一结果和群体间mtDNA D-loop区研究结果一致。构建的NJ系统进化树显示14个黄牛群体主要起源于普通牛和瘤牛,夏南牛受瘤牛的影响更大,具有瘤牛和普通牛的种质特征。本研究为夏南牛遗传资源的保护、合理利用和选育改良提供了理论依据。     

中国黄牛血液蛋白多态性与其遗传关系

本研究采用淀粉凝胶电泳法和聚丙烯酰胺凝胶电泳法对我国7个黄牛品种的四个多态蛋白位点进行了检测,得出了Hb,Pa,Tf和Alp在各品种中的表现型频率和基因频率。通过标准遗传距离,进行了模糊聚类分析。本文选取λ=0.98为界,将7个黄牛品种按血液蛋白基因位点关系的远近分成四类:秦川牛、晋南牛和南阳牛为一类,郏县红牛和鲁西牛为一类,复州牛和延边牛各自成一类。     

4个肉牛品种微卫星多态性分析

本研究探讨了引进牛种（西门塔尔牛、利木赞牛）和山东地方黄牛（鲁西黄牛、利鲁牛）在20个微卫星位点上的多态性。试验从不同地区的种公牛站采集鲁西黄牛、利鲁牛、利木赞牛和西门塔尔牛的血液或精液样本,分别为56、27、31和30个,共计144个样本,血液样本采用Lab-Aid基因组DNA分离试剂盒提取基因组DNA,精液样本采用高盐法提取基因组DNA。利用20个微卫星标记,采用荧光标记毛细管电泳方法,对4个肉牛品种的DNA多态性进行分析,主要研究了每个群体的遗传变异指标（等位基因数、多态信息含量和杂合度）及群体间的遗传关系（F-统计量和基因流）。结果表明,肉牛基因组DNA条带整齐,无拖尾现象,质量较好,可用于本试验。20个微卫星座位中共检测到211个等位基因,平均等位基因数为10.6个。群体的平均观测杂合度在0.6147~0.7176之间,平均期望杂合度在0.6735~0.7862之间。在所有群体中各位点的多态信息含量在0.4853~0.8714之间,平均为0.7284,但在各个群体内的差异较大。近交系数及基因流分析结果表明,4个肉牛品种近交系数较低,群体间平均近交系数为0.085,每个微卫星位点的基因流均>1。总体来看,所选用的20个微卫星座位多态信息含量高,可作为有效遗传标记用于肉牛品种间遗传多样性分析。     

肉牛微卫星DNA的群体遗传变异分析

选用西门塔尔牛、夏洛来牛、利木赞牛、安格斯牛、晋南牛、秦川牛、鲁西牛作为实验动物群体。分析了7个肉牛群体中8个微卫星位点(BM8125、RM113、TEXAN2、FCB48、INRA027、IDVGA37、BMS2137、ILSTS098)的遗传结构和遗传变异。结果显示：8个位点中的前6个位点在7个群体中呈高度多态性，根据这8个微卫星多态性在8个群体间的遗传距离绘制的系统聚类图，能比较准确地反映这7个牛群体的地理分布和它们的亲缘关系。     

4个肉牛品种微卫星多态性分析

本研究探讨了引进牛种(西门塔尔牛、利木赞牛)和山东地方黄牛(鲁西黄牛、利鲁牛)在20个微卫星位点上的多态性。试验从不同地区的种公牛站采集鲁西黄牛、利鲁牛、利木赞牛和西门塔尔牛的血液或精液样本,分别为56、27、31和30个,共计144个样本,血液样本采用Lab-Aid基因组DNA分离试剂盒提取基因组DNA,精液样本采用高盐法提取基因组DNA。利用20个微卫星标记,采用荧光标记毛细管电泳方法,对4个肉牛品种的DNA多态性进行分析,主要研究了每个群体的遗传变异指标(等位基因数、多态信息含量和杂合度)及群体间的遗传关系(F-统计量和基因流)。结果表明,肉牛基因组DNA条带整齐,无拖尾现象,质量较好,可用于本试验。20个微卫星座位中共检测到211个等位基因,平均等位基因数为10.6个。群体的平均观测杂合度在0.6147~0.7176之间,平均期望杂合度在0.6735~0.7862之间。在所有群体中各位点的多态信息含量在0.4853~0.8714之间,平均为0.7284,但在各个群体内的差异较大。近交系数及基因流分析结果表明,4个肉牛品种近交系数较低,群体间平均近交系数为0.085,每个微卫星位点的基因流均1。总体来看,所选用的20个微卫星座位多态信息含量高,可作为有效遗传标记用于肉牛品种间遗传多样性分析。     

渤海黑牛mtDNA cytb基因遗传多样性及亲缘关系分析

为了了解无棣华兴渤海黑牛原种场渤海黑牛种公牛的遗传多样性水平,确定个体之间的亲缘关系,对无棣华兴渤海黑牛原种场15头渤海黑牛种公牛的细胞色素b基因(Cytb)全序列的测序和分析,发现Cytb基因全长1140bp,共检测到了10种单倍型、34个核苷酸的多态位点,包括15个单变异位点和19个简约信息位点,无插入和缺失。单倍型多样度(Hd)为0.914,核苷酸多样度(Pi)为0.01014,表明渤海黑牛具有丰富的遗传多样性。NJ系统发育树构建的结果表明15头渤海黑牛聚为两大类。