A型猪塞内卡病毒TaqMan荧光定量PCR方法的建立

本研究针对A型猪塞内卡病毒(Senecavirus A, SVA)基因组保守区域设计了特异性引物及探针,建立了快速检测SVA的Taq Man荧光定量PCR方法。结果显示,以构建的重组质粒为标准品建立的Taq Man荧光定量PCR方法,标准曲线具有良好的线性关系,线性相关系数达0.9974;特异性良好,与口蹄疫病毒、猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪瘟病毒、猪伪狂犬病毒不存在交叉反应;对SVA核酸最低检测下限为3.75 copies/μL,而普通PCR最低检测下限为3.75×103 copies/μL;批内和批间的变异系数为均小于5%,重复性良好。本研究建立的SVA TaqMan荧光定量PCR方法为检测猪水疱性疾病病原提供了一种快速、灵敏的检测方法,为开展SVA流行病学调查提供了技术支持。     

副猪嗜血杆菌荧光定量PCR检测方法的建立

为了建立基于SYBR Green Ⅰ的快速检测副猪嗜血杆菌(HPS)的实时荧光定量PCR方法,参照GenBank公布的HPS的infB基因序列(DQ:781933.1),设计特异性引物;提取HPS基因组,进行PCR扩增,回收目的片段;构建阳性标准模板,建立标准曲线;验证其敏感性、重复性和特异性。结果显示,本试验得到了阳性标准质粒,并建立了标准曲线,线性关系在102copies/μL～108copies/μL检测范围内良好;该方法敏感性达到10copies/μL,比常规PCR高100倍,重复性试验变异系数均小于2.5%,同时对HPS具有良好的特异性。结果表明,本试验建立的副猪嗜血杆菌SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法可用于临床对HPS的快速诊断和定量检测。     

鸡星状病毒、禽肾炎病毒和鸡传染性支气管炎病毒多重PCR检测方法的建立

为有效确定引起鸡痛风的病原，本试验建立了同时检测鸡星状病毒(CAstV)、禽肾炎病毒(ANV)和鸡传染性支气管炎病毒(IBV)的多重PCR方法。针对IBV的N基因、CAstV和ANV的ORF-1b基因分别设计了3对特异性引物，通过优化退火温度等反应条件建立了多重PCR检测方法，并评估了该方法的特异性和敏感性，而后对临床痛风样本进行了检测。结果显示，多重PCR方法对3种病毒扩增产物的大小分别为1 600 bp(IBV)、794 bp(ANV)和350 bp(CAstV);该多重PCR检测禽马立克氏病毒、血清4型禽腺病毒、减蛋综合征病毒和J亚型禽白血病病毒均为阴性；病毒最低检测限IBV为1.96×10~2 copies/μL,ANV为2.10×10~2 copies/μL,CAstV为1.33×10~5copies/μL;多重PCR对临床病料的检测结果与单项PCR的检测结果一致。结果表明，本试验建立的多重PCR检测方法具有较好的特异性、敏感性和可靠性，为临床鸡痛风的诊断提供了准确、有效的技术手段。     

猪圆环病毒3型TaqMan-MGB荧光定量PCR方法的建立及应用

为建立猪圆环病毒3型(PCV3)荧光定量PCR检测方法,本研究根据GenBank中PCV3基因序列设计特异性引物和探针,经过反应体系和条件优化,建立了特异性检测PCV3的TaqMan-MGB荧光定量PCR方法。该检测方法在4.78×10~1拷贝/μL～4.78×10~9拷贝/μL质粒标准品范围内均有良好的线性关系;该方法特异性试验结果显示,其与多种常见猪病病毒均无交叉反应,特异性良好;本研究建立的方法敏感性是常规PCR方法的100倍,敏感性较高;批内批间重复性试验变异系数均小于2.3%,重复性良好。对临床样品的检测结果显示,该方法对PCV3的检出率高于常规PCR方法,并且PCV3阳性样品多存在混合感染情况。该方法的建立为PCV3的实验室诊断及流行病学调查提供了快速、准确的检测手段。     

牛诺如病毒及牛嵴病毒双重PCR检测方法的建立及初步应用

本研究根据BNoV和BKoV基因组的保守区域设计2对特异性引物,建立了能同时检测牛诺如病毒(Bovine norovirus,BNo V)和牛嵴病毒(Bovine kobuvirus,BKo V)的双重PCR检测方法。该方法能特异性扩增BNo V和BKo V的目的条带,且未扩增出其他犊牛腹泻病毒性病原;BNoV和BKoV的最低检测限分别为5.39×105 copies/μL和2.23×106 copies/μL;对临床采集的127份犊牛腹泻样品检测结果显示,BNoV的阳性率为6.30%(8/127),BKoV的阳性率为4.72%(6/127),两者与单一PCR检测结果相一致,符合率为100%。本研究建立的双重PCR方法具有良好的敏感性、特异性、重复性,可用于BNoV和BKoV的快速检测和流行病学调查。     

虎源传染性鼻气管炎病毒巢式PCR检测方法的建立

为了建立虎源传染性鼻气管炎病毒巢式PCR(nested PCR)的快速鉴定方法,根据虎源传染性鼻气管炎病毒(FHV-1)的gD蛋白基因序列设计套式引物,进行特异性、敏感性和重复性实验,特异性试验表明,该方法可以特异扩增出FHV-1的gD基因片断,从猫泛白细胞减少症病毒、猫支原体和阴性对照的VERO细胞均未扩增出该条带,敏感性试验表明,nested PCR检测极限是1×10~2 copies/μl,而一步法PCR的有效扩增最低极限是1×10~5 copies/μl,前者的敏感性明显高于后者,重复性实验表明,不同情况下3次重复性试验,结果相同。用nested PCR对疑似感染FHV-1的样品进行检测,实验结果与病毒分离鉴定结果一致。本研究建立的nested PCR适用于野生猫科动物FHV-1感染的快速诊断与流行病学调查。     

犬腺病毒I型和II型TaqMan双重荧光定量PCR方法的建立

为鉴别检测犬腺病毒（CAV）I型和II型,根据GenBank中CAV-I和CAV-II型参考基因序列,设计合成1对通用引物和2条鉴别探针,建立了可鉴别检测CAV-I型和CAV-II型的双重荧光定量PCR检测方法。同时,对该方法进行了优化,并对该方法的特异性、敏感性和重复性进行了试验,并与普通PCR检测方法进行样品检测符合率分析。特异性试验结果显示;本研究建立方法对犬瘟热病毒、犬副流感病毒、犬冠状病毒均未产生扩增曲线。敏感性试验结果显示,建立方法对CAV-I的检测敏感度为100 copies/μL,对CAV-II的检测敏感度为10 copies/μL。重复性试验结果显示,组内和组间变异系数均小于5%。临床样品检测对比结果显示,建立方法与普通PCR方法的符合率为95.12%。结果表明,本研究建立的TaqMan双重荧光定量PCR方法具有特异性好、灵敏度高、重复性好等优点,可用于临床鉴别检测CAV-I和CAV-II型。本研究为CAV-I和CAV-II型感染的检测、鉴别以及流行病学调查提供了便捷快速的方法。     

猪瘟病毒野毒株与疫苗株E2基因双重TaqMan real-time PCR鉴别检测方法的建立

为建立猪瘟病毒(CSFV)野毒株和疫苗株快速定量鉴别检测方法,根据CSFV野毒株和疫苗株E2基因序列差异,设计了2对特异性引物及1条Taq Man探针,以含CSFV HB株和C-株E2基因的重组质粒p BS-E2C和p BS-E2作为标准品,建立了能同时检测CSFV野毒株和疫苗株的双重Taq Man real-time PCR鉴别检测方法。结果表明,建立的CSFV双重Taq Man real-time PCR标准曲线Ct值与1×101~1×106copies/μL之间的E2基因拷贝数呈良好的线性关系,灵敏度达10 copies/μL,且特异性和重复性很好。综上,本试验建立的Taq Man real-time PCR检测方法可用于CSFV野毒株和疫苗株的鉴别诊断及病原定量分析。     

非洲猪瘟病毒TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立

建立一种TaqMan荧光定量PCR检测方法,用于非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)保守结构蛋白P72基因的检测。参照GenBank登录的ASFV P72相关基因序列,设计合成1对特异性引物与1个TaqMan探针,通过对反应条件和反应体系进行优化,建立了快速检测ASFV的TaqMan实时荧光定量PCR方法,对该方法的灵敏性、特异性与重复性进行了验证。结果显示,该方法能有效扩增1.0×10~0～1.0×10~9拷贝/μL ASFV-P72标准质粒,建立的标准曲线呈现良好的线性关系;检测灵敏度为1.0×10~0拷贝;对猪流行性腹泻病毒、猪δ冠状病毒、高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪伪狂犬病毒等病原不发生交叉反应;重复性试验结果显示变异系数(CV)小于1%。结果表明,本试验建立的TaqMan荧光定量PCR检测方法具有良好的灵敏性、特异性和重复性,可用于临床样本中ASFV的检测,从而更好地对ASF疫情进行监测和诊断。     

犬腺病毒Ⅰ型和Ⅱ型Taq Man双重荧光定量PCR方法的建立

为鉴别检测犬腺病毒(CAV)Ⅰ型和Ⅱ型,根据GenBank中CAV-Ⅰ和CAV-Ⅱ型参考基因序列,设计合成1对通用引物和2条鉴别探针,建立了可鉴别检测CAV-Ⅰ型和CAV-Ⅱ型的双重荧光定量PCR检测方法。同时,对该方法进行了优化,并对该方法的特异性、敏感性和重复性进行了试验,并与普通PCR检测方法进行样品检测符合率分析。特异性试验结果显示;本研究建立方法对犬瘟热病毒、犬副流感病毒、犬冠状病毒均未产生扩增曲线。敏感性试验结果显示,建立方法对CAV-Ⅰ的检测敏感度为100 copies/μL,对CAV-Ⅱ的检测敏感度为10 copies/μL。重复性试验结果显示,组内和组间变异系数均小于5%。临床样品检测对比结果显示,建立方法与普通PCR方法的符合率为95.12%。结果表明,本研究建立的Taq Man双重荧光定量PCR方法具有特异性好、灵敏度高、重复性好等优点,可用于临床鉴别检测CAV-Ⅰ和CAV-Ⅱ型。本研究为CAV-Ⅰ和CAV-Ⅱ型感染的检测、鉴别以及流行病学调查提供了便捷快速的方法。     

针对猪瘟病毒E2蛋白的实时荧光定量PCR方法的建立及应用

根据猪瘟病毒(Classical swine fever virus,CSFV)E2基因的保守序列,设计合成一套特异性引物和TaqMan探针,通过对反应体系和反应条件进行优化后,检测其特异性和灵敏性。结果显示,本研究建立的实时荧光定量PCR在101～108范围内线性相关系数为0.997,能够检测到相当于10 copies/μL的病毒核酸,比常规PCR检测方法敏感性强;采用建立的实时荧光定量PCR方法检验猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪伪狂犬病毒和猪圆环病毒2型呈现阴性结果,特异性强;变异系数为0.09%～0.7%,小于1%,具有良好的重复性。本研究建立的猪瘟病毒实时荧光定量PCR方法为临床上猪瘟病毒的诊断和定量研究提供了重要的检测工具。     

猪德尔塔冠状病毒荧光定量PCR检测方法的建立

根据GenBank登录的猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)毒株序列设计特异性引物,建立了检测PDCoV的实时荧光PCR方法。该方法在标准品浓度2.49×10~8~2.49×10~2 copies/μL范围内线性关系良好;特异性试验显示,其他几种常见猪病病毒未见典型扩增曲线;敏感性试验显示,最低检测下限为24.9 copies/μL;重复性试验显示,批内和批间变异系数小于3%。用该方法检测62份猪腹泻粪便样品,相比常规PCR方法,前者的检出率更高;两种方法检测1 168份进境活猪粪便拭子样品,结果均为阴性。结果表明,本研究所建立的方法适用于国内猪场的PDCoV的检测和进境活猪的监控检测,也可作为PDCoV的诊断及分子流行病学调查的技术手段。     

PCV4 SYBR Green I实时荧光定量PCR方法的建立及应用

为建立一种灵敏、可快速检测猪圆环病毒4型（PCV4）的SYBR Green I实时荧光定量PCR方法,根据PCV4 Rep基因的保守区域设计引物,建立针对PCV4的SYBR Green I实时荧光定量PCR检测方法,并对该方法的特异性、灵敏性和重复性进行评价。结果显示,该检测方法的Ct值与标准品在5.64×102~5.64×109 copies/μL范围内呈良好的线性关系,R2为0.999,斜率为-3.638,检测下限为5.64×102 copies/μL,且无非特异性扩增。利用该方法对56份临床样品进行检测,发现PCV4核酸阳性率为3.57%,比普通PCR更灵敏可靠。结果表明,本试验建立的SYBR Green I实时荧光定量PCR方法可用于PCV4的快速诊断。     

火鸡疱疹病毒荧光定量PCR检测方法的建立及初步应用

本研究针对火鸡疱疹病毒(Herpesvirus of turkey,HVT)FC-126毒株sorf1基因序列,设计特异性的扩增引物和探针,建立了检测HVT的TaqMan荧光定量PCR方法,并对其特异性、敏感性和重复性进行检测。结果表明,建立的荧光定量PCR方法灵敏度高,最低可检测到1×10~2 copies/μL,比普通PCR灵敏10倍;对鸭瘟病毒、传染性喉气管炎病毒、鹅细小病毒、4型禽腺病毒和8型禽腺病毒均无特异性扩增,具有较好的特异性;组间和组内变异系数均小于1%,表明该方法重复性好。用建立的荧光定量PCR方法对82份HVT样品进行检测,结果43份为阳性,普通PCR只检测出30份阳性样品。结果表明本研究建立的HVT TaqMan荧光定量PCR检测方法特异性好,灵敏度高,重要性好,为监测HVT的病毒含量提供了一种有效的手段。     

TaqMan荧光定量PCR检测猪流行性腹泻病毒方法的建立与初步应用

根据GenBank中公布的猪流行性腹泻病毒Ⅳ基因序列,设计了一对特异性引物和探针,扩增长度为186bp的片段。以克隆Ⅳ基因的质粒作为阳性标准品,建立了一种快速检测猪流行腹泻病毒含量的TaqMan荧光定量PCR方法。该方法在10^9-10^1copies／μL范围内具有良好的线性关系,可检测到初始模板中10copies／μL的质粒DNA,以猪圆环病毒、猪乙脑病毒、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪伪狂犬病毒和猪细小病毒为模板时,均检测不到荧光信号,而重复性实验中其变异系数均小于2％,表明此方法具有很好的特异性和重复性。应用此方法对采集的60份,陆床样品进行检测,其阳性检出率为92％,而用常规RT-PCR方法进行检测,阳性检出率仅为80％。表明荧光定量RT-PCR方法的敏感性明显高于常规PcR检测方法。     

水貂阿留申病毒TaqMan-MGB荧光定量PCR检测方法的建立与应用

为建立一种快速、敏感检测水貂阿留申病毒(AMDV)的方法,本研究根据AMDV的VP2基因保守区设计特异性引物和MGB探针,并优化检测反应条件,建立了AMDV的TaqMan荧光定量PCR检测方法。结果显示,以重组质粒为标准品建立的标准曲线在1.0×10~2拷贝/μL~1.0×10~8拷贝/μL内具有良好的线性关系,相关系数(R~2)为0.998。该方法仅对AMDV的靶基因扩增呈阳性,而对猪细小病毒、犬细小病毒、水貂肠炎细小病毒等相关病毒检测结果均为阴性,特异性良好。该方法对AMDV检测的灵敏度为10拷贝/μL,为普通PCR灵敏度的100倍;组内和组间重复性试验表明该方法的组内和组间变异系数均小于2%,具有良好的重复性。应用建立方法和普通PCR方法分别对40份疑似临床组织病料样品进行检测,该方法检出率比普通PCR高约7.5%。本研究结果表明建立的AMDV TaqMan-MGB荧光定量PCR方法灵敏、快速、特异性强、重复性好,适用于对AMDV的快速定量检测。     

猪细小病毒7型SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR检测方法的建立

为建立猪细小病毒7型(PPV7)的快速定量检测方法,本研究根据PPV7(KU563733.1)基因序列设计一对特异性引物,扩增155 bp的PPV7衣壳蛋白基因,构建重组质粒pClon007-PPV7,以其作为标准品建立了PPV7的SYBR GteenⅠ荧光定量PCR检测方法。结果显示,该方法在5.00×10~9拷贝/μL~5.00×10~3拷贝/μL范围内呈良好的线性关系。该方法对猪圆环病毒2型、猪繁殖与呼吸综合征病毒、伪狂犬病毒、乙脑病毒、口蹄疫病毒常见病原的检测均无特异性扩增,仅PPV7出现特异性扩增;该方法检测灵敏度可达5.00×10~1拷贝/μL;批内和批间变异系数均低于1%,具有较高的重复性和稳定性。对临床样品的检测结果显示,所建立的荧光定量PCR阳性检测率为71.88%,比普通PCR法检测的阳性率提高了约4.55%。该研究方法的建立为PPV7提供了一种新的快速定量检测技术。     

猪德尔塔冠状病毒SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR方法的建立及应用

为建立一种猪德尔塔病毒(PDCoV)的快速检测方法,本研究根据NCBI公布的PDCoV序列设计了1对特异性引物,利用RT-PCR方法扩增PDCoV的S基因,将其连接至pMD19-T载体上,以构建正确的重组质粒作为标准品,建立SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测方法,并对该方法的敏感性、特异性及重复性进行了验证分析。结果显示:该检测方法在标准品浓度为6.26×10¹~6.26×10⁸copies/μL范围内呈良好线性关系,其相关性为0.999,斜率为-4.312;灵敏度良好,检测下限可达6.26×10¹copies/μL;特异性良好,对PEDV和TGEV两种猪常见病原均无特异性扩增;重复性好,组内和组间变异系数均小于2.0%;利用该方法对43份临床样品进行检测,PDCoV阳性率为4.6%。结果表明,本研究成功建立了PDCoV的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法,为PDCoV快速灵敏的诊断奠定了坚实基础。     

非洲猪瘟病毒、猪圆环病毒2型和猪圆环病毒3型三重PCR检测方法的建立

为建立可同时鉴别检测非洲猪瘟病毒(ASFV)以及猪圆环病毒2型(PCV2)、3型(PCV3)的三重PCR方法,根据GenBank中登录的ASFV、PCV2、PCV3相关基因保守序列,分别设计合成特异性引物,通过对引物浓度、退火温度、循环数等反应条件进行优化,建立了针对3种病原的三重PCR检测方法,并开展了敏感性、特异性及重复性试验。结果显示:引物最佳终浓度为0.375 pmol/μL,最佳退火温度为61℃,最佳循环数为35;该方法对ASFV、PCV2、PCV3的扩增目的条带分别为873、530和217 bp,对猪细小病毒和伪狂犬病病毒的扩增结果均为阴性;对ASFV、PCV2、PCV3重组质粒标准品的检出下限均为1×10⁴ copies/μL;相同条件下重复性试验获得均匀一致的结果。结果表明,本研究建立的三重PCR检测方法具有特异性强,敏感性及重复性好等优点,可用于ASFV、PCV2和PCV3感染的快速鉴别诊断及流行病学调查。     

猪细小病毒6型SYBR Green I real-time PCR检测方法的建立

采用PCR方法扩增PPV6保守区域基因252bp,将其克隆到pClon007载体,构建重组质粒作为标准阳性质粒。以质粒模板建立PPV6的SYBR GreenⅠreal-time PCR检测方法,并进行敏感性、特异性和重复性等验证。结果表明,重组质粒特异性好;建立的real-time PCR方法Ct值与标准品模板在8.80×109~8.80×101 copies/μL范围内呈良好的线性关系,相关系数为0.993,斜率为-4.320。该方法检测灵敏度可达8.80×101 copies/μL。该方法对JEV、PRV、PRRSV、PCV2、FMDV等猪常见病原检测均无特异性扩增;对临床样品的检测结果表明,所建立的荧光定量PCR阳性检测率为40.63%。本试验成功建立了PPV6SYBR Green I real-time PCR检测方法,可实现对PPV6快速灵敏的诊断。