基于ITS-1基因序列的隐孢子虫种群分类

本试验以内转录间隔区1(ITS-1)基因作为研究对象,用PCR技术分别对广东(GD)禽源、广东(GD)和安徽(AH)牛源3个隐孢子虫分离株ITS-1基因进行扩增、克隆、序列测定和分析.将扩增序列用DNAStar(4.0)和ClustalX1.81软件与GenBank上登录的参考序列比对,用Phylip3.67构建种群发育进化树,以确定分离株与其他隐孢子虫虫种之间的亲缘关系.通过对ITS-1基因全序列分析,结果表明:禽源隐孢子虫GD分离株为Cryptosporidium baileyi,牛源隐孢子虫GD分离株和AH分离株均为C.andersoni.因此,ITS-1基因可作为隐孢子虫分离株种群分类的遗传标记,从而为隐孢子虫属的种间鉴定以及进一步的分子流行病学调查和分子诊断学研究奠定了基础.     

犬弓首蛔虫ITS1基因的克隆及序列分析

通过对国内5个犬弓首蛔虫株(T.canis)即GD株、CQ株、YN株、HN株和GZ株的rDNA的内转录间隔区Ⅰ(ITS1)序列进行PCR扩增、克隆、测序和序列分析,旨在确定ITS1是否可作为T.canis分子分类的遗传标记。结果显示:GD株、CQ株、YN株、HN株和GZ株的ITS1序列基本一致,仅GD株有2个碱基的差异,HN株和GY株分别有1个碱基的差异;与GenBank中登录的T.canis(序列号为AB110024、AB110026)的ITS1序列同源性高达98.9%～99.4%。结果表明ITS1可作为分子标记用于T.canis与其它蛔虫的种间鉴定,但不适合用于T.canis种内遗传变异的研究,为进一步的分子遗传学和分子诊断学研究奠定基础。     

安氏隐孢子虫PCR检测方法的建立

经BLAST检索,以HSP70基因设计一对引物(5'-CAATCGAATTGGATTCTTTGTC-3'和5'-CACCTTCAAAT-ACTTGAATAAGT-3')对奶牛安氏隐孢子虫进行了PCR试验.结果显示所建立的PCR检测方法只能特异扩增隐孢子虫GD株DNA,而对照样本如微小隐孢子虫、弓形虫、圆孢子虫、纤毛虫、肝片吸虫、血矛线虫、莫尼茨绦虫、牛粪便以及大肠杆菌均为阴性;通过对6个浓度梯度的虫体DNA进行PCR反应,结果表明当样本中含有445个隐孢子虫卵囊的DNA时,即可扩增产生清晰可辩的条带.测得该序列长度为494bp,序列分析为牛型C.andersoni.表明该引物能特异扩增C.andersoni,敏感性较高,适合于奶牛安氏隐孢子虫的检测.     

基于18S rRNA和HSP70基因序列的隐孢子虫种系发育分析

为阐明河南区域隐孢子虫分子流行病学特点,用PCR技术扩增分离虫株的18S rRNA基因全序列和HSP70基因序列,并对扩增片段进行测序。用PAUP 4.0和TREEPUZZLE 4.1构建进化树,试图从分子水平证明河南省不同地区不同宿主来源隐孢子虫的遗传特征,以阐明隐孢子虫病的分子流行病学特点。通过18S rRNA基因全序列和HSP70基因序列分析,其结果：河南人源隐孢子虫分离株为Cryptosporidium parvum鼠基因型;河南鹿源隐孢子虫分离株为C. parvum鹿基因型;河南猪源隐孢子虫的2个分离株均为C. parvum猪基因I型,即C. suis;河南鹌鹑源的隐孢子虫2个分离株分别为C. baileyi和C. meleagridis;河南乌鸡源隐孢子虫和鸵鸟源隐孢子虫分离株均为C. baileyi;河南牛源隐孢子虫分离株为C.andersoni。     

用CPN60基因序列研究隐孢子虫种系发育关系

本试验以编码线粒体功能性蛋白Chaperonin 60(CPN60)的核基因作为研究对象,对隐孢子虫分离株CPN60基因进行扩增测序,用Clustal X1.81对扩增序列与GenBank相关参考序列进行比对,然后用PAUP4.0程序中邻接法(Neighbor-joining,NJ)、最大简约法(Parsimony,MP)构建基因树,同时用TREEPUZZLE程序Version4.1构建最大似然树(Maximum likelihood,ML),以确定不同隐孢子虫虫株之间的进化关系,并以18S rRNA和HSP70基因构建的进化树作参照,评价CPN60是否更适合作为隐孢子虫基因分型和进化关系的分子标记。结果显示:基于CPN60构建的进化树将隐孢子虫分为两大类:C.baileyi和C.meleagridis处于一个分枝,C.hominis、C.suis、C.parvum牛基因型和C.parvum鼠基因型处于另一个分枝上。不同隐孢子虫之间的同源性介于96%~100%,能有效区分隐孢子虫不同基因型。因此,CPN60基因序列也可作为隐孢子虫分离株种系发育的遗传标记。     

河南郑州地区奶牛源安氏隐孢子虫虫种鉴定及多位点序列分型研究

为了解河南省郑州地区奶牛隐孢子虫及安氏隐孢子虫(Cryptosporidium andersoni,C.andersoni)的亚型分布情况,本研究共采集3个奶牛场共973份奶牛新鲜粪便样品,采用显微镜检测方法进行隐孢子虫检测,对形态学鉴定的8份C.andersoni阳性样品分别基于SSU rRNA、Actin、HSP70和COWP基因位点进行虫种鉴定,基于CM-MS1、CM-MS2、CM-MS3和CM-MS16基因位点进行多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)分析。结果显示,隐孢子虫总感染率为2.77%(27/973),而且以断奶前犊牛感染率最高7.10%(12/169)。8份样品在不同基因位点均成功鉴定为C.andersoni分离株,并形成4个MLST亚型,其中A4、A4、A4、A1为优势亚型,A6、A4、A2、A1为新亚型,且不同亚型的卵囊大小具有显著差异。研究表明,河南省郑州地区奶牛隐孢子虫总体感染水平较低,但是对奶牛养殖业和牛奶产量仍然有较大影响,此外,C.andersoni存在多个MLST亚型,表明具有遗传多样性。     

应用巢式PCR检测隐孢子虫

应用巢式聚合酶链反应(Nested PCR)建立了一种检测隐孢子虫(Cryptosporidium)的方法。试验中隐孢子虫卵囊纯化采用庶糖密度梯度离心法,以液氮-热水浴反复冻融及酚-氯仿抽提冷乙醇沉淀法制备模板DNA,根据隐孢子虫18S rRNA序列高度保守区设计2对引物,建立Nested PCR诊断方法。该方法特异性强,可检出牛源微小隐孢子虫(C.parvum)、羊源微小隐孢子虫(C.parvum)、牛源安氏隐孢子虫(C.andersoni)、鸡源贝氏隐孢子虫(C.baileyi)及猪源隐孢子虫(C.suis);敏感性高,该方法最低核酸DNA检测量达到10fg。初步应用结果表明,所建立的Nested PCR方法适合于隐孢子虫病的诊断和分子流行病学调查。     

陕北黑山羊隐孢子虫种类鉴定及遗传进化分析

为了阐明陕北黑山羊隐孢子虫(Cryptosporidium)的感染情况、种类及其遗传进化关系,本研究利用形态学和分子生物学方法,分析了107份不同年龄段黑山羊粪便样品中的隐孢子虫的感染状况、种类以及遗传进化关系。结果发现,黑山羊存在隐孢子虫感染,感染率为14%(15/107)。序列比对分析表明,7份阳性样品为牛隐孢子虫(C.bovis)感染,6份为肖氏隐孢子虫(C.xiaoi)感染,2份为C.bovis和C.xiaoi混合感染。系统进化树显示9个分离株与C.bovis位于同一分支,而与C.xiao位于同1个分支的有8个分离株。结果为陕北黑山羊乃至其他山羊的隐孢子虫病分子流行病学研究及防控提供了理论基础。     

青海省大通县犊牛粪样中隐孢子虫的鉴定及分子特征

从青海省大通县采集200份奶牛犊粪样用于隐孢子虫检测。所有样品经蔗糖密度梯度离心法处理后采用免疫荧光试验(IFT)和巢式(nPCR)方法进行检测。巢式PCR结果中有2个样品为隐孢子虫阳性(1%),PCR扩增片段长度约为500bp左右,分别命名为QHDTC201701株和QHDT201702株,测序结果分别与隐孢子虫XW3株(KY808976)和XD1株(KY808999)核糖体小亚基RNA(18SrRNA)的同源性为100%,遗传进化分析表明分离株分别为Cryptosporidiumandersoni(C.andersoni)和Cryptosporidiumbovis(C.bovis)。结果表明大通县犊牛中存在不同程度的隐孢子虫的感染,对于犊牛腹泻诊断具有临床意义。     

伊犁河谷新疆褐牛隐孢子虫感染情况调查

为了解伊犁河谷区域新疆褐牛隐孢子虫病流行情况,从该地区的伊宁市和察布查尔锡伯自治县的4个养殖场采集356份粪便样品,提取基因组DNA,以隐孢子虫小亚基核糖体DNA(SSU rDNA)为靶基因,进行套式PCR扩增,并对阳性样品进行序列分析。结果显示:伊宁市和察布查尔锡伯自治县各有1个养殖场的新疆褐牛发现隐孢子虫感染,总的感染率为3.37%,其中伊宁市褐牛的感染率为4.10%,察布查尔锡伯自治县褐牛的感染率为2.48%;序列比对结果显示,存在2种隐孢子虫感染,分别为安氏隐孢子虫(C.andersoni)和瑞氏隐孢子虫(C.ryanae),其中C.andersoni是优势种(91.67%);成年牛的感染率最高(5.59%),而断奶前犊牛未发现隐孢子虫感染;冬季感染率(5.68%)显著高于春季(1.11%)(P<0.05)。本研究首次对伊犁河谷区域新疆褐牛感染的隐孢子虫进行了分子鉴定,发现褐牛的隐孢子虫感染率显著低于我国其他品种牛的感染率。该研究结果为深入了解新疆褐牛隐孢子虫的流行情况,制定有效的防控措施提供了数据支持。     

黄鳝胃瘤线虫ITS及5.8S rDNA的克隆及序列分析

本研究旨在阐明黄鳝胃瘤线虫湖南分离株的核糖体DNA(rDNA)内转录间隔区(ITS)及5.8 S rDNA序列的遗传变异情况,并用ITS序列重构胃瘤线虫与其它线虫的种群遗传关系.利用聚合酶链反应(PCR)扩增胃瘤线虫rDNA的ITS-1、5.8S及ITS-2片段,将PCR扩增出的片段纯化后克隆至pGEM-T Easy载体,重组质粒通过菌落PCR鉴定后,对阳性菌落进行序列测定并进行序列分析.结果显示所获得的胃瘤线虫ITS及5.8 S rDNA序列总长存在一定差异(922～927 bp),其中包含部分的18S、28 S及全部的ITS-1 (350～351 bp)、5.8S(102 bp)及ITS-2 (340～344 bp)序列.本研究系国内首次报道胃瘤线虫的ITS序列,其结果为黄鳝胃瘤线虫的分类鉴定以及进一步的分子流行病学调查和群体遗传研究奠定了基础.     

蛇蛔虫ITS及5.8S rDNA的克隆及进化分析

利用聚合酶链反应（PCR）扩增蛇蛔虫rDNA的ITS-1、5.8S及ITS-2片段,将PCR扩增出的片段纯化后克隆至pGEM-T Easy载体,重组质粒通过菌落PCR鉴定后,对阳性菌落进行序列测定并进行序列分析。结果显示,所获得的蛇蛔虫ITS及5.8SrDNA序列总长为846bp,包含部分的18S、28S及全部的ITS-1、5.8S及ITS-2序列。本研究系国际上首次报道蛇蛔虫的ITS序列,从而为蛇蛔虫的分类鉴定以及进一步的分子流行病学调查奠定了基础。     

斑马蛔虫ITS及5．8SrDNA的克隆及进化分析

研究从斑马体内分离的蛔虫的核糖体DNA内转录间隔区（ITS）及5．8SrDNA序列的遗传变异情况,并用ITS序列重构斑马蛔虫与其它蛔虫的种群遗传关系。利用聚合酶链反应（PCR）扩增斑马蛔虫rDNA的ITS-1、5．8S及ITS-2片段,将PCR扩增出的片段纯化后克隆至pGEM．TEasy载体,重组质粒通过菌落PCR鉴定后,对阳性菌落进行序列测定并进行序列分析。结果显示所获得的斑马蛔虫ITS及5．8SrDNA序列总长为892bp,包含部分的18S、28S及全部的ITS,1、5．8S及ITS．2序列。证实从斑马体内分离的蛔虫为马副蛔虫,从而为斑马蛔虫的分类鉴定以及进一步的分子流行病学调查奠定了基础。     

牛源环孢子虫18 S rDNA部分序列的扩增与克隆分析

将采自广东省的牛源环孢子虫样品经套式PCR扩增,获得了18SrDNA基因中大小为296bp的目的片段,对该序列进行了克隆和测序,比较了该虫株与其他原虫的亲缘关系。结果显示,该虫序列与已报道的广州牛源环孢子虫虫株完全一致,与其他艾美耳球虫的亲缘关系较近,在广东首次发现的牛源环孢子虫属于艾美耳科环孢子虫属的一新种。表明18SrDNA基因在环孢子虫进化和分类鉴定研究上是一种有效的分子标记。     

弓形虫ITS及5.8S序列的PCR扩增、克隆及分析

通过对国内来源于不同宿主的ZS人株、SH人株、CN猪株、QH绵羊株4个弓形虫虫株，以及国际标准强毒株RH株的核糖体DNA内转录间隔区(ITS)及5．8SDNA序列进行PCR扩增、克隆、测序和序列分析，旨在对国内不同宿主间弓形虫虫株的遗传变异情况进行分析和验证。为分子遗传学和分子诊断学研究提供资料。结果显示：QH绵羊株、ZS人株、SH人株、CN猪株的ITS及5．8S序列完全一致。且与GenBank上注册RH株的ITS及5．8S序列也一致；仅实验室传代保存的RH株的ITS2序列与其它4株的ITS2有2个碱基的差异。结果表明ITS可作为分子标记用于弓形虫与其它原虫的种间鉴定。但不适合用于弓形虫种内遗传变异的研究。     

鸡蛔虫凉山州分离株ITS和5.8SrDNA序列测定及种系发育分析

应用保守引物BD1和BD2对7个鸡蛔虫凉山州分离株的核糖体DNA内转录间隔区(ITS)及5.8S rDNA序列进行PCR扩增和序列测定,并用ITS-1、ITS-2序列重构鸡蛔虫与其他蛔虫的系统发育关系。测序结果显示所获得的鸡蛔虫ITS及5.8S rDNA序列大小为974~989 bp,同源性为98.9%~100.0%。其中ITS-1、5.8S rDNA和ITS-2片段大小分别为473~481、157和337~359 bp,同源性分别为98.5%~100.0%、100.0% 和98.5%~100.0%。系统发育树显示所有鸡蛔虫分离株聚在同一分支,能与其他蛔虫相区别。研究结果表明,鸡蛔虫的ITS-1、ITS-2序列种内变异小,但种间差异大,故可作为分子标记用于鸡蛔虫的虫种鉴定,为鸡蛔虫的分子分类、分子流行病学调查和种群遗传的进一步研究奠定基础。     

湖南省鸡蛔虫线粒体nad1基因部分序列的测定及分析

本研究旨在阐明鸡蛔虫湖南分离株线粒体烟酰胺腺嘌呤二核苷酸（NADH）脱氢酶亚单位1（nad1）基因部分序列（pnad1）遗传变异情况。利用聚合酶链式反应（PCR）扩增鸡蛔虫的pnad1,应用Clustal X 1.81程序对序列进行比对。结果显示,所获得的pnad1序列长度一致,为408 bp。由于鸡蛔虫pnad1序列种内相对保守,种间差异较大,故可作为种间遗传变异研究的标记,从而为鸡蛔虫的分类鉴定及进一步的分子流行病学调查奠定了基础。     

PCR-SSCP对我国鲁道夫对盲囊线虫的分子鉴定

对来自青海湖的鲁道夫对盲囊线虫（Contracaecum rudolphii）核糖体DNA第一、第二内转录间隔区（ITS-1、ITS-2）进行PCR扩增、DNA单链构象多态性（SSCP）分析及序列分析。并与来自欧洲的2个姊妹种鲁道夫对盲囊线虫进行了比较。结果显示，我国青海湖的鲁道夫对盲囊线虫与来自意大利的（.rudolphii B具有一样的SSCP带型及ITS序列，但不同于C．rudolphiiA．因此属于C.rudolphii B。本试验证实了ITS片段可作为遗传标记用于鉴别鲁道夫对盲囊线虫的姊妹种，从而为鲁道夫对盲囊线虫的进一步研究奠定了基础。     

长沙市黑斑蛙蛔虫pcox1基因的扩增及序列分析

为研究长沙市黑斑蛙蛔虫分离株的线粒体DNA pcox1序列的遗传变异情况,并分析黑斑蛙蛔虫cox1部分序列与其它蛔虫的种群遗传关系。利用PCR扩增黑斑蛙蛔虫mtDNA的pcox1片段,将PCR扩增出的片段纯化后测序,并对其序列进行分析。结果显示所获得的4株cox1序列长度存在一定差异,为400～410 bp。由于黑斑蛙蛔虫cox1序列种内相对保守,种间差异较大,故可作为种间遗传变异研究的分子标记。本研究报道的黑斑蛙蛔虫cox1序列,为黑斑蛙蛔虫的分类鉴定以及进一步的分子流行病学调查和群体遗传研究奠定了基础。     

新城疫病毒HN蛋白单克隆抗体的制备

为制备新城疫病毒HN蛋白的单克隆抗体,本研究采用新城疫病毒CK/AH/100/2010作为免疫原,免疫6~8周龄BALB/c小鼠,3次免疫后取脾细胞与SP2/0融合,用血凝抑制(HI)方法检测筛选,具有HI活性的单抗有6株:PX1-PX6。6株单抗与AIV、EDS等其它具有血凝活性的病毒的交叉血凝抑制试验结果表明,6株单抗具有良好的特异性。间接免疫荧光试验结果表明,PX1、PX3可与新城疫病毒CK/GD/263/2010 HN抗原发生特异性反应,而其它单抗不反应。