番茄褪绿病毒SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR方法

根据番茄褪绿病毒(Tomato chlorosis virus,ToCV)热激蛋白70(Hsp70)的基因序列,设计ToCV实时荧光定量PCR特异引物。利用重组质粒ToCV-1为标准品建立SYBR Green Ⅰ实时荧光定量方法。针对引物浓度、退火温度、特异性、灵敏度、重复性和稳定性进行系列优化。结果表明,最适退火温度为63℃,最适引物浓度为0.3μmol·L~(-1)。熔解曲线为特异性单峰,表明其特异性良好。建立的SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR较常规PCR灵敏100倍,且具有良好的重复性和稳定性。基于SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR技术建立的ToCV检测方法,速度快、特异性强、灵敏度高、重复性好,可以用于ToCV的定量检测。     

番茄褪绿病毒SYBR Green I实时荧光定量PCR方法

 根据番茄褪绿病毒(Tomato chlorosis virus, ToCV)热激蛋白70(Hsp70)的基因序列,设计ToCV实时荧光定量PCR特异引物。利用重组质粒ToCV-1为标准品建立SYBR Green I实时荧光定量方法。针对引物浓度、退火温度、特异性、灵敏度、重复性和稳定性进行系列优化。结果表明,最适退火温度为63℃,最适引物浓度为0.3 μmol·L^-1。熔解曲线为特异性单峰,表明其特异性良好。建立的SYBR Green I实时荧光定量PCR较常规PCR灵敏100倍,且具有良好的重复性和稳定性。基于SYBR Green I实时荧光定量PCR技术建立的ToCV检测方法,速度快、特异性强、灵敏度高、重复性好,可以用于ToCV的定量检测。     

引起玉米穗腐病的两种镰孢菌双重PCR快速检测体系的建立

禾谷镰孢(Fusarium graminearum)和拟轮枝镰孢(Fusarium verticillioides)是引起玉米穗腐病的两种主要病原菌。为了建立这两种病原菌的快速和定量检测体系,本研究分别设计了针对F.graminearum和F.verticillioides的基因特异性引物,建立了双重PCR反应体系,并从DNA浓度、引物浓度和退火温度3个方面对反应体系进行了优化。结果表明,退火温度为54℃和58℃时扩增效果较好,DNA模版的检测灵敏度可以达到6.25 ng·μL~(-1);F.graminearum和F.verticillioides引物最佳终浓度配比为0.2μmol·L~(-1)/0.4μmol·L~(-1)。本研究建立的双重PCR对同时鉴别引起玉米穗腐病的两种主要镰孢菌提供了准确、快速、灵敏的检验检疫技术。     

穿刺巴斯德芽菌荧光定量PCR检测方法的建立与应用

以穿刺巴斯德芽菌16S rDNA片段为靶标,通过对荧光定量PCR反应条件的摸索,建立该菌的荧光定量PCR检测方法.所选靶点最适退火温度60℃,正、反向引物的最佳浓度搭配为900、300 nmol/L;以Ct值和质粒拷贝浓度对数为坐标轴建立标准曲线,回归方程为y=-3.200×logx+ 34.43,R2值为0.998,PCR扩增效率为105.4％,对含穿刺巴斯德芽菌芽胞的土壤样品检测阈值为2×103个/g土壤.该方法敏感度高、特异性好,能够运用于穿刺巴斯德芽菌的定性、定量检测.     

西番莲中夜来香花叶病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用

夜来香花叶病毒(telosma mosaic virus, TeMV)是对西番莲危害较大的一种病毒病原。根据病毒末端结合蛋白(VPg)序列设计引物, 建立了以Vpg-334F/506R为特异性引物, 退火温度54℃, 引物浓度0.6 μmol/L的SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测方法。该方法可特异性扩增TeMV基因组6 483~6 675 nt区域, 所得标准曲线扩增效率为102.77%, 决定系数为0.996 1, 最低检测浓度为2.370×10 2 拷贝/μL, 灵敏度是普通PCR的1 000倍。应用该方法对接种TeMV的西番莲进行检测, 发现接种3 d后可在叶片中检测到TeMV, 定量分析不同温度下TeMV在叶片中的积累, 发现26~28℃下病毒积累速度最快, 且植株症状表现与病毒积累量密切相关。对赣南地区采集的76份西番莲田间样品进行检测, 共检出71份阳性样品, 检出率为93.4%。综上, 本研究建立的实时荧光定量PCR方法特异性强, 灵敏度高, 适于TeMV的快速检测。     

喜树丛枝植原体的分子鉴定及TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法的建立

 为确定在云南文山地区喜树上发生的疑似丛枝病的病原种类及快速检测喜树丛枝病,本研究利用植原体16S rDNA基因通用引物P1/P7和R16F2n/R16R2对感病喜树总DNA进行常规PCR和巢式PCR扩增、克隆和测序,通过系统进化分析,明确了喜树丛枝植原体属于16SrXXXII组。然后根据喜树丛枝病植原体16S rDNA基因保守区域设计并合成特异性引物和TaqMan探针,制备了喜树丛枝病植原体标准质粒,确定了最优引物浓度和最佳探针浓度,制作的标准曲线有极好的线性关系,决定系数(R²)达到0.999,建立的实时荧光定量PCR检测方法能够特异性地检测喜树丛枝植原体。本研究首次明确了喜树丛枝植原体的分类地位,优化和建立了喜树丛枝植原体TaqMan探针qPCR检测方法,为快速检测喜树丛枝病植原体提供参考。     

枣疯病植原体TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法的建立

根据枣疯病植原体16S rDNA基因保守区域设计、合成特异性引物和TaqMan探针, 以构建的重组质粒作为阳性标准品, 建立并优化了对枣疯病植原体的TaqMan实时荧光定量PCR检测方法。对优化后的方法进行灵敏度、特异性及稳定性评价, 制作了标准曲线。结果显示, 制作的标准曲线有极好的线性关系, 相关系数( r 2 )达到0.998, 建立的实时荧光定量PCR检测方法能够特异性地检测枣疯病植原体, 能检测到60拷贝的质粒DNA。本研究建立的实时荧光定量PCR检测方法灵敏度、特异性、重复性好, 不仅能够实现对枣疯病植原体的快速检测, 而且为实现从病原定量水平上对枣疯病病情分级奠定了基础。     

鹰嘴豆象与四纹豆象的分子检测技术

结合聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)和酶切方法,对鹰嘴豆象Callosobruchus analis(Fabricius)和四纹豆象Callosobruchus maculatus(Fabricius)的分子检测技术进行了研究。根据两种豆象m tDNACOⅠ基因序列的比对结果设计了2对特异性PCR引物,并筛选到2个特异性内切酶SnaⅠ和MboⅠ,通过PCR反应(最适退火温度为55℃)和PCR产物的酶切反应检测2个近缘种。可靠性检测表明,2对引物针对不同地理种群和个体以及不同DNA浓度的鹰嘴豆象和四纹豆象均能扩增出相应的目的条带。限制性内切酶验证结果表明,PCR技术具有较高的准确性和灵敏度,弥补了形态鉴定的不足。     

利用实时荧光定量PCR 技术检测油菜菌核病菌

 采用高通量实时荧光定量PCR 技术建立检测和监测油菜菌核病菌群体数量的方法。利用油菜菌核病菌(Sclerotiniasclerotiorum)的茁-微管蛋白基因内含子序列的特异性,设计引物对SclSF (5'-CTCAAATCTCCGAAAGTT -3') / SclAF (5'-TGCAGACGGGTAATATG -3'),建立和优化了SYBR Green 玉实时荧光定量PCR 检测体系。结果表明,该引物对能够从8种所测试的十字花科植物常见病原真菌中特异性扩增出油菜菌核病菌;所建立的实时定量PCR 技术可应用于油菜病叶和病茎中菌核病菌的早期检测及菌核病的预测预报。     

蝗虫微孢子TaqMan探针Real-time PCR检测新方法

蝗虫微孢子已被广泛运用于蝗虫防治。本研究采用蝗虫微孢子保守性高的小核糖体亚单位RNA为目的基因,将其克隆到pMD18-T载体上构建重组质粒,制备质粒标准品。设计一对特异性引物和TaqMan探针,并对引物浓度、探针浓度分别进行了优化,建立了蝗虫微孢子TaqMan实时荧光定量PCR检测方法。该检测方法的灵敏度达1.29×105 copies/L,各浓度质粒标准品的组内和组间重复的变异系数均小于1%。这里建立的蝗虫微孢子TaqMan探针荧光定量PCR检测方法较快速、简便和准确,适用于生产中蝗虫微孢子的快速检测。     

甘薯褪绿矮化病毒西非株系实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用

 依据GenBank中登录的甘薯褪绿矮化病毒(Sweet potato chlorotic stunt virus,SPCSV)西非株系(WA)的核苷酸序列,分别设计两对特异性引物和一条TaqMan探针。以SPCSV-WA外壳蛋白(cp)基因的重组质粒为阳性标准质粒绘制标准曲线,通过优化反应体系和反应条件,建立了SPCSV-WA的实时荧光定量PCR检测方法。试验结果表明,该方法只能检测到目的病毒,标准曲线的斜率和相关系数分别为-3.239和1,扩增效率为103.568%。最低可检测到约3.31 copies/μL的阳性质粒,灵敏度比常规PCR高1 000倍。本研究建立的SPCSV实时荧光定量PCR方法可用于田间样品的检测,为SPCSV的早期预警和流行学研究提供了技术手段。     

双重RT-PCR法同步检测单头异沙叶蝉携带的两种小麦病毒

异沙叶蝉可传播小麦矮缩病毒Wheat dwarf virus(WDV)和小麦黄条纹病毒Wheat yellow striate virus(WYSV)两种病毒。本文根据WDV和WYSV的基因序列分别设计两种病毒的特异性引物对,以含有上述两种病毒的异沙叶蝉样品总RNA为模板,以随机引物为3′端通用引物反转录获得cDNA,然后在同一个PCR反应体系加入两对引物,分别得到与预期相符的773 bp和322 bp扩增产物条带。通过对引物浓度、dNTP和rTaq用量以及退火温度等条件进行优化,建立了能在同一异沙叶蝉体内检测WDV与WYSV两种小麦病毒的双重RT-PCR方法。该双重PCR方法特异性强、敏感性高,可以快速准确地在一个体系里同步检测介体昆虫体内的两种病毒,有效地检测虫体内病毒带毒率,这些结果可为病毒预测预报和病害防治提供参考。     

多重PCR检测转基因菜籽粕中的转基因成分

以油菜内源基因PEP、抗除草剂基因(BAR、PAT)、筛选基因NPTII、常见启动子(CaMV35S、FMV35S)和终止子NOS为检测对象,通过研究不同引物终浓度的配比以及退火温度对转基因菜籽粕多重PCR检测的影响,建立了菜籽粕转基因成分7重PCR检测体系。结果表明,本研究所建立的检测体系能有效检测出菜籽粕以及其他作物(大豆、玉米、大米、棉花籽)中的转基因成分,检测过程简便、准确,值得推广应用。     

甘蔗花叶病毒第IV组分离物RT-PCR检测体系的建立及应用

 甘蔗花叶病毒(Sugarcane mosaic virus,SCMV)是引起我国玉米矮化叶病的主要病毒。根据其基因组序列,SCMV可以分为4个组,其中第IV组分离物属于新出现的强毒株系。为了快速检测SCMV尤其是IV组分离物的发生情况,我们针对SCMV I-IV组及IV组分离物设计了6对引物,从中筛选出特异性最强的2对引物(I-IV-2F/I-IV-2R和IV-1F/IV-1R),进行PCR体系的优化。优化后的PCR体系为:退火温度51℃,dNTP终浓度为0.1 mM,引物终浓度为0.20 μM,TaqDNA聚合酶终浓度为0.015 U·μL^-1。利用该体系, 引物对I-IV-2F/I-IV-2R和IV-1F/IV-1R均能够从50 ng感病叶片或0.05 ng病毒RNA中检测出SCMV。通过优化两对引物浓度比例建立了能同时检测SCMV所有分离物及第四组分离物的双重PCR体系。利用该体系从山东、河南及云南均检测出SCMV第IV组分离物的发生。本研究为SCMV尤其是SCMV第IV组分离物的快速检测提供了技术支持。     

稻曲病菌薄壁分生孢子制备的影响因素分析

本文研究了培养基、温度、振荡速度等因素对稻曲病菌Ustilaginoidea virens薄壁分生孢子产孢量的影响。结果表明,稻曲病菌薄壁分生孢子在培养第7天基本达到最大孢子量;该菌最适宜产孢的培养基为马铃薯煮汁,在煮汁中添加蔗糖可大幅提高产孢量;适宜的产孢温度为26~28℃;静止培养不利于产孢,振荡培养有利于产孢,并表现为转速越高产孢量越多;光照条件对产孢量没有影响。     

一种改进的尖孢镰刀菌的实时荧光定量PCR检测方法

为实现荧光定量PCR对土壤病原真菌数量更为高效、灵敏的检测,本研究将液体培养的孢子悬浮液和长年耕作的水稻土制作成孢子浓度为4×10~1~4×10~6 spore/g的带菌土,采用MoBio PowerSoil@DNA Isolation Kit提取模拟带菌土壤总DNA,引入常规PCR预扩增包含qPCR目标序列的1 446bp片段,以预PCR产物为模板进行qPCR,构建荧光定量PCR标准曲线。研究结果表明:以试剂盒提取的带菌土壤总DNA为模板绘制的qPCR标准曲线相关系数r为0.985,检测下限为4×10~3 spore/g土;引入预PCR后,qPCR标准曲线相关系数r为0.974,检测下限为4×10~2 spore/g土,较未引入时提高了10倍,结合不同土壤病原真菌的特异性引物,该检测方法可为土壤病原真菌的有效定量检测提供技术支撑。     

3种甘薯病毒多重RT-PCR检测方法的建立及应用

正病毒病是引起甘薯品质降低和减产的重要原因之一,现已报道30多种能侵染甘薯的病毒~([1,2])。山东省是甘薯种植大省,病毒种类近10种~([3,4])。甘薯羽状斑驳病毒(Sweet potato feathery mottle virus,SPFM V)、甘薯潜隐病毒(Sweet potato latent virus,SPLV)是为害甘薯的主要病毒,在全国甘薯种植区广泛分布~([5,6])。甘薯病毒2(Sweet potato virus 2,SPV2)为Potyvirus的一个暂定种,多与同属的其他病毒混合侵染~([7])。多重PCR技术由Chamberian等~([8])1988年首次提出,可实现多基因的同时扩增,具有节省时间、提高效率的优点,已初     

甜瓜黄斑病毒在海南黄瓜上的发生分布及序列分析

 应用特异性引物MYSV-L-F和MYSV-L-R对海南5个市县采集的150份疑似感染病毒病的黄瓜样品进行RT-PCR检测,在三亚、乐东和东方等3个市县的18份样品中检测到甜瓜黄斑病毒(Melon yellow spot virus, MYSV)。选取采自三亚的分离物C29(MYSV-Hainan)进行MYSV全基因组克隆及序列分析,结果表明:该分离物的L RNA、M RNA和S RNA基因组全长分别为8 918 nt、4 815 nt和3 257 nt,与已知MYSV分离物的核苷酸相似性分别为97.4%~97.7%、96.2%~97.9%和94.8%~99.8%,系统进化关系分析与相似性分析一致,序列相似值越高,系统进化关系越近。