番茄褐色皱果病毒胶体金免疫试纸条的研制

 番茄褐色皱果病毒(tomato brown rugose fruit virus, ToBRFV)是一种新发病毒,严重威胁番茄的安全生产。为了快速、简便地检测该病毒,我们制备了ToBRFV胶体金免疫试纸条。本研究以ToBRFV粒子为免疫原,通过杂交瘤技术制备了17个抗ToBRFV的单克隆抗体。将不同单抗两两组合分别作为胶体金标记抗体和硝酸纤维素膜检测线上的捕获抗体,共获得272个配对组合的胶体金试纸条。通过特异性测定筛选到一组配对抗体制备的试纸条能够在5 min内特异识别ToBRFV,而与番茄斑驳花叶病毒、番茄花叶病毒、烟草花叶病毒、黄瓜花叶病毒、辣椒轻斑驳病毒、马铃薯X病毒、马铃薯Y病毒、番茄褪绿病毒、番茄斑萎病毒、番茄黄化曲叶病毒等无交叉反应。灵敏度分析表明,该试纸条可从稀释12 800倍的番茄叶片病汁液中检测到ToBRFV,也可检测到50 ng ToBRFV粒子。本研究制备的胶体金试纸条使用方便,灵敏度高,特异性强,适合田间大批量样品检测,可用于ToBRFV的精准监测及早期预警。     

番茄褐色皱果病毒TaqMan 荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用

为建立番茄褐色皱果病毒(tomato brown rugose fruit virus, ToBRFV)TaqMan荧光定量RT-PCR方法，本研究针对ToBRFV RNA依赖的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase, RdRP)基因序列设计了4组特异性引物和TaqMan探针，构建了标准曲线，并对该方法的特异性、灵敏度和实际样品的检测效率进行评估。结果显示，该方法特异性强，与番茄花叶病毒、番茄斑驳花叶病毒、烟草花叶病毒、黄瓜绿斑驳花叶病毒、番茄环斑病毒、番茄黑环病毒、辣椒轻斑驳病毒、烟草环斑病毒和凤果花叶病毒等9种病毒均无交叉反应。建立的标准曲线的R²为0.999,扩增效率为102.096%,检测灵敏度为10 fg/μL,与EPPO PM 7/146(1)推荐的CaTa28、CSP1325方法相当，是常规RT-PCR的100倍；采用该方法成功从60份番茄和辣椒叶片、种子样品中检出10份阳性样品。建立的TaqMan荧光定量RT-PCR方法特异性强、灵敏度高，适用于实际样品中ToBRFV的快速精准检测。     

警惕新发病毒番茄褐色皱果病毒Tomato brown rugose fruit virus对我国番茄产业的危害

番茄褐色皱果病毒Tomato brown rugose fruit virus (ToBRFV)于2014年首次在以色列发现, 随后传播到欧洲、美洲以及亚洲等地。ToBRFV在番茄叶片上引起花叶, 更重要的是在番茄果实上引起褐色皱缩斑, 导致番茄完全失去商品价值, 是番茄安全生产的重大威胁。为遏制ToBRFV的传播, 多个国家已经将该病毒列入检疫对象。2019年, 我们在山东番茄上检测到该病毒。本文综述了ToBRFV发生与危害、寄主范围和症状、传播方式、基因组结构、检测方法, 并提出了防治建议, 希望有助于防范该病毒在我国的扩散。     

警惕番茄褐色皱纹果病毒在我国的传播和危害

番茄褐色皱纹果病毒(tomato brown rugose fruit virus,ToBRFV)是烟草花叶病毒属的一个新种,在自然界中主要危害番茄、辣椒等茄科作物。自2014年首次在以色列发现以来,ToBRFV迅速蔓延至全球4个洲的35个国家,严重影响番茄和辣椒的产量和品质。本文综述了ToBRFV的发现与分布、基因组结构、传播方式、寄主范围和检测方法,并提出了相应的防控建议,以防范ToBRFV在我国的进一步传播和危害。     

TaqMan探针法实时荧光定量RT-PCR检测番茄斑驳花叶病毒

番茄斑驳花叶病毒（tomato mottle mosaic virus,ToMMV）为近年来发现的一种烟草花叶病毒属新成员,是茄科作物上危害严重的主要病毒之一,近几年EPPO全球数据库报道多个国家从进境辣椒和番茄种子中截获该病毒。为防止番茄斑驳花叶病毒通过种子种苗进行传播扩散,本文根据该病毒GenBank中不同分离株外壳蛋白（coat protein,CP）基因保守序列设计特异性引物和探针,建立了TaqMan探针法实时荧光定量RT-PCR检测ToMMV的方法。结果表明,本检测方法特异性强,对烟草花叶病毒（tobacco mosaic virus,TMV）、番茄花叶病毒（tomato mosaic virus,ToMV）、番茄褐色皱果病毒（tomato brown rugose fruit virus,ToBRFV）、黄瓜绿斑驳花叶病毒（cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV）、辣椒轻斑驳病毒（pepper mild mottle virus,PMMoV）、番茄环斑病毒（tomato ringspot virus,TomRSV）6种病毒均无交叉反...     

警惕番茄褐色皱果病毒传入我国

番茄褐色皱果病毒(Tomato brown rugose fruit virus,ToBRFV)属烟草花叶病毒属,是近年来新发现的一种为害番茄、辣椒等作物的病原物。鉴于其为害的严重性和随番茄、辣椒等植物种子贸易传播的高风险性,已有国家和组织发出警示通报或采取具有针对性的紧急植物检疫措施。在收集相关资料的基础上,概述了该病毒的发生分布、生物学特性、分子特征、检测技术及国际检疫监管状况等,浅析其传入我国的风险,提出了预警建议。     

番茄斑驳花叶病毒在广东省的首次报道

番茄斑驳花叶病毒(tomato mottle mosaic virus, ToMMV)是2013年发现的烟草花叶病毒属一个新种,目前在多国(地区)有发生。本文采用小RNA深度测序及RT-PCR检测方法在广东省广州市南沙区辣椒疑似病样中检测到ToMMV,命名为番茄斑驳花叶病毒广东分离物(ToMMV-GD-2020)。采用RT-PCR分段扩增获得了ToMMV-GD-2020的基因组全序列,该分离物基因组全长6 399 nt,包含4个开放阅读框,分别编码4个蛋白。序列相似性分析表明,ToMMV-GD-2020与已登录GenBank的14个ToMMV分离物基因组序列相似性分别为99.0%～99.7%,其中与中国辽宁分离物ToMMV-LN(GenBank登录号：MN853592)的相似性最高(99.7%),与危害我国番茄、同属烟草花叶病毒属的番茄花叶病毒(tomato mosaic virus, ToMV)、番茄褐色皱果病毒(tomato brown rugose fruit virus, ToBRFV)代表分离物的相似性分别为84.6%和81.0%。系统进化分析表明,ToMMV-GD-2020...     

一种基于RPA的番茄褪绿病毒检测方法

番茄褪绿病毒Tomato chlorosis virus(ToCV)引起番茄褪绿病毒病,给番茄生产造成严重危害。开发快速准确的检测方法对该病害的防控具有重要意义。利用番茄褪绿病毒外壳蛋白(CP)基因序列,设计特异性引物,建立了ToCV的重组酶聚合酶等温扩增(recombinase polymerase amplification, RPA)检测方法,同时分析了该方法的灵敏度和特异性。结果表明,建立的ToCV-RPA方法在38℃恒温下40 min可从ToCV阳性的番茄样品中扩增出246 bp的特异性条带。扩增时间短,对设备要求低,且与番茄其他病毒无交叉反应,特异性好,灵敏度可达到PCR方法的10倍,适用于ToCV的快速检测。     

番茄斑萎病毒属6种病毒的多重RT-PCR检测

根据番茄斑萎病毒属(Tospovirus)中6种病毒S RNA上的N基因序列设计特异性引物,建立可同时检测这6种Tospovirus病毒的多重PCR体系。多重PCR扩增结果显示,番茄环纹斑点病毒(776 bp)、甜瓜黄斑病毒(505 bp)、鸢尾黄斑病毒(296 bp)、凤仙花坏死斑病毒(221 bp)、番茄斑萎病毒(175 bp)和番茄褪绿斑病毒(110 bp)均出现清晰的目标条带,各病毒的特异性引物不会对其他病毒产生非特异性扩增。本研究建立的6种Tospovirus病毒的多重PCR检测方法,有助于提高目标病毒的检测效率。     

番茄斑萎病毒RT-RPA检测方法的建立

为了快速、准确地鉴定番茄斑萎病毒,根据GenBank中韩国的番茄斑萎病毒株系(序列号:KC261961)ss RNA-S基因组编码保守外壳蛋白基因序列设计特异性引物TSWV 5F/5R,建立了番茄斑萎病毒RT-RPA检测方法。特异性检测结果表明,仅番茄斑萎病毒样品扩增出215 bp目标条带,而其他4种病毒样品无扩增出目标条带。灵敏度检测结果表明番茄斑萎病毒RPA检测方法可以达到10-5 cDNA稀释度。     

番茄细菌性叶斑病菌RPA检测技术

番茄细菌性叶斑病菌(Pseudomonas syringae pv.tomato,Pst)是我国进境植物检疫性有害生物,可随种子进行远距离传播。快速简便的检测对于防止该病害的扩散传播具有重要意义。依据番茄细菌性叶斑病菌的hrpZPst基因序列,设计并筛选出特异性扩增引物,建立了番茄细菌性叶斑病菌的重组酶聚合酶等温扩增(RPA)检测方法。该方法可从10种不同的植物病原细菌中特异性地检测到3个参试番茄细菌性叶斑病菌株。对病菌DNA的检测灵敏度为75fg/μL,与PCR凝胶电泳相当。该方法扩增核酸时间短、效率高、对设备的要求低,适合于基层简易实验室的快速检测。本文为该病原菌的检测提供了新方法。     

基于致病基因序列的LAMP方法检测番茄种子携带的溃疡病菌

本研究选取番茄溃疡病菌(Clavibacter michiganensis subsp.michiganensis,Cmm)致病岛上的chpC基因的部分序列,作为环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)靶标片段进行LAMP引物设计。对反应体系优化后进行特异性测定,结果表明供试的89株番茄溃疡病菌中86株检测结果为阳性,3株为阴性,供试的14株非番茄溃疡病菌(其他重要植物病原细菌)均为阴性。检测番茄溃疡病菌菌悬液样品的阈值为4.8×10~5 CFU·mL~(-1),对DNA样品的检测阈值为1.8×10~(-2) ng·μL~(-1),并据此建立了番茄溃疡病菌的LAMP检测方法。将该方法应用于番茄种子携带Cmm的检测,通过提取种子浸提液样品的总DNA,实现了对番茄种子携带Cmm的直接检测。与普通PCR相比,该方法更加快捷简便,不依赖PCR仪等昂贵的仪器设备,可以丰富现有的番茄溃疡病菌分子检测体系,为口岸等检疫部门提供简单易行的检测初筛手段。     

番茄溃疡病菌的PCR-DHPLC快速检测

根据番茄溃疡病菌ITS序列,设计并合成了PCR-DHPLC检测引物,对番茄溃疡病菌及其他病菌共10个标准菌株进行了PCR-DHPLC检测。结果表明,番茄溃疡病菌的PCR-DHPLC检测图谱出现了特异性吸收峰,而其他病菌均未在相同洗脱时间出现吸收峰,说明这种方法具有检测番茄溃疡病菌的特异性。灵敏度实验结果表明,PCR-DHPLC体系与PCR-琼脂糖凝胶电泳体系的检测灵敏度一致。研究表明,PCR-DHPLC方法是一种特异、灵敏、快速的番茄溃疡病菌检测方法。     

番茄斑萎病毒NASBA检测方法的建立

为建立一种快速检测番茄斑萎病毒(Tomato spotted wilt virus,TSWV)的方法,以TSWV-CP1/TSWV-CP2为引物对TSWV的N基因进行PCR扩增及序列测定,在TSWV N基因的高度保守区设计特异性扩增引物NA-P1/NA-P2进行核酸序列依赖性扩增(NASBA)反应,并对NASBA方法的特异性和灵敏度进行验证。结果表明,建立的NASBA方法最佳反应时间为1.5 h。该方法特异性较好,只有TSWV阳性样品中出现了预期大小为235 bp的扩增产物,与烟草环斑病毒(Tobacco ring spot virus,TRSV)、番茄黑环病毒(Tomato black ring virus,TBRV)、黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)、番茄花叶病毒(Tomato mosaic virus,ToMV)、番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow curl virus,ToYCLV)无交叉反应。灵敏度验证中,实时荧光RT-PCR的灵敏度最高,为1.56×10~(-5)ng/μL感病植物RNA模板,NASBA次之,为1.56×10~(-4)ng/μL,普通RT-PCR最低,为1.56×10~(-3)ng/μL。在对9份实际样品检测中,NASBA的阳性检出率与实时荧光RT-PCR、普通RT-PCR相同,均为33%,高于ELISA检测的22%。表明NASBA方法适用于实际样品检测,可对TSWV进行快速检测。     

番茄细菌性叶斑病菌超分支滚环扩增快速检测技术

根据番茄细菌性叶斑病菌(Pseudomonas syringae pv. tomato,Pst)的一段特异蛋白基因序列,按照锁式探针的设计原理设计探针和扩增引物,优化系列反应条件,建立了特异性的Pst超分支滚环扩增技术。试验结果表明：该检测技术能够从供试的10种不同的病原菌中特异性地检测出番茄细菌性叶斑病菌,DNA检测的最低浓度为500 fg/μL,检测灵敏度高于常规PCR。     

番茄枯萎病菌和颈腐根腐病菌KASP-SNP检测技术的建立

为快速、准确地对番茄枯萎病菌Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici(FOL)和番茄颈腐根腐病菌F. oxysporum f. sp. radicis-lycopersici(FORL)进行检测,基于尖孢镰刀菌F. oxysporum多聚半乳糖醛酸外切酶基因pgx4的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）位点,设计FORL、FOL生理小种1(FOL-R1)、2(FOL-R2)和3(FOL-R3)的竞争性等位基因特异性PCR-SNP(kompetitive allele specific PCR-SNP,KASP-SNP)引物,建立番茄颈腐根腐病菌和番茄枯萎病菌KASP-SNP检测技术,并通过与常规PCR比对及ITS与pgx4序列分析对该检测技术的可靠性进行验证。结果显示,在FORL、FOL-R1、FOL-R2和FOL-R3中存在35个变异SNP位点,设计出18对KASP-SNP引物,筛选出FORL＿KASP、FOLrace1＿KASP、FOLrace2＿KASP和FOLrace3＿KASP共4对分型清晰的...     

转基因延熟番茄"华番一号"的品系特异性检测方法

本文使用反向PCR方法克隆了转基因延熟番茄"华番一号"(Bioscein)的外源基因和番茄基因组之间的一段边界序列,并依据此段序列设计了具有品系特异性的引物和荧光探针,以实时荧光PCR技术建立了华番一号的品系鉴定检测方法,扩增片段长108bp,横跨在Nos启动子和番茄基因组之间.以转基因大豆(RR)、转基因玉米(Mon810)、转基因抗草甘膦油菜、转基因棉花(保龄棉)、非转基因番茄、马铃薯、茄子、大椒、大米、小麦、烟草等为试材,证明本方法同其它转基因作物及其它蔬菜无非特异性反应.本方法在检测华番一号番茄时,相对检测灵敏度可达到0.1%,绝对灵敏度达到20个拷贝.由于本方法的PCR扩增产物长度只有108bp,因此该方法也可以用于检测加工产品中的转基因成分,或作为常规PCR定性检测后的确证实验方法.     

番茄褪绿病毒RT-PCR检测技术的优化及河南分离物的鉴定

为获得高效、灵敏和稳定的番茄褪绿病毒(Tomato chlorosis virus,ToCV)RT-PCR检测体系,选取文献报道的和重新设计的共9套ToCV的RT-PCR引物,经过一系列测试和比较,筛选出了灵敏度、特异性均较高的引物组合,并对反应条件、参数进行了优化,确定了最优反应条件。应用优化的ToCV RT-PCR检测体系对从河南设施蔬菜生产区采集的疑似感病番茄样品进行检测,扩增产物测序后经BLAST比对发现,河南分离物的CP和HSP70基因序列与GenBank上注册的ToCV典型分离物序列的相似性均达94%以上,通过对ToCV病毒粒子的电镜观察而进一步确定ToCV已在河南侵染设施番茄。     

云南怒江番茄种植新区番茄病毒检测及病毒种传特性

病毒病对番茄生产造成严重危害, 近年来在番茄种植新区发生严重, 疑似为种子带毒传播。本研究通过对云南省怒江州番茄种植新区的番茄病毒病样品采用RNA-seq高通量测序, RT-PCR验证的方法检测病毒种类;对番茄病果种子进行超薄切片制样透射电子显微镜观察, 将病果种子播种后对种苗进行RT-PCR带毒检测。结果表明, RNA-seq高通量测序及RT-PCR检测到的病毒有番茄环纹斑点病毒(tomato zonate spot orthotospovirus, TZSV)、番茄黄斑驳相关病毒(tomato yellow mottle-associated virus, TYMaV)、辣椒脉斑驳病毒(chili veinal mottle virus, ChiVMV)、南方番茄病毒(southern tomato virus, STV)。透射电镜观察到种胚细胞及胚乳细胞中分布典型的正番茄斑萎病毒属Orthotospovirus病毒粒体。病果种子播种28 d后的种苗具有病毒病症状, 通过RT-PCR检出TZSV、ChiVMV、STV, 检出率分别为60%、100%、80%。上述研究结果为TZSV通过种子传播提供了有利的证据, 并为源头防控番茄病毒病提供了依据。     

棉花皱叶病毒分子检测方法

棉花皱叶病毒(Cotton leaf crumple virus,CLCrV)是典型的双生病毒,含A和B两个组分。根据B组分的保守序列设计的一对普通PCR引物,得到约为636 bp的片段,实验结果显示能特异性地扩增CLCrV B组分,棉花曲叶病毒(Cotton leaf curl virus,CLCuV)、非洲木薯花叶病毒(African cassava mosaec vi-rus,ACMV)、花椰菜花叶病毒(Cauliflower mosaic virus,CaMV)及番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl virus,TYLCV)不干扰普通RCR方法对CLCrV的检测。设计的实时荧光PCR引物和探针也能特异性地检测棉花皱叶病毒,而CLCuV、ACMV和TYLCV不影响实时荧光PCR对CLCrV的检测。