分子标记技术在水产育种与种质鉴定中的应用

分子标记技术有限制性酶切片段长度多态性、DNA指纹图谱、扩增片段长度多态性、随机扩增多态性、序列特异性扩增区、DNA和RNA测序以及SSLP技术。综述了分子标记各种技术的研究方法和研究成果，介绍了分子标记技术在物种(品种)鉴定与系统发育研究、辅助育种、监测遗传渐渗等方面的应用成果。     

随机扩增多态性DNA（Random amplified polymorphic DNA）标记技术的特点

近年来，分子标记技术已在海洋生物研究领域中应用取得了很大进展。随机扩增多态性DNA分子标记技术有哪些特点呢？中国科学院海洋研究所赫英俊等先生研究认为，具有三个显著特点：     

鱼类遗传研究中AFLP标记技术的应用

扩增片段长度多态性(Amp lified Fragm ent Length Polymorph ism,AFLP)是一种新的DNA指纹技术,具有多态性丰富、结果可靠、所需DNA量少等优点。AFLP标记技术在鱼类遗传研究上已得到广泛的应用,并取得了一定成果。     

SSR和ISSR分子标记技术及其在遗传多态性方面的应用

SSR(Simple SequenceRepeat)和：ISSR(Inter-Simple Sequence Repeat)分子标记技术是近几年发展起来的、以PCR为基础的DNA多态性检测技术。它们通常表现为共显性、呈孟德尔式遗传、具有较好的稳定性和多态性、遗传信息量大，目前已广泛应用于基因组研究的各个领域。本文主要论述了SSR和ISSR分子标记技术的原理及实验中的技术要点。并总结了其在物种亲缘关系和遗传多态性研究、DNA指纹库的建立、遗传图谱的构建和基因定位及分子标记辅助育种等方面的应用。     

西伯利亚鲟(Acipenser baeri)养殖群体遗传结构的AFLP分析

本研究构建了西伯利亚鲟(Acipenser baeri)扩增片段长度多态性(AFLP)分析体系,分析了DNA提取、双酶切反应、连接反应、预扩增反应、选择性扩增反应和银染等步骤.用7对引物对24尾西伯利亚鲟进行了AFLP分析,每对引物扩增的位点数在24～39之间,共扩增出了234个位点,多态性位点为116个,多态性比例为...     

基于AFLP分析的乌江四川裂腹鱼种群遗传结构及多样性研究

本研究采用扩增片段长度多态性(AFLP)分子标记技术,以筛选出的7对引物,对采自贵州乌江的30尾四川裂腹鱼(Schizothorax kolzovi)的遗传结构和多样性进行分析。结果显示,用7对引物获得的扩增片段数为5~73,扩增片段长度范围为69~500 bp,共检出扩增位点856个。其中,多态位点796个,占扩增总位点数的92.99%。该种群含30个基因型,其观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei多样性指数(H)、Shannon信息指数(I)平均值分别为1.933 6、1.338 8、0.212 2和0.338 7。个体之间遗传距离为0.169 1~0.531 9,平均为0.306 8。根据遗传距离,采用UPGMA法和NJ法得到了拓扑结构相似的30个个体的系统树,该系统树由2个分支组成。其中,个体1为一个分支,而其余29个个体聚为另一个分支。乌江四川裂腹鱼种群具有较丰富的遗传多样性。然而,受水电站建坝、河流污染和酷渔滥捕的影响,该种群分布区已缩小,种群数量减少,处于生态受威胁状态,需要开展对乌江四川裂腹鱼种群及种质资源的保护。     

赣江中游四大家鱼遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术对赣江中游四大家鱼的遗传多样性进行分析,青鱼(Mylopharyngodon piceus)、草鱼(Ctenopharyngodon idellus)、鲢(Hypophthalmichthys molitrix)、鳙(Aristichthys nobilis)分别扩增出47、74、55、59个位点,其中多态性位点数分别为33、50、29、30,多态性位点比例分别为70.21%、67.57%、52.73%、51.72%。青鱼的Nei’s基因多样性和Shannon信息指数分别为0.2606和0.3846,草鱼为0.2391和0.3560,鲢为0.1858和0.2769,鳙为0.1908和0.2827。结果显示,赣江四大家鱼群体均存在一定的遗传变异空间,其遗传多样性相对较丰富。     

扩增片断长度多态性（Amplified fragment length polymorphism，AFLP）在水产动物研究中应用前景

扩增片断长度多态性（Amplified fragment lengthpolymorphism，AFLP）标记技术是一种新的DNA指纹技术主要用于检测DNA多态性。AFLP技术是根据基因组DNA水平的差异进行检测，不受组织和器官、发育阶段、生理条件等诸多因素影响，因此在水产动物中应用AFLP技术具有广阔的前景，可作为水产动物种质鉴定、亲缘关系及种质分类研究的理想标记。     

AFLP技术及在动物遗传多样性研究中的应用

扩增片段长度多态性(AFLP)是一种新型分子标记。该技术原理简单,引物设计巧妙,既具有RFLP技术的可靠性又具有RAPD技术的高效性,被称为"最有力的分子标记"。近年来其在遗传多样性的研究中得到了广泛的应用。动物遗传多样性的研究对揭示生物群体的进化历史或对生物资源的有效利用与保护有着十分重要的现实意义。本文主要论述AFLP的技术原理、要求及特点,并介绍其在动物遗传多样性研究中的应用。     

SNP分子标记技术在经济甲壳动物中的应用进展

作为第三代分子标记,单核苷酸多态性标记(SNP)具有丰富度高、密度大、稳定性强、共显性等特点,成为目前虾、蟹等经济甲壳动物中应用最广泛的分子标记技术。本文对经济甲壳动物中SNP技术的发展及其在高密度遗传连锁图谱的构建、种质资源遗传多样性分析、分子辅助育种等方面的应用进展进行了综述,并提出了未来有待加强的研究方向,以期为经济甲壳动物种质资源的开发和利用提供理论指导。     

AFLP分子标记技术的发展及其在海洋生物中的应用

AFLP分子标记技术是一种建立在PCR技术和RFLP标记基础上的新的DNA指纹技术,具有多态性丰富、结果稳定可靠、重复性好、所需DNA量少,且可以在不需预先知道基因序列的情况下进行研究等特点,现已被广泛应用于遗传图谱构建、遗传多样性分析、系统进化及分类学、遗传育种和种质鉴定以及基因定位等方面。本文简要介绍AFLP分子标记技术的原理、特点、发展及其在海洋生物中的应用现状及前景展望。     

基于AFLP的海萝野生群体遗传多样性分析

应用AFLP分子标记技术对广东深圳、汕头和山东长岛的海萝(Gloiopeltis furcata)群体进行遗传多样性分析。应用筛选出的10对多态性丰富的AFLP引物,对这3个地理群体的90个个体进行扩增,共得到427个位点,多态性位点数为392(91.75%),各引物扩增位点数为30~59。长岛群体扩增位点最多,多态性也最高。群体内的等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、遗传多样性指数(H)和Shannon信息指数(I)变化趋势一致,均由高到低依次为长岛群体、汕头群体、深圳群体,表明长岛群体遗传多样性最高。3个海萝群体遗传变异主要来自群体间。群体间的基因流为0.368 9,群体分化系数(Gst)为0.575 4,表明群体间有高度分化。深圳群体和汕头群体的遗传距离最小(0.110 2),与长岛群体的遗传距离最大(0.357 7)。UPGMA聚类分析显示广东深圳和汕头群体聚为一支,山东长岛群体为另一支,表明群体间的遗传差异与地理距离有关。本研究结果为海萝资源的保护与利用提供了基础数据。     

AFLP技术的优化及在三倍体银鲫DNA指纹图谱中的应用

扩增片段长度多态性(Amplified Fragment Length Polymorphism,AFLP)技术具有多态性丰富,所需DNA量少,灵敏度高等优点,但流程繁琐,花费时间长。本文根据AFLP技术的特点,在酶切-连接和聚丙烯酰胺凝胶的制备,这两方面做了很大改进。采用优化的AFLP技术分析三倍体银鲫的DNA指纹图谱,不仅缩短了实验所需时间,而且获得了稳定清晰的扩增带型。     

合浦珠母贝3个养殖群体的RAPD分析

利用RAPD标记技术检测了广西省北海市、海南省三亚市、广东省深圳市等 3个地理种群养殖合浦珠母贝(Pinctadamartensii)基因组DNA的多态性 ,并对其遗传结构进行了初步分析。从 4 0个随机引物中筛选出 13个10bp引物 ,它们在 3种群中共扩增出了 14 0条DNA片段 ,3种群共有片段 16条 ,DNA片段数分别为 5 8、91和 71条 ,多态性位点比例分别为 4 1 4 % ,6 5 0 %和 5 8 4 %。遗传距离分析表明 ,广西种群与广东种群的亲缘关系较近 ,而与海南种群亲缘关系较远。 13个引物中 ,引物S11和S3 58扩增出的 3种群指纹图谱差异显著 ,可作为 3种群鉴定的分子标记。     

5种笛鲷mtDNA及Cyt b基因片段的RFLP比较

采用线粒体DNA限制性片段长度多态性分析(mtDNA-RFLP)和线粒体DNA的细胞色素b基因(Cyt b)的部分序列扩增限制性片段长度多态性分析(mtDNA PCR-RFLP)两种方法，对笛鲷属5种鱼类进行种间系统发育的比较研究，结果显示：(1)画眉笛鲷依照其形态学上体侧条带颜色差异，可分为褐带画眉笛鲷和黄带画眉笛鲷两个种；(2)千年笛鲷和星点笛鲷、褐带画眉笛鲷和黄带画眉笛鲷、金带笛鲷和金焰笛鲷之间遗传距离相对较近；(3)两种分析方法都可以为种的区分提供方便有效的分子标记；(4)两种分析方法在构建发育系统树上不完全一致。本文从mtDNA角度深入研究了南海海域笛鲷的系统发生，表明了mtDNA作为一种广泛应用的分子标记的实用性，同时也有一些潜在问题需要进一步研究。     

日本沼虾三个野生群体亲缘关系分析

为研究我国野生日本沼虾洞庭湖、鄱阳湖、龙感湖3个不同地理群体之间的亲缘关系,利用微卫星(SSR)分子标记技术对上述3个群体进行了亲缘关系分析。从47对引物中筛选出11对引物对日本沼虾上述3个不同地理群体的基因组进行PCR扩增,共扩增90个条带,其中69个(占76.6 ％)为多态性条带。参照pBR322DNA/MspI Marker估算所扩增的条带大小,根据条带的位置确定其基因型,并利用GENEPOP32软件进行遗传距离和相似指数数据分析。结果发现:日本沼虾3个不同地理群体间遗传距离最大为0.196 5,最小为0.186 1,平均遗传距离为0.188 8。采用NTsys2.20聚类分析软件的UPGMA聚类法进行聚类分析的结果表明:龙感湖群体与鄱阳湖群体的亲缘关系最近,而与洞庭湖群体的亲缘关系最远。     

三种黄鳝RAPD分析的引物筛选

试验用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对黄鳝属中产自缅甸的山黄鳝、印度尼西亚的穴黄鳝及中国的黄鳝的混合DNA进行引物筛选。40条引物有35条引物扩增出多态性片段。35条引物共获得334个扩增片段,长度为250～5417bp。     

凡纳滨对虾TRAP-PCR分子标记体系的建立

本研究首次将新型分子标记-靶位区域扩增多态性(target region amplified polymorphism,TRAP)引入到南美白对虾育种研究中,通过分析比较了模板DNA、PCRMIXbuffer、引物浓度以及循环参数等对TRAP-PCR扩增结果的影响,优化建立了南美白对虾TRAP-PCR反应体系。应用这个体系筛选得到了12个随机引物,这些引物与特异基因设计的特定引物组合后扩增能得到条带丰富的图谱。对扩增的带谱进行统计结果显示平均每个引物扩增条带数在40.43个,扩增得到的多态性条带平均在10.33个,占扩增条带的25.56%。TRAP分子标记在南美白对虾育种研究中有着广阔的应用前景。     

3个不同地理群体真鲷遗传变异的RAPD分析

随机扩增多态DNA(random amplified polymorphic DNA,RAPD)是建立在PCR技术基础上的检测DNA序列多态性和建立分子遗传标记的技术,Williams等[1]首次运用随机引物扩增寻找多态DNA片段作为分子遗传标记.Welsh等[2]也发现以寡核苷酸作为引物对基因组DNA进行扩增,产物的图谱表现出高度的变异性.因其具有操作简单、能够快速高效地提供许多个体或基因型许多位点的DNA序列多态性数据等优点,在生物的遗传多样性、群体遗传学、分类学及农牧业的遗传育种等研究中得到了广泛的应用.     

东南太平洋智利竹筴鱼3个群体遗传关系RAPD分析

利用RAPD分子标记技术对智利外海3个群体(IEZ1、OEZ1和OEZ2)的53条竹筴鱼进行群体遗传结构及遗传多样性的分析.研究结果表明:在可供试验引物中筛选到具有多态性的RAPD引物3个.每个引物扩增1～7个可辨认片段,3个随机引物在竹筴鱼3个群体中共检测到13条带片断,其中9个(69.2%)片断显多态性.OEZ1的多态性最高,达23.08%,IEZ1、OEZ2的多态性为15.38%.经济区内外的群体多样性差别不大.IEZ1的Shannon信息指数为0.0930,OEZ1为0.1396,OEZ2为0.0930.IEZ1 Nei's 基因多样性为0.0637,OEZ1为0.0956,OEZ2为0.0637.Nei's遗传距离表明IEZ1与OEZ1最大,IEZ1与OEZ2稍小,OEZ1和OEZ2最小.Shannon信息指数和Nei's 遗传距离表明,经济区外的2批群体与经济区内的群体遗传关系差距并不显著