3个不同地理群体黑鲷遗传变异的RAPD分析

利用RAPD技术对取自胶州湾(青岛)、台湾海峡(厦门)和北部湾(海南)3个天然群体的24尾黑鲷(Sparus macrocephalus)进行群体内与群体间的遗传变异分析.在事先优化的反应条件下,所使用的60个随机引物中,有28个引物扩增出清晰稳定的片段,共计200条,大小在200～2 500 bp,其中多态性片段135条(多态性片段的比例为67.50%).青岛、厦门和海南黑鲷群体内的遗传距离分别是0.106 8、0.093 9和0.120 6,相似系数为0.893 2、0.906 1和0.879 4;群体间的遗传距离分别是0.155 0、0.131 8和0.122 8,其中青岛和海南黑鲷群体间的遗传距离最大,青岛与厦门其次,厦门与海南最小.群体内与群体间都具有较高的遗传变异.用MEGA2.1软件的UPGMA程序和NJ程序进行聚类分析,厦门与海南群体首先聚在一起,其次是青岛群体,两者的结果相一致.     

利用AFLP指纹技术研究中国沿海真鲷群体的遗传变异和趋异

用AFLP指纹技术在中国沿海真鲷群体进行遗传学变异和趋异分析，使用了6对引物：E－ACC／M－CAT、E－AGG／M－CTG、E－AGG／M－CTT、E－AAC／M－CTA、E－ACA／M－CTG、E－AAC／M－CAA，在威海、厦门和北部海湾海区三个野生群体区42个体中检出646个扩增位点（片段大小50－400bp)，其中70％位点在群体内或群体间呈现多态。三个群体的多态位点比例变化在58．4％－64．0％，遗传相似系数变化在0．8425－08200，以威海群体的遗传变异量最大，北部湾群体的最小。三群体空遗传距离和UPGMA谱系图显示，厦门海区与北部湾的真鲷差异较小，可以认为是同一个亚种群的不同群体，黄海真鲷与前二个群体差异比较大，属于另一个不同的亚种群。     

巨野生群体遗传多样性的 RAPD 分析

巨（Bagarius yarrelli）为云南特有的经济鱼类,利用随机扩增多态性 DNA（RAPD）技术对元江下游的河口巨野生群体进行了遗传多样性分析,在50条随机引物中筛选出19条多态性较好的引物,通过 PCR 扩增,19条引物在巨群体中共检测到67个位点,其中多态性位点66个,平均多态性位点比率为98．51％,个体间平均遗传相似系数为0．8909,个体间平均遗传距离为0．1176;群体 Nei′s 基因多样性指数为0．2916, Shannon 信息指数为0．4269,结果表明巨野生群体具有较高的遗传多样性。     

西北太平洋大弹涂鱼群体遗传结构的 AFLP 分析

应用AFLP标记分析了西北太平洋沿岸大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris)的遗传多样性和群体结构.利用6对选择性引物对采自日本、韩国、越南及中国广西、广东、福建、台湾和浙江8个群体的126尾大弹涂鱼进行扩增.在15～500 bp之间得到186条条带,其中多态性片段160条,多态性比例为86.02％,每对引物组合扩增片段为25～36条,每对引物组合多态位点检出率为52.0％～96.42％.各群体的多态性位点比例在27.96％～57.53％之间,其中韩国群体的多态性位点比例最高,广东群体的多态性位点比例最低.各群体间Nei's遗传距离为0.038～0.151,遗传距离较大.各群体间遗传分化指数Fst值为0.175～0.459,均检测到显著的遗传分化(P=o.ooo).基于遗传距离矩阵构建的NJ系统树显示,大弹涂鱼的8个群体被分为了两支,其中日本、韩国及台湾群体聚为岛屿支系,浙江、福建、广东、广西和越南群体聚为大陆支系.AMOVA分析显示,大部分的变异组分来自于各群体内个体间,且组群间、群体间及群体内均存在明显的遗传分化.群体间遗传分化系数Gst为0.385 7,群体间的基因流Nm为0.796 4,群体间基因交流弱于其他多数鱼类.     

中国明对虾第一代和第六代人工选育群体的遗传结构分析

采用RAPD技术对中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)第一代和第六代人工选育群体的遗传结构及其分化进行了分析。在20个10bp随机引物中筛选出16个引物,共扩增出89条DNA片段,其中多态性片段分别为34和30条,多态位点比例分别为38．2％5和33．71％。对2群体的遗传学参数计算结果表明：2群体间遗传分化指数为0．1408,属中等程度分化;群体间的遗传变异平均为0．197,由此可见,80％的遗传变异来自于群体内,而近20％的变异则是来自于群体间;第六代群体的多态位点比例和遗传多态度均低于第一代群体,这可能与人工定向选育过程中注重经济性状有关。     

罗氏沼虾浙江养殖群体与缅甸自然群体遗传差异的RAPD分析

利用随机扩增多态DNA(RAPD)技术，对浙江省罗氏沼虾养殖群体和新引进的缅甸自然群体的遗传差异进行了比较分析，以期从分子水平了解罗氏沼虾的种群遗传多样性背景及与引种的关系。采用经筛选的22个10bp的随机引物对罗氏沼虾两群体各20尾进行群体RAPD分析。22个引物共检测到139个位点。养殖群体的多态位点比例为30．22％，群体平均杂合度为0．2646，Shannon多样性指数为0．0780，群体内各个体之间的遗传共享度为0．9353，遗传距离为0．0647；自然群体的多态位点比例为33．81％，群体的平均杂合度和Shannon多样性指数分别为0．2888和0．0940，群体内各个体之间的遗传共享度为0．9201，遗传距离为0．0799；两群体之间的遗传距离为0．1845。自然群体的遗传多样性水平比养殖群体要高。利用随机引物S9和S52，在罗氏沼虾两群体间扩增出2条稳定、明显的群体间特异性标记带。     

三个不同养殖群体金鱼遗传多样性的RAPD分析

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)方法对金鱼3个不同地区养殖群体-天津塘沽(TJ)、江苏苏州(JS)及福建福州(FZ)群体各20ind的DNA多态性进行了分析。在事先优化的反应条件下,所使用的100个随机引物中,有14个引物扩增出清晰稳定的片段,共计103条,大小在200~2500bp,其中多态性片段27条。金鱼总的DNA多态位点百分率为26.21%。数据分析结果显示,3个金鱼群体内遗传多样性偏低,遗传相似度为0.9519~0.9785。金鱼3个群体总的Nei基因多样性指数为0.1061,Shannon信息指数为0.1547。金鱼3个群体间平均遗传距离为0.0375,基因分化系数Gst为0.243,表明3个养殖群体间产生了一定程度的遗传分化。UPGMA法和NJ法的聚类分析显示,两者结果一致。TJ群体和JS群体优先聚类,再与FZ群体聚类。     

巨魾野生群体遗传多样性的RAPD分析

巨魾(Bagarius yarrelli)为云南特有的经济鱼类,利用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对元江下游的河口巨野生群体进行了遗传多样性分析,在50条随机引物中筛选出19条多态性较好的引物,通过PCR扩增,19条引物在巨群体中共检测到67个位点,其中多态性位点66个,平均多态性位点比率为98.51%,个体间平均遗传相似系数为0.890 9,个体间平均遗传距离为0.117 6;群体Nei's基因多样性指数为0.291 6,Shannon信息指数为0.426 9,结果表明巨野生群体具有较高的遗传多样性。     

AFLP分析3个不同体色花尾胡椒鲷养殖群体的遗传变异

通过AFLP技术对中国东南沿海的3个不同体色花尾胡椒鲷（Plectorhinchus cinctus）养殖群体进行了遗传分析。6对引物组合从3个群体中扩增出370个位点，其中多态位点比例为49．5％，每对引物组合扩增的片段为51～71条，平均6113条，每对引物组合多态位点检出率为39．4%-56．5％。正常群体、白色和灰色变异群体的多态位点比例分别为41．4％、36．3％、34．3％，平均杂合度分别为0．1145、0．0887和0．0837。遗传多样性衡量指标表明，正常花尾胡椒鲷养殖群体的遗传变异量相对最大，遗传多样性相对较高，白色变异群体次之，而灰色变异群体最低，白色变异群体和灰色变异群体两者间遗传多样性差异并不显著（P〉0．05），显示变异群体的遗传多样性降低。正常群体与白色群体之间的遗传距离（0．0354）最大，遗传相似系数最小（0．9652）。同时，遗传分化系数只（0．1362）和AMOVA方差分量百分比（10．68％）也表明群体间存在着一定程度的遗传结构分化，说明对体色这一特定表型性状的人为定向选育对花尾胡椒鲷养殖群体的遗传变异产生一定的影响。     

黑龙江和乌苏里江唇的微卫星引物筛选及群体遗传结构

利用鲤（Cyprinus carpio L．）（20对引物）和Hemibarbus mylodon（21对引物）共41对微卫星引物对黑龙江（逊克，XK）和乌苏里江（虎头，HT；海青，HQ）的3个野生唇[鱼骨]（Hemibarbus labeo）群体进行引物适合性研究，并将获得的多态性微卫星位点用于唇[鱼骨]群体遗传结构分析。引物筛选结果表明，5对鲤引物可对唇[鱼骨]扩增出条带，但产物均无多态性；11对H.mylodon引物能在唇鱼骨中成功扩增，10对引物（10个位点）的扩增产物具有多态性，其中7个位点为高度多态（PIC〉0．5）。对3个唇[鱼骨]群体进行遗传多样性分析，结果显示10个位点的平均杂合度为0．4834，共检测到96个等位基因（40个有效等位基因），以HT群体的遗传变异水平最高。卡方检验结果表明，8个位点在3个群体中不同程度地偏离遗传平衡（P〈0．05），且偏离平衡的位点均表现为杂合体缺失（Fis〉0）。3个群体两两间具有较多的基因交流（Nm〉11），以XK和HQ间最高（17．27），二者的遗传距离也最近（0．0497），群体间的遗传分化微弱（Fst=0．0236）。以上结果表明，H．mylodon的微卫星引物适合于唇[鱼骨]的群体遗传变异研究。黑龙江和乌苏里江的野生唇[鱼骨]资源受人为及环境因素的影响较大；3个群体间的遗传分化不明显，乌苏里江的HT群体更适合在人工繁殖计划中利用。[中国水产科学，2008，15（2）：230-236]     

三种体色黄鳝的RAPD分析

采用20个随机引物对洞庭湖区三种不同体色的黄鳝群体(分别以A、B、C区分)进行随机扩增多态性DNA分析。结果12个引物的扩增效果良好,统计学分析表明,黄鳝A与黄鳝B的遗传距离较小(0 054107)且与A、B两个群体内的遗传距离(分别为0 045000、0 038217)相近,说明黄鳝A、B两个群体的遗传差异不明显;而黄鳝C与黄鳝A的遗传距离(0 123654)以及黄鳝C与黄鳝B的遗传距离(0 134074)均明显大于黄鳝A与黄鳝B的遗传距离,且由引物S326和S462扩增出的5条特异性谱带可以作为区分黄鳝C与黄鳝A、B两个群体的遗传标记,说明黄鳝C与黄鳝A、B两个群体之间遗传差异性十分明显。     

东南太平洋智利竹筴鱼3个群体遗传关系RAPD分析

利用RAPD分子标记技术对智利外海3个群体(IEZ1、OEZ1和OEZ2)的53条竹筴鱼进行群体遗传结构及遗传多样性的分析.研究结果表明:在可供试验引物中筛选到具有多态性的RAPD引物3个.每个引物扩增1～7个可辨认片段,3个随机引物在竹筴鱼3个群体中共检测到13条带片断,其中9个(69.2%)片断显多态性.OEZ1的多态性最高,达23.08%,IEZ1、OEZ2的多态性为15.38%.经济区内外的群体多样性差别不大.IEZ1的Shannon信息指数为0.0930,OEZ1为0.1396,OEZ2为0.0930.IEZ1 Nei's 基因多样性为0.0637,OEZ1为0.0956,OEZ2为0.0637.Nei's遗传距离表明IEZ1与OEZ1最大,IEZ1与OEZ2稍小,OEZ1和OEZ2最小.Shannon信息指数和Nei's 遗传距离表明,经济区外的2批群体与经济区内的群体遗传关系差距并不显著     

马氏珠母贝大亚湾和三亚野生种群内自繁及种群间杂交一代的RAPD分析

运用RAPD技术分析了广东大亚湾野生种群内繁殖一代DDl群体和海南三亚野生种群内繁殖一代SSl、两野生种群间杂交一代DS1群体各18个个体的遗传多样性。筛选的28个含10碱基的随机引物中，其中11个随机引物可产生稳定和可重复的多态扩增结果，共检测出86个位点，其中DDl群体有74个基因位点，其中56个表现多态，多态比例为75．68％；SSl群体79个基因位点，其中57个表现多态，多态比例是72．15％；DSl群体有72个基因位点，其中64个表现多态，多态比例为88．89％。用修正的Shannon表型多态性指数量化3个群体的遗传多态性，DDl、SSl和DS13个群体的遗传多态性分别为0．2280，0．2ll5和0．2456。不同地理种群间杂交能够增加子代的遗传多态性。     

青海湖裸鲤繁殖群体遗传多样性的RAPD分析

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)方法对青海湖裸鲤的3个洄游繁殖群体-黑马河(HM)、布哈河(BH)及沙柳河(SL)群体各30个个体的DNA多态性进行了分析。用13个引物在三个群体中共检测出85个位点,其中多态性位点68个。青海湖裸鲤群体总的DNA多态位点百分率为80．0％。数据分析结果显示：青海湖裸鲤3个群体总的Nei基因多样性为0．3395,Shannon遗传多样性信息指数为0．4861,存在着较为丰富的遗传多样性。青海湖裸鲤3个群体间平均遗传距离为0．0788,基因分化系数Gst为0．1070,表明3个繁殖群体间产生了一定程度的遗传分化,通过UPGMA方法进行聚类分析显示,HM群体和BH群体优先聚类,表示它们之间的基因交流程度要高于它们分别与SL群体之间的交流。     

不同倍性团头鲂群体的线粒体DNA 分析

测定了来自5个不同倍性团头鲂（Megalobrama amblycephala）群体（4n-F1、正交3n、反交3n、异源3n、二倍体2n）57个个体的线粒体DNA控制区、细胞色素b基因、16S rRNA基因和COⅡ基因序列，通过对这4段基因序列的联合分析，研究了5个不同倍性团头鲂群体的遗传变异。这4个基因片段的长度分别为：控制区937bp，细胞色素b基因1140bp，16S rRNA基因片段564bp，COⅡ基因片段642bp。将4个基因片段合并为1条总长度为3283bp的片段：在这条3283bp片段中，T、C、A、G4种核苷酸的平均含量分别为27．18％、25．45％、30．71％、16．66％。57个个体中确定了55种单倍型，未发现群体间有共享的单倍型，五群体的单倍型多样度在0．9848-1．0000之间，显示不同倍性团头鲂群体内单倍型类型丰富。5个群体内各序列平均核苷酸差异数（目在8．000-24．273之间，核苷酸多样性指数（π）在0．2483％～0．7866％之间：群体间遗传距离范围为0．0039～0．0106，显示不同倍性团头鲂群体遗传多态性丰富。核苷酸多样性指数（π）、平均核苷酸差异数（K）和核苷酸序列间平均遗传距离在5个群体间的变化趋势一致，由大到小依次为反交3n、异源3n、正交3n、同源4n-F1、二倍体2n。而且，反交3n、异源3n、正交3n和同源4n-F1群体的核苷酸多样性指数（π）、平均核苷酸差异数（K）以及核苷酸序列间平均遗传距离均显著大于2n群体（P〈0．05）。结果表明，反交3n、异源3n、正交3n和同源4n-F1群体的遗传多样性水平显著高于2n群体。[中国水产科学，2008，15（2）：222-229]     

草鱼野生群体和人工繁殖群体遗传结构的比较研究

采用新型分子标记SRAP(Sequence-related amplified polymorphism)对草鱼(Ctenopharyngodon idella)1个野生群体(来自邗江草鱼国家级原种场)和2个人工繁殖群体(分别来自淡水中心良种场和无锡前洲水产良种场)进行遗传多样性分析,从不同引物组合中筛选出8组条带清晰、多态性丰富的引物组合,每个引物组检测到的位点数为12～21个,在3个草鱼群体中共检测到120个位点,其中多态性位点有92个,多态位点比例为76.67%,显示了较高的多态性。野生群体与2个人工繁殖群体多态位点比例分别为67.62%、59.81%、53.33%,平均杂合度分别为0.214 3、0.211 0、0.172 2;邗江野生群体与2个人工繁殖群体间的遗传距离分别为0.098 0、0.115 9,两个人工繁殖群体间遗传距离为0.095 9。结果表明,草鱼人工繁殖群体遗传多样性有所下降。比较各扩增位点显性基因型频率在不同区间的分布发现,人工繁殖群体低频位点明显减少而隐性纯合基因位点显著增加。     

大口黑鲈3个养殖群体的遗传多样性分析

该研究通过毛细管电泳法筛选微卫星引物,从GenBank的51对微卫星引物中共筛选出12对具有特异性和多态性的引物,并合成荧光标记引物,对广东大口黑鲈(Micropterus salmoides)主养区3个养殖群体进行STR分型,以分析其遗传多样性。结果显示所检测的12个微卫星位点中,3个位点呈现高多态性,4个具有中度多态性,其余5个位点为低多态性。3个群体的遗传多样性水平偏低,期望杂合度(He)分别为0.312 5、0.360 6和0.328 4。群体间遗传分化指数及AMOVA分析显示,群体间遗传分化属于低水平,遗传变异有85.83%是由群体内不同个体间的差异造成的。群体间遗传距离分析显示,3个养殖群体间的遗传距离和遗传相似度比较接近。遗传结构分析表明3个养殖群体来自于同一个亚群。研究结果提示现阶段中国大口黑鲈养殖群体的遗传多样性已显著下降,因此在选育种过程应高度重视提高与维持种群遗传多样性的问题。     

合浦珠母贝3个养殖群体的RAPD分析

利用RAPD标记技术检测了广西省北海市、海南省三亚市、广东省深圳市等 3个地理种群养殖合浦珠母贝(Pinctadamartensii)基因组DNA的多态性 ,并对其遗传结构进行了初步分析。从 4 0个随机引物中筛选出 13个10bp引物 ,它们在 3种群中共扩增出了 14 0条DNA片段 ,3种群共有片段 16条 ,DNA片段数分别为 5 8、91和 71条 ,多态性位点比例分别为 4 1 4 % ,6 5 0 %和 5 8 4 %。遗传距离分析表明 ,广西种群与广东种群的亲缘关系较近 ,而与海南种群亲缘关系较远。 13个引物中 ,引物S11和S3 58扩增出的 3种群指纹图谱差异显著 ,可作为 3种群鉴定的分子标记。     

我国引进条斑星鲽群体遗传多样性的AFLP分析

应用AFLP技术对我国条斑星鲽引进群体(烟台、大连和莱州)共63尾个体的遗传多样性及遗传变异进行分析,计算了3个群体间的遗传相似性指数和遗传距离,并构建了UPGMA系统发生树.10个引物组合在3个群体中共扩增到827个位点,大小位于50～700bp.每个引物组合扩增到的多态性条带在8到37条之间不等,平均为17.9个.3个群体的多态性位点比例分别为29.14%、15.60%和20.31%;Shannon多样性指数分别为0.1799、0.0949和0.1231;Nei基因多样性指数分别为0.1225、0.0658和0.0848.3个条斑星鲽引进群体的遗传多样性水平,烟台引进群体最高,莱州引进群体次之,大连引进群体最低,但总体水平均较低.烟台引进群体与大连引进群体间的遗传距离最大为0.0230,莱州引进群体与大连引进群体间的遗传距离最小为0.0129.3个引进群体间的遗传分化系数(Gst)为0.219,表明3个引进群体之间发生了一定程度的分化.     

用RAPD技术探讨5种鲷科鱼类的亲缘关系

用RAPD技术对鲷科鱼类的黑鲷、真鲷、二长棘鲷、平鲷和黄鳍鲷进行亲缘关系的研究。在事先优化的反应条件下，在使用的60个随机引物中，有29个引物扩增出清晰稳定的片段，共计200条，大小在200～2500 bp之间。5种鲷均有其特异性扩增片段，可作为种类鉴别的依据。根据MEGA2.1软件的UPGMA和NJ程序构建的分子系统树显示：同属鲷属的黄鳍鲷和黑 鲷的亲缘关系最近，其次是二长棘鲷和真鲷，平鲷与二长棘鲷和真鲷的亲缘关系较近，与黄鳍鲷和黑鲷较远,黑鲷和二长棘鲷的亲缘关系最远。两种聚类的结果相一致。研究结果与借助形态学和生化特征进行的传统系统分析具有一致性。在40个个体之间遗传距离矩阵中，最大值达到0.8916。多数的遗传距离指数在0.50～0.85之间。通过分析，认为RAPD技术对分析属级间的亲缘关系具有一定的适用性。