泥蚶生长性状相关AFLP分子标记的筛选

以浙江乐清泥蚶养殖群体为育种基础群,经过2代连续选育获得了泥蚶快速生长品系,生长对比试验发现其在壳长、壳高、壳宽、总体质量等性状上都表现出了显著的生长优势。为了研究快速生长品系的遗传结构并筛查生长性状相关的分子标记,利用AFLP标记技术对泥蚶快速生长品系和对照组群体的基因组DNA进行了PCR扩增和电泳检测。采用40对多态性丰富的引物组合在64个个体中共扩增出2180条带谱,扩增位点总多态性比例达85.6%。从Nei’s基因多样性和Shannon’s信息指数反映的遗传多样性来看,选育品系的遗传多样性略高于对照组群体。群体遗传分化系数GST(0.0224)和基因流Nm(22.2811)数据显示,两群体间遗传变异很小,存在明显的基因流动。通过比对AFLP指纹图谱的位点差异,在2180条扩增带中共筛选出了7个显著性差异位点,其中2个位点只在选育品系中出现,2个位点在选育品系中出现的频率极显著高于对照组(P<0.01),另有3个位点在对照组中出现频率显著高于选育品系(P<0.05)。据此初步确定这些位点为与生长性状相关的候选标记。     

长牡蛎壳橙性状遗传参数评估及与生长性状的关联性

长牡蛎壳橙快速生长品系是结合群体选育与种内群体间杂交方法，以壳色性状和生长性状为选育指标，经过连续3代选育获得的新品系。本研究以第1代长牡蛎壳橙快速生长品系(G₁)为亲本，采用巢式设计建立了48个混养家系，共获得863个个体。利用微卫星标记对混养家系进行了系谱分析，并基于REML法评估了长牡蛎壳橙快速生长品系壳色性状的遗传参数及与生长性状的相关性。结果显示，863个个体中，有851个个体被准确鉴定其所属家系；长牡蛎壳橙快速生长品系壳色性状颜色参数指标a^*(红绿轴色品指数)、b^*(黄蓝轴色品指数)和ΔE (色差)等均具中高等遗传力，大小依次为0.47±0.23、0.42±0.21和0.56±0.29。4个颜色参数指标间的遗传相关和表型相关范围分别为-0.79~0.86和-0.45~0.48。壳色性状与各生长性状的遗传相关和表型相关较低，分别为-0.33~0.17和-0.04~0.11。研究表明，在长牡蛎壳橙快速生长品系育种过程中，对壳色性状进行选育可以得到预期的改良效果。此外，壳橙性状与生长性状应分别作为目标性状进行协同选择，以实现同时改良两个性状的目的。本研究可为长牡蛎壳橙快速生长品系选育提供基础资料。     

福建福宁湾尖刀蛏体尺与体重性状及其相关性

通过测量福建省福宁湾1～2龄尖刀蛏(Cultellum scalprum)的重量性状(活体重量、软体部湿重和干重、贝壳湿重和干重)、体尺性状(壳长、壳高、壳宽)和肥满度等指标,并作相关与回归分析、通径分析,以阐述尖刀蛏表型性状间的相关性、表型性状生长特点、体尺性状与体重性状的相互关系等。结果表明,1～2龄尖刀蛏体重性状的变异系数(CV)在28.09%～43.10%之间,体尺性状变异系数CV≤15%,重量性状变异系数大于体尺性状。尖刀蛏体尺与体重性状间的相关系数均达到了极显著水平(P0.01),其性状间的回归关系均可用幂函数方程表示;该区域1～2龄尖刀蛏活体重量相对壳长、壳高和壳宽均呈现正异速生长(b1.0,P0.01),壳宽与壳长呈等速生长(b=1.0,P0.01),壳高与壳长、壳宽与壳高分别呈负异速生长(b1.0,P0.01);尖刀蛏体重性状与体尺性状(壳长X_1、壳高X_2和壳宽X_3)间的多元回归方程为:活体重量(BW)=-2.535 1+0.046 0X_1+0.060 4X_2+0.295 8X_3。通径分析结果显示,尖刀蛏的体尺指标壳宽的数值变化对其活体重量、软体部湿重和软体部干重等体重指标的变化直接影响最大,壳长对活体重量、壳高对软体部湿重和软体部干重等的直接影响次之;壳高通过影响壳宽进而对活体重量、软体部湿重和软体部干重等体重指标的间接影响最大。     

钝缀锦蛤形态性状对活体质量的影响

为研究钝缀锦蛤形态性状和活体质量之间的关系,随机选取的150粒野生钝缀锦蛤作为试验材料,分别测量其形态性状(壳长x1、壳宽x2、壳高x3)和活体质量(y),采用相关分析和通径分析方法计算形态性状对活体质量的通径系数和决定系数。相关分析结果表明,钝缀锦蛤的形态性状和活体质量之间的相关系数均达到极显著水平(P0.01),其中壳宽与活体质量相关系数最大(0.970)。通径分析结果表明,壳宽对活体质量的直接作用最大(0.677),其次为壳高(0.184),最小为壳长(0.151)。决定系数分析结果与通径分析结果相一致,壳宽是影响活体质量的主要因素。多元回归分析建立了估计活体质量的回归方程:y=-160.195+0.726x1+4.307x2+0.894x3,r2=0.960。该研究结果为钝缀锦蛤的人工选育和种质资源保护提供参考。     

三疣梭子蟹微卫星标记与生长相关性状的相关性分析

选用35个多态性微卫星标记,对三疣梭子蟹人工选育快速生长自交家系F2代(以2008年莱州湾群体雄蟹为父本和海洲湾群体雌蟹为母本交配产生F1代,随机选取F1代后代进行交配产生F2代自交家系)的110个个体进行遗传多样性研究。结果表明:35个位点共检测出87个等位基因,各位点等位基因数为2~4个不等,平均有效等位基因数为2.2个,观测杂合度平均值为0.646 5,期望杂合度平均值0.513 0,多态信息含量平均值0.449 1。经卡方检验,多数位点显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)偏离Hardy-Weinberg平衡。采用SAS 9.1中的一般线性模型(general linear model,GLM)对微卫星标记与生长相关性状(全甲宽、甲宽、甲长、体高、体质量、第Ⅱ侧齿间距、第Ⅰ步足长节长、大螯长节长)进行连锁分析。结果表明,Pot08位点与体质量、全甲宽、甲长、体高、第Ⅱ侧齿间距显著相关(P<0.05),Pot42位点与体质量、甲长、大螯长节长、第Ⅰ步足长节长显著相关(P<0.05),Pot53位点与全甲宽、甲宽、大螯长节长显著相关(P<0.05),与第Ⅱ侧齿间距极显著相关(P<0.01),Pot57位点与第Ⅰ步足长节长显著相关(P<0.05),PTR8a位点与第Ⅰ步足长节长、体高、甲长显著相关(P<0.05),与体质量、第Ⅱ侧齿间距、全甲宽、甲宽极显著相关(P<0.01),PTR30位点与体质量和甲长显著相关(P<0.05),PTR131位点与体质量、全甲宽、甲宽显著相关(P<0.05)。其中,位点PTR8a可作为以体质量为选育目标的首选标记。     

三疣梭子蟹生长相关 SNP 位点的鉴定

为了发掘三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)与生长相关的SNP,本研究基于三疣梭子蟹比较转录组学数据,筛选出生长相关候选基因片段19条,利用该基因序列设计引物进行PCR扩增,得到总长为17 387 bp的DNA片段;通过直接测序法发现74个SNP位点,分布频率为0.43/100 bp,其中转换突变的比例为80%,颠换突变的比例为20%,转换的比例远远大于颠换,符合"transition bias"原理。C/T(G/A)突变所占比例为60%,G/T(C/A)突变占20%,A/T突变占9.33%,G/C突变占10.67%,C/T(G/A)突变所占比例最大。内含子上突变发生的频率为1.34/100 bp,外显子上仅为0.17/100 bp,说明外显子上的碱基更加保守。通过飞行质谱法,在三疣梭子蟹生长性状分离群体中成功分型了10个SNP位点;通过卡方检验和多元方差分析的方法进行性状关联分析,发现3个SNP位点与生长性状显著相关(P0.05),并且comp58070-R31位点与生长性状极显著相关(P0.01);一般线性模型的多元方差分析显示,comp58070-R31位点与体重、全甲宽、甲宽3个性状极显著相关(P0.01),与体长、体高2个性状为显著相关(P0.05);comp46623-F49位点与甲宽显著相关(P=0.05);comp49193-R333位点与甲宽显著相关(P0.05)。通过对SNP位点的多态性分析发现,三疣梭子蟹SNP标记观测杂合度(Ho)范围为0.162 8~0.833 3,期望杂合度(He)范围为0.189 6~0.591 2,并且显示SNP标记的信息量低于微卫星标记。该研究的结果将有助于推进三疣梭子蟹分子标记辅助育种进程。     

栉江珧(Atrina pectinata)EST-SSR标记的开发与应用

本研究以前期获得的栉江珧(Atrina pectinata)转录组数据为基础,筛选获得10550条微卫星标记(SSR),检出率为8.2％,平均9.01 kb出现1个SSR位点.设计并合成120对SSR引物,筛选得到36对能够稳定扩增的引物,并利用已获得的36对SSR引物对青岛海区栉江珧进行了群体遗传多样性分析.结果显示,12对引物的扩增片段表现出多态性,共产生42个等位基因,平均每个位点产生3.5个等位基因,平均观测杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)和平均多态信息含量(PIC)分别为0.417、0.604和0.526,表明青岛海区栉江珧群体的遗传多样性较高.本研究获得的EST-SSR标记和群体遗传信息为栉江珧的种质资源保护提供了重要的参考资料.     

虾夷扇贝家系早中期生长性状比较与遗传参数估计

为获得虾夷扇贝快速生长家系及早中期生长性状遗传参数,以2011年培育的虾夷扇贝F28个半同胞和16个全同胞家系为实验材料,在其7~13月龄期间,测量其各生长性状,进行各生长性状变异分析、各生长性状多重比较分析,估计虾夷扇贝早中期各性状的遗传力和重复力,并对壳高、壳长、壳宽与活体质量各性状进行表型相关性和遗传相关性分析。结果表明,虾夷扇贝早中期生长性状中活体质量的变异系数最大,为37.40%~69.81%;壳高的变异系数最小,为12.74%~22.77%,表明虾夷扇贝各生长性状均有较大的选育空间。研究获得壳高、壳长、壳宽和活体质量快速生长家系Py11-02、Py11-03和Py11-15号家系。虾夷扇贝壳高、壳长、壳宽和活体质量的遗传力分别为0.220~0.586、0.151~0.511、0.200~0.742、0.219~0.617,为中高等遗传力;重复力分别为0.11~0.29、0.08~0.25、0.10~0.36、0.11~0.30,为中低等重复力;壳高、壳长、壳宽与活体质量间的表型相关分别为0.926~0.935、0.929~0.943、0.692~0.937,均达到极显著水平(P0.01);遗传相关分别为0.908~0.984、0.921~0.975、0.946~0.981,均表现出高度遗传相关。研究为虾夷扇贝良种培育提供一定的理论依据。     

栉江珧(Atrina pectinata)EST-SSR标记的开发与应用

本研究以前期获得的栉江珧(Atrina pectinata)转录组数据为基础,筛选获得10550条微卫星标记(SSR),检出率为8.2%,平均9.01 kb出现1个SSR位点。设计并合成120对SSR引物,筛选得到36对能够稳定扩增的引物,并利用已获得的36对SSR引物对青岛海区栉江珧进行了群体遗传多样性分析。结果显示,12对引物的扩增片段表现出多态性,共产生42个等位基因,平均每个位点产生3.5个等位基因,平均观测杂合度(H_o)、平均期望杂合度(H_e)和平均多态信息含量(PIC)分别为0.417、0.604和0.526,表明青岛海区栉江珧群体的遗传多样性较高。本研究获得的EST-SSR标记和群体遗传信息为栉江珧的种质资源保护提供了重要的参考资料。     

蛤蜊岗不同贝龄四角蛤蜊数量性状的通径分析

为研究蛤蜊岗不同贝龄四角蛤蜊(Mactra veneriformis)形态性状与质量性状之间的相关性，采用相关分析、通径分析和多元回归分析等方法，对1~3龄四角蛤蜊的壳长(SL)、壳宽(SW)、壳高(SH)、活体湿重(BW)和软组织湿重(RW)等参数进行分析，建立形态性状与质量性状之间的回归方程。结果显示，不同生长阶段四角蛤蜊形态性状对质量性状的贡献存在极显著差异(P<0.01)。与1~3龄四角蛤蜊活体湿重最相关的形态性状均为壳宽。对软组织湿重影响最大的形态性状，在1龄贝为壳宽，在2龄和3龄贝为壳长。壳高对2龄四角蛤蜊活体湿重和软组织湿重的直接通径系数均未达到显著水平(P>0.05)。以活体湿重为目标性状时，1~3龄贝均应以壳宽为主要选择性状，并以壳长作为辅助选择性状；以软组织湿重为目标性状时，1龄贝应以壳宽为主要选择性状，同时辅以壳长；2龄和3龄贝均应以壳长为主要选择性状，并分别以壳宽和壳高作为2龄贝和3龄贝的辅助选择性状。研究结果可为蛤蜊岗四角蛤蜊良种选育提供基础数据。     

不同月龄缢蛏新品种数量性状的相关与通径分析

为了检测缢蛏新品种"申浙1号"不同月龄数量性状间的相关性。随机选取4、9、11月龄缢蛏个体60个以上,测量其壳长(SL)、壳高(SH)、壳宽(SW)、活体质量(W),采用相关与通径分析方法分析壳形态性状对活体质量的作用效果。结果显示,各数量性状之间的相关关系均达到极显著水平,其中与4、11月龄质量相关系数最大的是壳长,分别为0.911、0.631,与9月龄活体质量相关系数最大的是壳高,为0.653。通径分析结果显示,对4、9、11月龄活体质量的直接影响最大的分别是壳长(0.562)、壳宽(0.433)、壳高(0.394),决定系数与以上通径分析结果的变化趋势一致。利用逐步回归的方法分别建立4、9、11月龄缢蛏活体质量(W)的最优回归方程:W4=–0.756+0.039SL+0.112SW,R2=0.849;W9=–10.622+0.095SL+0.404SH+0.644SW,R2=0.631;W11=–23.772+0.207SL+0.805SH+0.587SW,R2=0.909。研究结果为缢蛏人工选育过程中的亲贝选择和产量预测等提供了基础数据。     

不同贝龄栉孔扇贝数量性状的相关性和通径分析

为深入了解栉孔扇贝形态性状与湿重之间的关系,为栉孔扇贝选育工作中亲贝的挑选提供策略,本研究使用来自同一家系的栉孔扇贝子代324只一龄个体以及生长到二龄的230只个体的性状数据进行通径分析。性状数据包括壳长(x_1/cm),壳高(x_2/cm),壳宽(x_3/cm),湿重(y/g)。结果显示,所有形态性状和湿重之间的相关系数均达到极显著水平。其中与一龄贝湿重相关系数最大的是壳长,为0.939,与二龄贝湿重相关系数最大的是壳高,为0.808。通径分析结果显示,壳长对一龄贝湿重的直接影响最大(0.532),壳高对一龄贝湿重的直接影响最小(0.163)。壳高对二龄贝湿重的直接影响最大(0.451),壳长对二龄贝湿重的直接影响最小(0.191),决定系数与以上通径分析结果的变化趋势一致。利用多元回归的方法构建了一龄贝和二龄贝形态性状与湿重间的回归方程,一龄贝:y=–10.527+0.287x_1+0.087x_2+0.409x_3,R~2=0.926;二龄贝:y=–68.609+0.254x_1+0.719x_2+2.008x_3,R~2=0.830。本研究结果为栉孔扇贝种贝的挑选提供了理论依据。     

四角蛤蜊形态性状对重量性状的影响效果分析

以随机选取的123只野生四角蛤蜊为材料,对其形态性状(壳长X₁、壳高X₂、壳宽X₃)和重量性状(活体质量Y、软体质量Z)进行了测量,然后运用相关分析、通径分析和回归分析等分析方法研究形态性状对重量性状的影响。结果表明,5个数量性状间的相关系数均达到极显著水平(P<0.01)。形态性状对活体质量和软体质量的直接影响依次为壳宽>壳长>壳高。壳宽是影响活体质量和软体质量的主要因素,其决定系数分别为0.302 5和0.224 7。多元回归分析建立了估计活体质量、软体质量的最优回归方程:Y=-19.537+0.244X₁+0.266X₂+0.732X₃、Z=-2.456+0.035X₁+0.035X₂+0.089X₃。     

泥蚶34个EST-SSR标记的开发及在格粗饰蚶中的通用性检测

利用泥蚶转录组高通量测序、拼接获得的大量EST序列开发SSR标记,在1123条EST序列里筛查到73条含有SSR位点的EST序列,其中54个位点适合设计引物,在位点两侧设计引物并进行PCR扩增.结果显示,46对引物获得稳定扩增的位点,引物在泥蚶奉化群体的多态性检测中发现,有34对引物表现出多态性,共扩增出122个等位基因,各位点的等位基因数Na为2～7个,平均每个位点产生3.59个等位基因,观测杂合度Ho、期望杂合度He、多态信息含量PIC范围分别为0.000 ～ 0.600、0.078 ～0.771、0.106～0.718;Hardy-Weinberg平衡检测显示,13个位点偏离了平衡状态;用Nr和Swiss-Prot蛋白质数据库对含有多态性SSR的EST进行了基因注释,25个SSR位点来自注释基因序列.将34对泥蚶多态性SSR引物在格粗饰蚶中进行了通用性检测,结果有1 1对成功扩增,8对表现为多态,通用率为23.53％,这些通用引物可用于两种蚶的遗传多样性评价、系统进化分析、比较作图和基因发掘等研究.     

合浦珠母贝不同壳色选育系F6数量性状的相关性和通径分析

为深入了解不同壳色合浦珠母贝(Pinctada fucata)形态性状与体重间的关系,为亲贝的选择提供策略,本研究使用合浦珠母贝传统壳色、金壳色、白壳色、红壳色和黑壳色5种壳色选育系F6各1000只个体的性状数据进行通径分析和聚类分析。测量的性状包括壳长(SL,mm)、壳高(SH,mm)、壳宽(SW,mm)、绞合线长(HL,mm)和体重(BW,g)。结果显示,5种壳色合浦珠母贝所有形态性状与体重间的相关系数均达到极显著(P0.01)。通径分析表明,壳长对传统壳色和白壳色贝体重的直接影响最大,壳高对金壳色和红壳色贝体重的直接影响最大,壳宽对黑壳色贝体重的直接影响最大。利用多元回归方法构建不同壳色合浦珠母贝形态性状与体重(BW,g)间的回归方程,其中传统壳色:BW=-24.999+0.467SL+0.387SH-0.259SW+0.244HL;金壳色:BW=-38.661+0.305SL+0.477SH+0.242SW+0.375HL;白壳色:BW=-4.130+0.332SL+0.300SH-0.307SW+0.088HL;红壳色:BW=-27.307+0.327SL+0.321SH+0.252SW+0.305HL;黑壳色:BW=-40.921+0.278SL+0.335SH+1.076SW+0.269HL。聚类分析显示,传统壳色与金壳色形态特征相近,而白壳色、红壳色和黑壳色形态特征相近。     

缢蛏EGFR基因内含子1内SNP位点多态性与生长性状相关性

为研究缢蛏表皮生长因子受体基因(epidermal growth factor receptor,EGFR)单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)与生长性状(壳长、壳宽、壳高和体质量)的相关性。本实验利用直接测序法从缢蛏EGFR基因的第一个内含子序列中共筛选到17个SNP位点。卡方检验结果显示,在17个位点中,有13个位点符合Hardy-Weinberg平衡,位点多态性检测显示17个位点中有10个位点表现为中等多态性(0.25PIC0.5)。利用一般线性模型(general linear model,GLM)及多重比较对缢蛏EGFR基因中17个SNPs的多态性与生长性状(壳长、壳宽、壳高和体质量)进行相关性分析,结果显示,16个SNP位点均与缢蛏的壳长、壳宽、壳高及体质量呈显著性相关。由此可见,EGFR基因可作为缢蛏生长性状改良的候选辅助分子标记,并且为进一步研究其生长相关功能奠定基础。     

西施舌形态性状与体质量性状的相关性分析

为研究西施舌(Coelomactra antiquata)野生群体壳体性状对体质量性状的影响,文章以广西北海铁山港海区采集的178只西施舌为研究对象,测量壳高(SH)、壳长(SL)、壳宽(SW)、前缘长(AL)、后缘长(GL)、壳质量(SM)、软体部质量(VM)、活体质量(BM),以壳体性状(SH、SL、SW、AL、GL、SM)为自变量,体质量性状(BM、VM)为因变量进行相关性分析、通径分析、多元回归分析。结果表明西施舌8个数量性状中,软体部质量变异系数最高,性状间的相关性均达到极显著水平(P<0.01),活体质量和软体部质量分别与壳高和壳质量的相关系数最大(0.831和0.646);壳宽和壳质量分别对活体质量和软体部质量的直接影响最大,通径系数分别为0.362和0.487,决定程度分析与通径分析结果变化趋势一致;建立了关于体质量性状的回归方程(R2<0.85)。     

Identification of quantitative trait loci for growth-related traits in the Pacific abalone Haliotis discus hannai Ino

The locations and effects of quantitative trait loci (QTL) were estimated for nine characters for growth‐related traits in the Pacific abalone (Haliotis discus hannai Ino) using a randomly amplified polymorphic DNA (RAPD), amplification fragment length polymorphism (AFLP) and SSR genetic linkage map. Twenty‐eight putatively significant QTLs (LOD>2.4) were detected for nine traits (shell length, shell width, total weight, shell weight, weight of soft part, muscle weight, gonad and digestive gland weight, mantle weight and gill weight). The percentage of phenotypic variation explained by a single QTL ranged from 8.0% to 35.9%. The significant correlations (P<0.001) were found among all the growth‐related traits, and Pearson's correlation coefficients were more than 0.81. For the female map, the QTL for growth were concentrated on groups 1 and 4 linkage maps. On the male map, the QTL that influenced growth‐related traits gathered on the groups 1 and 9 linkage maps. Genetic linkage map construction and QTL analysis for growth‐related traits are the basis for the marker‐assisted selection and will eventually improve production and quality of the Pacific abalone.     

刺参微卫星标记与生长性状体重、体长的相关分析

运用单标记分析法分析了10个微卫星位点与控制体重、体长数量性状的QTL的连锁关系。10对微卫星引物在8月龄具有生长性状差异的60个刺参个体基因组DNA中扩增得到50个等位基因,每个微卫星位点等位基因数3~7个,平均有效等位基因个数5.0。10个微卫星位点的多态信息含量为0.268 0~0.825 6不等,观测杂合度为0.083 3~0.666 7。采用SPSS软件对刺参的体重、体长生长性状和微卫星位点相关性进行分析,结果显示,微卫星位点AjSSR02基因型AB、AD、CD与体重和体长相关,AjSSR04标记中等位基因A对生长性状有正面影响,位点AjSSR06基因型FF个体仅平均体重与其他基因型个体显著差异,AjSSR09标记的A和B等位基因分别对生长性状具有正面和负面不同影响。