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1.
利用一对特异性引物DABF和DABR,分别从21尾感病和16尾抗病“全红”体色瓯江彩鲤的cDNA中,扩增出长度为624 bp的MHC-DAB基因片段。共测序185个有效克隆,获得76个不同的核苷酸序列。MHC-DAB基因片段包括第1~4外显子,分别编码信号肽、β1和β2结构域及跨膜区。长度为276 bp的β1结构域有144个核苷酸变异位点(52.17%)和70个氨基酸变异位点(76.07%),而长度为282 bp的β2结构域只有98个核苷酸变异位点(34.75%)和50个氨基酸变异位点(53.19%),显示β1结构域的变异要明显大于β2结构域。在β1结构域的24个抗原结合位点(PBR)上,有23个发生了变异。β1结构域的PBR、非抗原结合位点(non-PBR)及β2结构域的ω值(ω=dN/dS)分别为1.367、0.886和0.754,表明“全红”体色瓯江彩鲤MHC-DAB基因(特别是β1结构域)在进化过程中受到正向选择作用。在所得的20个不同的等位基因中,基因DAB3*15在抗病群体中出现的频率(13.75%)显著高于感病群体中出现的频率(3.81%)(P<0.05);基因DAB3*09和DAB3*10的出现频率都为3.75%(P<0.05),仅存在于抗病群体中;而基因DAB3*02和DAB3*14的出现频率分别为7.62%(P<0.05)和8.57%(P<0.01),仅存在于感病群体中。  相似文献   

2.
以cDNA为模板进行PCR扩增和克隆分析,从7尾玻璃红鲤(Cyprinus carpio var.wananensis)的70个有效克隆中,获得长度为624 bp的MHC IIα/β不同编码序列25/31个,分属于7/10个不同等位基因,揭示玻璃红鲤MHC II类基因的多态性仍较丰富。其中Cyca-DXA17*01和Cyca-DAB1*1201、Cyca-DAB1*1301、Cyca-DAB3*1901、Cyca-DAB3*2001、Cyca-DAB3*2101、Cyca-DAB3*2201为新发现的7个基因。分析表明,α1/β1结构域的核苷酸/氨基酸变异位点数明显高于α2/β2结构域;α1、β1结构域抗原结合位点(PBR)的ω值(ω=dN/dS,5.209和1.703)都大于1,揭示玻璃红鲤MHC II类基因在进化过程中受到正向选择作用。半定量分析显示,玻璃红鲤MHC II类基因在肾和脾中有较强表达,中等程度表达于胃、肝和肠,而鳃、心和眼的表达较弱。  相似文献   

3.
克隆及测序草鱼(Ctenopharyngodon idella)长江3个群体的主要组织相容性复合体(MHC)Class II B基因编码β1和β2区的第2和第3个外显子及两个外显子之间的内含子,分析了草鱼MHC的进化模式和种群遗传结构。结果显示:实验共定义了34个等位基因,每条序列包括长为130~136 bp的第2个外显子,长为218 bp的第3个外显子以及长81~371 bp的内含子。序列分析揭示,第2个外显子有106个核苷酸变异位点(78%)和40个氨基酸变异位点(88%),而第3个外显子有100个核苷酸变异位点(45%)和41个氨基酸变异位点(56%),β1变异要大于β2区。用β1和β2区序列分别构建的邻接(NJ)系统树均显示5个具有高支持率的谱系,结合序列变异特点和内含子长度,推测草鱼至少存在5个MHC Class II座位。分别计算β1的肽结合位点(PBR)、非肽结合位点及β2的非同义替换率(dN)和同义替换率(dS),PBR的dN/dS为2.03(P<0.05),非肽结合位点和β2则小于1,表明草鱼MHC受到歧化选择作用。根据等位基因在群体中的分布频率作分子方差分析(AMOVA),得出FST为0.37%,提示长江草鱼MHC没有遗传分化。  相似文献   

4.
为了解瓯江彩鲤基因敲除体在自交繁育过程中的体色遗传和变异情况,对野生型和敲除了Scarb1基因的敲除型自繁F1全红、粉玉体色瓯江彩鲤个体的鳞片色素细胞进行了观察比较,并测定了其体内的类胡萝卜素含量。结果显示:野生型全红瓯江彩鲤的鳞片含有黄色素细胞、红色素细胞和虹彩细胞,而敲除型全红瓯江彩鲤的鳞片上只有黄色素细胞和虹彩细胞,没有红色素细胞;野生型和敲除型粉玉瓯江彩鲤的鳞片色素细胞均为虹彩细胞,没有黄色素和红色素细胞;野生型全红瓯江彩鲤的肠道、血浆、肌肉和皮肤中的类胡萝卜素含量均显著高于敲除型全红个体(P<0.05);野生型粉玉瓯江彩鲤的肠道、肌肉和鳍条中的类胡萝卜素含量也显著高于敲除型粉玉个体(P<0.05)。研究结果表明,敲除Scarb1基因影响了瓯江彩鲤体表红色素细胞的生成,该基因在瓯江彩鲤红、白体色调控中发挥作用。  相似文献   

5.
瓯江彩鲤(Cyprinius carpio var. color)是一种既可食用又可观赏的优良养殖对象。为了解不同体色瓯江彩鲤间生长差异的代谢生理基础,本研究分析了4种体色类型("全红"、"大花"、"粉玉"和"粉花")瓯江彩鲤间的生长、摄食率、消化酶活性和呼吸代谢率差异及其相关性。结果显示, 4种体色瓯江彩鲤的绝对增重率和特定增重率、日摄食量和日摄食率、胰蛋白酶活性大小差异顺序均为"大花""粉花""全红""粉玉";其中带有大块黑色斑纹的"大花"和"粉花"体色个体的上述性状显著高于无黑色斑纹的"全红"和"粉玉"体色(P0.05),具有红色体色的"大花"和"全红"体色的白天摄食率显著高于夜间,而具有白色体色的"粉花"和"粉玉"体色的昼夜摄食率无显著差异(P0.05);相关性分析发现,特定增重率和摄食率、特定增重率与胰蛋白酶活性、摄食率与胰蛋白酶、脂肪酶活性的相关性均达到显著或极显著(P0.05或P0.01),特定增重率与脂肪酶活性的相关性接近显著性(P=0.056),表明"大花"和"粉花"体色瓯江彩鲤拥有更快生长速度来源的代谢基础是它们具有更强的摄食率和更高的消化酶活性。4种体色瓯江彩鲤的呼吸耗氧率均存在显著差异(P0.05),大小顺序依次为"大花""全红""粉花""粉玉",表现出红色体色的呼吸耗氧率高于白色体色。以上结果反映了4种体色瓯江彩鲤的生长差异是与其相关代谢生理基础相关联的,为瓯江彩鲤的进一步种质改良与育种提供了理论依据。  相似文献   

6.
红鲤4群体间主要组织相容性复合体的差异   总被引:9,自引:2,他引:9  
蔡完其 《水产学报》2003,27(2):113-118
应用鱼类主要组织相容性复合体(MIC)基因来探讨鱼类种群间遗传结构,寻找分子遗传标记。根据已报道的鲤鱼MICI类基因序列,设计了一对特异性引物,从兴国红鲤、荷包红鲤、玻璃红鲤及瓯江彩鲤基因组DNA中扩增了编码MICI类分子α2链的基因片段,并进行克隆、测序。结果表明,(1)编码MHC I类分子α2链的基因多态性较为丰富,234bp长度中有106个变异位点,多态位点百分率达45.3%;荷包红鲤的基因序列与其它3群体红鲤有显著差异;(2)由编码MICI类分子α2链的基因和氨基酸序列构建的系统进化树一致,兴国红鲤与团江彩鲤关系较近,属于同一进化支,玻璃红鲤和荷包红鲤分别属于另外两个不同的进化支,荷包红鲤是较为特化的群体;(3)多态性丰富的编码MICI类分子α2链的基因,适宜作为鲤鱼不同群体的分子遗传标记。  相似文献   

7.
牙鲆MHC classⅡB基因多态性及其与鱼体抗病力关系的分析   总被引:12,自引:1,他引:12  
张玉喜 《水产学报》2006,30(5):633-639
用fmhcN1 和 fmhcC1 引物分别从 42尾感病个体和42尾抗病个体的基因组DNA中扩增MHC基因片段,扩增产物长度为268/280 bp。 在268/280 bp的核苷酸序列中,有32个(11.4%)核苷酸位点是多态的。在其编码的61个氨基酸位点中,有13个位点是多态的,其中有6个位点发生在多肽结合位点上。对核苷酸替代的类型及位点进行分析,发现非多肽结合位点的非同义碱基替代率与同义碱基替代率的比值(dN/dS) (0.523)远远小于多肽结合位点的非同义碱基替代率与同义碱基替代率的比值(dN/dS) (23.091),表明氨基酸替换集中出现在exon2多肽结合位点上。分析84个个体的411个阳性克隆的测序结果,发现有13 个不同的MHC class ⅡB等位基因,并且分别编码 13个不同的氨基酸序列。其中大部分等位基因如a, b, c, d, e,f, j, k, i, m是两个群体共有的,等位基因d 在感病群体中出现的频率(23.80%)显著高于在抗病群体中出现的频率(7.14%)。而等位基因gh只出现在13个抗病个体中, 其频率分别为21.4% 和 9.52%;等位基因l只出现在感病群体中,其频率为 19.05%。  相似文献   

8.
多巴色素异构酶(dopachrome tautomerase,Dct)是酪氨酸酶家族的重要成员之一,在黑色素合成过程中具有重要作用。为了解多巴色素异构酶基因()的“粉花”体色类型为研究对象,在对该基因进行克隆和表达分析的基础上,应用CRISPR/Cas9基因编辑技术研究了该基因对瓯江彩鲤黑斑体色的影响。结果发现,瓯江彩鲤存在2个Dct1与在“粉花”体色瓯江彩鲤的黑斑皮肤中的表达量显著高于白色皮肤,而Dct1和基因突变对瓯江彩鲤黑斑体色存在重要影响,与在鲤的黑斑体色形成中发挥着更大的作用。  相似文献   

9.
为探究金钱鱼(Scatophagus argus)MHC Ⅱβ基因的结构和特性,采用同源克隆和RACE等技术,在获得cDNA全序列的基础上,分析其内含子序列、基因多态性和组织表达情况。结果表明,金钱鱼MHC IⅡβ基因cDNA序列全长1172 bp,其中5′UTR长34 bp,3′UTR长388 bp,开放阅读框(ORF)长750 bp,编码249个氨基酸,包含信号肽、β1结构域、β2结构域、连接肽(CP)、跨膜区(TM)和胞质区(CYT);MHC Ⅱβ基因由6个外显子和5个内含子组成,其中内含子3将β2结构域分开。从43尾金钱鱼的209个有效克隆中,获得209条不同的核苷酸序列,可归为48个等位基因主型,分别命名为Scar-DXB*0101~Scar-DXB*4801,揭示金钱鱼MHC Ⅱβ基因的多态性很丰富。RT-PCR检测发现,金钱鱼MHC Ⅱβ基因在所检测的11种组织中均有表达,其中在脾、鳃、肠和皮肤中表达量较高,在肾、胃、心脏表达量中等,而在眼、脑、肝、肌肉中表达量较低。对健康金钱鱼人工感染嗜水气单胞菌后,发现其MHC Ⅱβ基因在肝、脾、鳃、肾等组织中的表达量均发生了不同程度的变化,证明该基因在金钱鱼免疫反应中有重要作用。在NJ法构建的系统树中,金钱鱼与舌齿鲈、大西洋鲑等硬骨鱼类的亲缘关系相对较近,而与铰口鲨、原鸡、小鼠、人等的亲缘关系则依次渐远。  相似文献   

10.
为了解4种体色类型瓯江彩鲤(Cyprinus carpio var. color)(“大花”–BR、“粉花”–BW、“全红”–WR、“粉玉”–WW)的形态性状与体质量的相关程度,本研究对12月龄的4种体色瓯江彩鲤的相关形态性状(体长X1、体宽X2、体高X3、头长X4和尾柄高X5)与体质量(Y)进行了相关分析、回归分析及通径分析。结果显示,“全红”体色在所测性状的变异系数均为最高,具有相对较大的选育潜力;4种体色瓯江彩鲤中各形态性状与体质量的相关性均达到极显著水平(P<0.01),其中,以体高与体质量的相关程度最高。应用逐步引入–剔除法分别构建了4种体色瓯江彩鲤形态性状对体质量的回归方程:即BR为Y1=–517.069+12.628X1+67.916X2+94.885X5;BW为Y2=–525.711+38.085X2+ 68.869X3+72.206X5;WR为Y3=–502.952+90.980X2+18.172X4+113.965X5;WW为Y4=–537.119+22.932X1 +55.113X2+48.203X5。通过通径分析发现,BR和WR群体的X2对Y的直接作用最大(0.387,0.504),BW群体的X3对Y的通径系数最大(0.546),WW群体的X1对Y的通径系数最大(0.508)。研究表明,4种体色瓯江彩鲤的形态特征差异较为明显,各形态性状对体质量的影响程度存在较大差异。研究结果将为瓯江彩鲤的进一步选育提供有益参考。  相似文献   

11.
圆斑星鲽MHC IIB基因结构、多态性及组织表达分析   总被引:1,自引:1,他引:0  
通过表达序列标签法和cDNA末端快速扩增(RACE)技术,分离和克隆了圆斑星鲽(Verasper variegatus)主要组织相容性复合体(MHC)IIB的全长cDNA序列,该cDNA全长为1144bp,5'UTR(untranslated region)为7bp,3'UTR为450bp,开放阅读框(ORF)长度为687bp,可编码228个氨基酸,包含信号肽、抗原结合域(β1)、IGC区(β2)、跨膜区和胞质区5个结构域。同源分析表明,圆斑星鲽MHCIIB氨基酸序列与其他硬骨鱼具有49%~79%的同源性,与鼠、人、红原鸡和护士鲨的相似性较低,分别为34%、33%、31%和30%。圆斑星鲽MHC ⅡB基因含有5个内含子,与其他硬骨鱼不同,其β2结构域编码区内存在1个109bp的内含子。根据获得的MHC ⅡB基因组序列设计特异性引物,在10尾野生圆斑星鲽中扩增了包括完整内含子1和外显子2的长度约388bp的DNA片段,PCR产物直接测序后发现在270bp的抗原结合域中共有23个位点发生变异,密码子第1位和第2位的变异明显高于第3位。利用荧光定量PCR分析组织表达发现,MHCIIB基因在健康圆斑星鲽9种组织中均有...  相似文献   

12.
野生抗病牙鲆MHCⅡB内含子1和外显子2序列多态性   总被引:4,自引:1,他引:3       下载免费PDF全文
通过对牙鲆(Paralichthys olivaceus)MHC Ⅱ B基因内含子1和外显子2直接测序的方法,从83个抗病牙鲆个体中共得到了85个等位基因,其中76个为新发现的等位基因.在扩增得到的263 bp的外显子2中,共发现了60个多态性位点,其中33个是新发现的.不同的等位基因均以较低的频率出现,基因频率范围从0.006到0.069,基因型频率范围从0.012到0.169.通过序列分析,共发现了6种内含子1,其中4种是新发现的.内含子1中均包含了一个12 bp的重复单元,其3'端含有一个富含CT/GT的区域.牙鲆MHCⅡB基因的高多态型和低频率揭示了牙鲆群体MHC基因资源的丰富性,为选择育种提供了可能.  相似文献   

13.
主要组织相容性复合体(MHC,Major histoeompatibility complex)是最具多态性的免疫分子。其多态性主要取决于群体内MHC基因的大量等位基因及等位基因间高度的序列变异。等位基因的序列变异主要发生在抗原肽结合区(peptide binding region,PBR),这决定了不同基因型个体的免疫力差异。鱼类受多倍化影响,MHC基因的多态性还表现在同一基因存在多个基因座位(多拷贝)。MHC的高度多态性及与机体免疫力的相关性,使其在鱼类遗传进化、抗病育种等方面倍受关注。本文介绍了有关鱼类MHC基因的结构、功能及其在遗传育种中的应用。  相似文献   

14.
利用线粒体D-loop区和COI基因序列分析了全州禾花鲤(Quanzhou Procypris merus)、融水禾花鲤(Rongshui P.merus)和野生鲤鱼群体的遗传多样性和系统进化关系。基于D-loop区序列分析结果表明:序列长度为927~930 bp,共统计变异位点53个;A、T、G、C核苷酸平均含量分别为33.4%、32.9%、14%和19.7%,A+T(66.3%)明显高于G+C(33.7%);总体的单倍型数(h)、单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为40个、0.95和0.008 3;遗传分化指数(Fst)为0.224 59。基于COI基因序列分析结果显示:序列长度为897~899 bp,共统计变异位点33个;A、T、G、C核苷酸平均含量分别为26.7%、28.5%、17.8%和27%,且A+T(55.2%)高于G+C(44.8%);总体的h为25个,Hd为0.91,π为0.003 16;Fst值为0.191 43。在3个群体内和群体间遗传距离分别在0.003~0.009和0.003~0.01,远小于种群分类水平0.05。分子方差分析(AMOVA)结果表明,77.54%(D-loop)和80.86%(COI)变异来自群体间变异,22.46%(D-loop)和19.14%(COI)来自群体内变异。单倍型进化树和网络图显示,全州禾花鲤和野鲤群体均存在单独聚为一支的单倍型,而融水群体未出现单独成支现象。研究表明,线粒体D-loop区作为反映3个群体间遗传多样性的灵敏度要高于COI基因,并且3个群体均属于高单倍型多样性和高核苷酸多样性。综上,3个群体间出现了较为明显的分化现象。  相似文献   

15.
郑宗林  张进  徐靖琳  刘伟  于文博  方媛林  张景森  段聪  周朝伟 《水产学报》2023,47(12):129412-129412
为探究稀有鲫MHCⅡβ基因的分子特征及其表达特点,采用PCR扩增技术获得了稀有鲫MHCⅡβ cDNA序列810 bp,包括开放阅读框(ORF)759 bp,编码252个氨基酸。生物信息分析表明,MHCⅡβ氨基酸序列存在4个保守的半胱氨酸残基和GXXGXXXGXXXXXXG结构,与其他亲缘鱼类的一致性为51.78%~80.56%,其编码的蛋白质分子包括1个信号肽、1个MHCⅡβ (β-1)结构域、1个IGc1 (β-2)结构域和1个跨膜螺旋区域。实时荧光定量PCR (qRT-PCR)结果显示,MHCⅡβ在脾脏表达量最高,头肾、鳃、皮肤表达量较高。人工感染鲁氏耶尔森菌后,6 h时在头肾表达呈显著上调,肝脏中在12 h开始出现极显著上调,皮肤中在24 h和48 h表达极显著,鳃中在6~24 h表达极显著,脾脏中则是在6 h出现极显著下调,于96 h接近对照组表达水平。初步研究表明,MHCⅡβ在鱼类抵御细菌感染的免疫反应中发挥着重要作用,为进一步揭示稀有鲫MHC家族的功能提供了参考依据。  相似文献   

16.
不同体色瓯江彩鲤起捕率的初步研究   总被引:4,自引:0,他引:4  
本实验研究了不同体色瓯江彩鲤的起捕率,发现起捕率从高至低依次为全(80.73%),大花(70.84%),麻花(64.58%),粉玉(52.61%),粉花(40.11%)。其中全红显著高于粉玉和粉花,大花显著高于粉花。  相似文献   

17.
为探究不同养殖条件下瓯江彩鲤肌肉营养组成的差异,分别对吉林省稻田养殖(PF组)和池塘养殖(PC组)瓯江彩鲤肌肉的常规营养成分、氨基酸、脂肪酸以及部分矿物元素含量进行测定,分析了两种养殖条件下瓯江彩鲤营养组成的差异。就常规营养组成而言,PF组瓯江彩鲤肌肉中水分含量显著高于PC组(P<0.05)。PF组瓯江彩鲤肌肉中甘氨酸(Gly)、酪氨酸(Tyr)及胱氨酸(Cys)等氨基酸的含量均显著高于PC组(P<0.05),且PF组鲜味氨基酸总量明显高于PC组;就脂肪酸组成而言,PF组瓯江彩鲤肌肉中二十碳五烯酸(EPA)和二十二碳六烯酸甲酯(DHA)含量均显著高于PC组(P<0.05);除镁(Mg)和钠(Na)外,PF组瓯江彩鲤肌肉中其余矿物元素含量均显著高于PC组(P<0.05)。综合肌肉氨基酸组成、脂肪酸组成及矿物质含量等结果,稻田养殖瓯江彩鲤的营养品质优于池塘养殖个体。  相似文献   

18.
2种东风螺线粒体基因序列多态性研究   总被引:2,自引:1,他引:1       下载免费PDF全文
对来自粤东和粤西的方斑东风螺(Babylonia areolata(Link))和台湾东风螺(Babylonia formosae(Sowerby))的线粒体16S rRNA和COⅠ基因片段的序列进行分析,并对其遗传变异进行了比较研究。得到的序列总长度分别为506 bp(16S rRNA)和640 bp(COⅠ)。2种东风螺序列的碱基组成均显示较高的A T比例(16S rRNA基因63.5%,COⅠ基因62.4%)。对位排序比较表明,16S rRNA基因片段变异较小,台湾东风螺和方斑东风螺各存在1个碱基变异位点;方斑东风螺COⅠ片段有12个碱基存在变异,包括3个简约信息位点和9个单一多态位点;台湾东风螺COⅠ片段有17个碱基存在变异,包括4个简约信息位点和13个单一多态位点。数据分析结果表明:2种东风螺线粒体的COⅠ基因比16SrRNA基因具有更高的多态性,COⅠ基因序列更适用于东风螺种群的遗传多样性分析。方斑东风螺的平均核苷酸差异和核苷酸多样度分别为2.68和0.004 2,台湾东风螺则分别为5.62和0.007 8,说明台湾东风螺的遗传多样性高于方斑东风螺。无论是方斑东风螺和台湾东风螺,粤东群体的平均核苷酸差异和核苷酸多样度都大于粤西群体,说明粤东群体的遗传多样性高于粤西群体。  相似文献   

19.
通过对牙鲆(Paralichthys olivaceus)MHC II B基因内含子1和外显子2直接测序的方法,从83个抗病牙鲆个体中共得到了85个等位基因,其中76个为新发现的等位基因。在扩增得到的263bp的外显子2中,共发现了60个多态性位点,其中33个是新发现的。不同的等位基因均以较低的频率出现,基因频率范围从0.006到0.069,基因型频率范围从0.012到0.169。通过序列分析,共发现了6种内含子1,其中4种是新发现的。内含子1中均包含了一个12bp的重复单元,其3'端含有一个富含CT/GT的区域。牙鲆MHC II B基因的高多态型和低频率揭示了牙鲆群体MHC基因资源的丰富性,为选择育种提供了可能。  相似文献   

20.
通过主要组织相容性复合体(MHC)基因的分析,探讨了中华鳖5个群体(黄河、淮河、洞庭湖、鄱阳湖、太湖)间的遗传变异与分化。中华鳖编码MHCⅠ类分子α2结构域基因的多态性很丰富。主要表现在:(1)中华鳖编码MHCⅠ类分子α2结构域的基因序列存在插入或缺失变异,共获得7种不同长度的基因序列,其中222bp、231bp分别在42、23个体出现,为两种主要长度的基因序列;(2)共获得41种不同的核苷酸序列,这些核苷酸序列的相似度在0.386—0.995之间,表明序列间的歧异度较大;(3)在所有核苷酸序列中,共有250个有效位点,其中174个为变异位点,多态位点百分率达69.6%,但群体间存在差异:①多态位点百分率大小顺序为鄱阳湖鳖(71.02%)〉太湖鳖(58.05%)〉淮河鳖(57.69%)〉黄河鳖(55.32%)〉洞庭湖鳖(48.09%);②核苷酸多样性指数(π)大小顺序为鄱阳湖鳖(0.4273)〉太湖鳖(0.2872)〉洞庭湖鳖(0.2840)〉黄河鳖(0.2727)〉淮河鳖(0.2463);(4)分子方差分析(AMOVA)表明,太湖鳖与黄河鳖、淮河鳖2群体间,淮河鳖与洞庭湖鳖间有极显著的遗传分化(P〈0.001);(5)根据核苷酸序列的平均遗传距离,用UPGMA和NJ法进行聚类分析,黄河鳖与淮河鳖、洞庭湖鳖与太湖鳖分别先聚在一起,最后再与鄱阳湖鳖聚类,显示鄱阳湖鳖与其它4群体中华鳖在MHC基因上有明显歧化。  相似文献   

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