黄颡鱼群体遗传变异分析

为了解中国黄颡鱼群体遗传变异规律,基于线粒体DNA控制区片段对本研究采集到的5个群体和文献收集的4个群体共258尾黄颡鱼进行群体遗传多样性、遗传结构、基因交流和群体历史动态分析。结果显示,在长度为413 bp的控制区片段上,9个群体的单倍型多样度在0.336±0.095~0.700±0.078之间,核苷酸多样度为0.087%±0.096%~0.258%±0.208%。基于所有单倍型构建的系统发育树结果显示不存在明显的谱系结构。单倍型网络图显示存在两个主单倍型。遗传结构分析显示不同水系间存在显著的遗传结构差异,其中洪泽湖和射阳河群体遗传结构位置不确定。群体历史动态分析表明,黄颡鱼群体存在群体扩张事件,扩张时间发生在末次间冰期时期。研究表明,9个群体遗传多样性呈现中—低等水平;射阳河和洪泽湖群体与长江和黄河水系在历史上尤其在黄河夺淮期间存在广泛的基因交流,导致其遗传结构位置不确定。黄颡鱼有效种群数量变化与第四纪冰期—间冰期气候波动有一定关系,中更新世气候转型后的末次间冰期升温可能导致了黄颡鱼群体扩张。     

河南境内四水系宽鳍鱲野生群体的遗传多样性

为准确掌握河南野生宽鳍鱲(Zacco platypus)群体遗传结构,本研究利用线粒体CO I基因检测了海河、黄河、淮河和长江水系宽鳍鱲群体的遗传多样性和种群分化情况。110个样品共检测出40个单倍型,平均单倍型多样性为0.92077,平均核苷酸多样性为0.02439。AMOVA分析显示,大多数遗传变异存在于宽鳍鱲群体间(60.59%),群体内的遗传变异为37.67%。系统发育树结果表明,长江水系宽鳍鱲群体遗传分化较大,一部分群体单独聚为一支,另外一部分群体与海河、黄河、淮河水系宽鳍鱲聚在一起,没有显示出明显的南北分化格局。种群历史动态结果推测宽鳍鱲群体经历过瓶颈效应,且该过程可能与第四纪中更新世气候波动有关。建议对河南境内的宽鳍鱲种群,特别是遗传多样性低的种群(海河水系)进行保护。     

基于mtDNACytb基因序列的我国不同水系野生鲇种群遗传多样性与种群历史分析

为进一步了解鲇这一广布种的遗传多样性与种群遗传结构,阐明该经济鱼类的种群历史动态,本研究对我国长江(上游、中游)、珠江、福建、海南、辽河地区的野生鲇样本进行mtDNA Cytb基因序列测定与种群遗传多样性和遗传结构分析。结果显示,在所分析的216个序列样本中,共检测出78个单倍型,其中Hap_45在鲇不同群体中分布最为广泛;鲇总群体具有较高的单倍型多样性(Hd=0.948±0.009)和核酸多样性(Pi=0.017 99±0.000 55),暗示了其自然种群数量的相对稳定;单倍型系统发育与网络关系图分析显示,78种单倍型被分为4个分支,且不同单倍型分布相对集中,划分为4个谱系。中性检验与错配分析表明,不同水系野生鲇种群(4个谱系)在约晚更新世时期(0.04~0.05百万年)经历过近期种群扩张事件。     

河南省小黄黝鱼群体遗传多样性

小黄黝鱼[Micropercops swinhonis (Günther, 1873)]是中国特有的一种小型淡水虾虎鱼类,广泛分布于长江及以北各水系,其中在河南省各水系均有分布。为评估河南省小黄黝鱼种质资源现状及其遗传多样性,本研究对河南省境内黄河、长江、淮河和海河4个水系77尾小黄黝鱼样品进行线粒体COI基因的扩增。结果显示,河南省小黄黝鱼的平均单倍型多样性(H_d)为0.89088,平均核苷酸多样性(π)为0.00361,其中淮河水系华行村种群(HXC)核苷酸多样性最高(π=0.00433),黄河水系马颊河种群(MJH)核苷酸多样性最低(π=0.00078);系统发育树和单倍型网络图结果均显示小黄黝鱼并未按照水系形成明显的地理遗传支系;根据4个水系进行分组, AMOVA分析显示仅16.00%的变异来自于水系间,而78.43%遗传变异来自各群体内部;同样地,未预先设定分组情况的SAMOVA分析也得到了相似的结果,不支持小黄黝鱼具有明显的地理遗传结构的假设;种群历史动态分析显示,河南省小黄黝鱼种群呈逐步增长趋势; Fu’s FS中性检验与错配分析表明,河南小黄黝鱼种群可能经历过近期群体扩张事件,且该过程可能与气候变为暖湿型有关。     

同域分布两种鲤科鱼类种群遗传结构的比较

为了解河南省境内黄河水系和卫河水系棒花鱼和（歺又鱼）条的鱼类遗传多样性现状，利用线粒体细胞色素b（cytb）基因，对这两种鱼类开展群体遗传学研究。结果显示，棒花鱼和（歺又鱼）条群体多态性较低；系统发育树和单倍型网络图结果显示棒花鱼和（歺又鱼）条均由3个线粒体谱系组成；棒花鱼和（歺又鱼）条种群间均存在明显的遗传分化，种群间中等偏低的基因流解释了两种鱼类均具有较低的遗传多样性和明显的种群分化；群体历史动态分析显示，棒花鱼和（歺又鱼）条种群数量分别在距今约0.019百万年和0.026百万年开始锐减。鉴于群体多态性，种群分化和群体历史动态研究，这两种鱼类的遗传多样性均较低，需加强对其资源保护。     

中国沿海平疣桑椹石磺CO I 基因的遗传多样性与遗传分化

基于CO I序列,对中国沿海5个平疣桑椹石磺(Platevindex mortoni)群体的遗传多样性及遗传分化进行了分析,84个样本中共检测出单倍型41个,多态性位点117个。总体来说,平疣桑椹石磺具有高的单倍型多样性(0.835±0.039)和核苷酸多样性(0.0572±0.0060)。分子方差分析(AMOVA)表明,65.98%的变异存在于种群间,34.02%的变异发生在种群内。群体间遗传分化固定指数(Fst)、基因流(Nem)及遗传距离分析表明,平疣桑椹石磺已产生了明显的群体间分化。厦门(XM)、湛江(ZJ)和广西(GX)群体间无明显分化,基因流较大(Nem5),而海南(HN)、苍南(CN)群体分别与其他群体存在显著的分化。单倍型网络图及谱系树同样证实了群体遗传差异的存在。遗传距离模式(IBD)检测显示出,平疣桑椹石磺群体的遗传距离与地理距离之间不存在明显的线性关系。中性检验及历史动态检验推断,ZJ和GX群体可能经历过历史上的瓶颈效应,XM群体经历过历史上的种群扩张,扩张时间推测大约为0.12 Ma BP,可能伴随更新世冰期的气候变暖,海平面上升发生。本研究通过对平疣桑椹石磺mt DNA的CO I基因进行分析,探讨其遗传多样性及遗传分化过程,旨在为该物种种质保护,资源合理开发及生物进化方面研究提供基础资料和理论依据。     

基于Cyt b基因序列的江淮下游湖泊鲢群体遗传多样性分析

鲢(Hypophthalmichthys molitrix)是长江、淮河下游湖泊中重要的渔业资源。为了解湖泊鲢种质资源遗传状况，采用线粒体Cyt b基因序列作为分子标记，对江淮下游8个湖泊(太湖、滆湖、长荡湖、淀山湖、高邮湖、洪泽湖、骆马湖、金沙湖)群体的239尾鲢进行扩增和测序。结果显示，鲢Cty b基因全长为1 141 bp, 239条Cyt b序列检出74个变异位点，定义24种单倍型，平均单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.697和0.010 12。太湖群体的单倍型多样性和核苷酸多样性最高，分别为0.830和0.015 84,长荡湖群体的单倍型多样性和核苷酸多样性最低，分别为0.379和0.003 98。8个鲢群体间的遗传距离变幅为0.005～0.015;分子方差分析结果显示，遗传变异主要来自群体内部(98.0%),群体的遗传分化指数F_st值为0.019 97;两两群体间F_st值统计表明，长江水系和淮河水系群体间有显著的遗传差异(P<0.05)。单倍型系统进化树和网络结构图显示，单倍型划分为2个谱系，但没有形成明显的地理聚群。歧点...     

基于线粒体控制区的江苏湖鲚群体遗传多样性和遗传结构分析#br#

为掌握江苏省重要湖泊湖鲚(Coilia nasus taihuensis)群体的遗传多样性和遗传结构,利用线粒体控制区(D-loop)全序列分析了6个湖泊(太湖、滆湖、高邮湖、白马湖、洪泽湖和骆马湖)湖鲚野生群体的遗传多样性水平和群体分化情况。结果表明,6个群体共214尾样本的D-loop序列中,共发现103个变异位点,92种单倍型。6个群体的单倍型多样性为0.726~0.951,核苷酸多样性为0.00552~0.01036,6个群体整体的单倍型和核苷酸多样性分别为0.857和0.00729,表明湖鲚群体的遗传多样性较高,且符合高单倍型多样性和低核苷酸多样性特点。分子方差分析(AMOVA)结果表明,群体间变异百分比为6.20%,群体内变异百分比为93.80%,说明遗传变异主要来自群体内部。群体总的遗传分化系数(F_st)为0.06199(P<0.01),两两群体间的F_st显示,滆湖群体与其他群体间存在极显著的遗传分化(P<0.001),而其他群体间无显著分化(P>0.05)。单倍型分子系统进化树和网络进化图显示,6个群体的单倍型形成了2个谱系,但谱系组成与群体地理分布无相关性。中性检验分析结果显示,湖鲚群体进化过程中经历过种群扩张,扩张时间大约发生在0.089~0.160百万年前。研究结果表明,湖鲚群体具有较高的遗传多样性,滆湖群体与其他群体具有极显著的遗传分化,且拥有多个独享单倍型,应将滆湖群体单独作为一个管理单位,其他5个群体作为一个整体进行管理和利用。     

基于线粒体COI基因序列的蒙古鲌群体遗传结构分析

采用线粒体COI基因序列对长江流域湖北段和江苏段蒙古鲌(Chanodichthys mongolicus)不同自然群体的遗传组成和结构进行了分析。结果显示,蒙古鲌种群的遗传多样性水平中等,群体的平均基因多态性为0.664,核苷酸多态性为0.002,不同种群间遗传多样性存在一定的差异。COI基因序列共检测了10种单倍型,其中4种单倍型在蒙古鲌不同种群间共享,其余单倍型为单个种群所特有。分子变异分析表明79.7%的变异发生在种群内。NJ聚类树和单倍型网络图分析均表明蒙古鲌不同种群未形成明显的谱系地理结构。     

基于线粒体COⅠ基因序列的中国沿海缘边银鲈遗传多样性分析#br#

为了解中国沿海缘边银鲈(Gerres limbatus)的遗传背景,分析了9个地理群体140条样本线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ(cytochrome oxidase subunitⅠ,COⅠ)基因5′端652 bp序列。结果发现14个变异位点,13个单倍型,其中有9个独有单倍型和4个共享单倍型,整体单倍型和核苷酸多样性都较低(H_d=0.276±0.050,π=0.0005±0.0001)。琼州海峡以东海域的遗传多样性(H_d=0.338~0.456,π=0.0006~0.0011)高于琼州海峡以西北部湾海区(H_d=0~0.295,π=0~0.0005)。单倍型网络图未出现明显谱系结构和地理结构。群体遗传分化系数F_st显示,硇洲群体与其他群体间出现不显著的中低度遗传分化(F_st=0.0773~0.1696,P>0.05),其他群体间分化不明显(F_st=-0.0415~0.0612,P>0.05),总体上群体间分化程度都不高。AMOVA分析显示,遗传变异绝大部分(95%以上)来源于群体内。中性检验结果显示,群体总体的Tajima’s D(-2.2549)和Fu’s F_s(-16.4725)结果均为显著性负值(P<0.01),核苷酸错配图呈现较为明显单峰,单倍型网络图呈典型星状结构,表明缘边银鲈历史上存在过种群扩张,扩张时期约为距今0.1304~0.0435百万年。由于总体单倍型多样性小于0.5,核苷酸多样性小于0.005,推测中国缘边银鲈种群曾经历过较为严重的瓶颈效应。宁德、硇洲群体的核苷酸多样性相对较高,应优先保护。北部湾各群体遗传多样性极低,需要采取措施避免遗传多样性下降。     

基于线粒体控制区序列的光裸方格星虫群体遗传多样性分析

为了解光裸方格星虫的群体遗传结构和种质资源状况,对北部湾海域光裸方格星虫6个地理野生群体(广西北海、湛江、钦州、防城港、海南儋州,以及越南海防)共93个个体的线粒体DNA(mtDNA)控制区序列进行分析。共检测到107个变异位点,定义了85个单倍型,序列对AT有明显的偏倚性,群体总的单倍体多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.998和0.018 89。单倍型邻接聚类树分析6个群体无明显分支,各单倍型分布于单倍型网络中介图中亦没有明显的地理分支。各群体间的遗传分化系数Fst值为–0.018 13~0.028 05,遗传分化极不明显,AMOVA分析显示光裸方格星虫的遗传差异主要来自群体内(99.74%)。中性检验Tajima’s D和Fu’s Fs值均为负值,核苷酸不配对分布图呈明显的单峰形,提示光裸方格星虫群体在历史上曾出现群体扩张,推算出扩张时间为距今171万年前。目前光裸方格星虫仍具有较高的遗传多样性,6个地理群体间无明显遗传分化,存在频繁的基因交流,推测种群在早更新世曾出现群体扩张。     

大泷六线鱼放流群体与野生群体遗传多样性比较

基于线粒体DNA控制区高变区部分序列和4对微卫星标记，对大泷六线鱼放流群体及自然海域群体的遗传多样性与遗传差异进行了比较分析。线粒体DNA控制区序列分析的结果显示，413尾个体共检测到单倍型117种，其中仅Hap_3、Hap_7和Hap_17为共享单倍型，占总单倍型数目的2.5%；放流、野生群体特有单倍型分别为20种和66种，分别占总单倍型数的17.09%和56.41%，放流群体特有单倍型数明显低于野生群体；放流群体和野生群体核苷酸多样性分别为0.005 1~0.006 7和0.005 8~0.007 5，单倍型多样性分别为0.856 7~0.949 9和0.883 1~0.954 9，遗传多样性均较高。微卫星标记分析结果显示，放流、野生群体平均等位基因数(N_a)分别为13~44和13~27，平均多态信息含量为0.885 6和0.874 0，均具较高的遗传多态性；群体遗传结构分析结果表明，放流、野生群体间遗传分化水平较低。研究表明，山东近海大泷六线鱼放流群体与野生群体均具有较丰富的遗传多样性，且遗传结构未存在显著的群体分化。     

华南6水系与澜沧江-湄公河攀鲈线粒体ND2基因的遗传多样性分析

测定了中国华南6水系及澜沧江(云南勐腊)-湄公河流域(柬埔寨洞里萨湖)的125尾攀鲈(Anabas testudineus)线粒体部分ND2基因1 010 bp序列,分析发现39个变异位点和12个单倍型,总遗传多样性较低(h=0.369,π=0.003 8),推测可能经历过严重的瓶颈效应;中国攀鲈群体遗传多样性更低(h=0.282,π=0.000 4),处于边缘区的中国攀鲈群体是造成低遗传多样性的主要原因。在单倍型网络图中柬埔寨和中国攀鲈各自聚类,具有明显地理结构和谱系结构,推测地质运动和气候变化导致基因交流受阻所致。核苷酸错配图和中性检验表明中国群体经历过种群扩张,时间约为(5.94~4.13)万年前。华南水系群体间基因交流通畅,不存在明显分化;但与云南澜沧江群体间分化大而显著(FST=0.775,P0.01),AMOVA分析显示变异主要来自组群间(77.41%),推测二者分化时间约为(4.0~2.8)万年前,云南群体受末次冰期的影响,基因交流受阻而出现分化。中国群体和柬埔寨群体可作为2个管理单位进行保护;就中国群体而言,韩江水系群体遗传多样性最高,建议优先保护;澜沧江与华南水系间群体分化显著且遗传多样性极低,建议对澜沧江水系群体进行保护,以避免种质资源灭绝。     

西北太平洋鸢乌贼种群遗传结构

为检测西北太平洋鸢乌贼种群遗传结构,采用线粒体DNA细胞色素b基因(Cytb)序列分析方法对鸢乌贼东海群体、南海群体与菲律宾海群体进行遗传变异分析。结果显示,(1)所有群体总的单倍型多样度与核苷酸多样度分别为0.982±0.006、0.012±0.006;菲律宾海群体对应的遗传多样度均最高,分别为0.973±0.014、0.015±0.008;南海群体与东海群体的单倍型多样度分别为0.959±0.026、0.943±0.031,核苷酸多样度均为0.006±0.003。3个地理群体均具有较高的遗传多样性水平。(2)分子方差分析结果显示,34.6%的遗传变异来自于群体间,群体间遗传分化极显著。两两群体间Fst分析表明,西北太平洋鸢乌贼群体间均具有极显著的遗传分化。构建的单倍型邻接系统树和最小跨度树显示,西北太平洋鸢乌贼群体存在明显的系统发育谱系结构(谱系A、B、C),3个谱系单倍型类群间也存在极显著的遗传分化(Fst=0.735~0.805)。(3)中性检验和核苷酸不配对分析结果均表明,谱系B可能经历过近期群体扩张事件,发生群体扩张的时间在10.3~12.5万年前。综合分析认为,西北太平洋鸢乌贼的种群遗传结构模式及系统发育地理格局模式是由其栖息地海洋环境与更新世气候变化共同塑造的。建议在渔业管理上将3个地理群体划分为3个独立的管理单元。     

基于线粒体D-loop基因的中国海三疣梭子蟹遗传多样性与遗传分化研究

为探明分布于中国四大海区的天然三疣梭子蟹群体遗传多样性与遗传分化状况,实验以大连(DL)、东营(DY)、连云港(LYG)、舟山(ZS)、湛江(ZJ)和漳州(ZZ)6个三疣梭子蟹地理群体为研究对象,采用线粒体控制区D-loop全基因序列为分子标记,对中国海三疣梭子蟹野生群体的遗传多样性及群体遗传结构进行了分析。结果发现,在用于分析的1 141 bp的D-loop全基因序列中共有185个变异位点,129个简约信息位点。60个个体中共计48个单倍型,单倍性多样性指数和核苷酸多样性指数显示中国沿海三疣梭子蟹群体具有较高的遗传多样性,而且三疣梭子蟹在过去没有出现很强的选择效应,群体大小稳定。6群体三疣梭子蟹遗传分化指数(F_ST)为0.189 7,将中国沿海三疣梭子蟹作为一个大群体来讲已产生了中度分化,群体分化时间推断为(19.68～26.05)万年。LYG分别和DY、ZJ、ZZ,以及ZJ和ZZ这4组之间无明显分化,基因流较大(N_em>5),而其他11个群组间已存在一定程度的分化。特别是ZS与其它5群体产生了高度的遗传分化,DL与其他4群体发生了中度分化。遗传距离与地理距离不存在显著的相关性,群体发生与扩散可能有更复杂的原因。     

入侵地和原产地太湖新银鱼群体遗传结构

为了探讨太湖新银鱼快速适应新环境和快速入侵的遗传学机制,本研究利用10个微卫星位点对5个入侵地和2个原产地的群体遗传结构进行了分析。遗传多样性参数结果显示,入侵地滇池、邛海、抚仙湖和三峡库区群体的遗传多样性水平比原产地高,入侵地洱海群体的遗传多样性水平低于原产地太湖而高于巢湖群体,原产地巢湖群体的遗传多样性最低。遗传距离和UPGMA聚类结果表明邛海群体和其他群体的遗传关系最远,太湖与抚仙湖的遗传关系最近。ANOVA显示大多数遗传变异存在于太湖新银鱼群体内(95.78%),群体间的遗传变异为4.22%,固定系数(Fst=0.0422)显著,表明太湖新银鱼群体间存在显著的小尺度遗传分化,两两遗传分化指数也证实了这一点。MVSP主成分分析显示邛海、三峡库区、巢湖和滇池群体有明显的分化。由此推断,高水平的遗传多样性和显著的遗传结构差异性可能是太湖新银鱼成功入侵的重要原因。     

Diet of non‐native northern snakehead (Channa argus) compared to three co‐occurring predators in the lower Potomac River,USA

Abstract – Introductions of large, non‐native, carnivorous fishes continue to occur worldwide and represent a substantial management concern to global biodiversity. One of the most recent non‐native fishes to successfully establish in North America is the northern snakehead (Channa argus), found in the lower Potomac River catchment. Dispersal of the northern snakehead throughout this system has been well documented since its original discovery in May 2004; however, little is known about the foraging habits of this species and its interactions with co‐occurring predators. Here, we quantify northern snakehead diet in comparison with the diets of naturalised largemouth bass (Micropterus salmoides), and native American eel (Anguilla rostrata) and yellow perch (Perca flavescens) collected from tidal freshwaters bordering Virginia and Maryland near Fort Belvoir, Virginia. Over 97% of northern snakehead gut contents were fishes, with fundulid and centrarchid species consumed most frequently. Dietary overlap was biologically significant only between northern snakehead and largemouth bass. Aquatic invertebrates were >10 times more common in native predator diets, reducing dietary overlap with northern snakehead. Ontogenic shifts in adult northern snakehead diet were also detected, which may be explained by optimal foraging rather than true prey specificity. Northern snakehead may be occupying a novel niche based on a piscivorous diet, therefore limiting competition with resident predators in the lower Potomac River. Further research into interactions between largemouth bass and northern snakehead is needed to inform management decisions and understand the ecological impacts of this non‐native species.     

基于SSR-seq技术评估中间球海胆多代选育群体和普通养殖群体的遗传多样性

为明确不同选育群体中间球海胆的遗传多样性和遗传结构,利用SSR-seq技术和15个微卫星位点,对1个家系选育群体(FP)、1个群体选育群体(IP)和1个未经选育的普通养殖群体(CP)的遗传多样性及遗传结构进行了分析。结果显示,15个微卫星位点共检测出112个等位基因,FP、IP、CP 3个群体的平均观测等位基因数(N_a)分别为5.077、5.133和6.133个,平均有效等位基因(N_e)分别为2.816、2.873和3.638个,平均观测杂合度(H_o)分别为0.522、0.441和0.501,平均期望杂合度(H_e)分别为0.595、0.599和0.667,平均多态性信息含量(PIC)分别为0.546、0.543和0.623。家系选育群体(FP) H_e与H_o的差值(0.073)低于IP (0.158)和CP (0.166),平均固定指数(F)(0.115)低于IP (0.248)和CP (0.246)。3个群体间遗传分化系数(F_st)介...     

基于线粒体Cyt b基因序列的绿鳍马面鲀6个野生群体的遗传结构分析

利用线粒体细胞色素b(cytochrome b,Cyt b)基因分析了我国沿海绿鳍马面鲀(Thamnaconus septentrionalis)6个野生群体(大连、秦皇岛、蓬莱、日照、舟山和汕头)的遗传多样性和群体遗传结构。结果显示,在176个个体915 bp的Cyt b部分序列中共检测到32个变异位点和30个单倍型;6个群体的单倍型多样性为0.883~0.953,核苷酸多样性0.0032~0.0039;群体间固定指数较小,呈中低度分化;AMOVA分析表明,遗传变异主要来源于群体内,群体间遗传分化未达到显著水平。群体历史动态分析表明,绿鳍马面鲀在16.9万~42.2万年前经历种群扩张。总体上,各群体间的遗传分化较小,并未形成相应的地理支系,推测黑潮的输送作用以及绿鳍马面鲀的洄游习性维持了各群体间高强度的基因交流;中更新世中晚期的气候波动对绿鳍马面鲀的种群扩张以及地理分布格局可能具有重要影响。本研究结果加深了人们对于绿鳍马面鲀资源情况的认识,为绿鳍马面鲀资源的保护和合理利用提供了理论依据。