用微卫星标记分析湘华鲮野生群体遗传多样性

为了解湘华鲮天然种质资源现状,用38对鲤科鱼类微卫星引物对其群体进行全基因组扫描,结果筛选出15对能够获得稳定扩增条带的引物。以鲮鱼养殖群体为对照群体。在15个微卫星位点中,湘华鲮多态性位点9个,对照群体6个。通过分析湘华鲮微卫星位点PCR产物的电泳图谱,共检测到40个等位基因,每个位点的等位基因数目介于1～5之间,其平均等位基因数为2．67个,平均有效等位基因数为1．47个,平均观察杂合度为0．2289,平均期望杂合度为0．2730,平均多态信息含量（PIC）为0．2440,多数Hardy-Weinberg平衡偏离指数值偏离平衡值,与对照组无显著性差异。本研究表明湘华鲮野生种群结构不合理,遗传多样性低,种质资源处于危险状态。     

湘华鲮、墨鲮、华鲮遗传多样性的RAPD分析

从40个10 bp随机引物中筛选出12个多态性引物.对湘华鲮、墨鲮和华鲮3个群体共25个个体进行RAPD分析,共检测出81个多态性位点.试验结果表明,3种鲮群体内的遗传分化程度不高,湘华鲮、墨鲮和华鲮群体内的遗传相似性系数分别为0.8777、0.8828、0.9091;湘华鲮与华鲮的亲缘关系最近,其遗传距离为0.3637,湘华鲮与墨鲮的亲缘关系次之,遗传距离为0.5576,墨鲮与华鲮的亲缘关系最远,遗传距离为0.6030.     

西南大西洋阿根廷滑柔鱼遗传多样性的微卫星分析

西南大西洋阿根廷滑柔鱼(Illex argentinus)是重要的经济大洋性头足类,其种群结构较为复杂。本研究采用8个微卫星标记,对西南大西洋阿根廷滑柔鱼群体的遗传多样性进行了检测。8个基因座位上,共检测出172个等位基因,每个基因座位检测到10～30个等位基因不等。8个位点的平均观测等位基因数为21.500 0,平均有效等位基因数为12.074 1。各位点的观测杂合度(Ho)变化范围为0.300 0～0.775 0,期望杂合度(He)为0.484 2～0.977 0,平均观测杂合度为0.504 6,平均期望杂合度为0.873 4。8个微卫星位点的多态信息含量(PIC)平均值为0.853 6。以卡方检验估计Hardy-Weinberg平衡,发现8个基因座位均不符合Hardy-Weinberg平衡。Fst分析显示该群体无明显的遗传分化。研究结果揭示:西南大西洋阿根廷滑柔鱼种群显示了高水平的微卫星多态性,该海域阿根廷滑柔鱼群体的遗传多态性水平在经历了近十年的密集捕捞压力后没有明显的变化,同时证明微卫星分子标记是研究该物种自然种群的有利工具。     

野生哲罗鱼种质资源遗传多样性的 AFLP 分析

目前哲罗鱼(Hucho taimen)处于濒危状态,野生样品采集较困难,因此对其种群遗传结构了解甚少.本研究应用7对AFLP引物对5个野生哲罗鱼群体(104个体)进行了扩增和遗传结构分析.结果显示7对引物共扩增出193个多态位点,多态位点比率为70.18%;多态性位点数(AP)、多态性位点比率(P)、观测等位基因(Na)、有效等位基因(Nez、Nei's基因多样性指数(H)、Shannon's信息指数(I)和遗传距离(D)揭示的规律一致,在5个群体中上述指标从大到小依次均为虎头江段2002、抓吉江段、海青江段、虎头江段2006、呼玛河,H在0.148～0.195 3之间,I在0.221 5～0.291 3之间,5个群体的遗传多样性均偏低;且遗传距离(D)、遗传相似度(S)、遗传分化度(Gst)、基因流(Nm)和聚类结果显示5个群体间的基因交流少,遗传分化程度均很大,并在一定程度上存在近亲交配的现象.以上结果表明,哲罗鱼资源量的减少已经影响了其种群遗传多样性,保护野生哲罗鱼资源已迫在眉睫,应采取及时有效的措施对野生哲罗鱼资源进行保护以期恢复哲罗鱼资源.     

大口黑鲈Myf5基因cDNA和基因组序列的克隆与分析

Myf5是生肌调节因子家族成员之一。为研究该基因在大口黑鲈（Micropterus salmoide）肌肉生长发育中的作用,运用RT-PCR和RACE技术获得大口黑鲈Myf5 cDNA序列1093bp,其中开放阅读框长723bp,编码240个氨基酸,经分析该蛋白无信号肽序列,属核蛋白,含有一典型的碱性螺旋-环-螺旋结构域。使用Genome walker技术获得启动子区序列2690bp,预测含有肌肉特异性转录调控相关元件：E-框、肌细胞特异增强子2（MEF2）、核转录因子1（SP1）、上游激活因子（USF）、血清应答因子（SRF）等结合位点。含有早期生长应答因子α（EGRα）、早期快反应生长应答因子1,2（EGR-1,2）等结合位点,它们可能是Myf5能够在体节形成早期表达的主要原因。获得Myf5 3个外显子与2个内含子序列,内含子1中存在一个在不同鱼类中高度保守的长度为123bp的序列,推测参与调节了Myf5基因的时空和组织特异性表达。本研究旨为进一步研究该基因对大口黑鲈肌肉生长发育的作用机理奠定基础。     

中国大陆沿海六水系绒螯蟹(中华绒螯蟹和日本绒螯蟹)群体亲缘关系:RAPD指纹标记

用 4 8个具有丰富多态性的 10碱基随机引物对辽河、黄河、长江、瓯江、珠江和南流江的中华绒螯蟹和日本绒螯蟹的 6个群体进行RAPD分析。结果发现 :(1)两个引物具有群体特异性带 ,其中Z2扩增的 880bp片段为珠江蟹和南流江蟹群体中所特有 ,而 70 0bp片段为长江蟹、辽河蟹、黄河蟹和瓯江蟹所特有 ,可作为区别日本绒螯蟹和中华绒螯蟹的分子遗传标记 ;(2 )Opp17扩增的 94 7bp片段的出现频率 ,在长江、黄河和辽河群体显著地从南到北递减 ,长江蟹 87.50 %、黄河蟹4 1.66%、辽河蟹 10 .83%。这一遗传渐变的度量可作为区别这三个水系的中华绒螯蟹种群的判据 ;(3) 6水系群体内的平均遗传相似度依次为 :辽河蟹 0 .90 8>南流江蟹 0 .897>瓯江蟹和珠江蟹 0 .895>黄河蟹 0 .890 >长江蟹 0 .850 ;6群体间遗传距离及其UPGMA、NJ聚类分析进一步表明 ,南流江蟹、珠江蟹同长江蟹、辽河蟹及黄河蟹在基因组之间存在明显的歧化。     

中国大陆沿海六水系绒螯蟹_中华绒_省略__群体亲缘关系_RAPD指纹标记

用 4 8个具有丰富多态性的 10碱基随机引物对辽河、黄河、长江、瓯江、珠江和南流江的中华绒螯蟹和日本绒螯蟹的 6个群体进行RAPD分析。结果发现 :(1)两个引物具有群体特异性带 ,其中Z2扩增的 880bp片段为珠江蟹和南流江蟹群体中所特有 ,而 70 0bp片段为长江蟹、辽河蟹、黄河蟹和瓯江蟹所特有 ,可作为区别日本绒螯蟹和中华绒螯蟹的分子遗传标记 ;(2 )Opp17扩增的 94 7bp片段的出现频率 ,在长江、黄河和辽河群体显著地从南到北递减 ,长江蟹 87.50 %、黄河蟹4 1.66%、辽河蟹 10 .83%。这一遗传渐变的度量可作为区别这三个水系的中华绒螯蟹种群的判据 ;(3) 6水系群体内的平均遗传相似度依次为 :辽河蟹 0 .90 8>南流江蟹 0 .897>瓯江蟹和珠江蟹 0 .895>黄河蟹 0 .890 >长江蟹 0 .850 ;6群体间遗传距离及其UPGMA、NJ聚类分析进一步表明 ,南流江蟹、珠江蟹同长江蟹、辽河蟹及黄河蟹在基因组之间存在明显的歧化。 更多还原     

栉孔扇贝转录组来源单核苷酸多态性位点的多态性分析

应用高分辨率熔解曲线技术对栉孔扇贝转录组来源的单核苷酸多态性位点进行验证分型和多态性分析.根据栉孔扇贝转录组单核苷酸多态性位点序列信息,对其中150个位点设计引物和探针,在4个栉孔扇贝野生群体中进行验证分型.其中,103对引物扩增出目的产物,76个位点成功分型,58个多态位点中51个是二等位多态性单核苷酸多态性(34.0％).进一步在荣成野生群体中对51个二态单核苷酸多态性位点进行多态性验证和群体遗传学分析,其中49个位点呈现多态性,且均为二态,最小等位基因频率为0.0610～0.5000,观测杂合度和期望杂合度分别为0.0833～0.8889和0.0833～0.5833.经Boferroni校正,有2个位点(C1630S115_AG和C19848S286_CA)在该群体中偏离Hardy-Weinberg平衡.各位点之间未检测到连锁不平衡.这些多态单核苷酸多态性位点可用于栉孔扇贝连锁图谱构建、分子标记辅助育种以及数量性状的基因定位等遗传学研究.     

长江、高邮湖、太湖日本沼虾遗传多样性的RAPD分析

采用随机扩增多态性DNA (RAPD)技术对取自长江、高邮湖、太湖3个野生群体的日本沼虾共51个个体的遗传多样性进行分析.10个随机引物共检测出54个位点(200-2500bp),长江、高邮湖、太湖各群体的多态位点比例分别为72.22%、53.70%、62.96%,基因多样性指数分别为0.2878、0.2380、0.2635.群体遗传多样性的Shannon信息指数分析表明,日本沼虾3个野生群体种质资源状况良好,遗传多样性水平较高.     

凤鲚两群体线粒体细胞色素b基因片断多态性及进化特征

为研究凤鲚（Coilia mystus）的长江群体和珠江群体的遗传多态性、遗传关系及进化特征,使用线粒体DNA（mitochondrial DNA,mtDNA）的细胞色素b（cytochrome b,cytb）基因片断序列进行分析.在该基因片断上共检测到44个变异位点,总变异率为11.5%.凤鲚长江群体内部的遗传距离为0.3%～1.0%,珠江群体内部的遗传距离为0.5%～0.8%,长江群体与珠江群体之间的遗传距离为9.4%～10.9%.这2个群体具有完全不相同的单倍型,其中长江群体5个个体中共检测到5种不同的单倍型,单倍型多样性指数为1.000,核苷酸多样性指数为0.677%;珠江群体5个个体中共检测到4种单倍型,单倍型多样性指数和核苷酸多样性指数分别为0.900和0.573%.对两者序列的自然选择检验分析表明,自然选择在两者差异形成过程中起重要的作用.[中国水产科学,2006,13（3）：337-343]