德国镜鲤选育系F_4天津群体中不同体型的遗传结构分析

本文利用15对微卫星分子标记,对德国镜鲤选育系F4天津群体中的高背型和长条型德国镜鲤的遗传结构进行分析.结果表明:两种体型德国镜鲤F4群体平均等位基因数分别为5.0和5.1,平均期望杂合度分别为0.5527和0.5591,平均观测杂合度分别为0.5906和0.5824,平均多态信息含量分别为0.5653和0.5470.以卡方检验估计群体Hardy-Weinberg平衡显示有大部分位点发生了偏离.两体型间遗传相似性为0.8330,相似性较高.群体间遗传分化微弱(Fst=0.0242),群体内变异占总变异的97.58%.说明高背型德国镜鲤和长条型德国镜鲤在遗传结构上差异较小.由天津群体的等位基因数为5.05,期望杂合度为0.5559,观测杂合度为0.5865,多态信息含量为0.5562,可知天津群体属于中度多态,遗传多样性保持较高水平.     

仿刺参中国群体与韩国群体杂交子代微卫星标记分析

应用微卫星DNA技术对仿刺参中国群体、韩国群体及其杂交后代的遗传多样性进行了研究。15对微卫星引物共扩增获得60个等位基因,平均等位基因数为4,平均有效等位基因数为2.5855。3个群体的平均观测杂合度分别为0.2965、0.3548、0.2755,平均期望杂合度为0.5296、0.5574、0.5364,多态性信息含量为0.0000~0.8480,平均值为0.4653、0.4860和0.4630。Hardy-Weinberg平衡的P值检验,发现3个群体普遍存在偏离平衡的现象。试验结果表明,15个位点中,14个位点为中度或高度多态,3个群体多样性处于中等偏上水平;韩国群体的遗传多样性水平在3个群体中最高,杂交后代并未表现出明显的杂种优势,但在某些微卫星位点观测到的等位基因频率和基因型频率表现出与亲本的差异,说明杂交过程使后代获得了一定程度的遗传分化,中国群体与韩国群体的杂交后代具一定的选育潜力。     

秦皇岛海域野生牙鲆群体遗传多样性分析

用18对多态性微卫星标记对采自秦皇岛海域的90尾野生牙鲆(Paralichthys olivaceus)进行遗传分析。18个微卫星位点共检测出161个等位基因;各位点等位基因数为7~11个,平均为8.9;有效等位基因为3.7~8.0,平均有效等位基因为5.9;各个位点多态信息含量为0.69~0.86,平均值为0.80;Shannon多样性指数平均值为1.9;观测杂合度(Ho)值为0.33~0.87,平均值为0.64;期望杂合度为0.74~0.89,平均期望杂合度(He)为0.84。χ2检验表明,18个位点中有9个的等位基因分布偏离了哈迪温伯格平衡(P<0.05)。研究结果表明,秦皇岛海域野生牙鲆群体遗传信息含量丰富、等位基因分布均匀,遗传多样性较高,但是,存在Hardy-Weinberg不平衡现象。     

金沙江观音岩段圆口铜鱼的微卫星遗传多样性分析

选用10对微卫星引物,对金沙江观音岩江段圆口铜鱼(Coreius guichenoti)群体的遗传多样性进行研究。统计分析了有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度、多态信息含量等遗传学指标,结果显示所选用的10对微卫星引物均表现为高度多态性,共检测到等位基因数84个,平均有效等位基因数5.429 6;观测杂合度0.800 0~0.933 3、期望杂合度0.774 7~0.841 4;多态信息含量为0.649~0.753;Shannon’s指数为1.523 7~2.260 2;Hardy-Weinberg平衡偏离指数为0.032 6~0.127 7。结果表明该江段圆口铜鱼群体遗传多样性较丰富。     

微卫星分子标记指导镜鲤群体选育

本文用26个扩增效果好的微卫星分子标记分析了镜鲤（Cyprinus carpio L.）养殖亲本群体的遗传结构,指导其群体选育。本研究共检测到153个等位基因,片段大小为108~400 bp,平均等位基因数（A）5.8846个,平均有效等位基因数（Ne）2.8625个,平均观察杂合度（Ho）0.5063,平均期望杂合度（He）0.5602,平均多态信息含量（PIC）0.5292,表明该繁育群体处于较高的遗传多样性水平。用χ2检验和遗传偏离指数估计Hardy-Weinberg平衡,表明群体处于平衡状态,但在多个位点表现出杂合子缺失严重,显示出人工选择的痕迹。用PHYLIP3.6软件绘制基于Nei氏标准遗传距离的UPGMA聚类图,依据亲本个体间的遗传差异,以避免近亲交配为原则,建立最佳亲本配组体系,繁育获得2个选育群体,以常规群体繁育子代群体作为对照组,对子代群体的遗传结构及数量性状分析显示,选育群体保持了较高的遗传多样性水平,群体平均期望杂合度在0.5414~0.5449之间,其生长速度较对照群体快14.81%~63.71%。连续2年的生长实验证实,微卫星标记指导群体选育技术在保持群体的遗传多样性水平,避免近交衰退,快速建立优良种群方面具有一定的优势。     

马氏珠母贝F8代4种壳色选育群体的EST-SSR遗传多样性分析

利用10对EST-SSR分子标记研究红、白、黑、黄4种壳色马氏珠母贝F8代人工选育群体的遗传多样性。结果显示,10个位点共扩增出46个等位基因,各位点的等位基因数为2~7。红、黑、白、黄4种壳色群体的平均等位基因数分别为4.0、3.7、3.6、3.5;平均观测杂合度和平均期望杂合度分别为0.445~0.627和0.479~0.580;Shannon多样性指数为0.850~1.042;平均多态信息含量为0.423~0.509。黄壳色群体中各遗传参数值最小,而红壳色群体中除有效等位基因数外,其余参数(等位基因数、观测杂合度、期望杂合度、多态信息含量、Shannon多样性指数)值均最大。40个群体—位点组合中有31个组合显著偏离平衡(P0.05),占总位点的77.5%。群体间的遗传分化指数为0.0101~0.3025,平均值为0.1206(0.05遗传分化指数0.15),处于中等程度分化,这与课题组8年定向选育有关。群体间的基因流值为0.5764~24.5841,平均值为1.8225。红壳色群体和黑壳色群体的遗传相似系数最大(0.8418),遗传距离最小(0.1722),最先聚为一类;白壳色群体和黄壳色群体的遗传相似系数最小(0.7107),遗传距离最大(0.3415)。经8代群体继代选育,4种壳色马氏珠母贝群体仍保持着较高的遗传多样性,其中红壳色群体的遗传多样性最高,黄壳色群体的遗传多样性最低。     

德国镜鲤选育系F4天津群体中不同体型的遗传结构分析

本文利用15对微卫星分子标记，对德国镜鲤选育系F4天津群体中的高背型和长条型德国镜鲤的遗传结构进行分析，结果表明：两种体型德国镜鲤F4群体平均等位基因数分别为5．0和5．1，平均期望杂合度分别为0．5527和0．5591．平均观测杂合度分别为0．5906和0．5824，平均多态信息含量分别为0．5653和0．5470。以卡方检验估计群体Hardy—Weinberg平衡显示有大部分位点发生了偏离。两体型间遗传相似性为0．8330，相似性较高。群体间遗传分化微弱（Fst=0．0242），群体内变异占总变异的97．58％。说明高背型德国镜鲤和长条型德国镜鲤在遗传结构上差异较小。由天津群体的等位基因数为5．05，期望杂合度为0．5559，观测杂合度为0．5865，多态信息含量为0．5562，可知天津群体属于中度多态，遗传多样性保持较高水平。     

利用微卫星荧光多重PCR技术分析壳白长牡蛎3代人工选育群体的遗传多样性

为了探讨壳白长牡蛎人工选育对群体遗传变异的影响,实验利用4个多重PCR组合共10个微卫星标记分析了连续3代壳白长牡蛎人工选育群体和野生群体及基础群体的遗传多样性。结果发现,6个群体的平均等位基因数量为7.2~12.6,等位基因丰度为6.8~11.0,期望和观测杂合度分别为0.672~0.769和0.486~0.542;与野生群体相比,3代选育群体的平均等位基因数显著降低,但平均期望杂合度并无显著差异。哈迪—温伯格平衡检验结果显示,在60个群体—位点组合中有39个群体—位点组合显著偏离哈迪—温伯格平衡,近交系数F_(is)范围为0.215~0.342。群体间遗传分化指数F_(st)范围为0.005~0.076,处于中—低等的遗传分化水平。研究表明,虽然连续选育对群体的遗传多样性和遗传分化造成了一定程度的影响,但人工选育群体依然表现为较高的遗传多样性,仍可以一定的选择压力对选育群体进行人工选育。     

三疣梭子蟹选育家系微卫星分析

采用微卫星标记技术分析不同世代三疣梭子蟹选育家系的遗传结构。利用16个多态性微卫星位点分析了三疣梭子蟹家系F1到F4 4个选育家系的遗传结构与遗传多样性变化情况。结果显示,随着选育的进行,4个世代家系遗传多样性指标值逐渐下降,F1到F4 16个微卫星位点的平均多态信息含量从0.675 3下降到0.406 1,平均等位基因数从3.500 0下降到2.133 3,平均观测杂合度从0.643 5下降到0.4774,平均等位基因纯合率从0.566 9下降到0.402 4。对各个位点进行H-W检验,每个世代出现不同程度的平衡偏离。对各家系进行F-检验,结果表明,各家系存在不同程度的遗传分化,19.07%的遗传分化来自群体间,80.93%的遗传分化来自群体内。另外,对FIS值的计算显示,4个家系在整体上均表现为一定程度的杂合子缺失,其中F4有12个位点、F3有6个位点、F2有3个位点、F1有8个位点处于杂合子缺失状态。遗传距离逐渐增加,相邻世代间的遗传相似性逐步升高。经过连续4代的选育,选育群体的遗传基础逐步得到纯化,基因型逐渐趋向纯合、稳定,经进一步的选育可望获得较稳定的品系。     

三疣梭子蟹选育家系微卫星分析

采用微卫星标记技术分析不同世代三疣梭子蟹选育家系的遗传结构。利用16个多态性微卫星位点分析了三疣梭子蟹家系F1到F4 4个选育家系的遗传结构与遗传多样性变化情况。结果显示，随着选育的进行，4个世代家系遗传多样性指标值逐渐下降，F1到F4 16个微卫星位点的平均多态信息含量从0.6753 下降到0.4061，平均等位基因数从3.5下降到2.1333，平均观测杂合度从0.6435 下降到0.4774，平均等位基因纯合率从0.5669到0.4024。对各个位点进行H-W检验，每个世代出现不同程度的平衡偏离。对各家系进行F-检验，各家系存在不同程度的遗传分化，结果表明，19.07％ 的遗传分化来自群体间，80.93％的遗传分化来自群体内。另外，对Fis值的计算显示，4个家系在整体上均表现为一定程度的杂合子缺失，其中F4有12个位点、F3有6个位点、F2有3个位点、F1有8个位点处于杂合子缺失状态。遗传距离逐渐增加，相邻世代间的遗传相似性逐步升高。随着选育的进行，结果表明，经过连续4代的选育，选育群体的遗传基础逐步得到纯化，基因型逐渐趋向纯合、稳定，经进一步的选育可望获得较稳定的品系。     

文蛤30个微卫星标记的开发及在斧文蛤和帘文蛤

利用磁珠富集法构建的基因组文库和EST文库开发了30个文蛤多态性微卫星标记。8个G-SSR和22个EST-SSR多态性位点共获得140个等位基因,平均等位基因数为4.67,多态性信息含量、观测杂合度、期望杂合度分别介于0.172~0.744、0.040~0.720、0.187~0.793之间;G-SSRs的平均等位基因数、平均多态性信息含量、平均观测杂合度和平均期望杂合度都较EST-SSRs高;Hardy-Weinberg平衡检测发现,24个位点偏离了平衡状态;利用BLASTx对含多态性SSR位点的EST进行功能注释,11个位点来自注释基因序列。 将30对文蛤多态性SSR引物分别在斧文蛤和帘文蛤中进行了通用性检测,通用率分别为30%和40%。这些微卫星多态性位点的获得,为进一步开展文蛤遗传多样性分析、种质资源评价、分子标记辅助选育等奠定基础,并且可用于文蛤、斧文蛤和帘文蛤的比较作图、基因发掘和QTL定位等研究。     

合浦珠母贝选育基础群体的遗传多样性评价

利用微卫星标记对2012年3月和6月分别构建的两批共17个合浦珠母贝(Pinctada fucata)选育基础群体进行了遗传多样性分析。6对微卫星引物在17个群体共680个个体中检测到29个等位基因,每个位点的等位基因数在2~7之间,平均有效等位基因数在2.06~3.07之间,平均观测杂合度在0.31~0.58之间,平均期望杂合度在0.46~0.65之间,平均多态信息含量在0.39~0.58之间,高度多态(PIC≥0.50)群体有11个(占64.7%)。Hardy-Weinberg平衡检验(卡方检验)的结果显示,在检测得到的102个数据结果中,有53个(占52.0%)极显著地偏离了Hardy-Weinberg遗传平衡(P0.01)。从遗传偏离指数(D)的结果可以看出,17个群体在不同的微卫星位点存在不同程度的杂合子缺失现象。本研究表明,两批群体的遗传多样性参数非常接近,每个群体的遗传多样性都较高,对群体之间的遗传距离和遗传分化格局有了初步的把握,为下一步交配设计构建下一代核心群体奠定了理论基础。     

微卫星分析鲤鱼杂交系F2代家系群体遗传多样性

利用10个微卫星分子标记,对8个鲤鱼杂交系家系进行遗传多样性分析,结果显示:10对微卫星引物在鲤鱼杂交系F2代8个家系共240个个体中均获得了稳定、清晰的扩增条带,并在个体间表现出不同程度的多态性。共检测到59个等位基因,位点等位基因数在3~9个,平均等位基因数5.9个,片段长度在129~371 bp,有效等位基因在1.533~5.821,平均为3.452 5;观测杂合度在0.421~0.882,平均为0.647,期望杂合度在0.506~0.826,平均0.628;多态性信息含量(PIC)在0.452~0.815,平均多态信息含量0.675,为高度多态性;个体间遗传距离0.3586~0.8302,相似性系数在0.5012~0.7906。8个家系中,20号家系与59号家系的遗传距离最小,为0.357 3;20号家系与35号家系遗传距离最大,为0.830 2。实验结果表明:该鲤鱼杂交系F2代群体遗传多样性水平较高,等位基因数量较多,杂合度较高,多态信息含量丰富,家系间没有受到近交的影响,具有较大的选育潜力。     

大泷六线鱼6个群体遗传多样性的微卫星分析

大泷六线鱼资源捕捞量逐渐加大,捕捞个体体型却逐渐减小,研究大泷六线鱼的遗传多样性,对提高在渔业养殖中种群质量具有重要意义。本研究利用7对微卫星分子标记对大泷六线鱼(Hexagrammos otakii)的6个地区群体(大连、丹东和青岛等地)进行了遗传多样性和遗传变异评估。结果表明,获得的等位基因数1~8,平均等位基因数6.29;有效等位基因数1.00~5.72,平均有效等位基因数4.71;各群体的杂合度观测值(Ho)为0.05~0.27;杂合度期望值(He)为0.44~0.75;多态信息含量(PIC)为0.47~0.69,说明这6个群体属于高度多态,遗传多样性水平较高。群体间遗传分化系数(F_(st))为0.27,表明6个大泷六线鱼群体之间存在明显的遗传分化。采用UPGMA法对6个大泷六线鱼群体进行聚类分析,发现大连和长海县大泷六线鱼群体亲缘关系较近且聚为一个分支,其他4个群体聚为另一分支。结合Hardy-Weinberg平衡检验分析,发现各群体表现出极显著的遗传不平衡,不符合Hardy-Weinberg平衡定律,表明6个群体大泷六线鱼遗传多样性较为丰富。综上说明,6个大泷六线鱼群体发生了较大的遗传分化,遗传多样性较为丰富。     

牙鲆回交、全同胞近交及其亲本家系的微卫星研究

应用10对微卫星引物对2007年建立的抗病家系之一(将其定义为亲本家系)及其回交家系和全同胞近交家系进行分析,结果发现10个位点的等位基因数为1.7～3.0,平均等位基因数为2.3,有效等位基因数为1.553 2～2.887 8,平均有效等位基因数为2.054 1,杂合度观测值为0.307 0～0.664 8,平均杂合度观测值为0.487 0,无偏期望杂合度值为0.200 0～0.606 8,平均无偏期望杂合度值为0.606 8,多态信息含量为0.233 4～0.579 4,平均多态信息含量为0.399 5,3个家系均为中度多态,多态信息含量从大到小依次为:亲本家系、回交家系、全同胞近交家系,其中Poli194TUF位点在全同胞近交家系中发生纯合.家系间的遗传分化系数为0.067 1,表明遗传变异有6.71%来自于家系间,家系间分化较低.根据家系间的遗传距离,利用UPGMA法进行聚类,亲本家系和全同胞近交家系聚为一类.全同胞近交家系纯化基因速率较快,适合牙鲆品系的快速建立.     

中华绒螯蟹野生群体和不同水系人工选育群体的遗传多样性分析

本研究利用10个微卫星分子标记分析了中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis) 3个不同水系人工选育群体(“长江1号”、“光合1号”和七里海河蟹)和1个海河流域自然群体的遗传多样性和遗传分化水平。结果显示，10个位点在4个群体中的等位基因数(N)为3~17，平均等位基因数为8.5~9.7，平均期望杂合度为0.720~0.745，平均观测杂合度为0.566~0.661，平均多态信息含量为0.687~0.716，近交系数(Fis)范围为–0.080~0.827。在40个群体–位点组合中，有13个群体–位点组合显著偏离哈迪–温伯格平衡(P<0.05)。遗传多样性分析结果显示，与海河自然群体相比，3个人工选育群体遗传多样性水平略有降低，但仍保持在较高水平，具有较大的选育潜力。遗传分化分析结果显示，群体间遗传分化指数(Fst)范围为0.015~0.075，遗传相似度为0.7702~0.9401，遗传距离为0.0617~0.2611。基于Nei’s遗传距离构建了群体UPGMA系统进化树，自然群体和“光合1号”聚为一支，而七里海河蟹群体单独聚为一支。综上所述，4个中华绒螯蟹群体间的遗传分化水平较低，群体遗传多样性较高。本研究将为中华绒螯蟹选育繁育和种质资源利用与管理等提供理论基础。     

西南大西洋阿根廷滑柔鱼遗传多样性的微卫星分析

西南大西洋阿根廷滑柔鱼(Illex argentinus)是重要的经济大洋性头足类,其种群结构较为复杂。本研究采用8个微卫星标记,对西南大西洋阿根廷滑柔鱼群体的遗传多样性进行了检测。8个基因座位上,共检测出172个等位基因,每个基因座位检测到10～30个等位基因不等。8个位点的平均观测等位基因数为21.500 0,平均有效等位基因数为12.074 1。各位点的观测杂合度(Ho)变化范围为0.300 0～0.775 0,期望杂合度(He)为0.484 2～0.977 0,平均观测杂合度为0.504 6,平均期望杂合度为0.873 4。8个微卫星位点的多态信息含量(PIC)平均值为0.853 6。以卡方检验估计Hardy-Weinberg平衡,发现8个基因座位均不符合Hardy-Weinberg平衡。Fst分析显示该群体无明显的遗传分化。研究结果揭示:西南大西洋阿根廷滑柔鱼种群显示了高水平的微卫星多态性,该海域阿根廷滑柔鱼群体的遗传多态性水平在经历了近十年的密集捕捞压力后没有明显的变化,同时证明微卫星分子标记是研究该物种自然种群的有利工具。     

大菱鲆4个引进地理群体遗传多样性的微卫星分析

利用12对微卫星分子标记对大菱鲆Scophthalmus maximus 4个引进地理群体进行遗传多样性分析.结果表明,等位基因数(A)为2～10个,平均等位基因数为4.3,有效等住基因数(M)为1.6～6.1,平均有效等位基因数为2.7,各位点的杂合度观测值(Ho)为0.000 0～0.562 5,杂合度期望值(He)为0.382 3～0.841 6.各群体之间无偏倚杂合度期望值由小到大依次为丹麦群体、英国群体、法国群体、挪威群体,运用SPSS软件对无偏倚杂合度期望值进行Kruskal-Wallis检验,其结果(H=4.438,df=3,P-0.218)表明,4个群体的遗传多样性差异不显著.群体间平均遗传分化指数(Fz)为0.111 7,各群体之问存在中度遗传分化.用UPGMA法进行聚类分析,4个群体聚为两类,挪威群体和丹麦群体聚为一类,法国群体和英国群体聚为一类.结合Hardy-Weinberg平衡和遗传偏离指数(d),4个群体都不同程度的偏离平衡.4个群体具有一定的遗传分化、较好的遗传多样性,适合作为大规模家系选育的基础群体.     

长牡蛎3代人工选育群体的微卫星分析

进行群体选育时,因近交机率增加和有效亲本数的减少,可能导致选育群体的遗传多样性下降,进而引起选育群体的性状衰退。为监测长牡蛎人工选育群体在选育过程中的遗传差异,实验应用微卫星DNA标记对长牡蛎野生和人工3代选育群体及其基础群体的遗传多样性进行了研究。微卫星10个位点在所有群体中均表现出较高的多态性,6个群体的平均等位基因数范围为24.0～29.7个,期望和观测杂合度分别为0.925～0.956和0.724～0.809。与野生群体和基础群体相比,长牡蛎选育3代群体的平均等位基因数和等位基因丰富度略有下降,但杂合度水平未发生明显变化。哈迪—温伯格平衡(HWE)检验结果显示,60个群体—位点组合中47个群体—位点组合显著偏离HWE平衡(P<0.05)。Fis指数均为正值,平均范围0.152～0.233,表明各群体在10个位点上表现为一定程度的杂合子缺失。各群体间Fst值的范围为0.008～0.025,遗传分化程度较弱。结果表明,连续3代的人工选育尚未明显降低长牡蛎群体的遗传多样性,仍可以一定的选择压力对选育群体进行人工选育,从而保证长牡蛎的优良生长性状得到持续提高。     

河鲈微卫星引物筛选

利用GenBank中获得的近缘物种微卫星序列设计的20对引物, 对河鲈养殖群体20个个体基因组DNA 进行扩增, 发现8对引物能扩增出特异性谱带, 获得32个等位基因, 5个位点的等位基因数大于或等于4个, 多态信息含量0. 3680~ 0. 7395, 5个位点多态信息含量为高度多态( PIC>0.5)。期望杂合度范围在0. 4154~ 0. 7936,观测杂合度普遍高于期望杂合度。个体识别率范围0.180~ 0. 620, 累积个体识别率为0. 9899, 单一微卫星位点的个体识别率普遍低于0. 8, 未出现高度多态性遗传标记。非父排除率范围在0. 2537~ 0. 6185, 累积非父排除率0. 9937, 4个位点的非父排除率高于0. 5, 属于高度多态性遗传标记。