微卫星分子标记指导镜鲤群体选育

本文用26个扩增效果好的微卫星分子标记分析了镜鲤（Cyprinus carpio L.）养殖亲本群体的遗传结构,指导其群体选育。本研究共检测到153个等位基因,片段大小为108~400 bp,平均等位基因数（A）5.8846个,平均有效等位基因数（Ne）2.8625个,平均观察杂合度（Ho）0.5063,平均期望杂合度...     

尼罗罗非鱼、奥利亚罗非鱼及其正、反杂交群体的遗传多样性

用7对微卫星引物检测了尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus）和奥利亚罗非鱼（O.aureus）群体及其正、反交群体共128个个体的遗传多样性。共检测到38个等位基因,尼罗罗非鱼、奥利亚罗非鱼、正交群体和反交群体的平均等位基因数分别为4.0、1.4、5.3和2.7,平均PIC值分别为0.557、0.099、0.590和0.497,平均观测杂合度分别为0.505、0.071、0.826和0.883,平均期望杂合度分别为0.622、0.117、0.684和0.598,杂合子偏离指数（D）分别为-0.146、-0.241、0.215和0.522。结果表明,正交群体的遗传多样性比两个亲本群体都高,反交群体介于两个亲本群体之间;正交群体的观测杂合度和期望杂合度也高于两亲本群体,反交群体的期望杂合度介于两者之间,但实际观测杂合度却最高;两亲本群体存在一定的杂合子缺失,而杂交群体则存在杂合子增加的现象,尤其是反交群体的观测杂合度大量增加。卡方检验表明,正交群体偏离Hardy-Weinberg平衡的位点较少（3个位点）,而其他3个群体大部分位点均偏离平衡,存在遗传漂变现象。4个养殖群体间遗传分化具有显著性（FST为0.081-0.610,P〈0.01）。UPGMA系统树显示,正交种与尼罗罗非鱼的亲缘关系较近。表明正交群体受亲本群体的影响最大,其生长优势除了性别因素外,遗传因素可能也具有重要作用。     

仿刺参中国群体与韩国群体杂交子代微卫星标记分析

应用微卫星DNA技术对仿刺参中国群体、韩国群体及其杂交后代的遗传多样性进行了研究。15对微卫星引物共扩增获得60个等位基因,平均等位基因数为4,平均有效等位基因数为2.5855。3个群体的平均观测杂合度分别为0.2965、0.3548、0.2755,平均期望杂合度为0.5296、0.5574、0.5364,多态性信息含量为0.0000~0.8480,平均值为0.4653、0.4860和0.4630。Hardy-Weinberg平衡的P值检验,发现3个群体普遍存在偏离平衡的现象。试验结果表明,15个位点中,14个位点为中度或高度多态,3个群体多样性处于中等偏上水平;韩国群体的遗传多样性水平在3个群体中最高,杂交后代并未表现出明显的杂种优势,但在某些微卫星位点观测到的等位基因频率和基因型频率表现出与亲本的差异,说明杂交过程使后代获得了一定程度的遗传分化,中国群体与韩国群体的杂交后代具一定的选育潜力。     

白梭吻鲈3个群体的遗传结构比较

为了加强良种选育工作,切实做好亲本遗传管理,防止近交衰退的发生,利用20个微卫星分子标记对白梭吻鲈(Sander lucioperca)新疆野生群体及山东和苏州2个养殖群体的遗传结构进行检测。结果表明,20个微卫星标记中18个有扩增产物,14个呈现多态性;每个位点的等位基因数为2~6个,平均等位基因数为3.6个,3个群体的平均等位基因数为2.57~3.36,平均观测杂合度为0.5085~0.5621,平均多态性信息含量为0.3931~0.4764,表明3个白梭吻鲈群体的遗传多样性处于中等偏低水平,遗传多样性大小为:新疆群体苏州群体山东群体。群体的Fst为0.1798,表明群体间有一定的遗传分化。在白梭吻鲈人工繁殖与养殖过程中,必须加强亲本遗传结构监测并维持一定数量的亲本规模,以利于其产业的持续发展。     

长牡蛎3代人工选育群体的微卫星分析

进行群体选育时,因近交机率增加和有效亲本数的减少,可能导致选育群体的遗传多样性下降,进而引起选育群体的性状衰退。为监测长牡蛎人工选育群体在选育过程中的遗传差异,实验应用微卫星DNA标记对长牡蛎野生和人工3代选育群体及其基础群体的遗传多样性进行了研究。微卫星10个位点在所有群体中均表现出较高的多态性,6个群体的平均等位基因数范围为24.0～29.7个,期望和观测杂合度分别为0.925～0.956和0.724～0.809。与野生群体和基础群体相比,长牡蛎选育3代群体的平均等位基因数和等位基因丰富度略有下降,但杂合度水平未发生明显变化。哈迪—温伯格平衡(HWE)检验结果显示,60个群体—位点组合中47个群体—位点组合显著偏离HWE平衡(P<0.05)。Fis指数均为正值,平均范围0.152～0.233,表明各群体在10个位点上表现为一定程度的杂合子缺失。各群体间Fst值的范围为0.008～0.025,遗传分化程度较弱。结果表明,连续3代的人工选育尚未明显降低长牡蛎群体的遗传多样性,仍可以一定的选择压力对选育群体进行人工选育,从而保证长牡蛎的优良生长性状得到持续提高。     

五个斑点叉尾群体的微卫星遗传多样性分析

用8对微卫星引物对1997-2004年引进的5个斑点叉尾群体进行遗传多样性分析,计算并统计等位基因数、多态信息含量（PIC）、杂合度、遗传相似性系数、遗传距离等参数。实验显示8个微卫星位点在5个斑点叉尾群体中共检测到42个等位基因,平均期望杂合度为0.6338～0.7320,表明其遗传多样性程度处于中等偏上水平。平均多态信息含量为0.5756～0.6869,说明基因座为高度多态基因座（PIC〉0.5）。群体间遗传相似系数为0.7504～0.9203。聚类分析显示,04群体与其他4个群体的亲缘关系较远。结果表明：引进的5个斑点叉尾群体均具有较高的遗传多样性,遗传信息丰富,遗传变异大,为良好的育种材料。     

利用微卫星荧光多重PCR技术分析壳白长牡蛎3代人工选育群体的遗传多样性

为了探讨壳白长牡蛎人工选育对群体遗传变异的影响,实验利用4个多重PCR组合共10个微卫星标记分析了连续3代壳白长牡蛎人工选育群体和野生群体及基础群体的遗传多样性。结果发现,6个群体的平均等位基因数量为7.2~12.6,等位基因丰度为6.8~11.0,期望和观测杂合度分别为0.672~0.769和0.486~0.542;与野生群体相比,3代选育群体的平均等位基因数显著降低,但平均期望杂合度并无显著差异。哈迪—温伯格平衡检验结果显示,在60个群体—位点组合中有39个群体—位点组合显著偏离哈迪—温伯格平衡,近交系数F_(is)范围为0.215~0.342。群体间遗传分化指数F_(st)范围为0.005~0.076,处于中—低等的遗传分化水平。研究表明,虽然连续选育对群体的遗传多样性和遗传分化造成了一定程度的影响,但人工选育群体依然表现为较高的遗传多样性,仍可以一定的选择压力对选育群体进行人工选育。     

性状相关微卫星标记分析黄河鲤群体的遗传潜力

利用21个微卫星标记分析一个黄河鲤繁殖群体,以检测其遗传潜力及与生长性状(体重、全长、体长等)相关的标记。共检测到122个等位基因,等位基因数为2~10,平均有效等位基因数为3.3706,平均观察杂合度为0.5893,平均期望杂合度为0.6578,平均多态信息含量为0.6108,分析结果表明:该群体的多样性水平较高。经X2检验,群体处于Hardy-Weinberg平衡状态。有8个标记分别与体重、全长、体长、体高等性状具有显著相关性。其中,标记CAFS2203与体厚、头宽、尾柄长呈极显著相关(P0.01),标记CAFS1603与吻长极显著相关(P0.01),标记CAFS1639与尾柄高极显著相关(P0.01)。本研究结果可以为黄河鲤的分子育种与选育提供参考。     

白斑狗鱼F1代微卫星标记及其与生长性状的相关性

用8对微卫星标记分析白斑狗鱼Esox lucius人工繁育的PIT标记F1代群体的遗传结构,并分析其与5个形态性状的相关性。结果表明:8对微卫星位点平均有效等位基因数为2.8943,平均观测杂合度为0.5473,平均预期杂合度为0.6084,多态信息含量平均为0.5572,遗传偏离指数平均为-0.1634。白斑狗鱼F1代的遗传多样性略低于亲本,但仍具有较高的遗传多样性。对形态性状与基因型的相关分析,找到一个与全长、体高、体厚相关的位点P2。多重比较结果显示:P2位点基因型AA、BC、BB对生长起正面作用,而基因型AB、AC起负面作用。     

德国镜鲤选育系F_4天津群体中不同体型的遗传结构分析

本文利用15对微卫星分子标记,对德国镜鲤选育系F4天津群体中的高背型和长条型德国镜鲤的遗传结构进行分析.结果表明:两种体型德国镜鲤F4群体平均等位基因数分别为5.0和5.1,平均期望杂合度分别为0.5527和0.5591,平均观测杂合度分别为0.5906和0.5824,平均多态信息含量分别为0.5653和0.5470.以卡方检验估计群体Hardy-Weinberg平衡显示有大部分位点发生了偏离.两体型间遗传相似性为0.8330,相似性较高.群体间遗传分化微弱(Fst=0.0242),群体内变异占总变异的97.58%.说明高背型德国镜鲤和长条型德国镜鲤在遗传结构上差异较小.由天津群体的等位基因数为5.05,期望杂合度为0.5559,观测杂合度为0.5865,多态信息含量为0.5562,可知天津群体属于中度多态,遗传多样性保持较高水平.     

微卫星分子标记辅助镜鲤家系构建

用微卫星标记辅助进行镜鲤(Cyprinus carpio L.)家系的建立及选育,通过对亲本遗传结构及遗传差异的分析,预测产生优良家系的最佳配组。用28个微卫星分子标记评估松浦镜鲤亲本群体的遗传潜力,结果显示,群体的多态信息含量(PIC)达到0.5627,处于高度的遗传多样性水平,具备进一步繁育筛选优良群体的潜质。用x2检验和遗传偏离指数(d)估计Hardy-Weinberg平衡,结果表明群体处于平衡状态,但在16个位点表现出杂合子缺失,这可能跟长期的人工选择有关。依据个体间的遗传距离,连续2年共建立1对1亲本的繁育家系70个,用网箱分别养殖,2月龄家系体长均值为7.24～10.60cm,体质量均值为14.02～40.63g,方差分析显示家系间体长、体质量差异均极显著;对其中4个家系1龄鱼种生长情况及遗传结构分析也表明家系间的遗传分化较大,近交系数(Fst)达到0.1537,家系的多态信息含量在0.3056～0.4077之间,保持中度多态水平。由子代家系的生长和遗传结构两方面的实验结果证实了微卫星在辅助家系建立尤其是亲本选配方面具有较好的预测性,所获得的家系差异较大,具备进一步选育优良家系的潜力,从而证实了用此方法对现有镜鲤种质进行遗传改良是可行的。     

源于鳞被相关基因的微卫星标记与鲤 4 种生长性状的相关性分析

选用来源于鲤基因组中的鳞被相关基因(ant、eda、edar、fgfr)及其上下游序列中的155个微卫星标记,对德国镜鲤(Cyprinus carpio L.)与黑龙江野鲤(Cyprinus carpio haematopterus)杂交的F2 116尾个体的遗传多样性进行检测,以卡方检验估计群体Hardy-Weinberg平衡.结果表明,36个微卫星标记表现为多态,各标记的等位基因数在2～4个浮动,共检测到86个等位基因,平均每个标记2.388 9个;平均有效等位基因数为2.209 4;平均观测杂合度为0.624 5;平均期望杂合度为0.529 2;平均多态信息含量为0.432 1,其中23个微卫星标记表现为中度多态(0.25≤PIC＜0.5),13个微卫星标记表现为高度多态(PIC≥0.5),说明这个群体属于中度多态性水平.Hardy-Weinberg平衡检验结果显示,61％标记显著偏离平衡,人工选择压力和自交对家系造成了严重的影响.SPSS 17.0分析发现分别有10(28％)、7(19％)、7(19％)和11个(31％)标记与体质量、体长、体高和体厚存在显著相关性,并发现11个优势基因型.源于鳞被相关基因的微卫星标记与生长性状连锁的比例较高,以上结果从分子水平上提示鳞被基因与所研究4种生长性状存在一定的相关性.     

3个德国镜鲤养殖群体遗传变异的微卫星分析

利用10个多态微卫星标记对我国北方不同地区3个德国镜鲤(Cyprinus carpioL.mirror)群体(绥化,BL;哈尔滨,BZ;天津,TJ)的遗传多样性及群体间的亲缘关系进行研究。结果显示,3个养殖群体在10个位点上表现出较高的多态性,其中9个位点表现为高度多态(PIC>0.5);平均杂合度为0.629 3;10个位点共检测出144个等位基因;BL与TJ群体的总体变异水平高于BZ群体。Nei氏DA遗传距离分析显示,BL与TJ群体的遗传距离最近,而与BZ群体的遗传距离最远;群体间遗传分化微弱(Fst=0.031 5),群体内变异占总变异的96.85%,3个群体各自特有的等位基因频率普遍较低(0.0125~0.1500),群体共有的等位基因频率相对较高。上述结果表明,3个德国镜鲤养殖群体仍保持着较高的遗传多样性,群体间未产生明显的遗传分化。     

团头鲂3个选育群体遗传潜力的微卫星分析

为从遗传多样性的角度了解团头鲂(Megalobrama amblycephala)3个选育群体的遗传潜力,该研究以团头鲂"浦江1号"选育奠基群体(F_0)为对照组,采用14个多态性转录组微卫星标记评估了团头鲂3个选育群体的遗传多样性,分析其遗传潜力。结果显示,3个选育群体平均每个位点的等位基因数(A)为7.928 6~8.785 7,有效等位基因数(A_E)为4.409 4~4.878 4,观察杂合度(H_O)为0.491 1~0.574 4,期望杂合度(HE)为0.741 3~0.751 8,多态信息含量(PIC)为0.691 2~0.705 2,近交系数(FIS)为0.229~0.352。3个选育群体的遗传多样性水平(AE、HE)均高于F0群体,但不存在显著差异(P0.05)。3个选育群体的有效群体大小(N_e)为11.0~29.3,在近期可能经历过遗传瓶颈。3个选育群体间D_A、D_(SW)遗传距离分别为0.175 4~0.358 8、0.804 7~1.054 4。该结果表明,3个选育群体的遗传多样性较高,遗传潜力较大,但因有效群体数量较少和瓶颈效应的影响,存在杂合度下降和近交衰退的风险,今后需采取科学措施来保护选育群体的遗传潜力。     

德国镜鲤选育系F4天津群体中不同体型的遗传结构分析

本文利用15对微卫星分子标记，对德国镜鲤选育系F4天津群体中的高背型和长条型德国镜鲤的遗传结构进行分析，结果表明：两种体型德国镜鲤F4群体平均等位基因数分别为5．0和5．1，平均期望杂合度分别为0．5527和0．5591．平均观测杂合度分别为0．5906和0．5824，平均多态信息含量分别为0．5653和0．5470。以卡方检验估计群体Hardy—Weinberg平衡显示有大部分位点发生了偏离。两体型间遗传相似性为0．8330，相似性较高。群体间遗传分化微弱（Fst=0．0242），群体内变异占总变异的97．58％。说明高背型德国镜鲤和长条型德国镜鲤在遗传结构上差异较小。由天津群体的等位基因数为5．05，期望杂合度为0．5559，观测杂合度为0．5865，多态信息含量为0．5562，可知天津群体属于中度多态，遗传多样性保持较高水平。     

长江草鱼多态微卫星位点的分离及后备亲鱼的遗传多样性分析

本研究采用磁珠富集法分离了10对具有多态性的草鱼(Ctenopharyngodon idellus)微卫星位点,并对140条长江野生草鱼组成的后备亲鱼群体的遗传结构进行了分析。结果显示:本试验得到的草鱼微卫星序列主要是以2个碱基为重复单位、重复次数在5～22之间的多重复单元,重复次数在10次以上的微卫星序列较易得到多态性;77个微卫星座位中,完美型、非完美型和混合型微卫星标记所占的比例分别为87.01%、2.60%和10.39%;群体遗传分析显示,10个多态性微卫星座位中,除了GC39座位外,其它座位都符合哈迪-温伯格平衡,适用于草鱼群体的遗传结构分析;每个座位检测到3～8个等位基因,平均有效等位基因数为3.9302,多态信息含量在0.4129～0.8107之间变动,平均为0.6678,除了GC78座位为中度多态外,其他9个座位均为高度多态。基因分化系数、Shannon指数、平均观测杂合度和平均期望杂合度的平均值分别为0.3457、1.4262、0.9511和0.7193,表明该群体的遗传多样性比较丰富。     

三疣梭子蟹多态性微卫星DNA标记的筛选及评价

根据前人FIASCO方法构建的三疣梭子蟹微卫星富集文库,对含微卫星的DNA序列设计了71对引物并对其进行了多态性筛选,筛选出21对多态的微卫星引物,对三疣梭子蟹1个野生群体的30个个体进行遗传多样性检测,同时对引物进行评价。21个位点共获得了188个等位基因,平均每个位点扩增得到8.9个等位基因。不同引物获得的等位基因数差异较大,从3～13个不等,其中Pot8、Pot37、Pot48、Pot53、Pot54、Pot66六个位点分别获得了11、12、12、11、13、11个等位基因,而Pot46仅获得了3个等位基因。等位基因的大小分布在131～312bp,基本符合引物设计时理论产物长度。21个微卫星位点的期望杂合度的范围为0.659～0.889,PIC值均高于0.5,表明它们都有很高的杂合度,均可用于三疣梭子蟹种群遗传结构分析,为三疣梭子蟹品种选育、种系评估提供更多的微卫星DNA信息。