鳡肌肉生长抑制素(MSTN)基因的克隆及其组织特异性表达分析

以鳡肌肉总RNA为模板,采用RTPCR和RACE的方法,获得了鳡肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因的3个重叠片段,测序后拼接得到2 177 bp全长cDNA序列,其包含了5′端非翻译区的89个核苷酸和3′端非翻译区1 052个核苷酸以及1 125个核苷酸的开放性阅读框,翻译编码375个氨基酸,其中前22个氨基酸为鳡MSTN的信号肽。鳡MSTN具有MSTN的共同特征,有蛋白酶水解位点RIRR和在C端生物活性区含9个保守的半胱氨酸残基。核苷酸和氨基酸同源性分析发现鳡MSTN与厚颌鲂、草鱼和鲤等鲤形目鱼类的同源性较高,与鲈形目的同源性较低,与哺乳动物和鸟类的同源性最低;系统发育分析表明鳡MSTN与厚颌鲂亲缘关系最近。 半定量RT-PCR分析表明,该基因在肌肉和脑中表达量最高,在心肌中也有较高表达,在肝脏、肠、鳃和肾等组织中未见明显表达,此结果表明鳡MSTN基因除对肌肉生长发育有调控作用以外,可能还有其他功能。     

鲤胸腺素Tβ全长cDNA的克隆与序列分析

应用荧光DDRT-PCR从鲤外周血白细胞克隆了鲤胸腺素β(thymosinβ,Tβ)基因cDNA全序列。序列分析表明,TβcDNA全长528bp,其完整的读码框架位于40～178bp,编码46个氨基酸,5'非编码区长39bp,3'非编码区长为348bp,且具有Poly(A)加尾信号(AATAAA),将该基因序列递呈GenBank,注册序列号为AY457946。氨基酸序列同源性分析显示,鲤Tβ氨基酸序列与鲤Tβa、斑马鱼Tβa及斑马鱼Tβ-2同源性均为84%。在系统发生树上,鲤Tβ与鲤、斑马鱼、白斑狗鱼和鲑Tβa及斑马鱼Tβ2聚类。     

鲤脂肪酸合成酶基因的克隆与表达分析

脂肪酸合成酶(FASN)是动物体内脂肪酸合成的关键酶。本研究利用逆转录PCR和RACE技术获得鲤Cyprinus carpio FASN全长cDNA序列为8 927bp,开放阅读框7 533bp,编码2 511个氨基酸。FASN蛋白质相对分子量274 145.67D,理论等电点(PI)为6.10。氨基酸同源性分析结果显示:鲤FASN基因与其他鱼类同源性为75.13%~95.34%,与人同源性为61.81%。系统进化树结果显示:鲤FASN氨基酸序列与金线鲃Sinocyclocheilus grahamia聚为一支,同源性最高。实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测结果表明:FASN基因鲤脑组织中表达量最高,肝脏次之,血液中最低。鲤FASN基因的获得为进一步深入研究鲤脂肪酸的合成途径及脂肪发育分子调控机制奠定了基础。     

三角鲂形态特征和胰岛素样生长因子-Ⅰ基因的序列分析(英文)

对三角鲂(Megalobramaterminalis)形态学特征进行研究,用RT-PCR的方法从三角鲂肝脏克隆了三角鲂胰岛素样生长因子-Ⅰ(IGF-Ⅰ)基因的cDNA序列。三角鲂传统的形态学数据与团头鲂相似。序列分析表明,三角鲂IGF-ⅠcDNA由486个核苷酸构成,编码161个氨基酸,包含整个信号肽、B、C、A、D和E区,与鲂属团头鲂比较,三角鲂与团头鲂IGF-ⅠcDNA序列同源性为99.8%,氨基酸序列同源性为99.4%。由此可见三角鲂的遗传学特征与团头鲂非常相似。     

镜鲤脂肪酸延长酶5基因的克隆和表达分析

脂肪酸延长酶5(ELOVL5)是高不饱和脂肪酸(HUFA)合成的关键酶之一。为了研究鲤HUFA合成的能力和机制,本研究采用RT-PCR和RACE技术获得镜鲤ELOVL5全长c DNA序列。ELOVL5基因c DNA全长1 121 bp,开放阅读框为876 bp,编码291个氨基酸。序列分析显示,镜鲤ELOVL5氨基酸序列包含1个组氨酸簇(HXXHH),1个典型的内质网驻留信号,多个跨膜区域和多个保守区域(KXXEXXDT、QXXFLHXYHH、NXXXHXXMYXYY、TXXQXXQ),具有典型的脂肪酸延长酶的结构特征。氨基酸同源性分析结果显示,镜鲤ELOVL5基因与其他鱼类同源性为79.0%~93.1%,与人同源性为69.0%。通过实时荧光定量PCR(RT-q PCR)检测该基因在镜鲤不同组织中的表达量,发现脂肪酸延长酶基因在镜鲤肝中表达量最高,其次为脑,在背部肌肉中表达量最低。镜鲤ELOVL5基因的获得为进一步研究镜鲤HUFA的合成途径及调控机理奠定了基础。     

鳜传染性脾肾坏死病毒核糖核酸酶III基因结构及序列分析

测定了鳜传染性脾肾坏死病毒 (ISKNV)核糖核酸酶III(RNaseIII)基因的核苷酸全序列。该基因完整读码框为 771bp ,GC含量为 5 2 .5 3% ,编码一个长为 2 5 6个氨基酸、分子量为 2 8.9kD的推定蛋白。其上下游序列各有一个TATAbox ,终止子下游有一段回文序列。与其它物种相比 ,ISKNV与虹彩病毒 (包括LCDV - 1和CIV)的核糖核酸酶III基因的氨基酸序列同源性较高 ,与酵母、线虫等物种的相应基因的同源性较低     

鳜传染性脾肾坏死病毒核糖核酸酶Ⅲ基因结构及序列分析

测定了鳜传染性脾肾坏病毒（ISKNV）核糖核酸酶Ⅲ（RNaseⅢ）基因的核苷酸全序列。该基因完整读码框为771bp,GC含量为52.53%，编码一个长为256个氨基酸、分子量为28.9kD的推定蛋白。其上下游序列各有一个TATA box，终止子下游有一段回文序列。与其它物种相比，ISKNV与虹彩病毒（包括LCDV－1和CIV）的核糖核酸酶Ⅲ基因的氨基酸序列同源性较高，与酵母、线虫等物种的相应基因的同源性较低。     

三角鲂形态特征和胰岛素样生长因子-Ⅰ基因的序列分析

对三角鲂(mEGALOBRAMA TERMINALIS)形态学特征进行研究，用RT—PCR的方法从三角鲂肝脏克隆了三角鲂胰岛素样生长因子-Ⅰ(IGF-Ⅰ)基因的cDNA序列。三角鲂传统的形态学数据与团头鲂相似。序列分析表明，三角鲂ICE-Ⅰ cDNA由486个核苷酸构成，编码161个氨基酸，包含整个信号肽、B、C、A、D和E区，与鲂属团头鲂比较，三角鲂与团头鲂IGF-Ⅰ cDNA序列同源性为99．8％，氨基酸序列同源性为99．4％。由此可见三角鲂的遗传学特征与团头鲂非常相似。     

鲂属鱼类线粒体基因组的比较及其系统发育分析

基于GenBank中团头鲂线粒体基因组全序列和三角鲂、厚颌鲂、广东鲂的部分线粒体基因组序列,设计引物扩增出三角鲂、厚颌鲂和广东鲂3种鱼线粒体基因组全序列,同时对4种鲂属鱼类线粒体基因组全序列进行了比较分析。结果表明,4种鲂属鱼类线粒体基因组基因排列顺序完全相同,排列紧密,均包含13个蛋白质编码基因、22个tRNA、2个rRNA、1个非编码控制区(D-loop区)和1个轻链复制起始区(OL区)。除ND6和8个tRNA在L链上编码外,其余的基因均在H链上编码。4种鲂属线粒体基因组13个蛋白质编码基因中,均呈现出较强的A+T偏向性和C碱基偏好。全序列比对结果显示,共有758个变异位点,其中非简约性信息位点有691个,占总变异位点的91.16%,简约性信息位点有67个,仅占总变异位点的8.84%。22个tRNA基因中只有11个存在种间变异,共23个变异位点,主要发生在tRNA三叶草结构的TΨC和DHU臂环上。13个蛋白质编码基因中共检测出626个变异位点,这些变异主要发生在密码子第三位,占总变异位点的82.59%,其中变异位点数最多的是Cyt b基因,达84个,其次是ND 4基因(83个)。因此,Cyt b和ND4基因可作为备选的分子标记,用于鲂属群体间的遗传学研究。基于4种鲂属鱼类线粒体基因组全序列构建的ML树和BI树均显示,三角鲂与厚颌鲂的亲缘关系最近,团头鲂与它们的亲缘关系相对较近,而广东鲂与前述3种鲂属鱼类的亲缘关系均较远。     

三疣梭子蟹Sox基因HMG盒的克隆分析

利用能扩增人类SRY基因HMG盒的一对简并引物,分别对三疣梭子蟹雌雄个体基因组DNA进行扩增,均得到216 bp和约400 bp的两条带,不存在性别差异,通过PCR-SSCP分析,未发现雌蟹或雄蟹所特有的Sox基因。对216 bp的带进行克隆测序得到6个Sox基因,分别命名为PTSox21、PTSox12、PTSox11a、PTSox11b、PTSox11c和PTSox4。其中,PTSox21、PTSox12和PTSox4氨基酸序列与人类Sox21、Sox12和Sox4基因的同源性分别为90%、66%和63%,PTSox11a、PTSox11b和PTSox11c氨基酸序列均与人类Sox11基因有63%的同源性。此外,PTSox11a和PTSox11b的氨基酸序列之间的同源性达到了98.6%,只在第44位氨基酸残基不同。与其他物种Sox基因氨基酸序列的同源性比较发现,PTSox21与饰纹姬蛙Sox2a有92%的同源性,而PTSox12、PTSox11a、PTSox11b和PTSox11c均与意大利蜜蜂的Sox1有73%的同源性,PTSox4与意大利蜜蜂的Sox1有72%的同源性。     

皱纹盘鲍肌动蛋白基因启动子的克隆和序列分析

从皱纹盘鲍雌性个体的足部肌肉提取总DNA后，通过聚合酶连式反应（PCR）技术扩增得到一个扩增产物。经克隆、筛选、确定重组子产物。测序得到了长度为511bp的启动子片段。分析测序结果发现，皱纹盘鲍肌动蛋白基因启动子DNA序列与目前己知的红鲍相应序列的相似度为95%；GC碱基含量为38.93%，较红鲍的低（59.2%）；所得序列含有高度保守的基本表达调控元件，即一个CAAT框和四个TATA框。     

石斑鱼一氧化氮合酶cDNA的分子克隆及序列分析

一氧化氮合酶(nitricoxidesynthase,NOS)专一性催化L-精氨酸转化为L-瓜氨酸和一氧化氮(nitricoxide,NO),产物NO是一种重要的生物信使分子,对其功能和代谢的研究越来越受人们的重视[1]。国际上,鱼类NOS的研究还刚起步,已有研究者在鱼类中检测到NOS的存在[2-5]。虹鳟[6]、金鱼[4]、大西洋鲑[7]和沟鲶[8]的诱导型NOS(iNOS)和神经型NOS(nNOS)的部分序列已鉴定。国内对哺乳动物的NOS也进行了研究[9-11],尚未见关于鱼类NOS方面的研究报道。JOURNALOFFISHERIESOFCHINA　　　　　　　　　　　Vol.27,No.4　斜带石斑鱼(Epin…     

RACE法分离团头鲂生长抑素全长cDNA及其序列测定

生长抑素具有抑制脑垂体GH释放的作用，是调控鱼类生长的主要激素之一。本研究采用RT和RACE(rapid amplification of cDNA ends)法，分离和测定了团头鲂脑中生长抑素PSSI cDNA的全长核苷酸序列，并对该基因进行了结构和系统进化分析。3’RACE扩增得到700bp左右的片段，5’RACE分离得到500bp左右的片段，把3’片段与5’片段拼接得到全长cDNA。cDNA全长735bp[不含poly(A)]，5’端非翻译区有100nt。3’端290bp[不包含poly(A)]，阅读框(open reading frame，ORF)345bp。该序列与金鱼PSSI cDNA序列同源性为90％，主要差异在5’端非翻译区。团头鲂生长抑素mRNA阅读框编码114个氨基酸，包括一些酶切位点，产生26个氨基酸的大分子态生长抑素，进一步加工成与人等结构相似的14个氨基酸的生长抑素；团头鲂生长抑素前体氨基酸序列与金鱼、虹鳟、鲶鱼、鲅鱇、蛙、牛、鼠、鸡、猴、人等的比较发现，它与金鱼的同源性最高达95％，与鮟鱇最低50％，与人68％。这说明生长抑素基因在长期的进化中相当保守，同时，也因为鱼类生活环境多样导致基因变异较大。     

淇河鲫肌肉营养成分分析及营养价值评定

测定了10尾淇河鲫的含肉率及其肌肉的常规营养成分和氨基酸组成,并对其营养价值作了综合评定。该鱼含肉65.72%。鱼肉鲜重含蛋白质19.39%,脂肪2.96%。17种氨基酸总量为18.22%,其中7种必需氨基酸量为7.37%。必需氨基酸指数为85.37。氨基酸分和化学分分别为0.56和0.34。     

鱿鱼鱼精蛋白的提取工艺优化研究

通过单因素和正交试验研究了鱿鱼精巢提取鱿鱼鱼精蛋白的优化工艺,并对优化工艺提取的鱿鱼鱼精蛋白进行了分析.结果表明,最佳提取工艺为硫酸浓度0.3M、硫酸用量为3倍、提取次数2次、冷乙醇用量为3倍;该条件下,鱿鱼鱼精蛋白的得率为3.42％,蛋白质含量达93％,且氨基酸组成齐全,碱性氨基酸占26.20％,其中精氨酸占9.61％,Tricine-SDS-PAGE电泳结果分析表明其组成成分比较复杂.     

加州鲈肌肉生长抑制素(MSTN)cDNA的克隆和序列分析

肌肉生长抑制素是抑制肌肉生长和发育的生长调控因子。对运用RT-PCR和RACE技术从加州鲈成鱼肌肉总RNA中扩增得到的MSTN cDNA全序列进行了序列分析。结果表明,加州鲈MSTN cDNA全长为1626bp,其开放阅读框为1 134bp,共编码377个氨基酸,前面的22个氨基酸为信号肽,中间有四个氨基酸(RARR)为蛋白水解加工位点;该基因总共有13个半胱氨酸残基,后面9个在蛋白水解加工位点之后的C端生物活性区,与其它脊椎动物比较,它们的位置完全一致,对该基因的结构和功能非常重要。与GenBank中已知的条纹狼鲈、金鲷、斑马鱼、虹鳟、斑点叉尾鮰、人、猪、鸡、鸽MSTN的ORF相比较,核苷酸序列同源性为63%~94.4%,氨基酸同源性为61.4%~96%,特别是在C端生物活性区氨基酸同源性为88.1%~100%,高度的保守性反映了该基因受到了高度的进化限制以及功能的重要性。加州鲈MSTN基因的克隆为研究该基因打靶和鱼类肌肉发育调控机理奠定了基础。     

斑鳠的含肉率及肌肉营养评价

测定了4尾斑鱯的含肉率及其营养成分,并对其营养价值进行综合评定。该鱼(鲜样)含肉率 73.37％;肌肉中含粗蛋白 19.60％,粗脂肪 0.36％,粗灰分 1.20％,水分 3.18％,无氮浸出物0.33％。干物质中水解氨基酸总量84.63％,其中必需氨基酸36.19％,占氨基酸总量的 42.77％;游离氨基酸总量 593.96mg/100g;必需氨基酸指数为 53.18。认为斑鱯是一种营养价值较高的淡水优质品种。     

草鱼HSP70基因cDNA部分序列克隆及其组织表达差异

根据鲤热休克蛋白70(Heat shock protein,HSP70)序列(AY120894)设计并合成一对引物,以草鱼(Cteno-pharyngodon idella)肝胰脏组织总RNA为模板,RT-PCR扩增获得草鱼HSP70基因cDNA部分序列,并进行了组织表达差异性研究。结果显示:所获为序列为480 bp,获得GeneBank登陆号为FJ483832。序列测序结果显示,HSP70扩增序列与鲤、斑马鱼、鲋的同源性为:93%、91%、93%。另外,所获序列HSP70在草鱼脂肪、肌肉、肠、脑、粘液、性腺、鳔、肝胰脏、心脏、脾脏、鳃、鳍12个组织的表达存在差异,HSP70在草鱼这12个组织中均检测到表达,其中在鳍中表达最高,极显著高于其他组织(P<0.01);在鳔中表达次之,且与脑、心脏、性腺中表达差异不显著;在粘液中表达最低。     

西伯利亚鲟CXCR7基因cDNA全长的克隆及其表达分析

采用RT-PCR和cDNA末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNA ends,RACE),首次克隆了西伯利亚鲟(Acipenser baerii)的CXCR7a和CXCR7b基因的全长cDNA。CXCR7a的cDNA全长为2 325 bp(登录号为:JQ034508),包括207 bp的5'端非翻译区(UTR)、可编码362个氨基酸的1 086 bp的开放阅读框(ORF)及包括poly(A)尾巴在内的大小为1 032 bp的3'端非翻译区(UTR);CXCR7b的cDNA全长为2 423 bp(登录号为:JQ034509),包括209 bp的5'端非翻译区(UTR)、可编码370个氨基酸的1 110 bp的开放阅读框(ORF)及包括poly(A)尾巴在内的大小为1 104 bp的3'端非翻译区(UTR),并对它们编码的蛋白质序列的分子特征进行了分析。氨基酸序列相似性(similarity)分析表明,CXCR7a与人(Homo sapiens)、小鼠(Mus musculus)、非洲爪蟾(Xenopus laevis)、斑马鱼(Danio rerio)的CXCR7相似性分别为82.6%、81.4%、80.9%、81.0%;CXCR7b与人、小鼠、非洲爪蟾、斑马鱼的CXCR7相似性分别为82.9%、82.3%、80.8%、82.5%;西伯利亚鲟CXCR7a与其CXCR7b的相似性最高为96.5%。系统进化树分析显示,西伯利亚鲟与斑马鱼聚为一簇,两栖类聚为一簇,其它高等脊椎动物再进行聚类。对CXCR7a和CXCR7b在各发育时期胚胎及仔鱼的表达状况分别进行定性分析表明,CXCR7a在除卵裂期、囊胚期的胚胎外,其在原肠胚中期至出膜1 d的仔鱼的各时期中均具有表达,CXCR7b在卵裂期至出膜1 d的仔鱼的各时期中均具有表达。另外,从基因组DNA水平上表明CXCR7a和CXCR7b来自不同的基因拷贝。这些结果为进一步研究CXCR7在西伯利亚鲟侧线系统发育中的作用提供了新的基础资料。     

真鲷天然抗性相关巨噬蛋白全长cDNA的克隆与序列分析

Natural resistance associated macrophage protein (Nmmp) is an innate resistance protein to intracellular parasites, which is expressed plentifully in macrophage ceils. Nramp has been studied in mouse, human, cattle, rainbow trout and channel catfish.However, tittle was known about the structure of Pagrus major Nramp. In order to get the complete sequence of Pagrus major Nramp, a pair of primer is designed according to a 200bp known sequence of Pagrus major Nramp cDNA. By the use of SMART RACE, the full Nramp of Pagrus major cDNA about 5 000 bp was obtained, including about 200 bp 5‘ terminal region (UTR),complete encoding region and 3‘ terminal region. There were 3 ployA signals, which showed many possibilities of cutting at 3‘ terminal region. The character of Pagrus major Nramp nucleotide sequence and deduced amino acid sequence are analyzed. 12 putative transmembrane(TM) regions, a consensus transport motif (CTM), a predicted protein kinase C phosphroylation site and three predicted N-link glycosylation sites are indicated in its deduced amino acid sequence. The ‘consense transport motif‘ CTM is located etween TM8 and TM9. Furthermore, a protein kinase C phosphroylation site and three N-link glycosylation sites were predicted. The lignment of amino acid sequences between Pagrus major Nramp cDNA and several animals is analyzed and the deduced amino acid equence of Pagrus major Nrarnp had 77.8%, 83.0%, 82.3%, 80.0%, 81.1%, 60.4%, 70.3%, 58.5%, 69.5% identity ith rainbow trout α(AAD20721), rainbow trout β(AAD20722), channel catfish(AF400108), fathead minnow (AAF01778),common carp (CABal96), mouse 1 ( AAA39838 ), mouse 2 ( AAC42051 ), human 1 ( D50403 ), human 2 ( NP - 0(106(18 ),respectively. The alignment reveals high conservation in TM and CTM regions. Analysis result makes us get familiar with the structure nd character of fish Nramp, furthermore, offers some infonnat/on for the enhancement of immunity of fish and genetic amelioration on fish breeding.