淇河鲫与不同品系锦鲤杂交F1代遗传多样性研究

以淇河鲫为母本,红色、白色、黄色和黑色4品系锦鲤为父本,杂交生产F1代,淇河鲫自交作为对照。运用PCR技术扩增了父母本及F1子代的线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因片段。用ClustalX软件对序列结果进行统计和分析,采用邻接法构建分子系统树。结果表明,10种鱼COⅠ片段的平均GC含量为44.5%,AT含量为55.5%。依据Kimura-2-parameter模型,亲本间遗传距离最大的是淇河鲫与红色锦鲤(0.1374),其次是淇河鲫与黄色锦鲤(0.1367),与白色和黑色锦鲤的遗传距离相当;杂交子代中,以淇河鲫与红色锦鲤杂交所得子代与淇河鲫的遗传距离最小,最大的是白色锦鲤和淇河鲫杂交子代。     

淇河鲫与不同品系锦鲤杂交F1代的遗传多样性研究

为预测适合的杂种优势组合,给淇河鲫杂种优势的利用和长远规划的制定提供理论和实践依据,以淇河鲫作母本,红色、白色、黄色和黑色4个品系的锦鲤作父本,杂交产生F1代,采用COⅠ基因标记分析了杂交子一代的遗传距离,研究它与杂种优势表现之间的关系。运用PCR技术扩增了父母本及F1子代的线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因片段;用ClustalX软件对序列结果进行统计和分析,采用邻接法构建分子系统树。结果表明,10种鱼COⅠ片段的平均GC含量为44.5%,AT含量为55.5%。依据Kimura-2-parameter模型,亲本间遗传距离最大的是淇河鲫与红色锦鲤(0.1374),其次是淇河鲫与黄色锦鲤(0.1367),淇河鲫与白色和黑色锦鲤的遗传距离相当;淇河鲫和红色锦鲤的杂交子代与淇河鲫的遗传距离最小,与淇河鲫遗传距离最大的是淇河鲫和白色锦鲤的杂交子代。     

星斑川鲽、石鲽及其杂交一代(星斑川鲽♀×石鲽♂)的线粒体DNA序列比较分析

本研究以线粒体基因细胞色素b (Cytochrome b,Cytb)和细胞色素C氧化酶Ⅰ(Cytochrome oxidase subunitⅠ,COI)为研究对象,探究比较了星斑川鲽(Platichthys stellatus)、石鲽(Kareius bicolorarus)以及杂交F1代(星斑川鲽♀×石鲽♂)的种质遗传特性.结果显示,杂交子代与亲本的碱基(A+T)含量均高于(C+G)含量,且杂交F1代与母本星斑川鲽的(C+G)相同.基于mtDNA Cytb和COI序列结果显示,石鲽与星斑川鲽遗传距离分别为0.085和0.045;杂交F1代与石鲽遗传距离分别为0.076和0.045.基于mtDNA Cytb序列显示,杂交F1代与星斑川鲽遗传距离很小,仅0.009,而两者在COI基因序列上完全一致.基于Kimura 2-parameter模型的NJ分子系统树均显示,星斑川鲽和杂交F1代聚为一支,石鲽单独聚为一支.以上结果均可得出,杂交后代在线粒体DNA上呈现明显的母系遗传.杂交后代中出现左右眼的分化,且在COI的NJ系统树中,杂交F1代与母本星斑川鲽形成的一大支又分为两支:母本星斑川鲽与杂交F1代中外观显示左眼的聚为一支,杂交F1代中外观显示右眼的单独聚为一小支.表明线粒体基因COI与杂交F1代左右眼的分化有一定关系,为进一步研究星斑川鲽♀x石鲽♂提供了参考数据.     

水晶彩鲫、红鲫、锦鲤、荷包红鲤杂交子代的生长和体色研究

利用人工授精的方法，进行水晶彩鲫、红鲫、锦鲤和荷包红鲤的相互杂交试验，测定各个杂交组合子代的成活率、生长速度和体色分离比例。结果表明：4种鱼能够相互杂交受精，孵出鱼苗。孵化率锦鲤自交最低为46．4％，其它组合为70％～80％；杂交鱼苗经28d的人工饲养，水晶彩鲫与荷包红鲤、锦鲤的正、反杂交，同其它杂交组合比较有明显的差别，其生长速度慢，个体之间差异大，成活率低；杂交子代的体型分为3类：鲫鱼型、鲤鱼型和鲤鲫型。鳞片反光组织(虹彩细胞或鸟粪素细胞)为2类：完全型、缺失型。体色分离复杂多样，水晶彩鲫与红鲫杂交是水晶彩鲫，红鲫与锦鲤、荷包红鲤杂交是青灰色鲤鲫杂种，水晶彩鲫与锦鲤、荷包红鲤杂交都会出现水晶彩色和青灰色鲤鲫杂种。     

杂色鲍野生群体与养殖群体自交和杂交子一代的RAPD分析

杂色鲍野生群体和养殖群体分别自交和杂交产生野生鲍自繁F1代(WW)、养殖鲍自繁子代(CC)、正交子一代(W♀×C♂,简称WC)和反交子一代(C♀×W♂,简称CW)4个群体,采用RAPD分析4个群体遗传特性。就多态位点比例、Nei基因多样性值和Shannon信息指数而言,WW群体比CC群体高;杂交群体WC的值分别为88.76%、0.3246和0.4811,比其余群体都要高,与群体WW最接近;另一杂交子代群体CW除多态位点比例比群体CC高外,其余参数均为最低。群体间的遗传距离分析表明,WW与各群体的遗传距离都较大,其中与CC群体的遗传距离最大,为0.0849,与两个杂交群体间的遗传距离分别为0.0772(CW)和0.0671(WC);CC群体与两个杂交群体间的遗传距离都较小,分别为0.0610(与CW)和0.0597(与WC);杂交子代间的遗传距离为0.0600;杂交群体WC与WW的遗传距离大于与CC的遗传距离,CW与WW的遗传距离也大于与CC间的遗传距离,两个杂交群体与亲本的遗传距离不对等,偏向养殖亲本。     

彩鲫与红鲫杂交种体色遗传的初步研究

通过彩鲫与红鲫杂交、回交以及不同体色彩鲫（杂交种）自交、杂交,对其子代的体色性状进行了统计学分析。彩鲫与红鲫的体色遗传说明彩色受显性基因控制,红色受隐性基因控制;不同体色彩鲫自交、杂交,其后代的体色分离特性为肉色显性,红色隐性,亲本体色在后代中可以积累增加;肉色、红色彩鲫与眼睛颜色、闪光鳞数具遗传相关性。     

大口黑鲈北方亚种和佛罗里达亚种及其杂交子代的遗传分析

用18对微卫星引物对大口黑鲈北方亚种(Micropterus salmoides salmoides,N)、佛罗里达亚种(M.salmoides floridanus,F)及其正交子代(N♀×F♂)和反交子代(F♀×N♂)进行遗传多样性和遗传结构分析。结果表明,18对引物扩增出的等位基因数为2~8个,平均等位基因数为5.0。检测到6对(Jzl48、Jzl68、Jzl84、MiSaTPW76、Msal21、Mdo6和Mdo7)亚种间特异性引物,其中有2对引物(Jzl48和Mdo7)可以用来鉴别大口黑鲈北方亚种、佛罗里达亚种和其杂交子代。平均有效等位基因数、平均期望杂合度和平均多态信息含量均为杂交组合F♀×N♂最高,分别为3.199 7,0.638 9和0.570 6,平均观测杂合度为杂交组合N♀×F♂最高(0.848 8)。对亲代与杂交子代间的遗传分化分析表明,正反交子代均与北方亚种的遗传分化最小(0.092和0.119 6)。基于Nei’s遗传距离构建的UPGMA系统进化树显示正交子代N♀×F♂与母本N聚为一支,反交子代F♀×N♂与父本N聚为一支。     

淇河鲫与两野生鲫鱼群体遗传多样性的ISSR分析

应用ISSR技术对淇河鲫、金堤河鲫、沁河鲫3个群体进行遗传多样性研究。结果表明:(1)筛选8个引物共得到94个扩增位点,其中多态位点82个,多态位点百分率为87.23%。(2)Popgene分析结果,淇河鲫群体的遗传多样性水平相对较低,PPB=61.70%,H=0.2036,I=0.3085。(3)3个群体间的遗传分化系数GST=0.1303,基因流Nm=3.3359。表明3个群体的遗传分化尚未达到种群的分化水平。(4)金堤河鲫和沁河鲫群体间遗传距离较近,淇河鲫有一定的遗传分化,形成了较稳定的、独立的遗传结构。     

奥利亚罗非鱼(♀)×鳜( ♂ )远缘杂交子代的遗传结构

采用RAPD和测序的方法,对奥利亚罗非鱼(Oreochromis aurea)(♀)与鳜(Siniperca chuatsi)(♂)的杂交子代组合与父母本的遗传关系进行研究,探讨远缘杂交双亲对子代遗传结构的影响。其中,杂交子代包括A、B、C 3个组合,A组合为奥利亚罗非鱼与鳜杂交的F1代;因A组合无雄性,将其与奥利亚罗非鱼(母本)的雄性回交,所得子代为B组合;C组合为B组合间兄妹交的自交子代。结果表明,奥利亚罗非鱼、鳜、A、B和C组合的多态位点比例分别为19.32%、15.30%、41.33%、29.80%和32.31%。奥利亚罗非鱼和鳜间的遗传相似性系数和遗传距离分别为0.288 5和1.243 2。A、B、C组合与父本的遗传相似性系数分别为0.343 4、0.293 7、0.328 7,遗传距离分别为1.068 9、1.225 1、1.112 5;与母本的遗传相似性系数分别为0.903 7、0.916 8、0.922 5,遗传距离分别为0.101 3、0.086 9、0.080 7。本研究中找到一个在杂交A、B及C组合均出现的与父本共有的条带。测序结果表明,该条带长362 bp,在子代与父本中的一致性为100%。研究结果说明,奥利亚罗非鱼和鳜杂交子代中导入了父本遗传物质,导致子代组合的多态性增加,与父本的遗传差异变小,而且,这些遗传物质能稳定进行遗传;随着A组合与母本的回交及B组合的自交,又使得杂交子代的遗传结构向母本靠近。[中国水产科学,2007,14(1):32-38]     

基于COⅠ基因序列的泥鳅、大鳞副泥鳅选育群体杂交子代遗传多样性分析

为评估泥鳅、大鳞副泥鳅选育群体的遗传育种潜力,通过聚合酶链反应(PCR)扩增和一代测序技术,获得经两代群体选育的泥鳅自繁(M)、大鳞副泥鳅自繁(P)及其正交(MP)、反交(PM)等4个子代泥鳅种群的线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ基因COⅠ片段,并分析了其遗传多样性和群体结构。结果显示：(1)4种泥鳅的COⅠ基因片段碱基组成相似,均表现为A+T的含量(54.0%～56.2%)高于C+G的含量(43.8%～46.4%);(2)4种泥鳅COⅠ基因片段的682个位点中,共检测到135个多态位点(占19.79%),其中128个为简约信息位点,7个为单碱基变异位点,变异均为转换或颠换,未发现碱基的插入与缺失;(3)M、P、MP、PM各定义15个单倍型,单倍型多态性均为1.000±0.024,核苷酸多态性分别为0.020 66±0.006 48、0.025 80±0.002 31、0.029 61±0.005 62和0.022 30±0.001 94,均具有高单倍型多样性和高核苷酸多态性;(4)M、P、MP、PM种内遗传距离分别为0～0.020、0～0.024、0～0.027和0～0.023,种间遗传距...     

锦鲤“御三家”新品系的选育

为了获得基因相对纯和、性状更为优良的锦鲤新品系,采用超大的亲本群体对锦鲤"御三家"进行了三代的体型、体色选育,并在此基础上与荷包红鲤抗寒品系杂交,得到了锦鲤"御三家"抗寒新品系。结果表明:育成的红白锦鲤、大正三色锦鲤新品系F3代中全红鲤所占比例降低了16.3%、21.5%,全白鲤所占比例较对照组降低了15.7%、14.5%,淡黑色鲤所占比例较对照组降低了8.8%;昭和三色锦鲤的新品系F3代中青黄色鲤所占比例较对照组降低了47.2%;各选育品系中畸形鲤所占的比例也较对照组有所降低,新品系F3代中长体型个体占总样本的比例增加到83.6%、79.7%、74.9%。     

河川沙塘鳢3个不同地理群体杂交F_1代生长性能及遗传多样性

选取来自浙江建德、安徽当涂、江苏太湖3个不同地理群体的河川沙塘鳢,采用3×3完全双列杂交方式进行配组,对9个组合F1子代的生长性状及遗传多样性进行比较分析。通过对2月龄和4月龄F1子代的生长性状进行对比分析发现,建德(♂)×当涂(♀)杂交组合的全长增加率、质量增加率分别为42.58%、190.79%,建德×当涂(正反交)组合的全长杂交优势率、体质量杂交优势率分别为17.88%、66.75%,均高于其他组合。不同地理群体间的杂交F1子代的全长增加率、质量增加率、杂交优势率均高于同一地理群体间的自繁F1子代。采用8个微卫星引物分析获得9个组合F1子代的遗传分化指数平均值为0.195,表明9个组合子代间存在遗传差异与分化,其期望杂合度为0.1493~0.7971,观测杂合度为0.1562~1.0000。双列杂交子代的杂合度和遗传多样性高于自繁子代,其中建德(♂)×当涂(♀)组合的等位基因数、多态信息含量值分别为3.9和0.486,均高于其他组合。综合生长性能和遗传多样性,初步选择建德(♂)×当涂(♀)为最佳杂交组合。     

褐牙鲆(♀)、夏鲆(♂)及其杂交子一代的ITS1序列特征分析

以雌褐牙鲆(Paralichthys olivaceus)、雄夏鲆(P.dentatus)及其子一代为研究对象,对其核糖体基因的ITS1序列进行比较分析。结果表明,ITS1序列具有明显的种间及个体内差异。在雄夏鲆ITS1序列中仅发现1种基因类型(X型),而在雌褐牙鲆及子一代ITS1序列中发现两种差异显著的基因型(X型和Y型)。在亲本中未检测到两种类型的交换重组序列,而在子代中检测到4个X型与Y型的重组序列,说明子代ITS1区域更容易发生交换重组。进一步的遗传距离分析发现,母本与子代之间的遗传距离(0.059)明显大于父本与子代之间的遗传距离(0.018),且子代中X型片段出现的频率(85.5%)远大于Y型片段出现频率(8.7%),表明亲本双方ITS1区域的遗传信息都遗传给了子代并且X型片段的遗传信息明显占有优势,进而从分子水平上证明子代为褐牙鲆与夏鲆的杂交后代。本研究旨在分析牙鲆属亲本及子代的ITS1序列特征,为鱼类核糖体基因的研究积累数据。     

洪泽湖河蚬(Corbicula fluminea) 2种表型群体的遗传变异分析

采用形态学分析(壳长、壳宽和壳高)和分子标记技术(细胞色素氧化酶Ⅰ基因,COⅠ)对洪泽湖河蚬(Corbicula fluminea)黄色和黑色2个群体的形态和遗传多样性特征进行研究.形态参数统计分析结果显示,2个群体的形态特征之间有显著性差异.经PCR扩增和序列测定,获得614 bp COⅠ基因序列,2个群体的COⅠ基因序列的碱基组成高度一致,均表现出A+T的含量(64.8％)明显高于G+C的含量(35.2％).28个黑色个体发现7种单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.794和0.04274;30个黄色个体发现5种单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.607和0.02825.单倍型之间的遗传距离在0.002-0.091之间,其NJ和MP系统发生树表明,COⅠ基因单倍型聚为2个明显分支.分子方差分析(AMOVA)结果显示,Fst=0.21736 (P＜0.01),21.74％的变异来自群体间,78.26％的变异来自群体内,2个群体之间有显著的遗传分化.研究表明,应将洪泽湖河蚬黑色和黄色群体分别作为独立单元进行管理和保护.     

水晶彩鲫、红鲫和锦鲤的腹膜脏层黑色素观察

对水晶彩鲫(Carassius auratus transparent coloredvar.)、红鲫(C.a.redvar.)和锦鲤(Cyprinus carpio ornamentalvar.)腹膜脏层黑色素进行肉眼观察和密度分布统计。结果表明,这3种鱼的不同体色个体,腹膜脏层黑色素的密度不同。依据黑色素的密度,将其分为Ⅰ~Ⅵ级。水晶彩鲫的腹膜脏层黑色素密度:肉白a个体为Ⅰ级(无黑色素分布),肉白b和红白个体多数在Ⅰ~Ⅱ级,红色个体多数在Ⅰ~Ⅳ级,杂色个体多数在Ⅳ~Ⅵ级,密度表现出依次递增的趋势。红鲫的腹膜脏层黑色素密度:白色个体分布在Ⅲ级,红白个体分布在Ⅲ~Ⅳ级,红色个体分布在Ⅲ~Ⅴ级,杂色分布在Ⅳ~Ⅵ级,青灰色分布在Ⅴ~Ⅵ级,密度依次也表现出递增的趋势。锦鲤的腹膜脏层黑色素密度:体表没有黑色斑纹的红、黄、白、红白和黄白等个体为Ⅰ级,无黑色素分布;体表有黑色斑纹的红黑、黄黑、白黑和红白黑等个体多数有黑色素出现,主要分布在Ⅳ级。[中国水产科学,2007,14(1):144-148]     

西江鲫的遗传多样性与群体结构

为了解珠江鲫(Carassius auratus)遗传种质资源现状,文章以西江为例,利用线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因研究了西江8个地理群体的遗传多样性和群体结构。结果表明,西江鲫群体的遗传多样性处于较高水平。鲫群体存在显著遗传分化(F_(ST)=0.164,P0.001),地理距离和自身生活习性可能是导致鲫群体产生遗传分化的重要因素。此外,中性检验和错配分布分析表明西江鲫没有经历近期的群体扩张。     

中华虎头蟹线粒体16S rRNA和 COⅠ基因的序列比较及其系统进化分析

为研究中华虎头蟹野生群体的种质资源及遗传多样性状况,采用PCR扩增获得中华虎头蟹线粒体DNA的16S rRNA和COⅠ基因片段,分别对其进行序列比较及系统进化分析。16S rRNA和COⅠ基因片段的A+T平均含量分别为67.7%和61.4%,A+T含量显著高于G+C含量。长度为515 bp的16S rRNA基因片段共检测出单倍型4种,多态性位点4个,均为单一变异位点;长度为653 bp的COⅠ基因片段共检测出单倍型11种,多态性位点23个,其中简约信息位点5个和单一变异位点18个。COⅠ基因片段比16S rRNA基因片段具有较大的变异,更适于中华虎头蟹种群的遗传多样性分析。基于16S rRNA和COⅠ基因片段的遗传距离与系统进化分析结果一致,表明中华虎头蟹与梭子蟹科的蟹类亲缘关系最近,方蟹科与沙蟹科的蟹类聚为一支,与传统分类结果基本一致;而脊椎动物2个基因片段的系统进化分析结果不一致。根据16S rRNA基因片段的遗传距离推测出4科7种蟹的大致分化时间发生在古新世至始新世。     

黄颡鱼(♀)、长吻[鱼危](♂)及其杂交F1代遗传多样性分析

利用SSR分子标记技术和从20对微卫星引物中筛选出的12对多态性较高的引物,分析1龄、体质量(14.20±1.20)g黄颡鱼(♀)和长吻[鱼危](♂)及其杂交F1代[黄颡鱼(♀)×野生长吻[鱼危](♂)]的遗传多样性。试验结果显示,这3个群体之间的平均等位基因数分别为4.583、3.667、5.000;平均有效等位基因数分别为2.382、2.221和2.535;平均观测杂合度分别为0.419、0.367和0.604;平均期望杂合度分别为0.477、0.383和0.597;多态信息含量分别为0.420、0.365和0.509。杂交F1代与父本长吻[鱼危]的遗传距离为0.8551,小于与母本黄颡鱼的遗传距离(1.7271),在亲缘关系树状图上先与父本聚为一支。杂交F1代从父本中获得较多的遗传物质,较双亲有丰富的遗传多样性和更高的基因杂合度。该试验结果将为研究黄颡鱼和长吻[鱼危]杂交后代的遗传多样性,探索鲿科鱼类属间杂交育种后亲本与子代的亲缘关系和遗传规律提供理论依据。     

DNA条形码在篮子鱼科鱼类种类鉴定和系统进化分析中的应用

为建立篮子鱼科鱼类物种快速鉴定方法,该研究扩增获得了篮子鱼科10种鱼类的46条线粒体COⅠ基因序列,结合从BOLD和GenBank上筛选出的12种27条篮子鱼科COⅠ基因序列,分析篮子鱼科鱼类的COⅠ基因片段序列特征、种间和种内遗传距离及分子系统进化关系。结果表明,19种73条篮子鱼科COⅠ基因序列的平均碱基组成为T:28.9%、C:28.7%、A:24.6%、G:17.8%。G+C的含量(46.5%)低于A+T的含量(53.5%),碱基组成表现出明显的偏倚性;篮子鱼科鱼类的种间平均遗传距离为0.098,是种内平均遗传距离(0.002)的49倍;基于19种篮子鱼科鱼类的COⅠ序列的系统进化分析结果显示,19种篮子鱼中仅单斑篮子鱼(Siganus unimaculatus)和狐篮子鱼(S. vulpinus)聚类在一起,形成1个分支,剩余17种(89.5%)篮子鱼相同种内个体各自聚为一支,形成17个独立的分支。结果表明基于COⅠ基因的DNA条形码技术可应用于篮子鱼科物种鉴定。     

哈氏仿对虾线粒体16S rRNA和COⅠ基因的序列比较及其与仿对虾属之间的系统进化分析

为调查研究哈氏仿对虾浙江象山群体的种质资源、物种间的亲缘关系及遗传多样性状况,采用PCR扩增获得哈氏仿对虾线粒体DNA的16S rRNA和COⅠ基因片段,分别对其进行序列比较和系统进化分析。16S r RNA基因片段的T、C、A和G的含量分别是35.76%、19.48%、26.74%和17.88%;COⅠ基因片段的T、C、A和G的含量分别是35.36%、12.68%、30.54%和21.43%;A+T含量显著高于G+C含量。16S rRNA基因片段长度为558 bp,共检测出1种单倍型,没有多态性位点;COⅠ基因片段长度为688 bp,共检测出7种单倍型,6个多态性位点。COⅠ基因片段比16S r RNA基因片段变异丰富,更适于哈氏仿对虾种群的遗传多样性分析。基于16S rRNA和COⅠ基因片段的系统进化分析结果不太一致,结合形态学分析表明,哈氏仿对虾是仿对虾属独立的分支,与细巧仿对虾和亨氏仿对虾种类亲缘关系较近。根据COⅠ基因片段的遗传距离推测出仿对虾属的大致分化时间发生在中新世末期至上新世早期。