基于Cytb及AFLP标记探讨仿石鲈科及相关科属分子系统进化关系

为从分子水平澄清我国仿石鲈科(Haemulidae)鱼类分类争议, 研究测定分析了仿石鲈科及其相关科属共 66 种鱼类的线粒体 DNA 细胞色素 b (Cyt b)部分序列, 结合 AFLP 标记信息, 共同探讨仿石鲈科及相关争议科属系统分类关系。结果表明, 在 Cyt b 基因上, 66 种鱼类一致序列为 729 bp, 编码 243 个氨基酸; AFLP 图谱中, 6 对引物组合共得到 669 条清晰条带, 多态性条带 669 条, 多态性比率 100%。基于 Cyt b 基因利用最大似然法与 AFLP 标记基于 UPGMA 聚类法构建的系统进化树大致相同, 进化树上, (1)仿石鲈科鱼类主要形成石鲈亚科(Haemulinae)与胡椒鲷亚科(Plectorhynchinae)两大分支, 石鲈属(Pomadasys)、仿石鲈属(Haemulon)、异孔石鲈属(Anisotremus)等 7 个属聚为石鲈亚科分支, 胡椒鲷属(Plectorhinchus)、少棘胡椒鲷属(Diagramma)与矶鲈属(Parapristipoma) 3 个属聚为胡椒鲷亚科分支。(2)髭鲷属(Hapalogenys)与眶棘鲈属(Scolopsis)没有与仿石鲈科聚在一起, 髭鲷属独自形成一支, 眶棘鲈属与金线鱼科(Nemipteridae)聚为一支。(3)鯻科(Teraponidae)的种类也没有与仿石鲈科鱼类相聚, 鯻科与舵鱼科(Kyphosidae)、石鲷科(Oplegnathidae)存在更近的亲缘关系。对于仿石鲈科及相关科属的分类争议, 研究支持仿石鲈科分为石鲈亚科与胡椒鲷亚科两个亚科, 以及鯻科、眶棘鲈属、髭鲷属不应该归为仿石鲈科的观点。     

九棘鲈属鱼类DNA条形码及分子系统发育关系

为从分子水平分析九棘鲈属(Cephalopholis)鱼类物种分类关系,并验证细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COI)作为DNA条形码对九棘鲈属物种鉴定的有效性,采集了我国分布的12种九棘鲈属鱼类,利用PCR扩增及测序方法获得COI基因部分序列,结合GenBank下载的4种九棘鲈COI基因进行分析,利用MEGA 7.0软件计算碱基信息与遗传距离,基于最大似然法和邻接法构建分子系统进化树。结果表明,16种九棘鲈种内平均遗传距离为0.002,种间平均遗传距离为0.142,两者相差71倍,表明COI基因可作为九棘鲈属鱼类分子鉴定的条形码基因。在分子系统进化上,16种九棘鲈属鱼类聚为体色特征不同的3个类群,其中七带九棘鲈(C.igarashiensis)与卜氏九棘鲈(C.polleni)体色为多彩颜色,两者最先分化,位于进化树底部。其余的九棘鲈主要形成体色为红色与体色为褐色的类群,与形态学的分类结果一致。对于以往部分存在误鉴或同种异名分类争议的九棘鲈品种：青星九棘鲈(C.miniata)与半斑九棘鲈(C.hemistiktos)、橙点九棘鲈(C.aurantia)与黑边九棘鲈(C.spiloparae...     

基于S7核糖体蛋白基因部分序列的7种金线鱼属鱼类分子系统进化关系

测定了7种金线鱼属(Nemipterus)及2种锥齿鲷属(Pentapus)鱼类S7核糖体蛋白基因(S7基因)内含子1部分序列,以二线眶棘鲈(Scolopsis bilineatus)做为外类群初步探讨了其分子进化关系.测序所得S7部分序列为734~746 bp,序列比对后得到同源序列743 bp.其中保守位点386个,变异位点351个,简约性信息位点289个.A+T含量(54.1%)高于G+C含量(45.9%).基于Kimura 2-Parameter模型计算出7种金线鱼的遗传距离为0.042~0.294.S7序列存在大量碱基插入与缺失,其中日本金线鱼(Nemipterus japonicus)与苏门答腊金线鱼(N. mesoprion)在第167、182、474、608、662 bp位置,金线鱼(N. virgatus)与印度洋金线鱼(N. bipunctatus)第227、332、401、604 bp的位置具有相同的碱基插入缺失特征,且具有种类特异性.最后利用最大似然法(ML)与贝叶斯分析(BI)构建分子系统进化树,7种金线鱼聚在一起,其中日本金线鱼与苏门答腊金线鱼聚为一支,金线鱼、深水金线鱼和印度洋金线鱼聚成一支.结论认为需要结合多方面的形态与分子证据,才能进一步明确金线鱼属鱼类的系统进化关系.     

中国鲷科鱼类骨骼系统比较及属种间分类地位探讨

为进一步探讨鲷科鱼类分类和系统进化关系长期存在的争议问题,实验采用常规方法制备采自中国近海鲷科5属8种(亚种)鱼类的骨骼标本,并对头骨进行比较分析。结果显示,依据尾舌骨腹缘是否分叉、前颌骨犬齿数目、中筛骨背面中央为纵嵴或为凹窝、蝶耳骨后侧缘是否与额骨相连、围眶骨形态、腭骨后支是否发达等特征,将中国鲷科鱼类分为2个类群:平鲷属和棘鲷属为一类;赤鲷属、犁齿鲷属和牙鲷属为另一类。犁齿鲷属和赤鲷属在前颌骨和齿骨的臼齿列数、第三围眶骨、后耳骨以及腭骨等骨骼特征差异较小。金赤鲷与真赤鲷之间、黑棘鲷与切氏黑棘鲷之间骨骼特征差异较小,支持真赤鲷与金赤鲷、黑棘鲷与切氏黑棘鲷为同一物种的观点。研究表明,鲷科鱼类各属种间在尾舌骨、前颌骨、围眶骨、中筛骨、蝶耳骨、腭骨上表现出明显的形态差异,这些特征可以作为属间、种间的鉴别特征。     

舟山海域4种鲷科鱼类线粒体Cytb基因全序列克隆分析

摘要：克隆测序了分布于舟山海域的真鲷（Pagrus pagrus）、黑鲷（Sparus macrocephalus）、黄鳍棘鲷（Acanthopagrus latus）和二长棘鲷（Parargyrops edita）4种鲷科鱼类的线粒体Cytb基因1141bp的全序列。通过对4种鲷科鱼类Cytb基因序列的比对分析，发现了292个核苷酸变异位点，其中存在186个信息位点，序列中的转换大于颠换，碱基替换多发生于密码子第3位。遗传距离分析表明，4种鲷科鱼类的遗传差异在0．0967～0．2275之间，其中真鲷与二长棘鲷之间遗传距离最小，为0．0967，黄鳍棘鲷与二长棘鲷的遗传距离最大，为0．2275；序列变异的转换／颠换比值在2．2930～7．3587之间。以25种鲈总科鱼类构建的系统树表明鲷科鱼类与其他科的鱼类存在较远的遗传亲缘关系。     

二长棘犁齿鲷线粒体DNA控制区结构和进化

测定了二长棘犁齿鲷（Evynnis cardinalis）线粒体控制区全序列,并结合从GenBank中下载的9种鲷科鱼类的相应序列,采用ClustalX对控制区结构进行了分析,识别了相应的保守序列,包括终止相关序列ETAS、中央保守区的CSB-F、CSB-E、CSB-E、CSB-C、CSB-B和CSB-A序列,以及保守序列区的CSBl、CSB2和CSB3序列。以副鲈（Paralabrax clathratus）和条斑星鲽（Verasper moseri）为外群,用最大简约法（MP）和邻接法（NJ）构建了系统发育树。结果显示鲷科鱼类构成一个单系类群,二长棘犁齿鲷应该归入赤鲷属,建议有必要对犁齿鲷属和赤鲷属的分类地位重新评估。     

用RAPD技术探讨5种鲷科鱼类的亲缘关系

用RAPD技术对鲷科鱼类的黑鲷、真鲷、二长棘鲷、平鲷和黄鳍鲷进行亲缘关系的研究。在事先优化的反应条件下，在使用的60个随机引物中，有29个引物扩增出清晰稳定的片段，共计200条，大小在200～2500 bp之间。5种鲷均有其特异性扩增片段，可作为种类鉴别的依据。根据MEGA2.1软件的UPGMA和NJ程序构建的分子系统树显示：同属鲷属的黄鳍鲷和黑 鲷的亲缘关系最近，其次是二长棘鲷和真鲷，平鲷与二长棘鲷和真鲷的亲缘关系较近，与黄鳍鲷和黑鲷较远,黑鲷和二长棘鲷的亲缘关系最远。两种聚类的结果相一致。研究结果与借助形态学和生化特征进行的传统系统分析具有一致性。在40个个体之间遗传距离矩阵中，最大值达到0.8916。多数的遗传距离指数在0.50～0.85之间。通过分析，认为RAPD技术对分析属级间的亲缘关系具有一定的适用性。     

河口近岸鮨、鲷鱼类池养技术研究

鮨、鲷鱼类种类繁多，国内外记载适宜于咸淡水池塘养殖的品种有鮨科中的尖吻鲈(Lares calcarifer)和花鲈(Lateolabrax japonions)，鲷科中的黄鳍鲷(Sparus latus)、灰鳍鲷(S．berda)和平鲷(Rbabdosargusus surba)。尖吻鲈是亚洲和太平洋热带、亚热带地区重要的经济鱼类，     

北部湾3种金线鱼属鱼类CO I基因序列的比较分析

运用直接测序法对产自北部湾的日本金线鱼(Nemipterus,japonicus)、红棘金线鱼(N.nemurus)和苏门答腊金线鱼(N.mesoprion)3种金线鱼属鱼类的线粒体DNA细胞色素氧化酶Ⅰ(C0Ⅰ)基因序列进行了测序分析,并探讨了3种金线鱼之间的亲缘关系.在所分析的48条COⅠ同源序列片段(696 bp)中共检测到29个单倍型和104个核苷酸多态位点.单倍型分析结果显示,日本金线鱼和红棘金线鱼之间有明显的基因交流.序列差异分析和遗传距离比较结果显示,日本金线鱼与红棘金线鱼之间亲缘关系较近,无明显遗传分化.利用最大简约法(MP)和邻接法(NJ)构建的系统发育树显示,日本金线鱼和红棘金线鱼混杂聚为一支,而苏门答腊金线鱼单独聚为一支.研究结果表明,日本金线鱼与红棘金线鱼的亲缘关系较近,二者可能为同种,而苏门答腊金线鱼则与日本金线鱼、红棘金线鱼亲缘关系较远.本研究为证实红棘金线鱼和苏门答腊金线鱼是2个不同的种提供了分子生物学的证据.     

斜带髭鲷线粒体DNA 控制区序列的结构分析

采用PCR技术获得我国南海斜带髭鲷(Hapalogenys nitens)养殖及野生群体共50尾样品的mtDNA控制区全序列,长度范围788 ～790 bp;测得序列与GenBank下载的其他鲈形目鱼类D-loop全序列利用CLUSTAL X进行排序后,对控制区结构进行分析.识别了其终止结合序列区、中央保守区和保守序列区,指出了终止相关序列的主体是TACAT与其反向互补序列ATGTA以及一系列保守序列(CSB-F、CSB-E、CSB-D和CSB-1、CSB-2、CSB-3),并给出了其一般形式；此外,基于斜带髭鲷D-Loop全长序列,利用贝叶斯法构建了分子系统进化树.结果显示,斜带髭鲷养殖群体与野生群体部分样品各自紧密聚成一小支,而在整棵进化树上,养殖样品与野生样品相互交错聚集在一起,可见本研究海区斜带髭鲷养殖群体与野生群体之间的遗传差异分化不显著.     

我国五大湖日本沼虾线粒体COI基因部分片段序列比较

对我国五大湖日本沼虾100个野生个体的线粒体细胞色素氧化酶亚基I（COI）部分序列进行了测定和分析，经比对获得578bp核苷酸片段，发现49个变异位点，得到35个单倍型，包括7个共享单倍型，各群体都具有较好的单倍型多态性和核苷酸多态性，其中鄱阳湖群体遗传多样性相对最高。AMOVA分析表明，五群体间总遗传分化系数F_st＝0.31873 （P<0.05）， 群体间具有较高的遗传分化。MEGA3.1软件计算五群体的Kimura 2-paramter遗传距离，洞庭湖群体和巢湖群体之间的遗传距离最远为0.0191，巢湖群体和洪泽湖群体之间的遗传距离最近为0.0051。以同属胖掌沼虾（Macrobrachium inflatum）为外群分别构建了NJ和UPGMA系统树，结果显示洞庭湖和鄱阳湖为一族群，太湖、巢湖和洪泽湖为一族群。     

脊尾白虾3个野生群体ITS1序列分析及其亲缘关系分析

对脊尾白虾的莱州湾、海洲湾、象山湾3个野生群体共计62个个体的核糖体RNA转录单元内间隔区ITS1基因片段进行克隆和测序,对序列特点进行分析,并结合GenBank数据库中已有的长臂虾亚科ITS1同源序列虾类进行系统分析。结果显示,脊尾白虾的ITS1序列具有长度多态性,其长度为345~384 bp,62条序列GC的平均含量显著高于AT含量;共检测到79个变异位点,39种单倍型,多态位点比例为21.7%;海洲湾群体遗传多样性指数最高,象山湾群体次之,莱州湾群体最低。在脊尾白虾ITS1序列中发现微卫星序列共有8处,重复序列类型为(GC)n、(AG)n、(GGC)n、(GGA)n、(AT)n、(GA)n,以(GA)n类型最多。AMOVA分析结果显示3个群体间的遗传分化较弱或只有中度分化。另外用MEGA4.0软件中的NJ法构建分子进化树,探讨长臂虾亚科几个种的系统进化关系,系统树显示同种的不同个体、同属的不同种聚在一起,与形态学的分类吻合。     

同域分布两种鲤科鱼类种群遗传结构的比较

为了解河南省境内黄河水系和卫河水系棒花鱼和（歺又鱼）条的鱼类遗传多样性现状，利用线粒体细胞色素b（cytb）基因，对这两种鱼类开展群体遗传学研究。结果显示，棒花鱼和（歺又鱼）条群体多态性较低；系统发育树和单倍型网络图结果显示棒花鱼和（歺又鱼）条均由3个线粒体谱系组成；棒花鱼和（歺又鱼）条种群间均存在明显的遗传分化，种群间中等偏低的基因流解释了两种鱼类均具有较低的遗传多样性和明显的种群分化；群体历史动态分析显示，棒花鱼和（歺又鱼）条种群数量分别在距今约0.019百万年和0.026百万年开始锐减。鉴于群体多态性，种群分化和群体历史动态研究，这两种鱼类的遗传多样性均较低，需加强对其资源保护。     

长江刀鲚寄生的异钩铗虫分子鉴定及形态学研究

为了获知长江刀鲚寄生的异钩铗虫的分类学地位,采用光学、扫描电子显微镜和分子遗传扩增28S rRNA基因5’端部分序列相结合的方法,对长江刀鲚寄生的异钩铗虫进行种属鉴定和形态学研究。结果显示,后吸器与体前区分不明显,含有四对不对称的吸铗,其中一侧的前2个开放几丁质吸铗明显大于其余6个封闭的吸铗,虫体尾部带有二对端钩,卵两端具有较长的极丝。序列分析显示,林氏异钩铗虫与六棘异钩铗虫相似度为100%,邻接法构建分子进化树中处在同一分支。经形态及分子综合分析鉴定,此寄生虫为林氏异钩铗虫。     

辽宁沿海5个毛蚶群体遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR技术,对辽宁沿海5个毛蚶群体的遗传多样性进行了研究。在选择的12个随机引物中共检测到137个扩增片段,长度在200~2 500 bp,每个个体获得的扩增条带在9~15条不等。利用POPGEN 3.2和MEGA 2统计软件,获得实验数据,确立了5个群体间的亲缘关系。结果表明,毛蚶5个地理群体分化不明显,没有形成不同的地理种群;聚类分析显示,丹东和庄河亲缘关系最近,然后依次为金州、营口、锦州;5个群体无论是在多态位点比例还是在平均杂合度上都处于较高水平,说明毛蚶当前种质资源状况良好,遗传多样性水平较高。     

鳖源柠檬酸杆菌属新种的分离鉴定与多位点序列

为确定2020年10月湖北一中华鳖发病的病原体及病原特征，实验从该养殖场患病中华鳖个体肝脏中分离获得1株优势菌A3，经理化性状及16S rRNA序列鉴定，表明菌株A3属于柠檬酸杆菌。进一步通过recN序列鉴定，发现A3与布氏柠檬酸杆菌recN碱基一致性为95.58%～96.01%，与柠檬酸杆菌属其他种的recN碱基一致性均低于93.72%，表明菌株A3为柠檬酸杆菌属潜在新种。人工回归感染实验证实菌株A3是引起本次中华鳖患病的病原菌。与嗜水气单胞菌相比，A3感染病程偏慢但致死率较高。药敏实验结果显示，菌株A3对美罗培南等10种抗生素敏感，对氟苯尼考等9种抗生素耐药。多位点序列分型(MLST)鉴定显示，菌株A3属于新序列型(ST)。对柠檬酸杆菌多位点序列分型的7个管家基因序列进行级联并构建系统发育树，结果显示，柠檬酸杆菌的进化与菌株的分离源及分离地点没有明显关系；菌株A3与分离自欧洲人源的ST120型菌株Citfre2580亲缘关系最近。本研究对中华鳖的病原进行了分离鉴定，并阐述了一种更可靠的柠檬酸杆菌鉴定方法，旨在引起人们对柠檬酸杆菌致病性的重视，为水产品健康养殖提供一定的参考依据。     

西伯利亚鲟海豚链球菌和鲟疱疹病毒Ⅱ型混合感染的诊断与病理损伤

2018年8月,四川彭州与邛崃的养殖西伯利亚鲟发生一种以出血为临床特征,高死亡率的传染病,为明确其病因,本研究对发病鲟的肝脏、肾脏进行病原菌分离、鉴定和鲟疱疹病毒Ⅱ型(AciHV-2)的PCR检测。从患病鲟体内分离到2株G+链状球菌,其16S rRNA序列(MN416231、MN416230)与GenBank中海豚链球菌16S rRNA序列同源性达99%,在以16S rRNA序列构建的系统发育树上,分离菌与海豚链球菌聚为一支;同时基于海豚链球菌lctO基因的特异性PCR检测为阳性,鉴定2株分离菌为海豚链球菌。提取患病鲟肝脏、肾脏组织DNA进行AciHV-2特异性PCR检测,扩增出501 bp的特异性条带,在以AciHV-2 polymerase基因序列构建的系统发育树上,检测样本与AciHV-2聚为一支。病理组织学上,患病鲟的多组织器官发生明显损伤,尤其是肝脏、肾脏、鳃、脾脏和肠的损伤较为严重,表现为明显的变性、坏死、出血以及炎症细胞浸润;电镜下,观察到肝脏、肾脏组织内大量直径200～220 nm的疱疹病毒样颗粒与0.7～0.8μm的链球菌入侵细胞,并导致细胞损伤。综上,诊断患病西伯利亚鲟的病因是海豚链球菌与AciHV-2混合感染。     

基于RAG1基因的中国近海13种石首鱼科鱼类系统进化关系

为探讨中国近海石首鱼类的系统进化关系,通过PCR扩增和序列测定,获得了石首鱼类9属13个种类的RAG1基因序列。对序列变异进行分析,基于Kimura双参数法计算属间和种间的遗传距离,并结合GenBank中的同源序列,以攀鲈为外群构建分子系统进化树。将所得的分子数据与形态学分类进行比较,推论如下:(1) 中国近海石首鱼类分为两个类群。(2) 叫姑鱼亚科与石首鱼亚科以极高的置信度(90%)聚类,并处于系统进化树的基部,支持了形态学上二者是原始种类的分类观点。(3) 分子系统树显示黄姑鱼属比银姑鱼属更为原始,但二者在形态分类上归为一个亚科的观点有待进一步商榷。(4) 支持尖头黄鳍牙鱼或与银牙鱼或置于同一牙鱼或亚科的不同属的观点。(5) 支持了形态学上黄鱼亚科分化最晚的结论。     

鲤和草鱼IL17受体基因家族的全基因组识别、起源进化及表达分析

为了研究鲤科鱼类最具代表性的二个物种—鲤和草鱼IL17受体基因家族的起源进化,实验采用比较基因组学和生物信息学的方法,分别在鲤和草鱼基因组数据库进行序列比对和注释,然后对得到的基因进行结构域和系统发育学分析,最后在12个不同组织中进行基因表达分析研究。结果显示,在鲤和草鱼中分别注释得到9个和5个IL17受体基因家族成员。系统发育分析显示,该基因家族不存在鱼类特有的基因,在硬骨鱼类中具有一定的保守性。比较基因组学结果显示,与四足动物相比,大多数硬骨鱼类中IL17受体基因没有明显增多。鲤与草鱼等其他硬骨鱼类相比,除IL17RB以外,其余IL17受体基因家族成员均加倍。不同组织的表达分析结果显示全基因组复制后不同基因拷贝的功能发生了分化。研究表明,虽然硬骨鱼经历第三轮全基因组复制,但是由于复制发生时间久远,大多数基因已经发生改变或退化,进而在基因组中丢失。而鲤第四轮基因组复制时间发生在820万年前,复制发生时间较近,故复制后的基因基本得以保留。但是对于一些具有特殊功能的高度保守基因(例如IL17RB),也会发生在极短时间内出现丢失现象。鲤和草鱼健康组织的表达谱分析结果同样表明,鲤IL17受体基因的不同拷贝之间已经发生了快速进化及亚功能化,并且这种现象在鲤四倍体基因组中普遍存在。     

牙鲆和半滑舌鳎5S rDNA基因的染色体定位及鲽形目5种鱼类的分子系统学分析

利用荧光原位杂交(FISH)技术将5S rDNA基因定位在牙鲆和半滑舌鳎染色体上,结果表明,5S rDNA基因在雌、雄性半滑舌鳎的一对同源染色体上分别存在2个杂交信号位点;在二、三倍体牙鲆的同源染色体上分别存在2个和3个杂交信号位点,杂交信号明显且特异。本研究首次将5S rDNA基因定位在半滑舌鳎和三倍体牙鲆的染色体上,为牙鲆及半滑舌鳎倍性鉴定、染色体鉴别提供了有效方法。此外,根据牙鲆5S rDNA基因编码区序列设计引物,扩增出大菱鲆和半滑舌鳎5S rDNA基因编码区序列,与鲽、塞内加尔鳎、大口黑鲈、七鳃鳗的5SrDNA基因序列进行同源性比较后发现,5种鲽形目鱼类5S rDNA基因序列同源性高达98.3%,系统发生分析结果显示5种鲽形目鱼类聚为一支;各序列中GC含量均显著高于AT含量。