梁子湖与后官湖浮游细菌的群落结构特征

探究浮游细菌群落结构以及微生物与环境因子的相关性,可为湖泊环境评价和生态治理提供理论依据。选取湖北境内的梁子湖和后官湖,于2018年4月分别设置10个和5个采样点,进行浮游细菌与水体理化指标采样调查;通过16S rRNA基因高通量测序,分析比较浮游细菌群落结构及其多样性的差异,并通过冗余分析(RDA)探讨环境因子与浮游细菌群落结构的关系。结果表明,梁子湖和后官湖均有较高的浮游细菌群落多样性,其Shannon指数分别为3.974~4.743和3.924~4.500;梁子湖与后官湖的浮游细菌群落结构有所差异,梁子湖菌群隶属于放线菌门(Actinomycetes)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroides)、蓝细菌门(Cyanobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、绿菌门(Chlorobi)、绿弯菌门(Chloroflexi)、装甲菌门(Armatimonadetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和硝化螺旋菌门(Nitrospirae);后官湖菌群隶属于放线菌门、蓝细菌门、变形菌门、拟杆菌门、疣微菌门、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)、绿弯菌门、绿菌门、浮霉菌门(Planctomycetes)、装甲菌门和螺旋体菌门(Saccharibacteria);其中,梁子湖的优势菌群为放线菌门(20.09%~43.23%)和变形菌门(21.35%~35.28%),而后官湖的优势菌群为放线菌门(20.70%~42.69%)和蓝细菌门(14.40%~45.77%)。RDA分析表明,总氮(TN)、pH、总磷(TP)是影响微生物群落结构的主要环境因子。     

精养团头鲂池塘沉积物微生物群落的结构特征及组成多样性分析

为了研究精养团头鲂池塘冬季不投饵期间沉积物不同层次细菌群落结构的特征,实验分层次采集池塘沉积物,采用PCR-DGGE(变性梯度凝胶电泳技术)及基因测序技术,对池塘沉积物垂向空间分布的微生物群落特征及多样性的组成进行分析。结果显示:精养团头鲂池塘的整个停饵期间沉积物微生物群落的丰富度(平均为38)和多样性指数(平均为3.18)均较高,说明精养池塘沉积物中微生物数量多、种类丰富。上层(0~10 cm)和中层(10~20 cm)沉积物的微生物群落Shannon指数(3.29、3.27)略高于下层(20~30 cm)的Shannon指数(3.17),底层沉积物样品的指数最小(2.96),说明在底层沉积物中微生物群落结构趋于稳定,菌群多样性变化较小。精养团头鲂池塘的整个停饵期间沉积物样品中上层(0~10 cm和10~20 cm)微生物的群落结构相似性较高(80%以上),而底下层(20~30 cm和30~40 cm)与中上层微生物的群落结构相似性较低(63%以上),说明通过微生物群落结构的相似性程度可以大致看出样品的空间顺序。微生物群落组成多样性的结果显示:精养团头鲂池塘沉积物在整个停饵期间包含的菌群分属于8个门:变形菌门(β-、γ-、δ-亚群)(33.33%)、绿弯菌门(19.05%)、拟杆菌门(14.29%)、蓝细菌门(9.52%)、螺旋体门(9.52%)、硝化螺旋菌门(4.76%)、酸杆菌门(4.76%)、厚壁菌门(4.76%);结果表明变形菌门为精养团头鲂池塘沉积物在停饵期间的优势菌群,δ-变形菌亚群(14.29%)是变形菌门中的优势菌群。本实验以期得到不同种类微生物的分子信息从而为以后筛选有益菌群奠定基础,并为团头鲂精养池塘微生态环境的人工调控提供依据,从而为适时监测养殖生态环境运营状况建立快速的分子生物学分析方法。     

冻融期刺参养殖池塘沉积物菌群结构特征及其影响因素

本研究以我国北方典型岸基半开放刺参(Apostichopus japonicus)养殖池塘为对象,利用高通量测序技术构建冻融期刺参养殖池塘沉积物菌群16S rRNA基因测序文库,解析封冰期、融冰期和化冰期刺参养殖池塘沉积物菌群结构特征,并查明影响菌群结构的主导环境因子。结果显示,冻融期刺参养殖池塘沉积物菌群丰度和多样性表现为整体下调趋势,在融冰初期呈现显著性波动(P<0.05)。冻融期刺参养殖池塘沉积物菌群结构呈现显著性差异,封冰期、融冰期和化冰期差异菌群分别隶属于厚壁菌门(Firmicutes)、酸杆菌门(Acidobacteria)和软壁菌门(Tenericutes)。尽管不同阶段微生物相对丰度比例不同,但第一优势菌门均隶属于变形菌门(Proteobacteria),相对丰度高于49.04%;次优势菌门则呈现出显著性变化,其中,封冰期为拟杆菌门(Bacteroidetes),融冰期为绿弯菌门(Chloroflexi)和放线菌门(Actinobacteria),化冰期为浮霉菌门(Planctomycetes)。环境因子与菌群相关性分析表明,冻融期刺参养殖池塘沉积物菌群结构与环境因子具有显著相关性(P<0.05),温度、盐度、总氮和总有机碳是沉积物菌群的主导环境因子。本研究将为刺参养殖池塘精细化管理提供理论依据。     

不同季节刺参养殖池塘沉积物菌群结构及其影响因素

本研究以辽宁省营口地区刺参(Apostichopus japonicus)养殖池塘为研究对象,利用高通量测序技术,构建不同季节刺参养殖池塘沉积物菌群16S rRNA基因测序文库,解析刺参养殖池塘沉积物菌群的季节性差异和共性,查明影响沉积物菌群构成的主导环境因子。结果显示,营口地区刺参养殖池塘沉积物菌群的丰度和多样性以夏季最高,春秋次之,冬季最低。不同季节刺参养殖池塘沉积物差异菌群呈显著性季节演替特征(P<0.05)。其中,春季差异菌群主要隶属于拟杆菌门(Bacteroides),夏季差异菌群主要隶属于酸杆菌门(Acidobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)和浮霉菌门(Planctomycetes),秋季差异菌群主要隶属于厚壁菌门(Firmicutes),冬季差异菌群主要隶属于放线菌门(Actinobacteria)。尽管不同季节沉积物细菌组分比例不同,但第一优势菌门均隶属于变形菌门(Proteobacteria)(相对丰度>43.19%)。环境因子中,影响刺参养殖池塘沉积物菌群的主导环境因子为温度、总有机碳、总氮和pH。本研究将为刺参养殖池塘微生态调控提供理论参考。     

池塘沉积物对上覆水脱氮作用的初步探究

以池塘沉积物为研究对象,研究其对上覆水的脱氮效果和微生物群落的影响。试验使用小苏打(NaHCO_3)调控水体碱度,上覆水初始碱度(以CaCO_3计)分别为A组(143.3±7.10) mg/L、B组(275.2±22.01)mg/L、C组(385.1±28.01) mg/L和D组(466.5±61.50) mg/L。结果显示:沉积物对上覆水体脱氮率为A组93.31%、B组93.54%、C组94.88%、D组93.53%,组间无显著性差异(P0.05),碱度添加对沉积物脱氮效果无明显影响(P0.05)。高通量结果显示,沉积物微生物群落门水平上变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、绿弯菌门(Chloroflexi)、酸杆菌门(Acidobacteria)为主要优势菌门。优势菌属硫杆菌(Thiobacillus)、硫碱螺旋杆菌属(Thioalkalispira)均为硫自养反硝化为主的脱氮菌属。研究表明,池塘沉积物对上覆水具有明显脱氮效果,碱度调控对其无显著影响。     

青岛陆源排污口邻近海域异养细菌的组成与分布

对青岛近海度假区、港口区、养殖区、工业区4类排污口邻近海域异养细菌的组成与分布进行了调查研究,采用海洋异养细菌平板涂布培养法分离细菌,基于16S rDNA的扩增性DNA限制性酶切片段分析(ARDRA)进行聚类筛选并测序鉴定。结果显示,青岛排污口邻近海域可异养培养的菌株分布于变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)4个细菌类群,变形菌门细菌数量占总测序数量的68%,其中γ-变形菌纲的数量在变形菌门中占88%;不同海域中细菌组成与分布有所不同,放线菌门和拟杆菌门的细菌种类较少且各海域分布有所不同,但γ-变形菌纲的弧菌属细菌(Vibrio sp.)在4类海域中均被发现,占总检测量的18.54%,其中溶藻胶弧菌(Vibrio alginolyticus)占弧菌总量的25%。不同海域也检测到V.parahaemolyticus、V.harveyi、V.campbellii、V.parahaemolyticus等水产养殖业的潜在致病菌。根据16S rDNA系统进化关系和细菌门类聚类分析得到的结论推断,工业区与养殖区海域的细菌组成和分布相似度较高,推断各海域的细菌组成与排污口类型有一定相关性。     

以拉氏拟柱胞藻和浮丝藻为主的蓝藻水华对中华绒螯蟹肠道和鳃及其养殖环境微生物群落结构的影响

通过运用16S rDNA高通量测序技术,研究了蓝藻水华的发生对中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)体内及其养殖环境中微生物群落结构的影响。结果显示,蓝藻水华以蓝藻门的浮丝藻(Planktothrix sp.)和拉氏拟柱胞藻(Cylindrospermopsis raciborskii)为优势种。总体来看,蓝藻池中的群落丰富度高于对照池,微生物多样性低于对照池。蓝藻池和对照池中伊乐藻中的细菌种类很少,而底泥中的细菌种类很丰富。基于门水平下的菌群分类,在蓝藻池水中优势菌群为蓝细菌门(Cyanobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)和疣微菌门(Verrucomicrobia),对照池水中则为变形菌门、放线菌门和拟杆菌门(Bacteroidetes)。中华绒螯蟹鳃中均以放线菌门、拟杆菌门和变形菌门为优势菌,但在物种相对丰度上存在差异;中华绒螯蟹肠道均以拟杆菌门、柔膜菌门(Tenericutes)、变形菌门、厚壁菌门(Firmicutes)为优势菌。基于属水平下的菌群分类,蓝藻池池水的优势菌群为浮丝藻属(Planktothrix)、CL500-29_marine_group属和hgcI_clade属,对照池池水中以不动杆菌属(Acinetobacter)、Candidatus_Aquiluna属和hgcI_clade属为优势菌属。中华绒螯蟹鳃中优势属为Ilumatobacter属,且蓝藻池中Ilumatobacter属生物相对丰度更高;中华绒螯蟹肠道样品中Candidatus_Bacilloplasma属和Prolixiibacter属生物相对丰度较高。基于NMDS分析,中华绒螯蟹肠道的菌群结构较为稳定,样本层级聚类分析的结果也映证了这一点。研究结果表明,蓝藻水华的发生会影响养殖环境和中华绒螯蟹肠道及鳃的菌群结构。     

稻田养殖沙塘鳢对稻田水体及底泥微生物群落结构及多样性的影响

为了研究养殖沙塘鳢(Odontobutis obscurus)对稻田水体及底泥的微生物群落结构及多样性的影响,2015年于浙江海盐江南四阡现代农业公司进行了沙塘鳢的稻田养殖实验,利用DGGE(Denaturing Gradient Gel Electrophoresis)技术对养殖过程中的稻田水体及底泥中细菌的16S r DNA片段进行指纹图谱分析。DGGE条带测序分析结果显示:稻田水体及底泥共检测到包括α-变形菌亚门(Alphaproteobacteria)、β-变形菌亚门(Betaproteobacteria)、γ-变形菌亚门(Gammaproteobacteria)、δ-变形菌亚门(Deltaproteobacteria)、ε-变形菌亚门(Epsilonproteobacteria)、绿菌门(Chlorobi)、酸杆菌门(Acidobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)、蓝藻门(Cyanobacteria)等细菌门类。多样性分析结果显示,养殖沙塘鳢的稻田底泥微生物DGGE条带数多于常规养殖稻田,养殖稻田的底泥Shannon多样性指数2.86,显著高于常规稻田的2.27,同时养殖稻田养殖沟底泥的Shannon多样性指数随养殖时间由2.56变化到2.16。PCA(Principal Component Analysis)及DGGE聚类分析结果显示,养殖稻田的水体及底泥微生物群落结构与常规稻田存在较大差异。结果表明,稻田养殖环境的微生态条件可能优于常规稻田。     

白洋淀水域夏季细菌群落结构及与环境因子的关系

为了解白洋淀水域细菌多样性,于夏季采集水样进行水质和微生物群落结构分析。水质分析显示,白洋淀平均酸碱值(pH)为7.95,溶解氧(DO)为16.67 mg/L,属于偏碱性湖泊且含氧量丰富。通过Illumina NovaSeq6000高通量测序分析微生物群落结构表明:白洋淀不同采样点Chao1指数、Ace指数均较高,Shannon指数为7.151~8.443,Simpson指数为0.986~0.992,反映出白洋淀各采样点微生物群落多样性丰富、稳定性好,且细菌丰富度和多样性均以光淀(GD)最高。变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、蓝细菌门(Cyanobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和放线菌门(Actinobacteria)是湖水的优势菌门,丰度之和能达到90%,且以变形菌门(Proteobacteria)为绝对优势菌门,丰度为44.15%~60.18%;在属水平上烧车淀(SCD)和枣林庄(ZLZ)以多核杆属(Polynucleobacter)为第一优势菌属,其余采样点优势菌属为unidentified_Cyanobacteria。CCA(canonial correspondence analysis)分析表明,pH和DO是影响白洋淀细菌群落结构的主要环境因子。     

黄岛近海岸贝类养殖区细菌群落结构多样性及与环境因子响应

为了研究近海贝类开放养殖水域中细菌种群分布规律以及微生物群落多样性对环境因子的响应及与水产动物发病的关系,本实验于2019年7—11月采集黄岛某开放养殖水域不同样点海水样本,分析不同水质因子(水温、盐度、pH、DO、叶绿素、氨氮、磷酸盐、硝酸盐和亚硝酸盐)的动态变化,并利用高通量测序的方法分析了不同月份水样和栉孔扇贝组织样本中微生物群落结构和多样性的差异,探讨了环境因子与微生物群落结构的相关性。结果显示,水样本中细菌群落结构共检测到42个门,94个纲。由变形菌门、拟杆菌门、蓝细菌门、放线菌门及厚壁菌门等组成,其中变形菌门为优势菌门,主要包括γ-变形菌纲和α-变形菌纲。不同月份,细菌OTU水平多样性分析结果为11月>9月>7月>10月>8月;弧菌OTU水平多样性分析结果显示,弧菌的多样性呈现先升高后降低的变化,与水温的变化趋势一致,8月养殖区多样性高于对照区。RDA分析表明,叶绿素含量(μg/L)和亚硝酸盐的浓度(mg/L)对门水平的物种组成和群落结构具有显著的影响。磷酸盐含量(mg/L)和DO (mg/L)对弧菌属水平的群落结构具有显著影响。扇贝组织样本细菌群落...     

黄河口及其邻近水域夏季浮游植物群落结构及其与环境因子的关系

根据2013年调水调沙前(6月)、后(8月)在黄河口及其邻近水域进行浮游植物与环境调查数据,研究该水域夏季浮游植物种类组成、优势种、群落多样性的变化,应用典范对应分析(CCA)研究黄河口浮游植物群落空间结构与环境因子的关系,并探讨黄河调水调沙事件对浮游植物群落结构的影响。结果显示,本次调查共鉴定浮游植物88种,隶属于4门40属。其中,硅藻门种类最多,共30属66种,占总种数的74.2%;甲藻门次之,共6属16种,占总种数的18.2%;绿藻门共3属5种,占总种数的5.7%;金藻门仅1属1种。调水调沙前浮游植物优势种为旋链角毛藻和细弱圆筛藻,调水调沙后的优势种为梭状角藻和旋链角毛藻。浮游植物群落物种丰富度指数D、多样性指数H'和均匀度指数J'均呈现调水调沙前高后低的趋势。典范对应分析表明,调水调沙前影响浮游植物群落空间结构的主要因素为硝酸盐、亚硝酸盐、溶解氧和透明度;调水调沙后影响浮游植物群落空间结构的主要因素为溶解氧、活性硅酸盐、铵盐和透明度。黄河调水调沙带来的营养盐变化可能是引起调水调沙前、后浮游植物种类组成和群落结构差异的主要因素。     

福州主要海水贝类养殖区菲律宾蛤仔污染状况调查

2002年3月至2003年9月间对福州市近海养殖区菲律宾蛤仔体内的汞、砷、铅、镉、石油烃、多氯联苯、粪大肠菌群、沙门氏菌、副溶血性弧菌、单核细胞增生李斯特氏菌的含量进行调查与分析。结果表明：主要养殖区内的养殖菲律宾蛤仔中的总汞、多氯联苯、沙门氏菌和单核细胞增生李斯特氏菌菌符合国家无公害水产品安全要求标准;个别养殖区生物体内铅、砷、镉、石油烃的含量超标;养殖区养殖生物中的粪大肠菌群、副溶血性弧菌严重超标。     

紫菜养殖对养殖水体中细菌多样性分布及环境因子的影响

采用基于16S rDNA的高通量测序技术对山东长岛紫菜养殖区的细菌多样性分布进行了研究，并与环境因子进行关联分析，以探究紫菜养殖对环境的影响。结果显示，长岛海区水环境细菌多样性较丰富，呈现由近岸区(CDCNS)、养殖区(CDPF)、外海区(CDCOS)递减的趋势。分别基于所有细菌组成以及相对丰度最高的前20个属/种的聚类结果均显示，CDCNS和CDCOS区聚在一起，明显区别于CDPF区。CDPF区的特异优势菌包括鼠尾菌属(Muricauda)、假单胞菌属(Pseudomonas)、盐单胞菌属(Halomonas)、赤杆菌属(Erythrobacter)、海杆菌属(Marinobacter)。3个区域均未检测到河豚毒素假交替单胞菌(Pseudoalteromonas tetraodonis)、柠檬假交替单胞菌(Pseudoalteromonas citrea)等疑似紫菜致病菌。溶解氧(DO)和pH呈现由近岸向外海逐渐降低的趋势，总颗粒悬浮物(TSS)反之。CDPF区氨氮(NH4+-N)含量最低，盐度最高。关联分析发现，环境因子与环境微生物之间具有一定的相关性，如嗜氨菌属(Ammoniphilus)的丰度与NH4+-N 浓度具显著正相关性，CDPF区最低，CDCOS区最高；盐单胞菌属的分布与盐度具显著正相关性，CDPF区盐单胞菌属含量显著高于其他2个海区。研究表明，紫菜养殖海区细菌群落结构特征与环境因子具有关联性，其间的互作机制尚需进一步深入研究。     

海州湾海洋牧场重金属的空间分布及来源分析

为了解海州湾海洋牧场的环境状况，本研究采集了该区域20个站位的表层水体和沉积物样品，对海水和沉积物中的8种重金属元素（Cr、Ni、Cu、Zn、Pb、Cd、As和Hg）进行测定，并通过物种敏感性分布法、地累积指数法和潜在生态风险指数法评估海州湾海洋牧场的重金属污染及生态风险程度，最后结合PCA/APCS模型对沉积物重金属的可能来源进行定量分析讨论。旨在海洋污染防控和海水养殖绿色高质量发展提供科学依据。结果表明:（1）物种敏感度分布法评估结果显示，海水中的As具有高生态风险，Cd、Cu和Zn处于中度生态风险；（2）综合生态风险指数结果显示,海州湾海洋牧场沉积物中重金属处于中生态风险状态，主要受到Cd与Hg的影响；（3）由受体模型定量分析可知，海洋牧场重金属污染的潜在来源主要包括养殖中产生的污染、陆源排污及2009年以前的临河口排污，其中养殖中产生的污染对Cu、Zn、Ni、Pb和Cr的贡献率大于50%，陆源排污对As和Cd的贡献率分别为40%和82.85%,而Hg主要受2009年以前临河口排污的影响。     

汾河太原段沉积物中细菌群落的分布特征

采用Illumina高通量测序技术分析汾河太原段沉积物细菌丰度和群落结构，利用主成分分析（PCoA）、冗余分析（RDA）和相关性分析等方法探讨沉积物中细菌群落结构分布特征以及主要影响因素。结果表明，10个断面表层沉积物中5422个细菌OTUs分属于61个门，140个纲，346个目，580个科，1073个属。细菌群落结构在fh6、fh7、fh8、fh9、fh10、fh11 和fh4相似度较高，fh1和fh2相似度较高，而fh3断面与其它断面差异显著。除fh3，沉积物细菌优势菌门均为变形杆菌门（Proteobacteria），次优势菌门为绿弯菌门（Chloroflexi），优势菌纲为γ-变形菌纲（Gammaproteobacteria）。Pearson相关性分析表明，TN、OM和Pb与OTUs、Shannon指数和Simpson指数相关性显著。TN、OM和Pb是细菌群落结构的主要影响因子。RDA和Spearman分析表明，变形杆菌（Proteobacteria）与TN和OM呈显著正相关（P<0.01），与Pb和Ni呈正相关（P<0.05）；绿弯菌（Chloroflexi）与Cr呈显著负相关（P<0.01），与OTC和TC呈显著正相关（P<0.01）；放线菌（Actinobacteria）与TN、OM和Cu呈负相关（P<0.05）；厚壁菌（Firmicutes）与pH呈负相关，与TP呈正相关（P<0.05）。本研究结果为认识汾河太原段沉积物中细菌群落的分布特征，识别环境影响因子提供了数据支撑。     

崂山近岸浮游植物群落结构季节变化及其环境影响因素

为了解山东省青岛市崂山近岸海域浮游植物群落结构变化特征及其与环境因子的关系，于2016~2017年的春、夏、秋3个季节在该海域设置15个监测站位进行调查，并同步监测海区环境因子。结果显示，共检出浮游植物2门31属69种。其中，硅藻门(Bacillariophyta)为绝对优势门类，共25属60种，甲藻门(Pyrrophyta)有6属9种。调查海区浮游植物细胞丰度变化范围为(732.10~ 1142.19)×104 cell/m3，平均为937.15×104 cell/m3。浮游植物细胞丰度季节变化明显，2016年最高峰出现在秋季；2017年最高峰出现在夏季；空间分布上，春、夏2个季节呈现由北向南递减的趋势。浮游植物群落结构特征指数分析结果显示，调查海域浮游植物的多样性指数和丰富度指数均较好，表明该海域浮游植物群落结构比较稳定。聚类分析结果显示，春季浮游植物细胞丰度季节变化不大，2016和2017年相似性高达70%左右，但夏、秋季的浮游植物细胞丰度季节变化较大，相似性仅为40%左右，这主要与环境因子变化有关。浮游植物群落结构与环境因子相关性分析表明，浮游植物细胞丰度平均值与化学需氧量(COD)的相关系数最高，最高值为0.536，其次与之相关的双因子组为pH与COD、COD与无机氮(DIN)、溶解氧(DO)与COD。因此，崂山近岸海区浮游植物细胞丰度的关键限制因子为COD、pH、DIN和DO。     

福建沿海中北部主要贝类养殖区沉积物、贝类质量的初步分析和评价

2009年8至9月对福建沿海中北部主要贝类养殖区沉积物及贝类质量状况进行了全面的调查。结果表明,沉积物中有机碳、石油类、Hg、Cd、Pb、As、HCHs、PCBs含量均符合海洋沉积物质量第一类标准,部分海域硫化物、DDTs含量超标,整体上贝类养殖环境质量良好。贝类体内Hg、As、Pb、HCHs、PCBs、DDTs含量均符合无公害水产品质量安全要求,仅有小部分站点贝类体内镉含量超标,但贝类受石油烃污染较严重。     

凡纳滨对虾养殖环境及肠道微生物群落特征分析

为探究凡纳滨对虾养殖过程中其肠道和养殖环境微生物群落的结构及变化，本实验采用Illumina MiSeq测序平台，基于16S rRNA基因的测序结果，对46和86 d虾龄的凡纳滨对虾肠道以及养殖水样、底泥中的微生物群落进行分析。结果显示，86 d时微生物Shannon-Wiener多样性指数显著高于46 d，水样中的Shannon-Wiener指数显著低于底泥和凡纳滨对虾肠道；有35个门、70个纲、152个目、274个科以及420个属在水样、底泥和虾肠道中均能检测到，其中虾肠道和底泥间共有菌类较水样中更多。微生物群落随养殖时间增加发生变化，46与86 d的差异性门类为放线菌门、绿菌门、丝状杆菌门、浮霉状菌门和TM6，相对丰度随时间增加而增高。水样、底泥和虾肠道中有相对固定的优势菌群，在水样、底泥和虾肠道中主要的门类均为变形菌门、拟杆菌门和放线菌门，优势纲类为α变形菌纲、β变形菌纲以及放线菌纲，除此以外，虾肠道与底泥共有的优势纲为δ变形菌纲、γ变形菌纲以及芽单胞菌纲；从目、科、属的分类水平上看，水样、底泥和虾肠道中菌类相对丰度各异，鲜有明显重叠的优势菌类，在水样、底泥和虾肠道中均为一种未分类的属占优势地位，水样中优势属为hgcI_clade，底泥和虾肠道中优势属为Ambiguous_taxa。研究结果进一步解释了虾肠道和环境微生物群落结构之间的相关性以及随虾龄增长呈现的差异性。     

夏季美济礁潟湖养殖区海水细菌多样性及其与环境因子的相关性

美济礁地貌独特、生物资源丰富, 其海域微生物与渔业资源正被开发利用。为了解夏季美济礁潟湖海水养殖区细菌多样性及其与环境因子的相关性, 试验通过高通量测序技术分析了该海区海水细菌的群落结构组成, 探索了主要环境影响因子, 并采用 PICRUSt 对菌群功能进行了预测分析。美济礁潟湖海水细菌群落组成丰富, 分属于 29 个门、57 个纲、152 个目、256 个科、439 个属, 优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)、蓝细菌门(Cyanobacteria)、 拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)。各个站点的 3 个水层之间的 alpha 多样性指数指数均存在差异, 但均未达到显著水平。通过冗余分析发现, 主要环境影响因子为盐度、COD/NO₃-N、活性硅酸盐、COD。通过 PICRUSt 功能预测, 微生物功能以新陈代谢(氨基酸代谢、碳水化合物代谢、能量产生与转换)、遗传信息处理(蛋白质翻译与修饰、DNA 复制重组和修复)及信息处理(信号转导机制、辅酶运输、无机离子运输)为主。该研究分析夏季美济礁潟湖养殖区海水细菌群落结构及其与环境因子的关系, 为认识南海微生物多样性与合理开发利用、海域渔业的开发、生态系统的保护修复提供基础数据。     

Bacterial diversity in various coastal mariculture ponds in Southeast China and in diseased eels as revealed by culture and culture‐independent molecular techniques

Mariculture ponds are widely distributed in Chinese coasts and have become a threat to the health of coastal ecosystems. In order to improve our understanding on the microbial composition in mariculture environments, we sampled a variety of ponds farming different animals or plants around the Dongshan Island and Xiamen Island in Southeast China and isolated cultures from the tissues of diseased eels. Analysis by polymerase chain reaction (PCR)‐denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE), clone library and direct culturing methods revealed highly diverse bacterial communities in these samples. Bacterial communities in the Dongshan samples were dominated by Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria and Bacteroidetes. The Gracilaria verrucosa pond harbours the most abundant species (20 DGGE bands), followed by Epinephelus diacanthus pond (18 bands), Haliotis diversicolor supertexta pond I (18 bands) and Penaeus vannamei pond (11 bands). In comparison with surface waters, Penacus orientalis pond sediment showed a much more complex bacterial community, from which only sequences affiliated with Deltaproteobacteria, Firmicutes, Acidobacteria and candidate phylum TM6 were found. Bacterial cultures in diseased eels were closely related to two pathogenic genera, Aeromonas in Gammaproteobacteria and Bacillus, in Firmicutes. Clones affiliated with another two genera, Escherichia and Vibrio, that have pathogenic potentials were also identified. Phylogenetic analysis of a total of 131 sequences showed that 48.9% of the sequences were clustered into Gammaproteobacteria and formed the most abundant group, followed by Alphaproteobacteria (19.1%), Firmicutes (7.6%), Bacteroidetes (5.3%), Deltaproteobacteria (5.3%), Actinobacteria (4.6%), Chloroplast (3.8%), Acidobacteria (2.3%), Cyanobacteria (1.5%), Betaproteobacteria (0.7%) and TM6 (0.7%). 43.7% (28/64) of the phylogenetic clusters cannot be classified into any known genus and 44.3% (58/131) of the sequences show <95% similarity to public database records, suggesting that abundant novel species exist in mariculture ponds. Gathering bacterial diversity data in mariculture ponds and diseased fish is meaningful for the prevention and control of fish diseases and for the improvement of our understanding of microbial ecology in a pond environment.