象山港紫菜区和网箱区沉积物异养细菌的生态分布

为探讨紫菜和网箱两类海水养殖活动对沉积物异养细菌生态分布的影响,于2006年1月和2006年10月对象山港紫菜养殖区、网箱养殖区沉积物细菌数量和群落结构进行了研究,并与周边非养殖海域对照点进行了比较。结果显示,沉积物异养细菌数量呈现10月份>1月份,网箱养殖区>网箱对照区>紫菜养殖区和紫菜对照区的分布特点,各区异养细菌数量平均值依次为(9.6×104±2.0×105)、(1.5×104±2.4×104)、(4.3×103±1.6×103)和(4.7×103±3.0×103)cfu/g。紫菜养殖区分离细菌109株,归属于17个属,其中芽孢杆菌属(Bacillus)、棒状杆菌属(Coryneforms)为优势菌属;紫菜对照区分离细菌95株,归属于18个属,其中芽孢杆菌属、棒状杆菌属为优势菌群;网箱养殖区分离细菌136株,归属于11个属,其中假单胞菌属(Pseudomonas)、弧菌属(Vibrio)、芽孢杆菌属、不动杆菌属(Acinetobacter)为优势菌群;网箱对照区分离细菌110株,归属于11个属,芽孢杆菌属、棒状杆菌属、假单胞菌属、不动杆菌属、弧菌属为优势菌属。紫菜区和紫菜对照区沉积物检出菌属大多为海洋沉积物中的常见菌属,细菌群落多样性较网箱区和网箱对照区高,而网箱区沉积物长期受到高有机质等外界条件的选择作用,系统中细菌群落多样性下降,菌属组成与污浊海域相似,并且这种影响可能已波及至周边海域。可见,两类养殖区沉积物细菌分布特征存在明显差异,细菌数量和菌属组成与养殖自身污染密切相关。     

大亚湾海洋异养细菌的初步研究

文章根据2004年3月对大亚湾6个站位表层水异养细菌的调查资料,分析研究了大亚湾表层水中异养细菌的数量分布和种类组成.结果表明,大亚湾表层水中异养细菌数量变化范围为7.15×102 ～91.0×102 cfu ·mL-1,异养细菌数量从湾顶到湾口依次减少;表层水中异养细菌的优势种有19种,利用Biolog微生物鉴定系统对优势菌进行鉴定,它们均为革兰氏阴性菌,隶属于10属14种;大亚湾表层水中异养细菌的种类组成以气单胞菌(Aeromonas sp.)、弧菌属(Vibrio sp.)和伯克霍尔德氏菌属(Burkholderia sp.)为优势属,舒氏气单胞菌[A.schubertii(DNA group 12)]、最小弧菌(V.mimicus)和荚壳伯克霍尔德氏菌(B.glumae)为优势种.     

黄岛近海岸贝类养殖区细菌群落结构多样性及与环境因子响应

为了研究近海贝类开放养殖水域中细菌种群分布规律以及微生物群落多样性对环境因子的响应及与水产动物发病的关系,本实验于2019年7—11月采集黄岛某开放养殖水域不同样点海水样本,分析不同水质因子(水温、盐度、pH、DO、叶绿素、氨氮、磷酸盐、硝酸盐和亚硝酸盐)的动态变化,并利用高通量测序的方法分析了不同月份水样和栉孔扇贝组织样本中微生物群落结构和多样性的差异,探讨了环境因子与微生物群落结构的相关性。结果显示,水样本中细菌群落结构共检测到42个门,94个纲。由变形菌门、拟杆菌门、蓝细菌门、放线菌门及厚壁菌门等组成,其中变形菌门为优势菌门,主要包括γ-变形菌纲和α-变形菌纲。不同月份,细菌OTU水平多样性分析结果为11月>9月>7月>10月>8月;弧菌OTU水平多样性分析结果显示,弧菌的多样性呈现先升高后降低的变化,与水温的变化趋势一致,8月养殖区多样性高于对照区。RDA分析表明,叶绿素含量(μg/L)和亚硝酸盐的浓度(mg/L)对门水平的物种组成和群落结构具有显著的影响。磷酸盐含量(mg/L)和DO (mg/L)对弧菌属水平的群落结构具有显著影响。扇贝组织样本细菌群落...     

大西洋鲑循环水养殖水体异养细菌组成的研究

采集养殖池水样,选取Zobell 2216E琼脂培养基、溶菌肉汤琼脂培养基、硫代硫酸盐柠檬酸盐胆盐蔗糖琼脂培养基、脑心浸液琼脂培养基、胰蛋白胨大豆琼脂培养基、营养琼脂培养基6种常见固体培养基进行细菌分离培养,以平板菌落计数法和菌落外观形态特征辨别及16SrRNA基因测序方法进行异养菌计数和种类组成分析。结果显示:(1)养殖池水体异养菌可分为4大类,分别属于变形菌门(包括α-、γ-变形菌纲)、厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门,其中以γ-变形菌纲为优势菌群。按属分类大多为假交替单胞菌属和弧菌属。(2)不同培养基分离菌落数量2216E培养基溶菌肉汤琼脂培养基胰蛋白胨大豆琼脂培养基脑心浸液琼脂培养基营养琼脂培养基硫代硫酸盐柠檬酸盐胆盐蔗糖琼脂培养基,且2216E培养基菌落数极显著高于其余5种培养基(P0.01);2216E培养基所分离细菌的种类最多,分属于12个属,假交替单胞菌属为优势类群,占比50%,弧菌属仅占3.13%;脑心浸液琼脂培养基、溶菌肉汤琼脂培养基、胰蛋白胨大豆琼脂培养基所分离细菌均以弧菌属为优势菌群,分别占33.33%、60%、25%;硫代硫酸盐柠檬酸盐胆盐蔗糖琼脂培养基所分离细菌仅分属于1个属,即弧菌属;营养琼脂培养基无弧菌,但有假单胞菌分离出。     

珠江河网冬季浮游细菌群落结构及其影响因素

为了解珠江河网冬季浮游细菌群落结构,探讨影响其群落结构的环境因素,于2017年11月和2018年1月在珠江河网(112.18°E～113.51°E,22.38°N～23.17°N)采集表层水样,借助IlluminaMiSeq高通量测序平台,运用16S rDNA扩增子技术研究珠江河网冬季浮游细菌群落结构,使用R(3.5.2)软件包以及SPSS进行统计分析及作图。结果表明,变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、蓝细菌门(Cyanobacteria)是珠江河网丰度较高的门类,细菌群落优势种群依次为γ-变形菌纲(γ-Proteobacteria)、放线菌纲(Actinobacteria)和α-变形菌纲(α-Proteobacteria)。珠江河网冬季浮游细菌具有较高的菌群多样性(两次样品的Shannon指数分别为6.78±0.29、6.23±0.71), NMDS分析表明,浮游细菌群落结构之间不存在显著的地域差异。Pearson相关性分析表明,温度与γ-变形菌纲(P0.05)、放线菌纲(P0.05)以及α-变形菌纲(P0.01)的丰度显著正相关,pH与放线菌纲(P0.05)、α-变形菌纲(P0.01)的丰度以及多样性指数(Shannon:P0.01; Simpson:P0.01)显著负相关,溶解氧与α-变形菌纲的丰度显著负相关(P0.05)。冗余分析(RDA)结果显示,温度、pH是影响浮游细菌群落的主要因子。     

双斑东方鲀循环水养殖水体细菌群落结构分析

利用16S rRNA高通量基因测序技术研究了双斑东方鲀(Fugu bimaculatus)循环水养殖系统养殖水体细菌种群结构特征,并比较养殖患病(溃疡症)的双斑东方鲀的水体细菌群落结构与健康的之间的差异,探讨细菌群落结构与双斑东方鲀细菌性病害发生的相关性。研究结果表明,双斑东方鲀循环水养殖水体细菌群落的优势细菌门为变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes),优势细菌纲为γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)、黄杆菌纲(Flavobacteriia)、α-变形菌纲(Alphaproteobacteria),优势细菌目为黄杆菌目(Flavobacteriales)、硫发菌目(Thiotrichales)、红细菌目(Rhodobacterales)、交替单胞菌目(Alteromonadales)、弧菌目(Vibrionales),优势细菌科为黄杆菌科(Flavobacteriaceae)、硫发菌科(Thiotrichaceae)、红细菌科(Rhodobacteraceae)、弧菌科(Vibrionaceae)、交替假单胞菌科(Pseudoalteromonadaceae)。患病的和健康的循环水养殖水体细菌群落种类组成相似度高,细菌群落多样性指数无较大差异,在同一分类水平上各细菌群落丰度占比差异显著;二者核心微生物(属)的差异明显,健康的循环水养殖水体核心细菌群落以Polaribacter属为主;患病的循环水养殖水体核心细菌群落以弧菌科的发光杆菌属(Photobacterium)和弧菌属(Vibrio)为主,而发光杆菌属和弧菌属的多数种类属于病原菌或条件致病菌。双斑东方鲀患病(溃疡症)与养殖水体细菌群落的弧菌属丰度占比高有关。该研究结果对双斑东方鲀循环水养殖细菌性病害的监测、预警、诊断及管理控制具有重要的意义。     

大连两个海区海带相关可培养细菌群落分析

为研究大连两个海区海带相关可培养细菌群落,于2014年12月和2015年3月分别自登沙河湾和正明寺海带养殖区采集健康海带孢子体和海水,采用2216E涂布平板法,共分离出240株细菌,对所有菌株进行PCR和16S rDNA测序。结果表明,120条海带相关序列归属为4个门、5个纲、8个目、15个科、19个属、42个种;120条海水序列属于4个门、6个纲、10个目、18个科、26个属,46个种。在门水平,海带相关和海水细菌群落均可分为变形菌门、厚壁菌门、放线菌门和拟杆菌门,其中变形菌门和厚壁菌门为优势门。在属水平,海带相关优势属为嗜冷杆菌属、假单胞菌属、副球菌属和Salinibacterium;海水相关优势属为芽孢杆菌属、假单胞菌属、动球菌属、假交替单胞菌属和弧菌属。只从海带分离出的细菌属于微杆菌属、微小杆菌属、黄杆菌属、短小杆菌属、肠杆菌属、寡养单胞菌属和原小单孢菌属。Srensen指数表明,两个海区海带细菌群落有一定差异,不同海区海水及同一海区海带与海水细菌群落明显不同。     

健康和患病凡纳滨对虾幼虾消化道菌群结构的比较

凡纳滨对虾养殖过程中,早期阶段是病害易感阶段,而消化道菌群结构与对虾健康关系密切。因此,探讨幼虾的消化道菌群尤其是弧菌类细菌与对虾发病的关系对病害有效防治具有重要意义。本实验采用Illumina测序研究了凡纳滨对虾健康和患病幼虾的消化道细菌群落结构,并基于纯培养和16S r DNA,rec A和pyr H基因序列比对,分析了幼虾消化道中弧菌的主要种类组成。结果发现,健康幼虾消化道中α-变形菌纲和厚壁菌门丰度较高,而患病幼虾中γ-变形菌纲、拟杆菌门、放线菌门和β-变形菌纲较高,其中放线菌门丰度差异显著。基于科水平的响应比分析,发现患病幼虾消化道中动性球菌科和噬菌弧菌科的丰度显著降低,而弧菌科的丰度显著升高。相似度分析发现,驱动群落变异的OTU主要来源于弧菌属、海洋杆状菌属、冷杆菌属、假交替单胞菌属以及未分类至属的红杆菌科和微杆菌科。健康幼虾消化道弧菌组成以锡那罗亚州弧菌为主,而患病幼虾消化道弧菌组成以坎氏弧菌为主。尽管健康和患病幼虾消化道内细菌群落结构整体差异不显著,但一些重要类群丰度变化显著,其特征与已知的生态功能一致。     

厦门对虾养殖水域异养细菌和弧菌的研究

本文对厦门三个主要对虾养殖区水体中异养细菌和弧菌的数量进行了研究。结果表明，在对虾养殖水环境中，异养细菌和弧菌的数量与水温、盐度、氨氮、化学耗氧量的水体营养指数密切相关，弧菌可作为高温季节有机污染的一个指标，弧菌的数量与对虾对病有一定的关系。     

Biolog GN法对不同地区养殖对虾弧菌区系的比较研究

采用Biolog细菌鉴定技术,分析来自5个国家的4个对虾养殖品种苗期及部分养成期虾体上的185株弧菌(其中24株来自成虾).结果表明:来源、种类不同的养殖对虾苗期的主要弧菌的区系组成相似,溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)和鲨鱼弧菌(V. carchariae)(即哈维氏弧菌V. harveyi)是普遍存在的种类,同一种对虾在不同地区养殖,其区系组成略有差异;哈维氏弧菌多为对虾苗期致病菌,副溶血弧菌(V.parahaemolyticus)主要为成虾致病菌;在健康虾苗和发病虾苗体内都可分离到溶藻弧菌.     

饲料中补充蜡样芽孢杆菌(Bacillus cereus)生物膜对凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)生长、抗病力及其肠道微生物组成的影响

为了研究外源补充蜡样芽孢杆菌(Bacillus cereus)生物膜对凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)生长、抗病力及对其肠道微生物组成的影响,以基础饲料为空白组,在基础饲料中添加蜡样芽孢杆菌游离态活菌作为游离态组(活菌含量为108 CFU/g);在基础饲料中添加蜡样芽孢杆菌活菌生物膜作为生物膜组(活菌含量为108 CFU/g);每组8个平行.在养殖大棚暂养7d后,对凡纳滨对虾进行40 d的养殖实验.在第17天进行白斑综合征(White Spot Syndrome Virus,WSSV)攻毒实验;第22天进行副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)攻毒实验.期间在第1、5、10、15天采样,称重并测量体长计算生长速率.在第1、5、10、15、20、25天采样,并取其肠道内容物提取DNA,用16S rDNA序列V3+V4区高通量测序方法检测对虾肠道内微生物群落的结构及变化情况.结果显示,生物膜组和游离态组对虾体重、体长增长速率高于空白组,生物膜组与游离态组对虾体重、体长差异性不显著,生物膜组和游离态组对虾体重、体长与空白组相比差异性显著.实验中凡纳滨对虾肠道微生物由变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)等组成,其中,变形菌门平均占到总量的94.0％.变形菌门中主要以弧菌属(Vibrio)、发光杆菌属(Photobacterium)、Octadecabacter等为主,生物膜组、游离态组、空白对照组弧菌属平均含量分别为34.65％、39.27％、58.00％.在WSSV攻毒实验中,生物膜组、游离态组、空白对照组平均累积死亡率分别为80.0％、77.0％、92.0％,各组差异性不显著(p＞0.05).在副溶血弧菌攻毒实验中,生物膜组、游离态组、空白对照组平均累积死亡率分别为61.3％、75.0％、77.3％,生物膜组与游离态组和空白对照组相比差异性显著(P＜0.05).研究表明,饲料中添加蜡样芽孢杆菌生物膜和游离态蜡样芽孢杆菌投喂凡纳滨对虾后,可改变对虾肠道的微生物组成,提高凡纳滨对虾生长速度、增强抗病能力,而且添加蜡样芽孢杆菌生物膜效果最明显.     

应用高通量测序技术分析拟穴青蟹肠道及其养殖环境菌群结构

采用基于Illumina Hi Seq测序平台的高通量测序技术,对拟穴青蟹(Scylla paramamosain)肠道及其养殖池塘水体、底泥中细菌种类及丰度进行了研究。测序结果显示,3个样品共获得有效序列234575条,可聚类于2812个分类操作单元(OTUs),归属于拟穴青蟹肠道、养殖水体、池塘底泥样品的操作分类单元(OTU)个数分别为453、706和2547,其中有184个OTU均能在3个样品中检测到,在青蟹肠道和养殖水体、青蟹肠道和池塘底泥中分别检测到197和309个共有OTU。物种注释结果显示,拟穴青蟹肠道中优势细菌种类为变形菌门(Proteobacteria)(39.96%)、柔膜菌门(Tenericutes)(23.09%)和厚壁菌门(Firmicutes)(16.58%);养殖水体中优势细菌种类为变形菌门(63.02%)、放线菌门(Actinobacteria)(24.96%)和拟杆菌门(Bacteroidetes)(8.41%);池塘底泥中优势细菌种类为变形菌门(75.23%)、拟杆菌门(5.72%)和放线菌门(3.83%)。此外,对各样品中丰度最高的前10位OTU分析显示,不同样品中占优势地位的10种细菌在数据库(SILVA)缺乏相关已知序列,并且各样品中的优势细菌种类完全不同。实验结果表明拟穴青蟹肠道与其池塘养殖环境中菌群结构存在着密切的相关性,但肠道菌群同时具有一定的独立性,其优势细菌种类与养殖环境中优势细菌种类无关。本研究旨在为拟穴青蟹健康养殖和微生态调控提供实验依据。     

斜带石斑鱼3种致病性弧菌的分子生物学鉴定

从患病斜带石斑鱼分离到3株病原菌EcGS020802、EcGS021001、EcGS020801，经常规生理生化鉴定均属于弧菌属的种类。为了进一步确定其分类地位，测定了3株病原菌的16SrRNA和HSP60(heat shock protein，HsP60)基因部分序列。16SrRNA基因系统进化分析表明，3株病原菌与哈维氏弧菌、溶藻弧菌、副溶血弧菌亲缘关系较近，相互之间同源性均大于98．6％，差异不明显。HSP60基因序列分析表明，菌株EcGS020802、EcGS021001、EcGS020801 HSP60基因序列分别与哈维氏弧菌(AF230934)、溶藻弧菌(Ab230931)、副溶血弧菌(AF230951)HSP60基因的同源性最高，依次为95．7％、99．8％和99．8％，而与其它弧菌HSP60基因的同源性均低于90．6％，3株病原菌相互之间的同源性低于91．0％。HSP60基因构建的系统进化树表明，EcGS020802、EcGS021001、EcGS020801分别与Vibrio harveyi、Vibrio alginolyticus、Vibrio parahaemolyticus聚类。综合上述结果，菌株EcGS020802、EcGS021001、EcGS020801可分别鉴定为哈维氏弧菌、溶藻弧菌、副溶血弧菌。结果表明，HSP60基因比16SrRNA基因更适合用于海水鱼致病性弧菌种问的分类研究。     

对虾养殖池中一株弧菌拮抗菌的分离鉴定

从对虾养殖池中分离出1株编号为2013082515(简称菌株15)的菌株,以鳗弧菌(Vibrio anguillarum)、哈维氏弧菌(Vibrio harveyi)和副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)为指示菌,分析了菌株15对指示菌的抑菌效果及最低抑菌浓度,同时,分析了菌株15对其他7株弧菌的抑菌效果.结果显示,菌株15对3株指示菌均具有抑菌效果,对鳗弧菌、哈维氏弧菌及副溶血弧菌的最低抑菌浓度分别为2.50×104、2.50×105、2.50×105 CFU/ml;对其他弧菌也具有一定的抑菌效果.采用注射及浸泡感染方法分析了菌株15对对虾的生物安全性,结果显示,在高浓度时,菌株15对对虾具有潜在毒性.分别用细菌全细胞脂肪酸气相色谱法和16S rDNA序列分析比对法对该菌进行分类鉴定,表明菌株15为一株假交替单胞菌(Pseudoalteromonas sp.).     

三峡水库中段水体微生物群落结构的季节变化

为了探究三峡库区中段水体微生物群落结构的季节变化特征，分别于2018年春季（3月）、夏季（7月）、秋季（9月）、冬季（1月）采集三峡库区中段万州、涪陵、忠县流域表层水样，分析水质指标和微生物群落结构；通过构建16S rRNA基因克隆文库，结合PCR扩增技术进行高通量测序。结果表明，变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、蓝细菌门（Cyanobacteria）是三峡库区中段水体中的优势菌，不同菌门分布呈现明显的季节特征，冬季微生物多样性高于夏季。夏、秋、冬三季中，变形菌门是第一优势菌，占细菌群落的42.63%~92.90%，春季放线菌门的含量相对丰富，占细菌群落的16.65%~42.25%，蓝细菌门在春冬季的含量相对较高，占细菌群落的6.50%~13.50%，夏秋季的含量较低。PCoA和层级聚类分析显示，夏季和秋季微生物群落结构相似度高，冬季和春季的相似度高，且夏秋季和冬春季的多样性存在显著性差异（P=0.01）。RDA分析表明，温度是影响三峡库区中段水体微生物群落结构最主要的环境因子。     

对虾养殖池副溶血弧菌的分离鉴定及其耐药特征、毒力基因分析

为了解对虾养殖池中副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)的耐药性和毒力基因的携带情况，2018年从山东4个地区的对虾养殖池收集分离副溶血弧菌，采用Kirby-Bauer纸片法检测其对12种抗生素的耐药性，用PCR方法检测其携带耐热直接溶血素基因(tdh)和耐热相关溶血素基因(trh)的情况。从对虾养殖池共分离副溶血弧菌50株。药敏实验结果显示，副溶血弧菌对庆大霉素、硫酸新霉素和氨苄西林的耐药情况最为严重，耐药率分别高达98%、90%和86%，对氟苯尼考、氯霉素、头孢他啶等敏感性较高，耐药率分别为10%、10%和20%。88%的菌株具有多重耐药性。毒力基因检测结果显示，所有菌株均不携带tdh基因，4%的菌株表现为trh阳性。本研究表明，对虾养殖水环境中的副溶血弧菌对抗生素的耐药性较为严重，应加强副溶血弧菌的病原学监测，在养殖过程中合理使用抗生素，以实现水产养殖业健康发展。     

养殖刺参“化板症”病原菌的分离与鉴定

本研究对辽宁4家刺参育苗场患“化板症”的稚参进行了病原学分析,从患有“化板症”的稚参体表病灶处分离得到一株优势菌Aj2010072802A90.人工回接感染试验证实,该细菌能使稚参发生厌食、萎缩、降低附着力、溃烂、死亡等现象,具有较强的致病性,为此次“化板病”的病原菌.在此基础上,利用细菌形态观察、生理生化及16S rDNA分子生物学方法对该菌株进行了鉴定,结果显示,该菌为副溶血弧菌Vibrio parahaemol yticus.这是副溶血孤菌导致海参感染的首次报道.此外,本研究针对该病原菌进行了药敏学测试,证实所分离的副溶血弧菌菌株对氟苯尼考等药物高度敏感,相关研究结果将为刺参疾病防控和健康养殖提供了理论依据和技术支撑.     

致病性哈维氏弧菌溶血素基因克隆及其检测

从山东沿海的发病鲈鱼（Lateolabrax japonicus）分离到1株致病性哈维氏弧菌（Vibrio harveyi），从该菌的染色体DNA扩增出一条长约1．4kb的特异性片段。DNA序列分析表明，该克隆片段含有完整的1254bp溶血素基因，该溶血素基因与哈维氏弧菌VIB645的溶血素基因VhhA和VhhB的相似性分别为99．0％和98．5％；与副溶血弧菌（V．parahaemolyticus）热稳定性溶血素基因（TDH）的相似性为74．5％；与拟态弧菌（V．mimicus）、创伤弧菌（V．vulnificus）、霍乱弧菌（V．chderae）磷脂酶基因的序列相似性分别为57．4％、59．2％、53．0％；与最小弧菌、创伤弧菌、霍乱弧菌、霍氏弧菌（V．hollisae）、河流弧菌（V．tguvialis）、鳗弧菌（V．anguillarum）的溶血素基因的相似性仅为19．9％～24．8％。根据溶血素基因的保守区段，设计了1对特异引物。分析表明，该引物能特异检测哈维氏弧菌。其可检测的DNA最小量为0．001ng。用该方法对55株不同来源的患病鱼分离的疑似病原菌进行检测，结果检出8株哈维氏弧菌，检出率为14．55％，从健康动物中检出数占所检弧菌数的6．25％，海洋环境为10．53％，海水养殖环境为26．53％，表明哈维氏弧菌在不同的海水环境及健康海洋动物中普遍存在，在养殖水体中的数量高于其他海水环境。