卵形鲳!线粒体１６ＳｒＲＮＡ基因全长序列的克隆与分析

根据近源物种线粒体序列的同源比对，在16S rRNA基因上下游保守区域设计一对通用引物。PCR扩增获得特异的DNA片段，经克隆、测序和比对证实该片段包含了卵形鲳鲹线粒体16S rRNA全长序列1725bp。对5个个体分别测序后比对，发现卵形鲳鲹16S rRNA基因在钦州湾种群个体间存在至少7个变异位点，使5个个体分别具有5种不同的单倍型。将卵形鲳鲹和鲹科其它物种的16S rRNA序列进行比，根据比对结果构建的鲳鲹科各物种的系统进化树，支持鲹科下设四个亚科(鲹亚科，鰤亚科，鲳鲹亚科，鰆鲹亚科)的分类系统。综上所述，16S rRNA基因既可用于卵形鲳鲹种群遗传多样性分析，又适用于鲹科鱼类的系统进化分析。     

岩鲮池塘驯养技术

岩鲮(Semilabeono tabilis peters)是我国南方江河的名贵经济鱼类之一,在分类上隶属于鲤形目、鲤科、野鲮亚科、岩鲮属,俗称木六鱼等,岩鲮肉质细嫩,味道鲜美,有很高的经济价值。     

鲤科25种鱼类线粒体COⅡ基因序列差异及其系统进化关系

采用PCR技术获得了23种鲤科鱼类线粒体DNA细胞色素氧化酶（COⅡ）基因部分序列，将所得的COⅡ基因序列与2种取自GenBank的鲤科鱼类同一基因序列采用CLUSTAL X排序后，序列间未见插入和缺失，在实际分析的600 bp序列中，共有变异位点250个。以台湾缨口鳅作为外类群，用PAUP 4.0软件对序列结果进行统计和分支分析，分别用邻接法和最大似然法构建分子系统树。Kimura双因素模型计算25种鲤科鱼类遗传距离范围为0.018 5～0.237 5，其中，遗传距离值最小是与似（0.018 5），最大是似刺鳊与大鳍（0.237 5）。分子系统树显示鲤科雅罗鱼亚科、亚科、鲤亚科、亚科和亚科均没有各自形成单系群。雅罗鱼亚科被分为北方类群和东亚类群，北方类群是一单系类群，东亚类群与亚科、鲴亚科、鲢亚科形成另一个单系群。丁与贝加尔雅罗鱼、东方欧鳊、湖拟鲤等聚成一单系群，支持将丁保留在雅罗鱼亚科中的传统分类法。     

鲮鱼养殖常见病害防治

<正>鲮鱼(Cirrhinus molitorella),俗称土鲮、鲮公,隶属于鲤形目(Cypriniformes)鲤科(Cyprinidae)野鲮亚科(Labeoninae)鲮属(Cirrhinus),是我国华南地区重要的经济鱼类。鲮鱼为杂食性鱼类,摄食池塘浮游动植物、有机碎屑、禽畜残饵、粪便等,在养殖中起到清底和增产增效作用。近年来,鲮鱼作为鳜鱼、笋壳鱼等养殖品种的优质饵料,需求量不断增长,已成为热门养殖品种之一。肇庆地区鱼猪养殖模式使得鲮鱼养殖具有节约成本优势,形成     

桂华鲮苗种培育技术初探

桂华鲮（sinilabeo decorus）属鲤形目，鲤科，野鲮亚科，华鲮属，是珠江水系特有野生经济鱼类。苗种培育是桂华鲮开发研究过程中重要的环节，在人工繁殖成功的基础上，我们对桂华鲮鱼苗鱼种进行了培育试验，初步形成了一套有效的多级分段培育技术，现将桂华鲮苗种培育技术总结如下。     

我国西南喀斯特地区发现一鱼类新属——狭吻鱼属

<正>野鲮亚科是鲤科鱼类中一类适应流水环境的南方类群,该类群在口唇部的系统结构上有剧烈的分化,物种多样性极为丰富,尤其在中国西南喀斯特岩溶地区分化出了众多的特有种甚至特有属,因此成为鲤科鱼类系统进化研究的热点类群。野鲮亚科在中国有26属,其中12个属为中国特有。中国科学院昆明动物研究所杨君兴研究组在研究中发现了一批从未被记录过的奇特标本,经过系统的形态学比对,证明这些鱼类代表一个尚未被科学发现的新类群,命名为狭吻鱼属(Stenorynchoacrum),为我国广西特有属。该属为单型属,目前仅发现一种,命名为西江狭吻鱼(Stenorynchoacrum xijiangensis),仅分布在广西桂林西江支流,干季在地下洞穴生活,洪水季节游到与洞穴相连的小河中。狭吻鱼属构建的野鲮亚科分子系统发育树中构成一个独立支系,该属的有效     

唇鲮苗种培育技术

唇鲮(Semilabeo notabilis Peters)属鲤形目、鲤科、野鲮亚科、唇鲮属,俗称没六鱼、没落鱼、木头鱼、唇鱼、岩鲮、岩鱼,是珠江水系珍贵经济鱼类之一,主要分布于珠江水系的北江、西江,云南元江也产此鱼。2006年7月,贵州省荔波县畜牧局水产站收集1万尾唇鲮水花,     

基于16S rRNA部分序列探讨12种鲹科鱼类的分子系统进化关系

鲹科鱼类在传统形态分类与分子遗传水平构建的系统分类存在争议，本文通过PCR扩增获得了鲹科（Carangidae）8属9种的线粒体16S rRNA基因片段序列约598bp碱基，结合来自GenBank的3种鲹科鱼类的相应片段序列，并以大斑石鲈Pomadasys maculates为外群，生成供系统发育分析的序列矩阵，利用MEGA version 3.0软件分析序列的碱基组成、差异百分比和转换/颠换值等，应用最大简约法和邻接法构建系统树。结果显示：（1）支持鲹科下设四个亚科（鲹亚科，鰤亚科，鲳鲹亚科，鰆鲹亚科）阶元的分类系统；（2）所测种类鲹亚科鲹属下不宜设亚属分类阶元；（3）及达副叶鲹与丽叶鲹亲缘关系近，16S rRNA基因片段序列碱基只有1.07%的差异，未达到分属水平，应同属于副叶鲹属的两个不同种，并建议丽叶鲹的中文名用“丽副叶鲹”。     

鲮鱼细菌性败血症的防治

<正>鲮鱼(Cirrhinus molitorella),俗称土鲮、鲮公,隶属于鲤形目,鲤科,野鲮亚科,鲮属,是我国华南地区重要的经济鱼类。鲮鱼为杂食性鱼类,摄食池塘浮游动植物、有机碎屑、残饵粪便等,在养殖中起到"清道夫"和增产增效作用。鲮鱼作为鳜鱼、笋壳鱼的优质饵料,需求量不断增大,已成为热门养殖品种之一。近年随着草鱼的价格低迷,鲮鱼价格坚挺,     

野生泉水鱼人工驯养技术初探

正泉水鱼(Semilabeo prochilus)属鲤形目、鲤科、野鲮亚科、唇鲮属的一种,俗称油鱼,为我国特有的一种鲤科鱼类,分布于宜昌以上长江上游干流以及四川境内的支流和乌江中,是当地主要经济鱼类之一;其肉质细嫩、营养丰富、味道鲜美。泉水鱼喜居于山溪和具流水的岩洞以及江河有泉源的地方,以消落带和江底岩石上附着的藻类和有机质为食,也吃水生昆虫幼虫。一、材料和方法1.野生个体捕捞2013年5-10月分别在大渡     

长臂虾亚科9个种系统发育关系的16S rDNA序列分析

分析了日本沼虾(Macrobrachium nipponense)线粒体基因16S rDNA部分序列,并将其与GenBank中的相关4属8个种的16S rDNA序列进行了同源性比对,探讨其系统发育关系。结果显示,在分析的442个比对位点中,变异位点188个,简约信息位点125个,碱基转换与颠换值比为1.134。以鼓虾(Alpheus cylindricus)为外群,分别用MP法、NJ法及ML法构建的长臂虾亚科4属的系统发育关系分支图显示:白虾属(Exopalaemon)首先与长臂虾属(Palaemon)以及小长臂虾属(Palaemonetes)聚在一起,然后与沼虾属(Macrobrachium)聚为一支;长臂虾属和小长臂虾属出现4个种混合相聚的现象;属间结点置信值以及聚集情况稳定。     

鲳亚目鱼类线粒体16S rRNA基因序列变异及其分子系统进化关系

为探讨鲳亚目鱼类的系统进化关系,通过测定中国沿海8种鲳亚目鱼类的线粒体16SrRNA基因部分序列,并结合GenBank上其他鲳亚目鱼类的同源序列,对其序列变异和分子系统进化树进行分析.结果表明,鲳亚目5科13属32种鱼类的16S rRNA基因序列的碱基组成为T 22.2％、C 24.5％、A 30.0％、G 23.3％;科间遗传距离为0.060～0.120,属间遗传距离为0.009 ～0.125,种间遗传距离为0.000 ～0.163;长鲳科位于系统进化树的基部,鲳科的鲳属处于系统进化树的顶端,无齿鲳科、方尾鲳科、双鳍鲳科与鲳科的低鳍鲳属和真鲳属聚类.结合形态学研究结果,认为:长鲳科是鲳亚目中最先分化的原始单系群;无齿鲳科和方尾鲳科为单系群,它们与非单系群的双鳍鲳科有较近的亲缘关系;鲳科为并系群,内部存在与地理区系相对应的2个分支,提示了该科鱼类早期的分化模式.同时,也对16S rRNA基因在鲳亚目鱼类系统进化研究中的适用性进行了剖析.     

西江鱼类群落结构和环境影响分析

2016-2018年,于珠江干流西江桂平至肇庆6个站点开展了季节性渔获物采集和环境监测,共采集鱼类12目29科99种,单次采集10~45种,香浓威纳指数(H’)为0.90~2.93,均匀度指数(J’)为0.30~0.89,物种组成为季节和空间的周转格局。相对重要性指数表明,鲮(Cirrhinus molitorella)、广东鲂(Megalobrama terminalis)和赤眼鳟(Squaliobarbus curriculus)为主要优势种。置换多因素方差分析表明鱼类群落时空差异显著,夏-冬季间群落结构差异主要源于鲤(Cyprinus carpio)、鲮、广东鲂和赤眼鳟质量百分比(W%)差异;桂平与梧州、肇庆的显著差异主要源于鲮、广东鲂和银(Squalidus argentatus)的数量百分比(N%)差异,以及鲮、广东鲂、鲤、鲢(Hypophthalmichthys molitrix)和尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)的W%差异。冗余分析分别解释了鱼类N%和W%变异的49.92%和49.61%,主要影响因子为距河口距离、水温、透明度和径流量,且鲮分布在低透明度的高温水域,广东鲂和鲢分布在下游江段,赤眼鳟分布在中上游江段,鲤分布在高透明度的低温水域。     

东海常见鲳属鱼类的形态差异及系统进化关系探讨

应用多变量形态度量学方法研究了鲳属中常见鱼类银鲳、翎鲳和中国鲳的形态差异,同时对3种鲳鱼线粒体DNA 16S rRNA基因序列差异进行了分析,并根据3种鲳鱼的形态和分子数据对其系统进化关系进行了探讨.聚类分析表明,银鲳和翎鲳形态较为相似,而与中国鲳形态差异较大.判别分析表明,3种鲳鱼形态上存在着明显差异,利用4个形态参...     

浅色黄姑鱼线粒体16S rRNA基因片段序列特征分析

PCR扩增100个浅色黄姑鱼个体的线粒体16SrRNA基因片段序列,得到大约620bp的扩增产物。将其中5个个体的扩增产物进行测序和同源比对,得到468bp可供比对分析的片段。比对结果表明,5条序列包括两个单倍型,两个单倍型之间有1个碱基突变。PCR-RFLP分析结果显示,两个种群的100个样品中98%的个体为其中一种单倍型,只有2%的个体呈另一种单倍型,表明这两个种群的遗传多样性较低。两个单倍型平均碱基组成为:T22.0%,C26.3%,A29.8%,G21.9%,GC含量平均为48.2%。与GenBank中石首鱼科7属9种的11条同源序列比对,得到429个比对位点,其中包括69个简约信息位点、55个单突变子和16个插入/缺失位点。聚类分析显示,浅色黄姑鱼与黄姑鱼亲缘关系较近,与形态分类相符。     

斜带石斑鱼3种致病性弧菌的分子生物学鉴定

从患病斜带石斑鱼分离到3株病原菌EcGS020802、EcGS021001、EcGS020801，经常规生理生化鉴定均属于弧菌属的种类。为了进一步确定其分类地位，测定了3株病原菌的16SrRNA和HSP60(heat shock protein，HsP60)基因部分序列。16SrRNA基因系统进化分析表明，3株病原菌与哈维氏弧菌、溶藻弧菌、副溶血弧菌亲缘关系较近，相互之间同源性均大于98．6％，差异不明显。HSP60基因序列分析表明，菌株EcGS020802、EcGS021001、EcGS020801 HSP60基因序列分别与哈维氏弧菌(AF230934)、溶藻弧菌(Ab230931)、副溶血弧菌(AF230951)HSP60基因的同源性最高，依次为95．7％、99．8％和99．8％，而与其它弧菌HSP60基因的同源性均低于90．6％，3株病原菌相互之间的同源性低于91．0％。HSP60基因构建的系统进化树表明，EcGS020802、EcGS021001、EcGS020801分别与Vibrio harveyi、Vibrio alginolyticus、Vibrio parahaemolyticus聚类。综合上述结果，菌株EcGS020802、EcGS021001、EcGS020801可分别鉴定为哈维氏弧菌、溶藻弧菌、副溶血弧菌。结果表明，HSP60基因比16SrRNA基因更适合用于海水鱼致病性弧菌种问的分类研究。     

5种经济海胆线粒体16SrRNA基因片段的序列分析

对光棘球海胆、中间球海胆、马粪海胆,海刺猬和紫海胆线粒体DNA 16SrRNA基因片段进行了PCR扩增和测序,得到395 bp的可信片段。通过ClustalX 1.83和Mega 3.0软件对所得线粒体16SrRNA片段序列进行比较,共检测到118个碱基变异,其中简约信息位点为33个。应用Mega 3.0计算各种间的相对遗传距离,以糙海参为外类群,得到NJ系统树和MP系统树,系统树各分支的置信度由“Bootstrap”1000次循环检验。结果表明,马粪海胆与光棘球海胆的亲缘关系较近,其次为中间球海胆,而紫海胆、海刺猬与这3种海胆的关系相对较远。     

不同DNA条形码基因在帘蛤目贝类分类鉴定中的比较分析

DNA条形码基因已经广泛应用在海洋贝类的分类鉴定、系统发育进化、种群遗传分析等领域的研究。为进一步研究评估不同DNA条形码基因在海洋贝类鉴定中的作用,本研究利用从Gen Bank数据库随机下载的帘蛤目COI、16S r RNA、18S r RNA和28S r RNA基因序列,通过传统距离法和单系聚类法结合分析,比较了上述DNA条形码基因在鉴定物种及系统发育进化中的鉴定效率,并以本实验室已获得的部分贝类DNA序列进行了验证。结果表明,根据"10倍法则"和"2%"阈值标准,本研究中COI能够鉴定57.1%物种,16S r RNA能够鉴定60.9%,18S r RNA鉴定16.7%,而28S r RNA无法有效鉴定;多数种COI和16S r RNA基因序列的种间遗传距离和种内遗传距离存在"条形码间隙",而18S r RNA和28S r RNA序列的种间和种内的遗传距离存在显著重叠,没有明显"条形码间隙";聚类分析结果表明,基于COI基因序列,87.9%的个体与同种聚为单系,以16S r RNA序列,65.6%的个体与同种聚为单系,未聚成单系的个体则形成姐妹系,未出现不同种聚为单系现象,能够呈现与形态分类基本一致的系统发生关系;但18S r RNA和28S r RNA呈现的聚类关系相对混乱。相对而言,在鉴定帘蛤目物种时,COI和16S r RNA都能够作为条形码基因,且COI有效性更高,18S r RNA和28S r RNA基因由于种内变异较大,不适于作为条码基因。研究结果为科学选用DNA条形码基因进行帘蛤目贝类的鉴定提供了参考资料。     

条斑星鲽和圆斑星鲽线粒体12S rRNA与16S rRNA基因序列及其系统分析

采用PCR产物直接测序法分别测定了条斑星鲽和圆斑星鲽线粒体基因组序列,并对12SrRNA和16S rRNA基因核苷酸全序列进行分析,条斑星鲽和圆斑星鲽线粒体12S rRNA的核苷酸序列长度分别为948 bp和949 bp,16S rRNA均为1716 bp。试验结果表明,由12S rRNA和16S rRNA基因所构建的两个系统树的结构基本一致,21种鱼主要分为3个大的分支:鲤形目、鲶形目聚为1支,鲑形目独立聚为1支,鲈形目和鲽形目聚为1大支。鲆鲽类与鲈形目的鲹科、鲷科鱼类聚类在一支,且与鲹科的日本竹荚鱼、大西洋竹荚鱼构成姊妹群,支持鲆、鲽类是从鲈形目分化出来的观点,而同属于鲽形目的鳎科鱼类塞内加尔鳎在12S rRNA树中成为一个独立的分支,在16S rRNA树中聚到鲈形目和鲽形目的分支中,并且与鲈形目关系更近些,鳎类是1个特殊类群,其分类地位有待进一步探讨。线粒体基因组序列已提交到GenBank中,序列号为:DQ403797和EF025506。