5个紫菜属物种丝状体的微卫星初步遗传分析

文章利用68对微卫星引物对坛紫菜（Porphyra haitanensis）、半叶紫菜（P.katadai）、条斑紫菜（P.yezoensis）、少精紫菜（P.oligospermatangia）和皱紫菜（P.crispata）5个紫菜属物种的丝状体进行初步的遗传分析,共筛选出20对高多态性适用引物,在10份紫菜丝状体样品扩增位点的多态性比例为95.24%,每对引物可扩增的等位基因位点数为1.22～4.05,平均为2.37;各样品之间的遗传多样性指数为0.254 6～0.899 4;不同物种的遗传距离为0.106 0～1.406 6,同一物种的丝状体材料优先聚类为一支,表明筛选出的微卫星引物具有良好的遗传分辨能力。     

微卫星标记在坛紫菜丝状体品系DNA指纹构建中的应用

用从条斑紫菜EST数据库中筛选合成的微卫星引物对8个坛紫菜丝状体品系进行微卫星DNA指纹扩增。5个微卫星引物共扩增出32条带，其中3对引物所扩增出的5个条带(AU192094—127、AU187410—335、AU187410—190、AU194267—203和AU194267—328)被用来构建8个坛紫菜丝状体品系的DNA指纹。在这个图谱中，每个丝状体品系都有独一的指纹模式，彼此很容易被区分开。所获得的DNA指纹图谱，可用来进行孟德尔分离研究，及为坛紫菜纯系鉴定提供分子基础。     

ISSR标记在坛紫菜不同色泽丝状体种质鉴定中的应用

ISSR标记在坛紫菜不同色泽丝状体种质鉴定中的应用=Application of ISSR markers in germplasm identification of different color’s Porphyra haitanensis filament strains［刊，中］/谢潮添（集美大学水产学院，厦门361021）,纪德华,陈昌生,徐燕,张元//水产学报，—2007，31(1).-105～111 用ISSR分子标记技术对4个不同色泽坛紫菜（Porphyra haitanensis）丝状体品系（分别为桔黄色，褐绿色，棕红色和紫色）及1个野生型对照丝状体品系（褐红色）进行了遗传分析，共筛选出11条引物，PCR反应得到了129个扩增位点，多态位点比率达88.4％，有效等位基因数为1.6369，期望杂合度为0.3609，Shannon多样性指数为0.5265；根据Nei方法计算了这5个坛紫菜丝状体品系间的遗传相似性系数和遗传距离，结果发现4个不同色泽丝状体间的平均遗传距离为0.5727，它们同野生型对照的平均遗传距离为0.6564，同时应用UPMGA法对它们进行了聚类分析。最后应用引物812扩增的4个多态性位点构建了这5个不同坛紫菜丝状体的DNA指纹图谱，使每一品系都具有独特的DNA指纹，并将其转化成了计算机可以识别的数码指纹，可以方便地应用于坛紫菜丝状体的种质鉴定中。结果表明ISSR分子标记技术可以作为坛紫菜丝状体种质鉴定的有效技术手段，提供快捷、准确的鉴定结果。图3表5参24 关键词：坛紫菜; ISSR标记; 遗传分析; 种质鉴定 E-mail: cschen@jmu.edu.cn     

条斑紫菜6个品系的SRAP分析

为鉴别条斑紫菜不同品系的种质,使用相关序列扩增多态性(sequence-related amplified polymorphism,SRAP)标记对条斑紫菜的5个选育品系和1个野生品系进行遗传分析,结果从35对引物组合中筛选出可扩增出稳定清晰条带的组合11对,共获得131个扩增位点,其中多态性位点125个,多态性比例高达95.42%。6个品系 间的遗传距离为0.364 3～0.867 9,平均为0.593 0。用UPGMA法进行聚类分析,结果将6个品系分为2个群,所反映的亲缘关系与各品系的来源基本一致,说明SRAP 标记技术可以成为条斑紫菜品系间遗传分析的有效工具。在131个多态性位点中,选择扩增出的4个位点构建了6个品系的指纹图谱。另外,通过ME1/EM6引物组合 扩增得到耐高温品系TM-18的特异性条带,经回收测序和重新设计引物,该条带在其丝状体和叶状体DNA中均能稳定地被扩增出来,可用于该品系的种质鉴别 。     

半叶紫菜游离丝状体培育技术

正中国是世界紫菜的主要生产国和出口国,而主要栽培种类只有条斑紫菜和坛紫菜两个品种,养殖品种相对比较单一,而紫菜新品种的开发和利用首要解决的一个问题是苗种培育,也就是解决紫菜丝状体的质与量的问题。我国的半叶紫菜主要分布在山东青岛至辽宁大连的黄海西部海区,通过培养半叶紫菜的游离丝状体,用游离丝状体接种贝壳进行半叶紫菜苗种培育,或者将半叶紫菜游离丝状体培养成熟,直接用游离丝状体在半叶紫菜网帘上采集壳孢子,培养半     

紫菜养殖技术之一大面积栽培条斑紫菜高产高效配套技术

条斑紫菜属于红藻门、原红藻纲、红毛菜目、红毛菜科,作为经济价值与营养价值较高的海藻,它具有食品、药用、保健等多种功能。条斑紫菜的生物学特性决定了适宜栽培海区的局限性与栽培技术的特殊性,而江苏省海安县条斑紫菜栽培海区面积近3万亩,全县11家紫菜企业年产一次性条斑干紫菜近10万箱,条味紫菜6万箱,条斑紫菜的育苗、栽培、加工是该县水产业的支柱产业。本项目通过研究条斑紫菜半浮动筏式栽培中的海区选择、栽培设施、苗网培育、病害防治、成菜栽培管理和成菜采收等技术关键, 1700公顷栽培海区3年平均单产9950kg／公顷,单产高于同类海区20％以上。一、栽培海区的选择栽培海区应选择离岸较远的近海辐射沙洲,     

坛紫菜遗传连锁图谱的构建

以野生型坛紫菜纯系(♀)和红色型坛紫菜纯系(♂)作为杂交亲本,结合四分子分析法及单个体细胞克隆的丝状体途径,创建了由157个株系组成的坛紫菜DH作图群体,并用经过筛选的24对SRAP引物和16对SSR引物对父母本及作图群体各株系进行双标记分析,获得了224个多态性标记,其中157个标记符合孟德尔分离规律。根据标记间的连锁规律,首次构建了坛紫菜的分子遗传连锁图谱,所构建的遗传图谱由包含124个标记(含SRAP标记104个,SSR标记20个)的5个连锁群组成,总长度为879.2cM,平均标记间隔为7.09cM,各个连锁群长度为134.2～213.6cM,包含标记18～31个。最后采用3种不同方法计算得到坛紫菜的估计基因组长度平均为955.3cM,由此得到坛紫菜遗传连锁图谱的基因组覆盖率为92.0%。     

基于SCAR标记的坛紫菜“闽丰1号”多重PCR鉴定技术的建立

为建立坛紫菜“闽丰1号”(Z-26)品系的种质分子鉴定方法,采用300条RAPD引物对6个坛紫菜纯系进行标记扫描,从中筛选出“Z-26”品系的特异性随机扩增多态DNA(RAPD)标记9个,经克隆和测序,其中两个特异性标记成功转化为特异SCAR标记(Z26-600和Z26-360),标记片段大小分别为530 bp和242 bp.并进一步通过4个不同实验验证,确定Z26-600和Z26-360两个标记是坛紫菜“Z-26”品系的特异和稳定性标记.最后为进一步简化种质鉴定程序,建立更为便捷和准确的种质鉴定方法,经过条件优化,以此两个标记为基础建立了坛紫菜“Z-26”品系的多重PCR鉴定方法,该方法可以在一次PCR反应中同时鉴定两个特异性标记.     

广东部分岛屿紫菜物种研究

为了解广东沿海紫菜物种自然资源现状及物种间的亲缘关系,于2012年冬季对广东3个岛屿进行调查,并对采集样品进行形态、细胞学以及基于rbcL和nrSSU序列的系统学研究。结果显示,12月平屿岛优势种有坛紫菜（Porphyrahaitanensis）、长紫菜（Pdentata）和皱紫菜（P．crispata）;外伶仃岛、下川岛为皱紫菜和多枝紫菜（Pramosissima）;3个岛屿的紫菜属于暖温性的刺缘组紫菜,染色体均为n=5,其中多枝紫菜染色体为首次观察报道。系统学结果显示,平屿岛皱紫菜与坛紫菜亲缘关系最近,与多枝紫菜之间的关系最远;外伶仃岛、下川岛皱紫菜与平屿岛皱紫菜的相似度远低于与多枝紫菜种间的系数。研究扩增了皱紫菜的nrSSU序列和多枝紫菜的rbcL、nrSSU序列,为紫菜的系统学研究提供了基础资料。     

坛紫菜种质材料DNA指纹图谱的构建

采用20对简单重复序列(SSR)引物对福建省坛紫菜种质资源库中保存的44个坛紫菜种质材料进行了遗传分析,共检测到了81个多态性位点,每对引物检测到的等位基因介于2~6个之间,平均为4.05个,引物的PIC值介于0.15~0.79之间,平均为0.57。然后根据3对引物(Phes08,Phes03和PC13)扩增出的16个多态性位点构建了44个坛紫菜种质材料的指纹图谱库,使得每一种质材料均具有其特异的DNA指纹图谱。并根据指纹图谱中各扩增位点条带的有无,将指纹图谱转化成了计算机可以识别的数码指纹,开发了相应的数码指纹识别软件,为坛紫菜种质的自动化鉴定及坛紫菜种质资源库的信息化管理奠定了基础。     

紫菜丝状体阶段核分裂特征观察

对条斑紫菜和坛紫菜的果孢子、丝状体以及壳孢子的核分裂进行了细胞学观察。结果表明,两种紫菜染色体数分别是3和5,从果孢子萌发到壳孢子萌发阶段为二倍体核,核分裂都具同源染色体配对特征。在果孢子萌发和营养藻丝、孢子囊枝和壳孢子囊细胞分裂中,分裂前期末同源染色体紧密配对聚合,进入中期染色体在赤道面上排列,同源染色体仍一一对应,后期染色单体分离。在壳孢子萌发的核分裂中,前期同源染色体配对更加紧密,中期过程出现联会染色体分离的特征,后期同源染色体分离,显示减数分裂特点。本文还讨论了有丝分裂同源染色体配对现象对观察研究紫菜二倍体细胞核分裂的影响。     

坛紫菜rbcS及rbcL-rbcS基因间隔区的序列分析

Rubisco是光合作用和光呼吸的关键酶,目前已成为高等植物中研究最深入的酶之一,而在低等藻类中关于该酶的相关研究却很少。以来自浙江和福建的6个坛紫菜(Porphyra haitanensis)无性系为研究对象,以江苏条斑紫菜(P.yezoensis)为参照,克隆了其Rubisco小亚基(rbcS)及大小亚基基因间隔区共516 bp的序列。序列分析结果表明,其中4个坛紫菜系(Hza、Hzf、Hpt、Hzz)的基因序列完全相同(以其作为标准),坛紫菜Hzb和Hzc与其均只有1个碱基差异,而条斑紫菜Yn55与其差别碱基为46个。将本实验的7条紫菜序列与GenBank数据库收录的17条紫菜Rubisco序列一起做系统分析,结果表明坛紫菜和条斑紫菜都分别归到了各自的类群中。以上结果说明,紫菜rbcS和rbcL-rbcS基因间隔区序列的同源性较高,可用于种以上水平的系统分析。     

Simple differentiation of two closely related species Porphyra tenera and Porphyra yezoensis (Bangiophyceae, Rhodophyta) based on length polymorphism of actin-related protein 4 gene (ARP4)

ABSTRACT:   Genetic polymorphisms were investigated to develop a simple and rapid method to differentiate between the two closely related species, Porphyra tenera and Porphyra yezoensis . Polymerase chain reaction (PCR) using the specific primer pair of the ARP4 gene gave length polymorphic single fragments of genomic DNAs from five strains of P. tenera (Japan T-8, JTW; Korea KTY1, KTY2, KTY3) and seven strains of P. yezoensis (Japan TU-1, TU-2, TUH-25, JHU, JA-1; Korea KGJ, KPH). All strains of P. yezoensis had introns 60 bp longer than that of P. tenera . Multiple cleaved amplified polymorphic sequence (CAPS) markers were also developed to differentiate P. tenera and P. yezoensis . This is the first report of length polymorphisms that can be used to differentiate between the two species using only PCR amplification with agarose gel electrophoresis. It is expected that the length polymorphism and plentiful CAPS profiles obtained in this study will be useful in the assessment of genetic diversity within P. tenera and P. yezoensis as well as in breeding science that requires the collection of various strains of the two species.     

Inheritance pattern of chloroplast and mitochondrial genomes in artificial hybrids of Porphyra yezoensis (Rhodophyta)

ABSTRACT:   To investigate inheritance of chloroplasts and mitochondria (organelles) in the marine red alga Porphyra yezoensis , cleaved amplified polymorphic sequence (CAPS) profiles of the two strains, TU-2 and KGJ, as parental gametophytes and 44 hybrid sporophytes (i.e. female of TU-2 and male of KGJ) were examined. A carbamyl phosphate synthase small subunit gene ( carA ) and ribosomal protein S11 gene ( rps11 )-small subunit ribosomal RNA gene ( rns ) spacer region were used as molecular markers for the chloroplast and mitochondrial DNAs, respectively. Thirty-eight of 44 (86.4%) conchocelis colonies showed maternal banding patterns, five (11.4%) colonies showed biparental bands and one (2.2%) colony showed paternal bands in CAPS analyses both with chloroplast and mitochondrial markers. These results suggest that organelles of P. yezoensis are inherited uniparentally from the female parent.     

Identification of currently cultivated Porphyra species by PCR-RFLP analysis

ABSTRACT:   Porphyra yezoensis and P. tenera are the representative species of the marine crop Porphyra (nori) in Japan. Since the two species are extremely similar to each other in morphology, nori breeders have tentatively classified many strains of cultivated Porphyra into the two species without strict species identification. In order to facilitate rapid and reliable identification of the many strains of Porphyra currently cultivated in various Japanese regions, 24 conchocelis strains were examined by polymerase chain reaction restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) analysis using the plastid RuBisCo spacer and the nuclear internal transcribed spacer regions. From the results, all the strains were identified as P. yezoensis f.  narawaensis , and P. tenera was not detected. Hence, it was confirmed that most of the Porphyra strains currently cultivated in Japan are P. yezoensis f.  narawaensis , and that intensive selective breeding has led to a reduced genetic diversity in the stock used for nori cultivation.     

福鼎敏灶湾2012年坛紫菜烂菜原因初探

对2012年10月福鼎敏灶湾海区坛紫菜烂菜情况进行采样、调查和原因分析。结果显示坛紫菜烂菜症状主要为叶状体梢部颜色变红,部分藻体颜色变淡、发白,烂化甚至脱落。烂菜原因主要有：（1）高温小潮期,海面风力小、浪静,由波浪形成的海水垂直流动交换弱,藻体与海水中的二氧化碳和营养盐等微交换也随之变弱,从而导致坛紫菜细胞生理机能下降;（2）坛紫菜养殖过密,海水中含氮量偏低,使得坛紫菜生长受限制;（3）南侧近岸海域水流不畅、流速较缓,悬浮物等污染物质积聚于该海域,易粘附于坛紫菜叶状体,影响坛紫菜的生长。为此作者提出防范建议旨在为今后福建省坛紫菜健康养殖可持续发展提供参考意见。