基于线粒体COI基因序列的蒙古鲌群体遗传结构分析

采用线粒体COI基因序列对长江流域湖北段和江苏段蒙古鲌(Chanodichthys mongolicus)不同自然群体的遗传组成和结构进行了分析。结果显示,蒙古鲌种群的遗传多样性水平中等,群体的平均基因多态性为0.664,核苷酸多态性为0.002,不同种群间遗传多样性存在一定的差异。COI基因序列共检测了10种单倍型,其中4种单倍型在蒙古鲌不同种群间共享,其余单倍型为单个种群所特有。分子变异分析表明79.7%的变异发生在种群内。NJ聚类树和单倍型网络图分析均表明蒙古鲌不同种群未形成明显的谱系地理结构。     

基于线粒体Cytb基因和D-loop区序列的高邮湖湖鲚(Coilia nasus)遗传多样性分析

本研究利用线粒体细胞色素b(Cytb)基因和控制区(D-loop)序列作为分子标记,调查了高邮湖湖鲚(Coilia nasus)种群遗传多样性。结果显示,Cytb基因和D-loop区序列碱基A+T含量均高于G+C含量,显示碱基组成具有偏倚性。38条Cytb基因序列检出26个变异位点,定义13个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.716±0.078和0.002 70±0.000 57;40条D-loop区序列检出53个变异位点,定义21个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.906±0.034和0.006 27±0.000 99。13个Cytb基因单倍型之间的遗传距离在0.001~0.014之间,NJ系统进化树显示单倍型聚为1支;21个D-loop区单倍型之间的遗传距离在0.001~0.019之间,NJ系统进化树显示单倍型聚为2支。中性检测结果和歧点分布图均表明高邮湖湖鲚种群稳定,近期没有发生种群扩张。整体来看,高邮湖湖鲚种质资源遗传多样性水平较高,具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性的特征。     

基于基因分型测序(GBS)技术分析鲂鲌鱼类及其杂交子代的遗传结构

为利用基因分型测序(GBS)技术对三角鲂、翘嘴鲌、蒙古鲌及其杂交子代的遗传结构进行分析。本研究采用GBS技术对三角鲂、翘嘴鲌、蒙古鲌及其杂交子代(F1)共6个个体的鳍条提取总DNA进行双酶切简化基因组测序,使用Stacks软件构建SNP比对参考基因组进行分析。结果显示,6个个体共产生clean data 7.01 GB,平均每个样品1.17 GB;将所有样本作为一个群体检测SNP变异,共检测出SNP位点399 145个,质控过滤后得到SNP位点97 911个。基于亲本及其子代的SNP位点分析表明,亲本及其子代的平均观测杂合度(H_o)为0.339 4,平均期望杂合度(He)为0.285 3,平均多态性信息含量(PIC)为0.273 7,平均核苷酸多样性(Pi)为0.372 7,平均最小等位基因频率(MAF)为0.247 2,平均可分型样品比例(genotype rate)为93.94%。遗传分化指数和遗传距离分析结果表明,三角鲂、翘嘴鲌、蒙古鲌及其杂交子代间的分化指数为0.309 6～0.894 0,遗传距离为0.370 5～2.244 3。使用最大似然(ML)法构建的系统进化树显示,三角鲂、翘嘴鲌、蒙古鲌及其杂交子代区分明显。本研究通过对三角鲂、翘嘴鲌、蒙古鲌及其杂交子代的遗传结构分析,将为鲂鲌鱼类的杂交选育提供更多的遗传学数据。     

兴凯湖四种野生鲌消化酶活性比较研究

本文分析兴凯湖定点同日随机采集的翘嘴鲌Culter alburnus、蒙古鲌C.mongolicus、兴凯鲌C.dabryi和红鳍原鲌Cultrichthys erythropterus肝胰脏和肠道消化酶的活性,比较2龄鱼和≥3龄鱼两实验组样本的特点和差异。结果表明:四种鲌肠道蛋白酶和淀粉酶活性显著高于肝胰脏;蒙古鲌肝胰脏脂肪酶活性高于肠道,其他三种鲌类肠道脂肪酶活性高于肝胰脏(P0.05)。2龄和≥3龄鱼蒙古鲌肝胰脏蛋白酶活性最高,翘嘴鲌和兴凯鲌分别次之(P0.05);2龄鱼兴凯鲌、蒙古鲌、翘嘴鲌肠道蛋白酶活性较高,≥3龄鱼蒙古鲌和红鳍原鲌显著高于兴凯鲌、翘嘴鲌(P0.05)。2龄组和≥3龄鱼翘嘴鲌肠道脂肪酶活性和肝胰脏、肠道淀粉酶活性均较高,≥3龄蒙古鲌和兴凯鲌肝胰脏脂肪酶活性显著高于翘嘴鲌和红鳍原鲌(P0.05)。本研究结果对科学保护与利用相关鱼类有参考价值。     

长江中上游3种鲌的营养生态位比较

为了解长江中上游鲌属鱼类种群动态和种间营养关系,本研究利用碳、氮稳定同位素分析技术,对来自长江中上游3个区域的达氏鲌(Culter dabryi)、蒙古鲌(Culter mongolicus)和翘嘴鲌(Culter alburnus)样品的碳、氮稳定同位素特征和营养生态位进行比较分析。结果显示, 3种鲌的δ¹³C值在各区域均有显著性差异(P<0.05),而δ¹⁵N值仅在上游江段差异显著(P<0.05),表明三者间食物来源和营养级位置存在空间上的差异。多营养生态位指标结果显示,在长江中上游,蒙古鲌的食物来源更为广泛,占据的营养生态位空间总量较大,且在大多数情况下,蒙古鲌的生态位宽度大于达氏鲌和翘嘴鲌,这可能与蒙古鲌独特的摄食器官有关。3种鲌在长江中上游各江段的食性竞争存在差异,其中,蒙古鲌与翘嘴鲌、达氏鲌的重叠度相对较高,而翘嘴鲌与达氏鲌之间重叠度较低甚至无重叠,表明在长江中上游水域,蒙古鲌由于对不同饵料资源的利用能力强而易与其他两者出现食性竞争,而翘嘴鲌与达氏鲌因对各自优势饵料的摄食偏好性强,在食物资源维度上出现了一定的生态位分化...     

基于细胞色素b基因序列的鲌亚科鱼类系统发育研究

采用特异性引物PCR扩增获得了鲌亚科7属10种鱼类细胞色素b基因的全长序列,初步构建了鲌亚科鱼类的系统发育关系。NJ树和MP树一致表明,鲌亚科鱼类种内所有个体均单独聚群,支持率高;同一属内,除蒙古鲌(Culter mogolicus mongolicus)未能与同属的翘嘴鲌(Culter alburnus)、青梢鲌(Culter dabryi dabryi)单独聚为一支外,团头鲂(Megalobrama amblycephala)与三角鲂(Megalobrama terminal)、翘嘴鲌与青梢鲌均为姐妹种。NJ、MP树显示鲌亚科鱼类属间关系的支持率都较低,鲂属(Megalobrama)与鳊属(Parabramis)间、鲌属(Culter)与原鲌属(Cultrichthys)间、细鳊属(Rasborinus)与半属(Hemiculterella)、属(Hemiculter)间有较近的亲缘关系,在系统演化关系上,细鳊属、半属、依氏鱼属(Ishikauia)较为原始,鲌属与原鲌属、鲂属与鳊属互为姐妹群,为较特化群。     

洪泽湖大银鱼(Protosalanx hyalocranius)Cytb和COⅠ基因序列多态性分析

为揭示我国洪泽湖大银鱼(Protosalanx hyalocranius)遗传多样性现状,科学保护和合理利用大银鱼种质资源,采用线粒体细胞色素b基因(Cytb)和细胞色素c氧化酶Ⅰ亚基基因(COⅠ)序列,分析了洪泽湖40尾大银鱼的遗传多样性。通过PCR扩增与序列测定分别获得了长度为1141 bp和630 bp的Cytb和COⅠ基因序列。40条Cytb基因序列碱基A、T、G和C的平均含量分别为21.7%、29.3%、16.7%和32.3%,检出6个变异位点,定义7个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.775和0.00129,碱基平均差异数为1.469。40条COⅠ基因序列碱基A、T、G和C的平均含量分别为21.6%、26.0%、19.2%和33.2%,检出5个变异位点,定义6个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.700和0.00207,平均碱基差异数是1.303。Cytb及COⅠ基因单倍型之间的遗传距离较小,且NJ系统进化树聚为一支,说明大银鱼单倍型没有出现遗传分化。Fu’s F_s中性检验结果和碱基歧点分布图均表明,洪泽湖大银鱼近期经历了种群扩张事件。     

洪泽湖大银鱼(Protosalanx hyalocranius) Cytb和COⅠ基因序列多态性分析

为揭示我国洪泽湖大银鱼(Protosalanx hyalocranius)遗传多样性现状，科学保护和合理利用大银鱼种质资源，采用线粒体细胞色素b基因(Cytb)和细胞色素c氧化酶Ⅰ亚基基因(COⅠ)序列，分析了洪泽湖40尾大银鱼的遗传多样性。通过PCR扩增与序列测定分别获得了长度为1141 bp和630 bp的Cytb和COⅠ基因序列。40条Cytb基因序列碱基A、T、G和C的平均含量分别为21.7%、29.3%、16.7%和32.3%，检出6个变异位点，定义7个单倍型，单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.775和0.00129，碱基平均差异数为1.469。40条COⅠ基因序列碱基A、T、G和C的平均含量分别为21.6%、26.0%、19.2%和33.2%，检出5个变异位点，定义6个单倍型，单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.700和0.00207，平均碱基差异数是1.303。Cytb及COⅠ基因单倍型之间的遗传距离较小，且NJ系统进化树聚为一支，说明大银鱼单倍型没有出现遗传分化。Fu’s Fs中性检验结果和碱基歧点分布图均表明，洪泽湖大银鱼近期经历了种群扩张事件。     

长湖5种鲌摄食器官形态学的比较

为了阐明长湖5种土著鲌类摄食器官形态特征间的差异,于2014年采集红鳍原鲌(Chanodichthys erythropterus)、翘嘴鲌(Culter alburnus)、达氏鲌(C.dabryi)、蒙古鲌(C.mongolicus)、拟尖头鲌(Erythroculter oxycephaloides)等5种鲌类共277尾,采用非参数检验、方差分析和判别分析等对5种鲌类的11个摄食器官形态指标和食物组成进行比较分析。结果显示,长湖5种鲌类摄食器官形态特征存在差异,差异主要表现在上、下颌伸展度、口宽3个性状上;典型判别分析显示5种鲌种间离散程度较高;聚类分析表明翘嘴鲌和达氏鲌摄食器官形态相似度最高,蒙古鲌和红鳍原鲌相似度最低。长湖翘嘴鲌、达氏鲌、蒙古鲌的食物主要以、鲫鱼、麦穗鱼和虾为主;水草是红鳍原鲌食物的重要组成部分,昆虫在拟尖头鲌食物中占有一定比例。表明5种鲌在食物组成上有一定的相似性,但在主要饵料的种类和比例上存在差别。由此可以看出,长湖5种鲌摄食器官形态与食性之间表现出一定程度上的适应性。     

基于线粒体DNA标记的阿根廷滑柔鱼2个产卵群体遗传变异分析

通过线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ(COI)和细胞色素b(Cytb)基因2个分子标记对阿根廷滑柔鱼(Illex argentinus)冬生群体与秋生群体的遗传变异进行了研究,并检验了冬生群体在时间上的遗传差异。结果显示,基于COI基因序列分析得到的单倍型数、单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数及平均核苷酸差异数分别为11、0.535±0.066、0.002 24±0.001 59和1.243。基于Cytb基因序列分析得到的单倍型数、单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数及平均核苷酸差异数分别为7、0.528±0.058、0.002 65±0.001 89和1.222。2个分子标记均揭示:阿根廷滑柔鱼2个产卵群体具有较高的单倍型多样性指数和较低的核苷酸多样性指数。单倍型邻接树、分子方差分析(AMOVA)及两两群体间的遗传分化系数F st均表明,阿根廷滑柔鱼2个产卵群体间的遗传差异不显著,不存在显著的群体遗传结构。此外,冬生群体在时间上的遗传差异也不显著,。可见,阿根廷滑柔鱼产卵群体间具有频繁的基因流。推测与该物种为大型洄游性种类,生命周期短,以及海洋环流有关。     

高邮湖大银鱼、太湖新银鱼Cytb和COⅠ 基因序列多态性分析

为探明高邮湖大银鱼、太湖新银鱼野生资源状况,利用线粒体DNA Cytb和COⅠ基因序列,对高邮湖大银鱼、太湖新银鱼的遗传多样性水平及遗传结构进行分析。试验结果显示,大银鱼Cytb基因序列全长1141 bp,其中多态性位点14个,共定义12个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.871±0.031和0.00172±0.00019,具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性特征。COⅠ基因片段长度为630 bp,其中多态位点5个,共定义6个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.747±0.041和0.00202±0.00019,具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性特征;太湖新银鱼Cytb基因序列全长1141 bp,其中多态性位点13个,共定义9个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.609±0.078和0.00094±0.00027,具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性特征。COⅠ基因片段长度为630 bp,其中多态位点2个,共定义3个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.232±0.085和0.00038±0.00014,呈现低单倍型多样性和低核苷酸多样性。大银鱼和太湖新银鱼Tajima′s D和Fu′Fs中性检验值为负值,且歧点分布曲线呈单峰型,表明历史上经历过种群扩张。研究结果表明,应通过多种措施加强高邮湖银鱼种质资源保护。     

中华鳖3个地理群体线粒体基因D-loop区遗传多样性分析

采用PCR结合DNA测序技术和SSCP技术,分析了中华鳖3个地理群体线粒体DNA(mtDNA)D-loop区部分序列的变异及遗传多样性。在25个个体中,其碱基组成为A+T的平均含量(65.4%)高于G+C(34.6%),共检测到变异位点7个(约占总位点数的5.7%),转换/颠换值为2.76。核苷酸多样性(π)为0.019 95,平均核苷酸差异数(K)为2.453。25个个体分属6个单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.707,单倍型间的平均遗传距离(P)为0.027。6个单倍型构建的UPGMA系统树聚为3个分支。结果表明,中华鳖群体mtDNA D-loop区序列存在着较丰富的变异和遗传多样性,日本鳖的遗传多样性比黄河鳖和黄沙鳖丰富,黄沙鳖与日本鳖、黄河鳖的遗传距离较远。而且PCR-SSCP可以检测到两种类型的电泳图谱,其中Ⅱ型均为日本鳖,该技术可用于78位TT←→AA颠换变异位点的检测。     

基于线粒体COI和Cytb基因序列的6种锦鲤(Cyprinus carpio Koi)遗传多样性分析

实验利用线粒体COI基因和Cytb基因的片段序列分析比较了黑锦鲤(Cyprinus carpio Karasugoi Koi)、三色锦鲤(C.carpio Taisho Sanshoku Koi)、红白锦鲤(C.carpio Kohaku Koi)、黄金锦鲤(C.carpio Kigoi Koi)、全白锦鲤(C.carpio Platinum Ogon Koi)和全红锦鲤(C.carpio Higoi Koi)6个锦鲤(Cyprinus carpio Koi)养殖品系的遗传多样性和系统进化关系。结果显示:基因序列分析得到的单倍型数分别为7、6。6个品系均具有较高的单倍型多样性指数和较低的核苷酸多样性指数。群体间遗传分化系数Fst、遗传距离和AMOVA等结果显示品种间变异高于品种内变异,黑锦鲤和黄金锦鲤间、红白锦鲤和三色锦鲤间不存在显著遗传差异,其余品系间差异显著。根据COI和Cytb基因单倍型构建的品系间NJ系统进化树得到相同结果,黑锦鲤和全红锦鲤遗传关系较近,聚为一支。三色锦鲤、红白锦鲤和黄金锦鲤遗传关系较近,聚为一支。全白锦鲤与其他品系的亲缘关系均较远,单独形成一个分支。     

利用CO Ⅰ和Cytb序列探讨东海区3种鲳属鱼类的种群遗传结构

通过对CO Ⅰ和Cytb序列的分析,研究了银鲳(Pampus argenteus)、灰鲳(P.cinereus)和翎鲳(P.punctatissimus)3种东海区重要鲳属鱼类群体的种群遗传结构.在62个鲳属鱼类样本中分别检出CO Ⅰ和Cytb单倍型21个和27个,发现变异位点125个和176个.东海区的3种鲳属鱼类种...     

基于线粒体COII和ND4基因序列的塔里木裂腹鱼群体遗传多样性分析

为探究塔里木裂腹鱼群体的遗传多样性和遗传分化现状,选用车尔臣河、克孜勒河和阿克苏河3个不同地理种群的塔里木裂腹鱼共计126尾样本,进行线粒体DNA COII和ND4基因序列的对比分析,探讨了2种标记对塔里木裂腹鱼遗传多样性分析结果的差异和关系。结果显示,塔里木裂腹鱼线粒体DNA COII和ND4基因序列的A+T含量均高于G+C含量,碱基组成具有偏倚性。基于线粒体DNA COII和ND4基因序列分析,126个样本中分别确定了6个和23个单倍型,其中线粒体DNA COII基因序列中3个群体存在共享单倍型现象,线粒体DNA ND4基因序列中未发现3个群体间存在共享单倍型。2种标记下群体的单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.738±0.019/0.904±0.014和0.02129±0.00298/0.04876±0.00149,呈现出高单倍型多态性和高核苷酸多态性的特征。2种标记的分子方差分析（AMOVA）均表明,在所有群体中遗传变异主要来源于群体间,且车尔臣河群体的塔里木裂腹鱼与其他2个群体的遗传分化均达到显著水平（P<0.05）。贝叶斯法（BI）构建的BI树与单倍型网络图结构一致,塔里木裂腹鱼形成了2个分支。COII和ND4基因序列的岐点分布图均呈现双峰型,表明塔里木裂腹鱼现在的分布是先前分化种群发生二次交流的结果。种群结构分析结果亦表明塔里木裂腹鱼已分化出2个明显的地理种群,故建议将车尔臣河群体作为塔里木裂腹鱼的亚种。     

中国近海路氏双髻鲨群体线粒体DNA控制区序列比较分析

采用线粒体DNA控制区序列比较分析了路氏双髻鲨日照和霞浦群体的遗传结构及遗传多样性现状。研究结果显示:在长度为548 bp的mtDNA控制区序列上,34尾路氏双髻鲨个体仅检测到5个单倍型,两群体均呈现出较低的遗传多样性水平,日照群体的单倍型多样度(h)、核苷酸多样度(π)以及两两序列比较的平均碱基差异数(p)(h=0.6000±0.1305;π=0.0046±0.0031;p=2.5333±1.4856)略高于霞浦群体(h=0.5109±0.0955;π=0.0024±0.0017;p=1.2899±0.8373);邻接关系树显示,5个单倍型明显分为两支,净遗传距离为0.016;群体遗传分化指数为Fst=-0.047(P=0.914),表明两群体之间不存在显著差异,确切P检验结果也表明两群体存在随机交配现象(P=0.731);核苷酸不配对分布呈双峰类型,其中一个峰对应类群内序列差异,另外一个峰对应两个类群序列间差异。研究表明,路氏双髻鲨较小的有效群体导致了较低的遗传多样性,其资源状况已不容乐观。