用RAPD技术探讨5种鲷科鱼类的亲缘关系

用RAPD技术对鲷科鱼类的黑鲷、真鲷、二长棘鲷、平鲷和黄鳍鲷进行亲缘关系的研究。在事先优化的反应条件下，在使用的60个随机引物中，有29个引物扩增出清晰稳定的片段，共计200条，大小在200～2500 bp之间。5种鲷均有其特异性扩增片段，可作为种类鉴别的依据。根据MEGA2.1软件的UPGMA和NJ程序构建的分子系统树显示：同属鲷属的黄鳍鲷和黑 鲷的亲缘关系最近，其次是二长棘鲷和真鲷，平鲷与二长棘鲷和真鲷的亲缘关系较近，与黄鳍鲷和黑鲷较远,黑鲷和二长棘鲷的亲缘关系最远。两种聚类的结果相一致。研究结果与借助形态学和生化特征进行的传统系统分析具有一致性。在40个个体之间遗传距离矩阵中，最大值达到0.8916。多数的遗传距离指数在0.50～0.85之间。通过分析，认为RAPD技术对分析属级间的亲缘关系具有一定的适用性。     

二长棘犁齿鲷线粒体细胞色素b基因序列和分子系统发育分析

利用PCR技术克隆了二长棘犁齿鲷(Parargyrops edita Tanaka)线粒体细胞色素b(Cyt b)基因,该基因的全长为1140bp,并将该基因与GenBank中犁齿鲷、金头赤鲷、真赤鲷、四长棘鲷、黄牙鲷、平鲷、黑棘鲷和灰鳍棘鲷的Cytb序列进行了比较,共检测到407个核苷酸变异位点,占总序列的35.7%。同时结果也显示,二长棘犁齿鲷与犁齿鲷亲缘关系最近,序列差异仅为1.5%,与传统分类一致,它们应同属于犁齿鲷属;与金头赤鲷和真赤鲷的遗传差异分别为8.3%和8.4%,也处于种间的分化水平,且以较高的置信度(100%)在分子系统发育树上聚为一支,是否应该将它们归为一个属还有待于深入研究。     

鲷科鱼类精子超低温保存技术

鲷科鱼类精子超低温保存研究始于80年代，现已进行黑鲷Sparus macrocephalus (Bssilewsky)、真鲷Pagrosamus major(Temmminck et Schleget)、日本犁齿鲷Evynnis japonica Tanaka和黄鳍鲷Sparuslatns Houttuyn的精子超低温保存。     

舟山海域4种鲷科鱼类线粒体Cytb基因全序列克隆分析

摘要：克隆测序了分布于舟山海域的真鲷（Pagrus pagrus）、黑鲷（Sparus macrocephalus）、黄鳍棘鲷（Acanthopagrus latus）和二长棘鲷（Parargyrops edita）4种鲷科鱼类的线粒体Cytb基因1141bp的全序列。通过对4种鲷科鱼类Cytb基因序列的比对分析，发现了292个核苷酸变异位点，其中存在186个信息位点，序列中的转换大于颠换，碱基替换多发生于密码子第3位。遗传距离分析表明，4种鲷科鱼类的遗传差异在0．0967～0．2275之间，其中真鲷与二长棘鲷之间遗传距离最小，为0．0967，黄鳍棘鲷与二长棘鲷的遗传距离最大，为0．2275；序列变异的转换／颠换比值在2．2930～7．3587之间。以25种鲈总科鱼类构建的系统树表明鲷科鱼类与其他科的鱼类存在较远的遗传亲缘关系。     

二长棘犁齿鲷线粒体DNA控制区结构和进化

测定了二长棘犁齿鲷（Evynnis cardinalis）线粒体控制区全序列,并结合从GenBank中下载的9种鲷科鱼类的相应序列,采用ClustalX对控制区结构进行了分析,识别了相应的保守序列,包括终止相关序列ETAS、中央保守区的CSB-F、CSB-E、CSB-E、CSB-C、CSB-B和CSB-A序列,以及保守序列区的CSBl、CSB2和CSB3序列。以副鲈（Paralabrax clathratus）和条斑星鲽（Verasper moseri）为外群,用最大简约法（MP）和邻接法（NJ）构建了系统发育树。结果显示鲷科鱼类构成一个单系类群,二长棘犁齿鲷应该归入赤鲷属,建议有必要对犁齿鲷属和赤鲷属的分类地位重新评估。     

黑鲷与灰鳍鲷杂交育种

黑鲷属于鲷科鲷属，广泛分布于我国沿海，灰鳍鲷同属于鲷科鲷属，在我国仅分布于南海。黑鲷与灰鳍鲷杂交属于种间杂交。本研究利用科季繁殖的黑鲷种群与灰鳍鲷种群进行酱。用HCG与LHRH－A2催产，网相内自然受精。正交以黑鲷为♀，灰鳍鲷为♂；反交以黑鲷为♂，灰鳍鲷为♀。两种杂交组合的雌雄比均为1：1.5。正交组合的受精率为83％，反交组合为86％，正交组合的孵化率为91％，反交为89％，该研究证明海水鲁种间杂交可以成功，并为海水鱼杂交育种推广应用奠定了基础。     

鲷科鱼类种质资源与利用

近日，中国水产科学研究院南海水产研究所完成了“鲷科鱼类种质资源与利用”科技项目，并通过了由广东省海洋与渔业局组织的鉴定。该项目采用RAPD，AFLP、线粒体控制区序列分析等技术研究了我国近海黄鳍棘鲷、二长棘犁齿鲷、黑棘鲷、黄牙鲷和真赤鲷的遗传多样性和种群遗传结构；采用RAPD技术、线粒体cyt—b基因序列分析等方法研究了我国近海主要鲷科鱼类的亲缘关系和分子系统；     

6种笛鲷属鱼类线粒体16S rRNA基因片段的序列比较

对笛鲷属(Lutjanus)的紫红笛鲷(Lutjanus argentimaculatus)、白星笛鲷(Lutjanus stellatus)、千年笛鲷(Lutjanus sebae)、勒氏笛鲷(Lutjanus russellii)、红鳍笛鲷(Lutjanus erythropterus)线粒体DNA 16SrRNA基因片段进行了PCR扩增和测序，得到长度约418bp的序列。结合GenBank中斜带笛鲷(Lutjanus decussatus)该区段的16SrRNA序列，用(Clustal_X排序软件进行16SrRNA序列的对位排列。通过Mega2．1软件对所得线粒体16SrRNA片段序列进行比较，共检测53个碱基存在变异，其中包括21个简约信息位点，并用“PairWise distance”计算了各属间的相对遗传距离，结果表明，其序列差异(转换 颠换)在0．027～0．083，其中勒氏笛鲷与斜带笛鲷的序列差异最小，红鳍笛鲷与勒氏笛鲷的序列差异最大。以高体四长棘鲷(Argyrops spinifer)为外类群，采用Mega2．1软件中的“Neighbore-Joining‘’法得到唯一1个分子系统树，系统树各分支的置信度南“Bootstrap”1000循环检验。结果表明，6种笛鲷鱼类聚成明显的3个分支，第1个分支，包括勒氏笛鲷、斜带笛鲷和白星笛鲷；第2个分支，包括紫红笛鲷；第3个分支，包括红鳍笛鲷和千年笛鲷。     

鲷科于类属间远缘杂交的发育和生长

鲷科鱼类的肉味鲜美 ,营养价值高 ,生长快 ,其主要养殖品种真鲷 (Ｐａｇｒｏｓｏｍｕｓｍａｊｏｒ)、黑鲷 (Ｓｐａｒｕｓｍａｃｒｏ ｃｅｐｈａｌｕｓ)、黄鳍鲷 (Ｓｐａｒｕｓｌａｔｕｓ)和平鲷 (Ｒｈａｂｄｏｓａｒｇｕｓｓａｒ ｂａ)的人工繁殖及种苗生产已获得成功[1,2 ] ,但未见其杂交育种成功的研究报道。这 4种鲷分属同科不同属。笔者从1 989年开始进行这 4种鲷的杂交育种生产试验 ,均成功孵化出杂种仔鱼 ,并获得全长 6 6～ 86ｍｍ的平鲷与黑鲷杂交后代幼鱼 6 .0万尾。为海水鱼的属间远缘杂交研究及杂交育种生产提供了理论和技术依据1…     

基于Cytb及AFLP标记探讨仿石鲈科及相关科属分子系统进化关系

为从分子水平澄清我国仿石鲈科(Haemulidae)鱼类分类争议, 研究测定分析了仿石鲈科及其相关科属共 66 种鱼类的线粒体 DNA 细胞色素 b (Cyt b)部分序列, 结合 AFLP 标记信息, 共同探讨仿石鲈科及相关争议科属系统分类关系。结果表明, 在 Cyt b 基因上, 66 种鱼类一致序列为 729 bp, 编码 243 个氨基酸; AFLP 图谱中, 6 对引物组合共得到 669 条清晰条带, 多态性条带 669 条, 多态性比率 100%。基于 Cyt b 基因利用最大似然法与 AFLP 标记基于 UPGMA 聚类法构建的系统进化树大致相同, 进化树上, (1)仿石鲈科鱼类主要形成石鲈亚科(Haemulinae)与胡椒鲷亚科(Plectorhynchinae)两大分支, 石鲈属(Pomadasys)、仿石鲈属(Haemulon)、异孔石鲈属(Anisotremus)等 7 个属聚为石鲈亚科分支, 胡椒鲷属(Plectorhinchus)、少棘胡椒鲷属(Diagramma)与矶鲈属(Parapristipoma) 3 个属聚为胡椒鲷亚科分支。(2)髭鲷属(Hapalogenys)与眶棘鲈属(Scolopsis)没有与仿石鲈科聚在一起, 髭鲷属独自形成一支, 眶棘鲈属与金线鱼科(Nemipteridae)聚为一支。(3)鯻科(Teraponidae)的种类也没有与仿石鲈科鱼类相聚, 鯻科与舵鱼科(Kyphosidae)、石鲷科(Oplegnathidae)存在更近的亲缘关系。对于仿石鲈科及相关科属的分类争议, 研究支持仿石鲈科分为石鲈亚科与胡椒鲷亚科两个亚科, 以及鯻科、眶棘鲈属、髭鲷属不应该归为仿石鲈科的观点。     

基于线粒体 Cyt b 和 ITS1 部分序列分析鲭科鱼类分子系统进化关系

鲭科(Scombridae)由15属51种表层洄游性海洋鱼类组成,广泛分布于热带和亚热带海域,是重要的经济鱼类。目前关于鲭科鱼类系统发生学的研究主要基于形态学特征。为了从分子水平上阐明鲭科鱼类的分类与系统进化关系,本研究扩增了鲭科7种鱼类的线粒体细胞色素b(Cyt b)基因1个含311个碱基的序列区和转录间隔区1(ITS1)的1个含644～692个碱基的序列区。采用多个生物软件对序列碱基组成进行分析,计算了Kimura-2parameter遗传距离、转换/颠换比等遗传信息指数。Cyt b和ITS1序列4种碱基平均含量分别是:A为22.8%、G为16.4%、C为31.2%、T为29.5%和A为13.5%、G为31.3%、C为38.7%、T为16.5%。基于Cyt b计算的鲭科鱼类种间遗传距离为0.0065～0.3335,平均遗传距离为0.1689;基于ITS1计算的金枪鱼族鱼类种间遗传距离为0.0032～0.2668,平均遗传距离为0.2025。Cyt b和ITS1序列的转换/颠换比分别为1.8和0.9。以竹荚鱼(Trachurus trachurus)和花鲈(Lateolabrax japonicus)为外群,并结合GenBank上鲭科24种鱼类的同源序列,构建NJ、ML和ME系统树。研究结果确认了金枪鱼属处于系统进化树的顶端,代表着最新演化的种类,是鲭科中最繁盛的一属,也是目前系统发育的高峰。所有分子系统树都表明鲣属、鲔属和舵鲣属显示与金枪鱼属很近的亲缘关系,它们均归入金枪鱼族。然而,研究结果与形态学上将金枪鱼属分为2个亚属的分类结果存在分歧。同时,本研究关于狐鲣属、平鲣属、刺鲅属和双线鲅属进化地位上的结果也不同于形态学的结果。故鲭科鱼类客观、科学的分类地位还需通过形态学、生态学和分子生物学的深入研究加以确认。     

辽宁沿海日本海马线粒体控制区序列变异及其在海龙科鱼类系统分析中的应用

为研究日本海马野生群体的种质资源及遗传多样性状况,实验采用PCR扩增法获得日本海马线粒体DNA的控制区序列片段,同时利用GenBank数据库中已有的14种海龙科鱼类控制区同源序列对其进行序列比较及系统进化分析。结果显示,日本海马控制区序列片段长度为557~558 bp,其A、T、G、C 4种碱基的平均含量分别为34.3%,29.7%,14.1%,21.9%。在控制区序列片段中,共检测到16个多态性核苷酸位点,定义了16种单倍型,其核苷酸多态度和单倍型多态度都较低(π=0.0032±0.0021,h=0.70±0.02)。利用GenBank数据库中已有的海马控制区同源序列,采用邻接法、最大似然法和贝叶斯法构建了分子系统树。结果显示,采用最大似然法和贝叶斯法构建的分子系统树拓扑结构与邻接法构建的分子系统树拓扑结构不完全相同但基本一致,系统进化分析结果与形态分类学的观点一致。研究表明,线粒体DNA控制区序列在海龙科不同阶元间变异较大,适合于海龙科鱼类种间、群体水平的研究以及作为系统进化分析的分子标记。     

水温对不同鱼类的急性致死效应

采用半静态急性毒性实验方法,设置不同温度梯度对四种海洋鱼类按突然升温和逐步升温两种方式进行96h热冲击实验。结果显示:在突然升温情况下大黄鱼、鮸鱼、黑鲷和鲻鱼的96h-UILT50值分别为33.00℃、32.40℃、35.00℃和36.19℃;在逐步升温的情况下大黄鱼、鮸鱼、黑鲷和鲻鱼的96h-UILT50分别为32.72℃、33.47℃、36.40℃和37.11℃。突然升温试验结果表明,四种受试鱼类中鮸鱼对高温耐受能力最差,大黄鱼对高温的忍耐能力也较差,黑鲷对高温冲击的耐受能力较强,鲻鱼耐受能力最强;逐步升温试验结果表明,四种受试鱼类中大黄鱼对逐步升温的耐受能力最差,鮸鱼对逐步升温的忍耐能力也较差,黑鲷对逐步升温冲击的耐受能力较强,鲻鱼耐受能力最强。现场温度下逐步升温方式对不同受试生物的影响程度明显小于突然升温方式。     

3个不同地理群体黑鲷遗传变异的RAPD分析

利用RAPD技术对取自胶州湾(青岛)、台湾海峡(厦门)和北部湾(海南)3个天然群体的24尾黑鲷(Sparus macrocephalus)进行群体内与群体间的遗传变异分析.在事先优化的反应条件下,所使用的60个随机引物中,有28个引物扩增出清晰稳定的片段,共计200条,大小在200～2 500 bp,其中多态性片段135条(多态性片段的比例为67.50%).青岛、厦门和海南黑鲷群体内的遗传距离分别是0.106 8、0.093 9和0.120 6,相似系数为0.893 2、0.906 1和0.879 4;群体间的遗传距离分别是0.155 0、0.131 8和0.122 8,其中青岛和海南黑鲷群体间的遗传距离最大,青岛与厦门其次,厦门与海南最小.群体内与群体间都具有较高的遗传变异.用MEGA2.1软件的UPGMA程序和NJ程序进行聚类分析,厦门与海南群体首先聚在一起,其次是青岛群体,两者的结果相一致.     

中国13种海参系统发育和骨片演化分析

运用扫描电子显微镜观察了中国沿海13种代表性海参的骨片,并获得了8种海参的线粒体16SrDNA基因序列,通过整合网上序列联合分析以期了解13种海参的系统发育关系和骨片演化规律。结果表明, 13种海参的骨片包括桌形体、假桌形体、扣状体、杆状体、穿孔板、花纹样体、颗粒体7种类型; 8种海参的16S rDNA片段长度在465 bp左右,富含AT碱基, A+T的含量平均为55.8%,符合无脊椎动物线粒体DNA序列的特征。从GenBank中获取11种海参16S rDNA基因序列,以杂色角孔海胆(Salmacis sphaeroides)为外群,联合本研究中所测序列构建了NJ和ME系统树。结果表明,NJ、ME系统发育树基本一致,海参科(Holothuriidae)内,柄体参属(Labidodemas)与海参属(Holothuria)亲缘关系极近且骨片形态均相似,可划分为同一个属;与传统形态学分类不同,刺参科(Stichopodidae)同尻参科(Caudinidae)、沙鸡子科(Phyllophoridae)、硬瓜参科(Sclerodactylidae)、瓜参科(Cucumariidae)聚成一簇,而与海参科亲缘关系较远,符合最新分类系统。本研究根据NJ和ME系统发育树结果,结合海参骨片的形态学资料,对海参科内骨片的演化进行了分析,认为虽然桌形体的进化史尚不清晰,但在海参科内,海参骨片由复杂的桌形体、扣状体向简单的花纹样体和颗粒体演化。     

几种深水网箱养殖鱼类行为习性的观察

运用鱼类生态学、鱼类行为学以及水产养殖学研究方法，对几种深水网箱养殖鱼类的行为习性进行了观察，结果表明：对干露的耐受力强弱依次为黑鲷、真鲷、鲈鱼、美国红鱼和大黄鱼；大黄鱼分布于中下层网箱边缘、集群、不争斗，美国红鱼均匀分布于中下层、集群、争斗激烈，鲈鱼均匀分布于中下层、较少集群、争斗激烈，真鲷分布于下、底层网箱边缘、较少集群、争斗，黑鲷分布于下、底层网箱边缘、较少集群、争斗；摄食节律明显，与潮水涨落有关，在接近早晨、傍晚的平潮或停潮时间内形成两个摄食高峰；对饵料具有选择性，对饥饿的耐受能力较强，不同投饵方式对鱼类摄食强度有影响，对饥饿的耐受力随着水温的降低而增强；7-8月份日平均摄食率最高，2月份最低，鱼类的摄食率与水温有密切的关系；昼夜活动习性不明显，流急时分布于网箱底部或下游网箱边缘，流缓时活动分布范围明显扩大；抗风、浪、流能力强弱依次为美国红鱼、鲈鱼、大黄鱼、黑鲷、真鲷。     

Authentication of flying-fish-meal content of processed food using PCR-RFLP

Nucleotide sequence and polymerase chain reaction (PCR)-restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis of the 3′-portion of the mitochondrial 16S RNA gene (rDNA) coding sequence were used to differentiate between flying fishes and other fishes that are frequently used in ago-noyaki production. In this study, we successfully distinguished between flying fishes and the other fishes by combining amplified DNA fragments with universally designed primers and digesting the PCR products with AfaI and MfeI restriction endonucleases. PCR-RFLP of 15 ago-noyaki, 2 noyaki, and 8 other processed flying-fish products were analyzed to authenticate flying-fish content among processed seafood products. After digestion of the PCR products with both enzymes, we found that all ago-noyaki and processed flying fish products contained either two or three DNA fragments of ~200, 300, and 530 bp, and noyaki samples (which do not contain flying fish) contained only one fragment of ~530 bp. Here, we present a new procedure to confirm the content of flying-fish meal in ago-noyaki.     

卵形鲳!线粒体１６ＳｒＲＮＡ基因全长序列的克隆与分析

根据近源物种线粒体序列的同源比对，在16S rRNA基因上下游保守区域设计一对通用引物。PCR扩增获得特异的DNA片段，经克隆、测序和比对证实该片段包含了卵形鲳鲹线粒体16S rRNA全长序列1725bp。对5个个体分别测序后比对，发现卵形鲳鲹16S rRNA基因在钦州湾种群个体间存在至少7个变异位点，使5个个体分别具有5种不同的单倍型。将卵形鲳鲹和鲹科其它物种的16S rRNA序列进行比，根据比对结果构建的鲳鲹科各物种的系统进化树，支持鲹科下设四个亚科(鲹亚科，鰤亚科，鲳鲹亚科，鰆鲹亚科)的分类系统。综上所述，16S rRNA基因既可用于卵形鲳鲹种群遗传多样性分析，又适用于鲹科鱼类的系统进化分析。