橡胶树HMG-CoA还原酶基因结构序列分析

橡胶树ＨＭＧ－ＣＯＡ还原酶ｃＤＮＡ序列分析结果表明，该ｃＤＮＡ长段为１３８３ｂｐ，由此推导的氨基酸序列含有４６１个氨基酸残基。ＰＣＧＥＮＥ￣（ＴＭ）分析该ｃＤＮＡ克隆与拟南芥ＨＭＧ－ＣｏＡ还原酶ｃＤＮＡ序列同源性为７９．７％，氨基酸序列同源性为８０．２％，与苍鼠氨基酸序列同源性为５１％，与血吸虫氨基酸序列同源性为４８％。（１）发现ＨＭＧ－ｏｎＡ还原酶的一级结构在动物与植物之间存在较大的差异。（２）分析ＨＭＧ－ＣｏＡ还原酶的疏水性氨基酸图谱，发现橡胶树和拟南芥这两种植物权有１个跨膜势能区域（Ｄｏｍａｉｎ），而血吸虫、苍鼠、果蝇等几种动物却有７个跨膜势能区域，这说明该酶的二级结构在动植物之间也存在着较大的差异。（３）由于所分析的几种动植物ＨＭＧ－ＣｏＡ还原酶的羧基一端未见有疏水性区域，故推测具有疏水性区域Ｎ－端蛋白质与膜相结合，而酶的羧基端由于具有亲水性则起到酶的催化中心位点。（４）比较橡胶树ＨＭＧ－ＣｏＡ还原酶和拟南芥ＨＭＧ－ＣｏＡ还原酶氨基酸同源性，发现蛋白质（酶）的Ｎ－端氨基酸同源性较低，而靠近Ｃ－端同源性较高，这说明Ｃ－端部分较为保守，估计与酶的活性中心区域有关，而Ｎ－端同源性较差，估计跟酶与结合的膜不     

香蕉ACC合成酶cDNA的PCR扩增及序列测定

从香蕉果实中提取总ＲＮＡ,经反转录成ｃＤＮＡ第一链,根据已知植物ＡＣＣ合成酶的ｃＤＮＡ及其所编码的氨基酸序列合成引物,经ＰＣＲ扩增香蕉ｃＤＮＡ得到一长约１．１Ｋｂ的产物,对该序列测定结果表明,该ｃＤＮＡ所编码的氨基酸序列包括了ＡＣＣ合成酶８个高度保守区中的７个,并且包括该酶的活性中心。     

稻瘟病菌3—磷酸甘油醛脱氢酶基因的克隆及序列分析

以ＰＣＲ为基础结合ｃＤＮＡ库构建,分两段克隆稻瘟病菌的３－磷酸甘油醛脱氢酶基因（ｇｐｄ）分别测序,合并,获得该基因编码区全部１０１１ｂｐ的核苷酸序列,可以编码３３６个氨基酸和１个终止密码子ＴＡＡ。该序列与其它１２种丝状真菌的已知ｇｐｄ基因序列有着高度的同源性,它们的核苷酸序列同源性为６１．４％～８６．６％,氨基酸序列同源性为６４．６％～８６．３％,尤其在酶活性功能区,不同丝状真菌间有着近１００Ｔ     

番茄1—氨基环丙烷羧酸ACG合成酶基因的克隆及其反义基因表达载？…

从成熟番茄果实中分离ｍＲＮＡ,以Ｏｌｉｇｏ（ｄＴ）为引物在ＡＭＶ逆转录酶作用下合成ＡＣＣ２ｃＤＮＡ第一链,以ｃＤＮＡ为模板通过ＰＣＲ扩增ＡＣＣ２基因,获得１．４５ｋｂ的扩增片段,将此片段克隆到ＢＳ质粒的ＥｃｏＲＶ位点上,对插入片段两端进行部分序列分析。     

香蕉ACC合成酶含3''''末端的cDNA克隆

采用 ３＇ＲＡＣＥ方法对香蕉（Ｍｕｓａ ＡＡＡ Ｃａｖｅｎｄｉｓｈ Ｓｕｂｇｒｏｕｐ）ＡＣＣ合成酸含 ３＇末端的 ｃＤＮＡ进行扩增，扩增产物被克隆到ｐＣＲ■２．１载体上，转化大肠杆菌ＤＨ５ α，筛选到重组质粒（ｐＡＣＳ２），并对插入片段进行序列测定。结果表明，３＇ＲＡＣＥ产物长 １６８０ ｂｐ，其中一个 开放读框内的核苷酸序列编码４４４个氨基酸，氨基酸序列包括了ＡＣＣ合成酶中所应具有的７个高度保守区。同时该产物还有长２６９ ｂｐ的３＇末端，并具有完整的 Ｐｏｌｙ（Ａ）尾（２４ｍｅｒ）。     

番茄LE-ACC_2合酶基因5′端前导序列分离方法的研究

通过ＰＣ／Ｇｅｎｅ软件对 Ｒｏｔｔｍａｎｎ等人发表的番茄 ＬＥ－ＡＣＣ２合酶的 ５’端 ２．０ Ｋｂ的前导序列作分析,设计了４对特异引物;以番茄果实、叶片的总ＤＮＡ为模板,采用特异ＰＣＲ扩增技术获得了 ２．０, １．８７, １．５８, １．２８ Ｋｂ ４个特异片段,用 Ｔ－Ｖｅｃｔｏｒ技术构建了１个克隆（２．０ Ｋｂ）、３个亚克隆（１．８７,１．５８,１．２８ Ｋｂ）,对４个克隆产物进行了 ＤＮＡ序列测定,借助 ＰＣ／Ｇｅｎｅ软件对所获得的各克隆序列进行综合处理与分析,获得了番茄 ＬＥ－ＡＣＣ２ ５’端前导序列的同源率为９９．９％,但第－９７９位的 Ｃ和第－１０７６位的 Ｔ分别为 Ｔ和 Ｃ所替代。对利用 ＰＣＲ技术分离大片段ＤＮＡ的各环节作了较详细的研究。     

核酸酶BN基因的克隆及序列分析

从解淀粉芽孢杆菌中提取染色体ＤＮＡ，经过ＰＣＲ扩增得到Ｂａｍａｓｅ（核酸酶ＢＮ）基因，然后克隆到质粒Ｐ＾ＧＥＭ－７２ｆ（＋）的Ｓｍａｌ位点上并进行序列分析。结果表明，核酸酶ＢＮ基因的核苷酸序列与已报道的序列相比具有９９．７％的同源性，长度为３３６ｂｐ，根据核苷酸序列推断的氨基酸序列则完全一致。该工作为以后利用核酸酶的特异表达来获得雄性不育植物打下了基础。     

甘蓝型油菜BAN同源基因片段克隆与序列分析

参照拟南芥（Arabidopsis thaliana)BAN基因和cDNA的保守序列设计引物，对甘蓝型、白菜型、芥菜型油菜和拟南芥及其它十字花科栽培品种的基因组总DNA进行PCR扩增，均获得与拟南芥BAN基因扩增片段大小极其相似的PCR扩增产物，表明BAN基因可能广泛存在于十字花科植物中。甘蓝型油菜和拟南芥BAN扩增片段测序比较分析显示，拟南芥BAN片段（779bp)与已往的报道完全相同，甘蓝型油菜的BAN片段（780bp)与拟南芥BAN外显子的同源性为90％，但与内含子的同源性仅为74％。甘蓝型油菜BAN氨基酸序列与80多种植物的NADPH还原酶类有不同程度的同源性。     

一个辣椒倍半萜环化酶cDNA克隆及其经紫外线和CuCl2处理后的表达特征

从经紫外线处理的辣椒（Capsicum annuum)叶片mRNA建立的cDNA库中筛选出1个长度为1955bp的克隆，SCCCA＃2。该cDNA编码560个氨基酸的蛋白，与SCCCA＃1分别有80．0％和77．2％的核苷酸和推测氨基酸序列同源性，但在3′非翻译区核苷酸同源性很小，此外，还与烟草的TEAS，天仙子的CVS，辣椒的EAS（can5588),番茄的germacrene合成酶基因，棉花的（＋）-delta-cadinene合成酶基因等倍半萜环化酶基因分别有78．0％，71．6％，74．8％，74．6％，40．0％－50．0％的氨基酸序列同源，认为这是1个辣椒倍半萜环化酶的cDNA，Northern blot分析表明，正常情况下SCCCA＃2在辣椒叶片中不表达，而在紫外线，CuCl2作用下有不同程度的表达。     

钙对延缓杂交水稻叶片衰老的作用机理

以叶绿素、蛋白质含量为衰老的生理指标，研究了不同ｐＨ、Ｃａ２＋对杂交水稻叶片衰老的作用。结果表明，不同ｐＨ影响叶绿素和蛋白质含量，最适ｐＨ为６．０；此条件下的Ｃａ２＋浓度为０．０１～２０．００ｍｍｏｌ／ｌ，低浓度的Ｃａ２＋提高叶片中叶绿素和蛋白质含量，提高超氧化物歧化酶（ＳＯＤ）、过氧化氢酶（ＣＡＴ）、过氧化物酶（ＰＯＤ）活性，降低丙二醛（ＭＤＡ）含量；随着Ｃａ２＋浓度升高，则作用减弱；最适浓度为０．１ｍｍｏｌ／ｌ。Ｃａ２＋能延缓杂交水稻叶片的衰老，主要原因是由于Ｃａ２＋能提高叶片中活性氧防御酶的活性，降低活性氧的伤害作用。     

菜心 BclUBE2 基因的克隆与表达分析

采用同源克隆法从菜心中获得 cDNA 全长 459 bp 的 E2 基因,命名为 BclUBE2。该基因编码 153 个氨基酸,分子量为 17.24 ku,理论等电点为 5.37,为亲水性非分泌蛋白。结构分析显示,该蛋白含有一个泛素结合酶E2 活性位点、一个 WD 重复序列和一个高度保守的半胱氨酸。进化分析发现,菜心 BclUBE2 蛋白与芸薹属芜菁和油菜的亲缘关系较近。qRT-PCR 分析表明,菜心 BclUBE2 基因在根、茎、叶、叶柄中均有表达,且表达丰度和变化趋势不同。在低温胁迫下,根中的表达量呈现先降低后升高的变化趋势,且在处理 1 h 时表达量最低;在茎、叶、叶柄中均呈现先升高后降低的表达趋势,茎和叶柄处理 6 h 时的表达量最高,叶片处理 1 h 时的表达量最高。说明菜心 BclUBE2 基因在响应低温胁迫中发挥作用。     

甘蓝型油菜裂角相关基因BnRPL的克隆与分析

为鉴定甘蓝型油菜裂角相关基因，基于候选基因途径，利用同源克隆结合RACE方法，在甘蓝型油菜易裂角品系R2中扩增出了两个RPL基因的全长cDNA序列，其中一条序列长度为2 068bp，开放阅读框序列位置为154-1 911位，总长为1 758bp，命名为BnRPL.a。另一条序列全长为2 041bp，开放阅读框序列位置为154-1 887位，总长为1 734bp，命名为BnRPL.c。分析表明利用PCR方法得到的BnRPL基因由3个内含子和4个外显子组成，与拟南芥RPL基因结构相似。氨基酸序列同源性分析表明，BnRPL与拟南芥AtRPL和荒野独行菜（Lepidium campestre）的RPL具有较高的同源性。系统发育进化树显示RPL蛋白在双子叶植物和单子叶植物的分化过程中发生了序列变异。BnRPL基因存在时空表达的组织特异性，在发育的角果表达量最大；成熟后期在角果皮和假隔膜中表达，在种子中不表达。       

茶树S-腺苷甲硫氨酸合成酶基因的克隆和序列分析

从茶树叶片中提取总RNA ,经反转录合成cDNA第一链。以cDNA第一链为模板 ,分别用三对PCR引物扩增SAM合成酶基因的中间主片段、 3 端和 5 端片段 ,最后经BLAST比较及重叠区域拼接得到完整的SAM基因序列。所得序列长 130 3bp ,编码 394个氨基酸。与中华猕猴桃、番茄、长春花SAM合成酶基因的核苷酸序列的同源性分别为 87% ,83 %和 83%。氨基酸序列与三角杨、猕猴桃、番茄、长春花等的SAM氨基酸序列的同源性为 92 %～ 90 %。证实所获得的基因序列为茶树SAM合成酶基因     

甘蓝型油菜BnDMC1.A01基因的分离及序列分析

人工合成甘蓝型油菜是进行基因组学研究和种质资源创新的重要材料，但其减数分裂过程中经常出现异常，导致基因组遗传的不稳定和花粉育性的下降。DNA meiotic recombinase 1 （DMC1）是植物中控制减数分裂的重要基因，为了解油菜DMC1同源基因的序列及表达变异，本研究利用拟南芥和芸薹属作物DMC1同源基因的外显子保守序列设计引物，分离了常规和合成甘蓝型油菜（Brassica napus L.）A01染色体上的DMC1全长序列。氨基酸序列比对发现，BnDMC1.A01编码的蛋白具有植物中已报道的DMC1典型的保守结构域。分离了19个不同品系中BnDMC1.A01的基因序列，共划分为六种单倍型，发现第二外显子内存在两个导致氨基酸残基变异的SNP位点，该SNP位点在3种类型的油菜中均有分布。基因表达量分析发现，BnDMC1.A01在合成甘蓝型油菜中的表达量较常规油菜高，这些变异是否同人工合成甘蓝型油菜减数分裂异常有关还需进一步的研究验证。     

甘蓝型油菜固醇载体蛋白2基因BnSCP-2的克隆与表达

固醇载体蛋白2(SCP-2)是一类小分子碱性蛋白,参与细胞内脂质运输、脂肪酸代谢以及过氧化物酶体β-氧化等过程。利用同源序列设计引物进行PCR扩增,克隆得到甘蓝型油菜固醇载体蛋白2基因的c DNA序列,命名为BnSCP-2。BnSCP-2的开放阅读框长372bp,编码一个由123个氨基酸残基组成的蛋白质,预测的蛋白质相对分子质量为13.52kD,等电点为9.35。SCP-2蛋白氨基酸序列非常保守,系统进化分析表明BnSCP-2与拟南芥SCP-2同源性最高。荧光实时定量PCR结果表明BnSCP-2在检测的各个组织均有表达,其中花和花蕾中的表达量最高;赤霉素、细胞分裂素和脱落酸等可显著诱导幼苗中该基因的表达,推测该基因可能参与调控幼苗生长发育。     

甘蓝型油菜BnPex16p基因cDNA的克隆与表达

利用模式植物拟南芥AtPex16p/sse1基因序列与油菜数据库BBSRC BrassicaDB比对,得到甘蓝型油菜(Brassica napus)同源EST序列,拼接出油菜Pex16p基因全长cDNA电子克隆,然后设计全长引物,以甘蓝型油菜种子cDNA为模板,克隆Pex16p基因,得到全长为1 101bp的cDNA,编码366个氨基酸的蛋白,命名为BnPex16p。BnPex16p基因序列与拟南芥AtPex16p/sse1同源,其蛋白与拟南芥同源蛋白具有完全相同的PTS2型过氧化物酶体定位肽,进化关系相近。半定量PCR(RT-PCR)发现BnPex16p基因在油菜幼嫩的根、茎、叶和种子中均有高丰度表达,在种子发育过程的中期和后期表达水平增加,暗示该基因在油脂的积累中有重要作用。     

甘蓝型油菜AnnBn1基因的克隆和表达分析

利用电子克隆和RT-PCR技术从甘蓝型油菜抗旱品系Q2中克隆了膜联蛋白(annexin)基因,命名为AnnBn1（GenBank登录号HM244482）,并对其进行了表达分析。AnnBn1的开放阅读框长度为954bp,编码317个氨基酸。序列分析显示,推测AnnBn1基因编码的氨基酸序列含有4个重复的结构域及钙离子结合位点,与拟南芥、番茄、棉花和玉米等物种的膜联蛋白具有较高的同源性。荧光定量PCR结果发现AnnBn1基因在Q2的根、茎、叶、芽等组织中均有表达,而且表达量基本相同。对3叶期幼苗进行10%PEG（聚乙二醇）溶液模拟干旱时发现,干旱胁迫后30h内,AnnBn1基因在茎、芽中的表达量升高了2～4倍,而在叶、根中显著升高了10倍以上。AnnBn1基因表达峰值也具有时空特点,干旱胁迫后20h茎和芽中表达量高,而在30h之后叶和根中表达量高。     

甘蓝型油菜BnADC基因的克隆及原核表达

利用同源克隆和RACE(Rapid amplification of cDNA ends)技术从甘蓝型油菜中克隆到精氨酸脱羧酶(Arginine decarboxylase,ADC)基因cDNA全长序列,命名为BnADC。BnADC全长为2 649bp,包含344bp的5′非翻译区(5′ Untranslated region,5′-UTR)、226bp的3′非翻译区(3′ Untranslated region,3′-UTR)和2 079bp的完整开放阅读框(open reading frame,ORF),编码75.1kD的蛋白质。5′-UTR中含有12bp的uORF (Upstream open reading frame),编码MIRE 4个氨基酸。氨基酸同源性比对表明,BnADC蛋白与其他植物ADC蛋白具有很高的相似性,与芥菜的同源性高达93%;系统进化树分析表明,BnADC与芥菜、拟南芥的ADC亲缘关系较近。在获得全长cDNA的基础上,构建融合表达载体pET30a(+)-BnADC,转化大肠杆菌（Escherichia coli）表达菌株BL21(DE3),SDS-PAGE检测到一个约81.1kD的融合蛋白被E. coil表达,且融合蛋白主要存在于菌体沉淀中。