臂形草内生菌特异DNA片段的克隆及其分子鉴定

进行了臂形草内生菌特异DNA片段的克隆及分子鉴定方法的研究。从5个臂形草品种分离的5个内生菌纯培养特中，提取基因组DNA，通过140条随机引物的RAPD分析，引物OPAK10扩增出1条约500bp的共有PCR谱带。此DNA片段命名为BE1。对BE1进行分离、纯化，经点杂交证实BE1为臂形草内生菌特异DNA片段。进一步将BE1片段进行回收、克隆和DNA序列分析。BE1在基因库中进行序列分析，未发现相关同源片段。臂形草内生菌特异DNA片段的获得，为建立一种准确、快速检测臂形草内生菌及特异内生菌方法奠定了分子生物学基础。     

SCoT标记分析陕西茶树资源的遗传多样性

选用6份有代表性的陕西茶树资源材料,从121条SCo T引物中筛选出38条扩增条带清晰、多态性高的引物,对陕西省50个茶树资源进行遗传多样性研究。结果表明,SCo T标记能够揭示材料间较高的遗传多样性,每条引物可检测到4~17个等位位点,平均为11个,38条SCo T引物共扩增出414条DNA片段,其中400条具有多态性,多态性比率(PPB)为96.62%。每个SCo T位点的遗传多态性信息含量在0.56~0.99之间,平均为0.90。供试材料的遗传相似系数集中在0.59~0.71之间。研究表明,SCo T标记可以用来对茶树进行遗传基础研究,基于SCo T标记的陕西省主要茶树资源遗传多样性较高。     

龙生型花生中的微卫星变异研究

本研究用24份龙生型花生资源作研究材料,采用31个微卫星标记引物检测其分子水平上的遗传变异,其中13个引物能在龙生型花生基因组中扩增出多态性DNA片段.研究结果表明,在龙生型花生基因组中,一对SSR引物可扩增出2条以上的DNA片段,扩增片段数最多的是Pm36,在24份龙生型花生资源中扩增出16个大小不同的DNA片段;由这些多态性标记检测出的遗传距离,平均为0.17,最高为0.33,最低为0.03,但能区分所有的24份资源.对分子标记在花生育种和资源鉴定上的利用前景进行了分析讨论.     

中国假俭草种质资源遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术,对来自全国13个省(市、区)的60份假俭草种质进行了遗传多样性分析。从60个ISSR引物中选用13个多态性高、分辨率强的引物分别对供试材料的基因组DNA进行扩增,获得104条清晰可辨的条带,共有多态性带96条,多态位点百分率为92.31%。表明,供试品种在DNA水平上存在着广泛的变异。利用NTSYSpc2.10e软件进行检测表明,60份资源所检出的位点平均有效等位基因数、平均多样度和平均Shannon信息指数,分别为(1.468±0.129)、(0.277±0.064)和(0.425±0.085)。遗传相似系数介于0.569 1～0.910 6之间,平均为0.739 6;UPGMA法将60份种质分成2个类群。     

利用SSR分子标记研究花生属种间亲缘关系

以5份花生栽培种资源和花生属六个区组的19份野生种资源为研究材料，通过SSR分子标记技术分析其DNA多态性并进行聚类分析。大多数从栽培种基因组分离出的SSR引物能在野生种中扩增出DNA片段，共筛选出21对多态性SSR引物；每对引物在花生基因组中扩增出的条带数为1～13条，在供试材料中扩增出的总条带数为5～40条，平均18.1条，其中多态性条带为4～40条，平均18.0条；SSR引物的多态性指数为0.92～9.04；供试材料间的遗传距离为0.33～0.91，平均0.76。结果表明，大多数花生SSR引物为多位点引物，花生属种间种质存在丰富的DNA多态性， A. duranensis是花生栽培种（A. hypogaea L.）的野生种亲本之一，与花生区组野生种亲缘关系最近的是异形花区组，最远的是大根区组。     

AFLP-SCAR标记的开发及应用

为给小麦DNA指纹及基因或QTL定位等研究提供更多、更具有特异性的分子标记,将760条小麦AFLP(Amplification fragment length polymorphism)片段回收、克隆和测序,通过与美国农业部GrainGenes数据库中的DNA序列进行比对,在760条AFLP片段中有155条与GrainGenes中的片段高度同源,其余605条片段为新发现的小麦DNA序列.利用同一AFLP引物组合扩增的同长度片段的DNA序列差异设计了178对AFLP-SCAR(Sequence Characterized Amplified Region)引物.115对引物在不同小麦品种中扩增出稳定清晰的多态性产物,其中46对引物在小麦品种间能够扩增出DNA片段长度多态性,可检测DNA位点59个,可在种子纯度鉴定、遗传作图和构建小麦DNA指纹等方面得到应用;另69对引物的扩增产物在品种间无长度多态性,但具有SNP多态性(Single nucleotide polymorphism).     

小麦AFLP_SCAR标记的开发及应用

为给小麦DNA指纹及基因或QTL定位等研究提供更多、更具有特异性的分子标记,将760条小麦AFLP（Amplification fragment length polymorphism）片段回收、克隆和测序,通过与美国农业部Grain-Genes数据库中的DNA序列进行比对,在760条AFLP片段中有155条与GrainGenes中的片段高度同源,其余605条片段为新发现的小麦DNA序列。利用同一AFLP引物组合扩增的同长度片段的DNA序列差异设计了178对AFLP-SCAR（Sequence Characterized Amplified Region）引物。115对引物在不同小麦品种中扩增出稳定清晰的多态性产物,其中46对引物在小麦品种间能够扩增出DNA片段长度多态性,可检测DNA位点59个,可在种子纯度鉴定、遗传作图和构建小麦DNA指纹等方面得到应用;另69对引物的扩增产物在品种间无长度多态性,但具有SNP多态性（Single nucleotide polymorphism）。     

扁柑种质资源亲缘关系的ISSR分析

为了准确了解广西扁柑资源现状、类型、分类地位及亲缘关系,从而更好地开发利用,本试验对35份柑橘资源,其中包括21份广西扁柑资源、2份越南柑资源及12份近缘的其它柑橘属资源进行ISSR-PCR分析。结果显示:10条引物共扩增出134条DNA片段,其中108条具有多态性,比率为81%。用UPGMA软件进行聚类分析,35份柑橘资源的遗传系数在0.64～1.00之间,在遗传系数为0.80处将35份材料划分为5类,其中所有扁柑类资源均和椪柑、南丰蜜桔聚在一类,初步证明扁柑类资源的分类地位应属于宽皮柑橘类的桔类。各扁柑资源间的相似系数在0.90以上,亲缘关系较近。     

臂形草属种质苗期抗旱性鉴定研究

通过盆栽试验对臂形草属种质苗期进行干旱胁迫,分析测定胁迫不同时期叶片的相对电导率、游离脯氨酸含量、丙二醛含量、叶绿素SPAD值及叶片相对含水量。结果表明,在胁迫15 d时,各指标均存在差异。对这5项指标进行类平均法聚类分析,臂形草属种质可划分为2个抗旱级别,即强抗旱和弱抗旱种质,其中强抗旱臂形草种质包括CIAT26556珊状臂形草、网脉臂形草、热研6号珊状臂形草、CIAT6095刚果臂形草、CIAT16835珊状臂形草。强抗旱和弱抗旱臂形草种质在连续干旱胁迫时,相对电导率、游离脯氨酸含量、丙二醛含量均呈现上升的趋势,而叶绿素SPAD值及叶片相对含水量则呈现下降的趋势。而复水后,强抗旱和弱抗旱臂形草种质均有不同程度的恢复。     

臂形草属种质资源的形态特征变异分析

对45份臂形草种质材料进行20个指标的形态学分析。结果表明：臂形草属材料的形态指标间差异极显著,且主成分分析说明最长茎伸展长度、节间长、叶长、叶宽等植株的数量性状均为第一影响因素,其形态变异明显,遗传表达多样性。聚类分析结果表明：试材料可分为3类,本地材料明显为1类,引进材料分为2类。     

利用ISSR和SRAP标记分析耐抽薹大白菜的遗传多样性

对36个耐抽薹大白菜品种进行ISSR和SRAP分析.结果表明:10个ISSR引物共扩增出120条清晰的谱带,其中76条为多态性条带,占63.3％;12对SRAP引物,共扩增出218条清晰的谱带,其中多态性谱带160条,占73.4％.ISSR标记聚类分析将供试种质分为3个类群6组,分类结果与供试耐抽薹大白菜地理分布相似;SRAP标记聚类分析将供试种质分为3个类群5组,标记划分类群与叶色分类比较接近.ISSR和SRAP标记的遗传相似性系数不显著相关(r=0.150).两个标记整合后聚类分析可检测到更大的遗传变异.     

番石榴（Psidium guajava L.）资源的ISSR分析初报

用ISSR技术分析16份番石榴资源的亲缘关系.结果表明:从11条能扩增出较清晰多态性指纹图谱的引物中,筛选出了6条引物能对所有资源均扩增出可重复的清晰指纹,共扩增出44条可重复带.其中多态性带占61.4%;扩增结果可将16份供试资源一一分开,部分资源存在同名异物现象;各资源间的相似系数在0.689～0.981之间,平均为0.841.UPGMA聚类结果将16份资源分成了3组.     

Evaluation of genetic diversity in turmeric (Curcuma longa L.) using RAPD and ISSR markers

Turmeric (Curcuma longa L.) is an industrially important plant used for production of curcumin, oleoresin and essential oil. In the present study we examined the genetic diversity among turmeric accessions from 10 different agro-climatic regions comprising 5 cultivars and 55 accessions. Two DNA-based molecular marker techniques, viz., random amplified polymorphism DNA (RAPD) and inter simple sequence repeat (ISSR) were used to assess the genetic diversity in turmeric genotypes. A total of 17 polymorphic primers (11 RAPDs and 6 ISSRs) were used in this study. RAPD analysis of 60 genotypes yielded 94 fragments of which 75 were polymorphic with an average of 6.83 polymorphic fragments per primer. Number of amplified fragments with RAPD primers ranged from 3 to 13 with the size of amplicons ranging from 230 to 3000 bp in size. The polymorphism ranged from 45 to 100 with an average of 91.4%. The 6 ISSR primers produced 66 bands across 60 genotypes of which 52 were polymorphic with an average of 8.6 polymorphic fragments per primer. The number of amplified bands varied from 1 to 14 with size of amplicons ranging from 200 to 2000 bp. The percentage of polymorphism using ISSR primers ranged from 83 to 100 with an average of 95.4%. Nei's dendrogram for 60 samples using both RAPD and ISSR markers demonstrated an extent of 62% correlation between the genetic similarity and geographical location. The result of Nei's genetic diversity (H) generated from the POP gene analysis shows relatively low genetic diversity in turmeric accessions of South eastern ghat (P7), Western undulating zone (P8) with 0.181 and 0.199 value whereas highest genetic diversity (0.257) has been observed in Western central table land (P9). Knowledge on the genetic diversity of turmeric from different agro-climatic regions can be used to future breeding programs for increased curcumin, oleoresin and essential oil production to meet the ever-increasing demand of turmeric for industrial and pharmaceutical uses.     

广东地区野生狗牙根遗传多样性的ISSR分析

应用ISSR标记,对广东地区30份野生狗牙根进行遗传多样性研究。从50个ISSR引物中筛选出15个多态性明显、反应稳定的引物,共扩增出151条谱带,平均每个引物能扩增出10.07条带,其中多态性条带总数为142条,多态性条带比率达93.7%。材料间遗传相似系数GS=0.58278～0.92715。基于遗传相似系数,利用UPGMA聚类分析表明,供试材料可聚为4类。POPGENE分析软件结果表明,平均Shannon信息指数I=0.5689,平均Nei's基因多样性h=0.3813,每位点平均有效等位基因数ne=1.6196。     

Diversity Analysis in Selected Non-basmati Scented Rice Collection

Diversity analysis among 23 rice varieties including 16 non-basmati scented accessions, 5 basmati accessions and 2 non-scented accessions was performed by random amplified polymorphic DNA (RAPD) and inter-simple sequence repeat (ISSR) marker systems. The varieties analyzed by 11 RAPD and 8 ISSR primers yielded an average of 65% and 80% polymorphism, respectively. The average number of polymorphic bands generated per RAPD primer was 6 and per ISSR primer was 5.87. RAPD and ISSR data analysis individually could not segregate basmati and non-basmati scented rice accessions. However, the analysis using a combined data could group basmati and non-basmati scented rice accessions separately. The bands present specifically among three accessions of non-basmati scented rice were also identified. The study revealed a high genetic diversity among non-basmati scented rice accessions.     

匈牙利大麦品种遗传多样性的ISSR分析

为给大麦种质资源的利用提供分子生物学依据,以甘肃省育成大麦品种陇啤1号（XYL-601）为对照,利用内部简单重复序列多态性（ISSR）分子标记技术分析了来自匈牙利的30份大麦种质资源的多样性。在31份大麦种质资源中,12条ISSR引物扩增出112个条带,其中多态性条带比率（PPB）为82.14%,扩增产物片段大小在0.2～1.5kb之间。通过聚类分析,将供试大麦种质资源分为2大类。本研究结果表明,匈牙利大麦遗传多样性水平较高,可以引进利用,为甘肃大麦育种提供资源基础。     

利用RAPD、ISSR分子标记分析野牡丹属亲缘关系

采用ISSR和RAPD分子标记技术对9个种44份野牡丹属种质资源进行了亲缘关系分析。结果表明:11条ISSR引物共扩增出91条谱带,其中多态性条带90条,多态性条带的比率为98.9%;16条RAPD引物共扩增出113条谱带,其中101条多态性条带,多态性比率为89.38%。2种分子标记相比较,ISSR分子标记检测出的多态性比率更高。44份野牡丹属种质明显聚为2组,种质资源遗传相似系数在0.61~0.88,平均相似系数0.75。基于不同引物的条带组合构建了供试的44份野牡丹属种质资源的ISSR和RAPD指纹图谱,采用这2种指纹图谱可对供试的所有野牡丹属种质资源进行鉴定。     

川渝地区重要野生大茶树遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR技术对四川、重庆等地12份重要的野生大茶树资源的遗传多态性进行了分析。从60个随机引物中筛选出7个多态性引物,共扩增出146条DNA带,其中139条为多态性带,占95.2%,平均每个引物扩增的DNA带数为21条。按照相同迁移位上有扩增带记为1、无带为0的方法构建ISSR表型数据矩阵,供试品种的基因(H)和shannon信息系数分别为0.20和0.34。对12株野生大茶树进行UPGMA聚类分析,品种间的相似系数介于0.37～0.71,平均为0.51。并在此基础上建立了聚类分析树状图,将其12个品种划分为3大聚类组。     

不同品种（系）凤凰单丛茶DNA指纹图谱的构建

为能够快速、准确地对不同品种（系）凤凰单丛茶进行鉴定,建立不同品种（系）凤凰单丛茶的DNA指纹图谱,本研究利用ISSR分子标记技术,以4份凤凰单丛茶品种为材料,对UBC802~UBC899等58条ISSR引物进行筛选,得到了12条多态性好的ISSR引物。在确定引物最佳退火温度后,利用这12条ISSR引物对39份凤凰单丛茶进行了扩增,结果显示,从其中筛选出的6条核心引物共扩增出84条带,平均每个引物扩增出14条带,其中多态性条带78条,多态性条带比例为92.86%,多态信息量平均为0.9456,其中引物UBC843多态性最为丰富,品种相似性系数在0.4063~0.9836之间;为将39份凤凰单丛茶品种全部区分开,本研究对6条核心引物进行了组合,发现其中UBC827/UBC846的组合鉴别效率最高;通过综合品种名称、国家地区编号、采样地点、高效核心引物组合名称以及ISSR数据代码,本研究建立了39种凤凰单丛茶的DNA指纹代码。之后,通过整合软件录入如品种指纹图谱代码、香型、海拔、ISSR-PCR扩增数据图片等更多相关信息,形成指纹图谱二维编码,构成凤凰单丛茶的DNA指纹图谱,为凤凰单丛茶品种权益保护及信息平台的建立提供数据支持。     

基于ISSR与ITS-RFLP的花生白绢病菌遗传多样性分析

本研究利用简单重复序列区间（Inter Simple Sequence Repeat,ISSR）和ITS-RFLP技术,对采自我国12个省市的39个花生白绢病菌菌株进行遗传多样性分析。结果表明：从筛选出的17条ISSR引物共扩增出269条DNA谱带,其中多态性谱带266条,平均多态性百分率为98.9%,UPGMA聚类分析将这些菌株分为4个类群。限制性内切酶AluⅠ、RsaⅠ、HpaⅡ和MboⅠ作用内部转录间隔区（Internal Transcribed Spacer,ITS）PCR扩增产物产生的谱带,利用ITS-RFLP分析遗传多样性,将39个菌株划分为7个组群。ISSR和ITS-RFLP的结果均表明花生白绢病菌存在较高的遗传变异,但其遗传相似性与地理来源无明显相关。