利用EST-SSR标记研究黄金茶群体遗传多样性及遗传分化

利用19对茶树EST-SSR引物对黄金茶群体的38个单株进行了遗传多样性和亲缘关系分析。19对引物共检测到等位位点37个,每个引物1~3个,平均1.95个;期望杂合度(He)在0.03~0.65之间,平均值0.32;观测杂合度(Ho)在0~0.97之间,平均值0.33;群体内的Shannon指数0.55。以上结果均说明黄金茶群体的遗传多样性较低。基于EST-SSR数据以SAHN邻接法对供试种质资源进行UPGMA遗传相似性聚类,并绘制树状聚类图,按相似系数0.77可将参试的38份种质资源分为六大类。根据不同单株间的相似系数可为黄金茶群体的遗传改良提供一定参考。同时,AMOVA分析表明,黄金茶群体的遗传变异21.77%发生在种群间,78.23%发生于单株间,不同区域的种群间基因流为1.80,这可以为黄金茶群体的保护提供一定理论依据。     

基于nSSR和cpDNA序列的城步峒茶群体遗传多样性和结构研究

采用简单重复序列标记(nSSR)与叶绿体DNA序列(cpDNA)分析技术,对城步峒茶群体进行了遗传多样性、遗传结构和遗传分化等研究。结果表明,15对nSSR引物在参试81份资源中共获得142个等位位点,平均每对引物9.47个,城步峒茶群体的观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和Nei期望杂合度(Nei)分别为0.49、0.62和0.62,具有较高的遗传多样性。Structure分析将79份峒茶资源分成3个类群,但各类群的遗传背景较为复杂,没有明显的群体结构。F检验表明,城步峒茶群体的近交系数F_IS为正值(F_IS=0.177 5),群体间的遗传分化系数F_ST较小(F_ST=0.034 5),分化程度较低,基因流Nm较高(Nm=7.01)。3对cpDNA引物分别获得了473 bp(rbcL)、704 bp(matK)和320 bp(psbH-trnA)的片段序列,变异位点占总位点的比例分别为0.42%、0.71%和1.25%。将3个序列依次拼接,共产生了9个单倍型,单倍型数由多到少的居群依次为TXZ(6)、DZC(4)、DPS(4)、TYS(3)、HJZ(2),群体的单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为0.732和0.001 39。9个单倍型中,单倍型H1和H5处于进化网络图的中心节点上,并且包含资源数量最多,属于比较原始的单倍型。同时,nSSR和cpDNA的AMOVA分析结果基本一致,居群内的变异百分比分别达到96.69%和80.54%,城步峒茶的遗传变异主要存在于居群内。     

利用SSR分子标记研究白菜类亚种资源的遗传多样性

为研究几种白菜类亚种资源的演变过程,利用白菜SSR引物对94份白菜类亚种种质资源进行遗传多样性分析。结果表明,19对SSR引物扩增出137个条带,平均每对引物可扩增出7.16个;多态性位点百分率(P)、基因杂合度(He)、有效等位基因数(Ne)、Shannon-Wiener指数(H’)和多态信息含量(PIC)的均值分别为:99.9%、0.897、11.598、2.454、0.886,除P值外,4个指标间相关性极显著;94份白菜类亚种种质资源的UPGMA聚类结果表明:在遗传相似系数为0.58时实验材料分为3类,多数地方种菜心与小白菜亲缘关系更近。白菜SSR引物对大(小)白菜基因组具有较好的多态性、红菜苔次之、野生芥菜最低。     

基于EST-SSR的福云（半）同胞系茶树品种（系）遗传多样性和亲缘关系分析

利用EST-SSR标记对以福鼎大白茶或云南大叶茶品种为亲本选育的40个品种（系）或衍生品种（系）的亲缘关系和遗传背景进行了分析评估。28对引物在40个供试品种间共检测到99个等位位点,每对引物为2~6个,平均3.54个;遗传多态性信息量(PIC)在0.13~0.79之间,平均值为0.59;期望杂合度（He）在0.08~0.84之间,平均值为0.58;观测杂合度(Ho)在0.10~1.00之间,平均值为0.71;Shannon指数平均为1.14。按相似系数为0.55可将参试的40个品种分为四大类。研究结果发现以云南大叶茶为母本的茶树品种比福鼎大白茶为母本的品种遗传多样性更高。     

四川省稻瘟病菌群体遗传结构分析

由稻瘟病菌(Magnaporthe oryzae)侵染引起的稻瘟病是全球水稻生产上最严重的病害之一。利用6对SSR荧光标记对采自四川绵阳、营山、雅安、北川和武胜地区的5个稻瘟病菌群体的遗传结构进行分析。结果表明,在124个稻瘟病菌中检测出43个等位基因,平均每个位点的观测等位基因数为7.2,有效等位基因数为3.1,所有位点均显著偏离HardyWeinberg平衡。5个群体的平均观测杂合度(0.374)低于期望杂合度(0.502),暗示群体内存在因近交而导致的杂合子缺失。AMOVA分析显示,绝大多数遗传变异(81.17%)存在于群体内个体间,仅有18.83%的变异来自于群体间的差异。5个地理群体间呈现高水平的遗传分化(遗传分化系数为0.057~0.528)。Mantel检验表明,群体间的遗传距离与地理距离相关未达显著水平,说明稻瘟病菌的遗传变异呈现随机分布的空间模式。群体遗传学数据分析表明5个群体间存在不同程度的基因流(基因流水平为0.472~4.347),基于贝叶斯聚类法的Structure分析也证实了这一结果。     

32份茶树地方群体种资源的遗传多样性和群体结构分析

选取均匀分布于茶树15个连锁群上的30对SSR引物,对来自12个省份的32份茶树群体种资源进行遗传多样性和群体结构分析,以期为茶树杂交育种亲本选择和演化路线推断提供参考。研究共获得149个等位基因,平均每个SSR标记检测到5.96个等位基因,引物多态性信息含量均值为0.660。32个茶树群体Shannon’s多样性指数范围为0.691~1.089,平均数为0.954;观测杂合度的范围为0.253~0.633,平均数为0.510;期望杂合度范围为0.430~0.653,平均数为0.590。供试茶树群体遗传分化系数（Fst）均值为0.205,遗传分化水平较高。基于Nei’s遗传距离的聚类和群体结构分析结果一致,供试种质可划分为四大类型,具有明显的地域分布规律。     

苎麻Genomic-SSR与EST-SSR分子标记遗传差异性分析

为了明确苎麻不同SSR的遗传差异性,利用Genomic-SSR与EST-SSR两种SSR标记对19个苎麻核心种质的遗传多样性进行分析。根据统计结果,Genomic-SSR平均检测到的观测等位基因数为3.4643、有效等位基因数为2.1982、Shannon多样性指数为0.8864、观测杂合度为0.5254、期望杂合度为0.5172;EST-SSR平均检测到的观测等位基因数为2.3333、有效等位基因数为1.9438、Shannon多样性指数为0.7120、观测杂合度为0.5128、期望杂合度为0.4778。Genomic-SSR和EST-SSR两种引物的有效等位基因数(Ne)和观测杂合度(Ho)差异不显著,Genomic-SSR的Shannon指数显著高于EST-SSR。研究结果表明,在标记多态性及基因型鉴别等方面,Genomic-SSR与EST-SSR均具有显著的遗传差异性,但是两种标记都能有效的鉴别不同基因型个体。Genomic-SSR可优先用于分子身份证、高密度遗传连锁图谱的构建和遗传多样性分析;EST-SSR用来研究苎麻近缘种间的遗传多样性、进化分析、连锁图谱和比较基因组学更有优越性。     

利用SSR标记分析木薯遗传多样性

应用简单重复序列(SSR)标记对国家木薯种质资源圃195 份国内(外)品种(系)进行遗传多样性分析。结果表明：44对引物共扩增出186个等位基因,每对引物平均扩增出2～8个等位基因,平均Shannon's信息指数I为1.01,平均多态性信息量(PIC)为0.49。195个品种(系)的遗传相似系数(GS)分布在0.57～0.99。聚类分析结果表明,在遗传距离0.71处,可将供试材料分为7个类群。     

中国部分优质小麦品种(系)遗传多样性的SSR分析

为明确中国优质小麦品种(系)间的遗传关系,利用21对SSR引物对75份优质小麦品种(系)进行了遗传多样性分析.结果表明,21对引物共检测到135个等位位点,每对引物等位位点数在2～13之间,平均为6.4个.位点多态性信息含量(PIC)变幅为0.49～0.90,平均为0.76.品种间遗传相似系数(GS)变幅为0.46～0.96,平均为0.66.SSR标记能将75份优质小麦品种(系)分成五大类.聚类分析结果与品种系谱来源及地域比较吻合.     

利用EST-SSRs标记分析巴西橡胶树魏克汉种质的遗传多样性及遗传分化

橡胶树魏克汉(Wickham)种质是指1976年英国人魏克汉在亚马逊河下游与塔帕若斯(Tapajos)河汇合处的博因(Boim)采集并培育46株母树繁殖的后代中选出的初生代及其后杂交的次生代至多生代栽培品种。本研究利用25对EST-SSRs引物,对中国热带农业科学院橡胶研究所国家橡胶树种质资源圃中保存的来自6个国家的278份魏克汉种质进行遗传多样性和遗传分化分析。种质总群体共检测出等位变异103个,平均等位基因数(Na)4.12个,稀有等位基因占全部等位基因的14.56%;平均期望杂合度(He)值和Nei平均多样性指数(H)值分别为0.4108和0.4100;聚类分析得到种质个体间的遗传距离(GD)为0~1.1632。不同国家种质群体间的遗传多样性指数(H)值:巴西斯里兰卡印度尼西亚中国马来西亚泰国,但经SPSS非参数检验表明6个国家群体之间的种质遗传多样性水平差异并不显著;不同国家种质群体间的遗传一致度(GI)为0.9812~0.9869,与中国种质的亲缘关系最近的是印度尼西亚、其次马来西亚、泰国、斯里兰卡、巴西;仅3%的遗传变异来源于不同国家种质群体间,不同国家种质间的平均基因流(Nm)为4.463,大而通畅的基因流是橡胶树6个国家群体间遗传分化水平很低的主要原因。研究结果表明,中国国家橡胶树种质资源圃保存的魏克汉种质的遗传多样性较差,但通过EST-SSRs可检测到丰富的稀有等位基因。虽然不同国家种质交流频繁,导致种质之间和不同国家来源种质之间遗传距离非常近,但是,种质之间和不同国家来源种质之间依然存在一定的遗传分化,特别是巴西种质与中国种质遗传距离最远,基因流最小,遗传多样性最为丰富。     

吉林省不同年代育成大豆品种某些农艺性状和生理性状的比较

许多研究表明,世界大豆品种产量随着育成年代呈显著增加,但自20世纪90年代以来我围育成大豆品种的产量增加幅度有放缓和停止不前的变化趋势.说明以农艺性状为选择目标的常规育种其品种的产量潜力已受到限制.迫切需要建立新的育种目标和计划.大豆育种工作者在对大豆晶种产量和农艺性状进行定向改良时,并没有考虑生理性状的改良,也不清楚生理性状发生了哪些变化.许多研究表明,大豆品种遗传改良过程中其生理性状也发生了变化,并与产量呈密切相关.对1923年至2005年间育成的40个大豆品种农艺性状和生理性状的研究表明,生理性状与产量和农艺性状相比,其改善的幅度较小,说明大豆生理性状的遗传改良孕育着巨大的产量潜力.建立以生理性状为目标的育种程序,定向改变大豆的生物学和生理学特性,是提升当前我国大豆育种水平.实现产量突破的重要途径.总结作者及课题绀成员近几年来埘吉林省1923年以来育成的大豆品种农艺性状和生理性状的比较研究结果,认为大豆叶片的光合能力、表观叶肉导度、硝酸还原酶活性和根瘤的数量具有作为高产品种选择指标的价值,有待于对其进行选择成本、可靠性、关联性和可替代性进行研究,用于高产大豆品种的选育和改良计划.     

分子标记研究野生大豆遗传多样性进展

野生大豆是栽培大豆的近缘野生种,是大豆遗传改良的重要基因源。野生大豆的遗传多样性研究对野生大豆资源的收集、保存、保护和利用具有重要意义。本文从种质库资源的多样性,不同国家野生大豆资源的多样性,野生大豆种群的多样性和野生大豆种群间的遗传分化几个方面,总结了利用RAPD、AFLP和SSR等DNA分子标记技术对野生大豆资源和种群进行遗传多样性研究的进展。     

不同基因型大豆愈伤组织对农杆菌EHA105的敏感性研究

研究了8个基因型的大豆愈伤组织GUS瞬时表达的效果及其最佳染色条件,以考察不同基因型大豆愈伤组织对农杆菌菌株EHA105的敏感性.GUS染色结果表明:不同品种对农杆菌EHA105敏感程度差别较大,吉林47和东农42愈伤GUS染色效果较好;不同品种要求的最佳染色时间存在差异,对农杆菌EHA105较敏感的2个基因型吉林47...     

抗草甘膦转基因大豆饲料对雄性小鼠脾淋巴细胞体外增殖的影响

以雄性昆明鼠为动物模型,对亲本(F0)和子一代(F1)短期(30 d)及长期(90 d)喂食抗草甘膦转基因大豆饲料后,取其脾脏,MTT法检测脾淋巴细胞增殖情况。结果表明:短期喂食实验过程中,在0、2、7、14和30 d取样时,转基因大豆饲料对亲本(F0)实验的雄性小鼠脾脏淋巴细胞体外增殖均无显著性影响(P>0.05),在长期(90 d)喂食实验过程中,抗草甘膦转基因大豆饲料对亲本(F0)小鼠脾脏淋巴细胞体外增殖也无显著影响(P>0.05)。同样,在30 d的短期和90 d的长期喂食实验过程中,抗草甘膦转基因大豆饲料对子一代(F1)雄性小鼠脾脏淋巴细胞体外增殖也均无显著抑制作用(P>0.05)。表明短期(30 d)及长期(90 d)喂食含抗草甘膦转基因大豆饲料对亲本及子一代雄性小鼠脾脏淋巴细胞体外增殖均无显著性影响,且无遗传积累效应。     

基于SSR标记的四川大豆与引进大豆资源遗传多样性和群体结构分析

利用均匀分布于20条染色体的53对SSR标记(每条染色体上2~5对),对190份大豆资源进行遗传差异检测,随后根据标记试验结果进行遗传多样性分析、聚类分析、PCA分析和群体结构分析。53对SSR标记共检测到159个等位变异,每个位点等位基因范围为2~6个,平均每个位点的等位基因为3个,有效等位基因数Nei为1.474 4±0.237 5,多态性信息含量PIC为0.305 0±0.105 6;Shannon-Weaver指数值为0.476 2±0.124 9。这些参数显示了190份大豆资源异质程度不是很高,遗传多样性丰富程度一般,总体遗传多样性处于中等水平。UPGMA聚类分析结果显示190份大豆资源(群体1:P1)被分为3个大类,且四川审定大豆品种与野生大豆资源、国外引进资源亲缘关系较远,随后将四川审定大豆品种31份、国外资源13份和野生大豆资源8份共52份材料(群体2:P2)单独进行聚类分析,52份材料也被分成3个大类。群体1和群体2分别在K=3,K=2时得到合理群体结构。群体1的3个亚群分别是:亚群I由地域来源丰富的78份材料组成,不包含野生大豆资源;亚群II 59份材料中含7份野生大豆资源;亚群III 53份材料只包括1份野生大豆资源zy05292。群体2分成两个亚群:亚群Ⅰ26份材料中含24份四川审定大豆品种和2份国外资源;亚群II包含了6份审定大豆品种。供试的190份大豆资源蕴含了比较丰富的遗传变异,显示了较高水平的基因多样性。群体结构不能严格地按照地域、来源国家的划分而区分,这一现象显示了大豆资源存在着广泛的基因交流。从分析结果来看,四川大豆资源的种质创新可以充分地利用国外引进资源与直立型野生大豆资源,进而丰富四川大豆的基因多样性。     

中国大豆种质资源遗传多样性研究进展

为探明影响大豆种质资源遗传多样性的因素,进一步拓宽现有种质资源的遗传基础,本文对中国大豆种质资源遗传多样性研究情况进行了概述总结。主要包括形态水平、生化水平、分子生物学水平及多方法结合的大豆遗传多样性的研究进展,并指出了中国大豆遗传多样性丰富且具有明显的地域特征,最后对大豆遗传多样性的研究和发展进行了讨论和展望。     

中国不同纬度野生大豆和栽培大豆SSR分析

采用SSR分子标记技术对我国不同纬度的野生大豆（G.soja)和栽培大豆（G.max)各22份进行了多样性分析，通过对所合成的40对引物的筛选，12对引物扩增结果表明出良好的多态性，引物BARC-sat39在野生大豆和栽培大豆之间有特异谱带，表明这个SSR标记是与栽培大豆和野生大豆有关的一个等位基因位点，通过对实验结果量化后数据分析；野生大豆和栽培大豆的平均遗传距离分别为0.175和0.150，表明野生大豆的多态性比栽培大豆较为丰富，在遗传距离0.300处，野生大豆和栽培大豆被明显分为二类，与以往大豆属Soja亚属的形态学分类结果相一致，为野生大豆和栽培大豆分为二个种提供了分子水平上的证据。     

大豆脂肪酸组分相关QTL元分析

大豆油中脂肪酸的种类与含量是衡量其品质的主要指标.目前,对大豆脂肪酸组分相关的QTL研究较多,然而这些结果之间由于作图群体、分析方法以及环境条件的差异造成了QTL定位的区间过大或定位区间重叠等问题.通过搜集已报道的与大豆脂肪酸含量相关的83个QTL,提取相对有效且可靠的QTL标记信息,利用元分析软件BioMercator2.1将这些QTL映射到大豆公共遗传连锁图谱Soymap2上,构建了一张大豆脂肪酸组分相关QTL一致性图谱.并利用QTL的95%的置信区间来元分析推断"真实"QTL的位置.结果共得到定位在10个连锁群上的19个"真实"QTLs,他们主要分布在A1、B2、D1b、D2、E、G、L这7条连锁群上且成簇分布,明显缩短了其QTL的置信区间.研究结果为大豆脂肪酸组分相关的QTL的精细定位以及脂肪酸组分相关基因挖掘提供了有力的依据.     

广西育成大豆品种亲本分析

为提高优异品种选育效率，本研究对广西已育成的39个大豆品种系谱进行追溯，分析其亲本组配方式、地理来源及细胞核（质）遗传贡献，结果表明，育成的39个大豆品种（春大豆28个，夏大豆11个）来源于40个细胞核祖先亲本，17个细胞质祖先亲本；来源于广西本地、外省和国外祖先亲本的核（质）遗传贡献率分别为39.42 %（58.98%）、45.75 %（38.46%）和14.83 %（2.56%）；核祖先亲本主要来源于广西本地及生态条件相近的我国南方、巴西和美国。春大豆育成品种细胞质祖先亲本主要来源于广西、湖北和北京，夏大豆育成品种细胞质祖先亲本主要来源于广西、湖北和上海；2006年以来，96%的大豆育成品种是以育成品种和国外引种作为亲本组配而成；归纳出靖西早黄豆等8个核心春大豆祖先亲本，平果豆等5个夏大豆核心祖先亲本。广西大豆育成品种核遗传基础较为丰富，但还需加强新种质研究利用，以扩大品种的核质基础。        

东北地区大豆品种血缘组成分析

用系谱分析法研究了东北地区168个杂交育成大豆品种与其祖先品种间的亲缘系数,估计了各祖先品种对辽,吉、黑三省大豆基因库的相对遗传贡献。结果表明,我国东北地区大豆育成品种的遗传基础较窄。满仓金,紫花4号,丰地黄,元宝金,荆山朴,铁荚四粒黄,克山四粒黄,金元1号,十胜长叶和黄宝珠10个祖先品种对东北大豆杂交育成品种遗传基础的总贡献为57.7％。因满仓金,元宝金是金元×黄宝珠的后代,而荆山朴是由满仓金系选而来,因此,金元和黄宝珠约贡献了东北大豆育成品种约28.7％的遗传物质。三省比较,黑龙江省杂交育成大豆品种的遗传基础最窄,辽宁次之。为了保证持续稳定的育种进展,有必要加强对国内外大豆种质资源利用的研究。扩大种质资源的利用范围,使大豆品种的遗传基础多样化。