柱花草种质遗传多样性的SSR和SRAP分析

应用SSR和SRAP标记,对20份柱花草种质的遗传多样性进行研究。从113对SSR引物中筛选出41对多态性较好的引物,共扩增出229个位点,多态性比率达76.86%,平均每个引物扩增多态性位点4.29个。从224对SRAP引物中筛选出25对多态性较好的引物,共扩增出359个位点,平均每个引物扩增多态性10.72个,多态性比率达74.65%。综合SSR和SRAP两种标记对20份材料计算出的遗传相似系数(GS)为0.65~0.90,表明柱花草种质遗传多样性比较丰富;通过UPGMA聚类分析,把这20份材料聚为3个类群,其中类群Ⅰ又分为4个亚类。     

郑58和掖478玉米自交系基因组差异性分析

采用SSR标记对我国核心种质郑58和掖478进行基因组差异性分析。结果表明:200对引物中有57对引物具有多态性,多态性标记比率达到28.5%,遗传相似度为71.5%。200对引物共计扩增出424个SSR等位性片段,其中有113个多态性等位片段,遗传杂合度为26.7%,遗传相似度为74.3%。SSR多态性标记在不同染色体上呈现不均匀性分布,在同一染色体上不同区域分布密度不同,具有多态性标记集中区域,基因组差异可能与自交系配合力变化有关。     

北美温带玉米杂交种选系的遗传多样性研究

利用SSR标记对北美温带玉米杂交种选育的24个自交系和我国生产应用的10类骨干代表系进行遗传多样性评价。结果表明,54对SSR引物在48份玉米自交系间共检测到290个等位基因变异,每对引物检测出3~9个等位基因,平均为5.4个。每个位点的多态性信息量(PIC)变化于0.29~0.86之间,平均为0.70。标记索引系数(MI)变化范围0.86~7.45,平均为3.86。供试北美温带选系和其他类群的玉米种质均具有较丰富的遗传多样性。3个杂交种选系的遗传相似系数中3号选系最小(0.776),说明3号较其余两个杂交种选系的遗传差异大。根据SSR标记聚类分析、主坐标分析和遗传进化分析结果表明,北美温带选系和其他种质的48份玉米自交系划分为6大类群,分类结果与系谱来源基本一致。     

24份西番莲种质SSR分子标记分析

采用SSR标记对24份西番莲材料的遗传多样性进行研究,从45对引物组合中筛选出16对扩增带清晰、重复性好的引物组合。结果表明：16对SSR引物共产生68条扩增带,其中58条为多态性条带,多态性条带比率平均为85.3 %,24份材料的遗传相似系数(GS)的范围为0.09-1.0;UPGMA法聚类分析结果表明,24份西番莲种质以0.45为阈值可分为7大类,SSR标记丰富的多态性可在西番莲分子生物学领域中广泛应用。     

黄灯笼辣椒种质资源遗传多样性ISSR分析

采用ISSR分子标记技术对22份国内外黄灯笼辣椒种质的遗传多样性进行了分析,为选配黄灯笼辣椒杂交育种亲本选择提供了参考.根据加拿大哥伦比亚大学公布的100对ISSR引物,从中筛选出17条多态性好、条带稳定的引物,用其对22份黄灯笼辣椒种质进行扩增,共获得154条谱带,其中140条为多态性条带,多态性比率为90.9％,表明ISSR标记对黄灯笼辣椒具有较高的多态性;通过对黄灯笼辣椒ISSR遗传相似系数的统计与分析,品种间的遗传相似系数在0.461～0.870之间,平均为0.778.聚类分析表明,22份材料在遗传相似系数0.52处分为2类,其中L508为种间杂种后代,与其它种质具有较远的亲缘关系,单独为一类;在遗传相似系数0.72处可以分为4类,把不同亲缘关系的种质明显区分开来,表明ISSR分子标记进行黄灯笼辣椒遗传多样性的分析是可行的.黄灯笼辣椒品种间具有较丰富的遗传多样性,并为黄灯笼辣椒品种的选育和种质资源的保护提供了理论依据.     

樱桃番茄种质资源亲缘关系的InDel和SSR标记分析

选用18对InDel引物和15对SSR引物对30份樱桃番茄高代自交系育种材料进行遗传多样性分析。多态性分析结果表明,InDel标记比SSR标记的多态性低;遗传距离分析结果表明,30份樱桃番茄种质材料两两间的遗传距离(GD)在0.052~0.993之间,平均遗传距离仅为0.391,遗传距离小于0.5的种质材料占到了77.24%。在相似系数为0.65的水平上,可将30份樱桃番茄材料分为3类。     

石斛兰亲缘关系的SSR分析

利用SSR标记分析石斛兰品种遗传多样性及亲缘关系,为合理利用石斛兰种质资源、培育观赏价值高的石斛兰新品种提供依据.从22对SSR引物中筛选获得11对多态性引物,对28个市场流行石斛兰品种的基因组DNA进行扩增.共获得158条多态性位点,平均每个引物产生14个多态性条位点.材料间遗传相似系数变化范围为0.04～0.85,根据SSR标记的结果,采用UPGMA法进行聚类分析,在相似系数0.295处将28份石斛兰种质分为5类.结果表明,石斛兰品种具有丰富的遗传多样性,遗传基础较宽;SSR标记技术很好地从分子水平上揭示石斛兰品种的遗传背景、亲缘关系.     

应用 SRAP 分子标记评价辣椒自交系的遗传关系

将新型分子标记 SRAP（Sequence- related amplified polymorphism,序列相关扩增多态性）应用于辣椒自交系的遗传关系的研究,采用 30 个引物组合对 31 个辣椒自交系进行扩增,其中有 27 个引物组合可以获得多态性扩增,显示了较高的多态性。27 个引物组合共扩增出 310 个多态性条带,平均每个引物组合产生 11.5 个多态性条带。31 个自交系间的相似系数为 0.133~0.997。聚类分析将 31 个自交系分为：在相似系数 D 为 0.55处,将辣椒的 2 个变种分开;在相似系数 D 为 0.67 处,将辣椒分为 4 类。结果显示,SRAP 是辣椒自交系研究中一种较好标记,其分类结果有助于利用这些自交系进行杂交亲本的选配。     

基于SRAP分子标记的13份贵州芒果种质资源遗传多样性分析

探索贵州芒果种质资源的遗传多样性和亲缘关系,为芒果种质资源的鉴定、创新与利用提供理论依据。利用SRAP标记对13份芒果种质资源进行遗传多样性分析。对108对引物组合进行筛选,其中有17对引物扩增的条带多且多态性好。17对引物共产生扩增带161条,多态性条带为133条,多态性比率为82.61%,显示较高的遗传多态性。遗传相似系数在0.602～0.820,其中桂热芒10号与攀西红芒的相似系数最大,而桂热芒82号和红象牙芒两者之间的相似系数最小。UPGMA聚类分析结果显示,Mi-8与桂热芒82号的亲缘关系较近,Mi-9与红芒6号的亲缘关系较近,野生种质资源Mi-5与串芒、桂热芒10号和攀西红芒的亲缘关系较近,野生种质资源Mi-6与凯特芒和金煌芒的亲缘关系较近。以上研究结果说明SRAP技术能用于贵州芒果种质资源遗传多样性分析,也表明了贵州地区芒果种质资源遗传背景的复杂性。     

辽宁省主要玉米自交系的SSR遗传多样性分析

利用SSR标记研究了37份玉米自交系的遗传多样性,从85对SSR引物中筛选出70对扩增产物具有稳定多态性的引物。这70对引物在供试材料中检测出260个等位基因变异,每对引物检测等位基因2～7个,平均3.71个,每个位点的多态性信息量(PIC)变化为0.157～0.813,平均为0.564。37份自交系之间的遗传相似系数变化范围为0.69～0.89。UPGMA聚类分析结果表明,37份供试自交系划分为6个类群,分类结果与系谱来源基本一致。生产上主要推广杂交种的亲本大多来自不同的类群。     

喀斯特高海拔山区玉米骨干自交系SSR指纹图谱的构建

利用86对SSR引物分析了36份喀斯特高海拔山区玉米骨干自交系的多态性,从中确立了多态性、重复性均较好的34对核心引物。利用其中6对引物Phi072、Bmc1108、Phi080、Bmc1614、Bnlg2144、Zct161可将36份自交系完全区分,表明SSR标记可有效地用于喀斯特高海拔山区玉米骨干自交系的真实性和纯度鉴定。     

高淀粉玉米自交系SSR标记遗传多样性分析

利用70对扩增产物稳定的SSR引物对23份高淀粉玉米自交系的遗传多样性进行研究。结果表明,23份高淀粉自交系被划分为4个类群,高淀粉玉米自交系中含Reid种质的数量12份,含国内种质6份,含有Lancaster种质和PB种质的高淀粉玉米自交系最少。在聚类分析的基础上对高淀粉玉米育种进行初步探讨。     

黄淮海地区主要玉米自交系的SSR遗传多样性分析

利用70对SSR引物研究了我国黄淮海地区63份玉米自交系的遗传多样性。共检测出277个等位基因变异,每对引物检测等位基因2～7个,平均3.96个,每个位点的多态性信息量介于0.177～0.827,平均0.581。63份自交系之间的遗传相似系数变化范围在0.62～0.91。聚类分析表明,63份自交系被划分为4个群。在黄淮海地区利用的骨干种质为PA(Reid)、塘四平头(D)和PB(non-Reid),杂种优势模式主要为PA×塘四平头。群内平均遗传相似系数高于群间的平均遗传相似系数,生产上主要推广杂交种的亲本自交系大多来自不同杂种优势群。提供27对区分能力强的SSR引物,用于供试自交系的快速聚类,结果与系谱来源及70对引物的聚类结果基本一致。     

青海省几个主要春性甘蓝型油菜杂交种的SSR分析

为了探明青海省主要甘蓝型油菜品种的遗传变异,建立准确高效的种子纯度鉴定方法,本研究选取5个青海省甘蓝型油菜主栽品种,利用140对简单重复序列(Simple sequence repeat,简称SSR)引物对其进行分子标记分析,从中筛选出26对能清晰扩增出多态性主带的引物,进一步对包括这5个品种及其中4个杂交品种的7个亲本系进行扩增后,经6%聚丙烯酰胺凝胶电泳分离和带型分析,成功构建出5个青海省甘蓝型油菜主栽品种及其中4个杂交种亲本系的指纹图谱,并鉴定出了这4个杂交种的共显性标记。这些标记不仅可用于亲本材料和杂交品种真伪的鉴别,还可为杂交种纯度的鉴定提供可靠方法,对亲本知识产权的保护及杂交种推广具有重要的意义。     

利用SSR标记分析玉米P-162近缘系的遗传多样性

利用SSR标记技术分析47个玉米P-162近缘系的亲缘关系及遗传多样性,研究P-162自交系的亲缘关系。结果表明,22对多态性较好的随机引物中共检测到154个等基因变异,每对引物检测到等位基因3~12个,平均7.48个。利用UPGMA聚类分析法将供试自交系划分为7类,47个玉米P-162近缘系材料之间具有一定的遗传差异,总体供试材料遗传基础相对较狭窄。     

四川省主要杂交稻亲本的SSR多态性分析和指纹图谱的构建与应用

利用微卫星标记对四川省主推杂交水稻品种进行了DNA指纹图谱构建和品种鉴定研究。208对引物中具有多态性的引物共123对,占所用引物的59.13%。不同染色体的微卫星分析的多态性不同,第9、10染色体微卫星的多态性高于其他染色体,第12染色体上的微卫星标记的多态性最差,仅为46.15%。42份常用杂交水稻亲本材料聚类分析表明,恢复系和不育系的遗传基础均较狭窄,但恢复系和不育系之间的遗传距离相对较远,从一定程度上反映了遗传距离与杂种优势的正相关。筛选出的各个亲本材料的特异引物或引物组合,能够将某个亲本材料与其他材料相区分。利用这些SSR引物建立了四川省主要杂交水稻亲本的DNA指纹数据库,可以有效地解决杂交水稻及其杂交种的鉴定问题,以及有效地分析各材料间的亲缘关系。从DNA指纹数据库中筛选出D优527的特异引物RM337、RM244和RM346,可以鉴定出D优527中的纯度,与田间鉴定结果一致;在真伪性鉴定中将同一不育系配组的D优527和D优68区分开,说明微卫星鉴定结果是准确可靠的,可用于品种权保护和品种真伪性及纯度鉴定。     

小麦穗部组织 EST-SSR标记引物开发及其在小麦遗传多样性分析中的应用

为了筛选光温敏雄性不育系（PTGMS）小麦穗部的EST-SSR 分子标记,探讨其EST-SSR标记用于小麦品种遗传差异研究的可行性,用SSRSCAN软件对PTGMS小麦穗部的3 264条EST序列进行SSR 位点查找,结果得到108条含有SSR标记的序列。设计64对引物并进行PCR扩增及非变性聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)电泳。结果显示,64对引物中有41对能在42个小麦品种中扩出PCR条带,有多态性条带的为36对,具有较高的扩增效率。聚类分析结果显示,42个小麦品种的遗传相似系数在0.64~0.87之间,3个PTGMS小麦品种具有较高的遗传相似系数。     

A Set of SCAR Markers Efficiently Differentiating Hybrid Rice

Molecular markers have been widely used in crop genetic improvement,seed test and genetic mapping.Of which,sequence characterized amplified region(SCAR) markers are particularly popular for its diversity,stable reproducibility,and suitability for analyzing large number of samples.In this study,500 random amplified polymorphic DNA(RAPD) primers were tested,and a set of SCAR markers comprising 37 pairs of loci-specific primers were developed from the DNA fragments ranging from 300 to 1000 bp which correspond to the stable,distinctive RAPD banding patterns.Using these SCAR markers,59 hybrid rice combinations were assessed and distinguished into 58 subgroups at the similarity coefficient of 0.97 in a genetic clustering tree based on the allele diversities of the SCAR markers.Furthermore,13 hybrid rice combinations were reassayed with 40 randomly selected simple sequence repeat(SSR) markers to evaluate the effectiveness of these SCAR markers.SSR markers produced similar results to SCAR markers as the 13 hybrid rice combinations were completely separated at the similarity coefficient of 0.91 in the clustering tree established from SSR patterns.Taken together,SCAR markers prove to be effective tools for identifying and differentiating hybrid rice combinations.     

SSR标记遗传距离与粳稻杂种优势的相关性分析

 利用SSR分子标记对30个粳稻品种进行遗传多样性分析,继而研究分子标记遗传距离与按照NCⅡ设计获得的200个杂交组合主要产量性状杂种优势的相关性,探讨分子标记遗传距离预测杂种优势的可行性。结果表明,64对SSR引物共检测到185条多态性片段,平均每对引物2.9条,每个SSR位点的多态性信息含量指数（PIC值）变化范围为0.064~0.844,平均为0.380。以SSR标记遗传相似系数为原始数据,按UPGMA聚类方法将30个亲本材料划分为7大类群,分类结果与系谱关系基本相符。分子标记遗传距离与杂种性状平均值的相关除每穗总粒数外均达到显著或极显著水平,与杂种优势的相关均达到极显著水平,相关系数介于-0.361~0.359,说明分子标记可用于水稻杂种优势群的划分和遗传多样性分析,但相关程度还不足以预测产量杂种优势。     

我国北方部分玉米自交系的遗传多样性分析

利用SSR分子标记技术,分析我国北方部分玉米自交系的遗传多样性。从79对SSR核心引物目录中,选出43对引物对52份玉米自交系进行遗传多样性研究,共检测到174个等位基因位点,每对引物检测到2～8个等位基因,平均每个位点的等位基因数4.35个,平均多态性信息量为0.593。UPGMA聚类分析结果表明,52份自交系划分为兰卡斯特群、瑞德群、旅大红骨群、塘四平头群和综合种群5个类群。生产上主要推广杂交种的亲本大多来自不同的类群。