新疆杏树苹果锈果类病毒的检测与全序列分析

 在以往研究苹果锈果类病毒ASSVd的基础上,以通过斑点杂交检测ASSVd为阳性的杏树为试验材料,利用RT-PCR技术扩增出苹果锈果类病毒全长特异片段,通过回收克隆测序,发现杏树苹果锈果类病毒基因组长为330nt,将克隆测序结果在GenBank中登录,获得10条序列,登录号为：EU031487－EU031496。在此基础上,利用原位RT-PCR检测技术,进一步证明杏树叶片中有苹果锈果类病毒存在,主要分布在细胞核中。该研究证实苹果锈果类病毒也能侵染杏树,丰富了苹果锈果类病毒的寄主。     

新疆桃树上苹果锈果类病毒(ASSVd)的检测与全序列分析

在以往研究苹果和梨ASSVd的基础上,利用RT-PCR技术对新疆的桃树进行了检测,检测过程中首次发现桃树上有ASSVd类病毒的存在,利用RT-PCR技术分别获得了其全长序列,通过回收克隆测序,发现桃树苹果锈果类病毒基因组长为331 nt,将克隆测序结果在GenBank中登录,获得了桃树上的10条ASSVd的序列登录号为:EU031477～EU031486。为快速鉴定桃树苹果锈果类病毒奠定了良好基础。     

苹果茎痘病毒RT-PCR检测及分子变异分析

利用RT-PCR技术对采自6个苹果品种和7个梨品种的33个样本中的苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus, ASPV) 进行了检测, ASPV感染率为63% ( 19 /33) 。对6个ASPV中国分离物外壳蛋白(Coat protein, CP) 基因进行了扩增、克隆和测序, 测序结果显示CP基因全长为1 191 nt, 编码397个氨基酸。中国分离物与GenBank中其他分离物核苷酸序列同源性为70.2% ～91.7%。系统进化分析显示不同ASPV分离物分为3个大的类群, 呈现一定的寄主相关性, 并未呈现明显的地理相关性。第一和第三大类群的寄主皆为苹果, 第二大类群包含6个梨分离物和2个苹果分离物。不同ASPV分离物的抗原指数差异较大, 推断可能由于序列变异引起抗原表位变异, 从而引起血清型差异。     

香蕉两种主要病毒多重PCR检测方法的建立

 根据香蕉束顶病(Banana bunchy top virus, BBTV) 和香蕉花叶心腐病(Cucumber mosaic virus,CMV) 的复制酶基因、外壳蛋白基因序列分别设计特异性引物对, 在BBTV单一PCR和CMV RT-PCR优化体系的基础上, 建立了可同时检测BBTV、CMV的多重PCR检测方法。此方法可以特异地从感染BBTV和CMV的样品中扩增出2条带, BBTV (748 bp) 和CMV (557 bp) 。扩增产物序列测定结果表明, BBTV扩增产物与GenBank中其他分离物的核苷酸序列同源性为91% ～99% , CMV扩增产物与GenBank中其他分离物的核苷酸序列同源性为93%～98%。     

应用RT-PCR和斑点杂交法检测新疆梨树上的苹果锈果类病毒

利用自行设计的方法分离提取总RNA,通过一对特异引物,分别扩增出不同梨树品种上苹果锈果类病毒的特异片段,通过对库尔勒香梨品种上获得的特异片段回收、克隆和测序。结果表明,该片段长250bp,与已发表的AF421195同源性为99%,在此基础上利用克隆的ASSVd质粒,通过RT-PCR合成了生物素标记的cDNA探针,利用该探针对梨样品进行了斑点杂交检测,取得了很好的检测效果。进一步证明该反应体系能很好地用于梨树苹果锈果类病毒的RT-PCR检测。     

3种苹果潜隐病毒多重RT-PCR检测体系的建立

 研究建立了能同时检测苹果茎沟病毒(Apple stem grooving virus, ASGV) 、苹果褪绿叶斑病毒(Apple chlorotic leaf spot virus, ACLSV) 和苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus, ASPV) 的多重RT-PCR方法。以复合感染3种病毒的苹果‘望山红’组培苗为试材, 对影响多重PCR的反应条件进行了一系列的调整和优化。多重RT-PCR体系灵敏性测验显示, 最低能从RNA总量187.5 ng的样品中检测3种病毒的存在。多重RT-PCR产物的序列与报道的病毒序列有较高的同源性, 12个田间苹果样品的多重RT-PCR检测结果与单一PCR的结果一致, 初步证明了多重RT-PCR检测的准确性。     

牡丹ACC氧化酶基因cDNA克隆及全序列分析

 以牡丹品种‘洛阳红’（Paeonia suffruticosa 'Luoyang Hong'）花瓣为材料,用CTAB法提取总RNA,根据已报道的ACC氧化酶（1-aminocyclopropane-1-carboxylic acid oxidase,ACO）保守氨基酸序列设计简并引物,通过RT-PCR扩增得到1条821 bp的牡丹ACO基因同源片段。利用该已知中间序列,通过快速扩增cDNA末端技术(Race)及序列拼接,最终得到该基因cDNA全长序列,命名为Ps-ACO1,GenBank登录号为DQ337251。分析结果表明,Ps-ACO1 cDNA全长1 221 bp,包含一个939 bp的开放读码框,5'非翻译区长65 bp,3'非翻译区长117 bp,编码产物为含有312个氨基酸残基的蛋白质。氨基酸序列与烟草、苹果、桃等植物的ACO同源性都达80%以上。     

苹果中Ty1-copia型逆转座子逆转录酶序列的克隆及分析

利用苹果叶片为材料,通过PCR扩增、克隆研究了苹果中Ty1-copia型逆转座子的逆转录酶序列。结果表明:(1)逆转座子在1个砧木及7个品种中都能检测到,说明逆转座子在苹果砧木及不同种质中普遍存在。(2)克隆、分析了嘎拉品种中23条逆转座子的逆转录酶序列,分析表明同一基因组中克隆到的逆转录酶序列存在高度的异质性,具体表现为23条逆转录酶序列核苷酸序列长度变化范围是247-279bp,其长度相差32bp,主要表现为缺失突变;其中6条序列中存在1-4个程度不同的终止密码子突变;氨基酸序列同源性的变化范围为21%-98.9%。(3)将23条序列与已发表的不同物种同一类型逆转座子的逆转录酶序列进行聚类分析,表明苹果的Ty1-copia型逆转座子与甜菜、水稻、马铃薯、燕麦及挪威云杉等物种的同类型逆转座子可能有相同的起源。     

3个苹果新品种病毒病的发生状况及ASSVd序列分析

【目的】近年来，苹果病毒病的发生日趋严重，对产业的健康发展造成了严重影响，但是其在苹果新品种瑞阳、瑞雪、瑞香红上的发病状况尚不明确。【方法】在2021—2022年采用RT-PCR方法对白水地区198份新品种样品进行病毒病检测，并对感染苹果锈果类病毒（apple scar skin viroid,ASSVd）植株的果实症状进行了调查和基因克隆、测序。【结果】检测结果显示白水地区新品种潜隐性病毒的感病率显著高于非潜隐性病毒，其中苹果褪绿叶斑病毒（apple chlorotic leaf spot virus,ACLSV）的检出率最高，达到了91.72%，其次是苹果茎沟病毒（apple stem grooving virus,ASGV）和苹果茎痘病毒（apple stem pitting virus,ASPV），检出率分别达到了77.16%、37.13%，苹果坏死花叶病毒（apple necrotic mosaic virus,ApNMV）的检出率为30.31%，苹果锈果类病毒和苹果凹果类病毒（apple dimple fruit viroid, ADFVd）的检出率接近10%；通过对新品种...     

云南苹果产区苹果茎沟病毒(ASGV)的发现及其分子变异

【目的】为了查明云南省苹果产区的苹果茎沟病毒病毒(Apple stem grooving virus,ASGV)的侵染情况和不同来源分离物间的分子变异情况,【方法】以云南昭通、丽江、昆明、曲靖等地采集的325份苹果病毒样品为试材,采用RT-PCR技术对其是否携带ASGV进行检测,运用DNAMAN6.0、MEGA5.0对实验获得的6个分离物和GenBank上已登录的34个分离物进行序列比对分析。【结果】ASGV在云南各大苹果产区的发病率高达48%。序列比对结果显示,这些分离物的核苷酸序列相似性为87.3%～93.8%,氨基酸序列相似性为90.7%～98.7%。系统发育树显示,云南的6个分离物聚为一簇,而陕西省苹果分离物YL06与云南省分离物ZT1、TJX1亲缘关系比较近,聚为一支;ASGV苹果分离物要明显区别于ASGV梨分离物和CTLV柑橘分离物。【结论】云南省苹果产区苹果树的ASGV带毒率高达48%,推测可能是一种发生率比较普遍的病毒病,这是云南省发现的首次报道。系统发育树显示:本研究获得的6个苹果分离物明显区别于其他寄主分离物,并且与其他地区的分离物具有一定差异,推测在我国,ASGV的分子变异与寄主/地域来源存在着一定的相关性。     

Influence of different disease control pesticide strategies on multiple pesticide residue levels in apple

Summary

Seven pesticide application strategies were investigated to control apple scab (Venturia inaequalis) and powdery mildew (Podosphaera leucotricha) and, at the same time, fulfil the new quality standards implemented by some German retailers. These demand that pesticide residues should be below 80% of European Maximum Residue Levels (EU MRL) and that the number of residues present at levels above 0.01 mg kg^?1 should be limited to a maximum of four. The strategies fulfilled the requirement to use combinations of different active substances in order to prevent the emergence of resistance to pesticides. The trials were conducted at two sites in Switzerland, in 2007, and all strategies and applications were in accordance with actual practice. Four replicates of apple samples from each strategy were then analysed for pesticide residues. The incidence of infection with apple scab and powdery mildew were monitored during the season in order to evaluate the efficacy of the different strategies. The efficacies of the different strategies against apple scab and powdery mildew were between 84% and 100% successful. In general, the level of pesticide residues found correlated with application rate and time, and no measured residue level exceeded the EU–MRL. The numbers of residues present at > 0.01 mg kg^?1 were between two and five.     

苹果中氯氟氰菊酯残留降解研究

为了解苹果生产过程中氯氟氰菊酯的残留污染及其在苹果中的降解规律,用气相色谱法动态检测了大田苹果中氯氟氰菊酯残留量。结果表明,最后1次施药后苹果中氯氟氰菊酯的残留量顺序为:37.5g/hm2喷施3次>37.5g/hm2喷施2次≈18.8g/hm2喷施3次>18.8g/hm2喷施2次,喷药总量是影响农药残留的主要因素;施药后到采收前,果皮残留浓度是果肉的9～40倍,氯氟氰菊酯的降解为一级动力学模型,半衰期为17.6d,苹果果肉降解速率(T1/2=22.7d)比果皮(T1/2=16.9d)慢。以37.5g/hm2浓度喷3次,30d后苹果中氯氟氰菊酯残留量(<0.02mg/kg)远低于我国和欧盟等国家的最大残留限量要求。     

双孢蘑菇褐腐病病原菌的分离及分子鉴定

对引起双孢蘑菇(Agaricus bisporus)褐腐病的病原菌进行分离和分子鉴定.分离培养褐腐病病原菌,采用CTAB法抽提其基因组总DNA,利用真菌通用引物ITS1和ITS4扩增菌株rDNA ITS区序列,扩增产物纯化后克隆转化至大肠杆菌,挑选克隆成功的菌株进行测序.测序结果在GenBank中进行同源性搜索,并下载部分具有代表性种的ITS序列,利用软件MEGA4 构建分子系统发育树,通过序列分析,鉴定出引起双孢蘑菇褐腐病的病原菌为Mycogone perniciosa.     

内蒙古苹果树腐烂病病原菌鉴定

【目的】明确内蒙古地区引起苹果树腐烂病的病原种类。【方法】采用形态学结合分子生物学的方法,对内蒙古呼和浩特市周边果园的苹果腐烂病病菌进行分离、鉴定和致病力测定。【结果】从感病’金红’苹果树上分离到2株苹果腐烂病病菌,命名为QH1和QH2。QH1与QH2的致病力与分离自陕西杨凌的参照菌株YL1相同;菌落、分生孢子及子实体的形态特征均符合Cytospora属的特征;基于内转录间隔区、核糖体大亚基片段、转录延长因子和β微管蛋白4个基因的序列一致性和系统发育的分析证明,QH1属于Cytospora schulzer,QH2属于Cytospora mali。【结论】内蒙古呼和浩特地区苹果腐烂病病菌为C.schulzer和C.mali两种致病菌。     

喇叭水仙中百合斑驳病毒的RT-PCR检测及序列分析

 根据基因库中已发表的百合斑驳病毒（Lily mottle virus, LMoV）外壳蛋白基因序列设计引物,通过RT-PCR方法从喇叭水仙Narcissus pseudonarcissus‘Pink-charm’ 样品中扩增出1条大小与试验设计相符的553 bp的特异性LMoV RT-PCR带。扩增产物序列分析表明：与GenBank中百合斑驳病毒百合分离物核苷酸相似性在90%以上。将该序列翻译为外壳蛋白的氨基酸序列ABW16938发现它完全存在于GenBank上已登录的LMoV病毒外壳蛋白序列NP-945145中,确认喇叭水仙该样品感染了百合斑驳病毒。     

基于ITS和matK序列探讨新疆野苹果与中国苹果的系统演化关系

 以新疆地区不同居群的52份新疆野苹果[Malus sieversii（Ledeb.）Roem.]、9份中国苹果品种（Malus × domestica subsp. chinensis Li.）、1份森林苹果（M. sylvestris Miller）种质为试材,进行核糖体DNA内转录间隔区（ribosomal DNA internal transcribed spacers,ITS）和叶绿体成熟酶K（matK）基因的测序分析。从GenBank中获取了11个苹果栽培品种、14个塞威士苹果、26个苹果属其它种及1个外类群欧洲梨（Pyrus communis）的ITS及matK序列。利用MEGA（ver. 4.0）计算不同序列间的碱基组成频率、简约信息位点数、转换/颠换比率、序列间成对距离,以最大简约法与邻接法进行系统发育分析。结果表明,采集的“新疆野苹果”与“中国苹果”的ITS序列长度在589 ~ 594 bp,含有148个简约信息位点,转换/颠换比率（R）为1.029;MatK序列长度为1 451 ~ 1 461 bp,没有复制子Ⅱ序列,含有16个简约信息位点,转换/颠换为1.442。ITS分析将中国苹果、新疆野苹果（来自中国新疆）和塞威士苹果（来自GenBank）聚类于一个大的发育枝内,新疆野苹果5个居群的系统演化按新源、巩留、霍城和塔城的先后次序发生。MatK序列的系统发育分析将中国苹果和新疆野苹果聚类在一个大的发育枝内,但自展支持率低。由此说明,中国苹果由新疆野苹果驯化而来。matK不适于栽培苹果种内的系统发育分析。