基于SRAP分子标记的小果油茶遗传多样性分析

利用SRAP分子标记,从126对引物组合中筛选出11对引物,对小果油茶全分布区的19个居群514个样品进行遗传多样性分析.结果表明:11对引物组合总共扩增出226条谱带,平均每对引物组合扩增20.55条谱带,其中多态性条带为226,占条带总数的100％.19个居群的遗传距离为0.021 6～0.164 5,显示了较近的亲缘关系.UPGMA聚类结果表明,除了福建6个居群和江西3个以外,其余地理位置相近的居群未能聚在一起.多态性比率(PPB)、Nei's基因多样度(H)及Shannon信息指数(I)变化幅度分别为84.96％ ～ 95.58％,0.321 3～0.388 7及0.473 2 ～0.567 6;从物种层次来看,PPB,H,I分别为100％,0.422 3及0.612 6,揭示小果油茶具有丰富的遗传多样性.AMOVA分子变异分析显示,在小果油茶总的遗传变异中,居群内占86.58％,而居群间仅占13.42％.     

西南桦遗传多样性研究

采用改良CATB法对采自云南大青山、平果等9个天然分布区的150个西南桦(Betula alnoides)样品进行DNA提取,获得了较高质量的DNA,然后利用AFLP分子标记技术,建立了适用于西南桦的AFLP反应体系;选择5对AFLP引物,对150个西南桦样品进行扩增,共检测出158个位点,其中多态性位点115个,占72.8%,每对引物获得20～55个位点,多态性比例为50.0%～84.0%.通过对西南桦的遗传多样性分析,结果表明:在种间个体水平上,多态性位点百分率为76.58%～93.04%,平均为83.8%;在群居水平上,多态性位点百分率为72.80%.可见西南桦天然居群内的变异大于居群间的变异;由Nei's遗传距离分析得出,西南桦大部分居群间还是存在一定的遗传距离,其中最大在东兰和靖南之间,为0.0201.     

黄土高原不同气象因子对中国沙棘亚居群遗传多样性的影响

利用ISSR分子标记技术,分析了甘肃省东部地区8个中国沙棘居群的遗传多样性和遗传分化,以及气象因子对它们的影响.共调查了8个居群的240个个体.利用11条引物扩增出165条带.扩增范围集中在300～1500 bp,其中157个位点表现为多态,占95.76%,分子变异分析(AMOVA)显示,居群内遗传分化程度高,76.15%的变异存在于居群内.基因分化系数(Gst)为0.2418,居群间基因流为1.5675.说明保护沙棘种群的遗传资源应优先考虑种群内个体.经Mamel检验发现.8个居群的地理距离和遗传距离显著相关(r=0.65,P=0.002).对气象因子与遗传多样性所作的回归分析显示,中国沙棘开花期间的风速与其遗传多样性呈显著正相关.说明开花期风速和地理距离是沙棘种群遗传多样性的重要影响因子.     

云南河谷构树的遗传多样性研究

以云南省境内金沙江、元江、红河和怒江流域自然分布的构树为试材,采用AFLP分子标记技术对90份构树种质资源进行了遗传多样性分析研究.结果表明:筛选出的7对引物组合共扩增获得786条清晰可辩的条带,其中,多态性带632条,多态性条带百分率达80.4％,平均每对引物组合检测出90.3个多态位点.分布于4条水系流域的构树居群间,金沙江流域构树居群的遗传多样性水平最高,Nei's基因多样性指数为0.145 5,而元江流域构树居群的遗传多样性水平最低,Nei's基因多样性指数为0.1129.4个构树居群间的遗传分化系数为0.038 6,表明构树的遗传变异主要存在于居群内不同个体之间.在遗传距离为0.003时,4个构树居群可分为2组,第1组由金沙江流域的构树居群构成,第2组包含分布于红河、怒江和元江流域的3个构树居群.     

珍稀濒危观赏竹种筇竹遗传多样性研究

对筇竹Qiongzhuea tumidinoda居群间及居群内遗传多样性进行了研究。通过基因组多态性分析,筛选出13个随机引物对筇竹样品进行扩增,得到清晰可重复且多态性明显的条带,多态位点率为76.38%。在NTSYS程序中,统计这些扩增产物用来计算遗传相似性系数和遗传距离,建立UMPGA(不加权算术平均法)聚类图,得出筇竹居群间的基因多样性大于居群内的结论,在此基础上,探讨筇竹保护对策和建议。     

海南岛青梅ISSR遗传多样性研究

采用ISSR分子标记检测海南岛青梅(Vatica mangachapoi Blanco)7 个自然居群192 株个体的遗传多样性及遗传结构。筛选的10 条ISSR 引物共扩增出清晰位点132 个,其中多态性位点130 个,多态性百分率(PPB)达98.48%。物种水平上,Nei's 基因多样性指数(H)为0.3391,Shannon多态性信息指数(I)为0.5095,总基因多样度(Ht)为0.3441,反映了很高的遗传多样性。AMOVA 分析显示,青梅的遗传变异主要存在于居群内个体间,但亦产生了相当程度的居群间遗传分化（Gst为0.332）,另外 Mantel 检测表明,青梅的遗传距离与地理距离间没有显著的相关性(r<0.2),地理隔离对青梅各自然居群间的基因流影响不明显。     

基于ISSR标记的钩栗遗传多样性分析

利用ISSR分子标记对钩栗Castanopsis tibetana Hance 9个野生居群进行了遗传多样性分析。利用100条引物分别对111份钩栗基因组DNA进行PCR扩增,共扩增出158条清晰条带,其中多态性条带141条,多态性条带百分率(P)平均为89.01%。钩栗9个居群的Nei’s基因多样性指数、Shannon’s信息指数分别为0.332 3、0.492 0;总种群基因多样度(Ht)、各种群基因多样度分别为(Hs)0.410 8、0.334 6,表明钩栗的遗传多样性较高。9居群的基因分化系数Gst为0.185 5,占总遗传多样性的81.45%。分子方差分析表明,80.21%的遗传差异存在于群体内,19.79%的遗传差异存在于群体间。基因流为2.196 0。用NTSYS软件计算出9居群111材料的DICE相似系数在0.811 6~0.921 8之间,遗传亲缘关系较近。各居群间的遗传距离差异较大;其中,邵武与建瓯居群的遗传距离最近,仅为0.081 5;浏阳和周宁居群的遗传距离最远,为0.198 4。聚类分析结果表明,采自福建的邵武、建瓯、建阳、屏南和周宁居群聚在一起;恩施和桑植居群聚在一起;永顺和浏阳居群聚为一起,种群遗传变异分布模式基本上与其地理生态格局一致。研究结果表明:供试的钩栗具有较高的遗传多样性,存在着较为频繁的基因交流;基于ISSR标记分析能较准确地揭示出钩栗种间的遗传多样性。     

地理隔离对西南藏区山杨居群遗传结构影响的SRAP分析

采用SRAP分子标记技术,对分布于我国西南3个藏族地区山杨9个居群130个个体进行了遗传结构分析。结果表明,筛选出的7对引物组合共检测到多态性条带(AP)99条,多态性条带百分比(PPB)为59.28%。采用POPGENE软件分析,山杨9个居群平均多态位点百分率(PPB)为33.80%,Nei’s基因多样性指数(H)和Shannon’s信息指数(I)分别为0.130 9和0.213 7,较东北地区山杨具有偏低的遗传多样性。遗传分化系数Gst=0.325 5,表明遗传变异主要存在于居群内个体间。地理距离与遗传距离之间具有弱相关关系(r=0.349,P=94.5%),山脉阻隔效应是导致西南藏族地区山杨居群间遗传分化的主要因素。UPGMA聚类表明,甘孜地区4个居群与迪庆地区的维西居群具有较近的亲缘关系,迪庆地区的德钦、香格里拉居群和昌都地区2个居群的遗传相似度较高。基于西南藏族地区山杨遗传结构分析,建议实施就地保护的同时,建立山杨种质资源库,促进不同居群间的基因交流。     

花吊丝竹居群遗传多样性的ISSR分析

[目的]研究花吊丝竹居群遗传多样性和遗传结构,为种质资源有效利用和良种选育提供理论指导。[方法]利用12条ISSR引物对48份种质(共3个居群)花吊丝竹居群进行遗传多样性和遗传距离分析。[结果]共检测到124个位点,其中,多态性位点为102个,种质和居群水平上的多态位点百分比(PPB)分别为82. 26%和50. 27%,Ne’基因多样性指数(He)分别为0. 220 4和0. 206 6,Shannon’s信息指数(I)分别为0. 349 4和0. 300 5,表明花吊丝竹居群间存在中等水平的遗传变异。根据Nei’s遗传多样性计算出不同居群间分化水平(Gst)=0. 163 3,表明16. 33%的遗传变异存在于居群间,居群内的遗传变异为83. 67%。居群间的基因流Nm为2. 562 1,表明花吊丝竹居群间存在较大基因流,很大程度减少居群间遗传差异。基于遗传距离的UPGMA聚类结果表明,48份种质可分为3组,3个居群可分为2组,居群间地理距离与亲缘关系无显著相关性。[结论]虽然花吊丝竹主要靠营养生殖来繁衍后代,其居群遗传多样性较丰富,且居群内遗传多样性大于居群间。此外,福建居群遗传多样性明显高于广西和广东地区居群。     

濒危植物永瓣藤遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR分子标记技术研究永瓣藤居群的遗传多样性,用 10 个ISSR引物对全分布区10个天然居群的190个单株进行扩增,得出总的多态位点百分率为39.2%.Shannon多样性指数(Ho)为0.045 ～ 0.101,居群水平上平均值(Hpop) 为0.083,物种水平上(Hsp)为0.183,表明遗传多样性均较低.用 POPGENE 计算出的遗传分化系数GST为 0.567 2,即居群间的遗传分化占居群总遗传变异的56.72%,显示永瓣藤居群间分化较强烈.地史变迁和植被破坏引起的居群片断化、小居群致使基因流受阻以及永瓣藤自交的繁殖方式都加剧了居群间的遗传分化.研究结果还表明永瓣藤居群间遗传距离与地理距离密切相关.     

撑篙竹遗传变异的RAPD分析

采用随机扩增多态DNA(RAPD)方法对6个群体30丛撑篙竹个体进行了遗传变异的研究。28个随机引物共检测到173个位点,其中85个是多态位点,平均每个引物提供6．18个RAPD信息量,扩增出的DNA片段大小一般在200～2000bp范围之间;用POPGENE1．31版软件进行遗传多样性分析：平均Nei’s基因多样性为0．2114,Shannon’s信息指数为0．3277,基因分化系数0．1853,表明群体间有一定的分化;各群体平均遗传距离0．0350,表明群体亲缘关系较近;试用UPGMA方法对不同产地的撑篙竹群体作聚类分析,初步可将6个群体聚为3类。     

Genetic diversity of Populus euphratica populations in northwestern China determined by RAPD DNA analysis

Five Populus euphratica Oliver populations in northwestern China were analyzed using RAPD DNA markers to determine genetic diversity among and within populations. One hundred-and-five polymorphic bands were observed, ranging in size from 250 bp to 1700 bp, using 10 primers. Only one population on the north side of the Tianshern Range had a unique band common to all individuals that was not found in individuals from populations in the Tarim River valley. Intra-population genetic diversity was high in two populations along the Tarim River and low in the other three populations. There was no significant correlation between genetic distances and geographic distances. The result of correspondence analysis shows that the individuals from the three populations with low genetic diversity are isolated from each other. The result of cluster analysis based on genetic distance shows that the population in the Tianshern Range is genetically distant from the other populations. These results suggest that the Tianshern Range population was genetically isolated from the other populations.     

紫胶虫主要生产种的RAPD分子标记分析

用RAPD技术研究了紫胶虫7种主要生产种12个群体之间的亲缘关系,研究中每个群体使用了24个标本,共有288个个体用于研究.在试用的45种随机引物中,筛选出9种引物用于随机引物扩增,共得到121个清晰稳定的位点,其中118个为多态性位点,多态百分率为97.52%,每条引物检测到的位点数为11～16个,长度为150～3 000 bp.根据扩增结果,用UPGMA法对Nei's遗传距离进行聚类分析,构建分子系统树.7种紫胶虫聚类结果显示:紫胶虫各群体间的遗传距离为0.044 3～0.791 7,其中,种间的遗传平均距离为0.443 0,种内的遗传平均距离为0.170 7.根据聚类分析,讨论了紫胶虫主要生产种的亲缘关系.     

油茶优良无性系ISSR分子鉴别

采用ISSR分子标记,以1个普通油茶实生苗作为对照,对我国南方10个油茶优良无性系进行了遗传多样性分析.实验从99条引物中筛选出多态性较高的16条ISSR引物进行PCR扩增,共扩增出135个位点,其中多态性位点数为114个,多态性位点比率为84.44%.基因型间的平均遗传距离(GD)为0.419,其中优良无性系与对照之间的GD值相对较大,平均为0.58.聚类结果表明,油茶优良无性系与普通油茶实生苗存在较大的遗传差异,同时也较准确地进行了各优良无性系的分子鉴别,为油茶的良种选育提供了理论依据.     

浙江马尾松毛虫不同地理种群间基因差异的ISSR分析

马尾松毛虫(Dendrolimus punctatus)是浙江省重要的森林害虫,也是我国南方林区松林主要食叶害虫之一,在浙江往往呈周期性发生并猖獗成灾,造成严重的经济损失和生态环境的破坏.     

6个复叶槭品种间亲缘关系的RAPD分析

采用RAPD法对复叶槭5个品种及1个芽变品种进行基因组DNA多态性分析,从300个引物中筛选出具有丰富多态性的20个10bp的随机引物,这20个引物共扩增出170个DNA片段,片段大小在200bp～2800bp之间,其中多态性谱带为112条,多态率为65.88%,表现出较为丰富的RAPD多态性;利用UPGMA进行遗传距离计算的结果表明,6个复叶槭品种间的亲缘关系和遗传距离均有较大差异.     

构树SRAP分子标记

建立构树DNA提取方法及最佳SRAP-PCR反应体系,用SRAP分子标记研究构树种质资源的遗传多样性.结果表明:SRAP扩增的清晰条带大小在100～1 000 bp,用17对引物对21份材料扩增出439条带,其中多态性条带319条,占72.6%,Shannon信息指数(I)均值为0.227 5,物种水平的Nei基因多样性(H)均值为0.133 6,表明构树的遗传多样性不高.聚类分析结果显示与地理分布有相关性.同时发现一些特异性条带,可以转化为SCAR标记,这为构树的遗传图谱构建、遗传育种等研究提供了参考.     

Determination of inter- and intra-species genetic relationships among six Eucalyptus species based on inter-simple sequence repeats (ISSR)

Eucalyptus is the most economically important hardwood plantation tree cultivated in tropical and subtropical countries. Inter-simple sequence repeat (ISSR) markers were used to evaluate genetic relationships within and between individuals of six Eucalyptus species. A total of 583 loci (265 to 1535 bp) were amplified from 149 individuals belonging to the six Eucalyptus species using seven ISSR primers (two to three nucleotide repeats anchored with one or two nucleotides at the 3' or 5' region). The ISSR fragments indicated significant polymorphism and genetic diversity among the individuals. Cluster analysis and principal component analysis revealed the occurrence of wide genetic diversity among populations of E. tereticornis Sm., E. camaldulensis Dehnh. and E. urophylla S.T. Blake and narrow genetic diversity among populations of E. citriodora Hook. and E. grandis W. Hill ex Maiden. Genetic diversity was high in E. tereticornis Sm. (47.27%) and low in E. citriodora (18.64%). Maximum Nei's genetic identity (0.897) was observed between E. camaldulensis and E. tereticornis species, whereas maximum genetic diversity (0.286) was found between individuals of E. citriodora and E. grandis.     

樟树几种化学类型及近缘种的ISSR分析

利用ISSR分子标记分析了樟树3种化学类型及3个近缘种的亲缘关系和遗传多样性,从40条ISSR引物中筛选到具有多态性的引物15条用于PCR扩增,共扩增出133条DNA带,多态性条带比率为58.65%。供试样品的遗传相似系数变化范围在0.108~0.986之间。对35个样品进行聚类分析结果表明,所选材料在GD(遗传距离)约为0.21处可划分为樟树、油樟、云南樟、猴樟4大类群,在GD约为0.18处可将樟树的几种化学类型明显划分为芳樟、桉樟、脑樟3类,表明樟树种内具有丰富的遗传变异。     

利用RAPD分析药用石斛的遗传多样性及亲缘关系

通过对9种药用石斛进行遗传多样性和亲缘关系的分析,为更好地开发利用石斛资源奠定基础。采用RAPD技术,应用NTSYS软件对9种石斛的RAPD-PCR结果进行分析。利用从103条随机引物中筛选出的70条随机引物对供试材料DNA进行随机扩增,共得到520条带,其中多态性带有491条,多态性百分率为94.42%。采用UPGMA类平均法对扩增出的谱带进行遗传聚类分析,得出反映各种间亲缘关系的树状图。在遗传距离（D）=0.44处,可将供试材料分为2类,RAPD对基因组的分析结果与传统分类学的结果差异不大。试验结果表明,RAPD技术可有效地应用于药用石斛的遗传多样性及亲缘关系的研究。