利用微卫星标记分析福建4个中华蜜蜂群体的遗传多样性

利用6对微卫星DNA标记对福建省4个中华蜜蜂群体进行遗传多样性分析,评估群体内的遗传变异和群体间的遗传分化.结果表明:共检测到50个等位基因,每个位点的等位基因数从2到19不等,所分析位点平均的期望杂合度和PIC值分别为0.6088和0.5629.4个中华蜜蜂群体6个微卫星位点平均有效等位基因数为8.333,平均基因杂合度分别为0.5608、0.4798、0.5738和0.6010,群体分化率为11.3%,4个群体间的基因流动值较大.4个中华蜜蜂群体均表现出较高的群体杂合度和丰富的遗传多样性.     

6个罗非鱼群体的遗传多样性及遗传关系研究

【目的】探讨6个罗非鱼群体内的遗传多样性及群体间的遗传关系。【方法】利用20个微卫星标记分析6个罗非鱼群体的遗传多样性,研究其群体内遗传多样性和群体间遗传关系。【结果】19个微卫星位点扩增产物具有多态性,每个位点平均等位基因数为7.63;吉富尼罗罗非鱼、广东尼罗罗非鱼、美国尼罗罗非鱼和埃及尼罗罗非鱼遗传多样性较高,其平均杂合度分别为0.6150,0.5999,0.5927和0.6227,平均多态信息含量分别为0.6070,0.5302,0.5095和0.5205,平均有效等位基因数分别为2.8663,3.1321,2.6495和3.3668;而广东和美国2个奥利亚罗非鱼群体的遗传多样性较低,其平均杂合度分别为0.3548,0.3805,平均多态信息含量分别为0.2817和0.2807,平均有效等位基因数分别为1.9338和1.7077。UPGMA系统树分析结果表明,6个罗非鱼群体分为2支,其中2个奥利亚罗非鱼群体聚为一支,4个尼罗罗非鱼群体聚为一支。【结论】4个尼罗罗非鱼群体具有丰富的遗传多态性,而2个奥利亚罗非鱼群体的遗传多样性较低。19个微卫星标记均可用于罗非鱼群体的遗传多样性和系统发生关系的分析。     

滩羊八个微卫星位点的遗传多样性分析

选取了8个微卫星位点对甘肃滩羊群体遗传多样性进行检测,计算了等位基因频率、有效等位基因数、群体杂合度和多态信息含量.结果表明:位点OarFCB128的有效等位基因数、群体杂合度和多态信息含量最高(Ne=10.26,H=0.902,PIC=0.885);位点MCM38的有效等位基因数、群体杂合度和多态信息含量最低(Ne=6.18,H=0.838,PIC=0.809);8个微卫星位点在滩羊群体中多态性丰富.表明滩羊群体的遗传杂合度较高,遗传多样性丰富,所选微卫星位点可用于滩羊遗传多样性评估.     

紫丁香天然群体的等位酶遗传多样性分析

紫丁香是原产中国的重要观赏花木。为了解掌握其种质资源现状,揭示其群体遗传多样性结构,对所采集到的紫丁香4个天然群体进行了等位酶聚丙烯酰胺凝胶电泳分析,从28个酶系统中筛选出6个具有多态性的酶系统,标记了8个多态性基因位点、22个等位基因。种级水平的平均等位基因数（A）为2.781 3,平均有效等位基因数（Ae）为2.243 8,平均Shannon’s信息指数(I)为0.861 9,平均期望杂合度（He）为0.544 3,平均观测杂合度（Ho）为0.571 6,固定指数F均值为-0.047 1(偏离0值),平均遗传分化度GST为0.084 5。基因流Nm=5.776 3,表明遗传漂变未成为刻划群体遗传结构的主导因素之一。各群体的遗传一致度较高,平均值为0.872 0,遗传距离平均值为0.139 2;群体间遗传距离的非加权算术平均聚类方法（UPGMA）的分析结果,将自然分布区内的紫丁香4个群体分为两组,北部群体聚为同一组,五老峰独立为一组,与其地理分布格局大致吻合。多个等位基因位点与群体环境因子相关显著,表明这些多态性酶位点具有明显的生态适应性意义。      

人工饲养蓝狐微卫星DNA的多态性

选取16个微卫星位点对5个蓝狐群体进行遗传多态性研究,利用PopGen32和MEGA4对5个群体的等位基因数、有效等位基因数、等位基因频率、观测杂合度、期望杂合度和多态信息含量等遗传参数进行了分析。结果表明:5个群体137个个体共计检出162个等位基因,每个位点等位基因数为4～13。位点多态信息含量为0.17～0.84,5个群体中3个群体为高度多态性,其余2个群体为中度多态。位点的观测杂合度为0.18～0.89,位点的期望杂合度为0.18～0.86,茂兴湖群体的杂合程度均高于其他4个种群。选取的16个微卫星位点均表现出较高的多态性,在蓝狐多样性分析中具有一定的有效性,可用于蓝狐遗传多样性的分析。     

华东4个鹌鹑群体微卫星标记的遗传多样性检测

在DNA水平上检测了华东地区4个亲源关系不同的鹌鹑群体的3个微卫星座位遗传变异,每一位点均检测到4~5个等位基因,各位点的基因多态比例接近100%。为检测这一地区鹌鹑遗传多态性水平,估计了每个位点的基因杂合度和各群体的基因平均杂合度。结果表明:基因平均杂合度为(0.462 7±0.03)~(0.634 5±0.05),4个群体的平均值按由小到大排列分别为0.462 7、0.514 6、0.554 9和0.634 5,平均有效等位基因数为(1.868 8±0.12)~(2.798 1±0.43),平均多态信息含量为0.376 7~0.571 3,累积辨别力达到95.76%;聚类分析表明,华东地区鹌鹑群体间存在高水平的遗传变异,微卫星标记检测鹌鹑群体间的遗传多样性非常合适。     

长江下游放流鲢群体遗传多样性的微卫星标记分析

利用12个微卫星分子标记对长江下游4个放流鲢群体进行了遗传多样性分析。在12个基因座位中,共检测到56个等位基因,每个座位检测到的等位基因数为1～7个,其中有10个基因座位具有多态性,多态位点百分率为83.33%,4个群体的平均等位基因数A为3.98,平均有效等位基因数Ne为2.384 0,观测杂合度Ho平均值为0.467 6,期望杂合度He平均为0.490 6,多态信息含量平均值为0.381 2。4个鲢群体的遗传多样性较丰富,与文献报道的下游野生群体大致相当,但明显低于上游野生群体;放流鲢群体的平均观测杂合度均低于各自相对应的平均期望杂合度,表现出一定程度的近交现象。4个放流鲢群体间遗传相似系数为0.937 1～0.971 8,遗传距离为0.028 2～0.062 8,基因分化系数Fst为0.027 5～0.050 6,表明群体间的遗传分化程度较弱。     

西南地区小果油茶群体遗传多样性的SRAP分析

利用SRAP标记对6个小果油茶群体的180份材料进行遗传多样性研究.从87对SRAP引物中筛选出9对多态性理想的引物组合,共扩增出184条带,其中多态性条带184条,多态性位点比率高达100%.平均有效等位基因数为1.776 3,180份小果油茶总Nei基因多样性指数为0.432 8,平均Shannon信息指数为0.623 3,表明小果油茶群体具有较丰富的遗传多样性,遗传变异主要分布在群体内,群体间变异相对较小.同时提出了对该物种遗传多样性的保护策略.     

大黄鱼群体遗传多样性的微卫星DNA分析

通过建立大黄鱼部分基因组文库,应用PCR法筛选到55个含微卫星DNA位点的阳性克隆,选择其中8个序列设计微卫星引物,在这8个微卫星位点中得到91个等位基因片段,各位点等位基因数6～22个,平均观测杂合度Ho为0.404 7,平均期望杂合度He为0.775 6,多态信息含量(PIC)平均值为0.754 5,结果显示,所选择的8个微卫星位点均表现出较高的多态性.利用这些微卫星引物对大黄鱼不同群体进行遗传多样性分析,结果表明,大黄鱼种群中仍存在较高的遗传变异,但微卫星等位基因频率大多偏离了Hardy-Weinberg平衡,且不同群体间存在较高的基因流(Nm=2.699 8),表明大黄鱼种群存在较严重的近亲繁殖且各群体间有着较频繁的基因交流.对不同地理群体的聚类分析结果支持了中国沿海大黄鱼种群大致划分为3个不同地理种群的论证.     

青蟹野生与养殖群体遗传多样性的微卫星分析

利用微卫星分子标记对青蟹东海三门湾野生群体和浙江三门养殖群体的遗传多样性进行分析。6个微卫星位点在2个青蟹群体中共检测到66个等位基因,多态信息含量为0.746 ～ 0.895,均表现为高度多态性,可有效应用于青蟹遗传多样性的研究。青蟹野生群体与养殖群体的等位基因数分别为4 ～ 18,6 ～ 14,平均杂合度分别为0.577,0.561,平均多态信息含量分别为0.779,0.828;群体间遗传分化指数FST值为0.0317,遗传相似性指数为0.7930,遗传距离为0.2319。结果表明,青蟹野生与养殖群体的遗传多样性均较丰富,群体间存在一定的遗传分化。     

7个微卫星标记对5个肉用绵羊品种的遗传多样性分析

[目的]为肉用绵羊的品种资源保护和杂交利用提供理论依据。[方法]利用7个微卫星标记分析国外3个绵羊品种和我国2个地方绵羊品种的遗传多样性,研究其品种内遗传变异和种间遗传关系。[结果]从5个绵羊品种中共检测到105个等位基因,在各群体中每个微卫星座位上均可检测到5个以上等位基因,说明7个微卫星标记含有丰富的遗传信息。位点平均杂合度和品种平均杂合度分别为0.790 1~0.889 7和0.795 1~0.867 5,属于高度杂合位点和高度杂合品种。7个位点均为高度多态位点,PIC为0.762 6~0.879 6,而5个绵羊品种的平均PIC为0.770 3~0.865 0。NJ系统树分析表明3个国外绵羊品种遗传关系较近。[结论]7个微卫星标记均具有高度多态性,可用于绵羊品种的遗传多样性和系统发生关系的分析。     

利用微卫星分子标记分析长江、赣江和鄱阳湖鲢群体遗传结构

利用10个高度多态的微卫星标记对采自长江、赣江、鄱阳湖湖口和都昌水域的4个鲢野生群体遗传结构进行分析.检测到148个等位基因,每个微卫星位点的等位基因数5～24,有效等位基因数6.4～7.1,平均观测杂合度H.为0.802～0.821,平均期望杂合度He为0.817～0.839,表明这4个鲢群体遗传多样性较高.鲢群体间的遗传相似系数为0.922 2～0.944 1,遗传距离为0.057 6～0.081 0,固定系数Fst值为-0.012 35～0.005 28,表明这4个鲢群体间遗传一致性高,遗传距离小,群体遗传分化不显著.AMOVA结果显示遗传变异主要来自群体内,基因流分析认为长江、赣江、鄱阳湖鲢群体存在频繁的基因交流.     

江西省3个地方鸡种遗传多样性分析

为探究江西省3个地方鸡种的遗传多样性,为江西省家禽群体遗传资源的合理利用和种质资源保护提供依据,利用飞行质谱分型技术对宁都黄鸡、白耳黄鸡、安义瓦灰鸡3个群体(463只个体) 1号染色体上的25个单核苷酸多态性(SNP)位点进行基因型分型,计算每个SNP位点的等位基因频率、表观杂合度、期望杂合度、多态信息含量及群体间Nei氏标准遗传距离。结果显示,所有位点在3个群体中的平均有效等位基因数、期望杂合度和多态信息含量分别为1.636、0.367和0.291,其中白耳黄鸡的平均有效等位基因数、期望杂合度和多态信息含量最高(1.684、0.387和0.303),安义瓦灰鸡最低(1.562、0.328和0.262)。遗传距离和系统聚类结果显示,3个群体的遗传相似性都比较高,安义瓦灰鸡和白耳黄鸡2个群体聚为一类,宁都黄鸡单独聚为一类。     

安徽两个地方鸡品种遗传多样性的微卫星DNA分析

利用29个微卫星DNA标记对两个安徽地方鸡品种进行遗传多样性分析,评估品种内的遗传变异和品种间的遗传分化.在29个微卫星位点共检测到210个等位基因,每个位点的等位基因数从2到21不等,所有位点平均的期望杂合度和PIC值分别为0.6214和0.59.淮南麻黄鸡和皖南三黄鸡29个微卫星位点平均有效等位基因数分别为5.55和6.38,平均基因杂合度为0.6194和0.6442,群体分化系数为4.8%,两个鸡品种间的Reynolds遗传距离和Nm分别为0.0513和4.7500.两个安徽地方鸡品种均表现出较高的群体杂合度和丰富的遗传多样性.     

贵州茶树地方品种的EST-SSR遗传多样性分析

利用29个EST-SSR标记对贵州有代表性的25份地方茶树群体种和3份育成品种遗传多样性、亲缘关系和遗传分化进行了分析。结果表明,29对引物共检测到等位位点104个,平均等位基因3.58个,平均有效等位基因为2.85个,平均观测杂合度为0.56,平均期望杂合度为0.66,平均多态性信息含量为0.58,黔南地区茶树资源遗传多样性的上述5个参数均大于黔北地区。F-统计量分析表明两个地区种群内近交系数、种群间近交系数、种群遗传分化和基因流分别为0.04,0.12,0.08,3.01。群体遗传结构显示,28份资源间的相似系数范围为0.39～0.89,可划分为4个类群,分别由4,5,8,11份资源组成。表明贵州地方茶树品种资源具有丰富的遗传多样性,资源间的遗传差异较大;聚类结果较客观地反映了群体结构和地域性差异等信息;黔南地区茶树资源遗传多样性程度高于黔北地区,两地区遗传分化较高,基因交流频率较低。     

缅甸蟒养殖种群的遗传多样性分析

利用微卫星标记分析缅甸蟒养殖群体的遗传多样性,结果表明:在42个缅甸蟒个体中,共检测到76个等位基因,平均有效等位基因数为5.78个,平均期望杂合度为0.815,平均多态信息含量为0.78,8个微卫星位点呈现高度多态性;仅有3个位点显著偏离了Hardy-Weinberg平衡;缅甸蟒海南养殖群体表现出较高的遗传多样性水平。突变-漂移平衡分析结果表明,群体部分位点杂合显著过剩,并未显著偏离突变-漂移平衡,近期没有经历过瓶颈效应,群体数量无明显下降。     

合作猪和迪庆猪的微卫星遗传多样性分析

采用5个微卫星位点对合作猪和迪庆猪的遗传多样性进行了分析。结果表明,2个猪种在5个微卫星位点的有效等位基因数分别为4.510 4,3.069 6;位点平均杂合度分别为0.771 3,0.602 2;位点平均多态信息含量分别为0.740 2,0.565 6;估计的群体平均近交系数分别为0.115 2,0.091 3。表明合作猪和迪庆猪遗传多样性高,近交程度低。     

西双版纳野猪微卫星多态性研究

采用联合国粮农组织(FAO)和国际动物遗传学会(ISAG)联合推荐的27对微卫星DNA引物,对云南西双版纳野猪78个个体的遗传多样性进行了分析和研究,旨在为野猪遗传资源的合理利用及保护提供科学依据.结果表明:(1)78个个体在27个微卫星座位上共检出213个等位基因,各座位上等位基因数的范围在4～13之间,平均每个位点检测到7.89个等位基因,表明在3个野猪群体中多态性较丰富.(2)计算了等位基因频率,并以其为基础获得了野猪群体的平均杂合度、多态信息含量和有效等位基因数,分别为H均值0.81,PIC均值0.79;有效等位基因数共155.77个,有效等位基因数在2.65～10.10之间,平均数为5.77个,等位基因频率在0.0128～0.4808之间,其中位点SW72的102/等位基因频率最高,表明群体内的遗传变异较丰富.(3)计算了Nei氏标准遗传距离,结果表明景洪野猪与勐海野猪遗传距离最近,和勐腊野猪的遗传距离较远,种间内的遗传变异丰富,表明西双版纳野猪群体在核基因水平具有丰富的遗传多样性.     

江苏省意大利蜂与中华蜜蜂微卫星DNA遗传多样性分析

[目的]分析江苏省意大利蜂与中华蜜蜂品种间、品种内的遗传变异。[方法]利用6对微卫星DNA标记从DNA水平上对意大利蜂与中华蜜蜂进行遗传多样性分析,评估品种内的遗传变异和品种间的遗传分化。[结果]共检测到42个等位基因,每个位点的等位基因数从2到11不等,所有位点平均的期望杂合度和PIC值分别为0.505 0和0.473 1。意大利蜂和中华蜜蜂6个微卫星位点平均有效等位基因数分别为5.17和3.83,平均基因杂合度为0.500 7和0.333 2,群体分化系数为29.5%,两个品种间的Reynolds'遗传距离和Nm分别为0.330 5和0.638 4。[结论]两个蜜蜂品种均表现出较高的群体杂合度和丰富的遗传多样性。     

中国4大湖泊大鳞副泥鳅群体遗传多样性分析

为保护大鳞副泥鳅种质资源,制定合理的野生资源保护策略,并为大鳞副泥鳅良种选育确定合适的育种基础群体,通过第二代测序技术自主开发并合成微卫星引物400对,经验证后随机采用其中的17个多态性微卫星标记对太湖、洪泽湖、洞庭湖和巢湖等4大湖泊的野生大鳞副泥鳅群体进行遗传多样性分析。检测到各基因座的平均观测等位基因和有效等位基因数分别为9.5和5.5个。平均期望杂合度为0.566 5,平均Fst值为0.219 4(0.2),Nm为0.889 4(1),表明4个大鳞副泥鳅群体间遗传交流较少,存在着较高程度的遗传分化。4个大鳞副泥鳅群体的等位基因数为5.4~6.2(平均5.8),观测杂合度0.273 2~0.386 4,期望杂合度0.562 9~0.589 3,多态信息含量(PIC)为0.550 3~0.575 4,表明4个群体具有丰富的遗传多样性。4个大鳞副泥鳅群体间的遗传距离为0.528 3~0.967 7,洪泽湖和太湖群体间的遗传距离最小(0.528 3),而太湖和巢湖群体间遗传距离最大,亲缘关系相对较远。基于遗传距离的聚类结果显示4个群体先聚为2个分支,其中太湖和洪泽湖群体聚为一支,洞庭湖和巢湖群体聚为另一支,这与4个大鳞副泥鳅野生群体的地理分布一致。中国4大湖泊大鳞副泥鳅自然群体具有丰富的遗传多样性,每个群体宜作为独立的保护单元进行保护。4个大鳞副泥鳅群体中太湖群体和洪泽湖群体的遗传多样性最高,可作为进一步遗传选育的基础群体。